核酸数据库链接
NCBIblast使用教程
Blast简介（一）
BLAST 是由美国国立生物技术信息 中心（NCBI）
开发的一个基于序列相似性的数据库搜 索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工 具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。
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Blast简介（二）
Blast 是一个序列相似性搜索的程序包， 其中包含了很多个独立的程序，这些程序 是根据查询的对象和数据库的不同来定义 的。比如说查询的序列为核酸，查询数据 库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择 blastn程序。
2.其他站点：
/blast/ /ncbi_blast.html /blast/（果蝇）
…
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Blast结果给出的信息
Blast结果会列出跟查询序列相似性比较 高，符合限定要求的序列结果，根据这些 结果可以获取以下一些信息。 1.查询序列可能具有某种功能 2.查询序列可能是来源于某个物种 3.查询序列可能是某种功能基因的同源基因 … 这些信息都可以应用到后续分析中。
1.基本概念 相似性，同源性 2.Blast介绍 Blast资源和相关问题 3.Blast的应用 网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
3
生物序列的相似性
相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适 的度量。比如说，A序列和B序列的相似 性是80％，或者4/5。这是个量化的关 系。当然可进行自身局部比较。
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Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键词， 或者选择特定物种
一些过滤选项，包括简 单重复序列，人类基因 组中的重复序列等
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
DDBJ数据库使用介绍
FEATURES是对序列的注释，标明的是该序列的 一些基本特征，source标明的是该序列来源，CDS 指示读者如何将两个序列连接在一起，或如何根据 核苷酸序列以及基因编码得到氨基酸序列。
BASE COUNT标明该序列中各种碱基的数量。 ORIGIN标明该序列的所有碱基的排列顺序如何，每行 60个。 //标明该序列的有关信息到此结束。
构系统;
Sequence submission(序列提交)
Sequence submission(序列提交)
SAKURA
Sequence submission(序列提交)
主要有三个途径：
• Nudeotide sequence submission system(以前称 SAKURA):核酸序列提交系统
"circular"； • VRL是分类，目前有HUM,PIR,ROD,PAT,ENV,SYN等
21种分类； • 02-MAR-1999是该序列的最新变更日期。
DEFINITION行也称为“DEF”行，用以说明生物的背 景，基本上有8种不同的描述形式。
• 序列的检索号，是从数据库中检索一个记录的主 要关键词，检索号码采取下列两种方式之一： 1+5或2+6格式。1+5格式是指1个大写字母后跟5 位数字；2+6格式是指2个大写字母后跟6位数字 。
人类激酶类的核酸序列检索结果
AJ224694
DDBJ数据库标准文件格式介绍
• LOCUS行为该序列的标识符行; • AJ224694是检索号，该序列在数据库中的唯一标识 • 608bp是该序列的长度； • DNA是该序列的分子类型，可分为DNA, RNA,
mRNA, rRNA, tRNA, or cRNA； • linear是该序列的分子形式，可分为"linear" 和
NCBI使用方法
NCBI的责任 1.使用数学和计算机方法在分子水平上开展基础生物 医学课题研究 2.保持与NIH (National Institutes of Health 国家卫生研究 所)内的其它机构以及学术界、工业领域、政府相关 部门的合作 3.通过会议、讨论组、系列讲座以促进科学交流 4.通过NIH内部的研究计划，开展计算生物学基础和 应用领域的博士后研究 5.通过科学访问学者计划，组织国际间的生物信息学 研究和学习。 6.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和 软件的使用。 7.数据库，数据记录与交换，生物命名的标准化 系统的建立
