拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析

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鸡卡氏杆菌的分离与16S rRNA基因的分析鉴定

鸡卡氏杆菌的分离与16S rRNA基因的分析鉴定田明星;林艳;邹年莉;李敏;黄勇【摘要】四川雅安某种鸡场种鸡出现消瘦,腹部膨大,肝脏肿大破裂出血,腹膜和输卵管炎为主要特征的疾病.为诊断和预防此病的发生,通过对细菌分离纯化、形态学观察、生化试验、药物敏感性试验鉴定出1株致病菌,应用通用引物对细菌的16S rRNA基因进行克隆和测序,测序结果于NCBI上进行BLAST比对,选择同源性较高的巴氏杆菌科15个属的29株细菌16S rRNA序列进行比对分析,构建遗传进化树.结果表明,分离纯化的细菌能在血平板上生长,革兰氏染色阴性短杆状,能发酵大多数糖和醇类,对头孢类抗生素敏感,16S rRNA序列与卡氏杆菌属细菌的同源性最高,在92.2%～99.5%之间,特别是与鸭卡氏杆菌同源在97.5%～99.5%之间.遗传进化树分析结果表明,该菌株与卡氏杆菌属细菌属于同一大分类群,与鸭卡氏杆菌位于同一个小分支,最终诊断该鸡场为卡氏杆菌感染.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)009【总页数】5页(P57-61)【关键词】卡氏杆菌;分离;鉴定;16S rRNA;同源性分析;遗传进化树【作者】田明星;林艳;邹年莉;李敏;黄勇【作者单位】四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物医学院,雅安,625014;四川农业大学动物疫病与人类健康四川省重点实验室,雅安,625014【正文语种】中文【中图分类】S852.61卡氏杆菌近几年成为危害鸡群重要的传染病之一,Hansen(1950)首次发现该菌,1960年定为溶血性巴氏杆菌。

Christensen等(2003)根据该细菌的微生物学和分子生物学特征,建议将过去归为输卵管炎放线杆菌、禽溶血性巴氏杆菌和鸭巴氏杆菌的细菌归为巴氏杆菌科中的一个新属—卡氏杆菌属。

库克氏菌鉴定方法及临床感染分析

库克氏菌鉴定方法及临床感染分析库克氏菌是一类革兰氏阴性杆菌，其属于假单胞菌科，常见于土壤、水体和植物表面等环境中。

然而，库克氏菌也可引发人类的感染，并造成一系列临床疾病，如呼吸道感染、脑膜炎和泌尿道感染等。

为了及时准确地鉴定库克氏菌，以及分析其在临床感染中的作用，科研人员和临床医生已经发展了各种方法与策略。

一、库克氏菌鉴定方法1. 细菌培养：为了鉴定库克氏菌，首先需要从临床样本中分离出细菌，并进行培养。

采集的样本可以包括血液、尿液、脑脊液等。

接下来，将样本应用于适当的培养基上，常用的培养基包括McConkey琼脂、亚硝酸盐蔗糖琼脂等。

然后，在适当的温度和湿度条件下培养菌落。

2. 形态学鉴定：观察菌落形态可以提供初步的鉴定信息。

库克氏菌的菌落一般呈灰白色、光滑或稍粗糙的表面。

此外，还可以考虑菌落的大小、形状和透明度等。

3. 生化试验：库克氏菌的生化试验是鉴定的关键步骤之一。

常用的试验包括氧化/发酵试验、代谢产物鉴定和酶活性检测等。

通过观察细菌在不同培养基上的生长特性以及代谢产物的检测，可以确定库克氏菌的类型。

4. 分子生物学方法：近年来，随着分子生物学技术的发展，利用PCR和序列分析等方法鉴定库克氏菌的准确性得到了极大提高。

通过分析库克氏菌特异的基因序列，如16S rRNA、gyrB和rpoB等，可以确诊细菌的类群归属。

二、库克氏菌的临床感染分析1. 呼吸道感染：库克氏菌是导致呼吸道感染的常见病原菌之一。

一些研究表明，库克氏菌对于患有慢性呼吸道疾病（如支气管扩张、肺脓肿等）的患者感染的风险较高。

临床上通常通过咳嗽、咳痰和胸部X射线检查等来诊断呼吸道感染。

2. 肠道感染：库克氏菌可引起肠道感染，尤其在免疫功能低下的患者中。

这种感染常导致腹泻、恶心、呕吐等症状。

临床医生通常通过分离与鉴定库克氏菌，并结合相关症状来确认肠道感染。

3. 化脓性感染：库克氏菌可引起多个器官的化脓性感染，如脑膜炎、关节感染和泌尿道感染等。

湖南省柑橘溃疡病菌gyrB和16S rRNA的扩增和序列分析

湖南省柑橘溃疡病菌gyrB和16S rRNA的扩增和序列分析作者：来源：《江苏农业科学》2016年第05期摘要：为了解湖南省不同地区柑橘溃疡病菌遗传多样性，从湖南省黔阳、祁阳、衡山、道县、茶陵、永兴、沅江、零陵8个柑橘主产区采集样本，分离病原菌，PCR扩增其gyrB基因和16S rRNA序列，阳性样品送样测序。

