生物学常用软件简介共89页文档
生物学常用软件简介
AC
accession number giving origin of sequence
DT
dates of entry and modification
KW
key cross-reference words for lookup up this entry
OS, OC source organism
RN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or source
DR
i. d. In other databases
CC
Description of biological function
பைடு நூலகம்
FH, FT information about sequence by base position or range of positiions
生物学常用软件简介
前言
生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数 学和计算机知识应用于生物学，以获取、 加工、存储、分类、检索与分析生物大分 子的信息，从而理解这些信息的生物学意 义。
上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生 物信息学的基本工作.
内容概要
一 生物信息学软件的主要功能简介
1.数据的基本处理 2.序列的比对 3.基因/基因组的注释 4.Snp分析 5.进化分析 6.基因表达分析 7.蛋白质结构预测
2.序列的比对 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列
之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定 的规律排列。
将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。 序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。 对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T（或 U）, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表 示）排列在同一列上。
常用生物学软件简介
网址：/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：/Soft/2006/112.htmOligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo 6 Tour 主要功能介绍/2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简介常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。
生物学软件_大全
生物学软件大全1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JA V A语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JA V A语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JA V A语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JA V A软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JA V A软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JA V A语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JA V A小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JA V A程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JA V A语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
生物学软件_大全(二)
引言概述：生物学软件在现代科学研究中扮演着重要的角色，它们为生物学家们提供了数据分析、模拟实验等功能，帮助他们更好地理解生命的复杂性。
本文将为大家介绍一系列生物学软件，帮助生物学家们在研究中更高效地工作。
正文内容：1.生物信息学软件1.1基本基因序列分析软件1.1.1BLAST：用于序列比对和相似性搜索，帮助确定生物序列的功能和结构。
1.1.2ClustalOmega：用于多序列比对的工具，帮助研究人员查找序列间的共同特征。
1.1.3EMBOSS：一套开源的生物信息学软件，包含各种工具用于序列分析、蛋白质结构分析等。
1.2基因组数据分析软件1.2.1GATK：广泛用于基因组重测序数据的分析和变异检测。
1.2.2BEDTools：用于处理基因组坐标的工具，帮助研究人员在基因组中定位感兴趣的特定区域。
1.2.3HMMER：用于比对蛋白质序列和荧光探针序列的隐马尔可夫模型工具。
2.结构生物学软件2.1Rosetta：一套用于结构预测和蛋白质构象优化的软件，帮助研究人员研究蛋白质的结构和功能。
2.2PyMOL：一种用于可视化分子结构的工具，它可以高质量的分子图像，并为研究人员提供结构分析的功能。
2.3Coot：用于蛋白质结构分析和模型建立的软件，可帮助研究人员在解析蛋白质结构时进行手动操作和调整。
2.4CCP4：一个用于蛋白质晶体学的软件套件，用于解析晶体结构和进行结构决策。
2.5SwissPdbViewer：一种用于蛋白质结构可视化和分析的软件，具有多种功能和工具。
3.蛋白质互作软件3.1STRING：综合性的蛋白质互作数据库和分析工具，帮助研究人员理解蛋白质之间的相互作用关系。
3.2Cytoscape：一个用于细胞网络分析和可视化的软件，可用于研究蛋白质之间的相互作用网络。
3.3ClusPro：一种用于蛋白质蛋白质和蛋白质配体互作的软件，可用于预测互作模型和分析互作强度。
3.4InterProSurf：一种用于预测和分析蛋白质间相互作用界面的工具，可以帮助研究人员理解蛋白质互作的机制。
生物信息学软件 (2)
生物信息学软件
生物信息学软件是一类专门用于处理、分析和解释生物学
数据的软件工具。
这些软件通常用于基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学研究中。
以下是一些常用的生物
信息学软件：
1. BLAST：用于快速在数据库中搜索相似序列的工具，对
于序列比对和亲缘关系分析非常有用。
