静息态处理全过程.PPT

DICOM->NIFTI
MRIcroN’s dcm2niigui
SPM5’s DICOM Import
9
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
10
• Filter: 0.01-0.08
45
功能连接
Voxel-wise
ROI-wise
r=0.36
46
Voxel-wise
47
Voxel-wise
48
Voxel-wise
49
Voxel-wise
50
Voxel-wise
51
Voxel-wise
52
Voxel-wise
1 by 1
Cov.txt
53
ROI-wise
54
ROI-wise
25
Smooth
w*.img 平滑核
26
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
27
• Filter: 0.01-0.08
去线性漂移
28
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
84
Thanks to
拼音顺序: 郭小娟 贺永 龙翔宇 宋晓伟 姚力 臧玉峰 张寒 朱朝喆 邹启红 左西年 ……
All the group members!
85
Thanks for your attention!
86
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
11
• Filter: 0.01-0.08
Slice Timing
Why?
12
Slice Timing
Why?
Huettel et al., 2004
77
结果呈现—MRIcroN
78
结果呈现—MRIcroN
79
Outline
• 预处理
• ALFF, ReHo, FC 计算
• 统计
• 结果呈现
• 文献管理
80
文献管理
81
文献管理
82
文献管理
83
文献管理
将下载的ens格式文件复制到 D:\Program Files\EndNote X\Styles
33
ALFF
34
ReHo
注意：预处理时不做平滑，计算完 ReHo后再进行平滑。
Zang et al., 2004
35
ReHo
36
功能连接
提取协变量
• 头动参数: rp_name.txt
• 全脑信号、脑脊液、白质信号
37
提 取 协 变 量
38
提 取 协 变 量
39
提 取 协 变 量
40
提 取 协 变 量
64
双样本T检验
统计准备
• ALFF：mALFF
• ReHo: smReHo • FC: zFC
• Mask
65
双样本T检验
Mask
• Mask=PD_1T.img + CON_1T.img>0
PD_1T.img CON_1T.img Mask_2T.img i1+i2>0
66
双样本T检验
Mask_2T.img 两组的m*图像; zFC图像 存放SPM.mat的目录
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
20
• Filter: 0.01-0.08
Normalize
Why?
Huettel et al., 2004
21
mean_name.img
r*.img EPI.nii
-90 -126 -72; 90 90 108 333
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
29
• Filter: 0.01-0.08
滤波
Why?
•关心低频的活动
30
滤波
31
Outline
• 预处理
• ALFF, ReHo, FC 计算
• 统计
• 结果呈现
• 文献管理
32
ALFF
Zang et al., 2007
55
ROI-wise
1 by 1
Cov.txt
56
Outline
• 预处理
• ALFF, ReHo, FC 计算
• 统计
• 结果呈现
• 文献管理
57
统计
单样本T检验
双样本T检验
58
单样本T检验
统计准备
来自百度文库
• ALFF: mALFF
• ReHo: smReHo • FC: zFC
59
单样本T检验
67
双样本T检验
上一步生成的 spm.mat
68
双样本T检验
上一步生成的 spm.mat 1 -1
69
双样本T检验
spmT_0001.img
HeightthresholdT = Inf {p<0.05(FDR)} Extentthresholdk = 0 voxels
70
Outline
• 预处理
16
• Filter: 0.01-0.08
Realign
Why?
17
Realign
18
Realign
检查头动?
b=load(‘rp_name.txt’); c=max(abs(b)); c(4:6)=c(4:6)*180/pi;
19
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
静息功能数据
原始数据整理
结构数据 DTI数据
6
数据整理
被试信息整理
静息功能数据
原始数据整理
结构数据 DTI数据
7
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
8
• Filter: 0.01-0.08
• ALFF, ReHo, FC 计算
• 统计
• 结果呈现
• 文献管理
71
结果呈现
• SPM5 • xjview • rest_sliceviewer • MRIcroN
72
结果呈现—SPM5
73
结果呈现—SPM5
74
结果呈现—xjview
75
结果呈现—xjview
76
结果呈现—rest_sliceviewer
41
提 取 协 变 量
42
提 取 协 变 量
43
提 取 协 变 量
44
功能连接
提取协变量
• 头动参数: rp_name.txt
• 全脑信号、脑脊液、白质信号 • 协变量组合：
RPCov=load('rp_name.txt'); BCWCov=load('ROI_FCMap_name.txt'); Cov=[RPCov,BCWCov]; save('Cov.txt', 'Cov', '-ASCII', '-DOUBLE','-TABS');
Resting-state fMRI: Data Processing
严超赣 Ph. D. Candidate
ycg.yan@gmail.com 北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室 ©2008 SKLCNL
1
Outline
• 预处理
• ALFF, ReHo, FC 计算
• 统计
• 结果呈现
mALFF-1, smReHo-1
m图像 1by 1
i1-1
60
单样本T检验
m*-1图像; zFC图像
存放SPM.mat的目录
61
单样本T检验
上一步生成的 spm.mat
62
单样本T检验
上一步生成的 spm.mat 1
63
单样本T检验
spmT_0001.img
PD_1T.img 准备制作双样本T检验的MASK HeightthresholdT = 2.687659 {p<0.05(FDR)} Extentthresholdk = 10 voxels
13
Slice Timing
332 2-(2/33) 33
1:2:33,2:2:32
14
Slice Timing
15
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
• 文献管理
2
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
3
• Filter: 0.01-0.08
数据整理
被试信息整理
4
数据整理
被试信息整理
5
数据整理
被试信息整理
22
Normalize
23
预处理
• 数据整理 • 去前10个时间点 • Normalize • 去线性漂移
• DICOM -> NIFTI • Smooth • Slice Timing
• Realign
24
• Filter: 0.01-0.08
Smooth
Why?
•减少被试间的空间结构差异； •有利统计检验的有效性;