肿瘤科药物基因检测介绍

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肿瘤基因检测的解读作业流程

肿瘤基因检测的解读作业流程

从临床进入基因检测步骤是入口,检测结果结合临床信息进行合了解读是出口,这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、试验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个步骤。

其中第四部分临床解读部分即是依据检测结果、患者信息、医生共识综合判定,临床和遗传咨询有效衔接、充足沟通,最终出具临床解读汇报。

在做成临床解读汇报之前,首先需要将解读各个步骤进行明确,包含解读步骤步骤,解读技术细节。

这么才有可能真正做到解读规范化,使解读过程有据可依,有章可循,才能出具一份好临床解读汇报,基因检测才能愈加好服务患者和临床医生。

从大框架讲,基因检测数据解读可分为三个步骤:原始数据→分析数据、基于数据库解读→和患者个体表征/临床病例结合解读。

1、读懂原始数据将测序原始序列数据(FASTQ)去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38(NCBI版本)或hg19/hg38(UCSC版本)人类基因组参考序列上,Picard去除反复序列,使用GATK检测SNV和Indel变异,使用ANNOVAR 进行变异注释。

最终取得一份.vcf文件(图1)。

图1 从测序原始序列数据到vcf文件步骤一份vcf文件包含以下基础信息。

Chr:变异所在染色体Start:变异在染色体上起始位置End:变异在染色体上结束位置Ref:参考基因组序列Alt:检测样本基因组序列Func.refGene:变异所处参考基因功效区(exonic,intronic,UTR3,UTR5,splicing,upstream,downstream,intergenic)(此处exonic特指外显子编码氨基酸区,不包含外显子UTR区)Gene.refGene:变异所处参考基因名称(假如是基因间,则是两侧基因)GeneDetail.refGene:非外显子区处于特定转录本中具体位置(假如是基因间,则是距离两侧基因距离)ExonicFunc.refGene:外显子区变异类型(frameshift insertion,frameshiftdeletion,stopgain,stoploss,nonframeshift insertion,nonframeshiftdeletion,synonymous SNV,nonsynonymous SNV),假如这一栏是一个“.”话,就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene:氨基酸水平改变(同一个基因可能含有多个转录本,氨基酸改变位置在不一样转录本中有可能不一样)经注释后vcf文件还会包含以下信息:CLINSIG:该变异在ClinVar数据库中临床意义(Benign,Likely benign,Uncertain significance,Likelypathogenic,Pathogenic,Drug-response)CLINDBN:该变异所引发疾病名称CLINACC:该变异登记号和版本号(VariantAccession and Versions)CLINSDB:该变异所引发疾病所在数据库名称CLINSDB:该变异所引发疾病所在数据库中IDPopFreqMax:该变异人群中最大等位基因频率1000_All:该变异在千人基因组计划数据库中人群等位基因频率1000_AFR:该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群等位基因频率1000_AMR:该变异在千人基因组计划数据库中美国人群等位基因频率1000_EAS:该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群等位基因频率1000_EUR:该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群等位基因频率1000_SAS:该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群等位基因频率Snp138:该变异在dbSNP数据库中IDCosmic70:该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中IDESP6500siv2_ALL:该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中人群等位基因频率ESP6500siv2_AA:该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA:该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All:该变异在ExAC数据库中人群等位基因频率ExAC_AFR:该变异在ExAC数据库中非洲人群等位基因频率ExAC_AMR:该变异在ExAC数据库中美国人群等位基因频率ExAC_EAS:该变异在ExAC数据库中东亚人群等位基因频率ExAC_FIN:该变异在ExAC数据库中芬兰人群等位基因频率ExAC_NFE:该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群等位基因频率ExAC_OTH:该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外人群等位基因频率ExAC_SAS:该变异在ExAC数据库中南亚人群等位基因频率CG46:该变异在CG46数据库中人群等位基因频率。

肿瘤个体化治疗基因检测.doc

肿瘤个体化治疗基因检测.doc

第一部分项目背景一、肿瘤临床转化医学背景21世纪伊始,人类基因组研究成果斐然,在循证医学的浪潮推动下,基因组学、RNA组学和反应组学等生命科学与医学领域交融,转化,率先在肿瘤个体化靶向治疗领域进入了NCCb和ASCO CSCO各种肿瘤临床治疗规范。

在一系列转化应用中,使患者明显获益,各种基于循证医学的肿瘤多中心、大样本、随机性双盲的前瞻性研究结果,共同提示基因检测用于肿瘤转化医学靶向治疗和个体化化疗,不仅是肿瘤医药学领域里程碑式的革命,也将诊断病理学科带入了分子病理、个体化治疗的新时代。

美国Kalorama In formation 公司在2007年发表了关于分子诊断的专题市场调查报告“分子诊断:全球主要市场”(Molecular Diag nostics: Major World Market )。

报告预计从2006年到2016年分子诊断市场的平均年增长率达到41.5%。

药物基因组学在这10年间将有184%勺平均年增长率,预计癌症相关基因的检测平均年增长率将达到68%据我国卫生部统计,20世纪90年代我国肿瘤发病率已上升为127例/10万人。

近年来我国每年新增肿瘤患者160〜170万人,总数估计在600万人左右,肿瘤已经成为我国的第一死亡原因。

肿瘤患者对治疗有效性的提高需求迫切,2007年我国医院肿瘤用药销售额累计约为158.7亿元人民币,同比上一年增长高达61.2%,大大高于其它医疗药品的市场增长幅度。

