19 分子模型与化学软件
(精品)化学软件应用---ChemOffice
以心安得化合物为例：
【Analysis】窗口 【Chemical Properties】】窗口
• 1.3.9 元素周期表
ChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周 期表。 【View】/【Show Periodic Table Window】即可打 开元素周期表窗口。 单击周期表上的元素符号，就可以得到该元素的物理 性质。单击表中的 按钮，可以打开或关闭周期表下 方的物理性质详细列表。
菜单栏
套索 结构透视
实线单键 多重箭
虚线键 碎线键 碎线楔键 粗键
楔形键 空楔形键 波浪键
序列工具 脂肪族链
环丙烷 环戊烷 环庚烷
椅式环己烷 环戊二烯
选取框
质谱碎片 橡皮
文本工具
笔 箭头
轨道 绘图元素
括号 化学符号
询问工具
高级工具
模板
环丁烷
环己烷 环辛烷
椅式环己烷 苯环
常用工具栏 格式工具栏
绘图窗口
【File】/【Save As】，弹出【另存为】对话框， 即可保存。【保存类型】有多种选项，可另存为Chem Draw 3.x版的格式（“chm”），或“gif”、“bmp”图形 格式，或另存为ISIS格式。
• 3.1.3.3 图形的旋转或缩放
如果不改变图形模板的话，在绘图区每单击一次鼠标， 就会出现一个选定模板的图形。单击鼠标左键后不松 手，则可以通过移动鼠标使图形旋转，待转动到希望的 位置时松手即可。
垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子种
类和玻璃仪器模板。分别如下：
氨基酸（Amino Acids Side Chains）
氨基酸（Amino Acids）
芳香族（Aromatics）
分子模拟软件简介
3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)AMBER (分子力学力场模拟程序)autodock (分子对接软件)(免费)GROMACS (分子动力学软件)(免费)GULP (General Utility Lattice Program)(免费)NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)(免费)化合物活性预测程序PASS(部分免费)计算材料科学MathubC4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费)Democritus (分子动力学原理演示软件)DPD应用软件cerius2(免费)EMSL Computational Results DataBase (CRDB)MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)量子化学软件中文网美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) /(免费)3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算) Bilbao晶体学服务器(免费)BOSS (蒙特卡罗模拟软件)CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费) ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)Collaborative Computational Projects (协同计算计划) COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)DockVision (分子对接程序)(部分免费)DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)eHiTS: Electronic High Throughput ScreeningEMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)Glide (分子对接程序)GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)HyperChem (分子模拟)Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)Jmol (分子可视化软件)(免费)List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)MacroModel (分子力学计算程序)MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费) MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)Norgwyn Montgomery (化学软件公司)NWChem (计算化学软件包)OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)Pipeline Pilot (药物发现集成平台)PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)PreADMET (ADMET预测)Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)Q-Chem (量子化学计算软件包)SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA (分子动力学相关软件)SimBioSys (药物设计软件SPROUT)SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)SURFNET (量子化学计算程序)(免费)Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)TINKER (分子设计软件)(免费)UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费) voidoo(空腔探测软件)(免费)WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费) WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)大分子对接程序Hex(免费)大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)化学中的常用计算机软件与资源(免费)化学资源工具箱(免费)计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费)美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD(免费)免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations)生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)原子轨道3维模拟演示。
分子模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在高分子材料中的应用
分子模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在高分子材料中的应用高分子材料是当今工业界和科学界中的一种重要材料，广泛应用于各个领域。
为了进一步了解高分子材料的性质和行为，探究人员接受了许多不同的方法进行探究。
其中，分子模拟方法是一种有效的工具，可用于猜测高分子材料的结构、动力学和性质。
二、分子模拟方法1. 分子动力学模拟分子动力学模拟是分子模拟方法中最常用的方法之一。
它通过模拟分子系统中原子之间的互相作用，通过求解牛顿方程来探究粒子在给定势场中的运动行为。
这种方法可以模拟高分子材料的力学性质、热力学性质和动态行为。
2. 蒙特卡洛模拟蒙特卡洛模拟是一种基于概率统计方法的模拟方法。
它通过随机生成分子的构象，计算系统的能量，然后依据一定的概率准则来决定是否接受这个构象。
通过大量的随机试验，蒙特卡洛模拟可以得到高分子材料的平衡态性质和相变行为。
三、MaterialsStudio软件介绍MaterialsStudio是由Accelrys公司（此刻是Biovia公司的一部分）开发的一款功能强大的分子模拟软件。
它提供了许多用于高分子材料模拟的工具和模块，包括分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟、量子力学计算等。
通过MaterialsStudio软件，探究人员可以模拟高分子材料的结构、性质和行为。
四、MaterialsStudio在高分子材料中的应用1. 高分子材料的结构模拟MaterialsStudio软件可以进行高分子材料的结构模拟。
通过分子动力学模拟，探究人员可以了解高分子材料的构象分布、空间排布和互相作用。
通过蒙特卡洛模拟，探究人员可以得到高分子材料的稳定结构和相变行为。
这些模拟结果可以援助探究人员理解高分子材料的结构特征，指导高分子材料的设计和合成。
2. 高分子材料的热力学性质模拟MaterialsStudio软件可以进行高分子材料的热力学性质模拟。
通过分子动力学模拟，探究人员可以计算高分子材料的力学性质、热胀缩性和热导率等热力学性质。
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
ChemDraw是一款常用的化学分子结构绘图软件，具有简单易用、功能强大的特点。
在高中有机化学课堂中，ChemDraw可以用于以下方面的应用：
1. 分子结构的绘制：ChemDraw可以绘制各种有机分子的结构，包括碳链、环状结构、官能团等。
通过该软件，学生可以直观地展示有机分子的结构，帮助他们理解有机化学的
基本原理和分子结构的特点。
2. 分子式的书写：在有机化学中，分子式是描述化学物质组成的重要方式。
ChemDraw可以帮助学生准确地书写分子式，包括分子式的标注和键的连接。
这对于学生来说是一个很好的练习和巩固的机会。
3. 反应机理的描绘：有机化学的反应机理是有机化学课程中的重点内容。
ChemDraw
可以用于描绘和展示有机反应的机理，包括反应物、中间体和产物的结构。
通过这个软件，学生可以更清楚地理解有机反应的整个过程，帮助他们掌握有机化学的基本原理和反应规律。
4. 三维结构的模拟：有机分子的空间构型对于其性质和反应都有很大的影响。
