DNA甲基化——试剂盒+抗体解决方案
DNA甲基化实验操作原理及方法-Hxg
DNA 甲基化重亚硫酸氢盐修饰法（DNA METHYLATION BISULFITE MODIFICATION）
实验操作原理及方法
一、实验目的：
通过本实验，可以检测特定DNA序列的甲基化状态。
二、实验原理：
DNA 甲基化是指由S-腺苷甲硫氨酸（SAM）提供甲基基团，在DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferases，DNMTs）的作用下，将CpG 二核苷酸的胞嘧啶（C）甲基化为5-甲基化胞嘧啶（5-m C）的一种化学反应。DNA 甲基化是调节基因转录表达的一种重要的表观遗传的修饰方式。
DNA 甲基化主要在转录水平抑制基因的表达。DNA 甲基化引起基因转录抑制的机制可能主要有以下3 种：（1）DNA甲基化直接干扰特异性转录因子与各基因启动子中识别位置的结合。（2）序列特异性的甲基化DNA 结合蛋白与启动子区甲基化CpG 岛结合，募集一些蛋白，形成转录抑制复合物，阻止转录因子与启动子区靶序列的结合，从而影响基因的转录。（3）DNA 甲基化通过改变染色质结构，抑制基因表达。
重亚硫酸氢盐修饰法检测DNA甲基化的基本原理是基于DNA变性后用重亚硫酸氢盐处理，可将未甲基化胞嘧啶修饰成尿嘧啶。此反应的步骤是：1、在C-6位点磺化胞嘧啶残基；2、在C-4处水解去氨基来产生尿嘧啶磺酸盐；3、在碱性条件下去硫酸化。在这个过程中，5-甲基胞嘧啶由于甲基化基团干扰了重亚硫酸氢盐进入到C-6位点而保持着未反应的状态。在重亚硫酸氢盐处理后，使用针对每个修饰后DNA链的引物进行PCR反应。在这个PCR产物中，每5-甲基胞嘧啶显示为胞嘧啶，而由未甲基化胞嘧啶转变成的尿嘧啶则在扩增过程中被胸腺嘧啶所取代。
DNA甲基化检测 ppt课件
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三、实验材料与方法
（一）实验材料 1、所需设备
PPT课件
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2、所需试剂
（二）实验具体方法和操作步骤
1、DNA提取 2、超声破碎DNA和电泳检测 3、甲基化DNA的富集
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四、实验结果 （1）对超声后的 DNA进行电泳，与阳性对照（Hela）类似，样 品DNA被成功打断成250bp左右的片段(图8-1） (２) 同时对甲基化DNA富集前的 input DNA和甲基化富集DNA进 行 PCR,扩增片段如图8-2。扩增曲线在 20-30循环起跳，表示样 本含量处于合理范围内。溶解曲线单峰，表示扩增特异性较好。
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甲基化敏感的限制性内切酶方法是经典的甲基化分析方 法，主要根据一些限制性内切酶不能切开甲基化的 DNA序 列。由于在真核 DNA或者哺乳动物DNA中，只有CG相连的 胞嘧啶能够被甲基化，因此在酶切位点内包含CG序列的限 制性内切酶就会遇到问题。这种方法所使用的两个经典酶 对是HPa Ⅱ -Msp Ⅰ (CCGG）。两个酶都识别CCGG序列， 而当其中的胞嘧啶甲基化时， HPa Ⅱ不能够将其切开，利 用HPa Ⅱ -Msp Ⅰ的这种属性处理DNA，这就使得 HPa Ⅱ -Msp Ⅰ能够作为快速甲基化分析的工具，随后进行 Southern或 PCR扩增分离产物明确甲基化状态。
DNA甲基化检测实验指导
DNA甲基化检测
甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，在细胞正常发育、基因表达模式以及基因组稳定性中起着至关重要的作用，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。
目前甲基化特异性PCR ,Methylmion Specific PCR，简称MSP，及其改进方法是检测基因甲基化的经典方法．原理是首先用亚硫酸氢钠修饰处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶都被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则不变。然后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物并进行PCR扩增，通过检测，确定与引物互补的DNA序列的甲基化状态。MSP法灵敏度较高，应用范围广。
实验前准备
在实验开始前，先准备好本次实验所需的各种试剂，如：3mmol NaOH，DNA 纯化试剂盒，以及PCR检测用到的试剂盒等。
所涉及的仪器和耗材有赛默飞公司提供的单道移液器、QSP盒装吸头、Nun 冰盒，Thermo Scientific全波长扫描式多功能读数仪，还有常规的离心机、水浴锅等。
