工具用R快速制作heatmap图,一学就会!

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工具用R快速制作heatmap图,一学就会!
作者:解螺旋.冬至解螺旋原创
转载请注明来源:解螺旋,医生科研助手
这个heatmap图是不是很炫?知道是怎么做出来的吗?想学跟我来吧!
1、首先下载R(/)
根据自己的系统选择适合的版本安装
2、安装pheapmap程序包
由于我的是mac OS X版本,下面以Mac OS X版本示范安装pheapmap程序包。

打开R,菜单里面选择Packages & Data 下面的Package Installer,如果没有任何下面的Package选择,选择Get List,选择离我们最近的站点。

在左侧Package Search里面搜索pheatmap,点击install selected。

3、准备数据文件
在Excel里面输入所需要画heatmap图数据,第一列为名称,后面的为均一化之后的数值。

二代测序的表达量差异的结果,芯片表达差异的结果,甚至是qPCR的结果都可以。

然后将整理好的Excel文件另存为制表符分割的文本.txt,命名为all.txt。

打开all.txt确定一下,是否正确。

4 、制作heatmap图
启动R,先设置工作目录。

选择菜单Misc里面的Change Working Directory,选择存放要做图的数据文件all.txt所在的文件夹。

复制输入以下代码,注意all.txt与文件名一致,miRNA_name与Excel里面第一列的名称一致,输出pdf的名称可以随意
data<>all.txt',head=T) #读入数据文件
attach=data
s(data)<>miRNA_name #提取行名
data<-data[,-1]>
data<-data.matrix(data)>
library(pheatmap) #加载pheatmap函数
pdf('test.pdf', height=10, width=10) #将绘图输出到PDF
pheatmap(data,cluster_cols=FALSE,clustering_distance_row
='correlation',clustering_method='complete',color=colorRampP
alette(c('green','black','red')(100),revC=FALSE,scale='row',margin s=c(5,10),fontsize_row=8,cellheight=10,cellwidth=30) #默认参数dev.off()
回车,在设置的工作目录里找test.pdf文件,即是生成的heatmap 图。

其中输出的pdf('test.pdf', height=10, width=10),height, width可以根据图片大小自己调整。

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