但抗肿瘤药物广泛应用的同时,给患者带来严重的问题:治疗的有效率不高、针对性不强、副反应较多、费用昂贵等。

基于药物基因组学临床检测的肿瘤个体化治疗为上述问题解决带来曙光,美国ASCO已公布的多个临床实验已证实,通过检测肿瘤患者肿瘤组织中的基因突变靶点及基因SNP分型、mRNA基因定量表达,为临床提供靶向及个体化化疗的依据,能显著提高治疗的有效率,降低药物毒副作用。

如:2009年1月美国ASCO消化肿瘤会议总结:选择K-ras野生基因型患者应用EGFR单抗使美国2008年节约了601亿美金,并把这一晚期患者生存期提高了11.5个月。

肿瘤个体化用药指导基因检测

肿瘤个体化用药指导基因检测
Cancer Letters, National estimates of cancer prevalence in China, 2011
2015年中国癌症统计数据揭示,预计2015年有新发浸润性 癌病例数429.2万,相当于平均每天新发12000例癌症,有281.4 万癌症死亡病例,相当于平均每天7500人死于癌症。
肿瘤治疗需解决的核心问题
设计针对性的用药方案
精准医疗时代
个体化治疗
大家有疑问的,可以询问和交流
可以互相讨论下,但要小声点
个体化用药基因检测项目
肿瘤个体化治疗以疾病靶点基因诊断信息为基础,以循证医学研究结果为依据,为患者提供接受正确治 疗方案的依据。临床研究证实,通过检测肿瘤患者生物样本中生物标志物的基因突变、基因SNP分型、基 因及其蛋白表达状态来预测药物疗效和评价预后,指导临床个体化治疗,能够提高疗效,减轻不良反应。
指导临床靶向用药,协助医生制定个体化治疗方案
适用人群:1. 靶向药物治疗患者,为肿瘤治疗提供依据
2. 原有药物疗效不佳者,可调整用药方案
服务流程:
化疗用药指导基因检测
肿瘤常见化疗药物
化疗是对抗肿瘤的主要武器,在临床治疗中约占70%。然而在肿瘤的化疗中,无论是疗效还是毒性反应 ,都存在比较大的个体差异,这种差异与个体的基因型直接相关。因此,进行化疗用药前相关基因检测,提 高化疗药物的敏感性,选用对个体毒副作用低的药物对癌症的治疗具有关键意义。
以EGFR抑制剂为例解释靶向药物的作用机制
中国上市的部分肿瘤靶向药物
非小细胞肺癌靶向治疗效果
非小细胞肺癌(NSCLC)是最常见的肺癌种类。目前靶向治疗已经成为非小细胞肺癌临床治疗的重要手段。易 瑞沙和特罗凯作为表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKIs),是目前批准用于非小细胞肺癌靶向治疗的 主要药物。大量研究和临床试验证明易瑞沙和特罗凯对EGFR基因突变的患者有效率显著优于化疗。

肿瘤个体化治疗基因检测教程课件

肿瘤个体化治疗基因检测教程课件
法律框架的建立
需要建立完善的法律框架来规范肿瘤个体化治疗基因检测 的相关活动,保护患者的权益和隐私,同时也保障技术的 正常发展。
监管体系的完善
为了确保基因检测的准确性和可靠性,需要建立完善的监 管体系,对相关机构和实验室进行严格的认证和监管。
05
肿瘤个体化治疗基因检测 案例分析
肺癌基因检测案例
患者情况
患者为52岁男性,长期吸烟史,诊断为肺腺 癌。
个体化治疗方案
针对T790M突变,采用第三代EGFR抑制剂 奥希替尼进行治疗。
基因检测结果
检测到EGFR基因突变,为T790M突变。
治疗效果
患者病情得到有效控制,肿瘤缩小,生活质 量提高。
结直肠癌基因检测案例
01
患者情况
患者为45岁女性,有家族遗传史, 诊断为结直肠癌。
肿瘤个体化治疗基因检测教 程课件
目 录
• 肿瘤个体化治疗基因检测概述 • 肿瘤个体化治疗基因检测的方法与技术 • 肿瘤个体化治疗基因检测的应用领域 • 肿瘤个体化治疗基因检测的挑战与前景 • 肿瘤个体化治疗基因检测案例分析
01
肿瘤个体化治疗基因检测 概述
定义与重要性
定义
肿瘤个体化治疗基因检测是指通过检测肿瘤组织或血液样本 中的基因变异情况,为患者提供针对性的治疗方案。
基因表达谱分析的结果有助于临床医生深入了解肿瘤的生 物学特征,为制定更加精准的治疗方案提供科学依据。
03
肿瘤个体化治疗基因检测 的应用领域
靶向治疗
靶向治疗是一种针对特定基因突变的治疗方法,通过抑制肿 瘤细胞的生长和扩散来达到治疗目的。基因检测可以检测出 与靶向治疗相关的基因突变,为患者提供更精准的治疗方案 。
个体化治疗方案