本实验的操作流程为：引物设计，重亚硫酸盐修饰后进行DNA纯化，通过浓度检测方进行甲基化特异性PCR检测。
首先进行引物设计
甲基化常发生在启动子区，以DAPK1基因甲基化引物设计为例来。
首先要找到DAPK1的启动子区，登陆Map Viewer，搜索DAPK1。点击gene,filter，找到对应的基因，获得更多的信息。点击Map Viewer，可见DAPK1在9号染色体的具体位置。第一个外显子位于90140 kb处，估计启动子就在其上游2000kb内。显示为Genbank格式，点击display，获得序列。
DNA 甲基化分析技术
文章编号:1007-4287(2005)02-0304-03
DNA 甲基化分析技术
黄 庆,府伟灵3
(第三军医大学西南医院检验科,四川重庆400038)
基金项目:国家自然科学基金资助项目(编号:30370398);重庆市国家自然科学基金资助项目(编号:2004227222);第三军医大学科研基金资助项目(编号:XG 200326)3通讯作者
甲基化胞嘧啶(5’2methylated cytosine ,5mC )被称之为人类DNA 的第5种碱基。肿瘤表观基因组
(cancer epigenomics )概念的提出和人类表观基因组计划(Human E pigenetic Project ,HEP )的实施将表观遗传学研究又推向了一个新的高度[1]。了解DNA 甲基化分析技术的原理、适应范围和优缺点有利于研究者根据自身不同需求和设备条件来选择有效方法达到最终目的[2,3]。1 DNA 甲基化非特异性分析
属于早期的DNA 甲基化分析技术,其主要特征是只能分析基因组水平的5mC 比例,主要包括高效液相色谱、高效毛细管电泳、薄层层析、M.Sss I 甲基转移酶分析、去水乙缩氯醛反应、5mC 免疫学抗体技术等[2,3]。随着人类基因组计划的完成及HEP 的实施,单纯地判断基因组5mC 水平已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。2 DNA 甲基化特异性分析是一类可分析特定基因或序列位点甲基化状态的分析技术,也是近年来发展比较迅速的技术之一。根据其作用原理,可将其分为依赖和不依赖于重亚硫酸盐修饰的检测技术。211 不依赖于重亚硫酸盐修饰的检测技术 主要包括肼反应、高锰酸反应和限制性内切酶技术[2,3]
如何对单个基因的DNA甲基化水平进行检测？
如何对单个基因的DNA甲基化水平进行检测？
众所周知，p-1030、p-1032和p-9005这3个试剂盒都是用来检测总体水平的5mC、5hmC 和m6A的量，不能检测单个基因的。那么现在就来聊聊，如何检测单个基因的DNA甲基化水平，比如DNA 5mC甲基化水平、5hmC甲基化水平，以及RNA m6A甲基化水平。
一、如何定量检测某基因的DNA 5mC甲基化水平？
如果是检测总的，一个p-1030或者p-1034就可以搞定，简单快捷，结果还好看。但是针对特定基因的话，就不能用这么用了，参照以下：
1.BSP是甲基化检测的金标准，这里就不细说了。主要说说MSP—甲基化特异性PCR。MSP 的实验过程简单来说就是提取样本中的DNA进行亚硫酸盐转换，最后将转换的DNA进行定量PCR，由此来确定特异基因甲基化修饰。Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification Kit 搭配Cat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit
搭配描述：用户可用自己的方式提取DNA，再用p-1026进行亚硫酸盐转换，转换后甲基化的5-mC保持不变，没有甲基化C转换成U。之后用p-1028进行MS-qPCR，针对目的基因设计一对靶向甲基化区域的引物进行PCR即可。而且用我们的MS-qPCR可将时间缩短到70min （1h 10min）钟哟，普通的一般需要（2.5h）
转换流程和结果展示：
2.IP是个非常常用的技术手段，有些人以为IP只能下拉蛋白，是不是？IP抗体+磁珠，下拉下来的不就是蛋白嘛！但是，如果你现在需要的IP试剂盒是含有5mC的DNA对吧？Cat# p-1015：Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit Cat# p-1052：EpiQuik MeDIP Ultra Kit 搭配Cat# p-1028：Methylamp MS-qPCR Fast Kit Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
EZ DNA甲基化试剂盒-Gold
EZ DNA Methylation-Gold Kit
EZ DNA甲基化试剂盒-Gold
Catalog No. D5005
Highlights
在 3 小时内完全转化富含GC的DNA.
