杂交稻主要亲本的SSR分子身份证数据库的构建

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11 1材料与来自法水稻材料 5个1 1 1 初步筛选 SSR 引物的 12 个水稻品种
籼型三系杂交稻 17 份 ( 编号为 122~ 138) 以及籼 型两系杂交稻 1 份 ( 编号为 139) ( 表 1) 。
恢复系 ( 明恢 86、蜀恢 527、 9311、明恢 63 、闽
表 1 供试的 139 份水稻品种材料 Table 1 139 rice cultivars used in this study
编号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 注: * 品种 测 64 早恢 80 早恢 100 早恢 89 鄂恢 928 晚三 明恢 63 明恢 69 明恢 72 明恢 75 明恢 77 明恢 81 明恢 82 明恢 86 航1号 明恢 88 泸恢 17 泸恢 6 号 盐恢 559 辐恢 718 辐恢 838 辐恢 101 198 蜀恢 881 编号 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 品种 蜀恢 527 绵恢 436 江恢 151 武恢 898 湖恢 福恢 016 福恢 964 中恢 8006 云恢 72 桂 99 蜀恢 537 宁恢 3111 宁恢 627 乐恢 188 密阳 46 先恢 207 恩恢 99- 64 南恢 511 岳恢 94 广恢 128 广恢 998 广恢 3550 闽恢 3129 闽恢 3139 编号 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 品种 闽恢 3229 闽恢 3301 闽恢 3119 闽恢 3189 闽恢 6118 榕恢 175 镇恢 084 绵恢 501 科恢 752 多恢 43 镇恢 129 闽恢 301* 闽恢 302* 编号 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 品种 渝恢 6078 173 恢 9810 中恢 2070 IR26 8L124 岗恢 22 蜀恢 162 蜀恢 524 gk1019 中恢 413 669 IR 58025B 闽丰 29B - 32A - 32 B 珍汕 97A 谷丰 A 谷丰 B 天丰 A 连丰 A 粤丰 B 绵香 1B 岳 4B 编号 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 品种 福伊 B 菲改 B 龙特甫 A 龙特甫 B 闽丰 1B 珍白 B 丰 008B 花 IB 博白 B 地香 B 中 9B 早冈 B 金 23B 协青早 B 优 IB D 702B D 62B D 297B V 20B T 55B IR688998B IR68902B IR 73328 B 广占 63S 编号 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 品种 9311( 扬稻 6 号 ) 优明 86 优 3301 优 3229 优 3139 优 3119 汕优 63 汕优 46 闽优 3301 天优 3301 天优 3229 谷优 3301 谷优 527 谷优 3139 谷优 3119 连优 6118 连优 3189 特优 3189 扬两优 6 号
第2期
颜静宛等 : 杂交稻主要亲本的 SSR 分子身份证数据库的构建 恢 3229 ) ; 4 个 保 持 系 (
149 32B 、珍 汕 97B 、岗
建尚不完善。本研究以南方稻区主推的或即将推出 的恢复系、 不育系( 保持系 ) 以及高产优质组合的杂 交稻为材料, 在已构建的基于明恢 86 的 SSR 电子 遗传图谱的基础上, 筛选出一套分布于水稻 12 条染 色体长短臂上的 24 对多态性好的微卫星标记 , 利用 该标记进行遗传多态性分析, 并构建 137 份材料 24 个标记的分子身份证指纹图谱数据库 , 这对完善 水稻品种快速鉴定与辨认具有实际意义。
收稿日期 : 2010- 12- 13 初稿 ; 2011- 01- 11 修改稿
作物品种的 DNA 指纹数据库构建 , 已大规模开展 并取得一定的进展。张彦等 利用 10 对 SSR 引物 构建 21 个水稻材料的 SSR 指纹图谱 , 利用计算机 软件构建数据库, 并引入了分子身份证的概念; 庄杰 云等[ 2] 利用 24 对引物构建了 103 个水稻品种的微 卫星数据库; 肖小余等 对四川省主要杂交稻亲本 进行了 SSR 多态性分析, 构建了指纹图谱并进行杂 交种纯度鉴定研究 ; 程本义等 构建了 199 个水稻 品种 12 个首选标记的南方稻区国家水稻区域试 验品种 DNA 指纹库。但目前的研究还只是局限于 部分材料的数据库构建 , 主栽水稻品种数据库的构
[ 4] [ 3] [ 1]
作者简介 : 颜静宛 ( 1977- ) , 女 , 硕士 , 助理研究员 , 主要从事植物功能基因组研究 通讯作者 : 王锋 ( 1963- ) , 男, 博士 , 研究员 , 主要从事植物基因工程研究 ( E mail: w f@ f jage org) 基金项目 : 福建省科技计划重点项目 ( 2007N 0031)
福建农业学报 26( 2) : 148~ 152, 2011
F uj ian J ournal of A g r icultural Sciences
文章编号 : 1008- 0384 ( 2011 ) 02- 148- 05
杂交稻主要亲本的 SSR 分子身份证数据库的构建
颜静宛1 , 田大刚1 , 许
Constructing SSR Molecular Database for Identity System of Hybrid Rice Parents
特异性、 一致性和稳定性 ( DU S) 是农作物新品 种必备的特征。随着种子产业的快速发展, 水稻品 种数量逐年递增 , 其中明显存在着一些品种血缘关 系相近、 形态特征相似的情况。经典的鉴定一般需 要在作物收获后才能完成 , 所需周期较长, 而且由于 鉴定的性状指标多属于数量性状, 存在连续变异、 易 受外界环境影响等特点, 因此很难对其进行明确的 描述。实际上鉴定机构是无法通过种植鉴定方法来 完成目前数目庞大的水稻品种的区别鉴定。 近年来, 随着 DNA 标记广泛开发与应用, 以利 用微卫星标记为基础的水稻、 小麦和玉米等主栽农
46B、谷丰 B) ; 3 个粳稻 ( 02428、 L ement 、中花 15) , 这 12 个品种是生产上应用较广泛, 在亲缘关 系上具有代表性的水稻品种。 1 1 2 构建分子身份证数据库的水稻品种材料 以目前生产中常用的或即将推广的恢复系、不育系 或保持系以及杂交稻组合 材料为主要材 料, 共有 139 份品种, 其中恢复 系材料 84 份 ( 编号为 1~ 84) , 籼型细胞质雄性不育系 ( 保持系 ) 35 份 ( 编 号为 85~ 119) , 籼型光温敏核不育系 1 份 ( 编号 为 120) , 籼型两系杂交稻父本 1 份 ( 编号为 121) ,