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家， 分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家和 结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用 的研究。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平 上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织， 序列的分析和结构的预测。目前研究计划的一些代表是： 检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构 单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学 模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数 据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库， 序列相似性的统计显著性评估的数学模型和文本检索的矢量 模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究 所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助 理解那些控制健康和疾病的基本分子和遗 传过程。此外，NCBI还负责开发自动化系 统用于存储、分析关于分子生物学、生物 化学、遗传学等方面知识信息；通过研究和 医学团体所提供的软件和数据库使得其得以 利用；收集国内外生物技术信息资源；开展 基于计算机信息处理过程高级方法研究，用 于分析生物大分子的结构和功能。
怎么使用NCBI[1]
![怎么使用NCBI[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/9d8d06d3bceb19e8b8f6bab5.png)
怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url][/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
一步一步教你使用NCBI数据库资源
一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。
那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。
烟草核酸数据库管理系统操作手册
04
数据库管理
数据库创建与删除
创建数据库：通 过SQL语句或图 形界面创建新的 数据库
删除数据库：在 数据库管理系统 中选择要删除的 数据库，执行删 除操作
注意事项：在删 除数据库之前， 需要确保数据库 中没有重要数据 或已备份数据
权限要求：只有 具有相应权限的 用户才能创建或 删除数据库
数据库连接配置
全问题
系统监控问题解决方案
监控软件故障：重新启动监控软件或更换软件版本 监控硬件故障：检查硬件设备是否正常工作，如有问题及时更换 网络问题：检查网络连接是否正常，如有问题及时修复 数据异常：定期对数据库进行备份和恢复操作，确保数据安全
感谢观看
汇报人：XX
API导入：使用提供的API接口， 按照指定格式导入数据
批量导入：支持批量导入数据， 提高导入效率
自动导入：系统自动从指定数 据源抓取数据并导入
数据导出方式及步骤
导出方式：Excel、 CSV、SQL等
导出步骤：选择导 出方式、选择导出 数据范围、设置导 出参数、执行导出 操作
注意事项：确保导 出的数据准确无误 ，避免数据丢失或 损坏
常见问题及解决方 案：遇到导出问题 时，可查看系统日 志或联系技术支持 获取帮助
数据转换与迁移
数据导入：支持多种格式，如CSV、Excel等 数据导出：支持导出为PDF、Word、Excel等格式 数据转换：支持数据格式转换，如CSV转Excel等 数据迁移：支持数据迁移到其他数据库或系统
数据同步与更新
数据库类型：选 择适合的数据库 类型，如 MySQL、 Oracle等
数据库连接URL： 提供数据库的连接 地址和端口号
用户名和密码：输 入正确的数据库用 户名和密码
生物信息学常用核酸蛋白数据库
（8）dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms)
单核苷酸多态性数据库
/sites/entrez?db=snp
/Taxonomy/taxonomyhome.html
文献Agricola
/
http://www.epd.isb-sib.ch/
2、蛋白质数据库
/swissprot
（2）TrEMBL (Translation of EMBL)
/swissprot/
（3）PIR (Protein Information Resource)
（6）Prosite
/prosite
3、结构数据库