两次加热变性的反应步骤简化了由未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶的过程.
没有DNA 沉淀.并且通过柱层析一步完成DNA的纯化和脱硫.
洗脱的超纯DNA 对于一系列的分子生物分析是非常理想的。
描述
EZ DNA Methylation-Gold KitTM 是我们EZ DNA Methylation Kit产品的改进版. EZ DNA Methylation-Gold Kit 将DNA 变性过程和亚硫酸氢盐转变过程转化为一步.此步骤采用温度变性来取代以前方案中使用氢氧化钠的化学变性过程. 经过DNA亚硫酸氢盐转变,试剂盒可大量回收到DNA .两种试剂盒都是基于在胞嘧啶与亚硫酸氢钠之间发生的使胞嘧啶转变为尿嘧啶的三步反应. EZ DNA Methylation-Gold 与EZ DNA Methylation Kits 都采用创新的柱内脱磺酸技术来减少不必要的DNA沉淀步骤以便每次都可以提供给研究人员较好的结果.试剂盒的设计可以减少模版降解和纯化过程中的DNA损失, 并且完全转化未甲基化的胞嘧啶.回收的DNA对于PCR扩增、限制性内切酶消化、测序、微阵列等下游分析是很理想的. 下图是EZ DNA Methylation-Gold Kit所呈现出的结果.
在经过亚硫酸氢盐处理后的DNA 测序结果。使用EZ DNA Methylation-Gold Kit处理的甲基化的CmpG (在#5核苷酸位点)DNA。回收的DNA通过PCR来扩增并且直接测序。在#5位置上甲基化的胞嘧啶仍然保持完整，当未被甲基化的胞嘧啶(i.e., positions #7, 9, 11, 14 and 15)通过亚硫酸氢盐处理完后全部转化为尿嘧啶。
EpiMethy DNA 甲基化检测试剂 说明书
EpiMethy TM DNA甲基化检测试剂盒
用户手册
EpiMethy TM B isulfite Conversion Kit
User Manual
产品简介：
DNA甲基化是一种表观遗传修饰，DNA甲基转移酶（Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作为供体，将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶。CG二核苷酸是最主要的甲基化位点，它在基因组中呈不均匀分布，存在高甲基化、低甲基化和非甲基化三种状态。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化对人类表观遗传、胚胎发育、基因印记、等位基因失活及肿瘤发生发展都起到重要作用。
EpiMethy TM Bisulfite Conversion Kit是一款用于DNA快速重亚硫酸盐转化处理的专用试剂。基因组DNA双链变性结链后，在重亚硫酸盐的作用下序列中为甲基化的胞嘧啶（C）转变成尿嘧啶（U），而甲基化的C保持不变。通过后续的各种检测手段，如MSP、BSP、HRM、Pyroseqencing及甲基化芯片等，将甲基化状态的差异转变成DNA序列的差异被检测出来，从而确定基因的CpG甲基化状态。
本试剂盒提供了重亚硫酸盐转化实验所需试剂和DNA纯化回收过程中所需的优化缓冲液，可获得臻于完美的DNA转化效果和回收效率。与其他同类试剂盒相比，具有如下优势：
�适用于各种样本类型。
�在3小时内完成富含GC的DNA的完全转化，转化效率高达99.9%。
�独特的保护剂最大限度地避免DNA降解，保障了后续的检测实验的需求。
�优化的缓冲液体系能最大限度的提高处理后的DNA回收效率。
2024年DNA甲基化检测市场发展现状