利用生物信息学软件，将测序结果与GenBank中柑橘溃疡病菌相近的黄单胞杆菌构建系统发生树，对比2个不同序列扩增的分辨率。

结果表明，gyrB基因比16S rRNA序列分辨率高；利用gyrB基因除了能分析亲缘较近的外源菌株，还能对同属但是生长地区有异的菌株进行更深入的区分。

关键词：柑橘溃疡病；遗传多样性；gyrB基因；16S rRNA中图分类号： S436.661.1+2文献标志码： A文章编号：1002-1302（2016）05-0076-031912年首次在美国发现[1]，中国相关最早的报道出现在1918年[2]。

至今全球已有30多个国家和地区报道发现了该病害，占世界柑橘种植国家和地区的50%以上[3-4]。

柑橘溃疡病对我国柑橘产业有较大影响，不仅降低了全国柑橘产量和品质，还制约了我国柑橘产业的发展[5]；其中发病严重的地区包括湖南、福建、广东、广西等。

柑橘溃疡病是一种细菌性病害，病原菌为地毯草黄单胞柑橘致病变种（Xanthomonas axonopodis pv. citri），病菌主要通过自然孔口和伤口感染健康植株。

该病菌在叶、枝梢及果实的病斑中越冬，翌年春条件适宜时从病部溢出，借风雨、昆虫传播，经寄主的气孔、皮孔和伤口侵入，使叶片、嫩梢和果实发病[6]。

叶片受害，开始在叶背产生针头大小的黄色、油渍状小点，后逐渐扩大。

同时，在叶片正反两面逐渐隆起成圆形病斑，病部表皮破裂，病斑木栓化如海绵状，表面粗糙，灰褐色。

其后中央凹陷并有细微轮纹，周围有黄色晕圈，在晕圈的内侧常有褐色釉光边缘，后期病斑中心开裂并且凹陷，呈火山口状。

实验一16SrRNA基因的PCR扩增电泳及系统发育分析

1.2kb 800bp
实验一16SrRNA基因的PCR扩增电泳及系统发育分析来自操作步骤成分水
10×GC Buffer dNTPs 16Sp1 16S p2
基因组DNA Taq酶
贮液浓度 ——
Mg2+ Plus 2.5mmol 10pmol/μl 10pmol/μl 100μg/ml
5U/μl
使用量(20μl体系) 14μl 2μl 0.5μl 1 μl 1μl 1μl 0.5μl
实验一16SrRNA基因的 PCR扩增电泳及系统发
育分析
2020/11/17
实验一16SrRNA基因的PCR扩增电泳及系统发育分析
实验内容
♣16S rRNA基因的PCR扩增、电泳及系统发育分析 ♣染色体步移法克隆已知序列的侧翼序列 ♣ 大肠杆菌β-半乳糖苷酶的诱导表达 ♣ 利用SDS-PAGE分析融合蛋白的可溶性 ♣ 绿色糖单胞菌的发酵及孢外酶的提取
1 AGAGTTTGAT CCTGGCTCAG GACGAACGCT GGCGGCGTGC TTAACACATG CAAGTCGAGC 61 GGTAAGGCTC CTTCGGGAGT ACACGAGCGG CGAACGGGTG AGTAACACGT GAGTAATCTG 121 CCCTCCACTT TGGGATAAGC CTCGGAAACG AGGTCTAATA CCGAATACGA CCACTTCCTG 181 CATGGGATGG TGGTGGAAAG TTTTTTCGGT GGGGGATGTG CTCGCGGCCT ATCAGCTTGT 241 TGGTGGGGTA ATGGCCTACC AAGGCTTCGA CGGGTAGCCG GCCTGAGAGG GTGACCGGCC 301 ACACTGGGAC TGAGACACGG CCCAGACTCC TACGGGAGGC AGCAGTGGGG AATATTGGAC 361 AATGGGCGGA AGCCTGATCC AGCAACGCCG CGTGAGGGAT GACGGCCTTC GGGTTGTAAA 421 CCTCTTTCAG CGGGGACGAA GCGCAAGTGA CGGTACCCGC AGAAGAAGCA CCGGCCAACT 481 ACGTGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGTAGGG TGCGAGCGTT GTCCGGAATT ATTGGGCGTA 541 AAGGGCTCGT AGGCGGTTTG TCGCGTCGGG AGTGAAAACA CCGGGCTTAA CTCGGTGCTT 601 GCTTTCGATA CGGGCAGACT AGAGGTATTC AGGGGAGAAC GGAATTCCTG GTGTAGCGGT 661 GAAATGCGCA GATATCAGGA GGAACACCGG TGGCGAAGGC GGTTCTCTGG GAATATCCTG 721 ACGCTGAGGA GCGAAAGTGT GGGGAGCGAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACACCG 781 TAAACGTTGG GCGCTAGGTG TGGGATCCAT TCCACGGGTT CCGTGCCGCA GCTAACGCAT 841 TAAGCGCCCC GCCTGGGGAG TACGGCCGCA AGGCTAAAAC TCAAAGGAAT TGACGGGGGC 901 CCGCACAAGC GGCGGAGCAT GCGGATTAAT TCGATGCAAC GCGAAGAACC TTACCTGGGT 961 TTGACATACA CCGGAAAGCT GCAGAGATGT AGCCCCTTTT AGTCGGTGTA CAGGTGGTGC 1021 ATGGCTGTCG TCAGCTCGTG TCGTGAGATG TTGGGTTAAG TCCCGCAACG AGCGCAACCC 1081 TCGTCCTATG TTGCCAGCAA GCCTTCGGGT GTTGGGGACT CATAGGAGAC TGCCGGGGTC 1141 AACTCGGAGG AAGGTGGGGA TGACGTCAAG TCATCATGCC CCTTATGTCC AGGGCTTCAC 1201 GCATGCTACA ATGGCCGGTA CAAAGGGCTG CGATCCCGTG AGGGGGAGCG AATCCCAAAA 1261 AGCCGGTCTC AGTTCGGATT GGGGTCTGCA ACTCGACCCC ATGAAGTCGG AGTCGCTAGT 1321 AATCGCAGAT CAGCAACGCT GCGGTGAATA CGTTCCCGGG CCTTGTACAC ACCGCCCGTC 1381 ACGTCACGAA AGTCGGCAAC ACCCGAAGCC GGTGGCCTAA CCCTTGTGGA GGGAGCCGTC 1441 GAAGGTGGGG CTGGCGTTTG GGACGAAGTC GTAACAAGGT AGCCGTA