ChemDraw可以用于模拟和展示有机分子的三维结构，帮助学生理解有机分子的空间排列和立体化学，从而更好地理解和预测有机反应的发生。
ChemDraw在高中有机化学课堂中的应用主要集中在分子结构的绘制、分子式的书写、反应机理的描绘、三维结构的模拟和反应方程式的绘制等方面。
通过这个软件的应用，学
生可以更直观地理解有机化学的基本原理和分子结构的特点，提高他们的学习效果和兴趣。
ChemDraw也为教师提供了一个方便和灵活的教学工具，帮助他们更好地展示和讲解有机化学的理论知识和实验结果。
分子模拟软件简介
分子模拟软件简介3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)AMBER (分子力学力场模拟程序)autodock (分子对接软件)(免费)GROMACS (分子动力学软件)(免费)GULP (General Utility Lattice Program)(免费)NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)(免费)化合物活性预测程序PASS(部分免费)计算材料科学MathubC4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费)Democritus (分子动力学原理演示软件)DPD应用软件cerius2(免费)EMSL Computational Results DataBase (CRDB)MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)量子化学软件中文网美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) /doc/1f7136708.html,/(免费)3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算) Bilbao晶体学服务器(免费)BOSS (蒙特卡罗模拟软件)CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费) ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)Collaborative Computational Projects (协同计算计划) COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)DockVision (分子对接程序)(部分免费)DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)eHiTS: Electronic High Throughput ScreeningEMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)Glide (分子对接程序)GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)HyperChem (分子模拟)Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)Jmol (分子可视化软件)(免费)List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)MacroModel (分子力学计算程序)MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费) MOLPRO 量子化学软件包(用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)Norgwyn Montgomery (化学软件公司)NWChem (计算化学软件包)OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)Pipeline Pilot (药物发现集成平台)PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)PreADMET (ADMET预测)Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)Q-Chem (量子化学计算软件包)SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA (分子动力学相关软件)SimBioSys (药物设计软件SPROUT)SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)SURFNET (量子化学计算程序)(免费)Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)TINKER (分子设计软件)(免费)UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费) voidoo(空腔探测软件)(免费)WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费) WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)大分子对接程序Hex(免费)大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL分子的物理化学性质在线计算(用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)化学中的常用计算机软件与资源(免费)化学资源工具箱(免费)计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件(化学反应计算、分子建模和可视化)美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件(计算生物与化学方面)(免费)美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD(免费) 免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战(Simu: Challenges in Molecular Simulations)生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)原子轨道3维模拟演示。
化学软件ChemOffice的使用说明
•文件命令对话框
图4 文件命令的对话框
（2）
主 工 具 图 标 板
图 5主工具图标板
主 工 具 图 表 板
图6 主工具图表板的子图标板
2、模板
图7 模板工具图标板示例
3、绘制与编辑典型化学物质结构式
（1）键工具： 主工具图标板上提供了九个键操作的命令，其中双
键命令板中的子菜单中还包 括12个键命令。利用键工 具进行结构绘制操作的基本操作：首先在命令面板中选 取键命令，绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
（2）方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
（3）化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林，为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用，生成乙酰水杨酸。
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
一概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集 成化学软件桌面系统，集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo，以及Chem TableEditor等软 件，具有强大的高端开发功能。
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板 中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用
化学软件（ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio）在新课程化学教学中的应用新课程化学教学，将功能强大的专业化学软件引入到中学化学教学过程，帮助化学教师更圆满地完成教学任务，随时解决很多专业问题，提高了学生的学习兴趣，使学生对化学的怕变为对化学的爱，也使学生的能力得以加强，同时提高了教师的专业能力，强化了教学技能，为新世纪教师应具备现代教育手段打好基础。
关键词：新课程化学教学、专业化学软件新课程化学教学在我区已经进行了三年，所有的必修和选修教材均已与广大师生见面，化学必修内容更广泛更新颖，选修的内容更深入、学科性特点更强。
化学教师在课堂教学、撰写教学论文、制作多媒体课件等过程中，需使用计算机处理各类化学信息的地方更多。
作为化学教师，在新课程的高中化学教学中了解一些易用且功能全面的专业化学软件（不是教师自编的课件）的使用是非常必要的。
下面将简单介绍可用于新课程教学的几种常用化学软件，目的是帮助化学教师更圆满地完成教学任务，提高教学效果。
1.巧用化学金排，提高化学教师在新课程教学中的专业文档编辑能力。
新课程教学中，化学教师角色发生了转变，经常将化学教学研究用于实践，即在行动中研究，这就需要教师经常总结教学成果，进行各种化学专业的教学设计。
此时，要对化学专业文档进行专门的处理。
化学金排是以Microsoft Word 为依托的一个国产化学软件，化学中常用的单质和常见化合物的电子式、氧化还原反应中的电子转移表示、原子结构示意简图、有机物结构式和有机反应方程式的输入等均很容易实现，化学仪器的自由组装很方便，还有大量的成套的中学化学装置随时可供化学教师调用。
在各类化学符号输入过程中，可以自动识别大小写和上下标。
教师接触到该软件后不用专门学习，很容易就会使用，是中学化学教师在新课程教学过程中化学文档编辑的有用帮手。
2．掌握功能强大的专业化学软件，为化学教师更好的完成新课程教学添砖加瓦。
常用化学软件与资源简介
B、键、链、原子基团的绘制：单击左边垂直工具条上 “Bond”或“Chain”工具按钮，选取单、双、叁键或链，在绘 图区单击鼠标左键或按住左键拖动鼠标即可绘制键或链。单 击左边垂直工具条上“Atom”工具按钮，在欲绘部位单击左键， 即出现文本输入框，可以直接从键盘输人或从下拉菜单中选 取欲输人的原子基因。 C、键、链、原子基团的编辑：点击左边工具条上的 “Select”按钮，双击欲编辑的键、链和原子基团，即弹出编 辑对话框，在对话框中修改完毕后点击“OK”即可。