DNA甲基化检测市场发展现状
引言
DNA甲基化检测是一种用于研究基因组序列中的DNA甲基化水平的技术。DNA 甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式，它在基因表达、细胞分化和发育等生物过程中起着关键作用。近年来，随着研究人员对DNA甲基化的重视，DNA甲基化检测市场迅速发展。本文将探讨DNA甲基化检测市场的发展现状。
1. DNA甲基化检测技术的发展
DNA甲基化检测技术主要包括甲基化特异性PCR、甲基化敏感限制酶切、甲基化特异性抑制PCR和甲基化芯片等。这些技术在选择性检测DNA甲基化的特异性、准确性和灵敏性方面有不同的优势。
甲基化特异性PCR是一种常用的DNA甲基化检测技术。它通过特异性引物检测目标DNA序列中的甲基化位点。甲基化敏感限制酶切技术则利用酶切DNA时对甲基化和非甲基化位点的敏感性不同，将甲基化和非甲基化的DNA分别切割。甲基化特异性抑制PCR技术是通过添加特殊的抑制剂，抑制不甲基化的DNA序列扩增，从而选择性扩增甲基化的DNA序列。甲基化芯片是一种基于DNA探针的高通量甲基化检测技术，可以同时检测大量的甲基化位点。
2. DNA甲基化检测市场的增长因素
DNA甲基化检测市场的快速发展有多个因素的推动。
首先，DNA甲基化在许多疾病的发生和发展中起着关键作用。DNA甲基化异常与癌症、心血管疾病、神经退行性疾病等多种疾病的发生密切相关。因此，DNA甲基化检测在疾病诊断和预后评估中具有重要的临床应用价值。
其次，随着基因组学和表观遗传学研究的深入，研究人员对DNA甲基化的关注度日益增加。DNA甲基化的研究可以帮助理解基因调控机制，揭示表观遗传调控在生物学过程中的重要作用，为疾病的治疗和预防提供新的思路和靶点。
59104甲基化提取试剂盒说明书
59104甲基化提取试剂盒说明书深度解析
引言：
在生物医学研究中，DNA甲基化是一个重要的表观遗传学研究领域。对于基因表达调控、细胞分化和疾病发生发展等过程的研究，DNA甲基化都起到了关键的作用。本文将详细解读59104甲基化提取试剂盒的使用说明，帮助科研人员更好地理解和使用该产品。
正文：
一、试剂盒组成
59104甲基化提取试剂盒包含有多种必要的组分，如裂解液、蛋白酶K、漂洗液、磁珠溶液等。这些组分经过精心设计和优化，可以高效地从各种类型的样本中提取出高质量的甲基化DNA。
二、实验步骤
使用59104甲基化提取试剂盒进行DNA甲基化提取主要包括以下几个步骤：样本处理、裂解、磁珠结合、洗涤和洗脱。每个步骤都有详细的实验操作指导，确保实验结果的准确性和重复性。
三、注意事项
在使用59104甲基化提取试剂盒的过程中，需要注意以下几点：首先，所有操作应在无菌条件下进行，以防止污染；其次，要按照说明书的指示精确控制各步的操作时间；最后，实验结束后应立即废弃使用过的材料，避免交叉污染。
结论：
总的来说，59104甲基化提取试剂盒是一款性能优良、操作简便的产品，适合于各类实验室进行DNA甲基化的研究。通过深入理解并正确使用该试剂盒，科研人员可以更加有效地进行DNA甲基化的研究工作，推动表观遗传学领域的进步。
一文读懂研究套路，让甲基化触手可得
一文读懂研究套路，让甲基化触手可得
作者：解螺旋·子非鱼
如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手
导语
DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是近年来新的研究热点之一。这个可以从国自然中标的结果看出。加上近来对甲基化在肿瘤中重要性的报道，想必这一热潮还有待持续。你是不是也对它垂涎已久，却苦于无从下手，其实甲基化的研究其实并没那么难，一句话，还是套路。
