绝对定量简易操作流程
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applied biosystems StepOne/StepOnePlus
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绝对定量实验简易操作流程
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SDS 2.2
StepOne/StepOnePlus定量PCR仪
绝对定量实验简易操作流程
绝对定量实验简易操作流程
1.双击桌面图标,或从Start > All Programs > Applied Biosystems > StepOne
Software> StepOne Software V2.2开启软件。进入主界面后选择Advanced Setup 。
2.进入Setup下的Experiment Properties界面:
2.1输入实验名称(Experiment Name)
2.2选择仪器型号
2.3
2.3在实验类型中,选择Quantitation-Standard Curve
2.4选择试剂种类
2.5选择运行模式
3.进入Setup下的Plate Setup界面,设置基因(Target)及样本(Sample):
3.1在左边界面中设置基因及样本。利用 按钮添加新
的基因,并在Target Name中编辑基因名称,Reporter和Quencher中选择所标记的荧光基团及淬灭基团。对于Quencher的选择,如果是MGB探针,请选择NFQ-MGB;如果是TAMRA探针,请选择TAMRA;如果是其他形式的非荧光淬灭基团(如BHQ),请选择None。
也可以利用其他按钮保存(Save Target)或删除(Delete Target)已添加的基因。利用 按钮添加样本,在Sample name中编辑样本名称。
3.2在右边 界面中进行样品板的排布。利用鼠标单选或拖曳以选择
反应孔,然后勾选左侧的基因及样本,同时在Task选项中指定该反应孔的类型(S 代表标准曲线数据点,U代表未知样本,N代表阴性对照)。
3.3设置标准曲线:利用鼠标单选或拖曳以选择反应孔(一般情况下,每个梯度设置三
个副孔),而后勾选左侧的基因,在Task选项中选择S,然后在Quantity中输入拷
贝数。按照相同的操作,完成标准曲线其他数据点的设置。(建议设置5个梯度)
4. 在Setup 下的Run Method 界面中,设定反应条件。
5. 如果想使用StepOnePlus 仪器上的VeriFlex TM
Block 温度梯度功能,需要先在
界面下,勾选Enable VeriFlex TM Block 选项。此时Block 即被
分成六个区块。(此功能仅限StepOnePlus 机型)
然后在Run Method界面中,点击想要调整的温度步骤,
在弹出的界面中,选择并设定每个区块的温度。两相邻区块的温度差异不能超过5度,即第一与第六区块最多可差异25度。
6.点击,将文件存储成Experiment Document Single files (*.eds) 格式,然
后在Run界面中按下 按钮,反应即开始进行。
7.实验结束后,点击界面右上角的Analyze按钮,软件将会显示实验结果:
7.1在扩增图中(见上图),可通过更改Plot Settings来改变扩增图的显示方式。如果
想查看阈值线或基线,请将Threshold及Baseline打勾。
7.2查看标准曲线时,可通过更改Plot Settings来改变标准曲线的显示方式。Eff%代表扩
增效率。R2值代表标准曲线的数据点与回归曲线的接近程度,建议在0.99以上。
7.3对于SYBR Green法实验,可以在Melt Curve界面中查看熔解曲线。
7.4检查QC Summary结果,可以快速查看实验中是否有反应孔存在异常情况。黄色三
角中的数字1代表有一种异常情况,2代表有两种异常情况,以此类推。详细信息及解决方案可以在Flag Details中看到。
8.分析之后的结果,可以利用菜单中的File>Export功能,导出Excel格式的结果。若想存
储图片,可直接在图片上单击鼠标右键,选择Save as,存成JPEG格式的图片。