☺
3、插入到word 方法一：首先，运行word，选择 “插入”——“对象”，在出现的对 话框中，选择“化学分子式文件”， 单击确定，出现一个方框，双击方框， 就可以像上面一样编辑方程式，编辑 完毕后单击对象外任一文档区返回 word编辑状态。单击对象，把鼠标移 到矩形框上的黑点上，拖动鼠标可以 改变对象大小。
4、 图文混排 ISIS/Draw2.4支持图文混排方式。有的反应式需在一定的 反应条件下进行，反应条件的描述只有通过文字表达。点击左 边工具栏上“Text”按钮，鼠标即变为“＋”字形，在欲写文本 处单击左键，输人所需的文本，输完后在任一处单击左键即可 （不可回车，否则程序认为你在换行）。若双击文本，弹出文 本编辑框，同其他文字处理软件一样，你可以选取字体、大小、 颜色等等修改文本属性。修改完毕，点击“Select”按钮，选中 结构式及文本。点击菜单栏“object”、“Group”，即将结构式 与文本组合为一个完整对象，进行整体拷贝、剪切、粘贴等等。
常用化学软件与网络资源简介
广东工业大学材料与能源学院 艾娇艳
引言
本文简单介绍了常用的几种化学作图、数据查 询与计算软件和一些常见的化学数据查询和软件下 载的网络资源，方便大家了解在专业学习中应当如 何使用这些软件和网络资源。
化学化工常用软件介绍
ChemNMR预测的结果。 ClipArt ： 高 品 质 的 实 验 室 玻 璃 仪 器 图 库 ， 可 搭 配
ChemDraw使用。 Name=Struct：输入IUPAC（国际纯粹与应用化学联合会）
化学名称后就可自动产生ChemDraw结构。
ChemOffice的功能(2)
2. Chem3D 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量
MATLAB是一种由美国MathWorks公司出品的商业数学 软件，是一种数值计算环境和编程语言，主要包括 MATLAB和Simulink两大部分。MATLAB可以进行矩阵运算、 绘制函数和数据图、实现算法、创建用户界面、连接其他 编程语言的程序等，主要应用于工程计算、控制设计、信 号处理与通讯、图像处理、信号检测等。
Origin具有两大主要功能：数据分析和绘图。Origin的数 据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和 曲线拟合等各种完善的数学分析功能。Origin的绘图是基于 模板的绘图，它本身提供了几十种二维和三维绘图模板而 且允许用户自己定制模板。用户可以自定义数学函数、图 形样式和绘图模板；可以和各种数据库软件、办公软件、 图 像 处 理 软 件 等 方 便 的 连 接 ； 可 导 入 包 括 ASCII 、 Excel 、 pClamp在内的多种数据；可以把Origin图形输出到多种格式 的图像文件，譬如JPEG、GIF、EPS、TIFF等等。
化学软件——HyperChem(分子模拟)介绍
化学软件——HyperChem（分子模拟）介绍HyperChem是一款以高质量，灵活易操作而闻名的分子模拟软件。
通过利用3D对量子化学计算，分子力学及动力学进行模拟动画，HyperChem 为您提供比其它 Windows 软件更多的模拟工具。
图形界面：图形界面，有半经验方法（ AM1 ， PM3 等）， UHF ， RHF 和 CI 和7.0 版新增加的密度泛函。
可进行单点能，几何优化，分子轨道分析，预测可见- 紫外光谱，蒙特卡罗和分子力学计算。
主要功能：1. 结构输入和对分子操作。
2. 显示分子。
3. 化学计算。
用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。
可以进行的计算类型有：单点能，几何优化，计算振动频率得到简正模式，过渡态寻找，分子动力学模拟 Langevin 动力学模拟， Metropolis Monte Carlo 模拟。
支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算。
4. 可以用来研究的分子特性有：同位素的相对稳定性；生成热；活化能；原子电荷； HOMO-LUMO能量间隔；电离势；电子亲和力；偶极矩；电子能级； MP2 电子相关能； CI 激发态能量；过渡态结构和能量；非键相互作用能； UV-VIS 吸收谱； IR 吸收谱；同位素对振动的影响；对结构特性的碰撞影响；团簇的稳定性。
5. 支持用户定制的外部程序。
6. 其它模块： RAYTRACE 模块， RMS Fit ， SEQUENCE 编辑器，晶体构造器；糖类构造器，构像搜寻，QSAR 特性，脚本编辑器。
7. 新的力场方法： Amber 2 ， Amber 3 ，用于糖类的 Amber ， Amber 94 ，Amber 96 。
8. ESR 谱。
9. 电极化率。
10. 二维和三维势能图。
11. 蛋白质设计。
12. 电场。
13. 梯度的图形显示。
14. 新增功能：密度泛函理论 (DFT) 计算； NMR 模拟；数据库； Charmm 蛋白质模拟；半经验方法TNDO ；磁场中分子计算；激发态几何优化； MP2 相关结构优化；新的芳香环图；交互式参数控制；增强的聚合物构造功能；新增基组。
有机化学分子模型
