丹参叶绿体基因组进化分析
药用植物叶绿体基因组研究
世界科学技术—中医药现代化★专题讨论：中药资源研究的前沿技术〔World Science and Technology/Modernization of Traditional Chinese Medicine and Materia Medica〕收稿日期：2010-06-02修回日期：2010-06-12*国家自然科学基金面上项目（30970307）：叶绿体全基因组条形码鉴定方法研究，负责人：陈士林。
**联系人：林小涵，在读博士研究生，主要研究方向：生药学，E-mail ：lxhlena@ ；李西文，博士，主要研究方向：中药资源可持续利用，E-mail ：xwli@ 。
摘要：本文在总结植物叶绿体基因组测序研究进展基础上，提出了药用植物叶绿体基因组测序的策略，对物种的选择，测序平台的确定，生物信息学工具的综合分析应用，样品提取、分析及检测等技术环节进行了深入讨论。
关键词：药用植物叶绿体全基因组测序策略doi:10.3969/j.issn.1674-3849.2010.03.027叶绿体相关研究在过去的数十年取得了巨大成就，尤其在利用基因序列研究叶绿体的起源、结构、进化、正反向遗传学、叶绿体基因工程等方面取得了重大进展[1~3]。
随着大规模测序技术的不断发展，特别是二代测序技术的应用，极大推动了叶绿体基因组的深入研究。
目前，已有170多个物种的叶绿体全基因组序列在NCBI 发布(/genomes/genlist.cgi?taxid=2759&type=4&name=Eukary -otae%20Organelles ），但多数物种为农作物或经济作物，药用植物的叶绿体全基因组序列相对较少，很大程度上限制了药用植物的药物代谢工程、转基因工程、物种鉴定及进化等方面的发展。
本文在前人研究的基础上，基于新一代测序技术在药用植物叶绿体全基因组测序研究中的应用进行探讨，提出一种新的叶绿体基因组测序的策略。
丹参的生物技术
丹参的生物技术摘要：现代生物工程技术是进行中药材品质改良的可行途径之一。
本文对丹参的组织培养、毛状根诱导培养及基因工程等方面的研究进展与具体方法以及目前存在的问题做一综述。
关键词：丹参生物技术细胞与组织培养基因工程毛壮根培养一、概述中药丹参是唇形科鼠尾草属的多年生草本植物丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge) 的干燥根及根茎 , 因其色红且形状似参而得名“丹参”,又称血参、紫丹参、红丹参等。
丹参作为一传统中药在我国沿用已久 ,始载于《神农本草经》,被列为上品。
《本草经疏》《、本草纲目》中都有记载。
丹参具有祛瘀止痛、活血通经、清心除烦的功效 , 主治冠心病、心绞痛、心烦不眠、月经不调、经闭痛经等症。
近年来研究发现用来治疗心血管疾病 ,疗效显著。
丹参属于用量较大的常用药材。
丹参商品野生、家种均有(50年代以前野生为药用主要来源，仅有四川一地有家种产品，60年代后全国各地均有引种)。
野生资源主要分布于河北、北京、山西、山东、湖北，湖南、辽宁、江苏、江西、云南、贵州、甘肃、陕西；家种则主要分布于河北、天津，江苏、上海、浙江、安徽、河南、山东、四川等省。
当中，以四川中江等地栽培品为最佳。
二、国内外研究现状及研究所取得的成果现代生物技术是以基因工程、细胞工程、发酵工业、酶工程、生化工程以及后来衍生出来的第二代、第三代的蛋白质工程、抗体工程和糖链工程等为主体的高新技术,它被看作是 21世纪科学技术的核心。
纵观这一领域,生物技术的产业化首先是从医药领域开始的,现代生物技术的发展使医药产业发生了革命性的变化。
近 10多年来,从天然产物中寻找新的生理活性成分或先导化合物以开发新药已成为全球关注和研究的热点。
由于野生药材资源日益枯竭,人工栽培品种品质不稳定,生物技术的兴起对传统药材的生产展示了广泛的应用前景。
为了提高品质 ,满足市场需求 ,近年来利用细胞工程、基因工程等现代生物工程技术对丹参作了深入的应用性研究。
丹参种质资源的遗传多样性研究
丹参种质资源的遗传多样性研究丹参(Salvia miltiorrhiza Bge)是我国常用大宗药材,具有广泛的药理作用,药材使用量逐年增加。
随着丹参野生资源的数量逐年减少,栽培面积逐年增大,但是栽培丹参存在严重混杂现象。
目前丹参的种植主要集中于四川的中江、陕西、山东、河南、河北等地。
对各产地丹参种源进行遗传多样性和群体遗传结构分析,明确各产地丹参资源的遗传基础和亲缘关系,可为丹参资源的收集保存、分类鉴定、合理开发利用奠定基础,对解决当前丹参种质资源混杂和指导丹参品种选育具有重要的意义。
本研究以来自山东省内外的9个丹参居群为材料,从形态学、细胞学、分子生物学等方面对其形态性状、开花生物学及繁殖特点进行了鉴定和观测,对供试丹参资源各居群的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,对11个丹参分离类型进行了产量和品质性状的评价,从中筛选出适于泰安种植的优良栽培类型。
获得的主要研究结果如下:1.通过对9个居群的丹参种质资源地上部性状分析证明,42个性状中叶柄颜色、叶柄长、叶长、叶宽、叶形指数等叶片性状、花色、花萼颜色、株高、冠幅、分枝数等在丹参种质资源中的多样性较大;其遗传多样性存在于居群内和居群间且两者变异程度相近。
通过各居群的遗传多样性比较发现,泰安地区的丹参居群多样性程度最高,菏泽和四川中江的丹参居群较低,其它居群的多样性指数比较接近;省间材料聚类分析结果表明,河南内乡与河南卢氏丹参居群的亲缘关系最近,山东泰安与其它居群的亲缘关系最远;山东省内潍坊与临沂居群的亲缘关系最近,菏泽与其它居群的距离最远。
42个性状聚类可分成6组,综合为7个主成分,其累积贡献率达70.17%;根据主成分分析的结果与性状间的相关性,选出影响力较大的16个性状,包括花部因子、茎部因子、叶部因子等地上部性状,可较好的代替42个性状用于种质聚类分析。
利用欧式遗传距离进行UPGMA聚类可将90个材料分为6个类群;根据主成分分析结果和各类群特点,提出了丹参的分类标准,该标准对今后丹参种质的评价具有一定的指导意义。
丹参的叶绿体和线粒体基因组研究共3篇
丹参的叶绿体和线粒体基因组研究共3篇丹参的叶绿体和线粒体基因组研究1丹参的叶绿体和线粒体基因组研究丹参是一种流行于中国南方的枸杞科植物，在传统药材中被广泛应用，是丹参酮、丹参酸等生物活性成分的主要来源。
然而，对其基因组研究却相对较少。
本文将重点介绍我国科学家们对丹参叶绿体和线粒体基因组研究的进展。
叶绿体是植物细胞中的一种细胞器，负责进行光合作用，其基因组通常较小，仅有几十至几百个基因。
丹参的叶绿体基因组大小为157,633 bp，含有111个基因，其中包括80个编码蛋白质的基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因。
丹参叶绿体基因组研究的主要任务是构建其全基因组序列，并对其进行比对分析，以了解丹参叶绿体基因组的特点和演化。
