GENBANK注释
合集下载
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
ion=
含 义
指 明 DNA序 列 未 按 通 常 的 生 物 学 规 律 翻 译 ， 如 RNA 编 辑 在 种 群 中 发 生 变 异 的 频 率 如 果 序 列 是 DNA并 来 源 于 免 疫 球 蛋 白 家 族 ， 则 表 示 该 序 列 来 源 于 未 重 排 DNA
限 定 词
/allele= /bound_moiety= /cell_type= /citation= /clone_lib=
含 义
给 定 基 因 的 等 位 基 因 嵌 合 范 围 获 得 序 列 的 细 胞 类 型 已 被 引 用 的 参 考 文 献 数 获 得 序 列 的 克 隆 文 库
限 定 词
限 定 词
含 义
描 述 序 列 来 源 物 种 的 生 理 、 /proviral 环 境 和 地 理 信 息 序 列 特 性 的 俗 名 /rearranged
限 定 词
/rpt_family= /rpt_unit= /serotype= /sex= /specimen_voucher= /strain= /sub_species= /tissue_lib= /transgenic /transl_except= 重 复 序 列
关 键 词
misc_structure stem_loop D_loop
解 释
无 法 用 结 构 关 键 词 描 述 的 核 酸 序 列 高 级 结 构 或 构 型 发 夹 结 构 线 粒 体 中 DNA中 的 取 代 环
关 键 词
解 释
GenBank记 录 中 特 性 表 中 的 限 定 词 :
GenBank记 录 中 特 性 表 中 的 主 要 关 键 词 :
关 键 词
misc_feature
解 释
生 物 学 特 性 无 法 用 特 性 表 关 键 词 描 述 的 序 列
关 键 词
promoter CAAT_signal TATA_signal -35_signal -10_signal GC_signal RBS polyA_signal enhancer
关 键 词
attenuator terminator rep_origin misc_RNA
解 释
与 转 录 终 止 有 关 的 序 列 转 录 终 止 序 列 双 链 DNA复 制 起 始 区 无 法 用 RNA关 键 词 描 述 的 转 录 物 或 RNA产 物 初 始 转 录 本 前 体 RNA 信 使 RNA 前 体 转 录 本 中 被 剪 切 掉 的 5’端 序 列 前 体 转 录 本 中 被 剪 切 掉 的 3’端 序 列 5’非 翻 译 区 3’非 翻 译 区 外 显 子
限 定 词
/map= /mod_base= /number= /organism= /phenotype=
含 义
相 关 特 性 在 基 因 图 谱 上 的 位 置 被 修 饰 碱 基 的 简 写 从 5’→ 3’注 明 遗 传 元 件 的 顺 序 提 供 测 序 用 遗 传 物 质 的 物 种 的 科 学 名 称 序 列 特 性 所 导 致 的 表 型
解 释
转 录 起 始 区 真 核 启 动 子 上 游 的 CAAT 盒 ,与 RNA结 合 相 关 真 核 启 动 子 的 TATA盒 原 核 启 动 子 中 的 -35框 原 核 启 动 子 的 Pribow盒 真 核 启 动 子 的 GC盒 核 糖 体 结 合 位 点 RNA转 录 本 的 剪 切 识 别 位 点 增 强 子
/anticodon= /cell_line= /chromosome= /clone= /codon= /EC_number=
tRNA反 义 密 码 子 的 位 置 及 它 所 编 码 的 氨 基 酸 获 得 序 列 的 细 胞 系 获 得 序 列 的 染 色 体 获 得 序 列 的 克 隆 子 指 出 与 参 考 密 码 子 不 同 的 密 码 子 序 列 产 物 的 酶 学 编 号
限 定 词
/sub_strain= /tissue_type= /translation= /transl_table= /usedin= /virion
含 义
