Chem3D常用功能使用教程

滑动块
模型结构信息
工具栏显示原子的符号和标号
光标位于键上， 自动显示键信息
模型结构信息
模型的进一步信息
显示键长变化 显示键角变化
显示二面角
显示所有没有 相邻的原子的
距离
模型的键长数据
模型的键长和键角数据
乙烯模型中的双键信息
键级改动
显示氢及孤对电子
不显示氢及孤对电子的环己烷
原子名称及序数
选择工具，双击原子， 按顺序改变原子序号
隐藏或显示其它原子
居中 移动到 色彩调节 显示元素符号 显示元素编号 显示实心球 显示点阵表面
调整键长 破坏键 调整键级 就近结合 添加质心 颠倒 调整矩阵
隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团
利用【键】工具建立的结构，键 角及键长可能不正常，应【整理 结构】
ChemDraw中 画出的分子结构
复制粘贴到Chem3D中
Chem3D中 画出的分子模型
复制粘贴到 ChemDraw中
计算功能演示
（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 • 【View】【Atom Types.TBL】窗口，
找到各种元素在不同环境的半径
（2）观察分子的大小
• 建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】 选项可以选择分子表面的类型； 【Resolution】滑动到右边，其值为100
建立十肽菌素模型
建立十二丙氨酸醇分子模型
改变显示方式
模型类型窗口：
设为线状模型
设为带状模型
a-螺旋模型
3. 利用子结构建立模型
使用子结构建立模型
子结构模型库
选择所需的子结构，然后复制
粘贴复制结果
在子结构上进行编辑
4. 使用模板建立模型
5. ChemDraw和Chem3D信息转换
• 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动， 这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。 【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下 角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还 可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。
放大、 缩小
播放、暂 停、录制
Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析
• 模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：
• 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】 选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格 式，默认格式.c3t。可存为jpg等。
(4) 检查结构能量
模型旋转 对位交叉
总能Байду номын сангаас计算
计算结果
空间位阻能：0.977kcal/mol
模型的二面角数据
数据与模型对应
显示原子符号及序号
按动旋转 数据相应改变
(5) 分子轨道(HOMO及LUMO)
首先用 双键 画出乙 烯分子
显示轨道时 必须选择
选择分子轨道
能量随所选轨 道不同而不同
Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds
带状模型常用于生物分子
代表用红蓝两种色彩的立体显示
代表用深色显示模型，就是对于模型的部分 按观察者的角度不同着色 代表显示两个立体结构完全相同的模型
代表模拟现实的角度观察模型，使模型更 接近真实 代表显示模型的时候将后面的部分以阴影 形式表示，这样模型的立体感更强。
建立3D模型 1. 利用键工具建立模型
选择【单键】工具，在模型窗口向右按动
圆柱键模型
线状模型
棒状模型
球棍模型
比例模型
X、Y轴旋转指示
选择【轨迹球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y轴旋转
Z轴旋转指示
选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转
光标位于原子上， 自动显示原子信息
Chem3D介绍
•chem3D是一个三维分子结构演示软件
• 提供功能 制作结构： 立体旋转； 读取chemDraw结构； 进行结构优化计算进行量
化结构； 并和数种量子化学软件结
合在一起。
Chem3D起始界面
主界面
Chem3D起始界面
工具栏
模型类型
三维视图
ChemDraw切换
图标工具栏
模型窗口
扩大（缩小）窗口 状态栏
模型数据窗口 消息窗口
选择 轨迹球 大小调整
单键 双键 三键 虚键 文本 橡皮
显示设置
视频设置 模型显示设置
结构显示
立体显示
弹出信息 配体显示
原子标记
原子显示
色彩选项
Model Type
显示设置属性
线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型
带状模型
结构不同显示方式
View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种 Space Filling
选择HOMO 轨道
轨道选项 HOMO和 LUMO各6个
实心显示 （丝网显示 圆点显示 半透明显示）
HOMO轨道 显示
乙烯分子的HOMO轨道
选择LUMO 轨道
LUMO轨道 显示
乙烯分子的LUMO轨道
其他计算
从头算程序：Gamess Gaussian
需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算
环己烷的椅式构象
2. 利用文本工具建立模型
使用【文本】工具输入结构式
按【Enter】自动转化为模型
括号表示支链
整理结构
简单优化
观察分子变化
4-甲基-2-戊醇模型
建立1，2-双甲基环戊烷模型
整理结构
建立Ibuprofen(布洛芬)模型
H3C
CH3 CH CH2
COOH CH CH3
View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构
（3）计算分子体积
• 建立苯模型。执行【Analyze】 【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly
Solvent-Excluded Volume SVEChemPropStd】选项，使之加入到 【Selected Properties】框中。单击ok，