长链非编码RNA整体实验
RNA Pull down实验相关问题解答
RNA Pull down实验相关问题解答长链非编码RNA(longnoncodingRNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200bp以上；研究表明，lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控。
随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被注释，但是绝大多数的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的科研价值和意义。
其中RNA Pull-down技术为lncRNA生物学功能的验证起到了至关重要的作用。
RNA Pull-down结合了体外转录与生物素标记、质谱技术，是研究非编码RNA与蛋白质相互作用的一大利器。
由于实验程序较多、RNA的易降解性，加上一些不可预知的变量，因此实验存在一些难度，常常导致实验的失败。
对于试验中常常出现的棘手的问题，金开瑞经过实践，总结了一套行之有效的应对方策，现在就和我们一起来看看吧！lncRNA实验问答1、RNA Pull-down拉下蛋白PAGE电泳银染条带颜色浅且模糊？①选取的组织或细胞样品其中互作蛋白表达量很低；②体外转录得到的RNA降解或者不是全长；③Pull-down实验孵育时间不长。
④其他2、PAGE电泳银染背景深？①样品杂蛋白太多；②银染显色时间过长。
③其他3、RNA Pull-down拉下蛋白银染后看不到互作蛋白：①选取的RNA序列不对；②样品中没有表达互作的蛋白质。
③互作蛋白浓度低，银染图肉眼观察不到差异条带。
④其他更多建议：①lncRNA序列前期验证要完善；②选择相应蛋白质表达量较高的组织或细胞样品；③体外转录选择转录质量高的试剂盒，操作过程避免Rnase的污染；④保证RNA Pull-down实验中探针标记以及探针与蛋白的结合充分进行（依据体外转录RNA 的量，样品裂解液蛋白浓度）；⑤尽可能多将洗脱的蛋白电泳（同时可以避免显色时间过长）好啦，这次就和大家分享这么多啦，如果您在RNA Pull-down实验中遇到困惑，可以随时与我们取得联系哦，我们将及时帮您解决！最后，祝大家实验顺利！生活愉快！。
长链非编码RNALINC01116通过AGO1调控食管鳞癌细胞迁移和侵袭演示课件
胞侵袭能力的影响。
对照组（空载体转染）
02
将空载体转染至食管鳞癌细胞中，作为实验组的对照，以排除
转染本身对细胞侵袭能力的影响。源自AGO1抑制组03
在过表达LINC01116的同时，抑制AGO1的表达，以探究
LINC01116是否通过AGO1调控食管鳞癌细胞的迁移和侵袭。
结果分析与讨论
LINC01116过表达对食管鳞癌细胞侵 袭能力的影响：实验组细胞的侵袭能 力显著高于对照组，表明LINC01116 过表达能促进食管鳞癌细胞的侵袭。
长链非编码RNA在食管鳞癌中作用机制总结
要点一
长链非编码RNA在食管鳞癌中的 表达特征
总结长链非编码RNA在食管鳞癌中的表达特征，包括表达 水平、表达模式以及与临床病理特征的关系等。这些特征 有助于深入了解长链非编码RNA在食管鳞癌发生发展中的 作用。
要点二
长链非编码RNA通过AGO1调控 食管鳞癌细胞迁移和侵袭…
不同浓度处理组
设立不同浓度的长链非编码 RNALINC01116或AGO1处理组 ，观察浓度变化对细胞迁移能力 的影响。
不同时间处理组
设立不同时间点的长链非编码 RNALINC01116或AGO1处理组 ，观察时间变化对细胞迁移能力 的影响。
结果分析与讨论
数据统计与分析
对实验数据进行统计分析， 包括细胞迁移距离、迁移细 胞数量等指标的测量和比较
05
CHAPTER
分子生物学机制探讨
LINC01116对AGO1表达调控作用研究
LINC01116表达与AGO1表达相关性分析
通过实时荧光定量PCR等技术，检测食管鳞癌组织中LINC01116和AGO1的表达水平，并分析二者之间的相关性 。结果表明，LINC01116的表达与AGO1的表达呈正相关，提示LINC01116可能参与调控AGO1的表达。
非编码RNA研究方法及应用之长链非编码RNA(106页)
与DNA的相互作用
以染色体免疫共沉淀(ChIP)和RIP技术的原理为 基础，使用染色体RNA免疫共沉淀(ChRIP)来 识别与特殊染色体标签相互作用的RNA。
lncpath?芯片聚焦于与特定的信号通路或疾病相关的lncrna通过同时检测lncrna及其潜在的靶基因快速建立lncrna的调控机制及其与生物学功能之间的联系mirna与lncrna在基因表达调控中的作用机制典型lncrna研究文章思路生命活动的调控是蛋白组转录组和ncrna等多个层面的共同作用
长链基因间lncRNA（Longintergenic lncRNAs，lincRNAs）， 以LINC为前缀，数字为后缀，eg: LINC00485。
此外，有些lncRNA与编码基因是头碰头（headto head）， 可推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐将其命名为反义上 游（Antisense upstream，AU），例如，GENE2-AU1。
lncRNA的命名应尽可能的反映其功能，如XIST基因是 “X(inactive)-specific transcript”的缩写，该基因的作用是 参与沉默一对X染色体的转录。命名的时候尽量反映基因通 常的功能，而不体现其突变表型。其命名应简洁明了，不 应包含以下信息：
*具有攻击或轻蔑的色彩。*具有个人及地方色彩。
5. 表达调控：将lncRNA表达与其他领域相结合，解释 lncRNA调控机理。
DNA甲基化：可通过检测相应基因甲基化差异与 lncRNA结合分析。
长链非编码RNA(lncRNA)参与天然免疫应答调控机制的研究进展