基因组学在肿瘤诊疗中的应用

基因组学在肿瘤诊疗中的应用

基因组学在肿瘤诊疗中的应用一、基因组学概述基因组学是生物学的一个重要分支,研究基因组的结构、功能、变异等方面。

基因组是指一个组织或个体所拥有的所有DNA序列。

基因组学在人类健康领域中有着广泛应用,其中肿瘤诊疗是其中一个关注的热点。

二、基因组学在肿瘤诊疗中的应用肿瘤是一种危害人类健康的病症,而基因组学在肿瘤的研究和诊疗中发挥着关键作用。

1.基因检测基因检测是通过检查一个人的特定基因来寻找潜在疾病的遗传风险或对特定药物反应的可能。

对于肿瘤来说,基因检测可以帮助确定病人患癌症的风险,以及预测哪些治疗方案最适合患者。

基因检测可以通过分析结肠癌、乳腺癌、卵巢癌等癌症患者的基因组数据来帮助医生选择适当的治疗方案。

2.基因组学用于癌症诊断基因组学的发展已经改变了传统的肿瘤诊断方法。

传统的肿瘤诊断通常是通过组织病理学检查来进行确诊。

而基因组学则可以通过对患者的DNA序列进行分析,帮助确定肿瘤类型、疾病预后、治疗反应和预后,从而帮助医生确定最佳治疗方案。

例如,基于基因组学技术的肺癌分子亚型诊断,不仅可以迅速确认肿瘤子型,而且能明确其对治疗的敏感程度。

3.靶向治疗靶向治疗依赖于对个体化基因组分析,根据患者特有的基因变异进行定位治疗。

肿瘤细胞的DNA序列常常包含有突变的基因,如EGFR、ALK、BRAF等,对应靶向药物也随之产生。

靶向药物通过作用于癌症患者肿瘤细胞中的突变基因或靶点,而不对正常细胞产生影响。

因此,靶向治疗比传统治疗具有更高的针对性和安全性。

4.基因编辑基因编辑技术还处于发展阶段,这是基于CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat)的技术,能够精确地编辑和修改基因组。

其使用对肿瘤治疗的影响相对较低。

然而,基因控制癌症细胞分裂和生长的突变的发现为肿瘤治疗打开了许多新的途径。

三、未来展望随着基因组学技术的不断发展和应用,肿瘤诊疗的精准化程度将大大提高。

肿瘤基因检测

肿瘤基因检测

EGFR
ALK
ROS1
B-RAF
PD-L1
NCCN指南
EGFR是肺癌靶向治疗成功的关键
Gefitinib EGFR M+ (n=132) Gefitinib EGFR M- (n=91) Carboplatin / paclitaxel EGFR M+ (n=129) Carboplatin / paclitaxel EGFR M(n=85)
蛋白水平(过表达): 细胞表面HER2蛋白受体表达大量增加 基因水平(扩增): HER2编码基因于细胞核内拷贝增加
IHC
FISH
HER-2阳性危害
1、对早期乳腺癌预后不利:
2、降低乳腺癌转移/复发患者的存活率:
HER-2阳性与靶向治疗
100 80
HER2阳性, 曲妥珠单抗 (n=191) HER2阴性 (n=1782) HER2阳性, 无曲妥珠单抗 (n=118)
存活率 (%)
60 40 20
0 0
12
24
36
48
60
确诊后时间 (月)
一项回顾性研究数据显示,与HER2阴性乳腺癌相比,HER2阳性乳腺 癌患者接受曲妥珠单抗治疗后的死亡率下降44%
Dawood S et al. J Clin Oncol 2010;28:92–98.
HER-2阳性
1、含蒽环类药物耐药:
低复发风险者(RS<18) 从化疗中的获益极微
3、胃/食管癌个性化用药基因检测
HER-2
NCCN指南-胃癌
NCCN指南-食管癌
HER-2阳性判断
4、结直肠癌个性化用药基因检测MMR/MSI来自RASB-RAF
NCCN指南

肿瘤的基因检测

肿瘤的基因检测

靶向药物
针对特定肿瘤基因位点开发 直接作用于肿瘤组织 疗效好,副作用小
9/6/2019
6
靶向用药指导基因检测
根据NCCN肿瘤学临床实践指南建议:肿瘤 个体化用药基因检测是服用靶向药物时必 检项目
7
靶向药物
西妥昔单抗 (爱必妥) 帕尼单抗 (维克替比)
肿瘤类型
结直肠癌
伊马替尼 (格列卫)
胃肠间质瘤
索拉非尼 (多吉美)
肝癌
曲妥珠单抗 (赫赛汀)
2019/9/6
乳腺癌
检测项目
KRAS体细胞突变检测 (2,3外显子突变)
BRAF体细胞突变检测 (15外显子突变, T1799A)
PI3KCA体细胞突变检测 (9,20外显子突变)
C-Kit体细胞突变检测 (9外显子突变)
C-Kit体细胞突变检测 (11外显子突变)
9/6/2019
14
临床常用化疗药及相关基因
5-FU
DPYD MTHFR
铂类
ERCC1 XRCC1 GSTP1
伊立替康 UGT1A1
他莫西芬 CYP2D6
吉西他滨 CDA
巯嘌呤类 TPMT
9/6/2019
15
化疗用药指导基因检测列表
9/6/2019
16
化疗用药指导基因检测列表
9/6/2019
17
2、临床初诊,需要进行化疗的肿瘤患者; 3、肿瘤治疗后复发或发生转移,治疗方案无
效,需重新制定治疗方案的肿瘤患者;
9/6/2019
19
非小细胞肺癌基因检测
9/6/2019
20
结直肠癌基因检测
9/6/2019
21
胰腺癌基因检测

