中农大环境微生物学课件第8章 微生物的分类和鉴定
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大肠埃希氏菌(Escherichia.coli)
域：真核域 (Eukarya) 界：动物界 (Animalia) 门：脊索动物门 (Chordata) 亚门：脊椎动物亚门 (Vertebrata) 纲：哺乳纲 (Mammalia) 亚纲：真兽亚纲 (Eutheria) 目：灵长目 (Primates) 科：人科 (Hominidae) 属：人属 (Homo) 种：智人种(Homo sapiens sapiens)
例1 大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌”） Escherichia coli
例2 枯草芽孢杆菌（简称“枯草杆菌”） Bacillus subtilis
• 三名法(trinominal nomenclature)
• 当某种微生物是一个亚种(subspecies, 简称“subsp”)或变种 (variety,简称“var”) 时，学名按三名法拼写
学名
• 地区性的俗名(common name)：大众化和简明等优点， 但往往涵义不够确切。 如结核杆菌(tubercle bacillus)是Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌)的俗名
• 学名(scientific name)：是某一菌种的科学名称，是按 “国际命名法规”进行命名并受国际学术界公认的通 用正式名称。
• 属名：表示微生物主要特征的名词或用作名词 的形容词，单数，第一个字母应大写。其词源 来自拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词。
• Lactobacillus(乳杆菌属)就是由两个拉丁词干组 成，Shigella(志贺氏菌属)由拉丁化的日本姓氏 组成。
• 当前后有两个或更多的学名连排在一起时，若它们的属 名相同，则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个 或三个字母，在其后加上一个点。
学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
排斜体
排正体(可省略) 排斜体(不可省略)
• 苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
• 酿酒酵母椭圆变种( 椭圆酿酒酵母)
Saccharomyces cerevisiae (var) ellipsiedeus
典型菌株(type strain 模式种)
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株当 作它的具体代表，此典型菌株就成了该种的模式种或 模式标本。
在微生物学中，“种”是一个抽象的概念，只有该种 的许多典型性状的模式菌株才是具体的“种”
在Bifidobacterium bifidum(两歧双歧杆菌)的大量菌株 中，只有“ATCC29521”菌株才是模式种。
• 菌株： 由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯遗传型群体及其 一切后代。一种微生物的每一不同来源的纯培养物均可 称为某一菌种的一个菌株。
①菌株是一个物种内遗传多态性的客观反映，其数目是无 数的
②菌株这一名词强调的是遗传型纯的谱系
③菌株与克隆的概念相同
④同一菌种的不同菌株间，作为鉴定用的一些主要性状相 同，但一些“小”性状可能差异很大
第8章 微生物的分类和鉴定
• 第一节 通用分类单元 • 第二节 微生物在生物界的地位 • 第三节 微生物分类鉴定的方法
第一节 通用分类单元
分类单元(taxon)又称分类单位。 界Kingdom(拉：Regnum) 门Phylum(拉：Phylum) 纲Class(拉: Classis) 目Order(拉: Ordo) 科Family(拉: familia) 属Genus(拉:Genus) 种Species(拉: ecies)
⑤在进行菌种保藏、科研时，在进行学术交流时，必须在 菌种后标出该菌株的名称。
⑥菌株的名称可以随意确定，一般可用字母加编号表示
• Bacillus(芽孢杆菌属)缩写成“B.”或“Bac.”
• Pseudomonas(假单胞菌属)缩写成“P.”或“Ps.”
• Aspergillus(曲霉属)缩写成“A.”或“Asp.”
• 种名加词：代表一个物种的次要特征，与属名一样， 种名加词也由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成 ，字首一律小写。
种的分类地位举例
界：细菌界(域)(Bacteria) 门：变形菌门(Proteobacteria) 纲：γ-变形菌纲(Zymobacteria) 目：肠杆菌目(Enterobacteriales) 科：肠杆菌科(Enterobacteriaceae) 属：埃希氏菌属(Escherichia) 种：大肠埃希氏菌(E.coli)
➢在以上7个主要级别中，各级都可补充若干辅助单元，包括 “亚”、“超”、“族”等。
微生物种(species)的概念：
是一个基本分类单元，是一大群表型特征高度相似、亲缘 关系极其接近、与同属内的其他物种有着明显差异的一大 群菌株的总称。
随着分子生物学技术的飞速发展，微生物种的划分可以建 立在基因组的精确基础上。
新种：
是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离 并鉴定过的微生物。
发表时，应在其学名后附上“sp.nov”.