16s rrna报告解读

16s rrna报告解读摘要：1.16s rRNA简介2.16s rRNA报告解读方法3.报告结果分析与应用4.报告的局限性与未来发展方向正文：随着分子生物学技术的发展，16s rRNA报告已成为微生物学、生态学等领域的重要研究手段。

16s rRNA是细菌核糖体的一部分，具有种属特异性，可通过高通量测序技术对微生物群落进行定性和定量分析。

本文将介绍16s rRNA报告的解读方法、结果分析与应用，以及报告的局限性与未来发展方向。

一、16s rRNA简介16s rRNA存在于细菌细胞中，负责蛋白质生物合成。

由于不同细菌物种的16s rRNA序列存在差异，可通过测定该序列对微生物进行分类和鉴定。

目前，16s rRNA测序已成为微生物多样性研究的主要手段。

二、16s rRNA报告解读方法1.序列分析：将测序得到的原始数据进行质控、比对、组装等处理，得到序列。

然后，通过序列之间的相似性分析，对微生物物种进行分类和鉴定。

2.生物信息学分析：基于序列数据，进行物种多样性、群落结构、代谢途径等分析。

常用的生物信息学工具包括MetaPhlAn、Kraken等。

3.统计分析：对生物信息学结果进行统计，评估样本间的差异性和相似性，为实验结果提供依据。

三、报告结果分析与应用1.物种多样性分析：通过统计不同物种的序列数量，评估样本中的微生物多样性。

2.群落结构分析：分析不同物种在样本中的相对丰度，揭示微生物群落的组成和变化。

3.功能基因分析：基于代谢途径和基因功能，分析微生物群落的代谢活性。

4.应用：16s rRNA报告可用于医学、环境、农业等领域的微生物学研究，为疾病诊断、环境保护、农业生产等提供科学依据。

四、报告的局限性与未来发展方向1.局限性：16s rRNA报告无法区分共生和病原微生物，且受样本制备和测序深度等因素影响。

2.未来发展方向：发展更高效的测序技术、生物信息学方法，以及整合多组学数据进行综合分析，提高报告的准确性和应用价值。

新生儿败血症细菌16SrRNA基因的分子生物学诊断

* 5项指标为CRP，mESR,WBC,PLT及I/T
讨论
新生儿败血症临床上缺乏特异指征，血培养虽是重要的诊断依据，但阳性率不高，所需时间长，不能达到早期诊断的目的。我们在细菌16SrRNA基因保守区内自行设计引物，建立了可检测所有细菌的16SrRNA基因PCR法，对检测菌株及临床血标本、人基因组DNA及巨细胞病毒进行PCR法扩增，经实验证明具有高度的特异性与敏感性，PCR最小DNA检出量1 pg(相当于3个细菌)，所有检测菌株均获371 bp的阳性DNA条带，不与人基因组DNA及病毒交叉反应。而且检测快速，6～8 h即可报告。经临床标本检测证明，若以血培养阳性为确诊败血症、5项指标2法项阳性为临床败血症的诊断标准，PCR法的灵敏度为88.9%，特异性为90.9%，正确诊断指数达0.798，说明16SrRNA基因PCR是一种有相当潜力和前途的诊断方法。同时，PCR法结果可进一步进行反相杂交，以区分细菌系革兰阳性菌抑或革兰阴性菌，可以指导临床用药。从而达到：(1)早期快速诊断新生儿败血症；(2)明确病原菌系革兰阳性或革兰阴性菌，为临床使用何类抗生素提供参考。
(五) 血培养及非特异5项指标均按临床常规方法进行。
四、统计方法
各方法检测结果用配对计数资料比较。诊断方法的比较采用流行病学的诊断标准计算其灵敏度，特异度，拟然比及正确诊断指数。
结果
一、16SrRNA基因PCR法的敏感性与特异性
用PCR法扩增20种检测菌株，经电泳在相当于371 bp处均可见一条DNA带。用人基因组DNA、巨细胞病毒扩增，未见阳性条带。说明与人基因组及病毒无交叉反应，对细菌具有较高的特异性。取大肠埃希菌所抽提的DNA作模板，1∶10定量稀释，PCR最小检出量为1 pg(10-12 g)。对20种检测菌株PCR产物进行反相杂交结果：20种菌株中，7株革兰阳性菌中，革兰阳性菌探针、通用探针阴性，革兰阴性探针阴性；13株革兰阴性菌中，革兰阴性菌探针、通用探针均阳性，革兰阳性菌探针阴性。反相杂交区分革兰阳性/革兰阴性菌结果与已知检测菌株全部符合。