获 得 序 列 的 来 源 微 生 物 亚 种 获 得 序 列 组 织 类 型 按 通 用 或 指 定 的 密 码 子 表 翻 译 的 氨 基 酸 序 列 描 述 在 翻 译 中 与 通 用 密 码 表 不 同 的 密 码 表 表 明 该 特 性 在 其 他 检 索 中 也 被 使 用 病 毒 颗 粒
限 定 词
/transposon= /variety= /pseudo /replace= /rpt_type= /sequenced_mol= /serovar= /specific_host= /standardname= /sub_clone= 转 座 子
含 义
获 得 序 列 的 生 物 变 种 假 基 因 表 明 特 性 间 的 间 隔 序 列 已 被 替 换 重 复 序 列 的 组 织 方 式 获 得 序 列 的 分 子 类 型 同 一 原 核 生 物 的 血 清 学 特 征 获 得 序 列 的 天 然 宿 主 特 性 的 通 用 名 称 获 得 序 列 的 亚 克 隆
intron polyA_site rRNA tRNA scRNA snRNA snoRNA
内 含 子 RNA转 录 本 的 多 聚 腺 苷 酸 化 位 点 核 糖 体 RNA 转 运 RNA 小 细 胞 质 RNA 小 核 RNA 加 工 和 修 饰 rRNA的 小 核 RNA
关 键 词
immunoglobulin _related C_region D_segment J_ segment N_ region S_ region V_ region V_ segment
/function= /haplotype= /isolation_source= /label=
/plasmid= /protein_id=
获 得 序 列 的 质 粒 名 称 蛋 白 质 的 检 索 号 整 合 在 基 因 组 中 的 前 病 毒 如 果 序 列 是 DNA并 来 源 于 免 疫 球 蛋 白 家 族 ， 则 表 示 该 序 列 来 源 于 重 排 DNA
含 义
指 明 重 复 区 域 的 重 复 元 件 构 成 同 一 物 种 的 不 同 血 清 学 特 征 获 得 序 列 的 物 种 性 别 指 明 来 源 物 种 保 存 于 什 么 地 方 获 得 序 列 的 菌 珠 获 得 序 列 的 来 源 物 种 的 亚 种 获 得 序 列 组 织 库 指 明 物 种 的 来 源 特 性 是 否 是 转 基 因 受 体 标 明 序 列 中 未 按 指 定 密 码 子 表 翻 译 的 氨 基 酸 的 位 置
限 定 词
/cons_splice= /cultivar= /dev_stage= /evidence= /focus
含 义
区 分 内 含 子 剪 切 位 点 和 “ 5‘-GT.AG-3'” 切 位 点 剪 所 获 序 列 植 物 的 栽 培 变 种 序 列 来 源 于 某 种 生 物 的 特 定 发 育 阶 段 序 列 特 性 来 源 于 实 验 还 是 推 理 指 出 在 记 录 中 的 来 源 特 性 在 其 他 物 种 中 还 有 不 同 的 来 源 特 性 序 列 所 代 表 的 功 能 序 列 来 源 于 某 种 物 种 的 单 倍 体
misc_difference 序 列 特 性 无 法 用 特 性 表 关 键 词 描 述 的 序 列 conflict unsure old_sequence variation modified_base gene misc_signal 同 一 序 列 在 不 同 的 研 究 中 在 位 点 或 区 域 上 有 差 异 序 列 不 能 确 定 的 区 域 该 序 列 对 以 前 的 版 本 做 过 修 订 包 含 稳 定 突 变 的 序 列 修 饰 过 的 核 苷 酸 已 识 别 为 基 因 或 已 命 名 的 序 列 区 域 无 法 用 信 号 特 性 关 键 词 描 述 的 信 号 序 列
解 释
关 键 词
repeat_unit
解 释
单 个 的 重 复 元 件 长 末 端 重 复 序 列 卫 星 重 复 序 列 无 法 描 述 的 核 酸 序 列 结 合 位 点 复 制 、 转 录 的 引 物 结 合 位 点 蛋 白 质 结 合 区 测 序 标 签 位 点
免 疫 相 关 蛋 白 上 的 不 变 区 免 疫 球 蛋 白 重 链 的 可 变 区 ， T细 胞 受 体 β 链 免 疫 球 蛋 白 重 链 、 轻 链 以 及 T细 胞 α、 β 、 γ的 结 合 链 插 入 重 排 免 疫 球 蛋 白 片 段 间 的 核 苷 酸 免 疫 球 蛋 白 重 链 的 开 关 区 编 码 免 疫 球 蛋 白 的 可 变 区 N 末 端 的 序 列 编 码 免 疫 球 蛋 白 的 可 变 区 的 序 列
