RT-PCR的具体步骤
RT-PCR的具体步骤
加1mlTRIzol
↓
组织:匀浆(彻底,分几次打,是匀浆时产生的热量能散出,后转至EP管)
细胞:用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块
↓
颠倒混匀10下,室温5分钟
↓
加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5)
↓
颠倒混匀10下,室温5分钟
↓
4℃,离心12000g,15分钟
↓
转上层水相(约400μl)于另一1.5mlEP管中
(第二步:PCR反应:总体积20μl,如果50μl体系,相应加倍)
试剂浓度体积终浓度
Taq Buffer 10× 2μl 1×
MgCl2 25mM 1.2μl 1.5mM
dNTP 10mM 0.2μl
上游引物10pmol/μl 0.4μl
下游引物10pmol/μl 0.4μl
cDNA模板1μl
DEPC水14.7μl
3.RNA在75%乙醇中,2-8℃至少可保存一周,-20℃至少可保存一年。
4.弃上清的操作,我们一般将EP管倒置在平铺于桌面的卷纸上,吸干。
5.最后一步弃酒精,将RNA溶于DEPC水的操作,我们的做法是:先按4的步骤吸干酒精,其实这样还是不彻底的,再将EP管小离心后用20μl小枪头(DEPC处理过的)吸出多余的酒精。最后用200μl中枪头(DEPC处理过的)吸11.5μl(20μl体系,如果是40μl体系则加倍)的DEPC水至EP管中,吹打助溶,然后转移至200μl的EP管(这些EP管中可以事先加好Oligo(dT)15,以节省枪头)中。
五.琼脂糖凝胶配制
1.1.0%:1.0g琼脂糖+100ml电泳缓冲液,微波炉加热至沸腾(如果首次煮胶,一定要煮透,以不出现泡沫为标志),熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl,充分混匀,将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中,在室温下放置30-45min(可以放入4度冰箱加快琼
RT-PCR的具体步骤
RT-PCR的具体步骤RT-PCR(逆转录聚合酶链式反应)是一种常见的分子生物学技术,用于检测RNA分子。
在本文中,我们将介绍RT-PCR的具体步骤,以便您更加全面地了解这种技术。
1.总RNA提取首先需要从细胞中提取RNA。
这可以通过商用试剂盒或手工方法实现。
如果使用试剂盒,则遵循其说明书中的步骤。
如果手工提取RNA,则需要使用三个基本试剂:细胞裂解缓冲液、氯仿和异丙醇。
步骤如下:•将细胞收集在管中,加入裂解缓冲液。
•冷冻-解冻样品3次,使细胞壁破裂并释放RNA。
•加入氯仿并混合。
•离心样品,使沉淀分离出来。
•将上层溶液转移到另一个管中,加入异丙醇。
•冷藏或冷冻,然后离心。
•去除上层液体,并在无水酒精中对RNA进行洗涤和沉淀。
2.反转录在提取出RNA后,需要将其转录为DNA,即逆转录。
这可以通过使用反转录酶(RT)实现。
在反转录步骤中,会加入反转录引物和其他试剂来增强逆转录效果。
这些引物是由需要扩增的RNA序列的反向互补核酸序列构成的。
这些步骤如下:•将RNA加入反转录反应混合物中,该混合物包含反转录酶、引物和其他必要试剂。
•反转录混合物通常通过加热来促进逆转录引物结合到RNA模板上,并形成RNA-DNA杂交链。
随后,反转录酶在杂交链上寻找RNA模板,并通过降低杂交链的熔点来将反转录引物延伸为cDNA链。
3.PCR扩增完成逆转录后,需要进行PCR扩增以增加cDNA的数量。
PCR是一种将 DNA 扩增到数以百万计的技术,能够扩增非常小的DNA模板。
PCR的步骤如下:•在PCR反应混合物中加入适当的引物和其他必要试剂。
•该反应混合物包括DNA聚合酶、模板DNA、引物和核苷酸。
•反应混合物被放入PCR机器中,按照特定的程序进行加热和冷却,使DNA链复制为两条新的DNA链。
•扩增程度由PCR反应的周期数决定。
4.分析最后,将扩增的DNA分离并分析它们的大小、类型和量。
这可以通过游离电泳或毛细管电泳等技术实现。
RT-PCR实验步骤
RT-PCR实验步骤一、总RNA提取1. 取200mg组织,放到1.5mlEP管中,加入1mlTrizol剪碎。
2. 震荡30s。
3. 加0.2ml氯仿,剧烈摇动30s,室温3min。
4. 12000×g,4℃离心,15min。
5. 吸上层无色水相,移入另一EP管中(约0.5ml)。
6. 加等体积异丙醇,-20℃,30min。
7. 12000×g,4℃离心,10min。
在管底部可见微量RNA沉淀8. 弃上清,加75%乙醇1ml,振荡。
9. 7500×g,4℃离心,10min。
10. 弃上清,用滤纸小心吸取残留液体,室温干燥5-10min。
11. 沉淀溶于20μlDEPC水,取1μl加入79μlDEPC水测OD260/OD28012. 计算浓度与纯度,-70℃保存。
二、逆转录合成cDNA第一链反应体系如下混匀快速离心一次反应条件如下-20℃ 冰箱冻存三、PCR反应混匀快速离心一次反应条件如下PCR产物-20℃冰箱保存取PCR产物8μl 加5×Loading Buffer 2μl 2%琼脂糖凝胶电泳120V。
100mA 30min 溴化乙锭染色,凝胶成象仪成象并保存结果。
RT-PCR实验方法总结1,2RT-PCR实验有三步:抽提RNA,RT,PCR。
要求:1.做RT前必需测RNA浓度,逆转录体系对RNA量还是有一些要求,常用500ng或1ug。
2. RT按要求做,一般不会出太大问题。
3. PCR,按常规。