“Corynebacterium pekinense sp. Nov AS 1.299”是我国学 者自行筛选到的谷氨酸发酵菌种在正式发表时名称。
新种发表前，其模式菌株的培养物应存放于永久性可靠的 菌种保藏机构，并允许研究人员取得该菌种。
• 研究中如果筛选到一株或一批菌种，属名已确定，但 种名还未确定。这时学名中的种名加词可以暂时用 “sp.”(正体, species单数)或“spp.” (正体, species复数)
• “Bacillus sp.”可译为“一种芽孢杆菌”，而“Bacillus spp.”可译为“若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”。
• 物种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的，学名应 排斜体
• 双名法(binominal nomenclature) 一个物种的学名由前面一个属名(generic name)和后面 一个种名加词(specific epithet)两部分组成 。属名的词 首须大写，种名加词的字首须小写。
学名=属名+种名加词 排斜体字
域：真核域 (Eukarya) 界：动物界 (Animalia) 门：脊索动物门 (Chordata) 亚门：脊椎动物亚门 (Vertebrata) 纲：哺乳纲 (Mammalia) 亚纲：真兽亚纲 (Eutheria) 目：灵长目 (Primates) 科：人科 (Hominidae) 属：人属 (Homo) 种：智人种(Homo sapiens sapiens)
例1 大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌”） Escherichia coli
例2 枯草芽孢杆菌（简称“枯草杆菌”） Bacillus subtilis
• 三名法(trinominal nomenclature)
• 当某种微生物是一个亚种(subspecies, 简称“subsp”)或变种 (variety,简称“var”) 时，学名按三名法拼写
学名
• 地区性的俗名(common name)：大众化和简明等优点， 但往往涵义不够确切。 如结核杆菌(tubercle bacillus)是Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌)的俗名
• 学名(scientific name)：是某一菌种的科学名称，是按 “国际命名法规”进行命名并受国际学术界公认的通 用正式名称。
• 属名：表示微生物主要特征的名词或用作名词 的形容词，单数，第一个字母应大写。其词源 来自拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词。
• Lactobacillus(乳杆菌属)就是由两个拉丁词干组 成，Shigella(志贺氏菌属)由拉丁化的日本姓氏 组成。
• 当前后有两个或更多的学名连排在一起时，若它们的属 名相同，则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个 或三个字母，在其后加上一个点。
学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
排斜体
排正体(可省略) 排斜体(不可省略)
• 苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
• 酿酒酵母椭圆变种( 椭圆酿酒酵母)
Saccharomyces cerevisiae (var) ellipsiedeus
典型菌株(type strain 模式种)
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株当 作它的具体代表，此典型菌株就成了该种的模式种或 模式标本。
在微生物学中，“种”是一个抽象的概念，只有该种 的许多典型性状的模式菌株才是具体的“种”
在Bifidobacterium bifidum(两歧双歧杆菌)的大量菌株 中，只有“ATCC29521”菌株才是模式种。
• 菌株： 由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯遗传型群体及其 一切后代。一种微生物的每一不同来源的纯培养物均可 称为某一菌种的一个菌株。
①菌株是一个物种内遗传多态性的客观反映，其数目是无 数的
②菌株这一名词强调的是遗传型纯的谱系
③菌株与克隆的概念相同
④同一菌种的不同菌株间，作为鉴定用的一些主要性状相 同，但一些“小”性状可能差异很大
第8章 微生物的分类和鉴定
• 第一节 通用分类单元 • 第二节 微生物在生物界的地位 • 第三节 微生物分类鉴定的方法
第一节 通用分类单元
分类单元(taxon)又称分类单位。 界Kingdom(拉：Regnum) 门Phylum(拉：Phylum) 纲Class(拉: Classis) 目Order(拉: Ordo) 科Family(拉: familia) 属Genus(拉:Genus) 种Species(拉: ecies)
⑤在进行菌种保藏、科研时，在进行学术交流时，必须在 菌种后标出该菌株的名称。
⑥菌株的名称可以随意确定，一般可用字母加编号表示
• Bacillus(芽孢杆菌属)缩写成“B.”或“Bac.”
• Pseudomonas(假单胞菌属)缩写成“P.”或“Ps.”
• Aspergillus(曲霉属)缩写成“A.”或“Asp.”
• 种名加词：代表一个物种的次要特征，与属名一样， 种名加词也由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成 ，字首一律小写。
种的分类地位举例
界：细菌界(域)(Bacteria) 门：变形菌门(Proteobacteria) 纲：γ-变形菌纲(Zymobacteria) 目：肠杆菌目(Enterobacteriales) 科：肠杆菌科(Enterobacteriaceae) 属：埃希氏菌属(Escherichia) 种：大肠埃希氏菌(E.coli)
➢在以上7个主要级别中，各级都可补充若干辅助单元，包括 “亚”、“超”、“族”等。
微生物种(species)的概念：
是一个基本分类单元，是一大群表型特征高度相似、亲缘 关系极其接近、与同属内的其他物种有着明显差异的一大 群菌株的总称。
随着分子生物学技术的飞速发展，微生物种的划分可以建 立在基因组的精确基础上。
新种：
是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离 并鉴定过的微生物。
发表时，应在其学名后附上“sp.nov”.
“Corynebacterium pekinense sp. Nov AS 1.299”是我国学 者自行筛选到的谷氨酸发酵菌种在正式发表时名称。
新种发表前，其模式菌株的培养物应存放于永久性可靠的 菌种保藏机构，并允许研究人员取得该菌种。
• 研究中如果筛选到一株或一批菌种，属名已确定，但 种名还未确定。这时学名中的种名加词可以暂时用 “sp.”(正体, species单数)或“spp.” (正体, species复数)
• “Bacillus sp.”可译为“一种芽孢杆菌”，而“Bacillus spp.”可译为“若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”。
• 物种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的，学名应 排斜体
• 双名法(binominal nomenclature) 一个物种的学名由前面一个属名(generic name)和后面 一个种名加词(specific epithet)两部分组成 。属名的词 首须大写，种名加词的字首须小写。
学名=属名+种名加词 排斜体字