如何选择一个恰当的Rietveld精修程序

如何选择一个恰当的Rietveld精修程序
现在越来越多的研究材料的人都意识到了Rietveld结构精修的重要性，但是这方面的程序实在太多了，刚入门的人可能会觉得无从下手。

实际上，所有的程序都基于Rietveld所提出的结构精修方法，其结构精修的这一基本功能都不变，但正所谓殊途同归，由于“殊途”而产生了各自的程序设计特色，并进而衍生了不同的附属产品，如微结构计算，傅立叶差值等。

显然，为达不同目的，应该选择不同的精修程序。

目前，应用较为广泛的有GSAS，Fullprof，Rietan，DBWS等，国内用Fullprof的较多，我的感觉是只要课题组当中有一人使用了某一程序，其他人也基本跟着用，实际上，这种程序是一通百通，关键一条是计算机应用水平要比较高，大家可以多尝试一些其它程序，说不定会有额外的收获呢。

听说前不久陈小龙教授在清华开设了这方面的课程，可惜我无幸得闻，我想他一定讲了许多这方面的知识，我在此只是想把自己在这方面的经验拿出来与大家分享，因此可能是东敲西打式的，肯定不全，更希望大家与我一起交流，共同提高。

1 结构精修程序之——Rietica 1.7.7
该程序是基于DBWS 94（还是97？），操作界面非常简捷明了，很容易上手，因此适合初学者。

我记得当初第一次做Rietveld精修就用得是它，具体怎么操作我就不说了。

拿手机打比方，它只具备最基本功能－打电话，其它拍照，上网，MP3等功能是没有的，不过我觉得它很实用，我现在还经常拿它来修一些小分子的无机化合物，作一些相定量分析和原子占位计算什么的。

不过对于大分子的无机或有机化合物，最好排除它，因为我感觉它不大方便操作，好像收敛也不好，总之，最好选其它程序。

另外，它的峰型函数是统包的，即没有将仪器曲线和样品曲线分开，因此要让它做微结构计算也是爱莫能助了。

大家好！
非常抱歉很久没有上来与大家交流了，这期间我自己的电脑坏了，然后又发生了几件对我来说很重要的人生大事，心绪一直难以平静地转移到学术上来。

这期间也有很多朋友给我发来E－mail，我很感激他们对我的信任，对于他们提出的问题，我将一一在以后的文章中给予建议，也欢迎大家继续与我交流。

大家都很关注在Jade中如何进行晶胞修正的问题，实际上，晶胞修正和指标化是结合在一起的，因此，如果大家不是对已知晶系很有把握的话，最好在修正之前都预先进行指标化以判断或确证晶系。

在指标化之前，大家有几项工作需预先进行，一是2theta校正（用标样即可）；二是相分析，如果是二相甚至多项共存，则归属峰的时候要非常仔细。

三是峰型拟合确定峰位（如果有重叠峰则更加必要）；我个人认为，指标化最关键的一步是确定峰位，选取的峰最好是低角度的独立峰，而且选取的峰的数量并非多多益善，只要满足了不同的晶系要求即可，遇到重叠峰的时候一定要小心！
做好上述工作之后，下一步就是options/pattern indexing，出现一个面板，在你的晶系前划勾，然后选择指标化方式，建议是从快（rapid indexing）到慢（exhaustive indexing），再下面有2 theat error一栏，如实填上即可，晶胞参数最大值最好填的大一点，其它的按默认，另外，对于一些做有机大分子晶体的朋友来说，晶胞密度可能比较重要，那就要把Z值和化学式输入，根据晶胞体积软件会自动给出的。

完成上述步骤之后，就“go”吧，软件会按照一定的排列方式将很多种可能的结果一一列出来，fm值越小，结果的可信度就越高，有时会发现你认为正肯定确的空间群没有出现在结果中，不要紧，在"space group"旁边有一个'?'，点击它一些，看看有没有找到，晶体学上，很多空间群都统属于同一点群，因此在指标化时，它们都是等同的。

当你选取其中的一个指标化结果时，相应的就会在图谱上出现一系列黄色的指标化的衍射峰位，你可以一一与实际的衍射位对应，看看结果是否准确。

有时一个结果也没有得到，有可能的原因是选取得峰不对，2theta偏差不对，选择的晶系不对，也有可能最大晶胞值太小，或者fm截取值太低的缘故。

那就重新再来吧。

接下来的事情就比较容易了，先选定正确的结果（蓝），点击“Refine”，出现“Cell Refinement”的控制面板，再点击Refine，你就可以得到精确的晶胞参数，esd表示的是标准偏差。

如果你已知了空间群，并且选峰正确（手动），那么你也可以直接“options”/“Cell Refinement”/Refine，打开‘reflections'，看看偏差多大，它可以作为指标化和晶胞修正的结果输出。

1,打勾表示的是背底，“Erase”掉即可，或者将“estimate crystalites from"前面的数值设的更小一些。

另外，最好自己手动选峰，对高角度的峰进行拟合我觉得没什么意义。

2，主要是看差值线，有时图谱毛刺比较多，虽然R值偏高，但差值线比较平也是可以接受的。

3，用了Refine后的结果当然更精确，但是一定要注意，要预先作一条仪器的2theta－FWHM曲线！
4，请看一些晶体学方面的书籍。

每个HKL都对应一个尺寸，除非晶粒是圆的（实际上很少），否则说晶粒的平均大小就是毫无意义的，打个比方，我们通常会说一个人有多高或胸围多少，但不会问这个人这两者的平均值是多少。

5，这些都是代表峰型函数的一些参数，通过调整这些参数就可以使拟合的和实际的峰型相匹配，这里有皮尔逊－VII函数和准沃格特函数可以选择，两者对应的参数分别是exponent和Lorentizian。

Skewness这个参数我也是在Jade里面才看到过，我想可能表示的是不对称因子吧，因为一些低角度峰往往是不对称的。