北京化工大学2016年生物信息学考卷

北京化工大学2016—2017学年第一学期
《生物信息学》期末考试试卷 （A 卷）
班级： 姓名： 学号： 分数：
一 名词解释 （每题2分）
1. 终止密码子
2. 基因组
3. 比对
4. 近邻关系法
5. 最简约树
6. CpG 岛
7. 重复元件
8. α螺旋
9. 同源建模 10. 聚合酶链式反应（PCR ）
二 简答题 （每题5分）
1．图示分子生物学中的中心法则，并注明相应于转录和翻译的各个步骤及相关的重要的酶。

2. 应该根据真核生物基因组的哪些特征，来识别真核基因？
3. 请画出原核生物基因结构图,并分别标出“开放阅读框”、 “RNA 聚合酶起始转录的启动子区域”、“调控蛋白结合的操纵子序列”的位置。

4. 国际上权威的核酸序列数据库有哪些？蛋白质序列数据库有哪些？蛋白质结构数据库有哪些？
三 写出下面perl 程序的运行结果 （共计15分） （1）
$a="a",$b="b",$c="c", $d="d";
@name=("Guy","Tom","126","Roy","007"); @list=(2..9);
@items=($a,$b,$c, $d);
@empty=();
$size=@items;
print "@name\n@list\n@items[1]\n@empty";
（2）
$num1=50;
$num2=100;
$num3=0;
print $num1 && $num3,"\n";
print $num3 && $num1,"\n";
print $num1 && $num2,"\n";
print $num2 && $num1,"\n";
print $num1 || $num3,"\n";
print $num3 || $num1,"\n";
print $num1 || $num2,"\n";
print $num2 || $num1,"\n";
（3）
@name=("PKU","THU","BUCT","SJTU");
print "@name\n";
delete $name[1];
print "@name\n";
print "$name[1]";
$size=@name;
print "the size is $size";
四计算题
1 为以下序列比对确定比对得分：（每小题3分）
（1）全局比对：匹配得分=+1，失配得分= -1，起始罚分= -2，长度罚分= -1 TCAGATATACTGAGCTGCT
TCAGA-A- ACAGA T -TG - -
（2）准全局比对：匹配得分=+1，失配得分=-1，起始罚分=-2，长度罚分=-1 AGTTTGAAACTGTATAT
AG - - - ACAAATG-CT - -
2 画出相应于标准Newick格式
((((A，B),D),E) ((G，H),C))F 的系统发生树。

（6分）
3用UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下：（10分）
4 四条同源序列进行比对，其中每条序列代表一个物种，每条序列有7个核苷酸，如下图所示。

（1）请问哪些位点在简约分析中是信息位点？（2）画出由每个信息位点得到的可能的无根树。

（3）反映这4个物种之间进化关系的最简约树是什么？（7分）
5. 假如在二维H-P模型的相对方向表示法中，利用L表示左，R表示右，F表示向前，那么下图中的二维构象表示结果是什么？（6分）
6利用Needleman 和 Wunsch的动态规划算法（全局比对算法），试比对ACACTGT 与ACTGT序列，其中空位罚分为 -1，匹配奖励为 +1，失配得分为 0, 首先用空位罚分的倍数对表格第一行与第一列进行初始化，（1）用动态规划算法完成该表格的填充；（2）找出一条由表格中最右下角到最左上角的合理的路径，并给出这两个序列的最优全局比对的形式；（10分）
A
C
A
C
T
G
T。