生物化学简明教程

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(二)DNA的双螺旋结构
1953年,Watson 和Crick 提出。
1. 双螺旋结构的主要依据
(1)Wilkins和Franklin发现不同来源的DNA纤维具有相似的 X射线衍射图谱。 (2)Chargaff发现DNA中A与T、C与G的数目相等。后Pauling 和Corey发现A与T生成2个氢键、C与G生成3个氢键。
HN
H CH3
H
H
ON
H
胸腺嘧啶 thymine
(T)
OH
HN
H
HO
H N
烯H醇式
酮式
O
HN
H
O
H N
H
酮式
稀有碱基; 修饰碱基 DNA,RNA的碱基不同 稀有碱基含量最多的核酸是tRNA
(三)核苷
NH2
N H
N
N
H
9
N H
腺嘌呤
HOH2C 5′ O OH
4′
1′
3′ 2′
OH OH 核腺糖苷
O
DNA分子量用碱基对或碱基数表示(bp,b?)
3. 双螺旋结构的稳定因素
(1)氢键(太弱);(2)碱基堆积力(base stacking force, 由芳香族碱基π电子间的相互作用引起的,能形成疏水核心, 是稳定DNA最重要的因素;(3)离子键(减少双链间的静 电斥力)。
4. DNA双螺旋的构象类型
DNA
RNA
Translation
Protein
(mRNA、tRNA、rRNA)
基因是DNA片段的核苷酸序列,DNA分子中最小的功能单位。
基因
结构基因
基因组
调节基因
基因是编码蛋白质的序列?
(二)原核生物基因组的特点
1. DNA大部分为结构基因,每个基因出现频率低。 2. 功能相关基因串联在一起,并转录在同一mRNA中(多顺 反子)。 3.有基因重叠现象。
pG-T-A
pGTA
OH OH
O
5′
O=P—O—CH2O
O-
3′
5`端? 3`端?
A
OH OH
三、DNA的结构
(一)DNA的一级结构
因为DNA的脱氧核苷酸只在它们所携带的碱基上有区别,所 以脱氧核苷酸的序列常被认为是碱基序列(base sequence)。 通常碱基序列由DNA链的5′→3′方向写。DNA中有4种类型的 核苷酸,有n个核苷酸组成的DNA链中可能有的不同序列总 数为4n。
(五)核酸的复性(退火):变性核酸的互补链在适当条 件下重新缔合成双螺旋的过程。
影响复性速度的因素:
(1)单链片段浓度 (2)单链片段的大小
(3)片段内重复序列的多少 (4)溶液离子强度的大小 (5)溶液温度的高低 (T – 25℃)
²¨³¤ /nm
â¹ üÎ ÕÊ
(三)核酸结构的稳定性
1.碱基对间的氢键;2.碱基堆积力;3.环境中的正离子。
(四)核酸的的变性 :双螺旋区氢键断裂,空间结构破坏,
形成单链无规线团状,只涉及次级键的
破坏。(与降解比较)(变性DNA特征) DNA变性是个突变过
A /260nm
Tm
Tm
程,类似结晶的熔解。 将紫外吸收的增加量
5
N
7
8H
H2 3 4 N
9
N
H
嘌呤
NHH2 N
N
H
H N
N
H
腺嘌呤 adenine(A)
O H
N
N
H
H H2N N
N H
鸟嘌呤 guanine(G)
NH2 H
NH
HO
H N
H
胞嘧啶 Cytosine
(C)
H
4
N 5H
3
H2 1 6 H N 嘧啶
OH
HN H
H
H
ON
H
尿嘧啶 uracil (U)
OH
DNA
温育
有荚膜,致病
无荚膜, 不致病
有荚膜,致病
传代
传代
有荚膜,致病
有荚膜,致病
除少数病毒(RNA病毒)以RNA作为遗传物质外,多数有 机体的遗传物质是DNA。
不同有机体遗传物质(信息分子)的结构差别,使得其所 含蛋白质(表现分子)的种类和数量有所差别,有机体表 现出不同的形态结构和代谢类型。
RNA的主要作用是从DNA转录遗传信息,并指导蛋白质的 合成。
HN
H
O
1H N
H
尿嘧啶
HOH2C 5′ O OH
4′
1′
3′ 2′
OH OH 核尿苷糖
O
HN1
NH
H5 CO
HOH2C 5′ O OH
4′
1′
3′ 2′
OH OH 假核尿苷糖(ψ)Байду номын сангаас
表示方法?