2. ClustalW：用于多序列比对的软件，可以比较多个序列
之间的相似性和差异。
3. GROMACS：用于分子动力学模拟和分子力学计算的软件，可以模拟蛋白质、核酸等生物分子的结构和动态行为。
4. PHYLIP：用于构建进化树和系统发育分析的软件，可以根据序列的差异性推断出生物物种之间的进化关系。
5. R：一种统计软件，提供了广泛的生物信息学功能和数据处理方法。
6. Cytoscape：用于网络分析和可视化的软件，可以分析和可视化基因调控网络、蛋白质相互作用网络等。
7. NCBI工具包：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，包括BLAST、Entrez等，用于生物序列和文献检索。
8. Galaxy：一个基于云计算的生物信息学分析平台，提供了大量的工具和工作流，方便生物学家进行数据分析和可视化。
9. MetaboAnalyst：用于代谢组学数据分析的软件，可以进行代谢物注释、统计分析、通路分析等。
10. Geneious：用于序列分析和比对、系统发育分析、基因预测等多种生物信息学任务的集成软件。
以上只是一小部分常用的生物信息学软件，随着科学研究的进展，新的软件工具不断涌现。
国外生物学软件大全
国外生物学软件大全1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNAT ool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA 在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
生物学软件_大全
生物学软件_大全在当今数字化的时代，生物学领域也受益于各种软件工具的发展。
这些软件为生物学家、研究人员以及对生物学感兴趣的人们提供了极大的帮助，从数据分析到模型构建，从基因序列分析到生物图像处理，涵盖了生物学研究的各个方面。
下面就让我们一起来探索一下生物学中一些常用且重要的软件。
一、基因序列分析软件1、 DNASTAR Lasergene：这是一款功能强大的综合性软件，包括了序列编辑、比对、引物设计等功能。
它的操作界面相对友好，适合初学者和经验丰富的研究人员使用。
2、 MEGA：用于分子进化和系统发育分析的软件。
可以对基因序列进行比对，并构建进化树，以了解物种之间的亲缘关系。
3、 BLAST：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的序列比对工具。
能够快速在大量的数据库中搜索相似的基因序列，对于确定新测序的基因的功能和同源性非常有用。
二、蛋白质结构与功能分析软件1、 PyMOL：一款强大的分子可视化软件，可以将蛋白质的三维结构以清晰直观的方式展示出来，并进行各种操作和分析，帮助研究人员理解蛋白质的结构与功能关系。
2、 SwissPdbViewer：除了具备基本的蛋白质结构显示功能外，还能进行一些简单的结构编辑和分析，如氢键分析、疏水相互作用分析等。
3、 PROSITE：用于蛋白质序列模式和功能位点识别的数据库和搜索工具，有助于预测蛋白质的功能和结构域。
三、生物图像分析软件1、 ImageJ：这是一款开源的图像分析软件，广泛应用于生物学领域。
可以对显微镜图像进行测量、计数、荧光强度分析等操作。
2、 CellProfiler：专门为细胞图像分析设计的软件，能够自动识别和分析细胞的特征，如大小、形状、荧光强度等，大大提高了数据分析的效率。
3、 Fiji：基于 ImageJ 开发的扩展版本，增加了许多实用的插件和功能，使其在生物图像分析方面更加便捷和强大。
四、数据分析与统计软件1、 R：一种免费的开源编程语言和环境，拥有丰富的用于生物学数据分析的包，如Bioconductor 库。
常用生物学软件
分子生物学相关软件： 1. Vector NTI Advance 11，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了。 2. Primer premier 5，引物设计软件，Primer Premier 6 用的 Java 界面，易用性差了很多。 3. Oligo 7，引物设计软件，设计 Fusion PCR 和 In-Fusion 连接的引物的时候，比 Primer premier 直观一
2. Foxmail 7，上网这多年，注册了很多邮箱，一点 F4，全收，相当方便，加上离线管理等，从 Foxmail 4 一直用到今天。
3. e-Mule，电驴，veryCD 上的东西相当丰富，但可惜学校里面不让下。 4. 卡巴斯基安全部队 2012，杀毒很好，而且关键是更新的很快，占资源也相对较小。
不建议安装的同类软件：瑞星、360、金山，特别是诺顿。
文献管理： 1. EndNote X5，文献管理软件，平时方便论文管理，写文章的时候插入文献也是相当的方便，从 Endnote
5 时代到 X5，越来越强大、越来越好用。 不建议安装的同类软件：Noteexpress。 2. RefViz 2.1，文献分析软件，与 EndNote 结合使用，分析文献，可以省掉一些自己归纳的时间，不过 很久没有更新了，所以建议大家还是 Web of Science 上先分析好了，再分门别类导进 Endnote 里面。
7. 分子量计算器 6.4，一个小软件，输结构式就有分子量，省的现用现查。
不能打印。
图片处理： 1. Adobe Photoshop CS5 Extended，修改图片。 2. Adobe Illustrator CS5，画各种复杂的矢量图，改 PDF、改各种其他软件导出的矢量图(ai、EPS、PDF
常用生物软件(软件及引物设计总结)
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总结词
NAMD是一款用于大规模并行计算的高 性能分子动力学模拟软件，适用于超大 型生物分子系统的模拟。
ห้องสมุดไป่ตู้VS
详细描述
NAMD采用高效的并行算法和优化的数 据结构，能够在高性能计算集群上快速运 行大规模模拟。它广泛应用于生物医学、 药物设计和材料科学等领域，尤其适用于 模拟蛋白质复合物等大型生物分子的结构 和动力学行为。
SWISS-MODEL
总结词
在线建模工具，适用于预测蛋白质三维结构 。
详细描述
SWISS-MODEL是一个在线建模工具，用于 预测蛋白质的三维结构。它基于模板建模技 术，通过搜索模板库找到与目标序列相似的 已知结构，并利用这些信息构建出目标蛋白 质的结构模型。SWISS-MODEL提供了友好 的用户界面和多种建模选项，方便用户进行
总结词
AutoDock是一款用于分子对接的软件，通过模拟分子间的 相互作用，预测小分子与大分子（如蛋白质）的结合模式。
详细描述
AutoDock使用基于网格的搜索方法，将小分子视为可旋转 和可平移的刚体，通过打分函数评估结合亲和力，并采用遗 传算法进行优化。它广泛应用于药物设计和蛋白质相互作用 研究。