（1）PDB (Protein Data Bank)
（2）NDB（Nucleic Acid Database）
/
（3）DNA-Binding Protein Database
（5）dbGSS (Database of Genome Survey Sequences)
/dbGSS/index.html
（6）HTG (High-Throughput Genomic Sequences)
/HTGS/
（9）EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
/embl
（10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html
启动子（11）EPD (Eukaryotic Promoter Database)
/
（4）SWISS-3D IMAGE
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个包含大量基因组学、生物信息学等相关数据和工具的数据库。
其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，可用于在数据库中搜索相似序列。
一、BLAST简介BLAST是一种基于序列比对的方法，可用于确定一给定序列与数据库中序列的相似性。
其工作原理是将查询序列与数据库中的序列进行比对，并生成一个比对得分来衡量它们之间的相似程度。
通过BLAST的结果，可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息，从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。
二、使用方法1. 打开NCBI网站首先，打开浏览器，输入NCBI的网址（https:///），进入NCBI的官方网站。
2. 进入BLAST页面在NCBI的主页上，找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项，并点击进入BLAST页面。
3. 输入查询序列在BLAST页面上，找到“Enter Query Sequence”或“Enter accession number, gi, or FASTA sequence”等文本框，将需要查询的序列输入其中。
可以直接复制粘贴序列，或选择上传文件的方式输入。
4. 选择数据库在BLAST页面上，找到“Choose Search Set”或“Database”等选项，选择需要比对的数据库。
NCBI提供了多个数据库，如“nr”（非冗余蛋白数据库）、“nt”（非冗余核酸数据库）等，根据研究需要选择合适的数据库。
5. 设置参数根据需要，可以通过“Algorithm parameters”等选项来设置比对参数，如设置匹配的阈值、比对的方式等。
6. 运行BLAST设置完成后，点击“BLAST”或“Run BLAST”等按钮运行BLAST。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI 简介1.NCBI 的定义和作用2.NCBI 的主要数据库二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询2.蛋白质数据库查询3.核酸序列数据库查询4.文献数据库查询三、NCBI 工具使用方法1.BLAST 工具2.ClustalW 工具3.Primer-BLAST 工具四、NCBI 的高级功能1.基因变异数据库查询2.基因表达数据库查询3.基因组数据库查询正文：一、NCBI 简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物科学和生物医学研究的公共资源网站。
它包含了大量的生物学和医学信息，为科研工作者提供了便捷的生物信息学资源。
NCBI 的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询基因数据库（Gene Database）是NCBI 的核心数据库之一，包含了大量已知的基因信息。
用户可以通过基因名称、序列标签、转录因子结合位点等信息进行查询。
查询结果包括基因的详细信息、基因序列、表达数据等。
2.蛋白质数据库查询蛋白质数据库（Protein Database）包含了大量已知的蛋白质信息，包括蛋白质序列、功能域、结构域等。
用户可以通过蛋白质名称、序列、功能等信息进行查询。
查询结果包括蛋白质的详细信息、序列、结构等。
3.核酸序列数据库查询核酸序列数据库（Nucleotide Database）包含了大量已知的核酸序列信息，包括基因组序列、cDNA 序列等。
用户可以通过序列名称、物种等信息进行查询。
查询结果包括核酸序列的详细信息、序列等。
4.文献数据库查询文献数据库（PubMed Database）是生物医学领域的文献摘要数据库，收录了大量的生物学和医学文献。
用户可以通过关键词、作者、杂志等信息进行查询。