细胞与分子免疫学杂志（Chin J Cell Mol ImmU n〇l)2021, 37(2)185 .综述. 文章编号：1007-8738(2021 )02*0185>06长链非编码R N A(ln cR N A)参与天然免疫应答调控机制的研究进展滕培英，亢涛，辛斯琪，陈伟*(昆明理工大学医学院病原学微生物实验室，云南昆明650500)[摘要]长链非编码RNA(lnC R N A)长度大于200个核苷酸，具有多种生物学功能。
我们主要总结了 IncRNA在单核巨噬细胞 和树突状细胞中的天然免疫应答机制以及IncRNA导向、海绵以及与蛋白质相互作用等生物学功能。
同时，也重点叙述了其在 天然免疫应答核因子k B(N F-k B)信号通路中的调控作用和IncRNA在病毒与宿主相互作用中的重要作用。
强调了宿主抗病毒 反应的调控网络，IncRNA在生物学与免疫学领域进行跨学科研究的需求，以加深对病毒发病机制的理解。
[关键词]长链非编码R N A(lncR N A);天然免疫；核因子k B(N F-k B)信号通路；病毒；综述[中图分类号]R392.12, R293. 11, G353.l l[文献标志码]A长链非编码R N A (long non-coding R N A s,I n c R N A)是转录本长度大于200核苷酸且不具备蛋 白编码功能的非编码R N A(n o n-coding R N A,n c R N A)的总称[1]，作为哺乳动物基因组功能注释(Functional Annotation O f the M a m m a l i a n G e n o m e s，F A N T0M)项目的一部分，最初是由日本科学家在对小鼠全长 c D N A文库进行大规模测序中发现[2]。
目前，在G E N C0D E(ver.29)人类基因组数据库中记录了16 066个I n c R N A基因和29 566个I n c R N A转录本。
LncRNA（长链非编码RNA）测序
1、性价比高：最少量的样品，一次测序可得到数百万条序列，单次运行可经济分析多个样品； 2、技术稳定，建库重复性好：同一样本重复建库相关性P值大于0.993； 3、数据量产出大：基于高通量测序技术，可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息，有利于提高后续分析结果的准确性和全面性； 4、分析结果全面：不局限于对已知lncRNA的研究，还可预测和研究潜在的lncRNA分子；
瘤样本和正常样本进行分析，发现了406个有差异表达的lncRNA。该研究找到了中国人群特异的融合基因，同时还鉴定了大量的差异表达 的lncRNA。通过对lncRNA和基因表达的关系分析显示，lncRNA有可能有转录调控之外的其他功能。这些研究结果为进一步了解前列腺癌的诊 断、发病演化机制和种族差异性提供了新的线索。
5、灵敏度高：数字化信号，灵敏度高，可以准确检测到痕量表达的lncRNA；
6、除人和鼠外，还可应用于其他真核物种，可共同制定定制化研究方案。
样品类型： 总RNA；
样品浓度：≥200 ng/行，因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量（不包括样品检测损 耗）；
样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值；无基因组DNA污染；
RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5。（据送样日最近的电泳结果） 采用RNA-seq测序技术，对14个中国前列腺癌病人的转录组进行全面分析，结果在每个样本中平均发现了1599的模版将于2周后被下线请您及时更换
LncRNA（长链非编码 RNA）测序
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs, lncRNAs)是一类长度超过200nt的RNA，且不参与编码蛋白质功能（不含 rRNA），广泛分布于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多个水平的调控过程，在生命机体活动中起 到重要的作用。lncRNAs测序是运用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析，可以一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs 信息，为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具与策略。
长链非编码RNA的功能及机制研究
长链非编码RNA的功能及机制研究在生命的基本单位——细胞中，存在着大量的DNA序列，而这些序列并不全都编码蛋白质。
其中，90%以上的DNA被认为是人类基因组中的“垃圾”DNA，也就是我们常说的非编码DNA。
然而，我们现在已经明确地知道，在非编码DNA序列中，还存在着一种称为长链非编码RNA的分子，它在调控细胞生物学过程中起到了重要的作用。
长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指那些长度超过200个核苷酸的RNA分子，它们既不被翻译成蛋白质，也不参与到基因转录后的RNA翻译中去。
可以说，lncRNA是细胞内维持正常生理状态中必不可少的调控分子。
虽然lncRNA不具备编码蛋白质的能力，但其化学特性与功能多样性使其在细胞调控中显得异常重要。
相较于编码RNA(mRNA)的调控机理，lncRNA研究尚属于相对年轻的领域，其功能和作用机理也仍然存在许多未解之谜。
但在近十年的研究中，人们逐渐揭示了lncRNA的复杂性，发现它在调控基因表达和细胞生物学过程中发挥着重要的作用，并与一系列疾病的发生和发展密切相关，如肝癌、胃癌、肺癌和心血管疾病等。
因此，对lncRNA的研究不仅有助于我们更完整地了解基因表达调控机制，还有助于我们对各种疾病的产生及其机制有一个更深刻的认识。