利用16S rDNA部分序列聚类分析鉴定乳球菌

表１１１株乳酸菌的１６ＳｒＤＮＡ部分序列相似百分比（％）
２
３
４
５
６
７
８
９
１０
１１
１００９９．１６９９．３２８５．０８６．８９５．６８５．８７７．２８２．３７８．４
１００９９．４９８４．７８６．５９５．６８５．４７６．９８２．０７８．１
１００８４．８８６．５９５．６８５．５７７．０８２．１７８．２
０引言
随着分子生物学技术的不断发展，ＰＣＲ技术的日益完善，单独利用传统的表型分类和生理生化鉴定已经不能够准确的表明细菌间的遗传关系，所以通过对细菌基因类似度的分析来判断细菌的种属，就越来越受到人们的重视。早在上世纪６０年代末，Ｗｏｅｓｅ就开始采用寡核苷酸编目法对生物进行分类，他通过比较各类生物细胞的核糖体ＲＮＡ（ｒＲＮＡ）特征序列，认为１６ＳｒＲＮＡ及其类似的ｒＲＮＡ基因序列作为生物系统发育指标最为合适［１］。细菌的１６ＳｒＲＮＡ基因具有高度的保守性，不同科、属、种间细菌１６ＳｒＲＮＡ基因的同源性可达９７％以上［２］。
１材料与方法
１．１材料菌株由本实验室自牛乳中分离得到的Ｌ．ｓｐ．Ｆ００１。ＰＣＲ引物：根据乳酸球菌的１６ＳｒＲＮＡ基因序列
保守区域，利用ＰｒｉｍｅｒＰｒｅｍｉｅｒ５软件设计一对引物，
７Ｖｏｌ．３３，Ｎｏ．８２００５（ｔｏｔａｌ１７７）
研究报告ＲｅｓｅａｒｃｈＰａｐｅｒｓ
菌株１．Ｌ．ｓｐ．Ｆ００１２．ＮＣＤＯ６０７３．ＮＣＤＯ６０４４．ＮＣＤＯ２１８１Ｔ５．ＮＣＤＯ１８６９６．ＮＣＤＯ６１７７．ＮＣＤＯ２１５６８．ＮＣＦＢ２７７８９．ＡＴＣＣ４９３６７１０．ＡＴＣＣＢＡＡ!２８９１１．ＡＴＣＣ３３３１５

gyrB基因和16S rRNA基因序列分析在沙门菌属细菌鉴别中的临床应用评价

gyrB基因和16S rRNA基因序列分析在沙门菌属细菌鉴别中
的临床应用评价
张嵘;蔡加昌;张书梅;周宏伟;陈功祥
【期刊名称】《中华微生物学和免疫学杂志》
【年(卷),期】2007(027)004
【摘要】最近研究发现，gyrB基因是16S rRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因。

gyrB基因是编码DNA解旋酶B亚单位的基因，其显著优点是基因进化率较快，碱基替换频率较高，在相似细菌的检测和鉴别方面比16S rRNA基因更具优越性。

本实验以10株沙门菌为受试对象，
【总页数】2页(P368-369)
【作者】张嵘;蔡加昌;张书梅;周宏伟;陈功祥
【作者单位】310009,杭州,浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心;310009,杭州,浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心;310009,杭州,浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心;310009,杭州,浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心;310009,杭州,浙江大学医学院附属第二医院临床检验中心
【正文语种】中文
【中图分类】R3
【相关文献】
1.16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展
2.16S rRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究
3.16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌
4.
应用16S rRNA基因序列分析与细菌生化反应鉴定膝关节脓液分离的念珠状链杆菌5.基于16S rRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性
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16S rRNA甲基化酶导致的氨基糖苷类抗生素高水平耐药研究进展

16S rRNA甲基化酶导致的氨基糖苷类抗生素高水平耐药研究进展余方友【摘要】16S rRNA甲基化酶能够造成对包括阿贝卡星在内的所有氨基糖苷类抗生素耐药,并且为高水平耐药.自2003年在革兰阴性杆菌临床分离株中发现第一个质粒介导的16S rRNA甲基化酶ArmA以来,已发现7种质粒介导的16S rRNA甲基化酶,包括ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、RmtD、RmtE和NpmA.16S rRNA 甲基化酶基因通常和ESBL基因位于同一可转移的质粒上,造成多重耐药.世界各地在革兰阴性杆菌临床分离株中检测出16S rRNA甲基化酶,而我国分离的临床分离株中只检测出ArmA和RmtB.16S rRNA甲基化酶是导致革兰阴性杆菌临床分离株对氨基糖苷类药物高水平耐药的主要原因.【期刊名称】《实验与检验医学》【年(卷),期】2011(029)005【总页数】6页(P463-468)【关键词】革兰阴性杆菌;氨基糖苷类抗生素;16S rRNA甲基化酶【作者】余方友【作者单位】温州医学院附属第一医院检验科,浙江温州325000【正文语种】中文【中图分类】R446.5;R978.1;Q522+.3;Q939.92氨基糖苷类抗生素可以治疗革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌引起的感染，由于氨基糖苷类抗生素具有耳和肾毒性，在临床上的应用受到一定的限制。