查询结果包括文献的详细信息、摘要等。
NCBI及GeneBank介绍(CHENGWEI)-20130327
3. 检索事例
检索号：JX984951 Norovirus Hu/GII.4/GZ2010L88/Guangzhou/CHN/2011 capsid protein (VP1) gene, complete cds
cds：Coding sequence.
电子显微镜下 诺如病毒形态
诺如病毒三维结构
5.NCBI热门资源——UniGene
• 被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个 代表一种特定已知的或假设的物种基因， 有定位图和表达信息以及同其它资源的交 叉参考。序列数据可以以cluster形式在 Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP 站点repository/UniGene目录下下载，以及GenBank。
• 2007年有12.5million sequence,over 430 different organisms. • /nucest/
5.NCBI热门资源——STSs 序列（测序）标签位点
限制分子类型
排除（exclude） 某种类型的序列
2.6. 核苷酸序列数据库三大子数据库
1.EST（ Expressed Sequence Tags） :表达序 列标记数据库。 2.GSS （Genome Survey Sequences）:基因组测 序序列数据库。
3.Nucleotide :包含所有未被以上两个子数据库 收录的核苷酸序列
以及欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库 一起，都是国际核苷酸序列数据库集团的成 员。
2.2. PubMed
PubMed comprises more than 22 million citations for biomedical literature from MEDLINE（（美）联机医学文献分析和检索 系统）, life science journals, and online books. Citations may include links to PubMed由源自（美）联机医学文献分析 full-text content from PubMed Central 和检索系统、生命科学杂志和网上图书的 and publisher web sites. 超过22,000,000篇生物医学引文组成。引 文也可能链接自PubMed Central 和出版 商网站的全文。
核酸数据库
生物科学09 0909503127 陈晓敏一、1、GenBank 数据库GenBank是NIH遗传序列数据库(/)，它收集了可以公开获得的DNA 序列和注释。
该数据库的容量以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。
目前拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。
GenBank核酸序列数据库涵盖了从完整基因组到单个基因等序列数据及部分注释信息，称一次数据库。
此外，还有些更有针对性的基因组资源，或称专用数据库。
这些专用数据库既包括了上述一次数据库的部分数据，也包括从其它数据库资源获得的信息或交叉链接。
这种专门数据库主要分为两大类，一类是模式生物基因组数据库，另一类则与特殊的测序技术有关。
这类数据库尽管也包含序列数据，但它们的特色主要是为某一特定的模式生物提供一个完整的数据资源，如酵母（Saccharomyces cerevisiae）、线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophila melanogaster）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）、幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）等。
这些数据库从各个不同层次上搜集整理有关信息，以便对某个模式生物全基因组有一个更加完整的了解。
2、EMBL（/embl/）是欧洲主要的核苷序列收集单位。
这个数据库是由欧洲生物信息中心EBI（欧洲分子生物学实验室（EMBL）在德国 Heidelberg 的站点）维护的。
核苷数据来自基因组测序中心、个别科学家、欧洲专利局、以及跟合作伙伴DDBJ (Japan)和GenBank (USA)交换的数据。
为了达到最佳的同步性，每天在DDBJ/EMBL/GenBank之间都要交换最新的数据。
用户只要进入任意一个数据库都能得到最新数据。
这三个数据库之间坚持统一的文件指导方针，它规范了数据库登录的内容和语法。
这种指导方针确保了这些数据库的信息以一种格式便捷的交换，它与当今的生物信息学软件兼容，反映了分子生物学领域的发展。
DDBJ数据库使用介绍
TXsearch（Taxonomy Retrieval）