但如需扩长片段,则对前两步要求较高,需要有完整的cDNA存在,不是单改变Mg2+浓度、退火温度能解决的。
1)RT和PCR时的引物设计是不是一定要先知道目的基因的序列?必须在RT时,引物设计有3种方法即a:Random 9mers;b:Oligo dT-Adaptor Primer;和c:特异的下游引物。
如果用a和b方法,是扩增的所有的cDNA(理论上),还要用此产物做PCR 的模板继续扩增。
rt-pcr反应步骤
rt-pcr反应步骤
RT-PCR(逆转录聚合酶链式反应)是一种用于检测RNA的技本。
它可以将RNA转录成DNA,然后进行聚合酶链式反应来扩增特定的DNA片段。
以下是RT-PCR的一般步骤:
1. 样品处理,首先需要从样品中提取RNA。
这包括细胞或组织
的裂解以释放RNA,并使用适当的试剂将RNA纯化出来。
2. 逆转录,提取的RNA经过逆转录反应,使用逆转录酶(如
M-MLV逆转录酶)将RNA转录成相应的cDNA(互补DNA)。
3. PCR准备,为了进行PCR,需要将逆转录产生的cDNA与引物(primer)和DNA聚合酶(如Taq聚合酶)放入PCR反应管中。
引
物是一小段与目标DNA序列互补的DNA片段,它们将指导DNA聚合
酶在特定区域合成新的DNA链。
4. PCR扩增,PCR反应进行数个循环,每个循环包括三个步骤,变性、退火和延伸。
在变性步骤中,反应混合物被加热以使DNA解链。
在退火步骤中,引物与目标DNA结合。
在延伸步骤中,DNA聚
合酶在引物的引导下合成新的DNA链。
这些循环会使目标DNA片段
指数级增加。
5. 结果分析,最后,通过凝胶电泳或其他技术,可以分析PCR 反应产生的DNA片段,确定是否存在感兴趣的基因或RNA。
总的来说,RT-PCR是一个用于检测和定量RNA的强大技术,它结合了逆转录和聚合酶链式反应的步骤,可以在研究和临床诊断中发挥重要作用。
Rt-PCR实验操作步骤
Rt-PCR实验操作步骤RT-PCR实验操作步骤(转)默认分类2007-12-25 17:51:05 阅读233 评论1 字号:大中小订阅一.所用试剂1.0.01MPBS缓冲液,PH7.4 :高压灭菌,40C保存。
临用前-200C放置30分钟,确保冰冷。
2.焦碳酸二乙酯(DEPC):sigma公司,40C保存。
3.0.1%DEPC处理的灭菌去离子水:100ml去离子水中加入0.1mlDEPC,剧烈振荡混匀,让DEPC充分进入溶液中,370C放置过夜,高压蒸汽灭菌30分钟除去DEPC。
40C保存。
4.单相细胞裂解试剂TRizoL:Invitrogen生命技术公司,40C保存。
临用前-200C放置30分钟,确保冰冷。
5.氯仿:用新开封的,10ml分装,40C保存。
临用前-200C放置30分钟,确保冰冷。
6.异丙醇:用新开封的,20ml分装,40C保存。
临用前-200C 放置30分钟,确保冰冷。
7.0.1%DEPC处理的75%乙醇:无水乙醇75ml加0.1%DEPC处理的灭菌去离子水至100ml,4C保存。
临用前-200C放置30分钟,确保冰冷。
8.cDNA反转录试剂盒:MBI公司,-200C保存。
9.2xPCR试剂:MBI公司,-200C保存。
10.5xTBE RNA电泳缓冲液:因为Tris碱可与DEPC发生反应并使之失活,所以含Tris碱的电泳缓冲液可用DEPC处理的灭菌去离子水配制,0.22um滤器过滤除菌。
室温保存,临用前用DEPC处理的灭菌去离子水10倍稀释。
使用本室RNA专用电泳槽,每次需配制0.5x 电泳缓冲液500ml。
11.50xTAE DNA电泳缓冲液:室温保存,临用前用去离子水50倍稀释。
使用本室DNA专用电泳槽,每次需配制1x电泳缓冲液1000ml。
12.6x上样缓冲液:1.5mlDEPC处理的灭菌离心管中称取2.5mg 溴酚蓝,加入0.3ml甘油,DEPC处理的灭菌去离子水定容至1ml,40C保存。
rt-pcr的步骤和注意事项
RT-PCR的步骤和注意事项RT-PCR(逆转录聚合酶链反应)是一种常用的分子生物学技术,用于检测和分析RNA的数量和表达水平。
下面是RT-PCR的基本步骤和一些需要注意的事项。
步骤1.提取RNA:RT-PCR的第一步是从样品中提取RNA。
常见的方法包括酚/氯仿提取法和商用RNA提取试剂盒。
2.逆转录:逆转录是将RNA转录成cDNA的过程。
逆转录反应需要逆转录酶和引物。
在逆转录反应中,RNA被逆转录酶逆转录为单链cDNA。
3.退火:将逆转录产生的单链cDNA进行退火,以得到双链cDNA。
退火的温度和时间应根据引物的特异性进行优化。
4.PCR扩增:将退火得到的双链cDNA作为模板进行PCR扩增。
PCR扩增需要DNA聚合酶和引物。
PCR扩增的温度和时间也应根据引物的特异性进行优化。
5.分析产物:将PCR扩增产物进行凝胶电泳分析或者实时荧光定量PCR分析,以检测和定量RNA的表达水平。
注意事项在进行RT-PCR实验时,有几个注意事项需要遵守:1.RNase污染:RNase是一种可以降解RNA的酶,极易污染实验室环境。
为了避免RNase污染,所有操作前都应使用RNase去除液对实验表面进行彻底清洁,并在操作过程中使用RNase-free的试剂和器具。
2.质控:在RT-PCR实验中应常规进行阴性对照和阳性对照。
阴性对照是用纯水代替RNA模板,而阳性对照是使用已知含有目标RNA的样品。
质控实验的结果应该符合预期,以确保实验的准确性和可靠性。
3.引物设计:引物是RT-PCR实验中非常重要的因素,合适的引物设计可以提高实验的特异性和灵敏度。
引物的选择应避免自身互补性,长度一般为18-24个碱基,GC含量在40-60%之间。
