Netrin1蛋白的结构与功能生物信息学分析
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【Ａｂｓｔｒａｃｔ】 Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ：ＴｏｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｌｙｐｒｅｄｉｃｔａｎｄａｎａｌｙｚｅｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｙｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄ，ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｐｒｏｖｉｄｅａｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌｂａｓｉｓｆｏｒｃａｎｃｅｒｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｈｏｍｏｌｏｇｙ，ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ，ｐｈｙｓｉｃｏｃｈｅｍｉｃａｌｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ｓｐａｔｉａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋ ａｎｄｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｂｙＰｒｏｔＰａｒａｍ，ＧｅｎｅｃａｒｄｓａｎｄＳＴＲＩＮＧ ｄａｔａｂａｓｅｓ．Ｒｅ ｓｕｌｔｓ：ＴｈｅｈｕｍａｎＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎｃｏｎｓｉｓｔｓｏｆ６０４ａｍｉｎｏａｃｉｄｓａｎｄｉｓｈｉｇｈｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｕｒｉｎｇｅｖｏｌｕｔｉｏｎ．Ｉｔｂｅｌｏｎｇｓｔｏ ｔｈｅＬａｍｉｎｉｎ＿ＮｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙａｎｄｔｈｅＮＴＲ＿ｌｉｋｅｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．Ｉｔｉｓａｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃａｎｄｕｎｓｔａｂｌｅｓｅｃｒｅｔｅｄｐｒｏｔｅｉｎ．Ｔｈｅｍａｉｎ ｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｉｓｔｈｅｒａｎｄｏｍ ｃｏｉｌ，ａｎｄｔｈｅｒｅａｒｅｍａｎｙｐｏｔｅｎｔｉａｌｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎａｎｄａｃｅｔｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ．ＴｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｐｒｏｔｅｉｎｓａｒｅＤＣＣ，ＵＮＣ５Ｈ ｆａｍｉｌｙ，ＦＹＮ，ＢＣＡＲ１，ＭＡＰ１Ｂ，ｅｔｃ．Ｉｔｉｓｈｉｇｈｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓｓｕｃｈａｓｃｏｌｏｎｃａｎｃｅｒ，ｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒａｎｄｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ．Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ：Ｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎｉｓｃｏｍｂｉｎｅｄ，ｓｕｇｇｅｓｔｉｎｇｔｈａｔｉｔｍａｙｐｒｏｍｏｔｅｔｈｅｍａｌｉｇｎａｎｔｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎｏｆｔｕｍｏｒｂｙｒｅｇｕｌａｔｉｎｇａ ｖａｒｉｅｔｙｏｆｔｕｍｏｒ－ｒｅｌａｔｅｄｓｉｇｎａｌｉｎｇｐａｔｈｗａｙｓ． 【Ｋｅｙｗｏｒｄｓ】Ｎｅｔｒｉｎ－１，ｃａｎｃｅｒ，ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ
ＭｏｄｅｒｎＯｎｃｏｌｏｇｙ２０１９，２７（０９）：１４７７－１４８４
【摘要】 目的：通过生物信息学方法对 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的结构和功能进行全面的预测分析，从而为癌症发病 机制及治疗提供理论依据。方法：利用 ＰｒｏｔＰａｒａｍ、Ｇｅｎｅｃａｒｄｓ、ＳＴＲＩＮＧ等数据库对 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的序列同源 性、亚细胞定位、理化性质、空间结构及蛋白质相互作用网络及表达谱进行综合分析。结果：人 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白 由 ６０４个氨基酸组成，在进化过程中高度保守，属于 Ｌａｍｉｎｉｎ＿Ｎ超家族和 ＮＴＲ＿ｌｉｋｅ超家族，是一种亲水、不稳 定的分泌蛋白。该蛋白主要二级结构为无规卷曲，存在较多潜在的磷酸化、乙酰化位点，其互作蛋白有 ＤＣＣ、 ＵＮＣ５Ｈ家族、ＦＹＮ、ＢＣＡＲ１、ＭＡＰ１Ｂ等，在结肠癌、乳腺癌、前列腺癌等实体肿瘤中表达较高。结论：综合 Ｎｅ ｔｒｉｎ－１蛋白的结构、功能信息，提示其可能通过调节多种肿瘤相关信号通路促进肿瘤恶性进展。 【关键词】Ｎｅｔｒｉｎ－１；癌症；结构；功能；生物信息学 【中图分类号】Ｒ７３－３ 【文献标识码】Ａ ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－４９９２．２０１９．０９．００４ 【文章编号】１６７２－４９９２－（２０１９）０９－１４７７－０８
ＨａｏＷｅｎｊｕｎ１，２，ＹｕＭｅｎｇ３，ＸｉｎｇＨａｏｔｉａｎ１，２，ＳｕｎＤａｎ１，２，ＧａｏＹｉｎｇ１，２，ＨｕａｎｇＺｈｉｈｏｎｇ１，２，ＺｈｕＹｕｙａｎ１，２
１ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＵｒｏｌｏｇｙ，ｔｈｅＦｉｒｓｔＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ；２ＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ／ＮｏｒｔｈｅａｓｔｅｒｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＪｏｉｎｔＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＡｒｔｉｆｉｃｉａｌＩｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅａｎｄＰｒｅｃｉｓｉｏｎＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ； ３ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＬａｂｏｒａｔｏｒｙＡｎｉｍａｌ，ＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ．
【收稿日期】 ２０１８－０８－１９ 【修回日期】 ２０１８－０９－２４ 【基金项目】 国家自然科学基金项目 （编号：８１２７２８３４，８１４７２４０４，
８１４７２４０３） 【作者单位】 １中国医科大学附属第一医院泌尿外科，辽宁 沈阳
１１０００１ ２中国医科大学 ／东北大学人工智能精准医学联合实验 室，辽宁 沈阳 １１０００１ ３中国医科大学实验动物部，辽宁 沈阳 １１０００１ 【作者简介】 郝文俊（１９９３－），男，安徽临泉人，医师，硕士，主要从 事泌尿系肿瘤综合治疗工作。Ｅ－ｍａｉｌ：ｈａｏｗｅｎｊｕｎ１６３ ＠１６３．ｃｏｍ 【通讯作者】 朱育焱（１９７５－），男，辽宁沈阳人，教授，主任医师，博 士生导师，主要 从 事 泌 尿 系 肿 瘤 综 合 治 疗 工 作。 Ｅ－ ｍａｉｌ：ｙｙｚｈｕ＠ｃｍｕ．ｅｄｕ．ｃｎ
现代肿瘤医学 ２０１９年 ０５月 第 ２７卷第 ０９期 ＭＯＤＥＲＮＯＮＣＯＬＯＧＹ，Ｍａｙ２０１９，ＶＯＬ２７，Ｎｏ０９
·１４７７·
Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的结构与功，２，孙 丹１，２，高 营１，２，黄志弘１，２，朱育焱１，２
ＳｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎ
ＭｏｄｅｒｎＯｎｃｏｌｏｇｙ２０１９，２７（０９）：１４７７－１４８４
【摘要】 目的：通过生物信息学方法对 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的结构和功能进行全面的预测分析，从而为癌症发病 机制及治疗提供理论依据。方法：利用 ＰｒｏｔＰａｒａｍ、Ｇｅｎｅｃａｒｄｓ、ＳＴＲＩＮＧ等数据库对 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的序列同源 性、亚细胞定位、理化性质、空间结构及蛋白质相互作用网络及表达谱进行综合分析。结果：人 Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白 由 ６０４个氨基酸组成，在进化过程中高度保守，属于 Ｌａｍｉｎｉｎ＿Ｎ超家族和 ＮＴＲ＿ｌｉｋｅ超家族，是一种亲水、不稳 定的分泌蛋白。该蛋白主要二级结构为无规卷曲，存在较多潜在的磷酸化、乙酰化位点，其互作蛋白有 ＤＣＣ、 ＵＮＣ５Ｈ家族、ＦＹＮ、ＢＣＡＲ１、ＭＡＰ１Ｂ等，在结肠癌、乳腺癌、前列腺癌等实体肿瘤中表达较高。结论：综合 Ｎｅ ｔｒｉｎ－１蛋白的结构、功能信息，提示其可能通过调节多种肿瘤相关信号通路促进肿瘤恶性进展。 【关键词】Ｎｅｔｒｉｎ－１；癌症；结构；功能；生物信息学 【中图分类号】Ｒ７３－３ 【文献标识码】Ａ ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－４９９２．２０１９．０９．００４ 【文章编号】１６７２－４９９２－（２０１９）０９－１４７７－０８
ＨａｏＷｅｎｊｕｎ１，２，ＹｕＭｅｎｇ３，ＸｉｎｇＨａｏｔｉａｎ１，２，ＳｕｎＤａｎ１，２，ＧａｏＹｉｎｇ１，２，ＨｕａｎｇＺｈｉｈｏｎｇ１，２，ＺｈｕＹｕｙａｎ１，２
１ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＵｒｏｌｏｇｙ，ｔｈｅＦｉｒｓｔＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ；２ＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ／ＮｏｒｔｈｅａｓｔｅｒｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＪｏｉｎｔＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＡｒｔｉｆｉｃｉａｌＩｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅａｎｄＰｒｅｃｉｓｉｏｎＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ； ３ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＬａｂｏｒａｔｏｒｙＡｎｉｍａｌ，ＣｈｉｎａＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＬｉａｏｎｉｎｇＳｈｅｎｙａｎｇ１１０００１，Ｃｈｉｎａ．
【收稿日期】 ２０１８－０８－１９ 【修回日期】 ２０１８－０９－２４ 【基金项目】 国家自然科学基金项目 （编号：８１２７２８３４，８１４７２４０４，
８１４７２４０３） 【作者单位】 １中国医科大学附属第一医院泌尿外科，辽宁 沈阳
１１０００１ ２中国医科大学 ／东北大学人工智能精准医学联合实验 室，辽宁 沈阳 １１０００１ ３中国医科大学实验动物部，辽宁 沈阳 １１０００１ 【作者简介】 郝文俊（１９９３－），男，安徽临泉人，医师，硕士，主要从 事泌尿系肿瘤综合治疗工作。Ｅ－ｍａｉｌ：ｈａｏｗｅｎｊｕｎ１６３ ＠１６３．ｃｏｍ 【通讯作者】 朱育焱（１９７５－），男，辽宁沈阳人，教授，主任医师，博 士生导师，主要 从 事 泌 尿 系 肿 瘤 综 合 治 疗 工 作。 Ｅ－ ｍａｉｌ：ｙｙｚｈｕ＠ｃｍｕ．ｅｄｕ．ｃｎ
现代肿瘤医学 ２０１９年 ０５月 第 ２７卷第 ０９期 ＭＯＤＥＲＮＯＮＣＯＬＯＧＹ，Ｍａｙ２０１９，ＶＯＬ２７，Ｎｏ０９
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Ｎｅｔｒｉｎ－１蛋白的结构与功，２，孙 丹１，２，高 营１，２，黄志弘１，２，朱育焱１，２
ＳｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆＮｅｔｒｉｎ－１ｐｒｏｔｅｉｎ