免疫去除血清高丰度蛋白对组织蛋白质组鉴定的影响
蛋白质组学蛋白质组学试卷(练习题库)(2023版)
蛋白质组学蛋白质组学试卷(练习题库)1、自由流电泳分离蛋白质的机理及其优缺点。
2、质谱仪的组成及其主要技术指标。
3、蛋白质组学定量分析方法的主要原理。
4、请列举预测蛋白质相互作用的方法。
5、系统生物学研究的主要流程是什么?6、试述如何应用2D-PAGE进行差异蛋白质组学的研究,并分析其优缺点。
7、 Proteome(蛋白质组)8、 Proteomics(蛋白质组学)9、 Mass Spectrometer(质谱仪)10、 Post translational modification(蛋白质翻译后修饰)11、 De novo sequencing(从头测序)12、 Tandem mass spectrometry(串联质谱)13、 Peptide mass fingerprint(肽指纹谱)14、 Peptide sequence tag 肽序列标签15、 Post-source decay(源后衰变)16、 Neutral loss scan 中性丢失扫描17、 Matrix-assisted laser desorption/ionization基质辅助激光解18、论述蛋白质组学与基因组学的区别和联系。
19、简述与传统的分离技术相比较,PF-2D的优点。
20、多反应监测的英文缩写?()21、下列哪一个不是质谱的离子化模式?()22、质谱分析是根据()对样品进行分析。
23、质谱仪的构造包括()。
24、以下不属于质量分析器的是()。
25、分辨率指,当两个质谱峰的峰高相等,而其谷高相当于峰高的(),这两个峰可以分开。
26、以下哪个质量分析器的检测上限最高()。
27、电子轰击电离主要用于检测()。
28、电喷雾电离源主要用于检测()。
29、 MALDI的中文意思是指()。
30、质谱仪的进样系统包括()。
31、 MALDI是用于()的离子化方法。
32、飞行时间质量分析器是利用具有相同能量的带电荷粒子,由于()的差异而具有不同的速度,通过相同的漂移距离33、要想得到较多的碎片离子,应采用下面哪种离子源()。
血清蛋白质组学方法
百泰派克生物科技
血清蛋白质组学方法
血清蛋白质组学多用于筛选血清中的低丰度蛋白质,因为它们是主要的生物标志物靶标。
也因此血清蛋白质组学方法包括了去除高丰度蛋白质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的血清蛋白质组学分析。
血清蛋白质组学
血清是血液发生凝血反应后形成的位于上层的淡黄色透明液体。
在凝血过程中,血液中的纤维蛋白会被凝结去除,因此血清中不含纤维蛋白,这也是血清与血浆的最大区别。
血清中大量未参与凝血反应的物质还是与血浆中的一样。
血清蛋白质组学是研究血清中蛋白质组的科学,旨在研究目标人群血清中表达的所有蛋白质,这有助于研究疾病的病理生理学机制、筛选诊断标志物和药物靶点等。
血清蛋白质组学方法。
血清蛋白质组学方法
血清中的蛋白质具有来源广、组成复杂、种类和数量多以及不同蛋白含量差异大等特点。
如白蛋白是最丰富的血清蛋白,贡献了约50%的血清蛋白含量。
为了通过
蛋白质组学分析血清中的蛋白质混合物,必须先消耗高丰度蛋白质,以检测低丰度蛋白质(主要的生物标志物靶标)。
因此血清蛋白质组学方法常常涉及高丰度蛋白
质的去除和分级技术,常用的技术包括抗体亲和与染料亲和。
去除高丰度蛋白质后,后续的分离和检测方法与其他蛋白质组学方法相同,如色谱分离与质谱鉴定等。
应用非标记定量蛋白组学研究帕金森病差异表达蛋白
文章编号:1003 2754(2023)07 0636 05 doi:10.19845/j.cnki.zfysjjbzz.2023.0146应用非标记定量蛋白组学研究帕金森病差异表达蛋白龙云飞1, 肖 飞2, 李淑华1, 苏 闻1, 陈海波1收稿日期:2023 05 11;修订日期:2023 06 20基金项目:国家重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目作者单位:(1.北京医院神经内科,国家老年医学中心,中国医学科学院老年医学研究院,北京100730;2.北京医院国家老年医学中心,国家卫生健康委北京老年医学研究所,国家卫生健康委老年医学重点实验室,中国医学科学院老年医学研究院,北京100730)通信作者:陈海波,E mail:chenhbneuro@263.net 摘 要: 目的 寻找帕金森病(PD)患者血清中差异表达的蛋白,探索PD生物学标志物。
方法 选择在北京医院临床确诊的PD患者24例,其中12例为仅有PD病史(P1组),另12例合并有高血压病、糖尿病基础疾病(P2组);筛选24例年龄、性别匹配的体检者(对照组C1和C2组),采集血清标本去除高丰度蛋白后,应用非标记定量蛋白组学技术检测各组血清中蛋白表达,采取双重对比将P1组与C1组、P2组与C2组比较,分别筛查出差异表达蛋白,再从中筛选出表达变化(上调或下调)一致的蛋白,确定为PD差异表达蛋白,并用生物信息学方法分析解释。
结果 各组对比后,共鉴定出4种差异表达的蛋白为PRG4、CFHR 3、ACTG1、HIST2H2BF,其中PD患者的血清中PRG4、CFHR 3表达上调,ACTG1、HIST2H2BF表达下调且存在一定的相互作用。
结论 应用非标记定量蛋白组学筛选出了帕金森差异表达的蛋白,可能对帕金森病的诊断具有一定的意义。