有机化学分子模型
(39) 环己酮 cyclohexanone
(40) 环己酮肟 cyclohexanone-oxime
பைடு நூலகம்有机化学分子模型
(41)溴化乙基镁 ethylmagnesium bromide
(42) 三甲基氯硅烷 trimethylsilane chloride
有机化学分子模型
(43)甲苯tolune
1甲烷2乙烷3环己烷4异庚烷5反十氢化萘6顺十氢化萘7乙烯813丁二烯10环己烯111甲基环己烯12r3甲基环己烯13乙炔142丁炔15氯甲烷16烯丙基氯17碘甲烷18碘仿19氯苯20苄溴21甲醇22乙醇23丙三醇24季戊四醇25苯甲醇26环己醇27乙醚28苯甲醚29乙基乙烯基醚30烯丙基苯甲基醚31频哪醇32频哪酮33甲醛34乙醛35苯乙醛36呋喃甲醛37丙酮38苯乙酮39环己酮40环己酮肟41溴化乙基镁42三甲基氯硅烷43甲苯44二甲苯45三甲苯46异丙苯47萘48蒽49菲50芘51苯酚522萘酚53硝基苯54三硝基苯酚55苯磺酸56苯磺酰氯57苯甲酸58阿斯匹林59甲酸60乙酸61邻苯二甲酸62邻苯二甲酸酐63乙酸酐64顺丁烯二酸酐65乙酰氯66苯甲酰氯67乙酸乙酯68苯甲酸苄酯69乙酰胺70己内酰胺71对苯醌72茜素73呋喃74噻吩75吡咯76吡唑77异恶唑78异噻唑79恶唑80异噻唑81咪唑82苯并呋喃83苯并噻吩84吲哚85吡啶86吡喃872吡喃酮884吡喃酮89哒嗪90嘧啶91吡嗪92喹啉93异喹啉94苯并吡喃95苯并4吡喃酮96嘌呤97d甘油醛98d果糖99d赤藓糖100d苏阿糖101d核糖102d阿拉伯糖103d来苏糖104d木糖105d阿洛糖106d阿卓糖107d葡萄糖108d甘露糖109d塔罗糖110d半乳糖111d112d艾杜糖113缬氨酸114亮氨酸115异亮氨酸116苏氨酸117苯丙氨酸118蛋氨酸119赖氨酸120色氨酸121柠檬醛b122维生素a123雌酮激素124婴粟碱1甲烷methane2乙烷ethane4异庚烷isoheptane3环己烷cyclohexanecisdecahydronaphthalene7乙烯ethene813丁二烯13butadienemethyl13butadiene10环己烯cyclohexene111甲基环己烯1methylcyclohexene12r3甲基环己烯r3methylcyclohexene13乙炔ethyne142丁炔2butyne15氯甲烷chloromethane16烯丙基氯3chloro1propene17碘甲烷iodomethane18碘仿iodoform19氯苯chlorobenzene20苄溴benzylbromide21甲醇methanol22乙醇ethanol23丙三醇propanetriol24季戊四醇pentaeryt
化学软件应用(二)-ChemOffice部分
常用术语
选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对象并不意味着动 作，只是标记要操作的对象和点位；
单击：快速按下鼠标键(左或右键)，然后快速抬起；
双击：快速操作两次单击；
拖动：由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象，移动鼠标，将被选的对 象移动到指定位置后抬起鼠标；
常用术语
ChemOffice 应用
• ChemOffice是世界上最优秀的化学软件，集 强大的应用功能于一身，其结构绘图是国内 外重要论文期刊制定的格式。是化学工作者 的必备软件。
• ChemDraw ：化学结构绘图。 • Chem3D ：分子模型及仿真。 • ChemFinder ：化学信息搜寻整合系统。 • E-Notebook ：整理化学信息、文件和数据，并从中取得所要的结果。
ISIS应用程序中. 9. MDL MolFile (*.mol)——MDL(分子设计有限公司) MolFile文件格式用于其
它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学 数据库和绘画应用软件.
文档格式
10. Galactic Spectra(*.spc)——银河图谱文件格式.
14. Windows Metafile(*.wmf)——图片文件格式，可以将ChemDraw 图片传输到 其它应用程序中，如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的结构信息， 可被ChemDraw早期版本编辑
常用术语
点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置，如果选择的位置
在图形结构中的键、原子、线等的上面，一般出现黑方块，称之为光标 块，选择块或操作块。
小三角 表示
子菜单
文档设置
文档设置
页面规划
化学分子模型构建方法
化学分子模型构建方法宝子，今天咱来唠唠化学分子模型构建的那些事儿。
一、基础材料准备。
咱构建分子模型呀，得先把材料准备好。
就像盖房子得有砖头一样。
如果是自己做简单的球棍模型的话，那些小球和小棍是必不可少的。
小球可以代表原子，不同颜色的小球可以用来区分不同种类的原子呢。
小棍就相当于原子之间的化学键啦。
在商店或者网上都能买到这些小道具哦。
要是用软件构建分子模型的话，那就要先选好合适的软件，像ChemDraw之类的就很不错。
二、了解分子结构。