(四)核苷酸
O-
O-
~ ~ -O— P -O— P


-
O O
O
O—
Ap或pA?
H N
N
H
H N
9
N
H
•核苷:可以形成
2. 有断裂基因 :由于基因中内含子的存在。 真核基因全是断裂基因?
7 700bp
A
BC D E
F
G
transcription
mRNA
1 872bp
内含子(intron):基因中不为多肽编码,不在mRNA中出现。 外显子(exons):为多肽编码的基因片段。 例外:组蛋白基因(histongene)和干扰素基因(interferon gene)没 有内含子。
O-
腺嘌呤
2’,3’5’,但体 内多为5’
P HOH2C 5′ O OH

O
4′
1′
3′ 2′
•脱氧核苷: 可以 形成3’5’,但体 内多为5’
•表示方法?
OH OH
胸苷核胸-5′糖-苷磷酸 AMP
ADP
ATP
各种核苷三磷酸和脱氧核苷三磷酸是体内合成RNA和 DNA合成的直接原料。
在体内能量代谢中的作用:
A
B
D
E
C
F
G
(三)真核生物基因组的特点
1. 重复序列
单拷贝序列:在整个DNA中只出现一次或
少数几次,主要为编码蛋白质 中度重复序的列结:构在基DN因A。中可重复几十次
到几千次。 高度重复序列 :可重复几百万次
富含A-T 主体DNA 富含G-C
高度重复序列一般富含A-T或G-C,富含A-T 的在密度梯度离心时在离心管中形成的区带 比主体DNA更靠近管口;富含G-C的更靠近 管底,称为卫星DNA(satellite DNA)
ATP——能量“货币” UTP——参加糖的互相转化与合成 CTP——参加磷脂的合成 GTP——参加蛋白质和嘌呤的合成
第二信使——cAMP
O-
5′
O=P—O—CH2O G
O-
3′
核 磷酸二酯键 酸
的 一

G TA
1′
3′
PP
P
OH
OH OH O-
5′
O=P—O—CH2O T
结 构
5′
O-
3′
pGpTpAOH
核酸的碱基具有共扼双键,因而有紫外吸收性质,吸收 峰在260nm(蛋白质的紫外吸收峰在280nm)。
核酸的光吸收值比各核苷酸光吸收值的和少30~40%,当核 酸变性或降解时光吸收值显著增加(增色效应),但核酸 复性后,光吸收值又回复到原有水平(减色效应)。
0.4
0.3
0.2
0.1
0 220 240 260 280 300
五、RNA的结构与功能
——RNA分子是含短的不完全的螺旋区的多核苷酸链。
(一)tRNA tRNA约占RNA总量的15%,主要作用是转运氨基酸用于 合成蛋白质。 tRNA分子量为4S,1965年Holley 测定AlatRNA一级结构, 提出三叶草二级结构模型。
主要特征:1.四臂四环;2.氨基酸臂3′端有CCAOH的共有 结构;3.D环上有二氢尿嘧啶(D);4.反密码环上的反 密码子与mRNA相互作用;5.可变环上的核苷酸数目可以 变动;6.TψC环含有T和ψ;7.含有修饰碱基和不变核苷酸。
六、核酸的性质
(一)一般理化性质
1.为两性电解质,通常表现为酸性。 2.DNA为白色纤维状固体,RNA为白色粉末,不溶于有 机溶剂。 3.DNA溶液的粘度极高,而RNA溶液要小得多。 4.RNA能在室温条件下被稀碱水解而DNA对碱稳定。 5.利用核糖和脱氧核糖不同的显色反应鉴定DNA与RNA。
(二)核酸的紫外吸收性质
真核生物mRNA的前体在核内合成,包括整个基因的内含子和 外显子的转录产物,形成分子大小极不均匀的hnRNA。
(四)snRNA和asRNA(small nucleic RNA, antonym sequence RNA) snRNA主要存于细胞核中,占细胞RNA总量的0.1~1%,与 蛋白质以RNP(核糖核酸蛋白)的形式存在,在hnRNA和 rRNA的加工、细胞分裂和分化、协助细胞内物质运输、 构成染色质等方面有重要作用。
染色体包装
NEXT
右手超螺旋
左手超螺旋
染色体包装的结构模型
多级螺旋模型
压缩倍数 7
6
40
5
(8400)
DNA → 核小体 → 螺线管 → 超螺线管 → 染色单体
2nm
10nm
2~10μm
30(10)nm
400nm
一级包装 二级包装 三级包装
四级包装
四、DNA与基因组织
(一)DNA与基因
Transcription
达到最大增量一半时
的温度称熔解温度
(melting temperature,
Tm)。
70