lncRNA调控基因表达的机制复杂多样。
一方面，lncRNA与DNA形成三维结构，影响染色质的可读性和开放程度，从而调控基因转录；另一方面，lncRNA通过与RNA、蛋白质相互作用，影响RNA的剪切、稳定或降解，进而调控基因表达。
值得注意的是，lncRNA的作用往往是更加复杂的，一个lncRNA可能与多个互相关联的分子相互作用、调节多个基因的表达，进而影响整个细胞的生物学特性，甚至影响整个生物体的生长和发育。
研究表明，lncRNA作为起部组织基因表达的分子开关具有重要的意义。
在细胞分化过程中，lncRNA可以通过不同的机制调节转录因子的表达，从而影响组织特异性基因的表达和分化。
长链非编码rna的提取
长链非编码RNA的提取随着生物学研究的深入，越来越多的非编码RNA被发现并引起了人们的关注。
其中，长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）因其长度超过200nt，具有多种生物学功能，成为研究热点之一。
但是，lncRNA的提取仍然是一个难点问题。
本文将介绍lncRNA的提取方法。
一、lncRNA的提取方法1. 细胞培养法细胞培养法是一种常用的lncRNA提取方法。
该方法的具体步骤为：首先，将细胞培养至适当的时间，使其达到一定的密度；然后，将细胞收集后进行总RNA提取；最后，使用反转录酶将RNA转录为cDNA，进行进一步的分析。
2. 组织切片法组织切片法是一种直接从组织中提取lncRNA的方法。
该方法的步骤为：首先，将组织切片并处理至细胞完整；然后，进行总RNA的提取；最后，同样使用反转录酶将RNA转录为cDNA，进行进一步的分析。
3. 聚合酶链式反应法聚合酶链式反应法是一种快速、准确的lncRNA提取方法。
该方法的步骤为：首先，将RN A进行反转录，得到cDNA；然后，使用聚合酶链式反应扩增所需的lncRNA片段；最后，进行进一步的分析。
二、lncRNA的应用lncRNA在许多生物学过程中都发挥着重要的作用。
例如，在肿瘤中，lncRNA可以作为潜在的生物标志物和治疗靶点。
另外，lncRNA还可以参与基因表达、细胞分化、细胞凋亡等多种生物学过程。
三、lncRNA的研究进展随着lncRNA研究的深入，越来越多的lncRNA被发现并被证明具有重要的生物学功能。
例如，HOTAIR在肿瘤中的作用已经被广泛研究。
此外，越来越多的研究表明lncRNA在多种生物学过程中发挥着重要的作用，这些发现为lncRNA的研究提供了新的思路和方向。
综上所述，lncRNA的提取是研究lncRNA的关键步骤之一。
目前，常用的lncRNA提取方法包括细胞培养法、组织切片法和聚合酶链式反应法。
随着lncRNA研究的深入，越来越多的lncRNA被发现并被证明具有重要的生物学功能。
长链非编码RNALncRNA研究，读这篇文章就足够了！
长链非编码RNALncRNA研究，读这篇文章就足够了！1.认识一下长非编码RNA定义非编码RNA (non-coding RNA，ncRNA)指不翻译成多肽的RNA。
按照长度不同，短于200nt的归为小非编码RNA (small ncRNAs，sncRNAs)，长于200nt的归为长非编码RNA (long ncRNAs，lncRNAs)。
分类根据染色体上与编码基因的相对位置将lncRNA分为反义型(antisense lncRNAs)、内含子型(intronic lncRNAs)、反向型(divergent lncRNAs)、基因间型(intergenic lncRNAs)、启动子上游型(promoter upstream lncRNAs)、启动子型(promoter-associated lncRNAs)、转录起始位点型(transc ription start site-associated lncRNAs) [1, 2] (图1)。
图1. 根据染色体上与编码基因的相对位置对ncRNA进行分类。
lncRNAs作用范围广泛，机制非常复杂，这里从基因调控的角度重点讲一讲。
为了方便大家的理解，咱们来看看lncRNA的特点。
简单讲，lncRNA的本质是RNA，是由核苷酸组成的长链，有以下几个优势：(1) 可以轻松的与同源DNA序列(转录lncRNA的基因以及序列相似的基因)结合；(2) 可以轻松的与同源RNA序列结合；(3) 其丝带般的特点可以折叠成复杂的二级结构，轻松与多种蛋白质结合。
也就是说，lncRNA情商极高，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋白质)关系紧密。
这样八面玲珑的lncRNA那肯定是相当吃得开啊。
2.lncRNA参与转录前调控顾名思义，转录前调控就是对转录事件发生之前的准备阶段进行调控，主要指染色质开放或关闭状态的调控——想要使原来不转录的基因开启转录，就需要染色质从关闭状态转换为开放状态；想要使原来转录的基因不再转录，就需要染色质从开放状态转换为关闭状态。
长链非编码RNA的功能和机制研究
长链非编码RNA的功能和机制研究RNA分为编码RNA和非编码RNA两类。
编码RNA主要参与蛋白质合成，而非编码RNA则没有这一功能，但二者在细胞内的调控作用是不可替代的。
长链非编码RNA (lncRNA)是近年来受到广泛研究的一个领域，它们在调节基因表达、细胞发育、疾病发生等方面发挥着重要作用。
lncRNA的功能机制lncRNA是一种长度超过200个核苷酸的非编码RNA，其功能机制复杂多样。
lncRNA可以通过与蛋白质相互作用，形成复合物从而调节基因表达、转录、剪接等生物学过程。
此外，lncRNA还可以作为miRNA的“海绵”扮演重要角色。
它们能够与miRNA竞争结合，从而抑制miRNA在靶基因上的作用，进而影响基因的表达。
另外，lncRNA还可以自身参与转录调控和基因剪接，通过与蛋白质相互作用形成复合物，直接干预基因的转录与剪接过程。
比如，lncRNA Xist是一种影响X染色体失活的RNA分子，在胚胎发育早期，Xist RNA可以干扰整个染色体的转录，引发周围基因的沉默。
