ncbi使用技巧,spss使用指南

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NCBI 数据库检索系统 Entrez
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Entrez 应用举例
检索主题：小鼠(mouse)转录因子 --E2F mRNA的核酸序列 转录因子(TF) 检索主题：小鼠(mouse)转录因子(TF) --E2F mRNA的核酸序列 检索过程：NCBI主页 Search对话框输入关键词 对话框输入关键词”E2F”， 检索过程：NCBI主页 All Databases 在Search对话框输入关键词”E2F”，
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GenBank
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统， Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 为基于万维网的NCBI数据库检索系统 键词，运用布尔算符，可在NCBI NCBI所有数据库中进行文本搜 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。
头 区
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GenBank 格式
Locus 行信息： 行信息： 1. Locus name； name； 2. Sequence length; 3. Type of Molecule: DNA, mRNA, cDNA 4. Taxonomy：PRI – primate(灵长类) 、ROD – rodent(啮齿类)、 MAM Taxonomy： primate(灵长类) rodent(啮齿类) other mammalian (其它哺乳类)、VRT - other vertebrate(脊椎动物）、 (其它哺乳类) vertebrate(脊椎动物）、 INV – invertebrate sequences、PLN - plant, fungal, and algal; BCT sequences、 bacterial; VRL - viral, PHG - bacteriophage, SYN - synthetic; UNA bacteriophage, unannotated; unannotated; EST - expressed sequence tags … 5. Date: 上传或最近修改时间
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蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database) PIRresourcefounded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984 (美国国家医学研究基金会) ( / ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIR息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 International）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 ( http://www.expasy.ch/sprot/ ) SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式 FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式
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序列文件格式： 序列文件格式： GenBank 格式
GenBank 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4部分： 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4 1. 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 2. 引文区：含相关文献信息。 引文区：含相关文献信息。 3. 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 点、翻译序列等众多注释信息 4. 序列区：序列本身 序列区：序列本身
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
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蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源) 通用蛋白质资源) ( / ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年 月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
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生物大分子结构数据库
以生物大分子各原子空间信息为基本内容的数据库
给定序列的蛋白质如何折叠为稳定、具一定生物功能的三维结构？ 信息来源：对蛋白质晶体的X 信息来源：对蛋白质晶体的X射线衍射、核磁共振及冷冻电镜分析 主要数据库：美国Brookhaven国家实验室的PDB 主要数据库：美国Brookhaven国家实验室的PDB (Protein Data Bank, 1971年成立) 联合MSD-EBI、PDBj，于2003年组建全球共享的worldwide 1971年成立) 联合MSD-EBI、PDBj，于2003年组建全球共享的worldwide PDB (wwPDB) (wwPDB) ( / ) 截止2008年 月，共收录蛋白质结构52684个 截止2008年8月，共收录蛋白质结构52684个 /pdb
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL) 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept GenBank) 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
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GenBank
/
全球著名的生物信息综合数据库
GenBank（1982年成立）包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与 GenBank（1982年成立）包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与 之相关的生物学信息和参考文献，现由美国生物技术信息中心（NCBI， 之相关的生物学信息和参考文献，现由美国生物技术信息中心（NCBI， 成立于1988年）管理维护，是世界上的权威序列数据库。 成立于1988年）管理维护，是世界上的权威序列数据库。 数据库序列的来源为作者直接递交或间接查寻文献所得，并与世界上 其他公开发行的数据库，如EMBL，DDBJ交换每日更新的数据。 其他公开发行的数据库，如EMBL，DDBJ交换每日更新的数据。
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NM_148952： 小鼠E2F转录因子 NM_148952： 小鼠E2F转录因子-4。 转录因子-
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序列文件格式： 序列文件格式：FASTA 格式
GI号 号 登录号 名称 标题行
序列行
1. 2.
标题行：文件的第一行，以大于号“> 标题行：文件的第一行，以大于号“>”开始，不换行。内容可自 定义，包括基本信息和简单注释； 序列行：文件第二行起至结束，中间不得有空格。
点”Go” 输出检索结果。 输出检索结果。
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Entrez 应用举例
输出相关序列3784条 有待进一步筛选：限制物种来源( 输出相关序列3784条，有待进一步筛选：限制物种来源(小鼠 Mus musculus)、限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 musculus) 限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 序列) 序列)。
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GenBank
GenBank 核酸数据库的增长（1982-2008） 核酸数据库的增长（1982-2008）
截止2008年 月，GenBank 共收录核酸序列近8300万条， 截止2008年2月，GenBank 共收录核酸序列近8300万条， 约860亿碱基对，来自26万余种生物 860亿碱基对，来自26万余种生物
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核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( ) 2. EMBL in Europe ( /embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库 2 成对序列比对与 成对序列比对与BLAST工具 工具 3 多重序列比对与 多重序列比对与Clustal工具 工具 4 序列比对的应用
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1 序列数据库 基本类型： 基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注， 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
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最后命中168条 从中选中NM_148952，以待详细分析。 最后命中168条，从中选中NM_148952，以待详细分析。
直接进入序列文件，或点 直接进入序列文件，或点”reports”， ， 可选”Graphic”图形显示 可选 图形显示
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经由基因复制基因复制而演化形成在同一生物体的一系而演化形成在同一生物体的一系列结构及功能相似的序列列结构及功能相似的序列序列的相似与序列的同源之间无必然的因果关系相似并序列的相似与序列的同源之间无必然的因果关系相似并不一定同源但存在一定的不一定同源但存在一定的相关性相关性足够的相似性往往足够的相似性往往意味着同源关系的存在意味着同源关系的存在安徽大学生命科学学院安徽大学生命科学学院成对序列比对用于两个核酸蛋白质序列间相似性比较是生物信息用于两个核酸蛋白质序列间相似性比较是生物信息学的基本技术是多重比对的基础
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 Entrez为基于万维网 NCBI数据库检索 的NCBI数据库检索 系统， 系统，通过输入关 键词， 键词，运用布尔算 可在NCBI NCBI所有 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。 搜索。
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