氨基糖苷类抗生素具有浓度依赖性快速杀菌作用、与β-内酰胺类抗菌药物可产生协同作用、细菌的耐药率低、抗生素后效应较长等优点，它仍是目前临床常用的药物，广泛用于治疗革兰阴性杆菌所致的严重感染。

在治疗严重感染时，特别是由多重耐药菌株引起的严重感染时，单独使用氨基糖苷类抗生素治疗时可能疗效不佳，常需联合应用其他对革兰阴性杆菌具有强大抗菌活性的抗菌药物，如第三代头孢菌素及氟喹诺酮类药物等。

氨基糖苷类抗生素的使用同样面临着耐药问题，近年来，细菌对氨基糖苷类抗生素的耐药率不断上升。

细菌对氨基糖苷类抗生素产生耐药的机制主要由细菌产生氨基糖苷类药物钝化酶引起，如N-乙酰基转移酶、O-磷酸转移酶及O-腺苷转移酶[1-4]。

16s rdna序列 16s rrna基因序列

16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，是通过测定16s rDNA基因所编码的16s rRNA的序列而得到的。

在分子生物学和微生物学领域，16s rDNA序列被广泛应用于微生物分类、微生物多样性研究和微生物系统进化研究中。

本文将从以下几个方面对16s rDNA 序列进行介绍和分析。

一、成因和结构16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，它是细菌和古细菌核糖体小亚基rRNA基因的一部分，通常有约1500个核苷酸碱基对，可由16s rRNA基因编码。

这一序列在细菌和古细菌的核糖体RNA中起着重要的作用，它能够稳定地与核糖体蛋白结合，形成核糖体的小亚基，并参与到细菌和古细菌的蛋白质合成过程中。

二、意义和应用1. 微生物分类16s rDNA序列在微生物分类中具有重要意义，通过对16s rDNA序列进行测序分析可以鉴定和分类细菌和古细菌的种属和亚属。

这是因为16s rDNA序列在不同种属和不同亚属的细菌和古细菌之间存在一定的变异，可以作为分子生物学特征用于分类鉴定。

2. 微生物多样性研究通过对环境样品中的16s rDNA序列进行测序分析，可以了解微生物裙落的组成和结构，揭示微生物在自然界的分布和多样性。

这对于研究微生物的生态学、环境适应性和生态功能具有重要意义。

3. 微生物系统进化研究利用16s rDNA序列进行系统进化研究，可以揭示细菌和古细菌的系统发育关系和演化过程，为了解细菌和古细菌的起源、多样性和进化提供重要的分子学证据。

三、研究方法1. PCR扩增通常情况下，从细菌或古细菌的DNA中提取16s rDNA序列，然后利用PCR技术进行扩增。

通过选择适当的引物和反应条件，可以特异性地扩增出16s rDNA序列，为后续的测序分析做准备。

2. 测序分析测序是获取16s rDNA序列信息的关键步骤，目前常用的测序方法包括Sanger测序和高通量测序。

通过测序分析，可以获得16s rDNA 序列的具体碱基序列信息，用于后续的分类鉴定和系统进化研究。

16srRNA序列同源性分析与细菌系统分类鉴定（论文资料）

004　16s rRNA 序列同源性分析与细菌系统分类鉴定中国预防医学科学院营养与食品卫生研究所　(北京　100050)焦振泉　刘秀梅综述　孟昭赫审校摘要　本文介绍了16s rRNA 序列测定及同源性分析的方法,并阐述了其在细菌系统分类鉴定中的重要作用。

关键词　16s rRNA 序列同源性分析　细菌　分类鉴定近10多年来,随着分子生物学理论和技术的迅速发展,特别是作为生物技术里程碑的聚合酶链反应(PCR )技术的出现及核酸测序技术的不断完善,产生了许多新的分类方法,如:质粒图谱、限制性片段长度多态性分析、脉冲场凝胶电泳、PCR 指纹图、r DNA 指纹图、16s rRNA 序列分析等。

它们主要是对细菌染色体进行直接的DNA 分析或对染色体外的DNA 片段进行分析,从遗传进化的角度去认识细菌,从分子水平进行分类与鉴定,使细菌的分类越来越科学和精确,特别是16s rRNA 序列分析方法的出现使细菌进化可以通过试验研究来证实。

这是细菌分类史上的一次革命,必将使人们对生物进化及其与其它生物学科关系的认识更加深入。

1　16s rRNA 的结构与性质16s rRNA 为原核生物核糖体中一种核糖体RNA 。

目前,在细菌的系统分类学研究中最有用的和最常用的分子钟是rRNA ,其种类少,含量大(约占细菌RNA 含量的80%),分子大小适中,存在于所有的生物中,特别是其进化具有良好的时钟性质,在结构与功能上具有高度的保守性,素有“细菌化石”之称。

rRNA 在大多数原核生物中都具有多个拷贝[1],5s 、16s 和23s rRNA 的拷贝数相同[2],16s rRNA 由于大小适中,约115kb 左右,既能体现不同菌属之间的差异,又能利用测序技术来较容易地得到其序列,故被细菌学家及分类学家所接受[3]。

