生物信息学文献翻译
生物信息学术语
生物信息学术语BLAST ：Basic Local Alignment Search Tool，基本的基于局部对准的搜索工具；一种快速查找与给定序列具有连续相同片断的序列的技术。
Entrez ：美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
NCBI ：美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），1988年设立，为美国国家医学图书馆（NLM）和国家健康协会（NIH）下属部门之一。
提供生物医学领域的信息学服务，如世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库，PubMed医学文献检索数据库等。
Conserved sequence ：保守序列。
演化过程中基本上不变的DNA中的碱基序列或蛋白质中的氨基酸序列。
Domain ：功能域。
蛋白质中具有某种特定功能的部分，它在序列上未必是连续的。
某蛋白质中所有功能域组合其起来决定着该蛋白质的全部功能。
EBI：欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）。
The National Center for Biotechnology Information (NCBI) at the NationalLibrary of Medicine (NLM), National Institutes of Health (NIH)EMBL ：欧洲分子生物学实验室（uropean Molecular Biology Laboratory）。
GenBank ：由美国国家生物技术信息中心提供的核酸序列数据库。
Gene ：基因。
遗传的基本的物理和功能单位。
一个基因就是位于某条染色体的某个位置上的核苷酸序列，其中蕴含着某种特定功能产物（如蛋白质或RNA分子）的编码。
DUST ：A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences.Gene expression ：基因表达。
毕业证明用学科专业的中英文翻译对照表
050107
中国少数民族语言
CHINESE ETHNIC LANGUAGE AND LITERATURE
85
050108
比较文学与世界文
COMPARATIVE LITERATURE AND WORLD LITERATURE
86
0501Z1
中国文学思想史
HISTORY OF CHINESE LITERARY THOUGHT
物流学
LOGISTICS
33
020224
计算金融学
COMPUTIONAL FINANCE
34
03
法学
LAW
35
0301
法学
LAW
36
030101
法学理论
JURISPRUDENCE
37
030102
法律史
LEGAL HISTORY
38
030103
宪法学与行政法学
CONSTITUTIONAL AND ADMINISTRATIVE LAW
050122
比较语言学
COMPARATIVE LINGUISTICS
91
0502
外国语言文学
FOREIGN LANGUAGES AND LITERATURE
92
050201
英语语言文学
ENGLISH LANGUAGE AND LITERATURE
93
050202
俄语语言文学
RUSSIAN LANGUAGE AND LITERATURE
119
0603Z2
世界上古中古史
ANCIENT AND MEDIEVAL WORLD HISTORY
120
0603Z3
生物信息学总结
一、生物学数据库总共三大数据库GenBank (隶属于NCBI) , DDBJ(日本) , EBI(欧洲)。
1. NCBIPubMed：美国国家医学图书馆提供的搜索服务，主要用于搜索paper。
Entrez ：将科学文献、DNA和蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据、种群研究以及全基因组组装数据整合成的一个系统，其实就是个工具，平常你点的search，是个查询、提取、显示系统。
Blast ：基础局部比对搜索工具，主要用于搜索相似DNA或蛋白质序列。
OMIM ：在线人类孟德尔遗传性状数据库，主要用于搜索人类基因和遗传异常序列。
BooksTaxonomy：生物类别的分类浏览器（古细菌、细菌、真核生物、病毒）Structure：分子模型数据库（MMDB,PDB）GenBank：数据量极大DbEST：表达序列标签数据库，GenBank的子库。
Unigene：为每一个gene创造一个条目，一个具体的基因可能对应于许多EST，但是只对应一个Unigene。
提供作为EST记录来源的cDNA库的组织区域分布列表，并且给出了对应于基因的EST列表，允许使用者对它们进行深入研究。
RefSeq：GenBank数据量太大，是冗余的，对应于某个基因的索引号可能有很多，但是其RefSeq仅有一个。
2. EBIEMBL:储存DNA、RNA序列的数据库，对DDBJ,GENBANK是互补的。
SWISS-PROT：现存的最好的标有注释的蛋白数据库TrEMBL：翻译后的EMBLMSD：蛋白质结构数据库Ensembl：基因组数据浏览器ArrayExpress：基因表达数据库3.其他生物学数据库PIR：蛋白信息数据库UniProt：将Swiss-Prot、PIR、TrEMBL三者合一ExPASy ：专家蛋白分析系统PDB：蛋白三维结构，存储格式为pdb，用RasMol软件看二、数据库检索数据库检索是指对数据库中的注释信息进行关键词匹配查找1、Entrez使用方法登录NCBI，在Search处选择数据库，输入检索词之后回车检索格式genepept、fasta序列的fasta格式：1. 每条记录的第一行以大于号（>）开始2. 大于号后是序列的描述信息3. 从第2行开始为序列本身。
生物信息学名词解释
1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。
2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。
3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。
代表测序方法：solid 测序。
4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。
焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。
在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。
例如：454测序仪：用蛋白质序列查找核苷酸序列。
:STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp －500bp。
它可用PCR方法加以验证。
将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。
在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。
:表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags）EST技术直接起源于人类基因组计划。
PubMed使用教程指南
通过NCBI整合检索系统PubMed可以链接到分子生物 信息学数据库文件，获取核酸序列、蛋白质序列；从 核酸序列翻译到蛋白质的序列；获取基因组和染色体 图谱；蛋白质三维结构等其他生物信息数据库信息。
Pubmed是目前世界上使用最广泛的免费Medline检索 系统，它提供Medline、PreMedline等数据库的检索。
6.期刊检索
（1）用字段限定[ta]检索
（2）通过系统自动 匹配功能自动检索
（3）通过“limit”的 “search by journal”
（4）通过“期刊 数据库”检索
发送至检索恇
点击选中
点击执行检索
检索结果
（四）辅助检索区
1.Limit （限定检索） 2.Preview/index（预览/索引） 3.History（检索史） 4.Clipborard（剪贴板） 5.Detail（检索式详览）