在疾病的发生过程中，lncRNA也发挥着至关重要的作用。
许多lncRNA与癌症、神经退行性疾病等常见疾病相关联，例如，生长耗竭相关RNA（GAS5）参与癌细胞增殖和凋亡过程。
肝细胞癌细胞上调化四联蛋白A2前体RNA (HULC)政府还可以通过调节miR-200a促进恶性肿瘤的发生。
lncRNA的研究方法lncRNA在功能上的多样性、动态性和低表达量等特点，使得其的研究方法与研究中的困难相对应。
目前，研究lncRNA主要采取以下方法：1. 将RNA转录成cDNA后，通过定量PCR的方法检测其表达水平。
2. 采用RNA组测序技术，得到高通量的RNA测序数据，进而鉴定出新的lncRNA。
3. 通过RNA FISH技术观察lncRNA在细胞内分布位置和表达量的变化。
4. 利用下游分析工具，进行不同基因表达谱之间的比较，寻找与lncRNA共表达的基因和通路。
《甜瓜果实发育相关长链非编码RNA的鉴定及调控作用研究》范文
《甜瓜果实发育相关长链非编码RNA的鉴定及调控作用研究》篇一一、引言随着生物技术的不断进步，非编码RNA在植物生长发育过程中的作用逐渐受到关注。
长链非编码RNA（Long Non-Coding RNAs，lncRNAs）作为一类重要的非编码RNA，在多种生物过程中发挥着关键作用。
近年来，关于甜瓜果实发育过程中长链非编码RNA的研究逐渐增多，这些研究有助于揭示甜瓜果实发育的分子机制。
本文旨在鉴定甜瓜果实发育过程中的关键长链非编码RNA，并探讨其调控作用。
二、材料与方法（一）材料本实验选用不同发育阶段的甜瓜果实作为实验材料，包括未成熟、成熟和衰老等不同阶段的果实。
（二）方法1. RNA提取与测序：采用RNA提取试剂盒提取各阶段甜瓜果实的总RNA，并进行测序。
2. 长链非编码RNA的鉴定：通过生物信息学分析，筛选出差异表达的长链非编码RNA。
3. 表达模式分析：采用实时荧光定量PCR技术，分析长链非编码RNA在不同发育阶段果实的表达模式。
4. 功能验证：通过基因敲除、过表达等技术手段，验证长链非编码RNA在甜瓜果实发育中的调控作用。
三、结果与讨论（一）结果1. 长链非编码RNA的鉴定：通过对测序结果进行生物信息学分析，成功鉴定出多个与甜瓜果实发育相关的长链非编码RNA。
2. 表达模式分析：实时荧光定量PCR结果表明，这些长链非编码RNA在不同发育阶段的表达模式具有显著差异。
其中，某些长链非编码RNA在果实发育的关键时期表现出明显的上调或下调趋势。
3. 功能验证：通过基因敲除和过表达等技术手段，验证了部分长链非编码RNA在甜瓜果实发育中的调控作用。
例如，某些长链非编码RNA的过表达能够促进果实的发育和成熟，而敲除则导致果实发育受阻或成熟延迟。
（二）讨论本研究成功鉴定了多个与甜瓜果实发育相关的长链非编码RNA，并对其调控作用进行了初步探讨。
这些研究结果为进一步揭示甜瓜果实发育的分子机制提供了重要线索。
同时，也为利用基因工程技术改良甜瓜品质和产量提供了新的思路和方法。
非编码RNA研究技术总结讲解学习
非编码RNA研究技术总结讲解学习非编码R N A研究技术总结非编码RNA研究技术总结长链非编码RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是一类长度＞200bp的RNA，由RNA聚合酶Ⅱ转录，lncRNA具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。
LncRNA发挥功能的方式很广，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控。
主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥ceRNA、增强子RNA 作用等，从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
非编码RNA可火了，miRNA大火烧了十几年，现在慢慢地把lncRNA的领域也给点着了。
现在可能连实验室的插枪头阿姨都知道绝大多数的RNA分子并不翻译，这非编码RNA(noncoding RNA)，包括miRNA、lncRNA等。
目前主要研究方向集中在非编码RNA 及其相互结合的DNA、RNA、蛋白质等科学问题，而科学问题的解答依赖于实验技术的创新使用和革命。
IncRNA可以海陆空全面调控细胞功能，厉害了，其实主要指lncRNA，而miRNA、siRNA主要作用于mRNA层面，本文按非编码RNA的三个调控维度，就当前主要的实验技术简单介绍一下。
(一)DNA维度1）作用的ncRNA类型：lncRNA等2）研究方法介绍有：和DNA序列结合的调控目的无非是①阻止下游基因的转录②把转录因子、甲基化酶等招惹过来修饰DNA序列。
他们的共同特点是和解链的DNA的某一条链结合，那么研究方法包括1. RNA原位杂交(RNAin situ hybridization)检测该ncRNA是否位于核内，如果不在核内，那就不用考虑和DNA作用了。
RNA原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精确定量定位的过程。
原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。
根据RNA 序列设计cDNA、cRNA探针，对目标进行定位。
长链非编码RNA的生物功能与应用研究
长链非编码RNA的生物功能与应用研究长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一种长度大于200 nt的RNA分子，不参与蛋白质编码，但在调控基因表达、细胞命运决定、疾病进展等方面扮演重要角色。
近年来，对lncRNA的研究日益深入，其生物功能和应用前景备受关注。
一、lncRNA的生物功能lncRNA具有复杂的结构和多种生物学功能。