在开始构建之前，你得清楚这个分子的结构到底是啥样的。
这就需要去翻翻化学书啦，或者上网查一查。
比如说水分子，咱得知道是一个氧原子连着两个氢原子，而且它们之间的键角是104.5度呢。
要是对结构稀里糊涂的，那构建出来的模型肯定不对味。
就像你要画一个人的画像，总得先知道这个人长啥样吧。
三、实际构建过程。
要是用球棍模型构建呢，就按照原子的连接方式，把小棍插到对应的小球上。
这时候可不能粗心大意哦，每个原子的连接数量都是有规定的，就像碳原子一般是连接四个其他原子或者原子团。
如果是用软件构建，那就在软件里找到对应的原子符号，然后按照结构把它们连接起来。
这个过程就像是搭积木，要小心翼翼地把每一块都放对位置。
四、检查与修正。
模型构建好之后，可别以为就大功告成啦。
还得检查检查呢。
看看原子之间的连接是否正确，键角有没有偏差。
如果发现有问题，就赶紧修正。
这就好比你做了一件衣服，做好了要试穿一下，看看哪里不合身就改一改。
五、探索不同形态。
有些分子是有不同的形态的，比如说葡萄糖分子有链状和环状的结构。
这时候你就可以尝试构建不同形态的模型，这样能更好地理解分子的多样性。
这就像是给一个娃娃换不同的衣服，感受不同的风格一样有趣呢。
化学分子模型构建其实没那么难，只要咱用心，就可以构建出漂亮又准确的分子模型啦。
有机化学分子模型
(44) 对二甲苯1,4-dimethylbenzene
有机化学分子模型
(45) 1,3,5-三甲苯 1,3,5-trimethylbenzene
(46) 异丙苯 isopropylbenzene
有机化学分子模型
(47)萘naphthalene
(48) 蒽anthracene
有机化学分子模型
(49)菲 phenanthrene
（113） 缬氨酸
（114）亮氨酸
（115）异亮氨酸
（116）苏氨酸
（117）苯丙氨酸 （118）蛋氨酸
（119）赖氨酸
（120）色氨酸
（121） 柠檬醛 b （122）维生素A
（123）雌酮激素
（124）婴粟碱
有机化学分子模型
（1）甲烷 (methane)
（2）乙烷 (ethane)
有机化学分子模型
有机化学分子模型
(67) 乙酸乙酯 ethyl acetate
(68) 苯甲酸苄酯 benzyl benzoate
有机化学分子模型
(69) 乙酰胺 acetamide
(70) 己内酰胺 caprolactam
有机化学分子模型
(71) 对苯醌 p-benzoquinone
(72) 茜素 alizarin
（13）乙炔 (ethyne)
（14）2-丁炔 (2-butyne)
有机化学分子模型
（15）氯甲烷 (chloromethane)
（16）烯丙基氯 (3-chloro-1-propene)
有机化学分子模型
（17）碘甲烷 (iodomethane)
（18）碘仿 (iodoform)
有机化学分子模型
(88) 4-吡喃酮 4- pyrone
三种常用分子模拟软件介绍
三种常用分子模拟软件介绍一、NAMDNAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。
NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。
1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等微观。
是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。
在单机上速度也很快。
模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。
2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等全原子md，有文献上也用它做过cgmd。
3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。
也可进行团簇和CNT 系统的模拟软件原理经典，操作简单。
但需要对体系的性质足够了解。
4. 软件中主要涉及的理论方法范畴经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。
数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。
5.软件主要包含的处理工具namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。
但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。
vmd 的tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。
[2]6.与此软件密切相关的软件vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了）NAMD在window环境下的编译安装1.下载NAMD_2.7b2_Win322.解压到任意目录下（建议最好直接是C：或D：下）3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹，比如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wb em;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan\Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD）4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行，并且要在conf 文件所在目录执行命令。
