转录因子（TF）研究思路，这些模式你晓得吧？（下）

转录因子（TF）研究思路，这些模式你晓得吧？（下）
在上一期转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（上）一文中，我们分别从两个角度（一、转录因子调控下游靶基因和信号通路和二、转录因子被激酶磷酸化（泛素化）修饰）介绍了转录因子这类编码基因的研究模式：
今天我们结合两篇文章来说一个方向：转录因子调控circRNA表达的套路和工具。

今天讲的内容涉及到两篇文章。

第一篇文章是讲转录因子调控circRNA表达的套路的案例文章，第二篇文章是讲如何预测调控circRNA表达转录因子的工具。

我们先看案例文章。

今年8月1号南开大学的杨诚教授团队发表在Cancer Research杂志上的文章：Twist1 regulates Vimentin through Cul2 circular RNA to promote EMT in hepatocellular carcinoma.Cancer Res. 2018 Aug 1;78(15):4150-4162. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-3009. Epub 2018 May 29.
这篇文章的研究的是：在肝癌上皮间质转分化（epithelial-mesenchymal transition，EMT）过程中，（1）转录因子Twist1转录促进Cul2 pre-mRNA表达，并特异性上调环状RNA（circRNA-10720）而非mRNA表达；（2）circRNA-10720通过吸附靶向Vimentin的miRNA（miR-1246、miR-578和miR-490-5p等）上调Vimentin表达:
从机制上说，如果我们以circ-Cul2（circRNA-10720）为参考，那么Twist1就是上游调控分子；而如果以Twist1为参考，circ-Cul2（circRNA-10720）就是下游分子，也就是我们说的靶基因，这个时候就可以参考转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（上）一文中的第一个研究模式了：
只不过在上面的模式中，研究主角是转录因子，在这篇文章中研
究主角是circRNA。

接下来我们就把这篇文章的内容简答进行总结展示：
从上面的内容我们可以看到研究围绕Twist/circ-10720和circ-10720/Vimentin这两个关系分别从临床、细胞和动物三个水平展开。

第一篇文章的内容就介绍到这里，有意思的是，如果我们结合基金来看，会发现有两个有意思的基金：
研究的也是circRNA与Twist之间的调控。

另外，从circ-10720研究的机制来说，circ-10720吸附miRNA 调控Vimentin的机制是最常见的circRNA的下游机制ceRNA，我们已经介绍过很多了。

下面我们通过一个数据库来看circRNA的上游机制——预测转录因子，对应到前面这篇文章就是预测circ-10720的上游转录因子Twist。

这个数据库叫TRCirc：a resource for transcriptional regulation information of circRNAs.Brief. Bioinformatics 2018 Sep
03，可以提供调控circRNA表达的转录信息查询：
方法是在左侧的搜索界面输入要研究的circRNA：
需要注意的是TRCirc收录的circRNA名字格式跟文章中circ-10720的是不一样的，比如hsa_circ_0000234的别名是hsa_circ_000522：
下面我们以TRCirc自带的案例来说明TRCirc的用法（circRNA分子不同命名的问题我们下次单独讨论）。

输入circRNA编号后单击search：
我们看到红框里面是TF转录因子的信息，当然除了转录因子外还有其它的转录调控信息，我们看单击第一个数字16：
就可以看到转录因子的信息了：
还可以单击hsa_circ_0000007看到别名、基因等信息：
好了，今天内容就到这里。

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1 miRNA非经典机制11 肠道菌群
2 lncRNA的10种机制 12 细胞自噬
3 circRNA 13 细胞焦亡、铁死亡
4 ceRNA 14 间充质干细胞
5 转录因子15 肿瘤干细胞
6 可变剪接16 外泌体
7 SNP 17 氧化应激
8 泛素化修饰18 调节性T细胞
9 组蛋白修饰19 RNA甲基化修饰
10 蛋白激酶和磷酸酶20 肿瘤微环境
而这些研究方向参与疾病发生发展过程的分子机制，可以归纳总结为一下几类研究：
①分子（DNA、RNA、蛋白质、小分子）的表观遗传修饰；
②分子拷贝数的表达变化差异；
③RNA分子的剪接加工、出核、细胞组织水平的时空变化研究；
④特殊的一群细胞类型研究、细胞通讯微环境研究；
⑤具有临床应用潜力的新技术（CRIPSR）或者载体（膜结构、细胞等）；
⑥关注细胞生理学现象：自噬、凋亡、线粒体失功等；。