北京化工大学2016年生物信息学考卷

北京化工大学2016—2017学年第一学期

《生物信息学》期末考试试卷 （A 卷）

班级： 姓名： 学号： 分数：

一 名词解释 （每题2分）

1. 终止密码子

2. 基因组

3. 比对

4. 近邻关系法

5. 最简约树

6. CpG 岛

7. 重复元件

8. α螺旋

9. 同源建模 10. 聚合酶链式反应（PCR ）

二 简答题 （每题5分）

1．图示分子生物学中的中心法则，并注明相应于转录和翻译的各个步骤及相关的重要的酶。

2. 应该根据真核生物基因组的哪些特征，来识别真核基因？

3. 请画出原核生物基因结构图,并分别标出“开放阅读框”、 “RNA 聚合酶起始转录的启动子区域”、“调控蛋白结合的操纵子序列”的位置。

4. 国际上权威的核酸序列数据库有哪些？蛋白质序列数据库有哪些？蛋白质结构数据库有哪些？

三 写出下面perl 程序的运行结果 （共计15分） （1）

$a="a",$b="b",$c="c", $d="d";

@name=("Guy","Tom","126","Roy","007"); @list=(2..9);

@items=($a,$b,$c, $d);

@empty=();

$size=@items;

print "@name\n@list\n@items[1]\n@empty";

（2）

$num1=50;

$num2=100;

$num3=0;

print $num1 && $num3,"\n";

print $num3 && $num1,"\n";

print $num1 && $num2,"\n";

print $num2 && $num1,"\n";

print $num1 || $num3,"\n";

print $num3 || $num1,"\n";

print $num1 || $num2,"\n";

print $num2 || $num1,"\n";

（3）

@name=("PKU","THU","BUCT","SJTU");

print "@name\n";

delete $name[1];

print "@name\n";

print "$name[1]";

$size=@name;

print "the size is $size";

四计算题

1 为以下序列比对确定比对得分：（每小题3分）

（1）全局比对：匹配得分=+1，失配得分= -1，起始罚分= -2，长度罚分= -1 TCAGATATACTGAGCTGCT

TCAGA-A- ACAGA T -TG - -

（2）准全局比对：匹配得分=+1，失配得分=-1，起始罚分=-2，长度罚分=-1 AGTTTGAAACTGTATAT

AG - - - ACAAATG-CT - -

2 画出相应于标准Newick格式

((((A，B),D),E) ((G，H),C))F 的系统发生树。（6分）

3用UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下：（10分）

4 四条同源序列进行比对，其中每条序列代表一个物种，每条序列有7个核苷酸，如下图所示。（1）请问哪些位点在简约分析中是信息位点？（2）画出由每个信息位点得到的可能的无根树。（3）反映这4个物种之间进化关系的最简约树是什么？（7分）

5. 假如在二维H-P模型的相对方向表示法中，利用L表示左，R表示右，F表示向前，那么下图中的二维构象表示结果是什么？（6分）

6利用Needleman 和 Wunsch的动态规划算法（全局比对算法），试比对ACACTGT 与ACTGT序列，其中空位罚分为 -1，匹配奖励为 +1，失配得分为 0, 首先用空位罚分的倍数对表格第一行与第一列进行初始化，（1）用动态规划算法完成该表格的填充；（2）找出一条由表格中最右下角到最左上角的合理的路径，并给出这两个序列的最优全局比对的形式；（10分）

A

C

A

C

T

G

T