肿瘤学中的基因检测技术使用教程

肿瘤学中的基因检测技术使用教程

肿瘤学中的基因检测技术使用教程肿瘤学中的基因检测技术是一项重要的工具,可以帮助医生更好地了解肿瘤的生物学特性,制定个体化的治疗方案,并预测患者的治疗效果和预后。

本篇文章将详细介绍肿瘤学中常用的基因检测技术,包括DNA测序、RNA测序、基因芯片和PCR等。

一、DNA测序DNA测序是一种通过测定DNA序列来检测肿瘤相关基因的技术。

目前广泛使用的DNA测序技术有Sanger测序和高通量测序。

1. Sanger测序Sanger测序是一种经典的DNA测序技术,其原理是通过DNA链终止的方法测定DNA序列。

在Sanger测序中,一条模板DNA被分成若干片段,然后通过DNA聚合酶扩增这些片段,并在扩增过程中加入少量的二进制缺失聚合酶,这些缺失聚合酶会随机地将一个碱基加入到扩增的片段中,导致链终止。

扩增完成后,用电泳法将DNA片段按照大小分离,并通过荧光信号检测DNA序列。

2. 高通量测序高通量测序技术(Next Generation Sequencing, NGS)已成为肿瘤学中常用的DNA测序方法。

NGS技术可以同时对数千万的DNA分子进行测序,具有高效、准确的优点。

常用的NGS平台有Illumina和Ion Torrent等。

NGS技术可以帮助检测各种肿瘤相关的基因变异,包括突变、拷贝数变异和染色体重排等。

二、RNA测序RNA测序是一种检测肿瘤中基因表达的技术。

通过RNA测序可以了解不同基因的表达水平,识别组织或肿瘤中的新基因、变异表达基因和可变剪接等。

1. mRNA测序mRNA测序是RNA测序的一种常用方法。

在此方法中,mRNA首先被转化为cDNA,然后通过PCR扩增,并在扩增过程中加入特定的序列适配器。

扩增完成后,使用NGS技术对这些cDNA进行测序,以获得基因的表达水平信息。

2. 全转录组测序全转录组测序(Whole transcriptome sequencing, WTS)是一种通过测定全部转录RNA的方法来检测基因表达。

肿瘤基因检测与个体化用药

肿瘤基因检测与个体化用药

早期发现
通过对高危人群进行基因检测, 有助于早期发现肿瘤,提高治愈 率。
遗传咨询
对于遗传性肿瘤疾病,基因检测 可以为患者及家族成员提供遗传 咨询和生育建议。
基因检测在肿瘤个性化治疗中的应用
靶向治疗
通过基因检测确定肿瘤的基因变异类型,为患者提供针对性的靶向治疗。
免疫治疗
基因检测结果有助于判断患者对免疫治疗的敏感性和预后,指导治疗方案的选择 。
基因检测在个体化用药中的应用
基因检测是实现个体化用药的关键技术之一,通过检测患者的基因型、表型和其他 生物学特征,可以预测患者对不同药物的反应和耐受性。
基因检测在个体化用药中的应用包括:预测药物的疗效、预测药物的副作用、指导 药物的剂量调整以及发现新的药物治疗靶点等。
随着基因检测技术的不断发展,越来越多的基因检测项目将被应用于临床实践中, 以实现更加精准和个性化的药物治疗。
检测结果解读难度大
基因检测结果涉及多个基因、多个位点的变异,解读需要专业知 识和经验,对医生提出了较高的要求。
检测准确度有待提高
由于基因突变类型多样,检测技术仍存在一定的假阳性或假阴性 的可能,影响结果的准确性。
个体化用药的伦理与法律问题
患者隐私保护
肿瘤基因检测涉及患者个人隐私, 如何在保护隐私的同时实现有效
03 肿瘤基因突变与靶向治疗
肿瘤基因突变的类型与特点
驱动基因突变
01
这类基因突变在肿瘤发生发展中起关键作用,常见的如EGFR、
ALK、ROS1等。
肿瘤标志物
02
某些基因的表达水平变化可作为肿瘤标志物,用于监测肿瘤进
展和治疗效果。
肿瘤基因突变的特性
03
肿瘤基因突变具有异质性、多态性等特点,不同患者甚至同一

肿瘤基因检测的解读流程

肿瘤基因检测的解读流程

从临床进入基因检测流程是入口,检测结果结合临床信息进行合理解读是出口,这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断,临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通,最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前,首先需要将解读的各个环节进行明确,包括解读的步骤流程,解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化,使解读过程有据可依,有章可循,才能出具一份好的临床解读报告,基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲,基因检测数据解读可分为三个步骤:原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据(FASTQ)去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38(NCBI版本)或hg19/hg38(UCSC版本)人类基因组参考序列上,Picard 去除重复序列,使用GATK检测SNV与Indel变异,使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件(图1)。

Func.refGene:变异所处参考基因的功能区(exonic,intronic,UTR3,UTR5,splicing,upstream,downstream,intergenic)(此处的exonic特指外显子编码氨基酸区,不包括外显子的UTR区)Gene.refGene:变异所处参考基因名称(如果是基因间,则是两侧的基因)GeneDetail.refGene:非外显子区处于特定转录本中的具体位置(如果是基因间,则是距离两侧的基因的距离)ExonicFunc.refGene:外显子区的变异类型(frameshift insertion,frameshiftdeletion,stopgain,stoploss,nonframeshift insertion,nonframeshiftdeletion,synonymous SNV,nonsynonymous SNV),如果这一栏是一个“.”的话,就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene:氨基酸水平的改变(同一个基因可能具有多个转录本,氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样)经注释后的vcf文件还会包含如下信息:CLINSIG:该变异在ClinVar数据库中的临床意义(Benign,Likely benign,Uncertain significance,Likelypathogenic,Pathogenic,Drug-response)CLINDBN:该变异所引起的疾病名称CLINACC:该变异的登记号和版本号(VariantAccession and Versions)CLINSDB:该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB:该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax:该变异人群中的最大等位基因频率1000_All:该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR:该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR:该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS:该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR:该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS:该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138:该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70:该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All:该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR:该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR:该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS:该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN:该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE:该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH:该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS:该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46:该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

