肿瘤基因检测的解读流程.docx

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口,

这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信

息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据

将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至

GRCh37∕38（NCBl版本）或hg19∕hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列

上，Picard去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR 进行变异注释。最后获得一份∙vcf文件（图1 ）。

图1从测序的原始序列数据到VCf文件的流程一份VCf文件包含如下基本信息。

Chr :变异所在的染色体

Start :变异在染色体上的起始位置

End :变异在染色体上的结束位置

Ref :参考基因组的序列

AIt :检测样本基因组的序列

Func.refGene :变异所处参考基因的功能区（exonic , intronic , UTR3 , UTR5 , SPliCing , UPStream , downstream , intergenic ）（此处的exonic 特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）

Gene.refGene :变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）

Gen eDetail.refGe ne :非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，贝U是距离两侧的基因的距离）

EXOniCFUnc.refGene :外显子区的变异类型（frameshift inSertiOn , frameshiftdeleti On , StOPga in , stoploss , non frameshift in Serti On , nonframeshiftdeletion , SynOnymOUS SNV , nonsynonymOUS SNV ）,女口

果这一栏是一个“ 的话，就说明该变异不在外显子区

AAChange.refGene :氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨

基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）

经注释后的VCf文件还会包含如下信息：

CLINSIG :该变异在ClinVar数据库中的临床意义(Benign , LikeIy benign ,

UnCertain Significance , LikeIyPathOgenic , PathOgenic , Drug-respOnSe )

CLINDBN :该变异所引起的疾病名称

CLINACC :该变异的登记号和版本号(VariantAccession and VerSiOns ) CLlNSDB :该变异所引起疾病所在数据库名称

CLlNSDB :该变异所引起疾病所在数据库中的ID

POPFreqMaX :该变异人群中的最大等位基因频率

1000_AII :该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率

1000_AFR :该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率

1000_AMR :该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率

1000_EAS :该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率

1000_EUR :该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率

1000_SAS :该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率

Snp138 :该变异在dbSNP数据库中的ID

COSmiC70 :该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的ID

ESP6500siv2_ALL :该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率

ESP6500siv2_AA :该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的

非洲裔人群等位基因频率

ESP6500siv2_EA :该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的

欧洲裔人群等位基因频率

ExAC_AII :该变异在EXAC数据库中的人群等位基因频率

EXAC_AFR:该变异在EXAC数据库中非洲人群的等位基因频率

EXAC_AMR :该变异在EXAC数据库中美国人群的等位基因频率

EXAC_EAS：该变异在EXAC数据库中东亚人群的等位基因频率

EXAC_FIN :该变异在EXAC数据库中芬兰人群的等位基因频率

EXAC_NFE :该变异在EXAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率

EXAC_OTH :该变异在EXAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率

EXAC_SAS :该变异在EXAC数据库中南亚人群的等位基因频率

I CG46 KGC_ Id ICGC_ ItoTUrTenCe πci60 mterET□-scSNV-⅛^3C0^RβOlnirVPheIπ.o

CG46 :该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。CG46是由

COmPleteGenomics （BGl）公司对46个样本的全基因组测序而建立的数据库，