Gromacs
总结词
Gromacs是一款用于分子动力学模拟的软件，通过模拟分子在真实环境中的运 动来研究其结构和功能。
详细描述
Gromacs基于势能面模型，通过求解牛顿方程模拟分子运动轨迹，可以模拟蛋 白质、核酸和脂质等生物大分子的动态行为。它广泛应用于生物物理学、药物 设计和材料科学等领域。
NAMD
Galaxy
总结词
Galaxy是一个基于Web的生物信息学分析平台，提供 了简单易用的界面和强大的数据分析能力。
生物专业的软件介绍
生物专业的软件介绍三维分子类RASMOL 2.7.5 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
RasTop 2.2 为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。
DS Visualizer 3.0 3维分子浏览工具，30天试用版，功能也十分强大。
ICM-Browser 3.72a3维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。
ActiveICM 1.1.4 可在Office软件和浏览器中显示查看三维ICM分子图片文件软件。
VMD 1.9 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。
CN3D 4.1 See in 3D的缩写。
允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列。
WPDB 2.2 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件。
DTMM 4.2 Demo 是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol 3.0 是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包。
POV-Ray 3.7b38 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具。
MegaPov 1.2.1 r3 是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。
需要安装Pov-Ray。
Mol2Mol 5.6.2 Demo 主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。
MolPOV 2.0.8 MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具。
PovChem 2.1.1 免费软件，注册码：APyUrblJnYZr，将PDB格式分子文件转化为POV 格式，再使用POV-Ray v3.1g进行3D加工。
ORTEP-III 2.02 用来生成分子的热椭圆形点图。
PWT(PLATONfor WindowsTaskbar) 1.15PLATON是通用结晶学软件工具。
生物的类常用软件
常用生物软件（Windows 版）（一）一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。
生物学软件大全
生物学软件大全1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2. DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA 图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群'Contig'软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank 序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3. RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4. 蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5. 生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6. 生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7. 序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8. 引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9. 序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10. 进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示'New Hampshire'与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11. 质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA 图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12. 图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13. 数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14. 检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15. 基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16. 其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel 文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17. 化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA 小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18. 化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19. 在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20. 在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21. RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总(精)生物软件是生物信息学领域的重要支撑，在研究生物学的相关问题时，我们可以借助生物软件来辅助我们完成分析、解析数据。