2.阿司匹林治疗心肌梗死（aspirin, therapeutic use, myocardial infarction, drug therapy） aspirin/therapeutic use AND myocardial infarction/drug therapy
1.哮喘的药物治疗
选择MeSH Database 输入检索词（单词、词组） （不能输有运算符的语句如： asthma AND therapy）
这是第二个概念 面检出的结果 10112条记录
在检索历史中进行 2个概念面的编辑 检索（注意逻辑符 AND大写）
这是2个概念面逻 辑AND的检索结果 1003条记录
再进行限定 检索
限定文献发 表的时间
可以输入具 体时间年、 月、日
这是两个概念2005年2006年逻辑AND检索 结果77条记录
生物信息学论文
人类角蛋白14(KRT14)基因的生物信息学分析前言：角蛋白14(Keratin 14 , K14)是角蛋白家族中一员，与角蛋白5 组成一组角蛋白对。
在正常胎儿和成人皮肤内，K14 的转录和翻译主要在表皮基底层和毛囊进行。
角蛋白（keratin ）系硬蛋白之一，是一类具有结缔和保护功能的纤维状蛋白质。
由处于α-螺旋或β-折叠构象的平行的多肽链组成不溶于水的起着保护或结构作用蛋白质。
角蛋白（Keratin）是以各种动物的毛发、鳞片、羽毛、蹄、角为主要形式广泛存在于自然界中的一种结构蛋白。
胶原（Collagen）主要存在于动物的皮、骨、软骨、肌腱、韧带和血管中，是结缔组织重要的结构物质。
角蛋白和胶原均为很好的动物蛋白资源[9]，已被广泛的运用到医药、食品等方面，但由于两者特殊的化学结构，性质较稳定，动物难以大量直接吸收，这局限了其在饲料方面的发展[10,11]。
而微生物来源的蛋白酶尽管活性很强[12]，可以水解多种难降解的纤维蛋白，如角蛋白和胶原等，但往往不是安全的菌株。
关键词：KRT14、序列、引物、进化树、图谱、基因一、材料与方法1.材料：数据来源NCBI的GenBank数据库。
获得KRT14相应的mRNA序列及其注释。
2.方法2.1人类角蛋白14的序列分析：利用NCBI的ORF Find预测开放阅读框ORF；利用DNAstar 的genquest程序对序列进行转录因子结合位点、限制性内切酶图谱分析；用clustalX进行同源序列比对并构建进化树，用NCBI中的primer-blast设计引物。
2.2人类角蛋白14(KRT14)基因的生物信息学分析二、结果与分析1. 从NCBI中获得人类角蛋白14(KRT14)基因全长序列。
其全长：1653 bp 登录号：NM_000526 ，更新时间：2011年10月16日。
基因来源菌种分类为：Homo sapiens、Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; V ertebrata; Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo.作者分别为：Natsuga,K., Nishie,W., Smith,B.J., Shinkuma,S., Smith,T.A., Parry,D.A.,Oiso,N., Kawada,A., Y oneda,K., Akiyama,M. 和Shimizu,H.2.mRNA序列如下：1 acccgagcac cttctcttca ctcagccaac tgctcgctcg ctcacctccc tcctctgcac61 catgaccacc tgcagccgcc agttcacctc ctccagctcc atgaagggct cctgcggcat121 cgggggcggc atcgggggcg gctccagccg catctcctcc gtcctggccg gagggtcctg 181 ccgcgccccc agcacctacg ggggcggcct gtctgtctca tcctcccgct tctcctctgg241 gggagcctac gggctggggg gcggctatgg cggtggcttc agcagcagca gcagcagctt301 tggtagtggc tttgggggag gatatggtgg tggccttggt gctggcttgg gtggtggctt361 tggtggtggc tttgctggtg gtgatgggct tctggtgggc agtgagaagg tgaccatgca421 gaacctcaat gaccgcctgg cctcctacct ggacaaggtg cgtgctctgg aggaggccaa481 cgccgacctg gaagtgaaga tccgtgactg gtaccagagg cagcggcctg ctgagatcaa541 agactacagt ccctacttca agaccattga ggacctgagg aacaagattc tcacagccac601 agtggacaat gccaatgtcc ttctgcagat tgacaatgcc cgtctggccg cggatgactt661 ccgcaccaag tatgagacag agttgaacct gcgcatgagt gtggaagccg acatcaatgg721 cctgcgcagg gtgctggacg aactgaccct ggccagagct gacctggaga tgcagattga781 gagcctgaag gaggagctgg cctacctgaa gaagaaccac gaggaggaga tgaatgccct841 gagaggccag gtgggtggag atgtcaatgt ggagatggac gctgcacctg gcgtggacct901 gagccgcatt ctgaacgaga tgcgtgacca gtatgagaag atggcagaga agaaccgcaa961 ggatgccgag gaatggttct tcaccaagac agaggagctg aaccgcgagg tggccaccaa 1021 cagcgagctg gtgcagagcg gcaagagcga gatctcggag ctccggcgca ccatgcagaa 1081 cctggagatt gagctgcagt cccagctcag catgaaagca tccctggaga acagcctgga1141 ggagaccaaa ggtcgctact gcatgcagct ggcccagatc caggagatga ttggcagcgt 1201 ggaggagcag ctggcccagc tccgctgcga gatggagcag cagaaccagg agtacaagat 1261 cctgctggac gtgaagacgc ggctggagca ggagatcgcc acctaccgcc gcctgctgga 1321 gggcgaggac gcccacctct cctcctccca gttctcctct ggatcgcagt catccagaga 1381 tgtgacctcc tccagccgcc aaatccgcac caaggtcatg gatgtgcacg atggcaaggt 1441 ggtgtccacc cacgagcagg tccttcgcac caagaactga ggctgcccag ccccgctcag 1501 gcctaggagg ccccccgtgt ggacacagat cccactggaa gatcccctct cctgcccaag 1561 cacttcacag ctggaccctg cttcaccctc accccctcct ggcaatcaat acagcttcat 1621 tatctgagtt gcataaaaaa aaaaaaaaaa aaa3.