其中一些lncRNA优先存在于细胞核内，参与染色质结构和功能的调控，例如XIST、HOTAIR；另一些lncRNA主要分布于细胞质内，参与基因转录和翻译的调控，例如MALAT1、NEAT1。
lncRNA还可以通过维持基因去活化、促进转录后修饰和剪接等机制调节基因表达。
例如，lncRNA-SNHG14、lncRNA-NR2F1-AS1等参与着细胞增殖、分化和凋亡的调控。
二、lncRNA在疾病中的作用随着对lncRNA功能的深入研究，越来越多的证据表明，lncRNA在疾病中发挥着关键作用。
例如，多种癌症中表达上调的MALAT1、HOTAIR等lncRNA已被证实参与癌细胞的增殖、转移和侵袭，是癌症发生和进展的关键因素。
另外，一些lncRNA与心血管疾病、神经退行性疾病、免疫相关疾病等的发生和发展也有密切的关系。
三、lncRNA的应用前景除了在基础生物学研究中发挥重要作用外，lncRNA还具有广泛的应用前景，包括癌症治疗、疾病诊断、药物靶点筛选等。
例如，利用lncRNA扮演的调控角色，可以设计和开发针对癌症和疾病特异性lncRNA靶向治疗药物，避免传统化疗方法的副作用。
此外，lncRNA还可以作为疾病诊断的生物标志物，根据lncRNA表达模式和水平的变化实现快速、准确的疾病诊断。
此外，lncRNA 在药物靶点筛选和药物毒性评估方面也有潜在应用。
四、研究进展及展望近年来，随着高通量测序和生物信息学技术的发展，lncRNA 研究水平也不断提高。
越来越多的lncRNA被鉴定出来，并揭示了新的生物学功能和作用机制，为治疗和预防疾病提供了新思路。
细胞生物学研究长链非编码RNA的功能与途径
细胞生物学研究长链非编码RNA的功能与途径近年来，长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）的研究受到广泛关注。
相对于编码蛋白质的mRNA，lncRNA不具备翻译成蛋白质的能力，而在细胞中扮演着调节基因表达和参与细胞生理生化过程的重要角色。
lncRNA在不同细胞和组织中具有差异性表达，其细胞定位也不尽相同，这表明lncRNA在不同的细胞类型和细胞状态下可能具有不同的功能。
在细胞内，lncRNA可以通过多种途径发挥其生物学功能，包括染色质修饰、RNA剪切、转录后调控等方面。
一、染色质修饰一部分lncRNA通过与染色质修饰相关酶结合调控基因表达。
例如，lncRNA Xist可以通过与多种修饰染色质特征的酶相互作用，实现对雌性胚胎中X染色体的沉默。
另外，lncRNA也可以通过参与修饰转录因子和核小体组装的过程，调控基因表达。
例如lncRNA HOTAIR通过与多种转录因子结合参与组织胚层来源转录因子（PRC2）介导的组蛋白甲基转移酶动态修饰基因，从而影响转录后调控和异染色质沉默。
二、RNA剪切RNA剪切是调控基因表达的重要方式之一，lncRNA的剪切也可以通过转录后特定的RNA剪接机制，实现对基因表达的调节。
例如lncRNA MALAT1的某些剪接产物可以参与细胞核和质的搬运；而在肿瘤形成过程中，MALAT1通过特定的剪接事件获得另一种产物，具有促进肿瘤生长和转移的功能。
三、转录后调控lncRNA在转录后调控中的作用也备受关注。
lncRNA和mRNA一样也可以与RNA结合蛋白形成复合物，参与转录后调控。
例如，lncRNA H19可以与多种RNA结合蛋白，影响母源破裂、移植和基因表达程度等多方面生物水平，参与调控活动细胞的生理代谢。
在这个过程中，lncRNA与DNA、RNA和蛋白质之间的相互作用，共同参与基因表达和调节阶段。
同时，在转录后调控中，lncRNA的表达水平和在细胞核和质中的定位是影响其生物学功能的关键因素。
长链非编码RNA研究进展
长链非编码RNA研究进展一、本文概述长链非编码RNA（Long Non-coding RNAs，lncRNAs）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，它们并不编码蛋白质，却在多种生物过程中发挥着重要的调控作用。
近年来，随着高通量测序技术和生物信息学分析的飞速发展，lncRNA的研究取得了显著进展，成为生物医学领域的研究热点。
本文将对长链非编码RNA的研究进展进行全面的综述，包括其定义、特点、功能及其在各种生物过程中的作用，并探讨其未来的研究方向和应用前景。
在概述部分，我们将首先介绍lncRNA的基本概念和特点，包括其长度、结构、表达方式等。
接着，我们将概述lncRNA在基因组中的分布和表达方式，以及它们与编码基因的关系。
我们还将简要介绍lncRNA的调控机制和功能，包括它们如何通过与DNA、RNA和蛋白质相互作用来调控基因表达。
随着研究的深入，lncRNA在多种生物过程中的作用逐渐被发现。
在本文中，我们将重点介绍lncRNA在细胞分化、发育、增殖、凋亡以及疾病发生发展过程中的作用。
我们还将探讨lncRNA作为疾病标志物的潜力以及在临床诊断和治疗中的应用前景。
在概述部分，我们将总结当前lncRNA研究的主要成果和挑战，并展望未来的研究方向。
我们相信，随着研究的深入和技术的发展，lncRNA 将为我们揭示更多生物过程的奥秘，为生物医学领域的发展带来新的机遇和挑战。
二、lncRNA的分类与功能长链非编码RNA（lncRNA）是一类转录本长度超过200个核苷酸的RNA 分子，它们并不编码蛋白质，但在多种生物过程中发挥着重要的调控作用。
随着研究的深入，lncRNA的分类与功能逐渐被人们所揭示。
根据lncRNA的生成机制、基因组位置以及与邻近基因的关系，可以将其大致分为以下几类：基因间lncRNA：这类lncRNA位于两个编码基因之间，不重叠任何已知的编码区。
内含子lncRNA：由编码基因的内含子转录而来，它们与宿主基因共享相同的剪接模式。
长链非编码RNA的作用机制及其研究方法
Acting mechanisms and research methods of long noncoding RNAs
XIA Tian, XIAO Bing-Xiu, GUO Jun-Ming