在生物信息学研究中，许多问题都需要使用相应的生物软件来解决。
为此，我们汇总了一些常用的生物软件，从基础的序列分析、序列比对、结构分析到系统进化学等多个方面，供广大生物学者参考。
基础序列分析1. BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）开发的一种基于比对的序列搜索程序，可用于比对、搜索和分析生物序列数据库。
可以通过输入一个序列，自动在数据库中快速搜索与之相似的序列。
BLAST广泛应用于基因注释、功能预测、系统进化等领域。
2. Clustal OmegaClustal Omega是一款用于多序列比对的开源软件，它采用了无穷大距离算法和HMM（Hidden Markov Models）对齐技术，能够同时比对多个序列。
该软件具有高效性、准确性、易用性等特点。
序列比对1. MAFFTMAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是一款用于序列比对的软件，它为几个序列比对提供一致性方法，具有很高的速度和准确性。
2. MUSCLEMUSCLE（Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation）是一种用于多序列比对的软件，具有高效、快速和准确的特点。
它通常比其他常用比对软件比对效果更好。
序列分析1. BiopythonBiopython是一款广泛使用的开源软件，它提供了一系列功能模块，用于生物学序列分析、序列搜索、序列比对等任务，支持多种文件格式，包括FASTA、GenBank、SwissProt等。
同时，Biopython还支持常用的生物信息学操作，比如生物序列翻译、基因组注释、进化分析等。
常用分子生物学软件(一)2024
常用分子生物学软件（一）引言概述：分子生物学软件在当今生物学研究中发挥着重要的作用。
它们以其功能强大和易用性而受到科研人员的青睐。
本文将介绍常用的分子生物学软件，并对它们的主要功能和特点进行详细说明。
正文：一、序列分析软件1. 序列比对软件- BLAST: 用于快速比对蛋白质或核酸序列与已知数据库中的相似序列。
- ClustalW: 对多个序列进行比对，并生成多序列比对结果。
2. DNA/RNA序列分析软件- Primer3: 用于设计引物序列。
- M-fold: 对RNA序列进行二级结构预测。
3. 蛋白质序列分析软件- GRAVY: 计算蛋白质氨基酸序列的相对水溶性。
- ProtParam: 提供氨基酸序列的各种生化性质分析。
4. 基因表达软件- ExPASy Translate: 用于将DNA序列翻译成蛋白质序列。
- Primer-BLAST: 用于设计引物并进行特异性检验。
5. 组学数据分析软件- Galaxy: 提供了一个高度集成的平台，用于处理和分析基因组学数据。
- Cytoscape: 用于可视化和分析分子和基因网络。
二、结构生物学软件1. 分子建模软件- Swiss-PdbViewer: 用于分子可视化和蛋白质模型构建。
- Autodock: 用于模拟蛋白质与小分子之间的相互作用。
2. 蛋白质结构预测软件- Rosetta: 提供了一种高效精确的蛋白质结构预测方法。
- I-TASSER: 通过蛋白质比对和拓扑结构模板识别，预测蛋白质三维结构。
3. 蛋白质结构比对软件- Dali: 用于比对两个或多个蛋白质结构，分析它们之间的结构和功能相似性。
- TM-align: 使用局部结构比对算法，对两个蛋白质的结构进行全局比对。
4. 蛋白质模拟软件- GROMACS: 用于分子动力学模拟和能量最小化。
- NAMD: 适用于分子动力学和分子模拟的高性能软件。
5. 蛋白质结构可视化软件- PyMOL: 用于可视化和分析蛋白质结构。
常用生物软件大汇总
常用生物软件大汇总生物软件是指由计算机技术应用于生物学研究的软件工具。
随着生物学研究的深入，生物软件层出不穷，涵盖了生物信息学、分子建模、基因组学、蛋白质研究、系统生物学等多个领域。
下面是一份常用生物软件的大汇总。
1.生物信息学软件：-BLAST：用于比对核酸或蛋白质序列的工具，常用于序列相似性分析和序列注释。
- ClustalW：用于多序列比对的软件，可以研究序列间的保守性和变异性。
-MEGA：用于分子进化分析的软件，可以构建进化树和进行序列比对。
-EMBOSS：一个开源的生物信息学软件套件，提供了一系列分析工具，如序列比对、序列注释、基因预测等。
-GROMACS：广泛应用于分子动力学模拟的软件，用于研究蛋白质和其他生物大分子的结构和动力学性质。
2.基因组学软件：- UCSC Genome Browser：用于浏览和分析基因组数据的工具，提供了丰富的基因组注释信息和功能预测。
- Ensembl：一个集成了多个物种基因组数据和功能注释的数据库，针对多物种基因组比对和注释提供了丰富的工具。
- TopHat和Cufflinks：用于RNA-Seq数据分析的工具，可以进行基因表达量估计和剪接变异分析。
- NCBI GenBank和EMBL：两个常用的基因序列数据库，包含了大量基因组和蛋白质序列数据。
3.蛋白质研究软件：-PyMOL：一个用于可视化蛋白质结构的工具，可以进行蛋白质结构的可视化、分析和交互式操作。
- Rosetta：用于蛋白质结构预测和蛋白质折叠研究的软件，可以通过模拟和优化预测蛋白质的三维结构。
- Swiss-model：一个用于模拟蛋白质结构的工具，可以根据已知的蛋白质结构进行模拟和预测。
-PDB：以蛋白质结构为基础的数据库，提供了大量已知的蛋白质结构数据。
4.系统生物学软件：- Cytoscape：用于生物网络分析的工具，可以可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等。
-MATLAB和R：两个常用的统计和计算工具，可以用于生物网络建模、模拟和数据分析。
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31、只有永远躺在泥坑里的人，才不会再掉进坑里。——黑格尔 32、希望的灯一旦熄灭，生活刹那间变成了一片黑暗。——普列姆昌德 33、希望是人生的乳母。——科策布 34、形成天才的决定因素应该是勤奋。——郭沫若 35、学到很多东西的诀窍，就是一下子不要学很多。——洛克
生物学常用软件简介
36、如果我们国家的法律中只有某种 神灵， 而不是 殚精竭马克·吐 温 37、纲纪废弃之日，便是暴政兴起之 时。— —威·皮 物特
38、若是没有公众舆论的支持，法律 是丝毫 没有力 量的。 ——菲 力普斯 39、一个判例造出另一个判例，它们 迅速累 聚，进 而变成 法律。 ——朱 尼厄斯