/codon_start= /country= /db_xref= /direction=
含 义
相 对 于 序 列 第 一 个 碱 基 ， 编 码 序 列 密 码 子 的 偏 移 量 DNA样 本 的 来 源 国 其 他 数 据 库 信 息 的 交 叉 索 引 号 DNA复 制 方 向
/environmental 序 列 直 接 从 环 境 材 料 中 获 _sample= 得 而 没 有 指 明 来 源 物 种
关 键 词
CDS sig_peptide transit_peptide mat_peptide
解 释
蛋 白 质 编 码 序 列 编 码 信 号 肽 的 序 列 转 运 蛋 白 编 码 序 列 编 码 成 熟 肽 的 序 列
prim_transcript precursor_RNA mRNA 5’clip 3’ clip 5’UTR 3’UTR exon
限 定 词
/PCR_conditions= /pop_variant= /product=
含 义
描 述 PCR的 反 应 条 件
/frequency= /germline
获 得 序 列 的 群 体 变 异 种 名 称 序 列 编 码 产 物 的 名 称
/insertion_seq= 序 列 来 源 于 某 种 插 入 元 件 /isolate= /lab_host= /macronuclear /note= /organelle= 序 列 来 源 的 生 物 个 体 为 扩 增 序 列 来 源 物 种 所 用 的 实 验 室 宿 主 指 明 DNA来 源 于 染 色 体 分 化 的 大 核 期 评 论 及 附 加 信 息 获 得 序 列 的 细 胞 器
LTR Satellite misc_binding primer_bind protein_bind STS
misc_recomb repeat_region 基 因 组 中 所 包 含 的 重 复 序 列 iDNA
无 法 用 重 组 特 性 关 键 词 描 述 的 重 组 事 件 通 过 重 组 所 消 除 的 DNA
含 义
指 明 DNA序 列 未 按 通 常 的 生 物 学 规 律 翻 译 ， 如 RNA 编 辑 在 种 群 中 发 生 变 异 的 频 率 如 果 序 列 是 DNA并 来 源 于 免 疫 球 蛋 白 家 族 ， 则 表 示 该 序 列 来 源 于 未 重 排 DNA
限 定 词
/allele= /bound_moiety= /cell_type= /citation= /clone_lib=
含 义
给 定 基 因 的 等 位 基 因 嵌 合 范 围 获 得 序 列 的 细 胞 类 型 已 被 引 用 的 参 考 文 献 数 获 得 序 列 的 克 隆 文 库
限 定 词
限 定 词
含 义
描 述 序 列 来 源 物 种 的 生 理 、 /proviral 环 境 和 地 理 信 息 序 列 特 性 的 俗 名 /rearranged
限 定 词
/rpt_family= /rpt_unit= /serotype= /sex= /specimen_voucher= /strain= /sub_species= /tissue_lib= /transgenic /transl_except= 重 复 序 列
关 键 词
misc_structure stem_loop D_loop
解 释
无 法 用 结 构 关 键 词 描 述 的 核 酸 序 列 高 级 结 构 或 构 型 发 夹 结 构 线 粒 体 中 DNA中 的 取 代 环
关 键 词
解 释
GenBank记 录 中 特 性 表 中 的 限 定 词 :
GenBank记 录 中 特 性 表 中 的 主 要 关 键 词 :
关 键 词
misc_feature
解 释
生 物 学 特 性 无 法 用 特 性 表 关 键 词 描 述 的 序 列
关 键 词
promoter CAAT_signal TATA_signal -35_signal -10_signal GC_signal RBS polyA_signal enhancer
关 键 词
attenuator terminator rep_origin misc_RNA
