陆地棉ZF-HD蛋白的全基因组分析

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２０条染色体和２条Ｓｃａｆｏｌｄ上，且具有１１对直系同源基因；进化树分析表明ＴＭ一１基因组中的ＺＦ — ＨＤ蛋白
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大致分为６个小组，每个小组成员间具有类似的基序类型和排列顺序；大部分ＧｈＺＨＤ基因在胚珠和纤维组织中表达，还有部分基因在根、茎、花、蕾和分生区中表达，在叶和愈伤组织中表达的基因最少
ｐｒｏｃｅｓｓｅｓｏｆｐｌａｎｔｓａｎｄａｎｉｍａｌｓ．Ｔｈｅｎｕｍｂｅｒ，ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ，ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ，ｍｏｔｉｆ，ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｒｅｌａｔｉｏｎ —
ＮｉＷａｎｃｈａｏ，ＸｕＺｈｅｎｚｈｅｎ，ＳｈｅｎＸｉｎｌｉａｎ
（ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＩｎｄｕｓｔｒｉａｌＣｒｏｐｓ，ＪｉａｎｇｓｕＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ￣ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＣｏｔｔｏｎａｎｄＲａｐｅｓｅｅｄ，ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡ —
ｓｈｉｐｓａｎｄｔｉｓｓｕｅ — ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐａ￣ｅｍｓｏｆｔｈｅＺＦ — ＨＤｐｒｏｔｅｉｎｆａｍｉｌｙｗｅｒｅｓｔｕｄｉｅｄｉｎｔｈｅｇｅｎｏｍｅｏｆＧｏｓｓｙｐｉｕｍｈｉｒｓｕｔｕｍＬ
■ 棉花学报Ｃｏ￣ｏｎＳｃｉｅｎｃｅ２０１６
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２８（６）：５１９－５２６
Hale Waihona Puke ５ｌ９陆地棉ＺＦ．ＨＤ蛋白的全基因组分析
倪万潮，徐珍珍。沈新莲
（江苏省农业科学院经济作物研究所／农业部长江下游棉花和油菜重点实验室江苏南京２１００１４）
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文章编号：１００２．７８０７（２０１６）０６．０５１９ — ０８
Ｇｅｎｏｍｅ－ＷｉｄｅＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅＧｈＺＨＤＰｒｏｔｅｉｎＦａｍｉｌｙｉｎＵｐｌａｎｄＣｏｔｔｏｎ
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ａｃｃ．
ＴＭ一１ ’ ｕｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄｓ．Ｉｎｔｏｔａｌ，３５ＧｈＺＨＤｇｅｎｅｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｉｆｅｄｉｎｔｈｅ’ ＴＭ一１ ’ ｇｅｎｏｍｅ，ａｎｄａｍａｊｏｉｒｔｙｏｆｔｈｅ
ｍｅｍｂｅｒｓａｒｅｌｏｃａｔｅｄｉｎｎｕｃｌｅｕｓ．Ｔｈｅｆａｍｉｌｙｍｅｍｂｅｒｓｗｅｒｅｄｉｓｔｉｒｂｕｔｅｄｏｎ２０ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓａｎｄｔｗｏｓｃａｆｏｌｄｓ，ａｎｄ１１ｐａｉｒｓｗｅｒｅｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓｇｅｎｅｓ．Ｔｈｅｆａｍｉｌｙｃｏｕｌｄｂｅｄｉｖｉｄｅｄｉｎｔｏｓｉｘｇｒｏｕｐｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓ，ａｎｄｔｈｅｒｅｗｅｒｅｓｉｍｉｌａｒｍｏｔｉｆ
ｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，ＮａｎｊｍｇＪｉａｎｇｓｕ２１００１４，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅＺｉｎｃｉｆｎｇｅｒ－ｈｏｍｅｏｄｏｍａｉｎ（ＺＦ－ＨＤ）ｐｒｏｔｅｉｎｆａｍｉｌｙｏｆｈｏｍｅｏｂｏｘｇｅｎｅｓｐｌａｙｓａｖｉｔａｌｒｏｌｅｄｕｉｒｎｇｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
关键词：陆地棉；ＺＦ — ＨＤ蛋白；生物信息；组织表达分析中图分类号：￥５６２．０３文献标志码：ＡＤＯＩ：１０．１１９６３／ｉｓｓｎ．１００２ — ７８０７２０１６０６００１
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摘要：ｚＦ — ＨＤ（Ｚｉｎｃｉｆｎｇｅｒ — ｈｏｍｅｏｄｏｍａｉｎ）蛋白属于同源异型盒蛋白家族在动植物发育过程中起重要的作用
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利用生物信息学的４－＆，研究陆地棉标准系ＴＭ一１基因组中ＺＦ — ＨＤ蛋白的数目亚细胞定位、染色体分布、基序、进化关系和组织表达情况。ＴＭ一１中共有３５个ＧｈＺＨＤ蛋白成员且大部分成员定位到细胞核内：分布在