SSR分子标记ppt
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应用
• SSR标记因为具有共显性、高度重复性、高度丰富的多态 性等优点，成为构建遗传连锁图谱、研究群体遗传学、进 行分子标记辅助育种、系谱分析、品种指纹图谱绘制、品
种纯度检测、目标性状分子标记筛选和法医鉴定的理想工
具。目前在植物基因组中SSR标记研究非常活跃。SSR标记 技术已经应用于拟南芥、大豆、棉花、花生、葡萄、小麦 、水稻、番茄、甜菜和油菜等多种植物上。
3.SSR标记的操作步骤
第一步：DNA 提取：
提取DNA并用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。
第二步：PCR :
PCR体系： 模板DNA 引物 氯化镁 4种dNTP混合物 PCR缓冲液 TaqDNA 聚合酶
PCR反应程序 ： 变性94 ℃ → 复性（或退 火）50-62℃ → 延伸72 ℃，一般30-35个循环
SSR分子标记
王丹
目录
1.SSR标记技术的概念和原理 2.SSR标记技术的特点 3.SSR标记的操作步骤 4.SSR标记的应用
1.SSR标记技术的概念和原理
简单重复序列（Simple Sequence Repeat ，SSR ），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单 位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组 的不同位置，长度一般在100bp以内。
SSR标记的难点
利用SSR标记技术进行研究时，由于创建新的标记时需要知道重复序
列信息，如不能直接从DNA数据库存查询，则首先必须对其进行测
序。因此其开发有一定的难度，费用也较高。必须根据微卫星侧翼 序列设计引物，减少了其应用范围。虽然开始筛选重复序列和引物
设计过程较慢，但只要引物确定，使用便极为方便，结果极为可靠。
第三步：
琼脂糖电泳检测扩增质量（1%-2%琼脂糖凝 胶）；扩增产物电泳分离：一般用8%变性聚丙 烯凝胶电泳检测扩增产物
第四步：染色（多采用银染法）：
A.银染液的配制： 固定液(100mL冰乙酸加水稀释至1000mL)； 染色液(1.3gAgNO3、1．5mL37％甲醛，加水稀 释至1000mL)； 显色液 (30gNa2CO3、1．5mL37％甲醛 0 ． 2mL 20mg/mlNa2S203，加水稀释至1000mL)； 终止液(10％冰乙酸)。
SSR标记多态性分析
2.SSR标记技术的特点
SSR标记技术一般检测到的是一个单一的多位点等位基因位点。 微卫星呈共显性遗传，符合孟德尔遗传规律。 SSR标记所需的DNA较少，仅需微量组织。 SSR标记位点转化性。 SSR标记数量丰富。标记覆盖整个基因组，而且分布均匀。 实验重复性好，结果可靠性高。 SSR序列的两侧序列常较保守，在同种而不同遗传型间相同。 多数SSR无功能作用，增加或减少几个重复序列频率高，因而在品 种间具有广泛的位点变异。
SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DNA滑动 和错配或者有丝分裂、减数分裂过程姐妹染色单 体之间发生不均等的交换的结果。
SSR标记的多态性
微卫星主要以两个核苷酸为重复单位，也有一些微 卫星重复单元为3个核苷酸，少数为4个核苷酸或更 多。SSR的基序中最常见的是（CA）n和（TG）n， 在植物基因组中（AT）n最多。 不同遗传材料重复次数的可变性，导致SSR长度的高 度变异性，这一变异性是SSR标记产生的基础。微卫 星的突变率很高，从而产生了很多等位基因，导致了 微卫星的高度多态性。一般认为微卫星丰富的多态性 是微卫星不稳定性的表现。 由于微卫星寡核苷酸的重复次数在同一物种的不同 基因型间差异很大，微卫星呈共线性遗传。
• B.银染法操作： • 固定30min→去离子水洗涤30s，2次→染色 30min→去离子水洗涤2次(每次不超过 30S) →显色至所需要的程度→去离子水洗 30s终止显影。
第五步：结果分析
微卫星分子标记对18份山羊草基因型的扩增结果
SSR分子标记引物设计
• • • • 相关文献 近缘种的引物 数据库搜寻法 构建基因组，筛选SSR标记SSR标记原理
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置， 但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根 据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技 术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用 电泳分析技术就可以获得多态性主要来源与串联数 目的不同。根据分离片段的大小决定基因型，并 计算等位基因发生频率。