所以,“细菌系统学研究特设委员会”建议依据系统发育关系分类。

通过对其序列的分析,可以判定不同菌属、菌种间遗传关系的远近。

黄颡鱼小肠结肠炎耶尔森氏菌16SrDNA及系统发育分析

黄颡鱼小肠结肠炎耶尔森氏菌16SrDNA及系统发育分析苟小兰1，王利1*，黄艳青2（1.西南民族大学生命科学与技术学院动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室，四川成都610041 2. 中国水产科学研究院东海水产研究所，上海，200090）摘要：从发病黄颡鱼心脏中分离到1株细菌GM2402，对该菌株进行分离培养、形态学观察、生理生化试验与16S rDNA基因的PCR扩增及序列分析。

结果表明，菌株GM2402为革兰氏阴性杆菌，具动力性，V-P试验、水杨酸、过氧化氢酶、脲酶等阳性，不发酵鼠李糖、乳糖等，硫化氢、枸椽酸盐等阴性。

16S rDNA序列长1417bp，GenBank中的登录号是JX101598，且与数据库中小肠结肠炎耶尔森氏菌（Yersinia enterocolitica）的相似性高达99.6%，系统发育树显示与小肠结肠炎耶尔森氏菌聚为一个分支。

综合菌株GM2402的生化特性及分子生物学分析结果，判定菌株GM2402为小肠结肠炎耶尔森氏菌,为水生动物致病菌的分子鉴定积累了参考资料。

关键词：黄颡鱼；小肠结肠炎耶尔森氏菌；16SrDNA；系统发育分析Phylogenetic Analysis and 16S rDNA of Yersinia enterocoliticaIsolated from Yellow Cartfish（Pelteobagrus fulvidraco）GOU Xiao-lan1, WANG Li1*, HUANG Yanqing2(1.Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of State Ethnic Affairs Commission & Ministry of Education, College of Life Science and Technology, Southwest University for Nationalities , Sichuan Chengdu 610041 2.East China Sea fisheries Research Institute，Chinese Academy of Fishery Sciences, Shanghai 200090)Abstract:One bacteria strain named GM2402 was isolated from the heart of natural diseasedyellow cartfish (Pelteobagrus fulvidraco), the strain was identified according to its morphologicalcharacteristics, physiology and biochemistry experiments, as well as, PCR amplification of 16SrDNA genes and sequence analysis. The results showed that strain GM2402 was Gram-negativebacterium, the ability to movement and MR-VP, salicylic acid, catalase and urease were positive,but L-rhamnose, Galactose, H2S and citrate salt were negative. 16S rDNA sequence of strainGM2402 was 1417bp and accession number was JX101598. Strain GM2402 shared 99.6%identity with Yersinia enterocolitica strains in GenBank database. Phylogenetic tree demonstratedthat strain GM2402 was gathered into one cluster with Y. enterocolitica. Both biochemicalcharacter and molecular analysis were proved that strain GM2402 was Y. enterocolitica. It willbenefit the identification of Y. enterocolitica in aquatic animals.Keywords:Pelteobagrus fulvidraco; Yersinia enterocolitica; 16S rDNA; phylogenetic analysis黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）又名黄腊丁，属鲶形目，鲿科黄颡鱼属，广泛分布在我国各种水域中，是重要的淡水经济鱼类。

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用何艳霞;向诗非;李浇;何金蕾;张俊荣;袁冬梅;秦翰霄;陈达丽;陈建平【摘要】为对比16S rRNA和rpoB基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpoB基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpoB基因片段,并测序进行系统发育分析.结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致.基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝.因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpoB基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系.【期刊名称】《微生物学杂志》【年(卷),期】2016(036)004【总页数】9页(P27-35)【关键词】铜绿假单胞菌;16S rRNA;rpoB【作者】何艳霞;向诗非;李浇;何金蕾;张俊荣;袁冬梅;秦翰霄;陈达丽;陈建平【作者单位】四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;湖北民族学院医学院寄生虫学教研室,湖北恩施445000;湖北民族学院附属民大医院风湿免疫科,湖北恩施445000;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041;四川大学华西基础医学与法医学院寄生虫学教研室,四川成都610041【正文语种】中文【中图分类】Q939.11+2铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)广泛分布于自然界，是一种条件致病菌，可感染人体的任何部位和组织，出现局部化脓性炎症。

牛奇异变形杆菌的分离鉴定及16SrRNA基因系统发育分析

亡，症状以腹泻为主，病牛消瘦，食欲废绝，粪便稀稠，后肢粪
采用药敏片琼脂扩散法（Ｋ—Ｂ法）对分离到的菌株进行试
污严重，部分病牛有单肢或多肢关节肿胀，病牛呆立不动或卧地验，取培养１８ｈ的营养肉汤培养液５００ｕｌ均匀涂布于营养琼脂平
畜禽养殖有较大危害，因此对ＰＭ的研究具有重要的公共卫生学意录。及时解剖观察发病死亡小鼠，再从发病死亡小鼠进行细菌分
义。
离。
２０１７年６月某肉牛场有部分断奶犊牛相继发病，出现零星死１．７药敏试验
敏感，而对ｐ内酰胺类大部抗生素和磺胺类抗生素耐药；分离株１６ＳｒＲＮＡ基因序列在ＧｅｎＢａｎｋ进行Ｂｌａｓｔ比对，与公布的序列同源高达９９．０％，系统发育树中ＫＭＤ３与１３个代表菌株均属同一分支，且与鼠源（ＨＱ１６９１ｌ８．１）、牛源（ＪＱ９７５９０７．１）、山羊源（ＫＰ４０１７６７．１）同源性达１００％。结论：此次分离菌株ＫＭＤ３是奇异变形杆菌，具有较强的致病性和耐药性，该菌是造成此次断奶犊牛发病的主要原因。
肿大，肾脏乳头、肾盂出血，膀胱黏膜有出血点。为了解此次疫１．８１６ＳｒＲＮＡ的扩增及序列测定
病的主要病因，对病死牛采集病料进行检测。