干货推荐：十款化学老师常用教学软件工具，
干货推荐：十款化学老师常用教学软件工具，化学是一门基础的自然科学，中学化学是化学教育的启蒙和基础阶段，它不仅能为学生升入高一级学校有关专业奠定基础，也能为毕业生参加工作解决处理一些实际问题打下基础。
为了更有效的去学习化学，接下来来介绍10款软件便于更好地学习。
01101教育PPT101教育PPT是一款备授课神器，帮助老师轻松备课高效授课。
软件内含化学课程课件及268个精品化学实验视频资源，覆盖人教版九年级和高中全学段。
选择好教材章节后，会自动匹配出相应的化学实验视频，一键即可查看、调用、下载。
02Chem3D一款功能强大的桌面建模程序，老师可以利用它生成小分子和生物大分子的3D模型，并对模型执行各种计算和操作，以便研究物质的属性和相互作用。
通过3D建模、可视化和计算等丰富功能，老师能够更好、更快地确定出研究重点。
03ChemDrawChemDraw是一款对于研究化学的人来说不可缺少的软件之一，但是能够完整使用它所有功能的人却很少。
作为ChemBioOffice核心工具之一，它给出了直观的图形界面，开创了大量的变化功能，只要稍加实践，便会很容易地绘制出高质量的化学结构图形。
但是ChemDraw不是免费使用的，要买正规版还是需要花点钱。
04化学方程式计算助手化学方程式计算助手是一款非常实用的软件，它可以帮助学生练习各种化学公式，如模拟方程式的配平、溶液混合的运算、式量的计算等，对学生练习化学方程式非常有帮助。
05NB化学实验室专为初中生和高中生打造的化学物真实验软件，可以方便将初中化学的各种实验以3D的效果来展现出来，是您教学或者学习化学的得力助手。
NB化学虚拟实验室还拥有3D分子模型的功能，可以让学习者充分了解化学的各个结构。
06动感化学元素周期表一个适合高中化学老师使用的软件，记化学元素周期表是一个很枯燥的学习，这个周期表总结了一些规律，功能虽不算很全面，但有体积小巧、占用系统资源少的特点。
也可以当课件使用，而且是完全免费的。
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
Chemdraw是一款常用的分子结构绘制软件，它能够帮助我们在高中有机化学的学习中更加方便地绘制和分析有机分子的结构与性质。
它是教学中非常宝贵的工具，下面我们就
来谈一谈Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用。
一、画分子式
有机化学的学习中，我们需要学会如何画分子式。
利用Chemdraw可以快速地画出有机分子的分子式和分子结构，这有利于同学们更深入地理解和掌握分子结构的稳定性和化学
性质。
二、分析分子结构
Chemdraw可以方便地分析分子结构的性质。
比如，我们可以利用它来推断分子的立体构型，掌握化学键的长度和键角，以及预测化学反应的可能性等。
三、绘制反应机理图
在有机化学中，反应机理图是很重要的，利用它我们可以掌握化学反应的过程和机制。
Chemdraw可以帮助我们绘制反应机理图，将有机反应中的化学步骤和反应中间体用图形来表示。
四、制作实验报告
在有机化学实验中，我们需要制作实验报告来记录实验的过程和结果。
利用Chemdraw 可以将实验结果和数据表格图形化，让实验报告更加清晰易懂。
五、练习分析题目
在高中有机化学中，我们需要练习大量的题目来掌握分子结构和化学反应的知识。
利
用Chemdraw练习题目可以在规定时间内练习更多的题目，同时也能更快速地找出解题关键。
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用
Chemdraw是一种化学绘图软件，被广泛应用在高中有机化学课堂中。
它具有直观的界面和强大的功能，可以帮助学生更好地理解和学习有机化学知识。
下面将从分子结构绘制、反应机制模拟和试剂计算三个方面介绍Chemdraw在高中有机化学课堂中的应用。
Chemdraw可以用于分子结构的绘制。
在有机化学课堂中，学生需要学习和掌握大量不同化合物的结构，包括有机化合物、功能团和配体等。
使用Chemdraw，学生可以通过简单的拖拽和点击操作绘制分子结构，并且能够直观地观察到分子的三维结构。
Chemdraw还提供各种不同的绘图工具和模板，方便学生绘制各种复杂的化学结构。
Chemdraw可以用于模拟和演示有机化学反应机制。
在有机化学中，学生需要理解和掌握不同反应类型的机理。
使用Chemdraw，学生可以通过绘制反应物和产物的结构，模拟有机反应的过程，并且能够自动生成反应机制和反应步骤。
这样可以帮助学生更好地理解反
应中各个原子间的变化和相互作用，提高学生对反应机理的掌握程度。
Chemdraw还可以用于试剂计算。
在有机化学实验中，学生需要按照一定的摩尔比例和计算方法配制试剂。
使用Chemdraw，学生可以输入化合物的结构和分子量，然后通过软件自动生成所需试剂的摩尔比例和计算结果。
这样可以帮助学生更准确地配制试剂，并且避
免出现配比错误或者浪费试剂的情况。