本地BLAST

本地blast的安装及使用
安装：
1.首先进入NCBI
2.点击ALL Resources
3.点击ALL Resources里的Downloads选项卡
4.点击BLAST（Stand-alone）选项
在BLAST+executables中点击
ftp:///blast/executables/blast+/LATEST/ . 链接（这只是说这个链接如何找到的，可以直接点击这个链接进行下载）。

5点击ncbi-blast-2.2.29+-win32.exe进行下载，大家的电脑一般为32位的，
加入为64 位的则需要点击ncbi-blast-2.2.29+-win64.exe下载，根据个人情况定
6下载好后点击“下一步“进行安装。

运行：
1.点击电脑桌面的“开始“——”运行“，在”打开“中输入”
cmd“,(这也就是调取DOS命令，快捷键”windows“+“R“键，然后回车)
2切换到blast的bin目录下，例如我的路径是C:\Program Files\NCBI\blast-2.2.29+\bin，那么我的命令是：
然后回车。

切换后的结果是：
3把你的物种数据和比对的数据文件移动到bin文件夹下，然后做下面的。

1）建库根据你要比对的物种序列建库
dos 命令：makeblastdb -in ~ -dbtype nucl/prot -out ~
in 后面的‘~’里填要建库的序列文件名称，如整个水稻蛋白质组
第二个‘~’里填库的名称（自己命名）
nucl :建核苷酸库，prot:建蛋白质库（根据你数据要求任选一个）
2）比对
dos 命令：blastp/blastn -query ~ -db ~ -out ~ -evalue ~ -outfmt
blastp 为比对蛋白质序列，blastn比对核苷酸序列
query后面的‘~’填你要比对的序列文件名
db 后面填你第一步建好库的名称
out 输出最终结果名称
evalue 你自己设一个期望值(5)
outfmt 输出文件格式填数字6或7
（1）建库
结果
（2）比对：
结果：去bin文件夹下去寻找。

resultname就是我们本地BLAST 的最终结果
结果是这样子的：（outfmt 6）
（outfmt 7）的结果
大家可以下载VIM软件进行查看结果。

记事本也能看。