此外,引物的Tm值应相近,以确保PCR扩增的效果。
4.反应体系:RT-PCR反应体系的准备需要精确的计量。
反应的组分通常包括模板RNA,引物,逆转录酶,逆转录缓冲液,核苷酸混合液,PCR缓冲液,DNA聚合酶,dNTPs和MgCl2等。
rtpcr步骤及原理
rtpcr步骤及原理RTPCR步骤及原理摘要:反转录聚合酶链反应(RTPCR)是一种常用的分子生物学技术,用于定量检测RNA或DNA中特定序列的数量。
本文将介绍RTPCR的步骤和原理,包括反转录、PCR扩增和结果分析等方面。
同时也会讨论RTPCR的优点、限制和在科研和临床中的应用。
引言在生物医学研究和临床实践中,准确测定RNA或DNA中特定基因或序列的表达水平或存在数量是非常重要的。
反转录聚合酶链反应(RTPCR)是一种被广泛应用的技术,能够对目标序列进行定量和扩增。
一、反转录反转录是RTPCR的第一步,也是从RNA到cDNA的转录过程。
这一步骤利用反转录酶将RNA模板转录成互补的cDNA。
反转录的关键是一条RNA模板和逆转录酶的结合,逆转录酶能够将RNA依据其互补碱基配对的原则合成cDNA。
反转录需要一些关键的试剂,如RNA模板、逆转录酶、引物和dNTPs等。
RNA模板是目标序列的来源,逆转录酶则是反转录的关键酶。
引物是用于使逆转录酶能够开始合成cDNA运输链的小片段,而dNTPs则是逆转录酶用来合成cDNA的原料。
二、PCR扩增PCR扩增是RTPCR的第二步,也是从cDNA扩增目标序列的过程。
PCR扩增是利用聚合酶将靶DNA序列经过多次循环扩增成数量可检测的水平。
PCR扩增需要两个引物,一个用于标记出序列的起始点,一个用于标记出序列的终止点。
PCR扩增需要通过一系列的循环反应来不断扩增目标序列。
每个循环有三个关键步骤:变性、退火和延伸。
变性是通过高温来使DNA 的两个链分离,退火是通过低温使引物与靶序列结合,延伸则是通过温度合适的聚合酶来合成新的DNA链。
三、结果分析RTPCR的结果分析可以通过几种不同的方法进行,最常见的是凝胶电泳和实时定量PCR。
凝胶电泳是一种常见的分离DNA片段的方法,可以将PCR扩增的产物根据大小分离成不同的带状,在凝胶上的迁移速率还可以推测出片段的大小,并对扩增的特定基因进行定性和定量分析。
RT-PCR全过程步骤
RT—PCR全过程步骤一.试剂材料准备1、塑料制品:(包括枪头、EP管、匀浆管等)先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中,将塑料制品逐个浸泡其中,其中小枪头需要吸管打入DEPC水,过夜,然后高压,再烤干备用,实验前将枪头等放入吸头台,再高压一次(EP管)2、玻璃制品:泡酸过夜,冲洗干净,蒙锡纸烤干备用(DEPC水泡)(洗净后先泡1‰DEPC过夜,再烤干)3、匀浆器:(包括剪刀、镊子)先洗净后,再高压(不需要泡DEPC)三、试剂配制:1、DEPC水:吸出1ml放在1000ml双蒸水中配成1‰DEPC水,放在1000ml容量瓶中静置4小时备用。
2、75%乙醇:用无水乙醇DEPC水配,然后放-20℃保存(其中DEPC水需先高压)3、异丙醇:放入棕色瓶中4、氯仿:放入棕色瓶中5、琼脂糖二.总RNA提取1. 取100mg组织,放到1。
5mlEP管中,加入1mlTrizol剪碎。
(1)液氮研磨,组织块直接放入研钵中,加入少量液氮,迅速研磨,待组织变软,再加少量液氮,再研磨,如此三次,按50—100mg 组织/ml Trizol 加入Trizo l,转入离心管进行第2 步操作。
(2)匀浆:组织样品按50—100mg/mlTrizol 加入Trizol。
另外,组织体积不能超过Trizol 体积的10%,否则匀浆效果会不好,用电动匀浆器充分匀浆约需1—2 分钟.2. 震荡30s,室温放置5min,使其充分裂解。
12,000rpm 离心5min,弃沉淀。
3. 加0.2ml氯仿,摇动30s,室温5-10min。
注:禁用漩涡振荡器,以免基因组D NA 断裂。
4。
12000×g,4℃离心,15min。
5. 吸上层无色水相,移入另一EP管中(约0.5ml)。
6. 加等体积异丙醇,室温放置5—10min。
7。
12000×g,4℃离心,10min。
在管底部可见微量RNA沉淀8. 弃上清,加冰预冷75%乙醇1ml,温和振荡,悬浮沉淀。
RT-PCR步骤
RT-PCR实验步骤1、引物设计2、 RNA提取1) 离心管中,取150ul的淋巴细胞,加入1ml Trizol试剂2) 静置5分钟或马上-70℃保存3) 12000 rpm 离心15分钟,分相为三层,取上清液至新管4) 加入200ul氯仿,振荡混均30秒5) 室温静置3-5分钟分层6) 12000rpm离心15分钟,取上清液至新管,中间层和红色下层4℃保存,便于提取DNA 和蛋白质7) 上清液加入约的异丙醇(预冷),振荡混均30秒,室温下静置15分钟8) 12000rpm离心10分钟,弃上清,RNA沉淀管底。
9) 如沉淀不明显,则再离心数秒吸出上清10) 加入1ml 75%乙醇(预冷),温和震荡悬浮沉淀11) 8000 rpm离心5 min,弃上清12) 短暂快速离心(5秒),吸弃上清13) 室温放置2分钟晾干14) 沉淀加入15ul DEPC处理水,轻弹管壁溶解15) 少量样品55-60℃孵育10~15分钟16) 测量OD A260/A280值后,样品放置-70℃保存。
(保存时间不应超过一星期)3、反转录用琼脂糖电泳抽样检测RNA的纯度,如果杂质较多,则需要加DNA酶进行去杂。
然后在进行反转录步骤(购买反转录试剂盒)。