在近年来的研究中，我国科学家们利用Illumina高通量测序技术得到了丹参叶绿体基因组序列，并进行了基因注释和比对分析。
结果表明，丹参叶绿体基因组中有6个基因存在内部缺失区域，其中trnK-UUU、rpl2和rps19是由蛋白编码基因的转录后剪接产生的，而另外三个基因gyrA、ycf1和ycf2缺失是由于基因复制和逆转录导致的。
此外，丹参叶绿体基因组序列的变异分析表明，其与其他植物物种的亲缘关系最近的是广义伞形科植物。
线粒体是细胞中负责细胞呼吸和能量代谢的细胞器，同时也参与了细胞的凋亡等许多重要生物学过程。
线粒体基因组也是细胞器基因组的一种。
丹参线粒体基因组的大小为505,725 bp，包括41个编码蛋白质的基因、27个tRNA基因和3个rRNA基因，其基因数目和基因组大小与其他双子叶植物的基因组大小相当。
丹参线粒体基因组的研究较为有限，但在近年来的研究中，我国科学家们也利用高通量测序技术对其进行了测序和分析。
结果表明，丹参线粒体基因组的基因组结构和基因组组成与其他双子叶植物基本一致，但是其中一些基因序列存在着与其他植物基因组不同的特征。
例如，在nad4L基因中，存在一段与其他植物不同的延长区域，并且在cox2基因中，也发现了一种与其他植物不同的基因编码方式。
丹参三倍体育性的细胞学分析
丹参三倍体育性的细胞学分析作者：张铌璇张璐瑶曹艳楠郑桂恒龙鸿来源：《热带作物学报》2019年第08期摘要由丹参四倍体和二倍体杂交获得丹参三倍体，三倍体植株高度不育。
为探讨其育性的细胞学机制，我们采用细胞学和解剖学的方法，对其花粉母细胞发育过程中的染色体和细胞学表现进行了观测。
结果表明，丹参三倍体植株生长正常，在花粉母细胞减数分裂过程中存在落后染色体、染色体不均等分向两极、染色体桥等异常现象，分裂结果产生三分体、微核等，而且花粉粒形态异常，产生畸变，萌发率极低。
这些说明，丹参三倍体在生长发育过程中，由于减数分裂过程中染色体数目不平衡，在减数分裂过程中产生各种畸变、异常的染色体和细胞的行为表现，是造成其不育的主要原因。
本研究为丹参三倍体育性研究提供理论依据，也为丹参育种生产实践提供指导。
关键词三倍体;育性;花粉母细胞;减数分裂;丹参中图分类号 Q945.53 文献标识码 AAbstract Triploid Salvia， with characters of sterility， was obtained through hybridization of diploid and tetraploid. In order to investigate the cytological mechanisms of its sterility， we observed the chromosome change and cell structure during the development of pollen mother cells. Results showed the triploid plants grew well. Numerous meiotic abnormalities， including lagging chromosomes， asymmetrical separation and chromosome bridges were found during the meiosis process. Micronuclei and triads were observed except tetrads. Moreover， the shape of the pollen was abnormal， and the pollen germination rate was very low. This indicated that the chromosomal and cytological abnormalities in the meiotic process due to chromosome number imbalance may lead to sterility in triploid Salvia. The data could provide experimental supports of fertility of triploid Salvia， and be useful in the breeding of the traditional Chinese medical herb.Keywords triploid; fertility; pollen mother cell; meiosis; Salvia miltiorrhizaDOI 10.3969/j.issn.1000-2561.2019.08.013唇形科植物丹參（Salvia miltiorrhiza Bge.）是中国传统中药的重要组成，丹参味苦，微寒，有活血祛瘀、痛经止痛、清心除烦、凉血消痈的功效，主要用于胸痹心痛、脘腹胁痛，心烦不眠、痛经闭经、疮疡肿痛等的治疗[1]。
不同产地丹参遗传关系的DNA标记分析
不同产地丹参遗传关系的DNA标记分析（作者:___________单位: ___________邮编: ___________）作者：徐红，王燕燕，王峥涛，胡之壁【摘要】目的分析不同产地丹参的遗传背景与遗传关系，为丹参药材的栽培育种提供依据。
方法采用RAPD与ISSR标记对4个产地的野生丹参、6个产地的栽培丹参共计50个样本进行分析，利用分析软件计算遗传相似性，建立遗传聚类图。
结果DNA标记共检测了102个位点，多态条带比率（P）为95.10%，栽培丹参的P值高于野生丹参；居群的总遗传变异Ht为0.238 9；UPGMA聚类可以将不同来源的丹参很好地区分开来。
结论不同产地间的丹参存在丰富的遗传多样性，丹参种质在遗传背景上较为复杂，不同产地的丹参已出现明显的遗传分化，但是与地理分布没有相关性。
【关键词】丹参；遗传关系；DNA标记Abstract：ObjectiveTo study the genetic background and relationship of Salvia miltiorrhizae from different population, and provide reference for the seed selection andcultivation.MethodsGenetic relationship of total 4 wild populations and 6 cultivated populations of S. miltiorrhizae were investigated by ISSR and RAPD analysis, the genetic identity was analyzed by software Popgene 3.2 and the DNA molecular dendrogram was set up by the software NTSYSpc 2.1. ResultsA total of 102 markers with 95.10% polymorphic loci (P) were