• 定义好每页的记录显示数及结果显示格式后，点 击search按钮，得到初步检索结果。初步检索结 果提供所检索词的详细信息，如其完整的家系名 称、该词的其它名称、遗传密码等；同时还可点 击“Go to lower taxa”、“Get sequence(s) related to this taxon”了解该词的下级分类词或获取该词 的相关序列信息。
人类激酶类的核酸序列检索结果
AJ224694
DDBJ数据库标准文件格式介绍
• LOCUS行为该序列的标识符行; • AJ224694是检索号，该序列在数据库中的唯一标识 • 608bp是该序列的长度； • DNA是该序列的分子类型，可分为DNA, RNA,
mRNA, rRNA, tRNA, or cRNA； • linear是该序列的分子形式，可分为"linear" 和
Workflow
数据查询、分析（search ∕analysis）
Database search(数据库搜索)
Getengry（登录号检索）
Getengry（登录号检索）
• 通过登录号来检索 DDBJ核酸序列数据库，最多 可同时输入10个号码进行检索，各号码之间用空 格或“，”加以分隔，连续号码可用“-”表示多个连 续的号码，举例如下：D11111 D11112 D11113 D11114 或 D11111， D11112， D11113， D11114 或D11111- D11114 或D11111- 4。
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41112序列数据库--核酸序列数据库
下面分别介绍EMBL和GenBank的数据 库结构
GenBank数据库结构
完整的GenBank数据库包括 序列文件 索引文件 其它有关文件
索引文件是根据数据库中作者、参考 文献等建立的，用于数据库查询。
GenBank序列文件
GenBank中最常用的是序列文件 序列文件的基本单位是序列条目，包括
根据协议，这三个数据中心各自搜集世界各国 有关实验室和测序机构所发布的序列数据，并 通过计算机网络每天都将新发现或更新过的数 据进行交换，以保证这三个数据库序列信息的 完整性。
三个数据库中的数据基本一致，仅在数 据格式上有所差别，对于特定的查询， 三个数据库的响应结果一样。
这三个数据库是综合性的DNA和RNA 序列数据库，每条记录代表一个单独、 连续、附有注释的DNA或RNA片段。
frames were determined using GeneMark software, kindly supplied by
FEATURES source
promoter promoter promoter gene CDS
… BASE COUNT
Location/Qualifiers 1..4639221 /organism="Escherichia coli" /strain="K-12“ /sub_strain="MG1655" /db_xref="taxon:562" 71..99 /note="factor Sigma70; predicted +1 start at 106" 104..132 /note="factor Sigma70; predicted +1 start at 139" 188..212 /note="factor Sigma32; predicted +1 start at 219" 190..255 /note="b0001" /gene="thrL" 190..255 /gene="thrL" /function="leader; Amino acid biosynthesis: Threonine" /note="o21; 100 pct identical to LPT_ECOLI SW: P03059" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="thr operon leader peptide" /db_xref="PID:g1786182" /translation="MKRISTTITTTITITTGNGAG “
核酸数据库使用说明
核酸数据库使用说明1.高级查询 (1)2.限定词说明 (1)3.显示格式说明 (2)3.1.Summary格式 (2)3.2.FASTA格式 (3)3.3.GenBank格式和GenBank（full）格式 (4)4.数据下载流程 (5)5.数据提交 (5)6.附录 (5)6.1.基因结构和功能的探索 (5)2009年9月18日普通核酸数据库中存储了大量公共核酸序列资源，包括含有编码区的mRNA，含有一个或多个基因的基因组DNA片段以及rRNA基因簇。
数据库中的序列由使用者提交，并且只能由序列的提交者进行修改。
文献的作者对序列和数据库中的说明拥有最终解释权。
1.高级查询在首页上点击“数据资源”按钮，选择“普通核酸数据库”进入蛋白质数据库主页。