75
80
85
90
T /¡æ
影响Tm的因素: (1)G-C的相对含量 (G+C)% =(Tm — 69.3)× 2.44 (2)介质离子强度低,Tm低。
(3)高pH下碱基广泛去质子而丧失形成氢键的能力。
(4)变性剂如甲酰胺、尿素、甲醛等破坏氢键,妨 碍碱基堆积,使Tm下降。
(一)核糖和脱氧核糖
HOH2C
O OH
1 2
OH OH
HOH2C O OH
1 2
O OH
β-D-2-核糖
β-D-2-脱氧核糖
核糖 + H + Δ
糠醛 甲基间苯二酚
FeCl3
绿色产物
RNA和DNA定性、定量测定
脱氧核糖 + H+ Δ
ω-羟基-γ-酮 二苯胺 戊醛
蓝色产物
(二)嘌呤碱和嘧啶碱
H
6
N1
B-DNA:92%相对湿度,接近细胞内的DNA构象,与Watson 和Crick提出的模型相似。 A-DNA:75%相对湿度,与溶液中DNA-RNA杂交分子的构 象相似,推测转录时发生B→A。其碱基平面倾斜20°,螺距 与每一转碱基对数目都有变化。
Z-DNA:主链呈锯齿型左向盘绕,直径约1.8nm,螺距4.5nm, 每一转含12个bp,只有小沟。B-DNA与Z-DNA的相互转换可 能和基因的调控有关。
(3)电位滴定证明,嘌呤与嘧啶的可解离基团由氢键连接。 2. 双螺旋结构模型要点
(1)双螺旋主链:两条多核苷酸链反向平行,主链右手螺 旋,有一共同轴,表面有一大沟一小沟。 (2)碱基互补配对:碱基内侧,A与T、G与C配对,分别形 成2和3个氢键。是半保留复制理论的基础。
(3)双螺旋每转一周有10个bp,螺距3.4nm,直径2nm。
C-DNA:44~46%相对湿度,螺距3.09nm,每转螺旋9.33个碱 基对,碱基对倾斜6°。可能是特定条件下B-DNA和A-DNA 的转化中间物。 D-DNA:60%相对湿度,DNA中A、T序列交替的区域。每个 螺旋含8个bp,螺距2.43nm,碱基平面倾斜16°。
(三)DNA的三级结构
线形分子、双链环状(dcDNA)→超螺旋、
1930~40年,Kossel & Levene等确定核酸的的组分:
核酸
脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA) 核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)
“四核苷酸假说”:核酸由四种核苷酸组成的单体 构成的,缺乏结构方面的多样性。
20世纪40年代末,Avery 的“肺炎双球菌转化”实验, 噬菌体侵染细菌的实验证明DNA是有机体的遗传物质:
asRNA可通过互补序列与特定的mRNA结合,抑制mRNA的 翻译,还可抑制DNA的复制和转录。
(五)RNA的其它功能
1981年,Cech发现RNA的催化活性,提出核酶(ribozyme)。 大部分核酶参加RNA的加工和成熟,也有催化C-N键的合成。 23SrRNA具肽酰转移酶活性。
RNA在DNA复制、转录、翻译中均有一定的调控作用,与 某些物质的运输与定位有关。
(二)rRNA
占细胞RNA总量的80%,与蛋白质(占40%,rRNA占60%)) 共同组成核糖体。
原核生物
真核生物
核糖体
rRNA 核糖体
rRNA
70S(30S、 50S)
16S、5S、 80S(40S、
23S
60S)
18S、 5S、5.8S、
28S
(三)mRNA与hnRNA
mRNA约占细胞RNA总量的3~5%,是蛋白质合成的模板。
二、核酸的组成成分
核酸 nucleic acid 核苷酸 nucleotide
磷酸二酯键
核苷 nucleoside
磷酸 phosphate
嘌呤碱 purine base 或 嘧啶碱 pyrimidine base
(碱基 base)
核糖 ribose 或 脱氧核糖 deoxyribose
(戊糖 amyl sugar)
《生物化学简明教程》
第二章 核酸的化学
核酸的概念和重要性 核酸的组成成分 DNA的结构 DNA和基因组 RNA的结构和功能 核酸的性质 核酸的序列测定 核酸的生物学功能和实践意义 思考题
一、核酸的概念和重要性
1869年Miescher从细胞核中分离出核素(nuclein)。
1889年Altman制备了核酸(nucleic acid)。
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