高斯软件基础教程

GaussView界面教程1——界面介绍
Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个：构建高斯的输入文件；以图的形式显示高斯计算的结果.除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入
Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件.从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围.
开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的分子或基团；前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制的图形.
菜单栏
File主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件
Edit完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等
View与显示分子相关的都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元素符号、坐标等
Calculate直接向Gaussian提交计算
Results接收并显示Gaussian计算后的结果
Windows控制窗体,如关闭、恢复等
Help帮助
快速工具栏
左面第一个选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制的元素以及价态.
左面第二个环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物残基；
左面第三个提供常用的R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等
左面第四个氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸
左面第五个用户自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处
这条快速编辑栏中从左到右依次是键调整|键角调整|二面角调整|查询已有结构|增加化学键|删除化学键|翻转原子|单个选择|框选|去除选择|全选
这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到.
3、常用工具栏
这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具
GaussView教程2——构建分子
这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明.
1、开启Gview
2、双击按钮,选择苯基第一个,会看到主程序框体中出现苯环
在工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环.
单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口；
按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子的角度；
滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子；
按住shift键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子；
当工作窗口内有多个分子时在构建大的分子时,这种情况很容易出现
用Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动的分子；
用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度；
双击图标或者左键不放,在元素周期表中选择F元素,回到工作窗口在苯的任意一个H上单击,使之变成F
双击图标,从链烃库中选择乙基第一个,然后点击间位上的H即可
至此,分子式已经构建完成,Gview存储个人常用分子的功能,双击view上的图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可.
注：我的程序此项功能不行,用户自定义基团
查看分子坐标：单击Gview界面的图标,查看分子的坐标.
至此,我们保存一下我们构建好的间氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击File——Save然后选择保存路径即可.
GaussView教程3——向Gaussian提交计算
上一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子,现在打开间氟苯乙烷分子.
点击Gview界面上的Calculate——Gaussian Calculate Setup
从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下
Job Type工作类型：
Energy能量|Optimization优化|Frequency频率|Opt+Freq优化＋频率|Scan扫描|Stability稳定性|NMR核磁,
这里我们选择NMR核磁
Method方法：每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可
Title题目：这项可以根据自己的项目自行命名
Link 0给检查点文件命名
其它选择默认即可
选好后点击Submit提交至Gaussian,并保存.最好存到安装文件所在磁盘
系统会询问是否提交至Gaussian,选择OK,Gaussian会自动开启并计算,计算时间因硬件配置而异
计算完毕后系统会提示关闭Gaussian,点击是
计算完毕后会生成两个文件,.log的是系统日志,便于查看计算结果.这里我们选择.chk文件Ok
接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子,表面上没什么不同,但这次我们可以预言它的许多性质了,在GView的主界面点击Results——Summary可以看到刚才的计算总结,点击View File可以看到日志文件.
因为我们刚才选择计算模式是NMR核磁,所以我们点击Results——NMR,随即我们看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素的核磁谱图,在左下方Element右方选择H,
即H谱,旁边Reference选择TMS HF/6-31Gd,这次我们就可以看到间氟苯乙烷分子理论计算的核磁谱图了.
在绘图界面右击View——Labels可以看到每个H原子对应场中的位置.。