基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

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利用Ｐｒｉｍｅｒ３软件共设计出４５３１对符合要求的引物，挑选出的１００对ＳＳＲ引物中，获得１８对多态性高、稳定性好的ＳＳＲ引物。［结论］本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序
ｔｒａｎｓｅｉｒｐｔｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．［Ｍｅｔｈｏｄｓ］Ｄｉｓｔｉｒｂｕｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓｏｆｔｈｅｍａｒｋｅｒｓｉｎｔｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄｔｈｅｉｒ
（１．ＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＳｕｂｔｒｏｐｉｃａｌＦｏｒｅｓｔｒｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｙ，Ｈｒａｎｇｚｈｏｕ３１１４００，Ｚｈｅｊｉａｎｇ，Ｃｈｉｎａ；２．ＳｉｅｈｕａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｙ，ｒ
条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列中发现８６７８个ＳＳＲ位点，分布在８２９８条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ中发生频率为９．６７％，转录组序列中平均每
１４．ｏ４ｋｂ长度就有一个ＳＳＲ位点分布。其中，二核苷酸重复类型数量最多，占６５．８７％。根据转录组Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列，
索，并对ＳＳＲ位点的数量、分布特征进行统计分析。设计１００对ＳＳＲ引物，采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离
检测方法对３种不同倍性桤木属植物（１２份材料）进行遗传多样性检测，确定引物多态性及通用性。［结果］８５７６９
ｃｈａｒａｃｔｅｉｓｒｔｉｃｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ，ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｐｒｏｖｉｄｅｍｏｒｅｐｏｗｅｒｆｕｌｔｏｏｌｓｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒ－ａｓｓｉｓｔｅｄｂｒｅｅｄｉｎｇＡｌｎｕｓ．
Ｃｈｅｎｇｄｕ６１００８１，Ｓｉｃｈｕａｎ，Ｃｈｉｎａ；３．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＲｅｓｏｕｒｃｅｓａｎｄＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，ＹｕｎｎａｎＡｇｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ６５０２０１，Ｙｕｎｎａｎ，Ｃｈｉｎａ）
列的ＳＳＲ标记开发是可行的，开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提
供了丰富的候选分子标记。
关键词：桤木属；转录组；ＳＳＲ；引物中图分类号：￥７１８．４６文献标识码：Ａ
饶龙兵，杨汉波，郭洪英，段红平。，陈益泰
（１．中国林业科学研究院亚热带林业研究所，浙江杭州３１１４００；２．四ＪｌＩ省林业科学研究院，四川成都６１００８１
３．云南农业大学资源与环境学院，云南昆明６５０２０１）
ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＳＳＲＭｏｌｅｃｕｌａｒＭａｒｋｅｒｓＢａｓｅｄｏｎＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＡｌｎｕｓ
ＲＡＯＬｏｎｇ— ｂｉｎｇ，ＹＡＮＧＨａｎ — ｂｏ，ＧＵＯＨｏｎｇ — ｙｉｎｇ，ＤＵＡＮＨｏｎｇ－ｐｉｎｇ，ＣＨＥＮＹｉ－ｔａｉ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＴｏｄｅｖｅｌｏｐＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｏｆｇｅｎｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌａｒｅａｓｆｒｏｍＡｌｎｕｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆ
摘要：［目的］基于转录组数据开发适用于桤木属树种的ＳＳＲ标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为桤木属树种ｔｅｌｌｉｔｅ（ＭＩＳＡ）软件对所有转录组序列进行ＳＳＲｓ搜
林业科学研究
ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ
２０１６，２９（６）：８７５～８８２
文章编号：１００１ — １４９８（２０１６）０６－０８７５－０８
基于桤木属转录组测序的ＳＳＲ分子标记的开发