肿瘤的基因检测

肿瘤的基因检测

3/2/2016
24
基因决定化疗用药差异
小结: 个体差异导致同一人群对不同的化 疗药物药物敏感性不同。 基因检测可为医生提供有力的证据 和信息,指导最佳治疗方案的选择。
3/2/2016
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作用原理: 借由干扰细胞分裂的机制来抑制癌细胞的生长,譬如抑制DNA复制或是 临床应用的四种方式: 阻止染色体分离。多数的化疗药物都没有专一性,所以会同时杀死进行细胞分裂的 (1)晚期或播散性肿瘤的全身化疗: 正常组织细胞。
不通过手术,直接化疗,近期目的是取得缓解; (2)辅助化疗: 局部治疗(手术或放疗)后,针对可能存在的微小转移病灶 ,防止其复发转移而进行的化疗; (3)新辅助化疗: 手术或放射治疗前先使用,目的是希望化疗后肿瘤缩小,从 而减少切除的范围, 缩小手术造成的伤残; (4)特殊途径化疗: 如腔内治疗、椎管内化疗、动脉插管化疗
伊马替尼 (格列卫)
胃肠间质瘤
C-Kit体细胞突变检测 (11外显子突变) PDGFRA体细胞突变检测 (D842V) VEGFR1/23基因表达量检测
C-kit第11外显子突变 /PDGFRA突变的疗效最 佳
有效 无效 有效 无效 有效
索拉非尼 (多吉美)
肝癌 PDGFR基因表达量检测
VEGFR2表达水平高 /PDGFR表达水平高的疗 效佳
突变检测 NCCN非小细胞肺癌临床指南:
EGFR基因突变,尤其是外显子19缺失,外显子21突变(L861Q)及外显 子18突变(G719S),肿瘤对酪氨酸抑制剂(TKIs)的敏感度有重要 关系。 EGFR和KRAS突变在肺癌患者中互相排斥。 TKI治疗耐药与KRAS突变及特定的获得性EGFR突变(如T790M)有关。
西妥昔单 抗/爱必妥

肿瘤基因检测结果报告解读

肿瘤基因检测结果报告解读

肿瘤基因检测结果报告解读
肿瘤基因检测是一种通过检测肿瘤细胞中的基因变异来了解肿
瘤的发生、发展和治疗的方法。

肿瘤基因检测结果报告是基于检测结果的详细分析和解释,为医生和患者提供有关肿瘤基因变异的信息,帮助医生制定更精准的治疗方案。

肿瘤基因检测结果报告中常见的内容包括:
1. 检测项目和方法:报告会详细列出所检测的基因和方法,以及负责检测的实验室和技术人员。

2. 检测结果:报告会列出基因的变异类型和频率,并根据变异的临床意义进行分类和解析。

一般来说,报告会将基因变异分为以下几类:
a. 病理突变:对肿瘤的发生和发展具有重要作用,是肿瘤治疗的重要靶点。

b. 变异:与病理突变不同,变异可能对肿瘤的发生和发展没有直接影响,但可能与肿瘤治疗的反应有关。

c. 多态性:常见于人群中,与肿瘤的发生和发展无关。

3. 临床解读:报告会根据检测结果为患者提供相应的临床解读,例如建议进一步的检测和治疗方案。

4. 报告解释:报告会对检测结果进行解释,包括基因变异的临床意义、该变异在肿瘤治疗中的作用、建议的治疗方案等。

总之,肿瘤基因检测结果报告是对患者肿瘤基因变异情况的详细分析和解释,为医生提供有关肿瘤治疗的更准确的信息,从而制定更
科学、更有效的治疗方案。

肿瘤基因检测报告解读

肿瘤基因检测报告解读

肿瘤基因检测报告解读一、检测人基本信息姓名:性别:年龄:检测日期:检测报告编号:二、检测结果解读1. 检测项目及结果(1)基因突变检测基因剪切突变复合突变位点突变EGFR √ × √KRAS × √ ×BRAF × × √ALK × × √以上为本次检测的基因突变情况。

(2)基因拷贝数变异检测基因检测结果HER2 2.5倍基因拷贝数MET 2.7倍基因拷贝数以上为本次检测的基因拷贝数变异情况。

2. 检测结果解释(1)基因突变检测EGFR基因位点19和21的突变均存在,KRAS基因突变未检出,BRAF基因位点V600E 突变存在,ALK基因突变均未检出。