• SSR标记因为具有共显性、高度重复性、高度丰富的多态 性等优点，成为构建遗传连锁图谱、研究群体遗传学、进 行分子标记辅助育种、系谱分析、品种指纹图谱绘制、品
种纯度检测、目标性状分子标记筛选和法医鉴定的理想工
具。目前在植物基因组中SSR标记研究非常活跃。SSR标记 技术已经应用于拟南芥、大豆、棉花、花生、葡萄、小麦 、水稻、番茄、甜菜和油菜等多种植物上。
3.SSR标记的操作步骤
第一步：DNA 提取：
提取DNA并用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。
第二步：PCR :
PCR体系： 模板DNA 引物 氯化镁 4种dNTP混合物 PCR缓冲液 TaqDNA 聚合酶
PCR反应程序 ： 变性94 ℃ → 复性（或退 火）50-62℃ → 延伸72 ℃，一般30-35个循环
SSR分子标记
王丹
目录
1.SSR标记技术的概念和原理 2.SSR标记技术的特点 3.SSR标记的操作步骤 4.SSR标记的应用
1.SSR标记技术的概念和原理
简单重复序列（Simple Sequence Repeat ，SSR ），指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单 位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组 的不同位置，长度一般在100bp以内。
SSR标记的难点
利用SSR标记技术进行研究时，由于创建新的标记时需要知道重复序
列信息，如不能直接从DNA数据库存查询，则首先必须对其进行测
序。因此其开发有一定的难度，费用也较高。必须根据微卫星侧翼 序列设计引物，减少了其应用范围。虽然开始筛选重复序列和引物
设计过程较慢，但只要引物确定，使用便极为方便，结果极为可靠。
第三步：
琼脂糖电泳检测扩增质量（1%-2%琼脂糖凝 胶）；扩增产物电泳分离：一般用8%变性聚丙 烯凝胶电泳检测扩增产物
第四步：染色（多采用银染法）：
A.银染液的配制： 固定液(100mL冰乙酸加水稀释至1000mL)； 染色液(1.3gAgNO3、1．5mL37％甲醛，加水稀 释至1000mL)； 显色液 (30gNa2CO3、1．5mL37％甲醛 0 ． 2mL 20mg/mlNa2S203，加水稀释至1000mL)； 终止液(10％冰乙酸)。
SSR标记多态性分析
2.SSR标记技术的特点
SSR标记技术一般检测到的是一个单一的多位点等位基因位点。 微卫星呈共显性遗传，符合孟德尔遗传规律。 SSR标记所需的DNA较少，仅需微量组织。 SSR标记位点转化性。 SSR标记数量丰富。标记覆盖整个基因组，而且分布均匀。 实验重复性好，结果可靠性高。 SSR序列的两侧序列常较保守，在同种而不同遗传型间相同。 多数SSR无功能作用，增加或减少几个重复序列频率高，因而在品 种间具有广泛的位点变异。
SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DNA滑动 和错配或者有丝分裂、减数分裂过程姐妹染色单 体之间发生不均等的交换的结果。
SSR标记的多态性
微卫星主要以两个核苷酸为重复单位，也有一些微 卫星重复单元为3个核苷酸，少数为4个核苷酸或更 多。SSR的基序中最常见的是（CA）n和（TG）n， 在植物基因组中（AT）n最多。 不同遗传材料重复次数的可变性，导致SSR长度的高 度变异性，这一变异性是SSR标记产生的基础。微卫 星的突变率很高，从而产生了很多等位基因，导致了 微卫星的高度多态性。一般认为微卫星丰富的多态性 是微卫星不稳定性的表现。 由于微卫星寡核苷酸的重复次数在同一物种的不同 基因型间差异很大，微卫星呈共线性遗传。
• B.银染法操作： • 固定30min→去离子水洗涤30s，2次→染色 30min→去离子水洗涤2次(每次不超过 30S) →显色至所需要的程度→去离子水洗 30s终止显影。
第五步：结果分析
微卫星分子标记对18份山羊草基因型的扩增结果
SSR分子标记引物设计
• • • • 相关文献 近缘种的引物 数据库搜寻法 构建基因组，筛选SSR标记SSR标记原理
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置， 但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根 据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技 术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用 电泳分析技术就可以获得多态性主要来源与串联数 目的不同。根据分离片段的大小决定基因型，并 计算等位基因发生频率。