关键词: 帕金森病; 非标记定量; 蛋白组学; 差异表达蛋白中图分类号:R742.5 文献标识码:AAstudyofdifferentiallyexpressedproteinsinParkinsondiseasebasedonlabel freequantitativeproteomics LONGYunfei,XIAOFei,LIShuhua,etal.(DepartmentofNeurology,BeijingHospital;NationalCenterofGerontology;InstituteofGeriatricMedicine,ChineseAcademyofMedicalSciences,Beijing100730,China)Abstract: Objective ToinvestigatethebiomarkersforParkinsondisease(PD)byanalyzingdifferentiallyex pressedproteinsintheserumofpatientswithPD.Methods Atotalof24patientswithPDwhowerediagnosedinBeijingHospitalwereenrolled,amongwhom12patientsonlyhadamedicalhistoryofPD(groupP1)andtheother12hadunderly ingdiseasessuchashypertensionanddiabetes(groupP2).Atotalof24individuals,matchedforageandsex,whounder wentphysicalexaminationwereenrolledascontrolgroupsC1andC2.Serumsampleswerecollected,andafterhigh abun dantproteinswereremoved,thelabel freequantitativeproteomicstechniquewasusedtomeasuretheexpressionofproteinsinserum.ThedoublecomparisonmethodwasusedforcomparisonbetweengroupsP1andC1andbetweengroupsP2andC2toscreenfordifferentiallyexpressedproteins,andtheproteinswithaconsistentchangingtrend(upregulationordownreg ulation)wereidentifiedasthedifferentiallyexpressedproteinsforPD,whichwereanalyzedandinterpretedbybioinformat icsmethods.Results Comparisonbetweengroupsidentifiedfourdifferentiallyexpressedproteins,i.e.PRG4,CFHR 3,ACTG1,andHIST2H2BF,amongwhichPRG4andCFHR 3showedupregulatedexpressionandACTG1andHIST2H2BFshoweddownregulatedexpressionintheserumofPDpatients,andacertaindegreeofinteractionwasobserved.Conclusion Label freequantitativeproteomicscanbeusedtoidentifythedifferentiallyexpressedproteinsinPD,whichmayhaveacertainvalueinthediagnosisofPD.Keywords: Parkinsondisease; Label freequantitativetechnology; Proteomics; Differentiallyexpressedpro teins 随着人口老龄化进程,帕金森病(Parkinsondis ease,PD)的发病率也逐年升高,但临床上PD的诊断往往受限于临床医生的经验,目前还没有能很好诊断帕金森病的生物学标志物出现[1]。
去除血浆中高丰度蛋白质的二维液相色谱体系的建立
在本研究中针对血浆中高丰度蛋白质非常集中的特点我们采用蛋白质负载量更大生物兼分离柱优化二维分离梯度对血浆蛋白质进行有效分离最后对其中高丰度蛋白质馏分进行串联质谱ms鉴定实高丰度蛋白质的去除及血浆蛋白质组学的深入研究提供一种重要方法
・
8 8・ 3
色
谱
第2 9卷
血 浆 蛋 白 质 组 是 目前 蛋 白 质 组 学 研 究 中 最 重 要
于 日本 T s l 司 ; 二 维 分 离 柱 为 J ptrC oo 公 第 u i 4 e ( m ,0n ,5 mm × . 5 3 m 2 4 6mm ) 购 自美 P e , h—
n me e o n x公 司 。
的领域 之一 , 是血 浆 中蛋 白质 浓度 相差 超过 1 但 0个 数 量级 , 中常见 的 2 其 0种高 丰度 蛋 白质却 占总蛋 白 质 含量 的 9 % 9 , 他蛋 白质 只 占总 量 约 1 而 后 其 %;
质 谱 系统 : a oL — / 。其 色谱 部 分 采 川 N n —C MS MS
蛋白质组学标本要求
蛋白质组学标本要求蛋白质组学是研究蛋白质在生物系统中的表达、组成、功能和相互作用的一门学科。
在进行蛋白质组学研究时,选择合适的标本对于结果的准确性和可靠性至关重要。
本文将介绍蛋白质组学研究中常用的标本要求。
