基于蛋白质专一性力场和分子动力学模拟研究细胞周期依赖性蛋白激

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中图分类号：０６４３．１文章编号：１６７１ — ７６２７（２０１７）０２ — ０１２７ — ０６
ＭｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｒｏｓｃｏｖｉｔｉｎｅｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓｗｉｔｈＣＤＫ５ｕｓｉｎｇｐｏｌａｒｉｚｅｄ
ＡＭＢＥＲＦＦ０３ｆｏｒｃｅｉｆｅｌｄｕｓｉｎｇｔｈｅｐｏｌａｉｒｚｅｄｐｒｏｔｅｉｎｓｐｅｃｉｉｆｃｃｈａｒｇｅ（ＰＰＣ），ａｎｄｂｉｎｄｉｎｇｆｒｅｅｅｎｅｒｇｙ
（ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭａｔｅｒｉａｌｓ — ＯｒｉｅｎｔｅｄＣｈｅｍｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＣｈｅｍｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，
ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｋｉｎａｓｅ５（ＣＤＫ５）．Ｔｈｅｈｙｄｒｏｇｅｎｂｏｎｄｉｎｇｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｔｈｒｅｅｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓａｎｄａｄｊａｃｅｎｔ
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（ＭＤ）和结合自由能计算等方法研究３种Ｒｏｓｃｏｖｉｔｉｎｅ衍生物抑制剂与细胞周期依赖性蛋白激酶５（ＣＤＫ５）的相互作用，分析药物与其周围残基之间的氢键作用以及蛋白质极化对静电作用和范德华作用等的影响。模拟结果表明：３
种抑制剂与ＣＤＫ５的结合模式很相似，范德华力对亲和能有较大贡献。但残基分解分析表明Ｇｌｕ８１、Ｃｙｓ８３和Ｌｙｓ８９
ＮａｎｊｉｎｇＴｅｃｈＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１０００９，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓ（ＭＤ）ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓｗｉｔｈｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｎｇｔｈｅｓｔａｎｄａｒｄ
ｐｒｏｔｅｉｎ－ｓｐｅｃｉｉｃｆｆｏｒｃｅｉｅｆｌｄａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ
ＤＯＮＧＫｅｋｅ，ＷＡＮＧＸｕａｎ，ＹＡＮＧＸｕｅｙｕ，ＺＨＵＸｉａｏｌｅｉ
ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１ — ７６２７．２０１７．０２．０２１
基于蛋白质专一性力场和分子动力学模拟研究细胞周期依赖性蛋白激酶５与Ｒｏｓｃｏｖｉｔｉｎｅ衍生物的作用机制
第３９卷第２期
２０１７年３月
南
京
工

业
大
学
学
报
（自然科学版）
Ｖｏ１．３９Ｎｏ．２
Ｍａｒ．２０１７
ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＮＡＮＪＩＮＧＴＥＣＨＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ）
董珂珂，王璇，杨雪雨，朱小蕾
（南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室，江苏南京２１０００９）
摘要：本文通过分子对接，将极化的蛋白质专一性电荷（ＰＰＣ）替换ＡＭＢＥＲＦＦ０３电荷，利用分子动力学模拟
与抑制剂形成静电相互作用能显著区分３种不同Ｒｏｓｃｏｖｉｔｉｎｅ衍生物类抑制剂的生物活性。
关键词：Ｒｏｓｃｏｖｉｔｉｎｅ衍生物；细胞周期依赖性蛋白激酶５；分子动力学模拟；蛋白质专一性电荷