scored, and the number of P among cultivation population was higher than that of wild population. The Nei’s gene diversity index (Ht) was 0.238 9, and the dendrogram from the clustering of UPGMA showed the good classification of all populations.ConclusionS. miltiorrhizae from different population shows abundant genetic diversities, and their genetic background are complex. There are obvious genetic differentiations among different S. miltiorrhizae, but the genetic relationships did not show coherent with geographical distribution.Key words：Salvia miltiorrhizae; Genetic relationship; DNA molecular markers丹参Salvia miltiorrhiza Bge.为唇形科多年生草本植物，具有活血化瘀、消肿止痛、养心安神等功效，常被用于单方、成药、保健品及化妆品，是我国重要出口大宗药材之一。
丹参遗传转化体系的构建及SmGGPPS和SmKSL的转基因研究中期报告
丹参遗传转化体系的构建及SmGGPPS和SmKSL
的转基因研究中期报告
1.研究背景
丹参是常用的中草药，含有多种活性成分，如丹参酮、丹参酸、丹酚等。
其中，丹参酮是丹参中最主要的成分之一，具有抗凝、扩张冠状动脉、抗氧化等多种药理作用，被广泛应用于临床治疗。
由于丹参的天然产量较低，且生产过程复杂，限制了其在临床上的应用。
因此，利用遗传转化技术将关键酶基因导入丹参中，提高丹参酮的合成效率，已成为丹参基因改良的一个重要方向。
2.研究目的
本研究的主要目的是构建丹参的遗传转化体系，将关键酶基因SmGGPPS和SmKSL导入丹参中，提高丹参酮的合成能力，并分析其生物学特性和药理作用，为丹参的基因改良提供理论和实践依据。
3.研究内容与进展
（1）提取和鉴定丹参基因组DNA，利用PCR扩增出目的基因SmGGPPS和SmKSL的全长序列，并进行克隆和序列分析。
（2）利用农杆菌介导的方法将SmGGPPS和SmKSL基因导入丹参中，并进行筛选和鉴定。
通过PCR、Southern印迹和Western印迹等多种方法验证了转基因丹参的存在和目的基因的表达。
（3）对转基因丹参的生理和生化特性进行了研究。
结果表明，转基因丹参的丹参酮含量明显提高，平均值提高了近2倍。
另外，转基因丹参的生长和发育等方面和野生型丹参无显著差异。
4.研究展望
本研究的中期成果初步验证了将SmGGPPS和SmKSL导入丹参中可以提高丹参酮的合成效率，为丹参的基因改良提供理论和实践依据。
下一步，我们将进一步探究丹参酮的合成途径，优化转基因体系，提高丹参酮的产量和纯度，为丹参基因改良和应用提供更好的支持。
丹参鉴定学专论
指纹图谱鉴别(HPLC法)
• 具有色谱稳定性好、柱效高、应用范围广等特点,是中药指 纹图谱研究中常用的手段。对丹参等几种中药指纹图谱与 代谢指纹图谱研究的结果,指出不同产地的药材在指纹图谱 上存在较大差异。
9/6/2019
分子生物学鉴别方法
• 1 RAPD鉴别法：随机扩增的多态性DNA(RAPD)技术已经 被广泛应用于物种鉴别。
9/6/2019
• 丹参 EST-SSR 引物情况表
引物编号 重复基元 GeneBank EST 编号 预期产物bp 引物序列 （℃）
退火温度
SSR001 (TACA)5 SSR002 (CA)16 SSR003 (CT)10 SSR004 (AAC)6 SSR005 (GTG)6 SSR006 (ATC)5
165 CTCCGCTTCGCTCCTCTT 57.7 TGCTCGCTTCGTCGTCTT 57.2
181 AGGTTACTACCGATGAAGCAG 54.1 AGTTGAGTGGTGATGGAAGAT 53.2
145 GACTTTGGATGCCTGCTC 52.9 GACGCCGCTACTTTCTAT 50.2
• 植物学特性鉴别传统方法大多根据丹参的形态方面对药材 的真伪进行鉴别。
• 丹参为多年生草本,根砖红色,茎高40~80 cm,多分枝,被长柔 毛。叶常为奇数羽状复叶。叶柄长1~7 cm,小叶3~7,顶端小 叶较大。小叶卵形或椭圆状卵形。长1. 5~8 cm,宽0. 8~5cm, 先端钝,边缘具圆锯齿,两面被柔毛,下面较密,花序顶生或腋 生轮伞花序有花6至多花,组成假总状花序,密被腺毛及长柔 毛;小苞片披针形;花萼钟状,长1~1. 3 cm,先端二唇形,萼筒喉 部密被白色柔毛;花冠蓝紫色,二唇形,长2~2. 7 cm,花冠筒外 伸,弯曲,上长达2 cm,筒内有毛环;雄蕊2,药隔长,花丝短,上臂 药室发育, 2下臂的药室不育且联合;小坚果4,椭圆形,花期 5~8月,果期8~9月。
丹参APX和GPX基因克隆及其表达分析
丹参APX和GPX基因克隆及其表达分析正常情况下，植物体内活性氧的产生和清除是一个动态的平衡过程，少量的活性氧可作为逆境下信号分子参与植物的生理过程，大量的活性氧会对植物造成蛋白质、膜脂、DNA及其它细胞组分的严重氧化损伤。
植物在生长发育过程中时常会受到不良环境的胁迫，如盐渍、干旱、低温等，其中盐胁迫严重影响植物的生长。
植物在环境胁迫下体内会产生大量的活性氧，必须及时清除，为了减少盐分等胁迫造成的氧化损伤，植物在长期的进化过程中，形成了一套活性氧的清除保护机制，即植物体内有效清除活性氧的酶促和非酶促系统。
酶促系统主要包括超氧化物歧化酶(SOD)、抗坏血酸过氧化酶(APX)、过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化酶(GPX)等；非酶类抗氧化剂包括抗坏血酸(ASA)、还原型谷胱甘肽(GSH)等。
对植物体内抗氧化保护酶基因的认识有助于研究植物在逆境下的生理状况并保护植物。
本课题以丹参为研究对象，克隆了丹参抗坏血酸过氧化酶基因(SmaPX)和丹参谷胱甘肽过氧化酶基因(SmGPX)。
利用生物信息学工具分析了两个基因的核苷酸及其推导的氨基酸序列特征，并对其酶分子三维立体结构等进行了预测和分析。
对它们在丹参体内不同部位的表达以及盐胁迫条件下的表达情况进行了实时荧光定量PCR分析。
构建了SmAPX和SmGPX的原核表达载体并对其在大肠杆菌M15中的表达情况进行了分析。
主要实验方法和结论如下：1．根据丹参EST数据库中的已有序列，电子克隆得到SmAPX基因全长，并通过RT-PCR的方法获得SmAPX的cDNA序列，该基因全长为758 bp，包含一个753 bp的开放读码框，编码250个氨基酸。