反转录步骤初步定为:1)离心管加入1μl总RNA,1μl随机引物oligo(dt),10μlDEPC处理水。
2)混匀,瞬时离心5秒。
3)70℃水浴5min。
4)迅速冰浴2min。
5)瞬时离心,加入4 ul 5× Buffer, 2 ul DTT, 2 ul 10Mm dNTPs。
6)混匀,温浴2min。
7)加入1 ul 反转录酶,42℃温育50min。
8)70℃孵育10min灭活。
9)-70℃冰箱。
4、 PCR条件优化为了寻求PCR最适DNA模版浓度和引物浓度,采用交叉法分别对模版和引物进行梯度稀释,交叉进行PCR反映,确定最佳浓度搭配。
(1) 反应体系:SYBR Premix Ex Taq 10μl PCR Forward Primer μlPCR Reverse Primer μl ROX Reference Dye μlDNA模板μl dH2O μlTotal 20μl(2) 反应条件Stage 1:预变性 Reps:195℃,30sStage 2:PCR反应 Reps:4095℃ 5s 60℃ 30s(3) 2块96孔板反应最佳条件,即模板(cDNA)浓度和不同目的基因引物浓度a:DNA模版浓度(稀释倍数)b:特异性引物浓度c:不同基因A、B、C、D:DNA模版浓度梯度A1、A2、。
RT-PCR实验步骤
(1)RNA提取1、取出新鲜肝组织,放在液氮中冻存备用。
2、取匀浆器,加入lml的Trizol Reagent,置冰上预冷。
3、取100mg新鲜肝组织,加入到匀浆器中。
4、充分研磨直至无可见组织块,转移到1.5ml EP管中。
(2)两相分离每lml的Trizol Reagent试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿,盖紧管盖。
手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。
4C下12000rpm离心15分钟。
离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相,中间层以及无色水相上层。
RNA全部被分配于水相中。
水相上层的体积大约是匀浆时加入的Trizol Reagent试剂的60%。
(3)RNA沉淀将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。
加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA,混匀后15到30C孵育10分钟后,于4C下12000rpm离心10分钟。
此时离心前不可见的RNA 沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。
(4)RNA清洗移去上清液,每lml Trizol Reagent试剂裂解的样品中加入至少lml的75%乙醇(75%乙醇用DEPC H2O配制),清洗RNA沉淀。
混匀后,4C下7000rpm离心5分钟。
(5)RNA干燥小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。
(6)溶解RNA沉淀溶解RNA时,先加入无RNA酶的水40u1用枪反复吹打几次,使其完全溶解,获得的RNA溶液保存于-80C待用。
(7)测定RNA的质量1)紫外吸收法测定先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。
然后取少量RNA溶液用TE稀释(1:100)后,读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,测定RNA溶液浓度和纯度。
①浓度测定:A260下读值为1表示40 ug RNA/ml。
样品RNA浓度(ug/m1)计算公式为:A260×稀释倍数×40 ug/ml。
具体计算如下:RNA溶于4u1 DEPC水中,取5ul,1:100稀释至495 ul的TE中,测得A260=0.21RNA浓度=0.21×100×40ug/ml=840ug/ml或0.84ug/ul取5ul用来测量以后,剩余样品RNA 为35u1,剩余RNA总量为:35u1×0.84 ug/ul=29.4 ug②纯度测定:RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度,比值范围1.8到2.1。
RT-PCR的操作方法(终极版)
qRT-PCR实验步骤一、试剂准备1. 自备试剂:75%乙醇(以去RNAase H₂O配置)、氯仿、异丙醇、无RNAase H₂O。
2. 相关试剂盒(给出货号)等。
3. 无菌的epp管、PCR管、tip头等耗材。
二、注意事项1. 全称佩戴手套、口罩,穿白大褂。
女生需将长发扎起。
2. 自2.3至3.1步骤,必须使用无RNAase耗材(包括枪头和epp管)。
3. 所有试剂专用,不得与其他实验混用。
三、实验步骤1. 样品准备1.1. 动物组织:取新鲜或-70°C冻存组织,每30-50 mg 组织在液氮中充分研磨,也可以加入1 ml TotalRNAExtractor,用匀浆器匀浆处理。
样品体积一般不要超过TotalRNAExtractor 体积的10%。
1.2 单层培养细胞的收集:可直接在培养容器中裂解(培养面积不超过10 cm2,细胞不超过1×107),或者使用胰蛋白酶处理后离心收集细胞沉淀。
a. 直接裂解法:吸弃培养液,PBS清洗一次。
直接在培养板中加入TotalRNAExtractor 裂解细胞,每10 cm2面积加1-2ml TotalRNAExtractor(6孔板一般使用500-1000ul)。