在核酸数据库主页的左侧栏点击“高级检索”，进入如下图的高级检索页面：核酸数据库的高级检索可以最多使用三个限定词来进行更精确的检索，三个限定词之间可以用“AND”和“OR”相连接，其中“AND”表示查询的结果中必须包含它所连接的两个关键词，“OR”表示查询的结果中至少包含它所连接的关键词中的一个。
搜索项在左侧的限定词框中可以选择的限定词包括：CAC、Comments、Accession、Definition、Keyword、Organism、Gene、Protein、Author、Title、Journal、Medline/Pubmed ID、Molecule和Sequence Length。
其中Molecule和Sequence Length可以进行范围查询。
2.限定词说明核酸数据库中有关的限定词说明如下：限定词描述CAC国内用户提交的数据编号Comments对该序列的简短注释Accession核酸数据库的序列或记录唯一的接收编号Definition 描述了序列的生物特性，一般包括生物体，产品名称，基因标志，分子类型和是否为完成片段Keyword与其它数据库专用词汇有关的索引名词Organism与蛋白质或核酸序列有关的物种的学名和通用名Gene基因的普通名称和标准名称Protein Name蛋白质的标准名称Author所有参考信息中的作者名Title 描述了序列的生物特性，一般包括生物体，产品名称，基因标志，分子类型和是否为完成片段Journal发表数据的杂志名称Medline/PubmedIDMedline的唯一编号或Pubmed编号Molecule Type包括4中类型：Nucleotide,CoreNucleotide,EST and GSS.Sequence Length序列长度3.显示格式说明核酸数据库的搜索结果显示有Summary、FASTA、GenBank和GenBank（full）四种格式，利用搜索结果页面上的“显示”按钮可以在这四种格式之间相互切换。
大华医院核酸报告查询
大华医院核酸报告查询指南大华医院是一家专业的医疗机构，提供各类医疗服务。
在当前新冠病毒流行的背景下，核酸检测成为了一个非常重要的环节。
大华医院为了方便患者查询自己的核酸报告，特别推出了在线核酸报告查询系统。
本文将为您提供详细的查询指南，让您轻松了解自己的核酸检测结果。
步骤一：访问大华医院官方网站首先，打开您的浏览器，输入大华医院的官方网址。
在搜索引擎中输入“大华医院官方网站”即可找到官方网站的链接。
点击该链接进入官方网站。
步骤二：进入核酸报告查询系统在大华医院官方网站的首页或顶部导航栏中，您可以找到一个名为“核酸报告查询”的链接或按钮。
点击该链接或按钮，您将被引导至核酸报告查询系统的页面。
步骤三：填写查询信息在核酸报告查询系统的页面中，您将看到一个查询表单。
请您仔细填写以下信息：1.姓名：输入您在医院登记时所使用的姓名。
2.身份证号码：输入您的身份证号码，确保准确无误。
3.手机号码：输入您在医院登记时所提供的手机号码。
填写完毕后，请仔细核对所填信息是否准确，以确保查询结果的准确性。
步骤四：提交查询请求确认填写的信息准确无误后，点击查询页面上的“提交”按钮。
查询系统将会将您的请求发送给大华医院的核酸报告数据库。
步骤五：等待查询结果一旦您提交了查询请求，您需要耐心等待一段时间，以便大华医院的工作人员能够在数据库中找到并核实您的核酸报告信息。
查询结果的处理时间取决于医院的工作负荷和查询的顺序。
为了更好地利用等待时间，您可以继续浏览大华医院的官方网站，了解最新的医疗资讯或其他服务。
步骤六：获取查询结果当大华医院的工作人员核实完毕您的核酸报告信息后，查询结果将会在核酸报告查询系统的页面上显示出来。
您可以在页面上找到您的检测结果，例如核酸检测是否呈阳性或阴性，以及其他相关信息。
步骤七：保存或打印报告一旦您获取到核酸报告查询结果，建议您将其保存或打印出来以备查验。
核酸检测结果是重要的医疗证明，可能在您的工作、旅行或其他场合中需要使用。
NCBI使用方法
NCBI使用方法默认分类 2008-03-24 15:14 阅读2903 评论12字号：大中小NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url]/[/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
Gen Bank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
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[分享]核酸数据库DNA和蛋白质相互作用数据库这是DNA和蛋白质相互作用数据库的网站。
根据意想中的多个目的，有关的数据正在收集中。
比如对大肠杆菌DNA结合蛋白已证实位点与非位点进行编目，为其他大肠杆菌数据库及序列条目提供注解，解释在整个基因组中体内甲基.../dpinteract/详细资料四氢生物蝶呤这是四氢生物蝶呤的网站，在该网站上，有关于BH4的国际数据库，BH4缺陷及其引起变异的国际数据库，BH4缺陷的一般知识，监测方法和双亲组织等，蝶呤的结构和生物合成以及苏黎世的研究组织、参考实验室、会议等和发表?../详细资料NCBI分类学主页此网页是美国生物技术国立研究中心的分类学数据库。