随着高通量测序技术（NGS）技术的发展，使我们能够从全基因组水平来分析5’甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，由此能够发现很多传统的基因组学研究所不能发现的东西，这就是所谓的“DNA甲基化测序”！
DNA甲基化测序方法按原理可以分成三大类：
1、重亚硫酸盐测序；
2、基于限制性内切酶的测序；
3、靶向富集甲基化位点测序；
DNA甲基化测序常用方法
基于以上原理又有数种不同的测序方法，下面，就介绍10种DNA甲基化测序的常用方法及参考文献：
1) 重亚硫酸盐测序
该方法可以从单个碱基水平分析基因组中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重烟硫酸盐对基因组DNA进行处理，将未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶。而发生了甲基化的胞嘧啶未发生脱氨基，因而，可以基于此将经重亚硫酸盐处理的和未处理的测序样本进行比较来发现甲基化的位点。
【相关文献】
Shotgun bisulphite sequencing of theArabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.
基于甲基化DNA分离方法的甲基化DNA检测和全基因水平的甲基化分析
ＮＡ甲基化是基因后修饰的一种，广泛存在于正常状态和患有癌症等疾病的人群中。基因启动子的高甲基化已知对如抑制肿瘤基因的失活有重要作用［１］。因此，异常的ＤＮＡ甲基化与肿瘤的发生和表达有高相关性。由此，检测ＤＮＡ上的甲基化ＣｐＧ位点有着极大的临床意义。
为实现此目标，目前的方法一般基于限制性内切酶酶切、亚硫酸盐修饰或者单克隆抗体和甲基化ＤＮＡ结合蛋白（ＭＢＰｓ）的亲和作用［２－４］。所有这些方法都需结合下游的分析技术，例如以终端ｑＰＣＲ实现基因座特异性甲基化测定；结合ＣｐＧ微阵列实现基因组水平的分析［５－１３］。本文介绍的甲基化ＤＮＡ分离分析方法（ＭｅＤＩＡ）采用了一种具有最小化的甲基化ＤＮＡ结合域的人ＭＢＤ２ｂ蛋白，并在组氨酸位进行标记（ＭＢＤ２ｂｔ）。这有效地保证了结合甲基化ＤＮＡ的高灵敏性［１４］。而且，在分离过程中采用镍磁珠使实验操作更为方便。分离得到的ＤＮＡ可以用ＰＣＲ来测定基因座特异性的甲基化情况或者结合ＣｐＧ芯片分析全基因范围的甲基化位点差异。
１ 方法
１．１ ＤＮＡ提取
基因组ＤＮＡ（ｇＤＮＡ）用苯酚氯仿经标准步骤从真核细胞中提取，并用乙醇沉淀。为了进行基于ＭｅＤＩＡ的ＰＣＲ测定以及ＣｐＧ微阵列分析，提取的ＤＮＡ用超声破碎至平均片段长度３００ ｂｐ（ＶＣＸ１３０， Ｓｏｎｉｃｓ
摘要 已知异常的ＤＮＡ甲基化对基因表达有明显影响并且涉及包括癌症等的疾病以及正常状态，因此从非甲基化ＤＮＡ中鉴定甲基化ＤＮＡ的分析技术是非常必须的。本文介绍了一种利用甲基化ＤＮＡ结合域对甲基化ＤＮＡ的亲和性质将甲基化ＤＮＡ从全基因中成功提取的甲基化ＤＮＡ分离技术（ＭｅＤＩＡ）。结合ＭｅＤＩＡ的ＰＣＲ和ＣｐＧ芯片技术分别实现了局部位置甲基化ＤＮＡ状态的评估以及全基因的甲基化分析。
dna甲基化的方法 -回复
dna甲基化的方法-回复
DNA甲基化是生物学中一种常见的反应，是指DNA碱基上的甲基（-CH3）基团的添加。这个过程会在DNA分子的C5位上结合一个甲基，通常发生在胞嘧啶（C）的胞嘧啶环上。DNA甲基化可以影响基因的表达和细胞的功能。
DNA甲基化方法是研究DNA甲基化的过程和机制的基础。下面我将一步一步地介绍主要的DNA甲基化方法，并讨论其优缺点。