解 释
与 转 录 终 止 有 关 的 序 列 转 录 终 止 序 列 双 链 DNA复 制 起 始 区 无 法 用 RNA关 键 词 描 述 的 转 录 物 或 RNA产 物 初 始 转 录 本 前 体 RNA 信 使 RNA 前 体 转 录 本 中 被 剪 切 掉 的 5’端 序 列 前 体 转 录 本 中 被 剪 切 掉 的 3’端 序 列 5’非 翻 译 区 3’非 翻 译 区 外 显 子
限 定 词
/map= /mod_base= /number= /organism= /phenotype=
含 义
相 关 特 性 在 基 因 图 谱 上 的 位 置 被 修 饰 碱 基 的 简 写 从 5’→ 3’注 明 遗 传 元 件 的 顺 序 提 供 测 序 用 遗 传 物 质 的 物 种 的 科 学 名 称 序 列 特 性 所 导 致 的 表 型
解 释
转 录 起 始 区 真 核 启 动 子 上 游 的 CAAT 盒 ,与 RNA结 合 相 关 真 核 启 动 子 的 TATA盒 原 核 启 动 子 中 的 -35框 原 核 启 动 子 的 Pribow盒 真 核 启 动 子 的 GC盒 核 糖 体 结 合 位 点 RNA转 录 本 的 剪 切 识 别 位 点 增 强 子
/anticodon= /cell_line= /chromosome= /clone= /codon= /EC_number=
tRNA反 义 密 码 子 的 位 置 及 它 所 编 码 的 氨 基 酸 获 得 序 列 的 细 胞 系 获 得 序 列 的 染 色 体 获 得 序 列 的 克 隆 子 指 出 与 参 考 密 码 子 不 同 的 密 码 子 序 列 产 物 的 酶 学 编 号
限 定 词
/sub_strain= /tissue_type= /translation= /transl_table= /usedin= /virion
含 义
获 得 序 列 的 来 源 微 生 物 亚 种 获 得 序 列 组 织 类 型 按 通 用 或 指 定 的 密 码 子 表 翻 译 的 氨 基 酸 序 列 描 述 在 翻 译 中 与 通 用 密 码 表 不 同 的 密 码 表 表 明 该 特 性 在 其 他 检 索 中 也 被 使 用 病 毒 颗 粒
限 定 词
/transposon= /variety= /pseudo /replace= /rpt_type= /sequenced_mol= /serovar= /specific_host= /standardname= /sub_clone= 转 座 子
含 义
获 得 序 列 的 生 物 变 种 假 基 因 表 明 特 性 间 的 间 隔 序 列 已 被 替 换 重 复 序 列 的 组 织 方 式 获 得 序 列 的 分 子 类 型 同 一 原 核 生 物 的 血 清 学 特 征 获 得 序 列 的 天 然 宿 主 特 性 的 通 用 名 称 获 得 序 列 的 亚 克 隆
intron polyA_site rRNA tRNA scRNA snRNA snoRNA
内 含 子 RNA转 录 本 的 多 聚 腺 苷 酸 化 位 点 核 糖 体 RNA 转 运 RNA 小 细 胞 质 RNA 小 核 RNA 加 工 和 修 饰 rRNA的 小 核 RNA
关 键 词
immunoglobulin _related C_region D_segment J_ segment N_ region S_ region V_ region V_ segment
/function= /haplotype= /isolation_source= /label=
/plasmid= /protein_id=
获 得 序 列 的 质 粒 名 称 蛋 白 质 的 检 索 号 整 合 在 基 因 组 中 的 前 病 毒 如 果 序 列 是 DNA并 来 源 于 免 疫 球 蛋 白 家 族 ， 则 表 示 该 序 列 来 源 于 重 排 DNA
含 义
指 明 重 复 区 域 的 重 复 元 件 构 成 同 一 物 种 的 不 同 血 清 学 特 征 获 得 序 列 的 物 种 性 别 指 明 来 源 物 种 保 存 于 什 么 地 方 获 得 序 列 的 菌 珠 获 得 序 列 的 来 源 物 种 的 亚 种 获 得 序 列 组 织 库 指 明 物 种 的 来 源 特 性 是 否 是 转 基 因 受 体 标 明 序 列 中 未 按 指 定 密 码 子 表 翻 译 的 氨 基 酸 的 位 置