该基因所翻译的氨基酸序列为：MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPS TYGGGLSVSSSRFSSGGAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGG GFAGGDGLLVGSEKVTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIK DYSPYFKTIEDLRNKILTATVDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADI NGLRRVLDELTLARADLEMQIESLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAP GVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRKDAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISEL RRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLEETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEME QQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLEGEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRT KVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN4. KRT14基因的开放阅读框ORF序列如下：62 atgaccacctgcagccgccagttcacctcctccagctccatgaagM T T C S R Q F T S S S S M K107 ggctcctgcggcatcgggggcggcatcgggggcggctccagccgcG S C G I G G G I G G G S S R152 atctcctccgtcctggccggagggtcctgccgcgcccccagcaccI S S V L A G G S C R A P S T197 tacgggggcggcctgtctgtctcatcctcccgcttctcctctgggY G G G L S V S S S R F S S G242 ggagcctacgggctggggggcggctatggcggtggcttcagcagcG A Y G L G G G Y G G G F S S287 agcagcagcagctttggtagtggctttgggggaggatatggtggtS S S S F G S G F G G G Y G G332 ggccttggtgctggcttgggtggtggctttggtggtggctttgctG L G A G L G G G F G G G F A377 ggtggtgatgggcttctggtgggcagtgagaaggtgaccatgcagG G D G L L V G S E K V T M Q422 aacctcaatgaccgcctggcctcctacctggacaaggtgcgtgctN L N D R L A S Y L D K V R A467 ctggaggaggccaacgccgacctggaagtgaagatccgtgactggL E E A N A D L E V K I R D W512 taccagaggcagcggcctgctgagatcaaagactacagtccctacY Q R Q R P A E I K D Y S P Y557 ttcaagaccattgaggacctgaggaacaagattctcacagccacaF K T I E D L R N K I L T A T602 gtggacaatgccaatgtccttctgcagattgacaatgcccgtctgV D N A N V L L Q I D N A R L 647 gccgcggatgacttccgcaccaagtatgagacagagttgaacctgA A D D F R T K Y E T E L N L692 cgcatgagtgtggaagccgacatcaatggcctgcgcagggtgctgR M S V E A D I N G L R R V L 737 gacgaactgaccctggccagagctgacctggagatgcagattgagD E L T L A R A D L E M Q I E782 agcctgaaggaggagctggcctacctgaagaagaaccacgaggagS L K E E L A Y L K K N H E E 827 gagatgaatgccctgagaggccaggtgggtggagatgtcaatgtgE M N A L R G Q V G G D V N V872 gagatggacgctgcacctggcgtggacctgagccgcattctgaacE M D A A P G V D L S R I L N917 gagatgcgtgaccagtatgagaagatggcagagaagaaccgcaagE M R D Q Y E K M A E K N R K962 gatgccgaggaatggttcttcaccaagacagaggagctgaaccgcD AE E WF F T K T E E L N R1007 gaggtggccaccaacagcgagctggtgcagagcggcaagagcgagE V A T N S E L V Q S G K S E1052 atctcggagctccggcgcaccatgcagaacctggagattgagctgI S E L R R T M Q N L E I E L1097 cagtcccagctcagcatgaaagcatccctggagaacagcctggagQ S Q L S M K A S L E N S L E 1142 gagaccaaaggtcgctactgcatgcagctggcccagatccaggagE T K G R Y C M Q L A Q I Q E1187 atgattggcagcgtggaggagcagctggcccagctccgctgcgagM I G S V E E Q L A Q L R C E 1232 atggagcagcagaaccaggagtacaagatcctgctggacgtgaagM E Q Q N Q E Y K I L L D V K 1277 acgcggctggagcaggagatcgccacctaccgccgcctgctggagT R L E Q E I A T Y R R L L E 1322 ggcgaggacgcccacctctcctcctcccagttctcctctggatcgG E D A H L S S S Q F S S G S1367 cagtcatccagagatgtgacctcctccagccgccaaatccgcaccQ S S R D V T S S S R Q I R T 1412 aaggtcatggatgtgcacgatggcaaggtggtgtccacccacgagK V M D V H D G K V V S T H E 1457 caggtccttcgcaccaagaactga 1480Q V L R T K N *5.引物设计如下。
生物信息学-06-1-NCBI-PubMed and PMC BMC
Entrez的用途
• PubMed书目文献数据 • 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； • 获 取 Swiss-port,PIR,PRF,PDB 等 蛋 白 质 序 列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列； • 蛋白质三维结构数据及大分子模式 （MMDB）等其他生物信息数据库检索 • 获取基因组图谱信息
• 国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称 NCBI) 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部 分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部 分). • NCBI位于马里兰州的贝塞斯达, 建立于 1988年. NCBI保管GenBank的基因测序数 据和Medline的生物医学研究论文索引. 所