运用生物信息学工具对丹参APX基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行了分析，结果表明该基因的编码产物是一不具跨膜结构域的亲水性蛋白，定位于细胞质中。
实时荧光定量PCR分析显示SmAPX在丹参根、茎、叶中均有表达，但根中表达量最低，茎次之，叶中最高，叶片中的表达量为根中表达量的21倍。
药用丹参的基因工程改良研究现状与展望
收稿日期 : 2009 02 25 基金项目 : 中国农业科学院生物技术研究所中央级公益性科研院所基本科研业务专项资助 * 通讯作者 刘德虎 Tel: ( 010) 82109865/ 82106107 E mail: liud ehu@ pu blic3. bt a. net. cn; l iudeh u2006@ 126. com
[ 1] [ 2] [ 3] [ 4] 杨 明 , 刘小彬 , 黄庆德 附子甘草配伍 减毒增效机理探 析 [ J] 时珍国医国药 , 2003, 4( 4) : 197 198 续海训 , 徐康雅 参附注射液中附 子成分分析 [ J] 中医 杂 志 , 2003, 44: 9 陈建萍 , 谭炳炎 , 吴伟康 , 等 四逆汤 中附子甘 草配伍规 律 研究 [ J ] 中国实验方剂学杂志 , 2001, 7( 3) : 16 17 张 梅 , 苏筱琳 , 雨 田 , 等 五种中 药与附子 配伍前后 有 效成 分 含量 的 变 化 [ J] 世 界科 学 技 术 中医 药 现 代 化 , 2006, 8( 3) : 27 29
从而达到减毒目的 [ 1] ; 以甘草附子配伍中相应葡萄糖醛酸 的 比例 , 用醋酸葡醛内酯片进 行研究 , 发现 加入 醋酸葡 醛内 酯 片的附子煎液与单纯 附子煎 液相比 , 毒性 的确有 所下 降 , 但 该作用不明显 [ 26] ; 再结合 等分 子数的 甘草 酸和 甘草 次酸 与 同剂量附子共煎后 , 甘草次 酸的解 毒作用 比甘草 酸要 强 , 推 断甘草酸口服后对附 子有毒 生物碱毒 性的拮 抗是由 其水 解 产物来实现的。 刘岩等 [ 27] 报道 , 甘 草苷 对乌 头碱 导致 的心 肌细 胞离 子 通道 mR NA 异常表达有 改善 作用 , 这可 能是 甘草苷 对乌 头 碱有减毒增效作用的机制之一。 2 附子配伍甘草的增效机制 目前的研究多认为甘草对附子的增效作用主要表现在两 者各成分之间的协同作用。对四逆 汤的拆方研 究表明 , 附子 与甘草合用的强心升压作用及其维持时间均优于单用附子或 甘草 , 推测是由于甘草酸具有类肾上腺皮质激素样作用 , 能增 强心肌细胞对附子的敏感性 , 起到强心升压作用 [ 28] 。 杨明等 [ 1] 结合我国学 者在 20 世 纪 80 年 代发现 附子 水 溶部分 ig 或 iv 均能对抗乌 头碱所 致的大 鼠心律 失常 , 因 此 认为附子自身也含有对抗乌头碱心脏毒性的成分 , 该成分 或 与甘草中的某些成分 协同作 用 , 共 同达到 减毒作 用 , 从另 一 个角度实现了对双酯型生物碱的增效作用 。 3 结语 临床应用表现出的优点以及优化改进的需要 , 使得人 们 不断从各个角度对附子甘草配伍进行研究 , 且已经取得了 一 定的认识 , 但其具体的物质 基础和 机制仍 不完全 清楚 , 甚 至 有相左的研究结果出现 , 因此还需要进一步深入研究。 参考文献 :
丹参一种中药研究的模式生物
生物学研究 。 3 通讯作者 : 张伯礼 , 男 , 教授 , 博士生导师 。Tel : (022) 23051183 ; E -
mail :president03 @tjutcm1edu1cn
中药模式生物计划的实施 , 将开辟一个新的研究
2009 年第 37 卷第 4 期 中 医 药 学 报
Vol137 ,No14 ,2009
Acta Chinese Medicine and Pharmacology
·3 ·
领域 ,对于加速中药现代化进程具有重要意义 ,把握这 次历史性机遇 ,将极大提高中医界开发和利用中药资 源的能力 。通过研究中药模式生物能够增强中药基因 组学研究实力 、对提高中药研究自主创新能力具有重 大的战略性科学意义 。 参考文献 :
3 丹参的药用价值[8 ,9] 丹参味苦 ,性微寒 ,归心 、肝经 ,具有祛瘀止痛 、活
血通经 、清心除烦作用 ,常用于月经不调 、经闭痛经 、症 瘕积聚 、胸腹刺痛 、热痹疼痛 、疮疡肿痛 、心烦不眠 。现 代研究显示 :丹参含二萜醌类色素 ,丹参酮 Ⅰ、ⅡA 、Ⅱ B ,隐丹参酮 ,异丹参酮 Ⅰ、Ⅱ,异隐丹参酮 ,丹参新酮 , 丹参酸甲酯 ,羟基丹参酮 ⅡA ,二氢丹参酮 Ⅰ,丹参新 醌甲 、乙 、丙 ,次甲丹参醌 ,原儿茶醛 、β- 谷甾醇和丹参 素等多种活性成分 ;丹参具有改善血液流变性 、改善血 流动力学 、改善徽循环 、抗心肌缺血 、抗脑缺血损伤 、抗 菌抗炎 、抗肝损伤 、抗肿瘤等多种药理作用 ,被广泛应 用于心绞痛 、高脂血症 、缺血性中风 、肝炎等疾病的 治疗 。
2009 年第 37 卷第 4 期 中 医 药 学 报
丹参与基因
丹参与基因作者：王一凡来源：《百科知识》2010年第17期中国医学科学院药用植物研究所的研究人员，利用第二代高通量测序技术对丹参全基因组进行测序，并完成丹参基因组框架图的组装。
目前测序结果已覆盖92％的丹参全基因组和96％的基因编码区。
丹参是著名药用植物，在中国境内广为种植。
丹参基因组的完成表明人们可以从基因上充分认识丹参、利用丹参，也将推动丹参成为第一个“模式药用植物”。
丹参的活性物质分为两大类：一类为脂溶性的丹参酮类化合物，包括丹参酮I和丹参酮II A等；另一类为水溶性的酚酸类物质，包括迷迭香酸、丹酚酸、紫草酸以及丹参素等。
由于传统中医是用水煎服用，各种药物中的水溶性成分的药理活性受到广泛重视，丹参也不例外，丹参的水溶性酚酸类物质也成为目前研究的热点。
研究发现，苯丙烷类代谢途径的中间产物如咖啡酸等参与丹参水溶性物质的合成。
而苯丙烷类代谢途径的第一个关键酶是苯丙氨酸解氨酶(PAL)。
目前已经有研究人员克隆了这一基因，并发现了苯丙氨酸解氨酶基因与丹参生长发育及次生代谢物合成之间的一些关系，也逐渐明了丹参主要水溶性成分合成的某种分子机理，为进一步利用基因工程改良丹参品质、提高丹参有效成分含量奠定了基础。
还有研究人员发现了丹参生长的某些奥秘，例如，发现并克隆了丹参的SmGRP1基因。
该基因与钙离子一起参与丹参的调节气孔运动，从而让丹参可以抵御外界不良环境。
在丹参基因组已经完成的情况下，丹参的上述两种功能基因(苯丙氨酸解氨酶基因和SmGRP1基因)在丹参基因组中的位置以及它们与其他基因的相互关系将得到进一步的认识和确认。
一般情况下，功能基因并非只有一种，而是多种基因共同起作用。
例如，也许还有其他基因参与了SmGRP1基因的调节气孔作用。
