X-tile软件的操作流程

X－tile 软件的操作流程
由于最近在做某基因表达与预后相关性的分析，对如何选择最佳cutoff 值很疑惑。

搜了丁香园的各大帖子，发现对x-tile如何使用并没有人分享过。

经过对照软件中的操作说明，终于搞明白是怎么回事了，现分享给大家！
首先，将你excel表格中的“某基因的表达值”“生存期”“删失情况”等等其他一些数据复制到文本文档中。

注意：“删失情况”要写成“censored”, “uncensored”, or “unknown” 形式。

然后打开软件（软件下载见附件），如图
EIuLlink I D 11K tissje
I Version Number
micruajray website
Xi"""
Version 3-47
X-Tile
Assisted mar*er cutpoint analysis
This software is available Tor norKomrnercial research es onl
Analyze Robert L C^mp. M.D. , Ph.0
C^^righE Tale Uni^er&liy
2DD349S
Click her亡to staft !he
X-lile program
点击“加卜2。

"进入下图:
“file"--"open"打开刚建的“txt”文本，接着就可以进行设置了。

如下图
X -TILE S ETUP
扩大来看！（下图）
将“删失情况”即图中的口0口式。

烧0「,放入" censor”中，然后将“inter type" 改为" DeadOfDiese”；
将“生存期”即图中的“ Followup-months”放入“Survival Time"，j 将 “inter type” 改为你所用的时间度量，如“天”或“年”；
将“表达量”即图中的"HER2”放入“Marker1"，Mark2如果没有可以不 填。

剩余的也可以不填。

Click on 口 and tht cell values will display on J1K rishi
Click 他4 i+Laad fl, button to SbClccL the ciincni
column as the marker, ete,
C"elJ values of the cfllumn selecced on the left is displayed if the c^ll is null.
Survive IT i mo:
FollOWUp.fTIDUhG
Nods Static
DOD ^Censor
Follo^jp_mofi&is I P53
HER2
ER
ER Qua 岫5
HERJQuadiles
Percernileg
0. Nods_Posiiive 1. Mode_PoE (tive 2. No<t&_Posili^e 3: Node_Positive 士 NDde_Negati7e 5. Node_Posiliv6 G: N 口由_P 口丽日 7:
Node_Posrtive BNode.Posrirve 9: Mode_Posjlive 10. Node_Po$itive 11 Node_Pcshv 12- NQde_PflSi1ive 13：
Node_P{35itive 14. NGde_Positivs 15. NQde_pDsilive 16 Node_Pasitive 17 Node.Posilive 1 悔 Kinda PncitruD
input type:
inpul type ： cutoff at ：
然后点左上角的“do"，选择" Kaplan-Meier” — “Markerl”.即可。

接着会出现下如图所示结果。

鼠标左键点击“2Pop X-tile Plot”所指的矩形图，软件会自动找到最佳的cutoff值，得到两条线（两组：高表达一低表达）。

鼠标左键点击“3Pop X-tile Plot”所指的三角形，软件会自动找到最佳的cutoff值，得到三条线（三组：高表达一中度表达一低表达）。

条形图下的X轴所指的数值即是最佳cutoff值。

其余可以参照软件里的指南。

写的比较业余，希望能够给大家一些帮助。