#4 Search child* aids prevent* Field: Title/Abstract,Limits:Review
检索式：(child* aids nursing) OR( #4)
规范化检索式： ( children aids nursing) OR (#4)
743
三、辅助检索区(2)：
三、辅助检索(1)： Limits
• 功能：
将搜索范围设定在一个特定的域
• • •
将搜索限定在某一语种出版的某一特定的文献类型
设定只搜索包含标题／摘要的文献 设定搜索范围为PubMed的一个子数据库 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人 类等
辅助检索区：预检（ Preview/Index ）
NCBI的四项计划
1. 2. 3. 4. 基本研究 数据库和软件 教育 训练
• NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家， 分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理 学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学 的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基 础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究 活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算 的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。 这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构 的预测。
生物信息学概论
3、蛋白质结构
目前用于确定蛋白质三维结构的方法：除了通过诸如X射线晶体 结构分析、多维核磁共振（NMR）波谱分析和电子显微镜二维 晶体三维重构（电子晶体学，EC）等物理方法 另一种广泛使用的方法就是通过计算机辅助预测的方法。一般 认为蛋白质的折叠类型只有数百到数千种，远远小于蛋白质所 具有的自由度数目，而且蛋白质的折叠类型与其氨基酸序列具 有相关性，这样就有可能直接从蛋白质的氨基酸序列通过计算 机辅助方法预测出蛋白质的三维结构
医学
生物学、 分子生物学
生物信息学
数学、 统计学
计算机学、 计算机网络
10
生物信息学主要功能
➢ 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进 度，缩短科研时间
➢ 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据 的分析所得的结论设计下一阶段的实验
➢ 实验数据的自动化管理 ➢ 寻找、预测新基因及其结构、功能 ➢ 蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前
研究的焦点和难点）
11
1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度， 缩短科研时间
➢ 核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分 析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和 分布、开放阅读框（ORF），蛋白编码区（CDS）及外 显子预测、RNA二级结构预测、DNA片段的拼接
33
蛋白质分析技术
氨基酸自动测序：测定蛋白质 N-端氨基酸序列 质谱法测序：测定氨基酸序列 X-射线衍射：测定蛋白质的 3-D结构 细菌或酵母双杂交实验：测定蛋白质间的相互作用 双相电泳：蛋白质组学研究
34
(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息
➢通过比较相似的蛋白质序列，如肌红蛋白和 血红蛋白，可以发现由于基因复制而产生的 分子进化证据。
生物大数据_福建农林大学中国大学mooc课后章节答案期末考试题库2023年
生物大数据_福建农林大学中国大学mooc课后章节答案期末考试题库2023年1.翻译contig参考答案:跨叠克隆群##%_YZPRLFH_%##重叠克隆群##%_YZPRLFH_%##克隆重叠群##%_YZPRLFH_%##重叠群##%_YZPRLFH_%##克隆叠连群2.导致氨基酸改变的核苷酸变异称为__________突变，它又可分为错义突变或无义突变参考答案:非同义3.生物信息学主要是利用哪种工具实现对生命科学研究中生物信息的存储、检索和分析的？（）参考答案:计算机4.Proteomics的含义是（）参考答案:蛋白质组学5.被誉为“生物信息学之父”的科学家是（）参考答案:林华安6.利用PubMed文献数据查找论文“Transgenic plants of Petunia hybridaharboring the CYP2E1 gene efficiently remove benzene and toluenepollutants and improve resistance to formaldehyde”的第一作者是参考答案:Zhang D7.Bioinformatics的含义是（）参考答案:生物信息学8.核酸序列一个位点的InDel会引起编码蛋白质的________突变参考答案:移码9.全基因组中拷贝数变异CNV有5种形式,列举一种_________参考答案:缺失##%_YZPRLFH_%##串联复制##%_YZPRLFH_%##不连续的复制##%_YZPRLFH_%##高层次的复制##%_YZPRLFH_%##复杂的拷贝数变异##%_YZPRLFH_%##高层次的复制变异##%_YZPRLFH_%##不连续的复制变异##%_YZPRLFH_%##串联复制变异##%_YZPRLFH_%##缺失变异10.Q值低于___时，相应的读段应该过滤掉参考答案:3011.数据库提供了最全面和可靠的注释信息，被称为蛋白质序列数据的“黄金标准”。
生物信息学数据库
我国生物信息相关网站
中国生物信息网
国家南方基因研究中心
/ch/ 北京大学生物信息中心
中国生物技术信息网
/ 中国科学院（上海文献中心）
基因定义
类似性积分
2020/3/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
E值为匹配期 望值。说明可 以找到与搜索 序列相匹配的 其它序列的几 率。E值越接 近零，越不可 能找到其它的 匹配序列，其 背后的含义就 是E值越少， 匹配度越好
点击可得待检序列 与库存序列对排
基因表达库链接 单基因库
基因信息库
2020/3/21
2020/3/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
生物信息学相关分析工具
BLAST 序列相似性对比
PRIMER 引物设计
蛋白质结构预测数据库 （EMBL）根据已知蛋白 质序列，预测同族二级、三维等结构
蛋白质功能预测数据库 （EMBL ）根据已知蛋白 质序列，预测蛋白质功能
2020/3/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
DDBJ日本核酸数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp
整合平台：Entrez 综合数据库
序列通过正式递交进入数据库 未正式发表文献以前，数据库予以保密
2020/3/21
复旦大学图书馆文献检索教研室
蛋白质序列数据库
SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库 http://www.Expasy.ch 内容包括序列及功能信息、蛋白识别、蛋白质结构预测 及其他功能
SRS系统(Sequence Retrieval System)欧洲分子生物学实验室开发 /
可开放式安装100多个数据库，北京大学安装了78个数据库
大学各专业名称英文翻译—文科方面ARTS