Department of Biochemistry and Molecular Biology, Ningbo University School of Medicine, Zhejiang Provincial Key Laboratory of Pathophysiology, Ningbo 315211, China Abstract: Long noncoding RNAs (lncRNAs) play biological roles through a variety of mechanisms, including genetic imprinting, chromatin remodeling, cell cycle control, splicing regulation, mRNA decay, and translational regulation. LncRNAs are involved in the regulation of gene expression through the above mechanisms in different levels. Establishment and application of research technologies are important in understanding of lncRNAs functions. Microarray, RNA sequencing, Northern blot, real time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction, fluorescence in situ hybridization, RNA interference, and RNA-binding protein immunoprecipitation are major tools of exploring biological functions of lncRNAs. Here, we highlighted three advanced methods, i.e., fast predictions of RNA and protein interactions and domains (catRAPID), chromatin isolation by RNA purification (ChIRP), and combined knockdown and localization analysis of noncoding RNAs (c-KLAN). Keywords: long noncoding RNAs (lncRNAs); acting mechanisms; gene expression regulation; research methods
长链非编码RNA的分离与结构研究
长链非编码RNA的分离与结构研究
长链非编码RNA是一类RNA，其长度通常超过200nt，并且不编码蛋白质，
它们在生物体内的功能多种多样，可以参与到基因转录、转录后调控和细胞信号传导等多个生命过程中。
如今，研究长链非编码RNA的重要性越来越被人们所重视。
因此，分离和结构研究长链非编码RNA成为了当前RNA研究的前沿领域。
一、长链非编码RNA的分离
目前，长链非编码RNA的分离常用的方法主要有两种：基于大小的分离和基
于特异性识别的分离。
基于大小的分离通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）或封闭孔凝胶电泳（denaturing polyacrylamide gel electrophoresi，DPAGE）完成。
此外，还有一些商
业化的技术，如根据RNA的大小分离的hgistrationTM RNA purification kit和
Trizol reagent等。
基于特异性识别的分离针对的是非编码RNA的序列特征，该方法可以使用
RNA亲和柱、标记探针、克隆纯化等多种技术，如反向遗传学、 biotin pulldown
和RNA CRISPR等。
相对于基于大小的分离，这种方法可以快速高效地分离出特
定的RNA.
二、长链非编码RNA的结构研究
RNA分子的结构给生命科学带来了重要的视角，它们不仅存在于生物体内，
而且对生物体内的许多过程都有调控的作用。
目前，研究RNA分子结构的方法主
要有： X射线晶体学、核磁共振、cryo-EM和化学纤维学等。
其中，Cryo-EM是
应用最广泛的一种技术。
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长链非编码RNA“勇敢的心”
长链非编码RNA“勇敢的心”非编码RNA是近十几年以来生命科学领域的研究热点，从异常火爆的miRNA到风靡世界的lncRNA再到目前如火如荼的circRNA。
非编码RNA一次又一次吸引了无数研究者眼球。
2013年，来自麻省理工和哈佛医学院的研究人员在《Cell》上发表了题为“Braveheart, a Long Noncoding RNA Required for Cardiovascular Lineage Commitment”的文章。
作者发现并阐述了小鼠心脏中一个重要的长链非编码RNA Braveheart（Bvht）在维持心血管发育中的重要作用。
Bvht是小鼠心脏相关的一种lncRNA；胚胎干细胞中，Bvht对于心血管谱系维持起着重要的调控作用；Bvht 通过调控下游Mesp1（心血管祖细胞调控因子）调控心脏核心基因网络；Bvht与PRC2相互作用后参与心脏决定的表观遗传调控。
首先，作者通过ESC细胞系和成年小鼠的三个组织包括脑，肝脏和骨骼肌（分别从三胚层中发育而来的）RNAseq中找到Bvht （AK143260）（图1A），发现其特异性的表达在ESC和心脏。
作者通过RACE（cDNA末端快速扩增技术）和Northern 技术，结合RNAseq结果，得到lncRNA 的序列（图1B，1C）。
