如何利用cytoscape画互作网络图？

如何利⽤cytoscape画互作⽹络图？
说起互作⽹络图，⼤家都不陌⽣。

看⽂献的时候，经常看见相互作⽤⽹络图展⽰了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性⽹络关系。

我们先来看⼏个图：
CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs [1] miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]
⽹络图把他们之间的联系进⾏可视化的展现，为⽂章增加了⼏分⾼⼤上。

这些漂亮⽽⼜明了的⽹络图都是由cytoscape这个神奇的软件绘制⽽成。

⼤家不要以为⽹络图看着这么复杂，软件使⽤也会很复杂，下⾯就给⼤家简单介绍⼀下，如何使⽤cytoscape把分析数据变成⽹络图。

步骤如下：
第⼀，安装cytoscape软件。

软件安装⽐较简单，这⾥就不展开赘述了。

第⼆，把要画图的数据进⾏整理。

假设，我在吉赛⽣物做了circRNA测序，筛选到了⼀些表达差异的circRNA分⼦，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑选出来做⽹络图。

我们会拿到2个表格，circRNA-miRNA线属性（netedges）和点(nodes)属性的表：netedges表格⽰例图
nodes表格⽰例图
第三，先把靶向关系netedges表格导⼊cytoscape：
再把miRNA设为源（sourse）节点，circRNA设为靶(target)节点：
然后点击OK，导⼊数据，⽣成初步的⽹络图：
接下来，⼤家就可以对它进⾏美化了。

⼀般是通过设置点的不同颜⾊和形状、⼤⼩等来标注circRNA的表达情况，和与哪些miRNA结合。

第四，先把nodes表格作为Table导⼊，把各个点的属性导⼊：
然后，在Style选项卡设置想要的风格，如把表达上调的circRNA标为红⾊，表达下调的标为绿⾊，miRNA是预测的，⽤蓝⾊标识；则在Fill Color按照attribute进⾏调整。

或者是可以点选某个点进⾏调整。

经过⼀番上⾊、整形，⽹络图就变成了这样：
这样的图看起来也还可以，但是如果想要把图形风格进⾏调整，弄得跟开篇的图⼀样的，可以通过Layout选项卡进⾏改变。

最后得到⼀个漂亮的circRNA-miRNA⽹络图：
上⾯就给⼤家简单介绍了Cytoscape的部分基础功能，主要通过Edges连接Nodes构成Network，通过导⼊Table对Network中的Nodes进⾏注释，从⽽得到我们想要的效果。

当然miRNA-mRNA⽹络图，蛋⽩-蛋⽩相互作⽤⽹络图（PPI），也可以通过该软件进⾏可视化处理。

如果想研究⽐较热门的circRNA-miRNA-mRNA 竞争性⽹络的，也可以把预测到的靶向关系画成⽹络图。

再根据ceRNA竞争性⽹络的原理，miRNA与靶向ceRNA间表达量负相关，以及
ceRNA对之间表达量的正相关的关系；结合实验测到的结果，删去不符合ceRNA竞争性⽹络的原理的关系，完善circRNA-miRNA-mRNA⽹络。

另外，Cytoscape软件还有⼀些⼩插件，可以构建更庞⼤更明确的⽹络图，这个软件远远不⽌本⽂中介绍的功能。

学海⽆涯，⽣信⽆边，期待与您⼀起探索。

参考⽂献:
1. Xingjie Bao , Shuying Zheng , Shuqi Mao , Tianlun Gu , Shike Liu , Jihan Sun , Lina Zhang.A potential risk factor of essential hypertension in case-control study_ Circular RNA hsa_circ_0037911. Biochemical and Biophysical Research Communications, March 2018; DOI：10.1016/j.bbrc.2018.03.059.
2. CHUN FENG, YUXIAO LI, YAN LIN, XIANBAO CAO, DONGDONG LI, HONGLEI ZHANG and XIAOGUANG HE. CircRNA-associated ceRNA network reveals ErbB and Hippo signaling pathways in hypopharyngeal cancer. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOlecular medicine 43: 127-142, 2019; DOI: 10.3892/ijmm.2018.3942.。