根据现有研究,EGFR、KRAS、BRAF、ALK基因的突变状态与肿瘤的预后和治疗反应都有密切关系。

EGFR基因位点19和21突变是EGFR-TKI治疗的一个重要标志,但BRAF基因位点V600E 突变可导致耐药。

本次检测结果显示您可能对EGFR-TKI 药物敏感,但具有较高的抗药风险。

同时,BRAF基因位点V600E突变也应引起重视。

(2)基因拷贝数变异检测HER2基因拷贝数为2.5倍,MET基因拷贝数为2.7倍,均处于中等水平。

HER2基因和MET基因的拷贝数变异状态也与肿瘤治疗效果密切相关。

HER2基因扩增者可受益于相关靶向药物,而MET基因扩增者对某些靶向药物有一定敏感性。

但目前HER2基因和MET 基因扩增状态对治疗反应预测的准确性还待进一步研究。

三、医学意见和建议本次检测结果仅供参考,并不能完全代表个体的治疗反应。

建议结合其他临床信息,制定最适合个体的治疗方案。

根据目前的检测结果,建议您就近寻求专业肿瘤医师的意见,根据个体情况制定详细的治疗计划。

四、报告解释说明1、基因突变检测采用高通量测序技术,检测限为1%。

2、基因拷贝数变异检测采用数字PCR技术,检测限为0.1。

肿瘤基因检测的内容

肿瘤基因检测的内容

肿瘤基因检测的内容
肿瘤基因检测是一种通过分析肿瘤细胞中的基因组和基因表达来评估肿瘤的性质和特征的方法。

该检测通常涉及以下内容:
1. 基因变异检测:检测肿瘤细胞中的基因组变异,包括突变、插入/缺失、染色体重排等。

这些变异可能会导致肿瘤细胞的
异常增殖和其他异常特征。

2. 基因表达分析:检测肿瘤细胞中基因的表达水平,包括某些基因的过度或不足表达。

这有助于了解肿瘤细胞中的代谢和信号转导通路的异常情况。

3. 融合基因检测:检测肿瘤细胞中的融合基因,这是由于基因重排或染色体重排引起的两个基因的融合。

这些融合基因在某些类型的肿瘤中很常见,并且可能会导致肿瘤的发展。

4. 基因组学分析:通过对肿瘤细胞中的大规模基因组数据的整合和分析,以识别与肿瘤相关的基因和通路。

5. 单基因检测:针对已知与肿瘤发展相关的特定基因进行检测,以评估是否存在该基因的突变或其他异常变化。

这些检测结果可以帮助医生更好地了解肿瘤的特征,指导治疗方案的选择,并预测肿瘤的预后。

这样可以实现个体化的肿瘤治疗,提高治疗效果和生存率。

肿瘤基因检测十大品牌

肿瘤基因检测十大品牌

吉因加科技
• 吉因加科技是一家专注于基因检测和生物信息学的公司,其 产品和服务涵盖了肿瘤基因检测、遗传病基因检测等多个领 域。吉因加科技在肿瘤基因检测领域拥有一定的市场份额。
思路迪诊断
• 思路迪诊断是一家专注于肿瘤基因检测的公司,其产品和服 务涵盖了从科研到临床的全方位应用。思路迪诊断在肿瘤基 因检测领域拥有较高的市场占有率。
肿瘤基因检测还可以为临床试验和治 疗方案的设计提供参考依据,有助于 推动肿瘤治疗领域的发展。
通过检测患者的基因变异情况,可以 预测患者对不同治疗的反应和预后, 从而选择更有效的治疗方案。
肿瘤基因检测对于提高患者生存率、 改善患者生活质量具有重要意义。
02
行业十大品牌
贝瑞基因
成立时间:2010年
荣誉:曾获得“中国基因检测行业十大 品牌”等荣誉。
服务领域:肿瘤基因检测、遗传病基因 检测、微生物基因检测等
总部地点:北京
检测技术:高通量测序、Sanger测序、 PCR、qPCR、基因芯片等
华大基因
总部地点:深圳
服务领域:肿瘤基 因检测、遗传病基 因检测、微生物基 因检测等
成立时间:1999年
检测技术:高通量 测序、Sanger测序 、qPCR等
肿瘤基因检测十大品牌
汇报人: 2023-11-28
目录
• 行业概述 • 行业十大品牌 • 品牌介绍与市场占有率 • 行业前景与趋势
01
行业概述
肿瘤基因检测的定义
01
肿瘤基因检测是指通过分析肿瘤 细胞的基因序列,预测患者对不 同治疗的反应和预后,从而为个 体化治疗提供依据。
02
肿瘤基因检测通常包括对肿瘤细 胞的病理学检查、基因表达谱分 析、变异基因检测等方面。

实体瘤分子靶向基因检测的基本原则-概述说明以及解释

实体瘤分子靶向基因检测的基本原则-概述说明以及解释

实体瘤分子靶向基因检测的基本原则-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述部分:实体瘤分子靶向治疗是一种个性化医疗的重要手段,通过检测患者肿瘤的分子特征,确定针对性治疗方案,可以提高治疗效果,减少不必要的毒副作用,延长患者生存时间。

分子靶向基因检测作为实现个性化治疗的重要一环,扮演着关键的角色。

本文将介绍实体瘤分子靶向基因检测的基本原则,帮助读者更好地了解这一领域的重要性和基本概念。

1.2 文章结构本文将从实体瘤分子靶向治疗的意义入手,介绍在肿瘤治疗领域中分子靶向基因检测的重要性。

随后,将详细讨论实体瘤分子靶向基因检测的基本原则,包括检测方法、样本来源、结果解读等内容。

最后,通过总结对实体瘤分子靶向基因检测的基本原则进行归纳,并展望未来在该领域的发展方向。

通过本文的分析,读者将对实体瘤分子靶向基因检测的基本原则有一个全面的了解,为临床实践提供一定的指导意义。

1.3 目的实体瘤分子靶向基因检测作为一种重要的临床检测手段,其目的主要包括以下几个方面:1. 确定合适的治疗方案:通过对患者的基因组信息进行分析,可以针对性地选择适合患者的靶向治疗药物,提高治疗效果。