并发现其特异性的表达在小鼠中。
图一其次，作者发现Bvht并不是维持ESC自我更新及ESC整体分化所必须的（图2A），但对于ESC 向心脏谱系分化有着特殊的功能（图2B，2C，Bvht干扰之后发现肌钙蛋白RNA和蛋白水平显著降低）。
图二通过对Bvht敲除后Embryoid body（EB）的RNAseq数据分析，发现Bvht下调后与心脏功能血管形态相关的一系列基因显著下调（图3A），其中Messp1是这个基因网络中第一个下调的转录因子。
之后，作者通过比较Bvht敲除和Messp1过表达的EB细胞的RNAseq结果（图3B），结合其他生物学实验（图3C）证实了Bvht是Messp1上游且两者发挥类似的生物学功能。
长链非编码rna的提取
长链非编码rna的提取
长链非编码RNA（lncRNA）是一类具有重要生物学功能的非编码RNA，其长度通常大于200个核苷酸。
近年来，越来越多的研究表明，lncRNA在基因表达调控、细胞周期调控、信号转导、细胞分化和肿瘤发生等生物过程中发挥着重要作用。
因此，研究lncRNA的提取方法对于分析其生物功能具有重要意义。
目前，常用的lncRNA提取方法包括总RNA提取、多聚物酶链反应（RT-PCR）和RNA-Seq。
其中，总RNA提取法是最常用的方法之一，可以同时提取mRNA和lncRNA。
该方法需要使用一些专门的试剂盒，如TRIzol、Qiagen RNeasy Mini Kit等，可根据实验需求选择。
多聚物酶链反应法则是一种用于分析lncRNA表达水平的标准方法，可以在一定程度上衡量特定lncRNA的表达。
而RNA-Seq则是一种高通量测序技术，可以同时检测各种类型的RNA，包括lncRNA，为全面分析lncRNA的表达和功能提供了新的思路。
总之，lncRNA是一个新兴的研究领域，其提取方法的不断完善将有助于更深入地挖掘其生物学功能。
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一、非编码RNA（Non-coding RNA）介绍1、非编码RNA（Non-coding RNA）是指不编码蛋白质的RNA。
其中包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 、microRNA 和lncRNA等多种已知功能的 RNA，还包括未知功能的RNA。
目前主要研究方向集中在非编码RNA及其相互结合的DNA、RNA、蛋白质等科学问题，而科学问题的解答依赖于实验技术的创新使用和革命。
2、长链非编码RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是一类长度＞200bp的RNA，由RNA聚合酶Ⅱ转录，lncRNA具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。
LncRNA发挥功能的方式很广，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控。
主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥ceRNA、增强子RNA作用等，从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
3、LncRNA火热的十年。
近年来，LncRNA相关研究在国内外的热度居高不下，早在1991年，Xist 调控X染色体的失活就登上Nature，但当时认为这只是一种特殊情况。
2007年Howard Chang在Cell上发表题为“Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs”的论文，正式开启了LncRNA火热的十年。
谷歌学术显示该文章引用量高达2854次二、LncRNA详解下面从以下5个方面来介绍LncRNA：LncRNA的定义、LncRNA的发现、LncRNA的分类、LncRNA的功能以及LncRNA的作用模式1、LncRNA的定义LncRNA(Long non-coding RNA)，是长度大于200个核苷酸的非编码RNA，一些LncRNAs，长度超过90kb，也被称为macroRNA，如 Airn 和KCNQ1OT1。
标准“非编码”是指在转录本中缺少开放阅读框和/或保守密码子，2011年 Cell发表论文表明LncRNA可以被核糖体吸引，其中一些能翻译产生小肽。
编码肽的能力与转录产物充当功能性RNA的能力并不一定冲突，事实上，越来越多的证据表明双功能转录产物既可以作为蛋白质模板，也可以作为LncRNAs。
Cell论文证实LncRNA能翻译产生小肽2、LncRNA的发现LncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。
然而，1991年，Nature等杂志刊文证实 Xist参与X染色体失活的调控（图4）。
此后越来越多的研究表明，LncRNA在众多生命活动过程中发挥重要作用，LncRNA开始引起人们广泛的关注。
再加上二代测序技术的发展，大量 LncRNA 被发现。
发现Xist参与X染色体失活3、LncRNA的分类1）正义LncRNA，与编码基因的一个或多个外显子重叠；2）反义转录产物，与相反链上的转录产物部分或完全互补；3）内含子LncRNA，由基因的内含子产生；4）双向转录产物，与蛋白质编码基因共享相同的启动子，但转录方向相反；5）基因间LncRNAs（LincRNA），由位于蛋白质编码基因之间的序列独立转录；6）增强子RNA（eRNA），由蛋白质编码基因的增强子区域产生；7）circRNA，由转录产物剪接并形成共价闭合的环状RNA。
注：该处将circRNA归类于LncRNA4、LncRNA的功能LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，也与包括癌症在内的多种疾病息息相关，也正因此成为生命科学领域的研究热点。