用移液器吹打混匀。
TotalRNAExtractor 加量根据培养板面积决定,而不是由细胞数决定,如果加入的量不够,将导致提取的RNA 中有基因组DNA 污染。
b. 胰蛋白酶处理法:收集细胞并大致确定细胞数量,用PBS 洗涤细胞后,向细胞中加入含有0.1-0.25%胰蛋白酶的PBS 处理细胞,当细胞脱离容器壁后,加入含有血清的培养基失活胰蛋白酶,将细胞溶液转移至无RNase 的离心管中,5000 rpm 离心 5 min,收集细胞沉淀,去除上清,PBS重悬,清洗一次,离心去上清。
每10 cm2面积加1 ml TotalRNA Extractor。
用移液器吹打混匀。
收集细胞时一定要将细胞培养液去除干净,否则裂解不完全,降低RNA 得率。
RTpcr实验步骤
RT-PCR实验步骤RT-PCR(逆转录聚合酶链反应)是一种常用的实验技术,可以在体外合成DNA的互补链。
它广泛应用于分子生物学研究、病毒检测以及基因表达分析等领域。
下面将介绍RT-PCR实验的步骤。
材料准备在进行RT-PCR实验之前,需要准备以下实验材料:1.逆转录试剂盒:包括逆转录酶、引物、缓冲液等。
2.样品:需要包含RNA的样品,如细胞总RNA或组织RNA。
3.质控物:用于验证实验的阴性和阳性对照物。
4.相关试剂:如脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)、MgCl2、RNase抑制剂等。
逆转录反应前处理1.将RNA样品加入无RNase试剂管中,以免被RNase降解。
2.加入逆转录酶、逆转录缓冲液、dNTP、MgCl2和RNase抑制剂,轻轻混合。
反应条件1.设置逆转录反应的温度和时间:通常在50-60摄氏度下反应10-60分钟,以逆转录酶的要求为准。
2.根据逆转录酶的要求进行热变性处理,以停止反应。
PCR扩增准备PCR反应液1.在无RNase的条件下,制备PCR反应液。
组分包括引物、dNTP、PCR缓冲液和PCR酶。
2.在无样品的条件下,混合PCR反应液。
反应条件1.设置PCR反应的循环条件:包括变性、退火和延伸温度,循环次数根据需求而定。
2.在PCR反应过程中收集产物供进一步分析和检测。
结果分析通过PCR扩增获得的产物可以进行各种分析和检测。
1.凝胶电泳:将PCR产物与DNA分子量标准一同在琼脂糖凝胶上进行电泳,通过电泳图观察目标DNA的条带。
2.定量PCR:通过测定PCR反应体系中初始DNA的数量,可以计算出初始样品中的目标DNA的初始数量。
3.实时荧光定量PCR:结合荧光染料和合适的探针,可以实时监测PCR反应体系中目标DNA的扩增过程。
结论RT-PCR实验是一种重要的分子生物学技术,能够在体外合成DNA的互补链。
通过逆转录反应和PCR扩增,可以获得目标DNA的大量复制产物,并通过结果分析方法进行进一步研究。
rt pcr的常用方法
rt pcr的常用方法rt-PCR( real-time PCR )是一种用于检测和定量新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸的技术。
下面是 rt-PCR 的常用方法及其拓展:1. 设计引物:rt-PCR 的第一步是设计引物。
引物是探针分子,用于结合目标核酸,并用于在 rt-PCR 中扩增目标核酸。
引物的质量和准确性对 rt-PCR 的结果至关重要。
通常,引物由两个互补的短链组成,分别位于引物的两端。
引物的长度和结构可以影响 rt-PCR 的反应时间和结果。
2. 提取核酸:从患者或样本中提取足够的核酸是 rt-PCR 的第一步。
通常,需要使用核酸提取试剂盒,将患者或样本中的核酸提取出来。
核酸提取的准确性和效率对 rt-PCR 的结果也有很大的影响。
3. 混合核酸:将提取的核酸与引物一起混合,并使用 rt-PCR 试剂盒进行扩增。
扩增过程中,引物将与目标核酸结合,并生成一个反应物。
这个反应物可以在rt-PCR 中测量,并计算出病毒的数量。
4. 控制温度和湿度:rt-PCR 的反应需要一定的温度和湿度条件。
通常,需要使用专门的 rt-PCR 设备,并将设备放置在适当的温度和湿度环境中。
这有助于提高 rt-PCR 的准确性和效率。
5. 数据分析:一旦扩增了目标核酸,就需要对数据进行分析。
通常,使用rt-PCR 数据分析软件对数据进行处理和可视化。
这可以帮助确定扩增是否成功,并确定病毒的数量。
rt-PCR 是一种快速、准确和灵敏的方法来检测和定量新型冠状病毒。
通过设计合适的引物,提取足够的核酸,并将核酸与引物一起混合,并控制温度和湿度,可以提高 rt-PCR 的准确性和效率。
RT-PCR步骤
RT-PCR实验步骤1、引物设计2、 RNA提取1) 1.5ml 离心管中,取150ul的淋巴细胞,加入1ml Trizol试剂2) 静置5分钟或马上-70℃保存3) 12000 rpm 离心15分钟,分相为三层,取上清液至新1.5ml管4) 加入200ul氯仿,振荡混均30秒5) 室温静置3-5分钟分层6) 12000rpm离心15分钟,取上清液至新1.5ml管,中间层和红色下层4℃保存,便于提取DNA和蛋白质7) 上清液加入约0.5ml的异丙醇(预冷),振荡混均30秒,室温下静置15分钟8) 12000rpm离心10分钟,弃上清,RNA沉淀管底。
9) 如沉淀不明显,则再离心数秒吸出上清10) 加入1ml 75%乙醇(预冷),温和震荡悬浮沉淀11) 8000 rpm离心5 min,弃上清12) 短暂快速离心(5秒),吸弃上清13) 室温放置2分钟晾干14) 沉淀加入15ul DEPC处理水,轻弹管壁溶解15) 少量样品55-60℃孵育10~15分钟16) 测量OD A260/A280值后,样品放置-70℃保存。