大学各专业名称英文翻译——文科方面ARTS澳门历史研究Study of the History of Macao办公管理Office Management办公设备运用Using Desktop Publishing in Business比较管理学Comparative Management比较诗学Comparative Poetics比较文化学Comparative Cult urology比较文学研究Study of Comparative Literature必修课4－10学分Restricted (4-10 Credits needed)病理生理学Pathological Physiology财务报告介绍An Introduction to Financial Accounting Statements财务报告运用Using Financial Accounting Statements财务管理学Financial Management财务会计学Financial Accounting财务理论与方法Finance Theory & Methods财政与金融Finance财政与金融学研究Study of Finance财政预算Preparing Financial Forecasts产业经济学Industrial Economics传统文化与现代化Tradition Culture and Modernization当代国际关系研究Contemporary International Relations Studies当代世界发展研究Contemporary World Development Studies当代中国外交与侨务专题研究Monographic Studies of Diplomacy and Overseas C hinese Affairs of Contemporary China德语(第二外语) German (2nd foreign language)第一外语(英语) English (1st foreign language)电力系统Power Electronic Systems电子数据Digital Electronics电子通信Electronic Communications电子原理Electrical Principles断代文化史研究Study of Dynastic History of Culture多媒体：多媒体应用开发Multimedia: Developing Multimedia Application多用户操作系统Multi-User Operating Systems耳鼻喉科学Otolaryngology发展经济学Economics of Development放射生态学Radioecology分布式应用程序的设计与开发：概况Distributed application Design and Developme nt: An Introduction分子细胞与组织生物学Molecular, Cellular and Tissue Biology分子遗传学Molecular Genetics妇产科学Gynecology & Obstetrics高级生物化学Advanced Biochemistry高级水生生物学Advanced Hydrobiology工程实践与应用沟通（提升行业沟通技能）Communication (Developing a Commun ication Strategy for Vocational Purposes)沟通：实用技能Communication: Practical Skills管理经济学Management Economics管理决策Management Decision-Making管理理论研究|| Management Theory Studies管理理论与实践|| Management Theory & Practice管理学研究|| Management Research光化学|| Photochemistry国际关系案例分析|| Case Studies of International Affairs国际关系学导论|| Introduction of International Relations国际金融市场研究|| International Financial Market Study国际金融研究|| Study of International Finance国际经济关系研究|| International Economic Relations国际经济环境|| The International Economic Environment国际经济政治制度比较研究|| Comparative Researches on International Economic & Political Structure国际音标的应用|| Application of International Phonetic Alphabet国际战略与大国关系|| International Strategy国际政治经济学|| International Political Economy国际组织与国际制度|| International organization and International System海外汉学|| Sinology Abroad海外华侨华人概论|| Researches on Overseas Chinese海外华人文学研究|| Study of Overseas Chinese Literature汉语词汇学|| Chinese Lexicology汉语方言调查|| Survey of Chinese Dialects汉语方言概要|| Outline of Chinese Dialects汉语方言学专书选读|| Selected Reading of Chinese Dialectology汉语方言研究|| Studies of Chinese Dialects汉语史名著选读|| Selected Reading of Chinese History汉语音韵学|| Chinese Phonology汉语语法史|| History of Chinese Grammar汉语语法学名著选读|| Selected Reading of Chinese Grammar宏观经济环境|| The Macro Economic Environment宏观经济学|| Macro-economics互联网：WEB服务器的管理|| Internet: Web Server Management互联网：电子商务入门|| Internet : Introducing E Commerce互联网：网络客户服务|| Internet : Internet Client Service互联网：网络配制与管理|| Internet: Configuration and Administration of Internet Services华侨华人史|| History of Overseas Chinese华侨华人与国际关系|| Ethnic Chinese and International Relations环境生物学|| Environmental Biology回族史|| History of Chinese Muslims会计基本理论与方法|| Basic Theories & Approaches of计算数学1 || Mathematics of Computing 1计算数学2 || Mathematics of Computing 2解剖生理学|| Anatomical Physiology金融工程学|| Financial Engineering金融机构风险管理|| Risk Management by Financial Institution金融热点及前沿问题专题研究|| Research on Financial l Central & Up-to-date Iss ues经济数量分析方法|| Methods of Economic & Mathematic Analysis经济数量分析方法|| Methods of Economic Quantitative Analysis跨文化管理学|| Cross-Cultural Management临床血液病学|| Clinical Hematology马克思主义与当代科技革命|| Marxism & Contemporary Science & Technology R evolution马克思主义与当代社会思潮|| Marxism & Contemporary Social Trends o f Thoug ht美术理论|| Theory of Fine Art美术史|| History of Fine Art蒙古史|| History of the Mongols免疫生物学|| Immunobiology免疫学|| Immunology免疫学|| Immunology民族政策与民族理论研究|| Study of Policies and Theories on Nation laities明清档案|| Archives in Ming and Qing Dynasties模拟电路|| Analogue Electronics南海诸岛史研究|| Study of the History of Islands in the South Chi na Sea企业财务与资本营运|| Company Finance & Capital Operation企业管理理论与实务|| Theory & Practice of Business Management企业应用软件的开发：概况|| Enterprise Application Development: An Introduction 全球化研究|| Globalization Studies人工器官|| Artificial organs人力资源管理研究方法|| Study Methods of Human Resource Management人体解剖学|| Human Anatomy人文地理文化学|| Cult urology of Humane Geography日常交流（法语/德语/意大利语/西班牙语1、2、3级）|| Basic communication in Fr ench/German/Italian/Spanish(Levels 1,2&3)日语(第二外语) || Japanese (2nd foreign language)软件开发：抽象数据结构|| Software Development: Abstract Data Structure软件开发：第四代开发环境|| Software Development: Fourth Generation Environm ent软件开发：高级编程|| Software Development: Advanced Programming软件开发：过程式程序设计|| Software Development: Procedural Programming软件开发：汇编语言和编程|| Software Development: Assembly Language and Int erface Programming软件开发：结构设计方法|| Software Development: Structure Design Methods软件开发：开发计划|| Software Development: Program Planning软件开发：快速应用开发和原型技术|| Software Development: Rapid Applications Development and Prototyping软件开发：面向对象编程|| Software Development: Object oriented Programming 软件开发：面象对象设计|| Software Development: Object oriented Design软件开发：事件驱动程序设计|| Software Development:: Event Driven Programmin g 软件开发：网站开发|| Software Development: Developing the WWW软件开发：应用软件开发|| Software商业法规|| Law for Business商业模式|| Structure of Business商业情报管理|| Business Information Management商业统计1 || Business Statistics 1商业统计2 || Business Statistics 2商业信息技术运用（电子数据表和Word处理应用软件）|| Using Information Technol ogy in Business（Spreadsheets &Word Processing Applications）商业信息技术运用（数据库和Word处理应用软件）|| Using Information Technology in Business (Database & Word Processing Applications)社会语言学|| Sociolinguistics审计学|| Auditing生物材料|| Biomaterials生物材料测试技术|| Modern Testing Methods of Biomaterials生物分子的探测和操纵|| Signals Bimolecular Detection and Manipulation生物力学|| Biomechanics生物流变学|| Biorheology生物信息学|| Bioinformatics物医学工程前沿|| Advances in Biomedical Engineering生物医学信号处理与建模|| Biomedical Signal Processing and Modeling生物制片及电镜技术|| Biological Section and Electronic Microscope Technique 生物制片及电镜技术|| Biological Section and Electronic Microscope Technique生殖工程|| Reproductive Engineering世界经济与政治研究|| World Economy & Politics Studies水生动物生理生态学|| Physiological Ecology of Aquatic Animal水生生物学研究进展|| Study Progress on Aquatic Biology水域生态学|| Aquatic Ecology思想道德修养|| Understand of Ideology and Morality宋代政治制度研究|| Study of the Political System of Song Dynasty宋明理学史研究|| Study of the History of Neo-Confucianism in Son g and Ming Dynasties提高个人成效|| Developing Personal Effectiveness通信工程|| Communication and Industry网络会计研究|| Network Accounting Studies微观经济环境|| The Micro Economic Environment微观经济学与宏观经济学|| Micro-economics & Macro-economics微型计算机系统|| Microcomputer Systems文化语言学|| Cultural Linguistics文献学|| Bibliography文学与文化|| Literature and Culture文艺美学|| Aesthetics of Literature and Art文艺学专题研究|| Special Study of Literature Theory西方史学理论|| Historical Theories in the West西方文论|| Western Literary Theories系统开发：关系数据库|| Systems Development: Rational Database Systems 系统开发概论|| Systems Development Introduction系统生态学|| System Ecology细胞超微结构|| Cell Ultra structure细胞超微生物学|| Cell Ultra microbiology细胞生长因子|| Cell Growth Factor现代公司会计研究|| Study of Modern