2. 预测疗效和不良反应:基因检测结果可以帮助医生预测治疗的疗效和患者可能出现的不良反应,有助于调整治疗方案和保障患者的安全。

3. 个体化治疗:通过了解患者的基因变异情况,可以为每位患者提供个性化的治疗方案,避免“一刀切”治疗方式带来的不良影响。

4. 促进精准医学发展:实体瘤分子靶向基因检测作为精准医学的重要组成部分,有助于推动医学进步,提高临床治疗水平,为患者提供更好的医疗服务。

总的来说,实体瘤分子靶向基因检测的目的在于提高治疗效果、减少治疗风险、促进个体化治疗和推动精准医学的发展。

通过对患者基因组信息的准确分析,可以为临床治疗提供更科学、更精准的指导,最终实现更好的治疗效果和患者生存质量的提高。

2.正文2.1 实体瘤分子靶向治疗的意义实体瘤分子靶向治疗是一种个体化治疗手段,通过检测患者肿瘤组织中的分子表达情况,确定患者肿瘤的分子靶点,并选择相应的靶向药物进行治疗。

肿瘤基因检测技术的理论与实践

肿瘤基因检测技术的理论与实践

肿瘤基因检测技术的理论与实践随着生物技术的迅速发展和深入应用,现代医学科学已经进入了基因检测技术的时代。

肿瘤基因检测技术是通过免疫组织化学、蛋白质芯片、荧光原位杂交、DNA芯片等技术手段实现对癌症相关基因的检测,从而为临床治疗和防治奠定了重要基础。

本文将从肿瘤基因检测技术的原理、应用场景、检测方法和未来发展等多个角度,理论和实践相结合地为各级医疗工作者及广大读者详细介绍肿瘤基因检测技术。

一、肿瘤基因检测技术的原理肿瘤形成的原因,是正常细胞生长变异和异常增殖导致细胞的恶性分化和不可控增殖。

肿瘤发生过程中,往往伴随着许多基因的异常表达和突变,这些基因的表达变化与肿瘤细胞的转化和发展有着密切关系。

因此,肿瘤基因检测技术是以肿瘤特异性基因为目标,在病变组织中检测出相应的基因表达和突变,进而帮助医生更准确地诊断肿瘤类型、判断病变程度、制订适宜的治疗方案。

肿瘤基因检测的原理就是利用现代分子生物学的技术手段,对人类基因组、肿瘤相关基因进行一定范围的检测和分析,从而发现在肿瘤发生、发展、转移等过程中有哪些基因会出现异常改变,根据这些结果为患者提供精准、个体化的诊疗方案。

