Icimapping QTL中文操作说明MAPChinese

也可通过单击结果展示窗口 中的BarleyDH.bip 文件名， 将其设为当前作图群体
• 单击ADD图标浏览QTL 作图产生的图形; 或者 通过Figures菜单浏览 QTL作图产生的图形
双亲群体的QTL作图
9. QTL作图产生的图形 • QTL作图产生的图形将显示在一个新的窗口中
双亲群体的QTL作图
• 选择待打开的群体文件 (例如: C:\CAAS\QTL IciMapping\Examples\BIP \BarleyDH.bip)
单击此处打开EXCEL 2003/2007文件
双亲群体的QTL作图
5. BIP功能浏览：BIP功能包含三个窗口 •
• 工程窗口: 工程中第一次使用BIP功能 时，工程窗口中自动产生一个BIP节点。 在BIP节点下，产生新的节点，如 BarleyDH.BIP，代表不同的作图文件
•
• 双击输出文件
“BarleyDH.qic”，就会
在“结果展示窗口”显示
文件内容
检测QTL的信息显示在“结果展示窗 口”，例如QTL所在的染色体，位置， 侧连标记，LOD值，表型变异解释率 (%)，加性效应等
8. 去那里看LOD曲线图?
•
• 双击工程窗口中的BarleyDH.bip节点，
将其设置为当前作图群体
很荣幸听到您对此操作手册和 QTL IciMapping的意见和建议!
即 ICIM-ADD
体的标记型数据仍会使 (POUT = 2*PIN = 0.002) ；
用)
“LOD 临近值”是 2.5；
未使用排列检验
• QTL作图完成后，自动产生“Results” 节点 ，节点下列出所有的输出文件，
双击文件名称，文件内容就会出现 在“结果展示窗口”
双亲群体的QTL作图
7. 查看检测到的QTLs
双亲群体的QTL作图
11. 两种方法检测QTL的比较: ICIM和IM • 将BarleyDH.bip激活为当前作图群体. 可通过两种途径实现, 一是双击工程
窗口中的BarleyDH.bip节点; 二是单击结果显示窗口中的BarleyDH.bip文件.
单击 双击
• 单击ADD按钮绘制ICIM的LOD曲线图; 单击C-=按开 的作图群体BarleyDH.bip的内容 展示在此窗口。与作图群体相
关的输出文件也可以展示在此 窗口
工程窗口
作图群体和结果展示窗口
参数设置窗口 • 参数设置窗口: 通过该窗口，用户可以设置或改变作图参数
双亲群体的QTL作图
6. 利用默认方法和默认参数的 • QTL作图
• 单击Start按钮, 对已选方法框中的所有选定方法 (即图中的ICIM-ADD和IMADD) 进行QTL作图
双亲群体的QTL作图
11. 两种方法检测QTL的比较: ICIM和IM • 方法ICIM-ADD检测到的QTL保存在
文件 BarleyDH.qic中 • 方法IM-ADD检测到的QTL保存在文
图旁边绘制LOD曲线
• 单击Map&QTL按钮将在连锁图 旁边绘制检测到的QTL
双亲群体的QTL作图
10. QTL作图图形的输出
• 在图形窗口的任何地 方, 通过鼠标右击弹出 快捷键, 从而对图形进 行复制, 保存, 打印等
• 当选择Save Image As…时, 可通过保存类 型把图形存为不同的 格式. *.emf具有最高 的分辨率.
• 菜单选择Figures -> IM Additive Mapping绘制IM的LOD曲线图; 单击 C-=按钮绘制所有染色体的LOD曲线 图
双亲群体的QTL作图
12. 比较ICIM和IM的LOD曲线图 • 改变图形窗口的大小; 变换图形窗口的位置, 在一个屏幕上对比ICIM和IM
的全基因组LOD曲线图.
• 单击“Start”快捷键，系统
则对选定方法和参数进行
QTL作图
也可通过菜单项
Task -> Start QTL Mapping进行QTL作 图
• 如选择“Deletion”， • “扫描步长”是1 cM； • 只有一个方
缺失表型数据不用于
“逐步回归标记进入的
法被选中，
QTL作图 (表型缺失个
概率 (PIN)”是 0.001
2. 软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或 ”右箭头”, 可以看到: • 软件所能处理的遗传群体类型 • 共显性标记是如何编码的 • 显性标记是如何编码的 • 隐性标记是如何编码的
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3. 建立一个”新工程” • 单击”File”菜单 • 选择”New Project”
双亲群体的QTL作图
9. QTL作图产生的图形 • 单击Add按钮将遗传效应曲线和LOD曲线绘制在; Add是一个开关按钮,
再次单击将关闭功能.
双亲群体的QTL作图
9. QTL作图产生的图形 • 单击C-=按钮绘制所以染色体上的LOD/ADD曲线
双亲群体的QTL作图
9. QTL作图产生的图形 • 单击Map&LOD按钮将在连锁
在此工程下查看曾经使用过的功能和已开展工作产生的结果与此工程相关的输入文件输出文件都自动保存在工程所在的路径d
请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!
双亲群体的QTL作图 (BIP)
1. 打开软件: QTL IciMapping 软件可通 过两种方式打开 • 双击QTL IciMapping 软件在桌 面上的快捷图标 • 从”所有程序”菜单中选择QTL IciMapping 软件
双亲群体的QTL作图
11. 两种方法检测QTL的比较: ICIM和IM • 从方法列表中选择IM-ADD方法, 即简单区间的加性QTL作图
• 如需要, 可修改IM-ADD的作图参数 (Mapping Parameters) 或LOD检测临界 值 (LOD Threshold)
• 单击>>按钮, 将IM-ADD方法添加到已选方法框中 (Selected Methods)
与此工程相关的输入文件、 输出文件都自动保存在工程 所在的路径D: …\Tutorial\...
双亲群体的QTL作图
4. 向工程中导入一个双亲作图 群体
• 单击“File”菜单，指向 “Open File”菜单，然后选 择“*.bip”文件类型
• 或者，单击“Open”快捷键， 然后选择“*.bip”功能 (即双 亲群体QTL作图的BIP功能)
件 BarleyDH.qim中 • 在工程列表中, 双击这些文件, 文件
内容就会在显示在结果展示窗口
• 在结果展示窗口拖动文件 BarleyDH.qim[Result], 在图示的箭 头处松开鼠标
双亲群体的QTL作图
11. 两种方法检测QTL的比较: ICIM和IM
• 在结果展示窗口中比较ICIM和IM检测出的QTL. 例如, 两种方法均检测到 第5和7染色体上的QTL. ICIM比IM检测到更多的QTL, 等等.
• 输入”工程名称” (例如, 图 示中的工程名称为Tutorial) 和选择路径 (例如, 图示中 的路径为D:\)
• 单击”OK” 完成”新工程”创 建
或者
3. 打开已存在的工程 • 单击“File”菜单
• 指向“Recent Projects” • 从工程列表中选择将要打
开的工程名称
• 在此工程下，查看曾经使 用过的功能和已开展工作 产生的结果