( 1. 福建省 农业科学院生物技术研究所 , 福建 摘 福州
彦1, 2 , 王
锋1
福州 350002)
350003; 2. 福建农林大学生命科学学院 , 福建
要 : 利用前期构建的基于明恢 86 的 SSR 电子遗传图谱 , 筛选得到分布于水稻 12 条染色体长短臂 上的 24 对
多态性好的 SSR 标记 , 利用这些标记对 139 份水稻品种材 料进行多态 性分析 , 从而得到 142 个等位 位点 , 24 个 标记位点的分布范围在 2~ 10 之间 , 平均值为 5 9。这些标记对杂交稻组 合的鉴别能力高于对杂交稻亲本的鉴 别 能力 , 这在对 目前生产中数目繁多的杂交组合的识别鉴定具备突出的优势。对 18 个杂交 稻组合与 其亲本材料 进 行了标记匹配性分析 , 在确定了母本高精确性 遗传的同 时 , 剔除 了 2 个 假杂交 稻。此外 , 构 建了 137 个水稻 品 种材料 24 个标记的分子身份证数据库 , 本库可直接应用 于生产中相 关的亲本 鉴定及种子 验杂 , 从而 为杂交 水 稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。 关键词 : 水稻 ; 电子遗传图谱 ; 微卫星标记 ; 分子身份证数据库 中图分类号 : S 511 文献标识码 : A YA N Jing w an1 , T IA N Da g ang 1 , X U Yan 1, 2 , W AN G F eng 1 ( 1. I nstitute of Biological T echnolo gis , Fuj ian A cademy of A gr icultur al S ciences , Fuz hou, Fuj ian 350003, China; 2 . College o f L if e Science , Fuj ian A gr icultur e and For estr y Univer sity , Fuz ho u, Fuj ian 350002 , China) Abstract: Based o n pr ev io us constructio n of elect ron g enetic map for M ing Hui 86 DN A micro satellite mar kers ( SSR) , 24 high po ly mo rphism mar ker s w ere o btained in distr ibution o n all 12 rice chro mosomes By the markers, po ly mor phism analy sis for 139 rice g ermplasm w as conducted and 142 alleles w ere obtained w ith the 24 lo ci distr ibut ed in r ang e betw een 2 to 10 and averag e at 5 9 T he identify ing capacity of the ma rkers is hig her for hy br id co mbinat ions than for hybr id r ice parents Eighteen hybr id combinatio ns wer e com par ed with their parents by marker matching analy sis In accordance w ith the identification in hig h g enetic r eliability o f mater na l lines, tw o false hy brid wer e eliminated from the sample base A mo lecular identity database was const ructed based o n the137 r ice materials with 24 mar ker lo ci, w hich co uld be directly applied for par ent al ident ificatio n and miscellaneous seeds. Key words: Rice( Or y z a sativ a L . ) ; elect ronical genetic map; micro satellite marker s; molecular ident ity database
构建分子身份证数据库的水稻品种材料以目前生产中常用的或即将推广的恢复系不育系或保持系以及杂交稻组合材料为主要材料共有139份品种其中恢复系材料84保持系35号为85119编号为120编号为122138以及籼型两系杂交稻1供试的139份水稻品种材料table139ricecultivarsusedstudy编号品种编号品种编号品种编号品种编号品种编号品种测6425蜀恢52749闽恢322973渝恢6078971219311早恢8026绵恢43650闽恢33017417398122优明86早恢10027江恢15151闽恢311975恢981099123优3301早恢8928武恢89852闽恢318976中恢2070100124优3229鄂恢9282953闽恢611877ir26101闽丰1b125优313930福恢01654榕恢175788l124102126优3119明恢6331福恢96455镇恢08479岗恢22103丰008b127汕优63明恢6932中恢800656绵恢50180蜀恢162104花ib128汕优46明恢7233云恢7257科恢75281蜀恢524105博白b129闽优330110明恢7534桂9958多恢4382gk1019106130天优330111明恢7735蜀恢53759镇恢12983中恢413107中9b131天优322912明恢8136宁恢311160闽恢30184669108132谷优330113明恢8237宁恢62761闽恢30285ir58025b109金23b133谷优52714明恢8638乐恢18862闽恢30386闽丰29b110134谷优3139154663闽恢30432a111优ib135谷优311916明恢8840先恢20764闽恢30532b112d702b136连优611817泸恢1741恩恢996465闽恢30689珍汕97a113d62b137连优31891842南恢51166闽恢307114d297b138特优318919盐恢55943岳恢9467闽恢308115v20b13920辐恢71844广恢12868闽恢30955b21辐恢83845广恢99869闽恢310117ir688998b22辐恢10146广恢355070闽恢311118ir68902b2319847闽恢312971闽恢31295绵香1b119ir7332824蜀恢88148闽恢31397
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