诺卡菌鉴定技术

诺卡菌鉴定技术全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：诺卡菌是一种常见的真菌，被广泛应用于科研领域和生物制药行业。

诺卡菌鉴定技术是一种通过对该菌进行特定的检测和分析，以确定其种属和特性的技术。

这种技术在保障食品安全、医药研发、环境监测等领域起着重要作用。

诺卡菌鉴定技术包括了多种方法，如传统的形态学鉴定、分子生物学鉴定和生化鉴定等。

在传统的形态学鉴定方法中，通过观察菌株在琼脂培养基上的生长形态、孢子形态等特征来鉴定其种属。

这种方法简单直观，但有时会受到环境因素和培养条件的影响，容易出现误判。

传统鉴定方法逐渐被分子生物学鉴定和生化鉴定技术取代。

分子生物学鉴定技术是通过对菌株DNA进行序列分析，以识别其物种和亚种的方法。

常用的分子生物学鉴定技术包括PCR法、序列比对法、序列标记法等。

这些技术具有高度的准确性和灵敏度，可以快速鉴定出待测菌株的种属和品种信息。

生化鉴定技术则是通过检测菌株代谢产物或生化反应的变化来鉴定其种属和特性。

除了传统的鉴定方法外，近年来还出现了一些基于人工智能和机器学习的新型鉴定技术。

这些技术通过建立模型、训练算法来快速、准确地识别不同种属的诺卡菌。

这种技术有助于提高鉴定的效率和准确性，为相关领域的研究和应用提供了更多的可能性。

诺卡菌鉴定技术在生物制药领域有着广泛的应用。

诺卡菌是一种重要的生物材料，可以被用来生产抗生素、酶类、蛋白质等生物制品。

通过对不同种属的诺卡菌进行鉴定，可以选择出适合特定生产工艺和要求的菌株，从而提高生产效率和产品质量。

诺卡菌鉴定技术还可以在食品安全、环境监测等领域发挥重要作用。

通过对食品和环境中的诺卡菌进行鉴定，可以有效预防和控制食源性、环境传播性疾病的发生。

诺卡菌鉴定技术是一种重要的生物技术，具有广泛的应用前景和发展潜力。

随着科技的进步和技术的不断完善，相信诺卡菌鉴定技术在未来会发挥更加重要的作用，为保障食品安全、医药研发和环境监测等领域提供更多有力的支持和保障。

拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析

ｒＮＲＡ基因更具优越性。
关键词：拟诺卡氏菌属；系统发育分析；ＳｒＮ基因；家基因１Ａ６Ｒ看
中图分类号：Ｑ３９９文献标识码：Ａ文章编号：０１２９（０７０．９１５００ — ０２０）６０５ — ６０
１１１菌株：．．实验所用菌株见表ｌ。１１２培养基和菌的培养：Ｙ（萄糖４／，．．ＧＭ葡ｇＬ酵
母膏４／，芽膏１ｇＬＣＣ３ｇＬ琼脂糖２ｇＬｇＬ麦０／，ａＯ／，２０／，
ｐ７４）２ ℃ 下培养。２株耐碱菌（ｏａｄｏｓＨ．，８Ｎｃｒｉｉｐｓ
基因，码ＲＡ聚合酶的Ｊ亚基，转录中负责编Ｎ３在ＲＡ合成；ｏＮｓｄ基因，码超氧化物歧化酶，氧编超
化物歧化酶可以催化超氧阴离子的歧化反应产生氧分子和过氧化氢。通过与１ＳｒＮ６ＲＡ基因分析结果的比较，对拟诺卡氏菌属各物种间的系统发育关
系进行了全面地阐释。
性较高，半以上有效种的新种地位必须借助于一
ＤＡＤＡ杂交的结果。因此，６ＮＮ —Ｎ１ＳｒＡ基因的高度Ｒ保守性在该属的系统分类中成为了比较突出的缺
点。８０年代以来，在原核生物的系统发育分析及分
１材料和方法