肿瘤基因检测技术融合了基因芯片、PCR、测序技术等多种技术手段,是一种多层次、多要素的综合性检测技术。

二、肿瘤基因检测技术的应用场景肿瘤基因检测技术具有广泛的应用场景,可用于肿瘤的早期诊断、治疗方案制定、预后评估等方面。

1、早期诊断:肿瘤基因检测技术可用于肿瘤的早期筛查和检测。

通过检测某些特异基因的表达以及一些新发现的肿瘤相关基因的突变情况,可发现目前临床上没有症状或者体征的早期肿瘤病变,从而及时制定治疗方案,增加治愈率和生存期。

2、治疗方案制定:肿瘤基因检测技术可为肿瘤患者制定个性化的治疗方案。

因为不同基因的变异导致的肿瘤发展机制不同,对于相同的外部治疗手段,不同的患者可能有着不同的治疗效果。

通过肿瘤基因检测,可以实现对基因及变异情况的研究,并根据其特异性为不同患者分别制定个性化的治疗方案。

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British Journal of Cancer, 2015, 112, 1709–1716
Subject incidences of grade 3/4 diarrhoea based on UGT1A1 genotype Green, yellow, and pink bars represent the incidences for patients harbouring UGT1A1 wild-type (*1/*1), heterozygous (*1/*6, *1/*28), and homozygous (*6/*6, *6/*28, *28/*28) genotypes, respectively. Abbreviation: RR=relative risk.
美国FDA已在伊立替康药品说明书上规定,使用伊立替康 前需检测患者是否携带有UGT1A1*28。
UGT1A1*28突变率
UGT1A1*6(G71R,211G>A)是东方人群中特有的突变等位基 因,该突变使UGT1A1活性下降70%,伊立替康所致4级中性粒细 胞减少症的发生率升高3倍。
Med Oncol (2013) 30:604
UGT1A1基因具有多态性,其表达水平高度可变,导致不同患 者间SN-38糖化反应速率相差最高达50倍。UGT1A1基因功能缺陷 可导致SN-38显著增加,从而显著增加腹泻/中性粒细胞减少发生。
UGT1A1基因具有多态性,国外研究发现最常见的是位于其启动 子区TATA盒内的TA重复次数多态性UGT1A1*28。野生型含6次TA重复 (TA6,UGT1A1*1),突变型个体含7次重复(TA7,UGT1A1*28)。
Use label-recommended dosage and administration (Moderate recommendation)
Decreased DPD activity
Start with at least a 50%
Leukocyte DPD activity reduction in starting dose
2. DPWG Guideline for capecitabine and DPYD Summary Select an alternate drug to capecitabine for DPYD poor metabolizer patients, and reduce capecitabine dose (by 50%) or select an alternate drug for DPYD intermediate metabolizers.
reduced to 30%-70% that of followed by titrationation
based on toxicity b or
pharmacokinetic test (if
Increased risk for severe or available)
——临床药学——F9——DNA序列测定—— 打印化验单——注明所检测的药物
2. 收费: 目前为自费项目,每个基因位点500元
3. 报告时间:2-3个工作日
❖ 标本要求:2~3ml静脉血,紫管真空抽血管(EDTA抗凝), 无需空腹,随时抽取,及时送检
at risk for toxicity with drug
exposure
(~3-5% of patients)
Implications for phenotypic Dosing
measures
recommendations
Normal DPD activity “Normal" risk for 5-FU toxicity
基因检测提示:患者为DPYD*2A突变杂合型,应在初始卡培他滨治疗时给予减量50%。
Cancer Res 2013 Mar;73(6):1958e68.
氟尿嘧啶(5-FU)、卡培他滨和替加氟都为嘧啶类似物, 属抗代谢类抗肿瘤药物。卡培他滨为5-FU的前体,替加氟为 5-FU的衍生物,两者在肝脏内可活化代谢为5-FU,发挥抗肿 瘤作用。
Pharmacogenomics. 2016 Jun;17(9):1005-17.
我院开展的基因检测项目
我院开展的基因检测项目
我院开展的基因检测项目
临床诊断
基因检测
基因实验室
临床医生优 化治疗方案
方案建议
➢调整剂量 ➢换药
检测报告单
药物基因检测申请单开立说明: 1. 病房:医生工作站——医嘱——其他科室检验——F9
UGT1A1*6(G71R,211G>A)是东方人群中特有的突变等位基 因,该突变使UGT1A1活性下降70%,伊立替康所致4级中性粒细 胞减少症的发生率升高3倍。
Table 3 Correlation between UGT1A1*6/*28 and severe neutropenia
亚洲人群研究的Meta分析结论如下: 1. UGT1A1*6 突变杂合型患者发生严重中性粒细胞减少的风险增加(OR=1.98),突变
肿瘤科药物基因检测 介绍
生物标记 1 TPMT 变异 2 UGT1A1 变异 3 DPYD变异
药物或代表药 巯嘌呤,硫唑嘌呤 伊立替康 卡培他滨 ,氟尿嘧啶,替加氟
今日主题
伊立替康药物基因检测
我院药物基因检测流程
伊立替康为喜树碱类抗肿瘤药物的前药,活性代谢产物SN-38作用靶点为 DNA拓扑异构酶I,抑制DNA的合成。伊立替康广泛应用于结直肠癌等实体瘤治 疗。伊立替康可导致严重的延迟性腹泻和粒细胞缺乏,导致化疗提前终止。
国外报道20%~40%的患者接受本品治疗可出现3~4度腹泻,并致化疗方案 提前中止,而国内相关研究发现汉族人用伊立替康副反应的发生率为5%左右, 明显低于西方报道的腹泻发生率。人群的遗传学背景差异可能是导致腹泻发生 率不同的主要原因。
Limonti A,et al. Cancer Treat Rev,2004,30(6):555-562
该Meta分析共纳入4855名患者,结果表明卡培他滨毒性(0-2级 vs. 3-5级)与DPYD*2A和2846T>A相关(合并OR为5.51,P=0.0013)
1. CPIC Guideline for capecitabine and DPYD Summary The CPIC Dosing Guidelines for fluoropyrimidines (i.e. 5-fluorouracil, capecitabine or tegafur) recommends an alternative drug for patients who are homozygous for DPYD non-functional variants - *2A (rs3918290), *13 (rs55886062), and rs67376798 A (on the positive chromosomal strand) - as these patients are typically DPD deficient. Consider a 50% reduction in starting dose for heterozygous patients (intermediate activity).
Genetic medicine, 2009,11(1):21-34
在接受伊立替康治疗过程中,野生型UGT1A1(6/6)基因型患 者出现严重毒性作用风险较低,UGT1A1*28杂合子(6/7)和突变 型纯合子(7/7)患者出现毒性作用的机率分别为12.5%和50%。
美国FDA已在伊立替康药品说明书上规定,使用伊立替康 前需检测患者是否携带有UGT1A1*28。
约40%低DPYD酶活性的个体携带DPYD*2A等位基因,其中有60 %的患者应用5-FU治疗后出现4级严重的粒细胞减少;而在 DPYD酶活性正常患者中,5-FU所致严重毒副反应的发生率仅为 10%。
因此,对DPYD*2A多态性进行检测可预测5-FU治疗导致致命性 毒性反应发生风险。
美国FDA在药品说明书中明确指出:使用5-Fu和卡培他滨时, 建议检测DPYD基因型。
纯合型患者发生严重中性粒细胞减少的风险增加更高(OR=4.44) 2. UGT1A1*6突变纯合型患者发生严重腹泻的风险显著增加(OR=3.51)
Subject incidences of grade 3/4 neutropenia based on UGT1A1 genotype Green, yellow, and pink bars represent the incidences for patients harbouring UGT1A1 wild-type (*1/*1), heterozygous (*1/*6, *1/*28), and homozygous (*6/*6, *6/*28, *28/*28) genotypes, respectively. Abbreviation: RR=relative risk.
Phenotype (genotype)
Wild-type High DPD activity
Diplotypes *1/*1
Heterozygous
*1/*2A; *1/*13;
Intermediate activity
*1/ c.2846A>T)
Have partial DPD deficiency,
exposure
(~0.2% of patients)
Complete DPD deficiency
Select alternate drug
Increased risk for severe or (Strong recommendation) even fatal drug toxicity when treated with 5-FU drugs
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