(保存时间不应超过一星期)3、反转录用琼脂糖电泳抽样检测RNA的纯度,如果杂质较多,则需要加DNA酶进行去杂。
然后在进行反转录步骤(购买反转录试剂盒)。
反转录步骤初步定为:1)0.2ml离心管加入1μl总RNA,1μl随机引物oligo(dt),10μlDEPC处理水。
2)混匀,瞬时离心5秒。
3)70℃水浴5min。
4)迅速冰浴2min。
5)瞬时离心,加入4 ul 5× Buffer, 2 ul 0.1M DTT, 2 ul 10Mm dNTPs。
6)混匀,温浴2min。
7)加入1 ul 反转录酶,42℃温育50min。
8)70℃孵育10min灭活。
9)-70℃冰箱。
4、 PCR条件优化为了寻求PCR最适DNA模版浓度和引物浓度,采用交叉法分别对模版和引物进行梯度稀释,交叉进行PCR反映,确定最佳浓度搭配。
汇总——RT-PCR详细步骤
实验一哺乳动物细胞总RNA的提取、电泳(定量)实验二反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)实验三DNA的琼脂糖凝胶电泳实验一哺乳动物细胞总RNA的提取、电泳一、实验目的学习并掌握总RNA的分离提取,检测质量以及定量的方法。
二、实验原理细菌的总RNA主要由rRNA、tRNA及mRNA组成,其中rRNA含量最多(占80%~85%)。
在pH 6.0微酸环境下,RNA相对稳定,碱性环境下,易分解。
RNA酶极为稳定且广泛存在于细胞内外,环境中存在大量RNA酶,极易降解RNA,因而在RNA提取及相关分析实验中,如何避免RNA酶的污染及抑制内源和外源性RNA活性,是实验成败的关键。
RNA的产量取决于组织或细胞的来源,但是,通常每毫克组织可获得4~7μg RNA,每106细胞可获得5~10μg RNA,提取的RNA A260/A280比值一般为1.8~2.0。
在RNA相关实验过程中,须树立RNase-free思想:1)样品新鲜,保存得当,以强变性剂,防止内源性RNase;2)人体上遍布RNase,养成操作时勤换一次性手套和口罩的好习惯;3)空气中灰尘和细菌含RNase,应建立干净的操作环境;实验介绍如何使用TRIzol来分离总RNA。
TRIzol是一种酸性苯酚提取试剂,含有去垢剂,和使RNase失活的异硫氰酸胍,它能在破碎和溶解细胞时保持RNA的完整性,防止RNA降解。
(注意:TRIzol 具有强烈腐蚀作用,小心操作。
)三、实验材料、试剂与器材1、细胞(5х106Hela)2、DEPC水溶液,PBS,TAE3、氯仿,异丙醇,乙醇均为分析纯4、TRIzol试剂购自Invitrogen5、烧杯(1000,500,100,50ml若干),量筒(1000,500,250,50,20 ml若干),玻璃棒,药勺,试剂瓶,三角瓶。
枪头(1000、200、20 ul),离心管(0.2ml、0.5ml PCR管,1.5ml、2ml、7ml离心管),枪头盒。
rt-pcr操作流程
rt-pcr操作流程如下:
1.RNA提取:从样品(如细胞、组织、血液、唾液等)中提取RNA,
可以使用商业RNA提取试剂盒或自制方法。
2.cDNA合成:利用逆转录酶(Reverse Transcriptase)将RNA转
录成cDNA(DNA的互补链),可以使用商业RT试剂盒或自制方法。
3.建立标准曲线:制备一系列已知浓度的标准品,用以构建标准
曲线,用来定量目标基因的相对表达量。
4.实时荧光定量PCR:将cDNA与引物和荧光探针(如TaqMan
探针)混合,使其在PCR过程中扩增,并且实时检测扩增产物的荧光信号强度,从而判断PCR反应的进程和结果。
5.数据分析:利用软件分析PCR扩增曲线和荧光信号数据,计算
目标基因的相对表达量和差异表达水平。
需要注意的是,RT-PCR操作需要严格控制反应条件和质量,避免污染和误差的影响。
同时,需要针对不同的样品和实验目的进行优化和调整,以获得稳定、可靠和重复的结果。
rt-pcr试验步骤
rt-pcr试验步骤总RNA提取:1.用玻璃或强力匀浆器搅匀组织样品,保存于液氮内样品需要用研钵磨碎,每50~100mg 组织加1ml的裂解液RL后匀浆。
组织样品容积不能超过RL容积的10%。
2.将匀浆样品剧烈震荡混匀,在15 -30°C条件下孵育5分钟以使核蛋白体完全分解。
3.每1mlRL加0.2ml氯仿。
盖紧样品管盖,剧烈振荡15秒并将其在室温下孵育3分钟。
4.于4℃12,000rpm 离心10分钟,样品会分成三层:下层有机相,中间层和上层无色的水相,RNA存在于水相中。
水相层的容量大约为所加RL体积的60%,把水相转移到新管中,进行下一步操作。
5.加入1倍体积70%乙醇,颠倒混匀(此时可能会出现沉淀)。
得到的溶液和可能沉淀一起转入吸附柱RA中(吸附柱套在收集管内)。
6.10,000rpm 离心45秒,弃掉废液,将吸附柱重新套回收集管。
7.加500μl 去蛋白液RE,12,000rpm 离心45秒,弃掉废液。
8.加500μl 去蛋白液RD,12,000rpm 离心45秒,弃掉废液。
9.加入700μl漂洗液RW,12,000 rpm 离心60秒,弃掉废液。
加入500μl漂洗液RW,12,000 rpm 离心60秒,弃掉废液。
将吸附柱RA放回空收集管中,12,000 rpm离心2分钟,尽量除去漂洗液。
10.取出吸附柱RA,放入一个RNase free离心管中,在吸附膜的中间部位加50-80μl RNase free water(事先在65-70℃水浴中加热效果更好),室温放置2分钟,12,000 rpm 离心1分钟。