哈维弧菌16S rRNA基因拷贝数的种内变异

（ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＥｄｕｃａｔｉｏｎＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＡｐｐｌｉｅｄＭａｉｒｎｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＮｉｎｇｂｏＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎｉｎｇｂｏ３１５２１１，Ｃｈｉｎａ）
哈维弧菌１６ＳｒＲＮＡ基因拷贝数的种内变异
郑嘉来，阎永伟，唐姝，杨坤杰，李长红，王凯，张德民
（宁波大学应用２１１）
摘要利用荧光定量ＰＣＲ法测定哈维弧菌（ｍｒｉｏｈａｗｅｙｉ）基因组内１６ＳｒＲＮＡ基因拷贝数。基于１６ＳｒＤＮＡ、
和６个测试菌株ＳＸＢ－Ｃ、ＳＣＢ－４、ＮＢＶ０００２９、ＮＢＶ０００３５、ＮＢＶ０００３９和ＮＢＶ００２６９的拷贝数分别为９、１２、１３、１２、ｌ１、ｌ３
和９个。利用荧光定量ＰＣＲ法测定哈维弧茵基因组内１６ＳｒＲＮＡ基因拷贝数的方法简单可行。哈维弧菌１６ＳｒＲＮＡ
ＺＨＥＮＧＪｉａ — ｌａｉ，ＹＡＮＹｏｎｇ — ｗｅｉ，ＴＡＮＧＳｈｕ，ＹＡＮＧＫｕｎ－ｊｉｅ，
ＬＩＣｈａｎｇ — ｈｏｎｇ，ＷＡＮＧＫａｉ，ＺＨＡＮＧＤｅ — ｍｉｎ

16srdna菌种鉴定原理

16srdna菌种鉴定原理宝子！今天咱来唠唠16S rDNA菌种鉴定原理，这可超级有趣呢！在微生物这个超级微小又超级神秘的世界里，要想知道一个小细菌到底是啥种类，就像在一个超级大的人群里找到一个人的身份一样难。

不过呢，微生物们有它们自己独特的“身份证”，这个“身份证”就是16S rDNA啦。

16S rDNA是啥呢？它其实是细菌的核糖体RNA（rRNA）的一个亚基的基因序列哦。

你可以把细菌想象成一个小小的工厂，那核糖体就是这个小工厂里生产蛋白质的超级重要的“机器”。

16S rDNA就像是这个“机器”的一部分的设计蓝图，而且这个蓝图在不同种类的细菌里是有区别的呢。

就好比不同品牌的手机，它们内部的一些小零件的设计是不一样的。

16S rDNA在不同细菌里长度大概在1500个碱基对左右，这里面有一些区域是非常保守的，就像手机都有屏幕这个基本的部件一样。

而还有一些区域呢是可变的，就像不同手机品牌的屏幕可能在分辨率、色彩显示等方面有差别。

这些保守区和可变区组合起来，就成了细菌独一无二的特征啦。

那科学家们怎么利用16S rDNA来鉴定菌种呢？他们就像侦探一样哦。

首先得把细菌的16S rDNA这个基因序列从细菌里提取出来。

这就有点像从一个神秘的小盒子里找出特定的小纸条一样。

提取出来之后呢，就要对这个基因序列进行测序啦。

测序就像是把小纸条上的字一个一个读出来，然后记录下来。

得到这个基因序列之后，就可以和数据库里已经知道的各种细菌的16S rDNA序列进行比对啦。

数据库里有超级多不同细菌的“身份证信息”呢。

这就好比是拿着我们刚得到的小纸条，去一个巨大的图书馆里找有没有一样或者相似的纸条。

如果找到很相似的，那就可以大概率判断这个细菌是属于哪一类啦。

而且呀，16S rDNA鉴定菌种有好多优点呢。

它在细菌里广泛存在，几乎所有的细菌都有这个“身份证”。

这就像每个人都有自己的身份证一样普遍。

而且这个方法相对来说比较简单，不需要特别复杂的仪器设备就能做初步的鉴定。

乳酸片球菌16SrRNA基因和片球菌素基因的克隆及序列分析的开题报告

乳酸片球菌16SrRNA基因和片球菌素基因的克隆及
序列分析的开题报告
一、研究背景
乳酸菌是一类广泛存在于天然界中并被广泛利用的微生物，其菌群
形态多样，一般呈球形或梭形，同时拥有许多生物活性，如促进食品发酵、改良肠道微生物群结构等。

尤其是乳酸菌可以分泌出大量有益物质，其中片球菌素是一种常见的抗菌物质，被认为是乳酸菌最有价值的物质
之一。

乳酸菌的基因克隆与序列分析不仅有助于深入解析乳酸菌的遗传特性，还有利于研究乳酸菌产生片球菌素等生物活性物质的机制，为乳酸
菌的应用和开发提供了深入的理论和实验基础。

二、研究内容
本研究旨在利用分子生物学方法克隆乳酸片球菌的16SrRNA基因和片球菌素基因，并进行序列分析。

具体内容包括：
1. 从已知的乳酸片球菌菌株中提取基因组DNA。

2. 根据已有信息设计引物，扩增16SrRNA基因和片球菌素基因片段。

3. 将扩增产物克隆到载体中，转化至大肠杆菌中进行PCR扩增。

4. 纯化重组质粒，进行序列测定和分析。

5. 基于已知的乳酸片球菌和片球菌素的基因序列，进行多序列比对
和系统进化分析。

三、研究意义
通过对乳酸片球菌和片球菌素的基因序列分析，可以深入理解乳酸
菌的遗传特性，加深对片球菌素生物合成机制的认识。

同时，本研究也
为乳酸菌的应用和开发提供了理论和实验基础。

同时，研究结果还可以
为乳酸菌在食品发酵、保健品研发等领域的应用提供新思路，具有实际应用价值。