Company Accounting现代汉语诗学|| Modern Chinese Poetics现代汉语语法研究|| Studies of Modern Chinese Grammar现代经济与金融理论研究|| Study of Modern Economy & Finance Theory现代商业复合信息|| Presenting complex Business Information现代商业信息|| Presenting Business Information现代审计理论与方法研究|| Study of Modern Audit Theories & Approaches香港历史研究|| Study of the History of Hong Kong项目管理|| Project Management项目设计|| Project Studies新制度经济学|| New Institutional Economics新制度经济学|| New Institutional Economics信息工程：应用软件|| Information Technology: Applications Software 1信息技术和信息系统|| Information Technology Information Systems and Service s信息技术应用软件|| Information Technology Applications Software选修课总学分|| Total optional credits required血液分子细胞生物学|| Hematological Cell and Molecular Biology训诂学史|| History of Chinese Traditional Semantics亚太经济政治与国际关系|| Economy, Politics and International Relations in Asia n-Pacific Region眼科学|| Ophthalmology医学分子生物学|| Medical Molecular Biology医学基因工程|| Gene Engineering in Medicine医学统计学|| Medical Statistics医学图像处理|| Image Processing医学物理学|| Medical Physics医学信息学|| Medi-formatics医学遗传学|| Medical Genetics医学影像技术|| Medical Imaging Technique医学影像诊疗与介入放射学|| Medical Imaging Diagnosis & Treatment and Interve ning Radiology译介学|| Medio-Translatology音韵学史|| History of Chinese Phonology应用统计|| Applied Statistics应用统计|| Applied Statistics用户支持|| Providing Support to Users语义学|| Semantics藻类生理生态学|| Ecological Physiology in Algae增强团队合作意识|| Developing the Individual Within a Team政治学研究|| Politics Studies中国古代历史文献的考释与利用之一：宋史史料学之二：元史史料学之三：港澳史料学之四：边疆民族史料学|| Utilization and Interpretation of Ancient Chinese Hist orical Literature 中国古代史的断代研究之一：宋史研究之二：元史研究之三：明清史研究|| Dynastic History of China中国古代史的专题研究之一：宋元明清经济史之二：二十世纪宋史研究评价之三：中国文化史之四：中西文化交流史之五：港澳史研究之六：中国边疆民族史之七：西域史研究|| Studies of History of China中国古代文化史|| History of Chinese Ancient Culture中国古代文论|| Ancient Chinese Literary Theories中国古典美学研究|| Study of Chinese Classical Aesthetics中国教育史|| History of Education in China中国经济问题研究|| Economic Problems Research in China中国区域文化研究之一：岭南文化史之二：潮汕文化史|| Re search on Chinese Re gional Culture中国少数民族文化专题研究|| Study of Special Subjects on Cultures of Chinese Minority Nationality中国思想史|| History of Chinese Ideologies中国与大国关系史之一：中美关系史之二：中俄关系史之三：中英关系史之四：中日关系史|| History of Relations Between China and Major Powers中国与世界地区关系史之一：与中亚地区关系史之二：与东南亚地区关系史之三：与东北亚地区关系史之四：与南亚地区关系史|| History of Relations Between China an d Other Regions o f the World中国语言文学与文化|| Chinese Languages, Literatures and Cultures中外关系史名著导读|| Reading Guide of Famous Works on the History of Sino-Foreign Relations中外关系史史料学|| Science of Historical Data on the History of S info-Foreign Relations中外关系史研究|| Researches on the History of Sino-Foreign Relations中外史学理论与方法研究|| Researches on Theory and Method About Si no-Forei gn History Science中外文化交流史|| History of Sino-Foreign Cultural Exchanges中外文论|| Chinese and Western Literature Theories中西交通史|| History of Communication Between China and the West资本市场研究|| Study of Capital Market资本营运、财务与管理会计理论和方法研究|| Study of Theories & Appr oaches of Capital Operation, Financial Management Accounting资本运营与财务管理研究|| Capital Operation and Financial Management Researc h组织工程进展|| Advances in Tissue Engineering组织行为理论|| organizational Behavior Theory《中华人民共和国学位条例》“Regulations Concerning Academic Degrees in the People's Republic of Chin a”结业证书Certificate of Completion毕业证书Certificate of Graduation肄业证书Certificate of Completion/Incompletion/Attendance/Study教育学院College/Institute of Education中学Middle[Secondary] School师范学校Normal School[upper secondary level]师范专科学校Normal Specialized Postsecondary College师范大学Normal[Teachers] University公正书Notaries Certificate专科学校Postsecondary Specialized College广播电视大学Radio and Television University中等专科学校Secondary Specialized School自学考试Self-Study Examination技工学校Skilled Workers[Training] School业余大学Spare-Time University职工大学Staff and Workers University大学University(regular, degree-granting)职业大学Vocational University。