此库收录的物种超过55,000种。
任何物种在GenBank中对应的核酸和蛋白质序列至少一条。
此界面是一个分类学浏览器目录，用户可通过目录直接进入浏览资源。
/Taxonomy/详细资料原核生物核糖体RNA操纵子拷贝变异数据库原核生物核糖体RNA操纵子拷贝变异数据库（rrndb）提供与原核生物基因组中rRNA操纵子的拷贝数的相关信息。
现在数据库已包括467个条目，可以通过物种属名，种名及亚种名，以及系统发生群等术语和作者，文章标题，时间?../rrndb/servlet/controller人类特定转录物数据库人类特定转录物数据库HUNT是由经过序列分析和结构分析后注释的人类全长cDNA序列。
所有的cDNA克隆是Helix研究所利用寡核苷酸图谱法和部分序列分析评估得出的。
网站同时提供启动子鉴定，模体分析和重叠群组装等分析工?..http://www.hri.co.jp/HUNT生物信息学：数据库生物信息学：数据库刊录了2001和2002核酸研究新的和更新的数据库一览表。
此页面提供数十个数据库的链接，包括十分闻名的GenBank, DBCA T, EMBL, DDBJ, COG, MIPS, PIR, SWISS-PROT等。
/?section=bio-dbCARBBANK和CCSDCCSD是一个包含复和糖类结构和相关文本的数据库。
这些信息主要来自科学的出版物和提交物。
CARBBANK是一个允许使用CCSD数据库文件信息的计算机软件。
它有一个编辑器，可产生数据库记录和寻找作者、结构、组成、分支数.../gig/pages/gag/carbbank.htm蛋白质和DNA识别数据库蛋白质和DNA识别数据库和工具是一个帮助研究者了解核酸和蛋白质识别机制的系统。
这个数据库由蛋白质核酸复合物数据库（蛋白质核酸复合物的结构数据汇集）、碱基氨基酸相互作用数据库（碱基氨基酸相互作用结构信息）?..http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/3dinsight/recognition.html蛋白质核酸复合物数据库蛋白质核酸复合物数据库是一个包含蛋白质核酸复合物结构数据的数据库。
这些数据按照复合物中蛋白质的识别模体和DNA形式分类。
搜索界面使用户通过关键词、识别模体、DNA 形式等搜索数据库，并且搜索结果直接和3DinSigh...http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/3dinsight/complexdb.html详细资料AA索引AA索引是氨基酸索引数据库。
它包含20种氨基酸的各种物理、化学和生物学参数的数值，以及序列联配用的各种置换矩阵，例如PAM和BLOSSUM矩阵等。
网页上还有参考、应用、检索和下载信息等。
http://www.genome.ad.jp/dbget/aaindex.html详细资料部分2：OWLOWL数据库是一个复合的、非冗余的数据库，由大量的初级来源包括核酸序列的翻译组装而成。
其最高的优先权是根据SWISSPROT数据库，加上NBRF/PIR和Brookhaven PDB三维结构数据库NRL3D。
通过序列的比较和剔除严格重复序?../Bioinformatics/Databases/owl-help....GenPept数据库GenPept数据库中的条目来自于GenBank核酸序列数据库。
它们包含最少的注释、主要从GenBank相应条目摘录而来。
对于全面的注释，可据GenPept条目的访问号码阅读GenBank 中的条目。
http://bioinfo.md.huji.ac.il/databases/genpept.shtml欧洲核糖体RNA数据库这是欧洲核糖体RNA数据库的网站。
该数据库由比利时的Antwerp大学于1983年建立，自2003年起由Ghent大学负责管理。
它是一个关于核糖体RNA的结构、功能、数据库、引物、软件等的综合信息的数据库，主要包含rRNA数据库SS...http://oberon.fvms.ugent.be:8080/rRNA/index.htmllsu核糖体RNA数据库这是lsu核糖体RNA数据库的网站。
该数据库是欧洲核糖体RNA数据库组成部分之一。
这是一个为科研机构提供lsu核糖体亚单位RNA结构的数据库。
这个数据库包含特殊分布式格式的数据。
此数据库包括每个序列的二级结构元件的?..http://oberon.fvms.ugent.be:8080/rRNA/lsu/index.htmlCBS数据发布CBS数据发布由丹麦技术大学生物序列分析中心提供的数据库。
其涉及mRNA和其相应蛋白的二级结构归属、氧-糖基化蛋白质、蛋白质和多肽的磷酸化位点、出核信号、信号肽、基因组大小等。
http://genome.cbs.dtu.dk/databases/5s核糖体RNA主页此是5s核糖体RNA的数据库。