一、组织和细胞标本组织和细胞是蛋白质组学研究的常见标本。
在选择组织和细胞标本时,需要考虑以下要求:1. 样本来源:标本应根据研究目的选择合适的来源,如人体组织、动物模型或细胞系。
2. 样本数量:样本数量应根据研究的统计学要求确定,通常需要多个重复样本来获得可靠的结果。
3. 样本质量:样本质量对于蛋白质组学研究至关重要。
标本应避免受到污染或降解,如冷冻保存、离心分离、快速冻结等可以保证样本质量。
4. 样本处理:样本处理应尽量避免蛋白质的降解和修饰。
常见的处理方法包括冷冻研磨、离心分离、蛋白质提取等。
二、体液标本体液标本是蛋白质组学研究的重要标本之一。
在选择体液标本时,需要考虑以下要求:1. 样本类型:常见的体液标本包括血浆、血清、尿液、唾液等。
选择合适的体液标本应根据研究目的和样本获取的便利性综合考虑。
2. 样本收集:样本的收集应遵循规范的操作流程,避免污染和样本失活。
例如,血液标本应采用抗凝剂进行处理,避免血液凝固。
3. 样本保存:体液标本在采集后需及时处理或冷冻保存,以保证蛋白质的稳定性和完整性。
4. 样本预处理:体液标本中存在大量的蛋白质,为了提高检测的灵敏度和准确性,常需要进行样本预处理,如蛋白质浓缩、清除高丰度蛋白等。
三、细胞外液标本细胞外液标本是研究细胞外蛋白质组的重要手段。
在选择细胞外液标本时,需要考虑以下要求:1. 样本类型:常见的细胞外液标本包括细胞培养上清液、胶原水解液、脑脊液等。
选择合适的细胞外液标本应根据研究目的和样本获取的便利性综合考虑。
2. 样本收集:样本的收集应遵循规范的操作流程,避免污染和样本失活。
例如,细胞培养上清液应在细胞生长状态良好时收集,避免细胞死亡。
3. 样本保存:细胞外液标本在采集后需及时处理或冷冻保存,以保证蛋白质的稳定性和完整性。
脑脊液双向电泳中去除高丰度蛋白技术的研究
脑脊液双向电泳中去除高丰度蛋白技术的研
究
脑脊液双向电泳是一种研究脑脊液蛋白质组学的方法。
脑脊液是
脑室和脊髓中自然形成的液体,包含了丰富的蛋白质,这些蛋白质对
于疾病的诊断和治疗都有非常重要的作用。
然而,由于脑脊液中蛋白
质含量的广泛变化,蛋白质平移的酸碱性差异以及某些特定蛋白质的
高丰度,这些因素都会对蛋白质的分离和识别造成困难。
为了解决这一问题,研究人员提出了一种去除高丰度蛋白的技术,以提高脑脊液双向电泳的分辨率和灵敏度。
这种技术包括两个步骤:
第一步是使用亲和层析分离某些高丰度蛋白,通常是血清白蛋白和免
疫球蛋白。
第二步是通过电泳分离和比较两个样品,一个是去除高丰
度蛋白的样品,另一个是未经处理的样品,以减少高丰度蛋白的干扰。
这种方法有几个优点。
首先,可以帮助消除高丰度蛋白对分离和
检测过程的干扰,从而提高双向电泳的分辨能力。
此外,由于这个方
法用于去除高丰度蛋白的亲和柱在市场上很容易获得,因此,这个技
术是非常便宜的,并且可以被广泛使用在临床医疗和科研领域。
总之,脑脊液双向电泳是一种非常有用的蛋白质组学技术,可以
用于脑疾病、神经系统病理以及癌症等方面的研究。
去除高丰度蛋白
的技术可以给脑脊液双向电泳研究带来更高的可靠性和精度。
随着技
术的不断改进和完善,这种方法在临床诊断和治疗中的应用前景也将
得到进一步发展和拓展。
蛋白质组学常见问题解答
1、iTRAQ和label-free所用的搜库软件及其版本、定量分析软件是否一致?答:搜库软件是不一致的:iTRAQ数据采用Mascot(2.3.0);label-free则是maxquant(1。
4。
1.2)。
2、iTRAQ/TMT和Label-free技术都有哪些优缺点?答:(1)定量准确性:iTRAQ/TMT的定量准确性和重现性要明显优于Label—free,Label-free的样本之间不能直接混合,导致定量的结果受到的影响因素多,因此定量结果的准确度较低;(2)鉴定通量:Label-free通量相对较高,而iTRAQ/TMT由于标记基团的影响,鉴定通量较label-free 低;(3)修饰组学:label-free定量,修饰肽段的富集(即IP)是各组分开进行的,很可能造成富集的不平行,最终造成定量不准确。
因此,我们通过加入内标肽段来归一化以减少富集步骤引入的误差。
而iTRAQ/TMT标记的修饰组,修饰肽段的富集是各组标记、混合后同时进行的,所以不会存在富集的不平行。
因此,修饰组的定量,iTRAQ/TMT方法的定量准确性优于label—free;(4)其它:目前泛素化修饰定量组学只能用label—free来做。
3、常用的蛋白质翻译后修饰参考数据库有哪些?4、HPLC分级的标准及作用是什么?是否组分越多通量越高?答:HPLC分级有两个目的:1。
降低每个组分中蛋白的复杂度,利于质谱鉴定;2.增加每个组分中每个蛋白的含量,同样利于质谱的鉴定。
组分的多少和样品的复杂程度有关,如果分级数太少,没有达到降低样品复杂度的作用,如果分级数目太多,反而会降低每个组分中每个蛋白的含量,并且组分越多蛋白损失越大,因此分级太少和太多都不利于质谱鉴定,我们公司的分级数目是经过系统考察得到的最优选择.5、公司目前使用的蛋白浓度测定方法是什么?答:我们的蛋白浓度测定使用GE公司的2D Quant kit完成,该试剂盒可耐受8 M urea和2% SDS,明显优于其它浓度测定方法。
基于iTRAQ定量蛋白质组学方法筛选鼻咽癌放射抗拒相关蛋白
基于iTRAQ定量蛋白质组学方法筛选鼻咽癌放射抗拒相关蛋白高劲;钱立庭;陶振超;蒲友光;周燕;杨丽萍;何健;杨婧;黄一凡【摘要】目的比较不同放射敏感性鼻咽癌患者血清蛋白质表达差异,筛选出与鼻咽癌放射抗拒性相关的蛋白质.方法提取不同放射敏感性鼻咽癌患者血清蛋白,应用核素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术标记蛋白,联合液相色谱和串联质谱(LC-MS/MS)分离、分析肽段.采用Proteome Discoverer1.4软件对蛋白进行鉴定和定量分析,对获得的差异蛋白进行GO分析.结果共鉴定出差异表达的蛋白质65个,其中上调34个、下调31个,GO分析显示差异表达的蛋白质主要涉及生物学过程调控、压力应激反应及分解代谢等生物学过程.结论 S100A7、胰岛素样生长因子结合蛋白2、α1抗胰蛋白酶和热休克蛋白等差异表达的蛋白质可能与鼻咽癌放射抗拒性相关.【期刊名称】《安徽医科大学学报》【年(卷),期】2016(051)009【总页数】5页(P1333-1337)【关键词】鼻咽癌;辐射抗拒;蛋白质组学【作者】高劲;钱立庭;陶振超;蒲友光;周燕;杨丽萍;何健;杨婧;黄一凡【作者单位】安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院肿瘤表观研究室,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001;安徽医科大学附属省立医院放疗科,合肥230001【正文语种】中文【中图分类】R739.63鼻咽癌是我国常见恶性肿瘤之一,其主要治疗方法为放射治疗,辅助以化疗及手术等综合治疗。
早期是以单纯放射治疗为主,而中晚期是以放化综合治疗为主要治疗手段。
蛋白质组学主要技术简介
有机荧光团染料
包括共价结合和非共价结合的荧光团染料两类。后者 最为常用,其典型代表是已经商品化的SYPRO Red、 Orange、 Ruby等荧光染料。
这三种染料可对SDS-PAGE胶内蛋白质进行一步染色,
约30~60min完成,灵敏度为2~10ng。染色后的凝胶用
标准的实验室300nm紫外透射仪进行照像保存,其线 性范围为3个数量级。
聚焦时间太短,会导致水平和垂直条纹的出现。 过度聚焦会造成蛋白图谱变性,在胶条碱性端产生水平条纹以及蛋 白丢失。
最佳时间的确定需要根据不同蛋白样品、上样量、pH范围和胶条长
度通过经验来确定。
4. IEF后胶条的平衡
一维结束后可马上进行二维电泳,也可保存在
两片塑料膜间于-80°保存数月。
德国Carl Zeiss公司PALM激光显微切割系统
第三代技术特点:
全自动系统,速度快 适应蛋白分析的需求
荧光激发模块
无接触的样品收集方式
•样品收集器可快速更换收集管 •多样品收集,可以通过软件控制自动选择样 品收集器的收集管
适用的组织样品
LCM优点和特性
快速简单、有效减少交叉污染 样品的切割与分离由激光一步完成,并可以保 持被分离的样品的完整性。 对制样的要求灵活多样,使用范围较广
但在二维电泳前一定要进行胶条的平衡,以
便于被分离的蛋白质与SDS完整结合,从而
在SDS-PAGE时电泳能顺利进行。
5. 胶条向第二向转移
将IEF后的胶条转移到垂直板聚丙烯酰胺上,
用1%的琼脂糖封闭,从而使胶条上的蛋白转
移到第二向分离胶中,根据分子量大小将pI接
近的蛋白进行进一步分离。
离心超滤法去除血清大相对分子质量高丰度蛋白质的实验研究
超 滤 膜 离 心去 除血 清 中大相 对 分 子 质 量 高丰 度 蛋 白质 后 保 留低 丰 度 蛋 白质 的 重 复 性 。 结 果 以 选择 MWC 为 5 ×1 和 3 × O O 0 0
ls较 为适 宜 。 电 泳 分 离 结 果 显 示 , 离心 超 滤后 滤过 液 中 大相 对 分 子 质 量 高丰 度 蛋 白质 , 别 是 清 蛋 白 得 到 有 效 去 除 。 HP C O 经 特 L 检 测 结果 显 示 , 用 MWC 为 5 ×1 。 滤 膜 分 离后 , 清 低 丰 度 蛋 白质 数 量 保 留适 中 。 重复 性 统 计 结 果显 示 , 相 对 分 子 质 量 选 O O 0超 血 小 低 丰 度 蛋 白质 相 对 保 留 时 间 和相 对峰 面 积 RS 值 分 别 小 于 0 4 和 5 5 。结 论 离心 超 滤 法去 除血 清 中 大相 对分 子 质 量 高 D .6 .6 丰 度 蛋 白 质 步 骤较 为 简 便 、 复性 好 , 进 一 步 深 入 研 究血 清蛋 白质 组 学 奠 定 了基 础 。 重 为 关 键 词 : 白质 组 学 ; 离心 超 滤 法 ; 高 丰 度蛋 白质 ; 低 丰 度 蛋 白 质 蛋
1 ×1 。超 滤 膜 离心 管 中 , O O 离心 1 n 80 0 5 mi ( 0 ×g 。滤 液 真 空冷 冻 干 燥 后 , 超 纯 水 按 浓 缩 1 ) 以 O倍 复 溶 。 分 别 应 用 T i n — D - r ieS S c
两种去除血清高丰度蛋白方法的比较研1
两种去除血清高丰度蛋白方法的比较研究比较乙腈沉淀法和MERCK公司的血清白蛋白和IgG 去除试剂盒去除人血清中高丰度蛋白的效果。
方法应用乙腈沉淀法和MERCK公司的血清白蛋白和IgG 去除试剂盒对血清样品进行处理,Tricine-SDS-PAGE电泳和SELDI-TOF-MS检测去除高丰度蛋白的效果。
结果乙腈沉淀法能在去除血清高中丰度蛋白的同时收获更多的10kD以下的小分子量蛋白,MERCK公司的试剂盒也能有效地去除血清高中丰度蛋白,特异性较好。
结论两种方法均能去除血清中高丰度蛋白,需根据研究目的选择适合的方法。
血清中小分子量蛋白(<10kD)认为是一些激素、细胞因子、生长因子以及一些大分子蛋白水解的片段并且在生物学过程中扮演着关键的角色[1, 2],并可能作为疾病的标志物。
对肝癌患者血清的检测中,分子量2~10 kD的小分子量蛋白,有许多蛋白在肝癌患者血清中高表达,这些蛋白很可能是新的肝癌相关的血清蛋白标志物[3]。
对这些差异蛋白分子进行鉴定,将有助于探讨肝癌的发生机制,并为设计治疗靶点提供依据,对蛋白质数据库的进一步完善具有重要意义。
从复杂的血清样品中鉴定出标志蛋白,首先要考虑的问题是血清中蛋白质种类很多,其中有许多丰度较高但没有特殊生物学信息的蛋白质,对目前的蛋白质分离鉴定技术提出了巨大挑战。
因此高丰度蛋白的去除和低丰度蛋白的富集己成为血清样品处理中的首要步骤,本研究主要对乙腈沉淀法和Merck公司的去除Albumin/IgG试剂盒法去除血清中高丰度蛋白和富集小分子蛋白的效果进行比较研究。
1材料与方法1.1实验样品肝癌患者血清:来自广西医科大学附属肿瘤医院住院患者,临床诊断为原发性肝癌患者。
1.2主要试剂与仪器乙腈(ACN),美国Sigma公司;ProteoExtract™Albumin/IgG Removal Kit ,德国MERK公司;丙烯酰铵、N , N′- 甲叉双丙烯酰铵、三羟甲基氨基甲烷( Tris) 、三羟甲基甲基甘氨酸( Tricine) 、十二烷基硫酸钠( SDS) 、尿素,AMERSO公司;低分子量蛋白质标准品,上海生工生物工程有限责任公司; 垂直电泳槽,Bio-Rad公司;蛋白芯片生物系统(PBS II C)及CM10芯片购自美国Ciphergen公司。
甲醇沉淀法去除人血清高丰度蛋白质的实验研究
甲醇沉淀法去除人血清高丰度蛋白质的实验研究曹璐颖;李克;郑文杰【摘要】Objective The common method of depleting the high abundant proteins in human serum is too complicated and ex -pensive to be applied to clinical practice . In this study, an effective and simple method of methyl alcohol precipitation was established for the removal of serum high abundant proteins. Methods The serum albumin of healthy controls was precipitated by different volume methyl alcohol. The removal effect was analyzed with one -dimensional sodium dodecyl sulfate -polyacrylamide gel electrophoresis ( SDS-PAGE) and quantitative method of albumin. Results Compared with the gel images of the original serum , the band of protein with molecular weight between 50000-80000 was removed. The results showed that the average concentration of albumin in the serum was de -creased from (47.65-.35) g/L to (1.16-.08)g/L. The removal ratio of protein was over 97% and the percentage of albumin in the total protein of serum was decreased from 65.4% to49.3%. The significantly statistical differences were observed (P<0.001). And the low abundance proteins could be seen and reserved . Conclusion The methyl alcohol depletion strategy may offer an effective and simple method to remove albumin from human serum , which provided a technical support for further study of serum proteomics .%目的常用人血清高丰度蛋白质(high abundant proteins,HAP)去除方法操作较繁且成本高,文中探索建立简便有效的甲醇沉淀法去除人血清HAP.方法用不同体积的甲醇处理血清样品,然后与原血清样品上样进行十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)分析,并对去除HAP后的样品进行蛋白定量检测.结果 SDS-PAGE显示,经甲醇处理过的血清样品与原血清电泳结果相比,相对分子质量在50000~80000 间的清蛋白等HAP被明显去除,血清清蛋白平均浓度显著降低,由(47.65±0.35)g /L下降至(1.16±0.08)g /L,去除率达97%以上,占血清总蛋白质比例由65.4%下降为49.3%,其差异具有统计学意义(P<0.01).同时一些被HAP掩盖的低丰度蛋白质(low abundant proteins,LAP)有所显现和保留.结论甲醇沉淀法可简便有效地去除人血清中清蛋白等HAP,为进一步行血清蛋白质组学分析奠定基础.【期刊名称】《医学研究生学报》【年(卷),期】2012(025)011【总页数】4页(P1151-1154)【关键词】甲醇沉淀法;高丰度蛋白质;低丰度蛋白质;清蛋白去除【作者】曹璐颖;李克;郑文杰【作者单位】210046,南京,南京师范大学生命科学院;210002,南京,南京军区南京总医院检验科;210046,南京,南京师范大学生命科学院【正文语种】中文【中图分类】R446.1癌症作为死亡率最高的疾病严重威胁着人类健康,由于癌症患者早期无明显症状,发现时往往已出现局部扩散或转移,治疗效果不佳,所以高灵敏度的肿瘤标志物(tumor marker,TM)在癌症早期诊断、发生发展以及预后检测中显得尤为重要[1-2],但目前特异性和敏感度均能达到100%的理想TM尚未发现。
蛋白组去高丰度蛋白方法
蛋白组去高丰度蛋白方法
蛋白质组学研究中,去除高丰度蛋白是非常重要的步骤,因为
高丰度蛋白如白蛋白和免疫球蛋白可能会掩盖低丰度蛋白的检测。
以下是一些常见的方法:
1. 亲和层析法,利用特定亲和层析柱如蛋白A/G柱或富集蛋白质,从中去除高丰度蛋白。
这种方法可以快速、简便地去除高丰度
蛋白,但可能会损失一部分低丰度蛋白。
2. 尺寸排除色谱法(SEC),利用分子大小的差异分离蛋白质,从而去除高丰度蛋白。
这种方法适用于样品中蛋白质大小差异较大
的情况,但需要较长的分离时间。
3. 尿素/甲醇沉淀法,将样品加入尿素或甲醇,沉淀出高丰度
蛋白,然后将上清液收集下来。
这种方法简单易行,但可能会影响
蛋白的活性和结构。
4. 电泳分离法,利用凝胶电泳如SDS-PAGE或二维凝胶电泳,
将高丰度蛋白与低丰度蛋白分离。
这种方法需要较长的操作时间,
但可以有效地去除高丰度蛋白。
5. 亲和去除法,利用特定抗体或亲和剂去除高丰度蛋白。
这种
方法可以高效地去除特定蛋白,但需要预先了解样品中蛋白的信息。
需要根据具体实验要求和样品特性选择合适的方法,有时也需
要结合多种方法进行去除高丰度蛋白,以确保蛋白质组学研究的准
确性和全面性。
富集血浆或血清中5种低丰度蛋白的方法
富集血浆或血清中5种低丰度蛋白的方法
1.免疫亲和层析法:利用特异性抗体对目标蛋白进行富集,将血浆或血清经过特定的固相柱,非特异性蛋白被洗脱后,特异性蛋白被洗脱,获得目标蛋白。
2. 差凝聚焦法:利用蛋白质在不同pH值的电场中的电荷性质而进行富集,使得目标蛋白在特定的pH值下受到聚集,从而减少其在血液中的分散度,方便富集。
3. 透析富集法:利用特定的透析膜将血浆或血清中的目标蛋白富集,通过控制透析膜孔径大小以及相对分子质量,实现目标蛋白的选择性富集。
4. 毒素亲和层析法:利用毒素的特异性结合性质对目标蛋白进行富集,将血浆或血清经过特定的毒素固相柱,非特异性蛋白被洗脱后,特异性蛋白被洗脱,获得目标蛋白。
5. 去除高丰度蛋白法:通过去除血浆或血清中高丰度蛋白,使得低丰度蛋白相对富集,可以采用蛋白饱和性吸附树脂、PEG沉淀等方法去除高丰度蛋白。
- 1 -。
蛋白质丰度定量方法比较分析
蛋白质丰度定量方法比较分析蛋白质是生物体内不可或缺的基本分子,它扮演着许多重要的生物学功能。
准确测量和比较不同蛋白质的丰度对于理解生物体的生理和病理过程非常关键。
因此,发展和比较不同的蛋白质丰度定量方法对于科研和临床研究都具有重要意义。
目前,常用的蛋白质丰度定量方法包括免疫印记分析、质谱分析和定量PCR等。
本文将比较并分析这三种方法,揭示它们的优缺点和适用范围。
免疫印记分析是目前最常见的蛋白质丰度定量方法之一。
该方法利用特异性抗体与目标蛋白质结合,并借助荧光标记或酶标记的二抗进行信号放大。
免疫印记分析的优点在于操作简单、成本低廉,并且可以在基础实验室设备条件下完成。
然而,该方法受抗体特异性和效率的限制,可能存在交叉反应和抗体失效等问题。
另外,由于信号放大的步骤,该方法的线性范围有限,难以准确比较大量的蛋白质样本的丰度。
相比之下,质谱分析作为一种高分辨率和高灵敏度的蛋白质丰度定量方法,在近年来得到了广泛的应用和发展。
质谱分析通过质谱仪对蛋白质样本进行离子化,并根据质荷比对蛋白质进行定量。
质谱分析的优点是可以同时分析多个蛋白质,获得更多的信息。
此外,质谱分析具有较高的灵敏度和选择性,可以检测到相对较低丰度的蛋白质。
然而,质谱分析的缺点在于设备昂贵、分析时间长,并且需要专业的技术人员进行操作。
此外,复杂的数据处理和分析也是一个挑战。
定量PCR是一种基于扩增效应的蛋白质丰度定量方法,它利用特异性引物和荧光探针对目标蛋白质进行定量。
与免疫印记分析和质谱分析相比,定量PCR具有较低的灵敏度,但它具有准确性高、专属性强的特点。
定量PCR的优点在于其实验操作简单、准确度高,并且可以分析大样本量。
然而,定量PCR方法的局限性在于引物设计的依赖性和平台之间的差异性,以及对于某些蛋白质的测量可能存在困难。
综上所述,不同的蛋白质丰度定量方法各有优劣。
免疫印记分析操作简单,适合初步筛选样本;质谱分析具有高分辨率和高灵敏度,适合分析复杂的样本;定量PCR准确性高,适合准确定量特定蛋白质。
血浆血清体液蛋白质组学
LC-ESI-MS/MS: 高效液相色谱-电喷雾串联质谱 9
基本缩略词
PMF: Peptide Mass Fingerprinting (肽质量指纹谱), 是蛋白质被识别特异酶切位点的蛋白酶水解后得到的 肽片段的质量图谱
IPG(EF):Immoblized pH gradients isoelectric focusing (固相pH梯度等电聚焦)
Protein digests
Results
Auto MS/MS detection
BioWorks data base search
Tandem MS spectra
17
Shotgun:Advantages & Disadvantages
Advantages
Disadvantages
• Alleviate some limitations • Requires more handling for
蛋白质组学研究中,质谱测序一般采用两种方式: 一种是利用串联质谱 (MS/MS) 测序; 另一种是利用源后衰变 (PSD:post-source decay) 技术PepIdent: ProteinProspector: PepSea: 195.41.108.38
Protein extract 1 Label with fluor 1
Mix labeled extracts
Co-separate by 2D PAGE
Excitation wavelength 1
Image gel
Protein extract 2 Label with fluor 2
Excitation wavelength 2
去除血清中高、中丰度蛋白方法的优化
去除血清中高、中丰度蛋白方法的优化胡蝶飞;李国坚;吴继周;臧宁;宁秋悦【摘要】目的:通过比较和优化血清样品制备方法,建立简便、灵敏的去除血清中高、中丰度蛋白的方法.方法:运用盐析法、有机溶剂法和亲和层析柱法去除血清中高、中丰度蛋白,经蛋白浓度测定和SDS-PAGE电泳分析,比较3种方法对高、中丰度蛋白去除效果及小分子蛋白的保留和分布情况.结果:乙腈沉淀法能去除血清样品中90%左右的高、中丰度蛋白,同时可残留更多15 ku以下的小分子蛋白;盐析沉淀法和亲和层析柱法均能去除血清样品中大部分高、中丰度蛋白,但所得的15 ku以下的小分子蛋白少于乙腈沉淀法所得到的相应蛋白.结论:用1.2倍体积乙腈沉淀法处理血清样品可去除绝大部分高、中丰度蛋白,同时收获更多的15 ku以下的小分子量蛋白.【期刊名称】《广西医科大学学报》【年(卷),期】2011(028)002【总页数】3页(P250-252)【关键词】血清蛋白组学;高、中丰度蛋白;乙腈沉淀法;SDS-PAGE【作者】胡蝶飞;李国坚;吴继周;臧宁;宁秋悦【作者单位】广西医科大学第一附属医院感染性疾病科,南宁,530021;广西医科大学第一附属医院感染性疾病科,南宁,530021;广西医科大学第一附属医院感染性疾病科,南宁,530021;广西医科大学第一附属医院感染性疾病科,南宁,530021;广西医科大学第一附属医院感染性疾病科,南宁,530021【正文语种】中文【中图分类】R-33随着质谱鉴定蛋白技术的飞速发展,样品的高纯度和高浓度已越来越重要,而众多高、中丰度蛋白的存在严重干扰小分子蛋白质的分离检测和鉴定[1]。
因此,复杂蛋白质被较好的分离和低丰度蛋白质被灵敏地检测到是进行蛋白质组学研究的关键。
高、中丰度蛋白的去除和低丰度蛋白的富集己成为血清样品处理中的首要步骤,通过这个步骤可明显提高低丰度蛋白质的量、色谱分离的峰容量和质谱检测的动态范围等[1~4]。
乙腈预处理血清寻找肝细胞癌发病相关的蛋白质
乙腈预处理血清寻找肝细胞癌发病相关的蛋白质张剑文;刘炜;傅斌生;胡坤华;刘少军;李华;张琪;黎明涛;陈规划【摘要】[目的]应用乙腈(ACN)预处理血清的方法,对肝细胞癌(HCC)患者的血清进行蛋白质组分析,寻找与HCC发病相关的蛋白质.[方法]收集原发性HCC患者和健康人的血清各12例,首先使用乙腈预处理,然后去除白蛋白和免疫球蛋白等高丰度蛋白质,再进行双向电泳(2-DE)分析,筛选HCC与健康对照血清中有显著性差异的蛋白质斑点,并进行MALDI-TOF/TOF质谱鉴定.[结果]血清经0%、20%和30%浓度的乙腈预处理后,进行2-DE分析发现蛋白质斑点的检出数量分别为532±96、623±102和674±123;对预处理后HCC患者和正常人的血清进行差异分析,发现甲状腺素(Tetraiodo-L-Thyronine)和Proapolipoprotein的表达上调,而维生素D 结合蛋白(Vitamin D-binding Protein)和铁传递蛋白(Transferrin)的表达下调.[结论]对血清样本的蛋白质组分析,应用乙腈预处理会增加与白蛋白非特异性结合的蛋白质的检出;HCC患者血清中甲状腺素等4个蛋白的表达异常与HCC相关.【期刊名称】《中山大学学报(医学科学版)》【年(卷),期】2010(031)002【总页数】5页(P288-292)【关键词】乙腈预处理;蛋白质组学;肝细胞癌;血清【作者】张剑文;刘炜;傅斌生;胡坤华;刘少军;李华;张琪;黎明涛;陈规划【作者单位】中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室【正文语种】中文【中图分类】R735.2原发性肝癌(绝大部分是肝细胞癌,hepatocellular carcinoma,HCC)的癌症死亡率在我国居前三位[1],由于起病隐匿、早期诊断困难等原因,很多患者在就诊时已处于肿瘤的中晚期,预后很差。
重症肌无力胸腺组织比较蛋白质组学研究的开题报告
重症肌无力胸腺组织比较蛋白质组学研究的开题报
告
题目:重症肌无力胸腺组织比较蛋白质组学研究
背景:重症肌无力(Myasthenia Gravis,MG)是一种典型的自身免疫病,主要特点是肌肉疲劳和无力。
虽然现有的治疗手段可以缓解症状,但并没有根治方法,且一些患者治疗效果有限。
因此,探索MG的病理机制和治疗靶点,对于开发更有效的治疗手段具有重要的价值。
研究问题:MG胸腺组织与正常人胸腺组织的蛋白质表达差异是什么,这种差异是否与MG的发生相关?