如果需要较多RNA,可将得到的溶液重新加入离心吸附柱中,离心1分钟,或者另外再加30μl RNase free water,离心1分钟,合并两次洗脱液。
如有DNA污染,请用DNAase消化。
cDNA合成:1.在冰浴的试管中加入如下反应混合物:模板RNA:总RNA 2μg引物:Oligo(dT)18 (0.5μg/μl) 1μl无RNA 酶去离子水(RNase-free ddH2O):定容至11μl。
rtpcr操作流程
rtpcr操作流程RT-PCR(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction)是一种用于检测RNA的技术,常用于检测病毒、细菌等微生物的存在。
下面将介绍RT-PCR的操作流程。
首先,准备实验所需的试剂和设备,包括RNA提取试剂盒、逆转录试剂盒、PCR试剂盒、热循环仪等。
确保所有试剂和设备都处于干净、无菌状态。
第二步是提取RNA样本。
将待检测的样本(如血液、组织等)加入RNA提取试剂盒中,按照试剂盒说明书的指导进行RNA提取。
提取后的RNA样本应该是纯净的,没有受到污染。
第三步是逆转录反应。
将提取得到的RNA样本加入逆转录试剂盒中,进行逆转录反应,将RNA转录成cDNA。
逆转录反应的条件和时间根据试剂盒的说明进行设置。
第四步是PCR扩增。
将逆转录反应得到的cDNA加入PCR试剂盒中,进行PCR扩增反应。
PCR扩增的条件包括温度、时间和引物浓度等,需要根据试剂盒的说明进行设置。
第五步是检测PCR产物。
将PCR扩增反应得到的产物进行凝胶电泳或实时荧光定量PCR检测,确定目标基因是否存在。
通过比对标准曲线或者与阳性对照样本进行比较,可以确定目标基因的表达水平。
最后,分析结果并进行数据处理。
根据PCR检测结果,可以判断样本中是否存在目标基因,以及其表达水平。
对数据进行统计分析,得出结论并撰写实验报告。
总的来说,RT-PCR操作流程包括RNA提取、逆转录、PCR扩增、检测PCR产物和数据处理等步骤。
正确操作每一步,严格控制实验条件,可以确保实验结果的准确性和可靠性。
RT-PCR技术在医学、生物学等领域有着广泛的应用,对于疾病的诊断和研究具有重要意义。
RTPCR具体步骤
RTPCR具体步骤RT-PCR(逆转录聚合酶链反应)是一种用于检测和测量特定RNA分子在样本或样本中的表达水平的实验技术。
下面是RT-PCR的具体步骤:1.提取RNA:首先从样本(可以是细胞或组织)中提取RNA。
这可以通过商业RNA提取试剂盒或经典的酚-氯仿提取法来完成。
提取的RNA可能含有DNA杂质,因此可以使用DNA酶I来去除DNA。
2.逆转录反应:将提取的RNA转录成互补的DNA(cDNA)的过程称为逆转录。
逆转录反应的目的是将RNA转录成cDNA,并将其中的信息保存下来,以便后续PCR反应中进行扩增。
逆转录反应通常在逆转录酶(例如M-MLV反转录酶)和随后使用的引物的存在下进行。
需要引物来诱导逆转录酶在RNA模板上合成第一链cDNA。
3.PCR反应:PCR是一种将特定DNA片段扩增到大量可检测水平的技术。
在RT-PCR中,PCR反应用于扩增从RNA转录的cDNA片段。
PCR反应需要一对引物,这对引物应是特异性的,可以选择性地放大感兴趣的RNA分子。
PCR反应通常包含DNA模板,引物,dNTPs(脱氧核苷酸三磷酸盐)和DNA聚合酶。
PCR反应包括一系列循环,每个循环都包括一定的时间和温度在一定的时间内。
4.聚合酶链反应:在PCR反应中,DNA聚合酶在每一个循环中以DNA末端为模板合成互补的DNA链。
每个循环包括退火,延伸和变性步骤。
在退火步骤中,引物结合到DNA模板上。
在延伸步骤中,DNA聚合酶合成新的DNA链,并以它们作为模板进一步合成更多的DNA链。
在变性步骤中,PCR反应的温度被升高以分离DNA链。
5.检测与分析:PCR反应产生的扩增产物可以通过凝胶电泳或其他检测方法进行分析。
凝胶电泳可以分离不同大小的DNA片段,并且扩增产物的相对量可以通过定量PCR(qPCR)进行测量。
qPCR使用荧光信号来检测PCR产物的积累,并通过与标准曲线相比较来确定特定的RNA分子在样本中的表达水平。
6.数据分析:通过分析PCR产物的相对量,可以根据比较样品之间的扩增产物浓度来确定特定RNA分子在样本中的表达水平。
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4.弃上清的操作,我们一般将EP管倒置在平铺于桌面的卷纸上,吸干。
5.最后一步弃酒精,将RNA溶于DEPC水的操作,我们的做法是:先按4的步骤吸干酒精,
其实这样还是不彻底的,再将EP管小离心后用20μl小枪头(DEPC处理过的)吸出多余的酒 精。最后用200μl中枪头(DEPC处理过的)吸11.5μl(20μl体系,如果是40μl体系则加倍)的DEPC水至EP管中,吹打助溶,然后转移至200μl的EP管(这些EP管中可以事先加好Oligo(dT)15,以节省枪头)中。
脂糖凝固)后现进行电泳。
2.1.5%:同上,将琼脂糖的量改为1.5g
六.需购置材料
Taq酶(-20度保存)(配10×buffer和MgCl2):不需要使用高保真Taq酶,一般的就行。个人感觉天为时代的普通Taq酶就很不错。
dNTP(4度保存):向生物公司购买,原装和分装均可。
oligo(dT)15(-20度保存):可以向生物公司购买Invitrogen合成的廉价货, 每支10元,稀释后 使用(注意稀释浓度),也可以购买Promega的原装货,稀释10倍后使用, 稀释液4度保存。