当前发布的版本包含来自不同物种的1,985个5s核糖体RNA、及其基因、5s核糖体RNA的一级结构。
检索形式按真核和原核生物，并且按字母顺序列表。
此外，网页上还提供序列浏览器和网页浏览器。
http://rose.man.poznan.pl/5SData/假纽结数据库假纽结数据库是一个可供科研机构使用的RNA假纽结的汇集。
此网页为用户提供的资源包括纽结的环和茎的大小，多重假纽结，茎的位置详述，序列核苷酸和假纽结有关的出版物等。
http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.htmlPLMItRNA数据库数据库中的每个条目包含一个信息的和一多序列联配的部分。
第一部分报告了tRNA分子或基因的特征。
在多序列联配部分，所有检测的同源的序列都被联配。
绿色植物、隐藻门、红藻、Stramenopiles（包括褐藻、黄藻、硅藻、...r.it/PLMItRNA/UTR主页UTR主页是真核生物mRNA的5… 端和3‟ 端非翻译区序列的非冗余数据库，其包含UTR 数据库和UTRsite。
UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片断。
此网页还提供两种序列分析工具，UTRScan和UTRBlast，前者是在提交的序列?..r.it/BIG/UTRHome/亚病毒RNA数据库这是类病毒和类病毒样RNA数据库。
此数据库包含了1269个序列，包括758个类病毒、293个肝炎delta病毒、202个卫星RNA、16个相关RNA。
库中信息包含物种名称、简写、序列种类的数量、基因组大小、二级结构等的描述。
http://132.210.163.235/subviral/home.cgi引导RNA－数据库这是引导RNA的数据库，包含已发表的40多个物种的十种引导RNA，以及解释说明信息，包括物种、引导RNA的序列、来源和参考文献等。
http://biosun.bio.tu-darmstadt.de/goringer/gRNA/gRNA.htmltmRNA数据库tmRNA数据库是研究tmRNA（早期叫“10s RNA”）的结构和功能的工具。
由名字所意味，tmRNA在一个分子中有tRNA和mRNA的双重属性。
tmRNA数据库提供联配的、注释的和种族遗传性排列的tmRNA序列。
序列的联配代表保守二级结.../dbs/tmRDB/tmRDB.html小RNA数据库小RNA广义地定义为不直接参与蛋白质合成的RNA。
这些RNA分为三类：1)加帽的小RNA；2)不加帽的小RNA；3)病毒小RNA。
在此报道的序列是基于真实序列的测定，不取决于寡核苷酸的目录。
参考文献限于那些测定的最近出版物的.../smallRNA/Database/Old/同源异形盒基因数据库这是同源异形盒基因数据库。
同源异形盒是DNA中高度保守的一段，长约180bp，编码60个氨基酸的同源异形结构域。
此网站分为结构基因组学和功能基因组学两大部分，内容涉及启动子和增强子、HOX基因及其基因组学和在海胆?..http://www.iephb.nw.ru/labs/lab38/spirov/hox_pro/hox-pro.htm...Entrez 检索工具Entrez 检索工具是美国国家生物技术中心(NCBI)所提供的集成检索工具。
最方便的用法是在网络浏览器中访问。
其检索的内容是上报给NCBI的所有数据，大致分为五类：PubMed 文献库MEDLINE，核酸序列库，蛋白质序列库，结构.../entrez/query.fcgi北京大学生物信息中心数据库服务北京大学生物信息中心数据库服务由北京大学生物信息中心创建。
其提供多个数据库供检索核酸序列、蛋白质序列和蛋白质结构。
数据库的分类分别为蛋白质组注释库、蛋白质环分类、蛋白质结构域预测和水稻矮小和抗病毒库。
/database/Ambion RNA公司Ambion RNA公司是一家专门提供RNA实验分析工具的公司。
其报道RNA技术的最新进展，如RNA干扰的资源、RNA热门话题、RNA遗传MM信息、虚拟实验、电子期刊俱乐部等。
该公司还不定期地发行电子通讯RNA FlashNotes，可免?..Central Host有限公司Central Host有限公司是使用杂交技术的一家DNA芯片公司。
它拥有特制的DNA芯片：长约20个碱基的寡核苷酸片断是垂直立在芯片上的。
它拥有1,200万份的DNA样品的分析结果库和90万个部分或完整的基因序列和35,000个基因。
/CAP--重叠群组装程序重叠群组装程序(CAP)是由黄晓秋用C语言编制的借助于发现最短的相同的序列串而用于DNA鸟枪法测序的软件。
其也可在匿名FTP服务器上使用ftp from 。
/~algorith/implement/cap/implement.s...核糖体交链数据库这是核糖体交链数据库。
为了理解翻译过程，必须阐明核糖体的高级结构。
该数据库集中了大肠杆菌rRNA之间、rRNA与核糖体蛋白质、核糖体蛋白质之间、核糖体大小亚基之间等各种层次的交链数据。