丹参含有多种成分，能够促进血液循环，扩张冠状动脉，增加血流量，防止血小板凝结，保护心肌，防止血液郁积和心肌梗塞；丹参也影响脂质代谢，能使一些病人胆甾醇(类固醇)下降；丹参还能治疗某些妇科病，有中枢镇静、抗衰老(帮助记忆)、抗菌、抗微生物(结核菌、真菌)等作用；丹参也能阻止酒精吸收，预防肝脏纤维化，降低血糖，甚至保护灼伤皮肤等作用。
一个新的丹参CYP450的克隆和生物信息学分析
基因组学与应用生物学,2020年，第39卷，第12期，第5718-5723页研宄报告Research Report一个新的丹参C Y/^50的克隆和生物信息学分析张琳_殷宇琪‘边央林彩彩周昌浩宋振巧“山东农业大学农学院，泰安，271018*同等贡献作者** 通信作者，szqsdau@摘要从丹参CSfl/ha m itoorr/ia Bunge)中克隆1个新细胞色素拘50基因SmCT/V/IW/./,采用生物信息 学的方法，对该基因进行序列特征和组织表达特性分析。
提取丹参根部总RNA后反转录为cDNA，克隆得到 SmCF/V/£»4//.i基因全长，构建克隆重组质粒。
利用生物信息分析预测蛋白质性质、结构。
并利用实时荧光 定量PCR进行了组织表达特异性分析。
Sm CV7V/D4//./cDNA全长 1 539 bp,编码498 个氨基酸,相对分子 质量56 541.42 Da,理论等电点7.67。
亚细胞定位于叶绿体类囊体膜、细胞质、叶绿体基质等。
Sm-CFP7/ZM//./在根周皮中的表达量最高。
本研究克隆得到一个新基因，并进行了生物信息 学分析,为进一步验证该基因的功能提供了一定的基础。
关键词丹参(S a/h n m//n_orr/iizrt),细胞色素7^450基因，基因克隆，生物息学分析，焚光定量P C R Cloning and Bioinformatics Analysis of a New Salvia miltiorrhiza CYP450Z h a n g Lin*Y i n Y u q i'B i a n Y a n g Lin Caicai Z h o u C h a n g h a o S o n g Z h e n q i a o*•Agronomy College, Shandong Agricultural University, Tai'an, 271018* These authors contributed equally to this work** Corresponding author, szqsdau@DOI: 10.13417/j.gab.039.005718Abstract T o clone a n e w c y t o c h r o m e P450g e n e SmCYP71D411.1f r o m Salvia miltiorrhiza B u n g e a n d analyzethe s e q u e n c e a n d tissue expression characteristics o f the g e n e using bioinformatics.After extracting the total R N A f r o m Salvia miltiorrhiza root,i t w a s reversed to c D N A,a n d the total length o f the SmCYP71D411.1g e n e w a s o btained t h r o u g h transcription g r o u p database screening.T h e o p e n reading b o x a n d translated a m i n o acid s e q u e n c e w e r e o bt ained using N C B I O R F finder.T h e p r i m e r w a s designed for P C R amplification a n d the K r o n r e c o m b i n a n t p l a s m i d w a s constructed.U s i n g biological information analysis to predict protein properties a n d structures.Tissue expression specificity w a s an a l y z e d b y fluorescence quantitative P C R.T h e SmCYP71D4J 1.1c D N A obtained b y cloning h a d a total length o f1 539 b p,e n c o d i n g498 a m i n o acids,relative m o l e c u l a r m a s s o f56 541.42 D a,a n d theoretical isoelectric point o f7.67. Subcellular localization w a s f o u n d in thylakoid m e m b r a n e,cy t o p l a s m chloro-plast matrix o f chloroplast，etc.T h e expression o f S m C T P7//M_//./w a s highest in the rind.A n e w g e n e,S w-CYP71D4J].l,w a s obtained b y cloni n g,a n d bioinformatics analysis w a s carried ou t,w h i c h provides a foundationfor further verification o f the gene's function.Keywords Salvia miltiorrhiza,C y t o c h r o m e P450g e n e,G e n e clon in g,Bioinformatics analysis,Fluorescent q u a ntitative P C R基金项目：本研究由国家级大学生创新创业训练计划项目(201810434055)资助引用格式：Z h a n g L” Y in Y.Q., Bian Y.，Lin C.C.，Z h o u C.H.，and S o n g Z.Q.，2020, Cloning a nd bioinformatics analysis of a n e w Salvia miltiorrhiza CYP450, Jiyinzuxue Y u Y i n g y o n g S h e n g w u x u e (G e n o m i c s and Applied Biology), 39(12): 5718-5723琪，边央，林彩彩，周昌浩，宋振巧，2020, 一个新的丹参C Y P450的克隆和生物信息学分析，基因组学与应用生物学，39(12): 5718-5723)一个新的丹参CYP450的克隆和生物信息学分析5719丹参(S n U f l! /m'/z/w r/uic；B u n g e)是中国常用大宗 根类药材，具有活血祛瘀、凉血消痈、止痛、养血安神 等作用，主治心绞痛、月经不调、痛经、骨节疼痛等病 症(宋振巧等，2014),是治疗心脑血管疾病最常用的 中药原料(D o n g e t al.，2011)。