RNA不仅仅是承担遗传信息中间载体的辅助性角色，而是更多地承担了各种调控功能。
LncRNA发挥功能主要依靠其二级结构，与蛋白质结合，可引起染色质重构、影响转录因子功能等。
另外，还可以在其线性水平与miRNA结合，间接影响mRNA表达，也可以直接与mRNA结合，影响mRNA翻译、剪切、降解过程。
LncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络的维度来认识生命体的复杂性开启新的天地。
但是目前对LncRNA的认知可以说还处在初级阶段，前路漫漫，还有许多需要探索。
5、LncRNA的作用模式LncRNA 的作用模式主要分为四大类: signal、decoy、guide、scaffold。
1）signal-信号LncRNA的第一种作用是调控下游基因转录。
已有的研究发现，不同的刺激条件和信号通路下，LncRNA将会被特异性地转录，并作为信号传导分子参与特殊信号通路的传导。
一些LncRNA分子被转录后，拥有调控下游基因转录的作用。
从生物体的角度而言，利用RNA进行转录调控是具有明显优势的，因为利用RNA进行调控，由于不涉及蛋白质的翻译，因此具有更好的反应速度，对于机体的某些急性反应可以做出更好更迅速的相应。
2）decoy-诱饵LncRNA的第二种作用是分子阻断剂。
这一类LncRNA被转录后，它会直接和蛋白（与这类LncRNA相互作用的蛋白都是转移因子/转录调节子）结合，从而阻断了该分子的作用和信号通路。
由于LncRNA的结合，这类转录因子的功能被阻断，从而调控下游的基因转录。
3）guide-引导第三种作用模式是LncRNA与蛋白结合（通常是转录因子），然后将蛋白复合物定位到特定的DNA序列上。
研究发现LncRNA介导的这种转录调控作用可以是顺式作用模式，也可以是反式作用机制，因此仅仅从LncRNA 的序列上是无法获得信息的。
4）scaffold-支架LncRNA 还可以起到一个“中心平台”的作用，即多个相关的转录因子都可以结合在这个LncRNA分子上。
在细胞机体中，当多条信号通路同时被激活，这些下游的效应分子可以结合到同一条LncRNA分子上，实现不同信号通路之间的信息交汇和整合，有利于机体/细胞迅速地对外界信号和刺激产生反馈和调节。
三、LncRNA的研究思路LncRNA的相关研究逐渐成为了当今生物医学最热门的研究领域之一。
近几年有关LncRNA研究的国自然立项数连年增长，2016年261项，2017年更是达到了345项，在这里讲一下LncRNA研究中经典的ABCD模式——A 基因通过B基因/信号通路在C疾病中发挥D功能。
先看一下以下这四篇影响因子5分左右的LncRNA研究的文章的题目。
以上4篇5分左右的LncRNA研究文章，从题目来看，都符合A基因通过B基因/信号通路在C疾病中发挥D功能的模式。
【嘉美实验课题实验分析】以长征医院李兵教授和陈万生教授作为通讯作者发表在《Cancer Letter》的 LncRNA-UCA1 exerts oncogenic functions in non-small cell lung cancer by targeting miR-193a-3p为例，来讲一下LncRNA 研究中典型的ABCD模式。
首先我们看一下该文章的题目：LncRNA-UCA1（A基因）通过靶向miR-193a-3p（B基因）在非小细胞肺癌（C疾病）中发挥致癌作用（D功能）。
可以说是完美符合ABCD模式。
1）确定研究对象C疾病——非小细胞肺癌本文的研究对象是肺癌，肺癌是最常见的癌症之一，并且是全世界癌症相关死亡率的主要原因。
非小细胞肺癌在诊断的肺癌病例中占大多数。
2）确定研究A基因——LncRNA-UCA1LncRNA-UCA1是人类尿路上皮癌相关的LncRNA, 最初在人类膀胱癌中被鉴定，调节和发挥致癌功能。
2014年，Li.等人报道UCA1通过mTOR-STAT3/microRNA143通路促进糖酵解，引发UCA1可能作为竞争性内源RNA（ceRNA），介导与靶标miRNA结合来发挥致癌作用的猜想，这一猜想随后在肝癌中被证实。
（1）本文作者首先在112对非小细胞肺癌组织和5种人类非小细胞肺癌细胞系中发现UCA1的表达增高，并且UCA1的高表达与预后不良有关，如下图：（2）随后进行体外实验验证，做了最常用的过表达和干扰的实验，在A549 和 H1299非小细胞肺癌细胞系中过表达和敲低UCA1，发现UCA1促进细胞增殖和克隆形成（如下图）。
说明异常表达的UCA1与非小细胞肺癌的恶性程度的确有关，但是UCA1通过什么机制来发挥其致癌活性仍是未知。
3）LncRNA-UCA1的分子机制——通过B基因发挥D功能（1）最近有报道称UCA1参与肿瘤的发展是通过作为特定miRNA的ceRNA来实现的。
因此作者猜测UCA1在非小细胞肺癌中也是通过类似机制发挥致癌活性。
作者首先通过在线microRNA-target程序(,) 预测了miRNA的靶定位点，找出了10个常见的UCA1相关结合位点的miRNAs。
通过qRT-PCR检测发现过表达UCA1后，miR-135a, miR-18a, miR-143, 和miR-193a-3p的表达水平显著降低。
通过免疫共沉淀实验（CHIP）发现，在RNA诱导沉默复合体（RISC）核心元件Ago2中检测到了miR-135a, miR-18a, miR-143, miR-193a-3p 以及 UCA1，但是miR-193a-3p被富集的最多。
为了进一步确认，作者构建了UCA1-wt或者UCA1-Mut(突变掉miR-193a-3p结合位点)的报告基因载体，发现UCA1-Mut不再抑制miR-193a-3p，再次证明了miR-193a-3p是一个UCA1-targeting的miRNA。
随后作者在相同的112对非小细胞肺癌组织中随机挑取32对检测了miR-193a-3p的表达，发现miR-193a-3p表达水平明显较低，并与UCA1的表达水平呈负相关（如下图）。