华中农业大学生物信息学课件Bioinf09

输入多条相互重叠的DNA序列（FASTA格式）
输出拼接结果（Contigs） 点击“Assembly detials”查看详情
另外一个选择： http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/cap3.html
7. 上机操作
1. 大麦Mlo基因（Z83834）编码区的GC含量是 多少？ 2. 如何获得Z83834的反向互补序列？ 3. 推测Z83834的ORF和翻译产物。 4. BamHI可将Mlo基因的编码区切割开吗？
分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例3）
在/translate/ 输入序列 选择输出模式、翻译模式 分析结果
3. 分析限制性内切酶切割位点
展示DNA序列的酶切位点图 分离克隆基因或特定的DNA片段 分子标记，如CAPS（cleaved amplified polymorphism sequence）标记
选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complement”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complement”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA” 获得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件
没有酶切位点 的酶
具体描述
其它分析限制性内切酶切割位点软件
EnzymeX /science/enzymex RestrictionMapper / DNAMAN /pc/pcmain_new.html
K
W
P
W
V
H
T
Q
*
D
E
C
*
I
S
R
确定开放读码框（ORF）
ORF finder /projects/gorf/
输入序列或注册号，选择密码表 默认显示大于100bp的ORF，进行选择
获得GenBank和Fasta 格式序列
分析方法－翻译全长DNA序列（举例1）
生物信息学
第九章 核酸序列的其他分析方法
1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成
分子量（molecular weight） 单链DNA（single strand DNA，ssDNA） 双链DNA（double strand DNA，dsDNA） 碱基组成（composition） 各种碱基数量
分析结果
分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2）
使用EBI的EMBOSS Transeq工具 （/Tools/st/emboss_transeq/） 在Transeq网页粘贴序列，选择阅读框和密码表类型 ，确定翻译区域 分析结果
更多EMBOSS序列分析工具参见： /Tools/emboss/ 如需批量处理序列可以下载安装EMBOSS软件包： /
4. DNA序列格式修饰
根据需要展示DNA序列
在BioEdit中选择序列，在“File”栏目点击“Graphic View”
在菜单工具中选择各种修饰类型
10个碱基一列，每行n列，方便阅读和使用 用数字刻度显示每个碱基位置
用颜色显示不同碱基
在序列左侧标注序列名称
5. 设计PCR引物
AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCAC
分析举例——获得反向互补序列（1） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏 目选择“New from Clipboard”输入序列
Forward primer Reverse primer 确定PCR产物片段大小
确定引物所在区段
确定引物序列的长度范围
确定引物Tm（melting temperature）值范围
分析方法（举例）
采用Primer3（/primer3） 或校内Primer3服务器
（/modules/redbtools/primer3.php）
进行分析
在Primer3的网页粘贴序列，修改参数 分析结果 Primer3与BLAST结合——Primer-BLAST
6. 序列拼接
CAP3 - Sequence Assembly Program http://doua.prabi.fr/software/cap3
各种碱基比例
分析举例——导入序列 下载BioEdit分析工具 /BioEdit/bioedit.html
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏 目选择“New from Clipboard”输入序列
可选择限制性内切酶
Restriction Map and MCS of pEGFP-N1 Vector
分析方法1（举例） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏 目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Restriction Map”
互补序列 TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTG （complement)
反向序列 （se)
CACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA
反向互补序列 （reverse GTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT complement) RNA序列
在“Edit”栏目选择“Copy reverse complement”复制序列的 反向互补序列，再将获得的序列粘贴到另一个文件或者通过 “File”栏目“Import from Clipboard”导入到BioEdit
DNA－蛋白质序列之间变换
阅读框 1 阅读框 2
阅读框 3
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E K M A M G P H A V R * M L D L T R
在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种 类、选择阅读框等后点击“Generate Map”
分析结果
分析方法2（举例）
利用在线分析工具NEBcutter进行分析 /NEBcutter2/index.php 输入序列或注册号，或调取载体序列 ，选择酶和显示方式 显示结果
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏 目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列
分析举例——获得反向互补序列（2） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏 目选择“New from Clipboard”输入序列
选择被粘贴序列的名称，在“Edit”栏目点击最下方的“Select Residues of Selected Sequences”选择该序列所有碱基或氨基酸
选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Nucleotide Composition”
文字分析结果和图形结果
2. 序列变换 DNA－DNA序列之间变换 DNA－RNA序列之间变换
原始DNA序列
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCAC