pubmed数据库

注：如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语
五、PubMed基本检索规则
如： single cell 系统会自动将其分成两个词：single和 cell检索，其检索表达式为：“single AND cell ”。
五、PubMed基本检索规则
强制检索功能
• 强迫短语检索，在检索词上加双引号，将不执行自 动转换匹配和扩展检索.
收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题 词、文献类型、基因库存取号等加工索引后，添加到 Medline数据库中，并从PreMedline库中删除。
[PubMed-in process]
Publisher-Supplied Citations
出版商直接提供的文献，每条记录都标有 [PubMed-as supplied by publisher]。
二、Entrez资源整合系统
Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个 基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检 索到NCBI提供的28个数据库，这些数据库包括 文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维 蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完 全人类基因组库、分类信息等。
二、Entrez资源整合系统
主题检索
• 《医学主题词表》是对生物医学文献进行主题分析、 标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的 主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量 地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题 词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相 互关系。
基本概念
• 主题词表：PubMed采用的主题词表是美国国立 医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings，简称MeSH) 。 • MeSH ：是美国国立医学图书馆编制的权威性主题 词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。 美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据， 编制《医学索引》（Index Medicus）及建立计算 机文献联机检索系统MEDLINE数据库。《MeSH》汇 集约24，357多个医学主题词(2007年)。
特点
免费检索服务 检索词自动转换匹配 链接功能强大，部分记录能链接到全文
登录入口
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四、PubMed数据库收录范围
Medline
收录了1966年以来全世界包括美国在内的80多个国 家的5000多种生物医学期刊，内容涉及医学的各个领 域、牙科学、护理学、兽医学、保健系统和基础医学。 数据库中大多数记录为英文或具有英文摘要。
检索结果保存方式 检索结果显示方式设置
高级检索界面
检索构建器
检索式编号
检索历史
检索出的篇数
检索时间
清楚历史检索式
Details
匹配过程
检索词 转换明细
系统经词汇自动转后的详细检索式
检索式
基本检索举例
1、查找转基因动物（Transgenic Animal）的基 因（genetics）的临床试验、meta分析和随机 对照试验方面的文献。 2、查找南京医科大学（NANJING MEDICAL UNIVERSITY）流行病学教研室沈洪兵在 Cancer Letters上发表的文章。
[PubMed-indexed for MEDLINE]
OLDMedline 收录1946-1965年的约200万条记录。没有摘要。
[PubMed-OLDMEDLINE for Pro1966]
四、PubMed数据库收录范围
In Process Citations（PreMedline）临时医 学文献数据库
五、PubMed基本检索规则
逻辑运算符
• 支持逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT” （运算符不区分大小写且前后都要有一个空格）
如：common cold AND Vitamin C 字段限定符
检索词[字段标识符] 如：cancer[ti]
五、PubMed基本检索规则
词汇自动转换
PubMed 检索系统
陈 萍 2014.9
一、NCBI
NCBI:美国生物技术信息中心的缩写。 （National Central for Biotechnology Information,NCBI) 网址：/ NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分 子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家， 和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和 应用的研究。该中心创办了一个生物技术和生命科学 的优秀网站，建立了一系列的生物信息事实数据库和 文献数据库，提供网络的免费信息服务。 Entrez是NCBI网站基于多种数据库的集成检索系统， 也是网上最大的免费检索生物医学资源的网站。
输入检索词
检索结果
检索结果显示方式设置
检索结果按年度分析
相关检查
在题目中检索的结果
检索结果 的过滤与限定
在PubMed Central中 免费获取全文
在其他数据库 中查询相关数据 物 语 性 子 种 种 别 集
期刊类别 年龄组 检索 字段标签
• 副主题词：又称限定词(Qualifiers)，与主题词进 行组配，对某一主题词的概念进行限定或复分，使 主题词具有更高的专指性。如诊断（Diagnosis， DI）、药物治疗（Drug Theray，DT）、血液供给 （Blood Supply，BS）等。正确选择副主题词也很 关键。例如肺发育不全，输入主题词“肺”后，在 副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全；再例 如，双子宫 ——用 子宫/畸形 检索。
Entrez中集成的重要数据库
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，孟德尔人类遗传疾病相关文献数据 库 • PopSet，族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、 PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） • PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound，小分子化学物质结构 • PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed，生物医学文献题录数据库 • PubMed Central，科学文献数字全文免费数据库 • Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure，分子模型数据(MMDB) • Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene，人类unique基因序列数据库 • UniSTS，unique序列卷标地址数据库
如： “single cell”（单个细胞） “oxygen free radicals” （氧自由基） 系统将作为一个不可分割的词组进行检索，使用双引 号检索，会自动关闭词汇转换功能。
五、PubMed基本检索规则
截词检索功能
• 输入bacter *，检出bacteria、bacterium等 • 不执行转换功能 • 截词检索只限于单词，对词组无效
Entrez中各数据库的记录数
三、PubMed数据库简介
概况
PubMed检索系统由隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的国家 生物信息中心（NCBI）于1997年推出的基于internet的免费 生物医学文献检索系统，是检索生物医学期刊论文的重要工 具，可免费检索MEDLINE、PREMEDLINE，部分记录还可链接到 全文。
Pubmed新界面
五、PubMed检索规则
数据库结构
AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation 第一责任者的工作单位、地址 AU-Author Name 著者姓名 ALL-All Fields Pubmed可供检索的全部字段 CY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date SO-Source EDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-Title IS-ISSN UID-Unique Identifiers 备注：检索词[字段标识符] 如：[AB]、[TI]、[AD]
• • • • • MeSH Translation table(MeSH转换表) Journals Translation table（刊名转换表） Phrase List（短语表） Author Index（著者索引） 检索词自动对照上述四个表中进行词语的匹配查询， 直到找到合适的词。
分开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词。如果仍 找不到匹配词，则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查 找。
特点一：它把序列、结构、文献、基因组、系 统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起， 通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接 转入另一个数据库。 特点二：它把数据库和应用程序结合在一起。 如通过“Related sequence”工具，可以直接 找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。 查询得到的蛋白质三维结构，可以通过在用户 计算机上安装的Cn3D软件直接显示分子图形。
如输入“infection *”，能检出“infections”，但不包括 “infection control”等
六、PubMed检索途径和方法
基本检索 主题词检索 其他检索
基本检索
基本检索框
自由词检索
在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点 击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语 表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特 有的“词汇自动转换功能”。 例如：检索肺肿瘤 (lung cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“lung cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“词汇自动匹配”功能将重要 的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规 范的用词进行检索，比如，检索“lung cancer” 将自动转 换为： "lung neoplasms"[MeSH Terms] OR ("lung"[All Fields] AND "neoplasms"[All Fields]) OR "lung neoplasms"[All Fields] OR ("lung"[All Fields] AND "cancer"[All Fields]) OR "lung cancer"[All Fields]
Entrez中集成的重要数据库
• • • • • • • • • • • • • • • Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序 列数据库）