SYBYL-SiteID靶点寻找教程

SiteID教程
1.1.使用SiteID和UNITY表面体积限制条件
●显示蛋白和配体小分子
●找到蛋白质中的结合位点
●显示结合位点附近的MOLCAD表面
●定义配体和受体结合位点
●定义部分匹配限制条件
●定义UNITY表面体积限制条件
●运行UNITY Search
本教程展示如何使用SiteID找到蛋白质中的结合位点，并且基于这个位点创建一个依据MOLCAD表面的UNITY表面限制条件，二氢叶酸还原酶(DHFR)其配体用于演示。

1.1.1.展示蛋白质和配体
1.首先清空屏幕和重置显示
> Delete Everything
点击重置所有旋转和移动
2.导入蛋白质配体
(or File > Import File)
设定Files of Type为SYBYL Mol2
选择书签列表中的[$TA_DEMO]，然后选择4dfr.mol2和mtx.mol2，并点击OK
蛋白质和配体分别导入到了M1和M2区域中
3.显示配体分子为棍状模型并取消其分子标签的显示
使用改变M2中配体的显示方式，由Dsp As改变为Capped Sticks，设定Atm Lbl为Off
1.1.
2.找到蛋白质当中的结合位点
1.指定溶剂化方法
Options > Tailor
选择SITEID作为Subject
设定ALGORITHM为SOLVATION
点击Apply然后Close
2.使用SiteID找到蛋白质中的结合位点
Biopolymer > Analyze Protein > SiteID Find Pockets
在SiteID Find Pockets对话框，确定包含蛋白质4dfr的M1区域被选中，并点击OK
片刻SideID会生成24个球填补蛋白质的活性位点，SiteID Find Pockets对话框也显示出来
如下图所示
3.创建活性位点5 Å范围内所包含的子结构集
在SiteID Pockets对话框，移动滑块为5
DHFR被着色
水分子口袋附近的氨基酸残基显示为黄色
暴露在溶剂分子内的蛋白质原子和口袋内溶剂分子5 Å范围内的原子显示为红色
Cα上带着氨基酸残基名称的标签
点击Create substructure set
输入pocket_5作为set_name并点击OK
1.1.3.显示蛋白质结合口袋为MOLCAD表面
1.给结合口袋周围的原子加上MOLCAD Connolly表面
在SiteID Pockets对话框，点击MOLCAD surface Create
点击Close关闭SiteID Pockets对话框
点击OK关闭信息提示框
2.隐藏MOLCAD表面
使用取消对M1中背景的显示
3.改变水分子的显示大小
点击
点击Other Substructures复选框然后点击OK
点击，然后清除选择
1.1.4.定义受体和供体位点
通过SYBYL识别氢键位点可以指导生成氢键供体和受体的选择用于生成UNITY query。

1.找到蛋白质中的氢键受体
UNITY > Define Query > From Protein > Acceptor
选择M1: 4dfr并点击OK
扩展Atom Expression对话框的层级，显示在链中的氨基酸残基选择蛋白质中被SideID着色的、存在于被SYBYL识别的氢键结合位点中的氨基酸残基
ILE5, ASP27和ILE94
点击Atom Expression对话框中的OK
一旦UNITY识别了潜在的受体/供体相互作用两个对话框将会显示出来
●Pick UNITY Feature信息对话框告诉你如何继续选择特征以及如何取消选择●Pick按钮可以终止选择
若干个蛋白质供体/配体小分子受体原子对以黄线显示并在末端带了一个星号，
由于配体供体位点和蛋白质之间的一些不合理的VDW碰撞，一些原子对被删除。

点击与氨基酸残基ASP27相连的两个位点，如下图中的箭头所示
点击如下图所示的与ILE94相连的单一位点
点击Pick对话框中的End Select
点击M4作为包含search query的显示区域并点击OK
回答Yes当显示提问"Create spatial constraints?"
为空间限制条件输入tolerance为0.5并点击OK
1.1.5.定义部分匹配限制条件
不是所有识别到的受体/供体都会在结构搜寻中被找到，部分匹配限制条件可以引导UNITY 搜寻器至少找到这些位点中的一些。

使用取消对M1区域中4dfr蛋白质的显示
UNITY > Edit Query > Define Constraints > Partial Match Dialog
在Partial Match Constraint 对话框, 设定Mol Area为M4
点击Add
选择位点RA_200_ASP27, RA_201_ASP27, 和RA_713_ILE94(这三个位点是本教程之前按顺序生成的三个球状空间限制条件)
点击Pick对话框中的End Select
选择Match at Least 为 1
选择Match at Most 为 2
设定Constraint Color为Orange并点击OK
1.1.6.定义UNITY表面体积限制条件
1.重新显示MOLCAD表面
使用重新勾选M1中与4dfr相关的背景(Bkg Vis)的选择
2.创建限制条件
UNITY > Edit Query > Manage Features
在Manage UNITY Features对话框, 设定Class为CONSTRAINT和Type为SURFACE_VOLUME
点击Add
UNITY - define volume constraint from MOLCAD surface对话框出现
默认值Tolerance (1.0 Å), Overlap (0.5 Å), 以及vdW scaling(0.1)
设定Molecule Area for Query 为M4
点击OK
3.查看结果表面
透明表面朝一个方向扩展或者朝MOLCAD表面的另一个方向延伸，如果表面方向看起来正确，那么当提问"Expand in the direction and by the amount shown?" 出现时，回答Yes如果不正确则回答No, 也可以改变扩展方向, 或者改变tolerance,扩展方向应该符合在扩大之后能为配体腾出更多空间的原则。

本例中，扩展方向正确，所以点击Yes
当提示文件名称时，点击OK接受默认的选择
在Manage UNITY Features对话框, 点击Done
4.隐藏蛋白质、配体和表面
使用取消对M1、M2(Mol Vis)以及相关背景(Bkg Vis)的勾选
1.1.7.运行UNITY Search
1.运行UNITY 3D搜寻
UNITY > Start UNITY Search
在UNITY Search对话框, 选择M4作为包含提问结构的显示区域
设定Query Type为Flex Search
勾选Specify单选按钮并点击Options
在UNITY Flex Search Options 对话框, 找到the Maximum Number of Hits，勾选第二个单选按钮并输入3
点击OK关闭对话框
在UNITY Search对话框的Search部分，确定Databases被激活并且仅有SAMPLE数据库被选中
点击OK提交搜寻
2.显示命中目标化合物
UNITY > Search Management
在UNITY Search Management对话框，点击Refresh如果任务还没有全部完成，会显示完成进度
高亮显示对应于搜寻任务的一行并点击Load into Table
一个分子表单被创建，包含有提问结构的3个目标化合物
第一个目标化合物与口袋匹配并符合空间限制条件，两个配体/供体原子对被找到
使用
⏹更清楚的显示配体小分子在M3一行，设定Dsp As为Capped Sticks
⏹勾选M2显示区域中的分子，然后取消勾选，这个是已知结合构象
观察搜寻结果如何满足空间限制条件
在Show Selected Rows对话框，点击向上箭头和向下箭头按钮显示命中的目标化合物
供体/受体原子对、空间限制条件以及表面体积找到与已知结合位点相似的三个目标化合物
观察结束后，点击Close关闭Show Selected Rows对话框
3.关闭搜寻结果分子表单
MSS: File > Close
点击No，当提示保存分子表单时，因为这个表单很容易从搜寻结果中重新生成
4.关闭UNITY Search Management对话框
点击Done关闭UNITY Search Management对话框
5.关闭SYBYL屏幕并重置
> Delete Everything
点击重置所有旋转和移动。