第一步：DNA提取
要进行DNA甲基化研究，首先需要从细胞或组织中提取DNA。DNA提取可以使用多种方法，如琼脂糖凝胶电泳法、酚氯仿法、商业提取试剂盒等。这些方法通常可从细胞或组织中快速纯化DNA，并保留其甲基化状态。
第二步：甲基化特异性酶切
为了研究DNA甲基化的位置和程度，可以使用甲基化特异性酶切方法。这些酶可以识别DNA上的甲基化位点并切割DNA链。常用的甲基化特异性酶切酶有MspI、HpaII、MspA等。在这一步中，我们将DNA样本分成两个部分：一个经过甲基化特异性酶切（切割甲基化位点），另一个不经切割（保留甲基化位点）。通过对这两个部分进行比较，我们可以了解DNA的甲基化状态。
第三步：甲基化特异性PCR
甲基化特异性PCR（MSP）是一种常用于DNA甲基化研究的方法。在这种PCR方法中，我们使用特异性引物来扩增DNA片段，这些片段含有甲基化位点。通过特定的PCR条件和引物设计，我们可以选择性地扩增甲基化或非甲基化DNA片段。通过分析PCR产物的大小和强度，我们可以确定DNA的甲基化状态。
第四步：甲基化测序
甲基化测序是一种准确测量DNA甲基化的方法。通过测序分析，我们可以获得DNA序列上每个碱基的甲基化状态。这一步需要使用高通量测序技术，如甲基化特异性测序（Methyl-Seq）或受约束的甲基化分离（CATCH-Seq）等。这些技术可以提供高分辨率的甲基化图谱，帮助我们了解甲基化在基因组中的分布和功能。
DNA甲基化详解
提到遗传，我们都已经习惯于这样的概念，即基因组的编码信息存在于ACGT这四种碱基的排列顺序中。然而，诸如胞嘧啶的甲基化修饰及其分布，组蛋白的乙酰化等，同样影响着表型。这就构成了表观遗传学(epigenetics)的主要研究容。其实，早在1942年，C.H.Waddinton就提出了表观遗传学的概念，他指出，表观遗传与遗传相对，主要研究基因型和表型的关系。而现在，对于表观遗传学，比较统一的认识是，其研究在没有细胞核DNA序列改变的情况时，基因功能的可逆的可遗传的改变。也就是说，在不改变基因组序列的前提下，通过DNA和组蛋白的修饰等来调控基因表达，其中又以DNA甲基化(DNA methylation)最为常见，成为表观遗传学的重要组成局部。随着人类基因组方案的开展，科学家们开场在基因组水平来研究表观遗传学，逐步形成表观基因组学(epigenomics)。表观基因组学就是要在整个基因组水平来研究表观遗传过程以及与这些过程密切相关的特定基因组区域的识别与鉴定。2000年10月，人类表观基因组协会(Human Epigenome Consortium)由欧盟赞助，启动了旨在于人类6号染色体MHC区域首先做出DNA的甲基化图谱的先导方案(Pilot Project)。该方案顺利完成，引导启动了2003年的人类表观基因组方案(Human Epigenome Project，HEP)。2005年，美国国家卫生院(NIH)下属的国立癌症研究所启动了癌症基因组先导方案。2006年，该所与国立人类基因组研究所一起共同启动癌症基因组方案(Cancer Genome Project)。表观基因组学和DNA甲基化与癌症的研究成为新的热点。本文将简要介绍DNA甲基化与CpG岛，癌症与DNA甲基化，和DNA甲基化的重要检测方法。DNA甲基化与CpG岛：在人类表观遗传学研究中，最常见的就是CpG 二核苷酸中胞嘧啶的甲基化修饰。其主要过程是，在CpG甲基化结合蛋白(Methyl-CpG Binding Proteins,MBDs) 和DNA甲基化转移酶(DNA
特定DNA片段甲基化检测方法
特定DNA片段甲基化检测方法