《白花丹参HDR基因的克隆和功能分析及无抗生素筛选标记转化体系的建立》
《白花丹参HDR基因的克隆和功能分析及无抗生素筛选标记转化体系的建立》白花丹参HDR基因的克隆和功能分析，及无抗生素筛选标记转化体系的建立一、引言近年来，植物基因工程技术在中药材育种方面应用日益广泛，通过克隆重要基因并进行功能分析，有助于解析药用植物生理代谢过程，提高药材品质和产量。
白花丹参作为一种重要的中药材，其有效成分的合成与代谢机制尚不完全清楚。
因此，本文旨在克隆白花丹参中的羟基肉桂酸-O-甲基转移酶（HDR）基因，并对其功能进行分析。
同时，建立无抗生素筛选标记的转化体系，为白花丹参的遗传改良提供技术支持。
二、白花丹参HDR基因的克隆1. 基因组DNA提取与cDNA文库构建首先，提取白花丹参基因组DNA，构建cDNA文库。
这是克隆基因的重要基础步骤，可以提供充足的基因序列信息。
2. HDR基因的PCR扩增与序列分析根据已知的基因序列信息，设计特异性引物，进行PCR扩增，得到HDR基因的片段。
通过序列分析，确认该基因片段的正确性及长度。
三、HDR基因的功能分析1. 生物信息学分析利用生物信息学软件对克隆得到的HDR基因进行注释，包括开放阅读框（ORF）预测、蛋白质结构预测、亚细胞定位预测等。
这些分析有助于了解HDR基因的编码产物及其可能的功能。
2. 转基因功能验证通过构建过表达和沉默HDR基因的转基因植物，观察其表型变化及生理生化指标的变化，从而验证HDR基因的功能。
四、无抗生素筛选标记转化体系的建立1. 载体构建选择合适的植物表达载体，将HDR基因插入其中，构建转化载体。
为避免使用抗生素筛选标记可能带来的生态问题，本体系采用其他筛选标记如荧光蛋白基因等。
2. 农杆菌转化及筛选体系的建立利用农杆菌介导的方法，将构建好的转化载体导入白花丹参中。
通过建立合适的筛选体系，如荧光显微镜观察荧光蛋白的表达等，实现对转化体的快速筛选。
五、结果与讨论1. HDR基因的克隆与序列分析结果表明，该基因具有典型的羟基肉桂酸-O-甲基转移酶的结构域，表明其功能可能与白花丹参中有效成分的合成有关。
一个新的丹参3羟基3甲基戊二酰辅酶A还原酶3基因的克隆及其表达分析
一个新的丹参3羟基3甲基戊二酰辅酶A还原酶3基因的克隆及其表达分析［摘要］目的：对丹参3羟基3甲基戊二酰辅酶A还原酶（3hydroxy3methylglutary CoA reductase，HMGR3）基因的cDNA克隆并进行序列分析。
方法：利用丹参转录组文库克隆一种新的丹参次生代谢途径上的功能基因；利用BLAST进行序列比对，ORF Finder寻找开放阅读框，Clustal W 比对丹参中已有的3条HMGR的氨基酸序列，构建系统进化树，QRTPCR检测丹参HMGR3基因在根、茎、叶中的mRNA水平，并检测Ag+诱导子诱导后丹参毛状根中该基因的转录水平。
结果：克隆得到一个新的丹参HMGR3基因，该基因ORF全长1692bp，编码563个氨基酸，具有HMGR基因家族的特征序列，与SmHMGR1和SmHMGR2分别具有75.04%，80.64%的同源性，QRTPCR 分析表明该基因在丹参根茎叶中均有表达，在叶中表达量最高，Ag+诱导24h 时mRNA水平达到最高值。
结论：首次克隆得到了1条新的丹参HMGR家族基因SmHMGR3，这一结果为进一步研究丹参次生代谢途径提供了新的思路和靶点。
［关键词］丹参；3羟基3甲基戊二酰辅酶A还原酶；QRTPCR萜类化合物在自然界中分布广泛，是植物次生代谢物质中最大的一个家族，其生物合成途径由甲羟戊酸途径（MV A）和赤藓糖磷酸途径（MEP）组成。
MV A 途径由Conrad Bloch和Feodor Lynen于1958年首先在动物和酵母中发现，长期以来都被认为是萜类化合物生物合成的唯一途径，存在于细胞质中，因此又称为细胞质途径（cytosolic pathway），通过该途径形成了植物中的倍半萜、三萜和甾醇等物质。
MEP途径于1993年由Rohmer等首次在真核细菌中发现，存在于植物、大多数真核细菌和一些寄生虫中，且在质体中进行，又可称为质体途径，通过该途径可形成植物中的单萜、二萜和四萜类化合物[3]。
丹参叶绿体基因组进化分析共17页
71、既然我已经踏上这条道路，那么，任何东西都不应妨碍我沿着这条路走下去。——康德 72、家庭成为快乐的种子在外也不致成为障碍物但在旅行之际却是夜间的伴侣。——西塞罗 73、坚持意志伟大的事业需要始终不渝的精神。——伏尔泰 74、路漫漫其修道远，吾将上下而求索。——屈原 75、内外相应，言行相称。——韩非
丹参叶绿体基因组进化分析
61、辍学如磨刀之石，不见其损，日 有所亏 。 62、奇文共欣赞，疑义相与析。
63、暧暧远人村，依依墟里烟，狗吠 深巷中 ，鸡鸣 桑树颠 。 64、一生复能几，倏如流电惊。 65、少无适俗韵，性本爱丘山。
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丹参的叶绿体和线粒体基因组研究
丹参的叶绿体和线粒体基因组研究植物的细胞器(叶绿体和线粒体)基因组是植物全基因组的重要组成部分,在系统进化、物种鉴定、核质互作、基因工程等研究中具有重要作用。
丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)为唇形科多年生草本植物,具有重要的经济和药用价值。
当前有关丹参细胞器基因组的研究甚少,这在一定程度上阻碍了丹参相关研究的开展。
目前高等植物细胞器特别是线粒体基因组的获取仍存在一定难度。
本研究以丹参的全基因组测序数据为基础,对药用植物细胞器基因组的组装和分析进行了探索,主要研究内容和结果如下：1.本文提出了一套叶绿体基因组组装策略：先通过双向延伸叶绿体的两个保守基因获得叶绿体基因组骨架序列再对其碱基进行校正以获得最终序列。
这一策略不需要分离叶绿体DNA,整个过程仅产生一个重叠群,降低了拼接复杂性。
利用此策略,我们获得了丹参叶绿体基因组序列,为唇形科第一条叶绿体基因组序列。
丹参的叶绿体基因组全长151,328bp,呈典型的四段式结构,编码131个基因,去除重复后为114个,包含80个蛋白编码、30个tRNA和4个rRNA基因；其基因组结构、基因顺序、GC含量和密码子使用情况与典型被子植物的叶绿体基因组相似。
在丹参的叶绿体基因组中共检测到4对正向、3对反向和7条串联重复序列。
基于30个菊分支物种的简单重复序列(SSR)分析发现这些物种的SSR绝大多数为多聚A或多聚T,在叶绿体基因组内呈不均一分布。
比较基因组研究结果表明丹参与其他三个唇形目物种的叶绿体基因组之间整体相似性较好,但基因间区的变异较大。
