引物设计
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
引物设计
谢谢观赏
主要内容
1.引物简介 2.简并引物的设计方法
3.RACE引物的设计方法
4.定量引物的设计方法 5.Primer 5.0的使用
1.引物简介
引物（primers）是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复
制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行 延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。在引物的3′-OH上， 核苷酸以二酯链形式进行合成，因此引物的3′-OH，必须是 游离的。
Sense primer
3' 5' 5' 3'
Antisense primer
1.引物简介
引物与模板的序列要紧密互补 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构 引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)
http://emuch.net/html/200810/1019521.html
1.引物简介-引物设计时要注意的问题
1）引物设定最佳区域：保守区 2）长度 ：18-27 bp且小于38 bp 3）GC含量：40-60%，最好45-55% 4）Tm值：两引物间Tm值差值小于2℃ 5 ）3‘端：避开密码子第3位，选择T
1.引物简介-引物设计时要注意的问题
6）碱基要随机分布 7）自身及两引物间避免互补 8）5′ 端中间△G值应较高3′ 端较低 9）5′ 端可以修饰 10）单链无二级结构 11）特异性： BLAST检测
1.引物简介
2.简并引物的设计
扩增某物种已知基因的未知序列
2.简并引物的设计
核苷酸
2.简并引物的设计
2.简并引物的设计
氨基酸 Codehop设计简并引物
http://blocks.fhcrc.org/codehop.html
2.简并引物的设计
2.简并引物的设计
3.RACE引物的设计
3.RACE引物的设计
两引物间的距离大概在100-200bpLeabharlann Baidu
4.定量引物的设计
其它设计引物的软件及方法
http://www.simgene.com/Primer3
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
5.Primer 5.0的使用
安装 使用
谢谢
谢谢观赏
主要内容
1.引物简介 2.简并引物的设计方法
3.RACE引物的设计方法
4.定量引物的设计方法 5.Primer 5.0的使用
1.引物简介
引物（primers）是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复
制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行 延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。在引物的3′-OH上， 核苷酸以二酯链形式进行合成，因此引物的3′-OH，必须是 游离的。
Sense primer
3' 5' 5' 3'
Antisense primer
1.引物简介
引物与模板的序列要紧密互补 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构 引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)
http://emuch.net/html/200810/1019521.html
1.引物简介-引物设计时要注意的问题
1）引物设定最佳区域：保守区 2）长度 ：18-27 bp且小于38 bp 3）GC含量：40-60%，最好45-55% 4）Tm值：两引物间Tm值差值小于2℃ 5 ）3‘端：避开密码子第3位，选择T
1.引物简介-引物设计时要注意的问题
6）碱基要随机分布 7）自身及两引物间避免互补 8）5′ 端中间△G值应较高3′ 端较低 9）5′ 端可以修饰 10）单链无二级结构 11）特异性： BLAST检测
1.引物简介
2.简并引物的设计
扩增某物种已知基因的未知序列
2.简并引物的设计
核苷酸
2.简并引物的设计
2.简并引物的设计
氨基酸 Codehop设计简并引物
http://blocks.fhcrc.org/codehop.html
2.简并引物的设计
2.简并引物的设计
3.RACE引物的设计
3.RACE引物的设计
两引物间的距离大概在100-200bpLeabharlann Baidu
4.定量引物的设计
其它设计引物的软件及方法
http://www.simgene.com/Primer3
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
5.Primer 5.0的使用
安装 使用
谢谢