1.DEPC水:吸出1ml DEPC放在1000ml容量瓶中加双蒸水定容至1000ml,配成1‰DEPC水,并充分振荡混匀备用。
2.75%乙醇:用无水乙醇+DEPC水配,然后放-20℃保存(DEPC水需先高压,高压时注意:
1.装DEPC水的瓶子在盖子和瓶之间要放上线头;2.高压时间在40-45分钟, 所以水要适当多
干,EP管和匀浆管装入饭盒后甩干,然后在37度孵箱烘干)。高压后烤干备用。如果DEPC处理过的物品时间已超过一个星期,再次使用前应再次高压。
2.玻璃制品:泡酸过夜,冲洗干净,先泡1‰DEPC过夜,再蒙锡纸烤干备用。
3.匀浆器:(包括剪刀、镊子)先洗净后,超声消毒即可(不需要泡DEPC。)
三.试剂配制
Marker(4度保存):按照目的条带大小购买,推荐使用天为时代的
电泳Loading Buffer(4度保存):按照配方自己配制,不需要购买(购买的话价格挺贵)。
七.引物合成
1.内参照:GAPDH(452bp)正义:5-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3
反义:5-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3
加一点;3.高压结束后,不要强行放气,要让压力自然下降,不然水会喷出)。
3.异丙醇:放入棕色瓶中。
4.氯仿:放入棕色瓶中。
5.琼脂糖
四.缓冲液配制
1.电泳缓冲液(5×TBE贮存液):Tris 54g、硼酸27.5g、0.5M EDTA 20ml pH8.0、加蒸溜水至1000ml。使用时,将5×TBE稀释10倍成0.5×TBE就可以在电泳时使用(工作浓度)
2.上样缓冲液(6×缓冲液,4℃保存):0.25%溴酚蓝、0.25%二甲苯青FF、30%甘油 五.琼脂糖凝胶配制
1.1.0%:1.0g琼脂糖+100ml电泳缓冲液, 微波炉加热至沸腾(如果首次煮胶, 一定要煮透, 以不出现泡沫为标志),熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl,充分混匀,将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中,在室温下放置30-45min(可以放入4度冰箱加 快琼
9.铝制饭盒:
1-2个
10.大瓷缸:
1个
11.锡泊纸:
一卷
12.卷纸:2卷
13.三角烧瓶:带盖,稍大
二.实验器具处理
1.塑料制品:(包括枪头、EP管、匀浆管等)先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中,将塑料制品逐个浸泡其中(注意:小枪头要充分浸泡,必要时需要针筒打入DEPC水),过夜后取出(注
意:DEPC水很难自然晾干,所以建议先将刚取出的DEPC物品甩干,枪头装入枪头盒后甩
↓
加等体积异丙醇(约400μl),混匀室温10分钟
↓
4℃,离心12000g,10分钟
↓
弃上清
↓
加冰预冷的75%乙醇(DEPC水配)1ml
↓
4℃离心7500g,5分钟
↓
弃上清,空气干燥5-10分钟(不能完全干燥)
↓
溶于DEPC水中
注意:1.RNA若用于核酸转移应溶解于样本缓冲液中,否则DEPC溶解。
2.细胞组织加TRIzol匀浆后,可在-60℃放置至少一个月(甚至可一年以上)。
2.退火温度计算:2(A+T)+4(G+C),正反义平均数,再上下波动4-5度。
3.引物2 OD已足够,每管1 OD分装。
4.引物稀释:加DEPC水量(μl)=X nmol/OD(合成的引物管上有标注)×管上所标OD数(推荐每管引物为1 OD分装,合成之前向公司说明这一点,切记!!)×100。最终引物浓度为10pmol /μl。
RT-PCR实验步骤
一.实验器具:
1.移液枪:
1ml、200μl、20μl、
10μl、2.5μ
2.吸头:
1ml、200μl、20μl
3.匀浆管:
5ml
4.EP管:
1.5ml、500μl、200μl
5.试剂瓶:
棕色试剂瓶(广口,放
75%乙醇)
6.量筒:100ml
7.容量瓶:
1000ml
8.试管架:
5ml、1.5ml、20μ
M-MLV(-20度保存):向生物公司购买, 推荐使用Promega的,当然有钱可以购买更好的AMV。
RNasin(-20度保存):向生物公司购买,推荐使用Promega的,原装分装均可。
DEPC(4度保存):向生物公司购买,5克足矣。
Trizol(4度保存):有50ml和100ml规格,按照实验需要自己购买。国外进口的有Invitrogen(Trizol)、罗氏(Tri Pure)、MRC(Tri Reagent);国内的也行,天为时代的就不错。
↓
加1mlTRIzol
↓
组织:匀浆(彻底,分几次打,是匀浆时产生的热量能散出,后转至EP管)
细胞:用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块
↓
颠倒混匀10下,室温5分钟
↓加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5)
颠倒混匀10下,室温5分钟
↓
4℃,离心12000g,15分钟
↓
转上层水相(约400μl)于另一1.5mμl(一般取5μl)PCR产物,加已点在纸上的6×上样缓冲液,反复吸打混匀后进行电泳,一般用稳压状态进行电泳,100V左右,电泳20-30分钟,紫外灯下观察,结果进行扫 描保存。
九.注意点:1逆转录后应立即冰水浴2 RNA抽提前,打开离心机预冷
TRIzol法抽提总RNA
组织100mg/细胞1×107