序列变异分析发现了菊分支10个变异最大的基因和10个最保守的基因,并筛选出6个可用于菊分支近缘物种系统进化研究的候选基因。
序列变异分析也证实了叶绿体基因的进化同时受到位置效应和功能分类的制约。
基于71个叶绿体蛋白编码基因的系统进化研究表明丹参在现有叶绿体基因组公布的菊分支物种中与芝麻关系最近。
2.本文提出了一套基于混合拼接第二代和第三代全基因组测序数据获取植物线粒体基因组的策略：其原理得益于植物细胞器基因组拷贝数远高于核基因组的特点,先利用小规模的454测序数据富集来自细胞器基因组的PacBio测序读长(CLR)并进行错误纠正,随后根据已获得的叶绿体基因组序列滤除叶绿体CLR,最后将剩余的CLR组装成线粒体基因组。
丹参雄性不育与可育近等基因系差异片段的发掘
丹参雄性不育与可育近等基因系差异片段的发掘利用雄性不育系培育新品种和生产杂种一代，在产量、品质等方面均具有独特优势。
前期课题组已通过多代连续杂交获得丹参雄性不育与可育近等基因系。
该文在前期工作基础上采用AFLP和BSA技术对378对引物进行筛选，发现7对引物和26个标记与丹参育性调控基因紧密连锁，由此构建出连锁遗传图谱。
以前期发现的E11/M4208标记为模板，运用染色体步移技术，在不育和可育系中分别扩增出2 028，2 027 bp的差异片段，发现4个突变碱基位点均处于内含子中。
在所有差异标记中发现E01/M09418，E05/M13308，E05/M04750，E01/M01204 4个与丹参育性调控基因紧密连锁的标记，与拟南芥1，3，5号染色体相似性达100%。
其中与育性调控基因距离很近（21 cM）的E01/M09418与同处于拟南芥第3号染色体的核不育基因MS2相似度高达100%。
不育系中获得的2 028 bp片段与MS2基因在两处相似度达100%。
与拟南芥第5号染色体相似度100%的E05/M04750，与杨树POP085M05基因和拟南芥中低亲和力钙逆向转运蛋白序列具有较高相似性，且E非常低。
该文遗传图谱的构建和功能性差异序列的发现，为后续准确锚定丹参基因组中育性调控基因及揭示其功能奠定了坚实基础。
标签：丹参；雄性不育；近等基因系；可育系；染色体步移；差异序列；遗传图谱；AFLP[Abstract]There is distinctive advantage of using male sterile lines to breed new cultivar and produce hybrids，when compared with general breeding method on yield and quality In our previous work，nearisogenic lines （NILs）of male sterile and fertile Salvia miltiorrhiza have been obtained through continuous hybridization in many years In this investigation，378 primer combination were screened by using AFLP and BSA technique，in which 26 markers amplified from seven primers were found to tightly link to male sterile gene Based on these markers，two linkage genetic maps were constructed A 2 027，2 028 bp fragment was amplifed from NILs of fertile and sterile S miltiorrhiza，respectively，using genome walking technique and previous E11/M4208 marker as template Four base mutations were found in intron when comparing both fragments Among all different markers between NILs of male sterile and fertile S miltiorrhiza，four was found to have 100% identities to chromosome 1，3 and 5 of Arabidopsis，namely，E01/M09418，E05/M13308，E05/M04750 and E01/M01204 The E01/M09418 marker was very close to male sterile gene of S miltiorrhiza with distance of 21 cM，which also had 100% identities to male sterile gene MS2 in Arabidopsis Both were distributed in chromosome 3 of Arabidopsis The 2 028 bp fragment also had 100% identities to MS2 gene Another E05/M04750 marker that had 100% identities to chromosome 5 of Arabidopsis was found to have high identities to POP085M05 gene of poplars and low affinity calcium antiporter CAX2 of Arabidopsis with very low Evalue The constructed genetic map and differential fragments with potential functions found in this study provide a solid foundation to lock male sterile genes in S miltiorrhiza genome and to discover theirfunctions[Key words]Salvia miltiorrhiza；male sterility；nearisogenic lines；fertile lines；genome walking；different fragments；genetic map；AFLPdoi：10.4268/cjcmm20160808丹参Salvia miltiorrhiza Bunge根茎是我国常用大宗药材之一，在治疗心脑血管疾病、抗氧化方面具有显著疗效，药理成分基本清楚[1]。
丹参叶绿体基因组进化分析共17页
60、生活的道路一旦选定，就要勇敢地 走到底 ，决不 回头。 ——左
丹参叶绿体基因组进化分析