特定DNA片段甲基化检测是一种常用的分子生物学技术，用于研究DNA甲基化的模式和程度。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，
它能够影响基因活化和基因沉默，从而对基因表达起重要调控作用。特定DNA片段的甲基化检测有助于我们理解基因调控网络以及一些重要疾病的
发生机制。
甲基化的特定DNA片段检测通常分为两个步骤：DNA提取和甲基化检测。DNA提取可以使用常规的基因组DNA提取方法，例如使用DNA提取试
剂盒，从组织样本或细胞中提取DNA，并对其进行纯化。此外，在进行
DNA甲基化检测前，还需要对DNA进行酶切，以获得特定片段的DNA。
甲基化的特定DNA片段检测有多种方法可供选择，包括甲基化敏感限
制性内切酶（MSRE）和甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）等。
甲基化敏感限制性内切酶（MSRE）方法是通过利用具有甲基化敏感性
的限制性内切酶来检测DNA片段的甲基化状态。这种方法的原理是：如果
目标DNA片段在位点上没有甲基化，则限制性内切酶会将目标DNA完全切割；而如果目标DNA片段在位点上被甲基化，限制性内切酶则无法将目标DNA切割为两个碎片。通过将切割后的DNA片段进行聚丙烯酰胺凝胶电泳
分析，可以确定目标DNA片段是否甲基化。
甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）是一种常用的DNA甲基化检测方法，也是通过PCR扩增来确定DNA片段的甲基化状态。这种方法的原理是：首先利用甲基化特异性的DNA转移酶或甲基化特异性聚合酶来对DNA进行
甲基化修饰，然后进行PCR扩增。甲基化特异性聚合酶在DNA甲基化状态
DNA甲基化谱图分析的步骤与技巧
DNA甲基化谱图分析的步骤与技巧
DNA甲基化是指DNA分子上的甲基基团（CH3）与DNA碱基之间的化学修饰。甲基化是真核生物中一种重要的表观遗传修饰方式，对基因的表达和细胞分化具有关键的调控作用。通过进行DNA甲基化谱图分析，我们可以深入了解DNA
甲基化模式及其在疾病发展中的关联。本文将介绍DNA甲基化谱图分析的步骤与
一些技巧。
DNA甲基化谱图分析步骤如下：
1. DNA提取：首先从样本（例如血液、组织）中提取DNA。目前常用的DNA 提取方法有酚-氯仿法、盐法和商用DNA提取试剂盒等。提取的DNA应具有足够
的纯度和质量。
2. 甲基化酶处理：将提取的DNA与DNA甲基化酶一起反应，使DNA上的未
甲基化位点与酶反应形成的底物结合。DNA甲基化酶有多种选择，如DNMT3A、DNMT1和M.SssI等。反应的时间和温度需要根据实验需求进行调整。
3. 甲基化位点富集：使用合适的方法富集DNA上的甲基化位点。常用的方法
包括甲基化特异性抗体富集、甲基化诱导剂富集和化学法富集等。这些方法都可有效提高甲基化位点的富集效率。
4. DNA测序：将富集后的甲基化DNA样本进行测序，生成原始的测序数据。
目前，常用的测序技术有二代测序技术如Illumina HiSeq和三代测序技术如PacBio SMRT。
5. 数据分析：利用生物信息学工具和软件分析原始测序数据，得到甲基化谱图。数据分析过程包括原始数据的质控、序列比对、甲基化位点识别和甲基化水平计算等。常用的数据分析工具包括Bismark、MethylKit和MethylC-seq等。
dna甲基化检测流程
dna甲基化检测流程
DNA甲基化检测流程一般分为以下几个步骤：
1. 样本采集：从人体组织、血液、唾液等不同来源采集样本。如血液，采用相关试剂盒提取DNA并进行纯化处理。
2. 甲基化处理：将DNA样本进行甲基化处理。方法包括化学处理或特定酶切技术切除未甲基化位点。