研究方法:采用蛋白质组学技术对多个MG患者及正常对照组的胸
腺组织进行蛋白质表达差异分析。
首先,用免疫磁珠技术富集组织中的
总蛋白和低丰度蛋白,并经过 SDS-PAGE 分离;然后,将蛋白质经过酸
性蛋白水解(HCD)或限制酶降解,获得肽段;最后,通过液相色谱-串
联质谱技术(LC-MS/MS)鉴定蛋白质,并进一步进行差异蛋白筛选和生物信息学分析。
预期结果:通过比较MG胸腺组织与正常对照组的差异蛋白质,预
计可以发现一些与MG发病机制相关的新靶点或标志物,进而对MG的治疗和预后提供科学依据。
研究意义:本研究将探究MG胸腺组织的蛋白质组学特征和差异表达,为深入了解MG的发病机制以及寻找新的治疗策略提供一定的实验依据和理论支持,同时,也可以为临床MG治疗的效果评估提供更丰富的科学依据。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
I mp a c t o f i mmu n 0 d e p l e t i 0 n o f s e r u m
h i g h a b u n d a n t p r o t e i n o n t i s s u e p r o t e o me i d e n t i f i c a t i o n
体 的非冗 余性多肽提高 了 2 1 . 9 %, 鉴定蛋 白数 目 无 明显变化 。结论 去 除组 织 中的血清 高丰度蛋 白法 可以显著 的
提高肽段 和蛋 白的鉴定效率 , 更适用于血管 密集 的样 品。
关 键词 :甲状腺蛋白质组; 垂体蛋 白质组; 去除血清高丰度蛋白; 液质联用分析
中图分 类号 : R 3 4 文献标 志码 : A
2 .中国医学科学 院 基 础医学研究所 北京协和 医学 院 基础 学院 人体解剖与组织胚胎学 系 , 北京 1 0 0 0 0 5 )
摘要 : 目的 分析去除组织中血清高丰度蛋 白对组织蛋白质组鉴定的影响。方法 用去除 l 2种血清高丰度蛋 白抗
体柱 处理人 甲状腺和垂体组 织样 品 , 所得 到的低丰度蛋 白和原样 分别进 行液 质联用分 析 , 分别进 行多 肽和蛋 白质 水平 的定 性定量分析 。结 果 甲状 腺 和垂 体 组织 中血清 高 丰度 蛋 白分 别 被除 去 了 9 2 . 1 1 % ±1 2 . 8 7 %和 7 8 %± 2 5 % 。所鉴定 到的多肽和蛋 白与原样 品相 比, 甲状腺 组织 的非冗余性多肽提高 了 7 0 %、 蛋 白数 目提高了 1 6 . 5 %, 垂
ZOU Li . 1 . i . ,L I We n . t i n g ,W ANG Da n- q i ,W ANG Zh a o ,SUN We i
( 1 . C o r e F a c i l i t y o f I n s t r u m e n t ,I n s t i t u t e o f B a s i c Me d i c a l S c i e n c e s , C A MS& P U MC,B e i j i n g 1 0 0 0 0 5;
s u e p mt e o m e .M e t h o d s Hu ma n t h y r o i d a n d p i t u i t a r y s a mp l e s w e r e d i s p o s e d u s i n g 1 2 h i g h bu a n d a n t p r o t e i n d e p l e t i o n a n t i b o d y c o l u mn .T h e l o w bu a n d a n t p r o t e i n s nd a r a w s a mp l e s w e r e na a l y z e d b y L C / MS .I d e n t fe i d p e p t i d e s nd a p r o t e i n s w e e r q u a l i t a t i v e l y nd a q u a n t i t a t i v e l y a n a l y z e d .R e s u l t s T h e er s U l T I h i g h bu a nd a n t p r o t e i n s i n t h y r o i d nd a p i t u i t a r y w e e r d e p l e t e d b y 9 么 1 1 % ±1 2 . 8 7 % , 7 8 % ±2 5 % r e s p e c t i v e l y .C o mp a r e d w i h t r a w t h y r o i d, t h e n o n — ed r u n d nt a p e p t i d e nd a p r o t e i n i d e n i t i f c a t i o n f o l o w bu a nd a n t hy t r o i d w e e r es r p e c t i v e l y i n c ea r s e d b y 7 0 % .1 6 . 5 % .T h e n o n - ed r nd u nt a p e p t i d e i d e n t fc i a t i o n f o l o w bu a nd nt a p i t it u a r y w a s 2 1 . 9 % h i g h e r ha t n t h a t o f r a w s m p a l e s .B u t he t p r o t e i n i d e n t fc i a t i o n W s a
A b s t r a c t : Ob j e c i t v e T o a n a l y z e t h e i m p a c t o f i m m u n o d e p l e t i o n o f s e r u m h J g h a b u n d a n t p r o t e i n o n i d e n t i i f c a t i o n f o t i s —
Vo 1 . 3 5 N o . 4
研 究 论 文
免疫 去 除血 清 高 丰度 蛋 白对 组 织蛋 白质组 鉴 定 的影 响
邹 丽莉 ,李 文婷 ,王丹 琪 ,王 璺 ,孙 伟 ¨
( 1 .中国医学科学院 基础 医学研究 所 北京协和医学院 基础学 院 中心 实验 室 , 4月 第3 5 卷 第 4期
文章编号:1 0 0 1 . 6 3 2 5 ( 2 0 1 5) 0 4 — 0 4 3 9 . 0 5
基础医学与临床
B a s i c& C l i n i c a l Me d i c i n e
A p r i l 2 0 1 5
2 . D e p t .o f H u m a n A n a t o m y a n d E m b r y o l o g y 。I n s t i t u t e o f B a s i c Me d i c a l S c i e n c e s , C A MS& P U MC, B e i j i n g 1 0 0 0 0 5, C h i n a )