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6、黄金时代是在我们的前面，而不在 我们的 后面。
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7、心急吃不了热汤圆。
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
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8、你可以很有个性，但某些时候请收 敛。
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9、只为成功找方法，不为失败找借口 (蹩脚 的工人 总是说 工具不 好)。
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10、只要下定决心克服恐惧，便几乎 能克服 任何恐 惧。因 为，请 记住， 除了在 脑海中 ，恐惧 无处藏 身。-- 戴尔． 卡耐基 。
56、书不仅是生活，而且是现在、过 去和未 来文化 生活的 源泉。 ——库 法耶夫 57、生命不可能有两次，但许多人连一 次也不 善于度 过。— —吕凯 特 58、问渠哪得清如许，为有源头活水来 。—— 朱熹 59、我的努力求学没有得到别的好处， 只不过 是愈来 愈发觉 自己的 无知。 ——笛 卡儿
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Medicinal Plant Salvia miltiorr因组全长151,328bp, 编码114个,包含80个 蛋白编码、30个tRNA和4个rRNA基因。共检测到4对正向、3 对反向和7条串联重复序列。 比较基因组研究表明丹参与其他三个唇形目物种的叶绿体基 因组之间整体相似性较好,但基因间区的变异较大。 基于71个叶绿体蛋白编码基因的系统进化研究表明丹参在现 有叶绿体基因组公布的菊分支物种中与芝麻关系最近。
共编码114个基因,蛋 白编码基因80个、 tRNA30个、rRNA4个 。 IR区6个蛋白编码基因、 7个tRNA基因以及4个 rRNA基因。 LSC区蛋白编码基因 61个、tRNA基因22个。 SSC区只有蛋白编码 基因12个和tRNA基因 1个。
丹参的叶绿体基因组共有18个基因含有内含子,其 中3个基因QclpP、rpsl2、yq/3)含有2个内含子(表 3-5)。值得注意的是A77W2是一个反式剪接基因,它 的5’端位于LSC区,3’端在两个IR区各有一个拷贝。 内含子最长,达2,522bp,包含基因
基因组序列比对： MUMmer 正反向重复序列分析： REPuter 串联重复序列分析： Tandem Repeats Finder (TRF) v4.04 简单重复序列分析： MISA 蛋白编码基因序列比对： Kimura’s twoparameter (K2P) model 进化树构建： PAUP4.0b10
系统进化分析
基于71个共有蛋白编码基因的菊分支MP系统进化树
结论
丹参的叶绿体基因组同大多数已公布的被子植物叶绿体基因 组一样，由一对IR区分隔LSC和SSC区，呈典型的四段式结 构。含有4对正向、3对反向和7条串联重复序列,其中大部分 均位于基因间区和内含子序列，但也有一些位于tRNA和蛋 白编码区。 本研究基于71个叶绿体蛋白编码基因的系统进化分析表明丹 参在现有叶绿体基因组公布的菊分支物种中与芝麻关系最近。
结果分析
基因组结构：丹参的叶绿体基因组序列长151,328bp,
呈典型的四段式结构,其中LSC区长82,695bp,SSC区长 17,555bp,两个IR区长25,539bp,GC含量38.0%,与已经报 道的菊分支其他物种GC含量相似。IR区的GC含量(43.1%) 明显高于LSC区(36.2%)和SSC区(32.0%),这主要由IR区 包含的四个高GC含量的rRNA(55.2%)基因所致。
IR区收缩与扩张
IRb/SSC边界均延伸进入ycf1基因产生ycf1假基因 丹参及拟南芥的ycf1假基因和ndhF基因有重叠
IRa/SSC边界位于基因编码区 不同长度rps19假基因位于IRa/LSC
trnH基因均位于LSC区,距离IRa/SSC边界3到15bp
叶绿体蛋白编码基因变异分析
序列变异较大的 10 个基因是 ycf15、ycf1、 rpl32、matK、 clpP、ndhF、ccsA、rpsl5和accD。平均遗传距离最大的基因 是值为0.41 ;其次是值为0.28。基因位于LSC/IR边界区,其进 化速度较快。 序列变异较小的 10 个基因是 ndhB、rpl2、psbL、petG、rps7、 rpl23、psbN、psbF、psbZ和psbA。其中三个位于IR区rpl和 rps基因的平均遗传距离小于其他位于LSC或SSC区的rpl或rps 基因。
叶绿体基因组的密码子使用情况后发现共有 2,806(10.6%)个密码子编码亮氨酸,是编码率最髙的 氨基酸;而只有292(1.1%)个密码子编码半腕氨酸,是 编码率最低的氨基酸。
重复序列分析
4对同向重复序列、3对反向重复序列及7条串联重复序列。重复 序列的长度30-41bp之间。最长的两条串联重复序列位于ycf2基 因的蛋白编码区。 3对重复序列与tRNA基因有重叠,4条串联重复 序列分布于LSC的基因间隔区。
比较基因组分析
选取唇形目中牛耳草、油橄榄 、芝麻三个物种与丹参叶绿体基 因组进行比较。丹参的叶绿体基因组长度最小，比牛耳草、油 橄榄和芝麻分别小了约2.2、4.6和2.0kb。 结果发现四条叶绿体基因组的IR区序列变异小于LSC和SSC区。 此外非编码区的序列变异总体高于编码区,基因间区的变异最大， 例如ndhD-ccsA、ndhI-ndhG、psbl-trnS、 trnH-pshA等。 4个rRNA基因序列最为保守，面rpl22、ycfl、ndhF、ccsA、 rps15和matK基因的编码区序列变异最大。
主要应用的测序平台
Roche 454 GS FLX Titanium 高通量测序仪 （美国Roche公司）
AB SOLiD 3 Plus高通量测序仪（美国ABI公 司）
IIIumina Hiseq2000高通量测序仪（IIIumina 公司）
主要软件
注释： DOGMA tRNA鉴定： DOGMA and tRNAscanSE 基因命名参考： ChloroplastDB 基因图谱构建： OGDRAW 密码子和GC含量分析： MEGA5 SNPs分析： BioScope
SSR分析
检测丹参叶绿体基因组中长度不小于8bp的SSR,并与菊分支其 他29个物种进行比较。 30个叶绿体基因组中,SSR的总数在145 到217之间,在丹参叶绿 体中共发现了166个SSR位点。且占主导地位的SSR种类多为单 碱基重复。 大多数的叶绿体基因组编码区序列占总长的一半左右,但编码 区所含的SSR比例却只占总数的23%-41%。所以非编码区的SSR 要比编码区丰富且SSR在整个基因组尺度上分布是不均一的。