3. 扩增：利用PCR扩增目标DNA片段，甲基化位点将在PCR扩增的过程中得到保存。
4. 电泳：将PCR产物进行电泳分离，可根据其大小和电荷性质分类。
5. 分析：利用基因芯片技术或测序技术对PCR产物进行分析，以获取目标DNA序列中的甲基化位点信息。
6. 数据分析：根据分析结果，通过统计学分析、生物信息分析等方法分析数据，从而获得目标DNA序列中的甲基化位点的数量和分布情况信息。
经过以上步骤，就可以完成DNA甲基化检测流程。此检测流程主要用于基因组、表观遗传学等领域的研究和疾病诊断等方面的应用。
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DNA甲基化——试剂盒+抗体解决方案
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
一、DNA甲基化修饰相关产品
DNA甲基化修饰研究手段——DNA亚硫酸盐转化，使用亚硫酸氢钠将胞嘧啶转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶（5-mC）保持完整。即未甲基化的胞嘧啶残基被脱氨成尿嘧啶，甲基化的胞嘧啶（5-mC）残基不受影响，这使PCR扩增可将尿嘧啶视为胸腺嘧啶，将5-mC或5-hmC识别为胞嘧啶。这样便能够区分甲基化和未甲基化的胞嘧啶残基，从而提供有关DNA甲基化区域的单核苷酸分辨率信息。
要成功地进行DNA甲基化研究，必须进行完全转化，并减少通常由于严酷的化学反应而导致的DNA降解量。基于亚硫酸氢盐和亚硫酸氢钠的方法是用于研究DNA甲基化并帮助制备基因组DNA进行基因特异性DNA甲基化分析的常用方法。亚硫酸氢盐转化后通常是下游应用，在基因特异性基础上分析DNA甲基化的流行下游方法包括亚硫酸氢盐测序，甲基化特异性PCR（MS-PCR）和基于甲基化的微阵列。
整个转换过程中，高质量的DNA是至关重要的，因为转换过程中的酸性物质会破坏DNA。而对于大规模亚硝酸氢盐转化实验，高通量选择对于节省时间和降低成本至关重要。
此外，还有高通量DNA修饰试剂盒，EpiNext高灵敏度亚硫酸氢盐测序试剂盒（Illumina），一步法DNA 修饰试剂盒，Methylamp通用甲基化DNA试剂盒，Methylamp全细胞亚硫酸氢盐修饰试剂盒等。
二、甲基化DNA PCR & NGS 分析试剂盒
上面我们了解了DNA甲基化修饰相关的产品，也了解了DNA经过修饰后适用于下游分析：如亚硫酸氢盐测序、甲基化特异性PCR（MS-PCR）和基于甲基化的微阵列。是不是认为找产品太麻烦了？
三、甲基化DNA免疫沉淀
甲基化DNA免疫沉淀（meDIP）是一种基于抗体的大规模技术，用于富集和捕获甲基化DNA片段，可用于在基因组范围内进行基因特异性DNA甲基化研究。遵循meDIP方法，可以使用多种下游应用程序分析DNA甲基化，包括meDIP-PCR，meDIP-ChIP和meDIP测序。
我们来看看富集的效果，系列图分别对应p-1015，p-1038，p-1052
四、DNA甲基化抗体
具有良好特征和高度验证的DNA甲基化抗体和DNA去甲基化抗体可能有助于提高研究人员对DNA甲基化及其在疾病、细胞周期调控和胚胎发育中的作用的理解。如：
5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) Monoclonal Antibody [HMC/4D9]，A-1018，适用实验类型：DB, ELISA, hMeDIP, IF, IHC；
DNMT1 Monoclonal Antibody [60B1220.1]，A-1001，适用实验类型：ELISA, IF, IP, WB