限 定 词
/cons_splice= /cultivar= /dev_stage= /evidence= /focus
含 义
区 分 内 含 子 剪 切 位 点 和 “ 5‘-GT.AG-3'” 切 位 点 剪 所 获 序 列 植 物 的 栽 培 变 种 序 列 来 源 于 某 种 生 物 的 特 定 发 育 阶 段 序 列 特 性 来 源 于 实 验 还 是 推 理 指 出 在 记 录 中 的 来 源 特 性 在 其 他 物 种 中 还 有 不 同 的 来 源 特 性 序 列 所 代 表 的 功 能 序 列 来 源 于 某 种 物 种 的 单 倍 体
misc_difference 序 列 特 性 无 法 用 特 性 表 关 键 词 描 述 的 序 列 conflict unsure old_sequence variation modified_base gene misc_signal 同 一 序 列 在 不 同 的 研 究 中 在 位 点 或 区 域 上 有 差 异 序 列 不 能 确 定 的 区 域 该 序 列 对 以 前 的 版 本 做 过 修 订 包 含 稳 定 突 变 的 序 列 修 饰 过 的 核 苷 酸 已 识 别 为 基 因 或 已 命 名 的 序 列 区 域 无 法 用 信 号 特 性 关 键 词 描 述 的 信 号 序 列
解 释
关 键 词
repeat_unit
解 释
单 个 的 重 复 元 件 长 末 端 重 复 序 列 卫 星 重 复 序 列 无 法 描 述 的 核 酸 序 列 结 合 位 点 复 制 、 转 录 的 引 物 结 合 位 点 蛋 白 质 结 合 区 测 序 标 签 位 点
免 疫 相 关 蛋 白 上 的 不 变 区 免 疫 球 蛋 白 重 链 的 可 变 区 ， T细 胞 受 体 β 链 免 疫 球 蛋 白 重 链 、 轻 链 以 及 T细 胞 α、 β 、 γ的 结 合 链 插 入 重 排 免 疫 球 蛋 白 片 段 间 的 核 苷 酸 免 疫 球 蛋 白 重 链 的 开 关 区 编 码 免 疫 球 蛋 白 的 可 变 区 N 末 端 的 序 列 编 码 免 疫 球 蛋 白 的 可 变 区 的 序 列
/codon_start= /country= /db_xref= /direction=
含 义
相 对 于 序 列 第 一 个 碱 基 ， 编 码 序 列 密 码 子 的 偏 移 量 DNA样 本 的 来 源 国 其 他 数 据 库 信 息 的 交 叉 索 引 号 DNA复 制 方 向
/environmental 序 列 直 接 从 环 境 材 料 中 获 _sample= 得 而 没 有 指 明 来 源 物 种
关 键 词
CDS sig_peptide transit_peptide mat_peptide
解 释
蛋 白 质 编 码 序 列 编 码 信 号 肽 的 序 列 转 运 蛋 白 编 码 序 列 编 码 成 熟 肽 的 序 列
prim_transcript precursor_RNA mRNA 5’clip 3’ clip 5’UTR 3’UTR exon
限 定 词
/PCR_conditions= /pop_variant= /product=
含 义
描 述 PCR的 反 应 条 件
/frequency= /germline
获 得 序 列 的 群 体 变 异 种 名 称 序 列 编 码 产 物 的 名 称
/insertion_seq= 序 列 来 源 于 某 种 插 入 元 件 /isolate= /lab_host= /macronuclear /note= /organelle= 序 列 来 源 的 生 物 个 体 为 扩 增 序 列 来 源 物 种 所 用 的 实 验 室 宿 主 指 明 DNA来 源 于 染 色 体 分 化 的 大 核 期 评 论 及 附 加 信 息 获 得 序 列 的 细 胞 器
LTR Satellite misc_binding primer_bind protein_bind STS
misc_recomb repeat_region 基 因 组 中 所 包 含 的 重 复 序 列 iDNA
无 法 用 重 组 特 性 关 键 词 描 述 的 重 组 事 件 通 过 重 组 所 消 除 的 DNA