生物信息学简答题
1.简述PCR引物设计的基本原则。
你知道哪种PCR设计软件？(1. 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
2.产物不能形成二级结构。
3. 引物长度一般在15~30碱基之间。
4. G+C含量在40%~60%之间。
5. 碱基要随机分布。
6. 引物自身不能有连续4个碱基的互补。
7. 引物之间不能有连续4个碱基的互补。
8. 引物5′端可以修饰。
9. 引物3′端不可修饰。
10. 引物3′端要避开密码子的第3位。
Primo Pro 3.4: PCR Primer Design，AutoPrime)2. 你知道哪些中文文献数据库？（《万方数据库》、《中国期刊网》、《维普中文科技期刊数据库》《国研报告》、《中经专网》、《中国资讯行》、《中宏数据库》）3. 分子生物学数据库有哪些类型？各有何特点？(1.基因组数据库:基因组数据库的主体是模式生物基因组数据库，其中最主要的是由世界各国的人类基因组研究中心、测序中心构建的各种人类基因组数据库。
2.蛋白质数据库：蛋白质数据库（HPDB），建于2004年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。
服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。
3.核酸数据库：DNA、RNA序列的资料库，主要包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止密码的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。
)4. 列举2个常用的生物信息学软件，并做简单介绍(Primer Premier是一款由由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，主要功能分四种，即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。
MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。
BioEdit_5.06中文使用说明书
BioEdit_5.06中⽂使⽤说明书翻译说明1 原英⽂稿中附有许多⽰例如输出窗⼝序列等译⽂⼀般⽤参见英⽂稿表⽰在阅读此段时请参见英⽂中的图⽰对于⼀些较⼩的⽰例如等式的推导译⽂中保留2 原英⽂稿中也给出了许多算法和程序的原始⽂献和⽹址译者认为这是BioEdit的⼀个优点如果想深⼊的学习不能不读⼀读原始的⽂献译⽂中⽤REFERENCE表⽰请参考英⽂原稿3 译⽂中对专业的词汇采⽤以下办法处理即⼀般采⽤国内已有⼈使⽤的译法如果未见到则译者给出⼀种译法并在旁边列出英⽂译⽂中各节的标题都是这样处理的前者如最简单的例⼦Aligment⼀词有⽐对对⽐对排等多种翻译郝柏林院⼠建议译做联配见⽣物信息学⼿册p175⽅⾈⼦译做排列对⽐见新语丝⽹页本译⽂采⽤联配的译法后者如mask⼀词⽂中专门有⼀节解释其含义此词的普通含义有⾯具遮饰译⽂中使⽤屏蔽并在旁边写mask总之此类词汇使⽤多了⾃然明了其内在的含义4 偶尔译者会对某处略做解释旁边⽤译者注表⽰表⽰译者的理解请注意5 翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料A ⽣物信息学⼿册郝柏林等著上海科学技术出版社 2000年B ⽣物信息学基因和蛋⽩质分析的实⽤指南 Andreas D.Baxebanis等原著李衍达等译清华⼤学出版社 2000年6 由于译者占有的资料不多⽔平有限在译⽂中肯定有漏译译的不全⾯甚⾄理解完全错误的地⽅(尤其是算法上)敬请指正关于BioEdit介绍BioEdit版本5.0.6版权?1997-2001汤姆霍尔当前版本制作于2001.12.2BioEdit是⼀个⽣物序列编辑器可在Windows 95/98/NT/2000中运⾏它的基本功能是提供蛋⽩质核酸序列的编辑排列处理和分析 1.0α版本是最早的未完成的并有瑕疵的版本 1.0α版本也⼀直未完成并有很多问题但是⽐较前⼀个还是增加了⼀点东西修正了⼀些问题在2.0版本中在增加和配置附加分析应⽤程序上增加了⼀个界⾯使其能通过BioEdit得到⼀个图形界⾯⽽且还增加了位置排列的信息基础动态描影版本3中增加了疏⽔亲⽔⾯互交的2-D浮雕数据绘图和⼀些更多的序列操作法版本4为绘制和注解质粒载体增加了⼀个图形界⾯在4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储⽅法⽽且增加了⼀个⼆进制⽂件格式允许快速保存和打开⼤的排列序列容量增加到20,000在版本5中增加了⾃动注解序列或⼿动使⽤所有的标准Genbank功能部件定义⽽且在Isis Pharmaceuticals公司的请求下增加了序列排序和分型组控制注解⾏以及残基和⾮残基字符的鉴别BioEdit并不打算成为⼀个强序列分析程序但是打算成为⼀个序列分析的友好⽤户界⾯并连接其他在局域⽹和万维⽹上的更多的序列分析程序它现在使⽤于⼤的排列>2000序列⽂件界⾯最初模仿于⼀个⾮常好的程序――Don Gilbert 编写的SeqApp and SeqPup印地安那州⼤学免费提供SeqApp (⽤于个⼈计算机) and SeqPup (⽤于交换平台)地址是ftp:///doc/8f7d638d84868762caaed50f.html /molbio/seqpup/GeneDoc是⼀个特别的排列程序能够⾃由的在Windows 9x 和NT上使⽤也是⼀个⾮常专业的程序有很好的蛋⽩质排列注解和分析描影和结构定义功能部件就象⼀个反映排列的内在的进化树⽽这些在BioEdit中是没有的GeneDoc的⽹址是/doc/8f7d638d84868762caaed50f.html /biomed/genedocGeneDoc有⽐BioEdit更好的描影和分类选项有助于⼿⼯排列序列还有更好的图形处理缠绕和伸展的排列视图选项动态共有序列和更平滑和更快速的排列卷曲和刷新BioEdit是⽤Borland's C++ Builder编写的C++程序我是北卡罗来纳州⼤学微⽣物系的研究⽣不是专业的程序员这是我学习C++语⾔的⼊门必然是个⾮专业的设计这不是我博⼠⼯作的⼀部分这个程序⾮常⼩⽽且很有效率BioEdit为序列排列输出和⼀些分析提供容易的⼯具BioEdit功能BioEdit的主要⽬的是为那些不愿意被迫详细了解⼀个程序的使⽤⽅法的⽣物学家提供⼀个有⽤的⼯具BioEdit是直观的菜单式的并有⼤量的图⽰提供⽤户⼀个外部分析程序的图形界⾯主要功能是提供明显的容易使⽤的菜单选项5.0.6版本提供以下功能⽤于序列处理和编辑的简单的图形界⾯使⽤编辑选项包括残基的select and drag选择和拖动和grab and drag抓取和拖动变量选择选项⿏标点击插⼊和删除缺⼝全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗⼝的⾃动刷新固定序列框保护排列中的固定残基使⽤各种功能部件内含⼦外显⼦促进⼦CDS和所有标准GenBank功能部件类型⾃动的和⼿动的注解序列使⽤⼀个模板序列⾃动注解同⼀排列中的其他序列序列分组分为各个颜⾊编码家族为同步⼿动排列锁定组成员⽤户定义的适当功能部件能够设定考虑任何功能部件就像⽤于类似性描影序列同⼀性矩阵和保存图表视图的核酸或氨基酸序列中的相关碱基⽤户定义的基序搜索使⽤标准的Prosite命名法和IUPAC功能部件允许搜索核酸或氨基酸序列还有精确的⽂本搜索包括或忽略缺⼝程序⾏可以定义为DNA RNA核酸蛋⽩质未定义或注解注解可以⽤于保存普通的注释或东西就象⼆级结构模糊定义但是不能保存计算根本的多基因树图阅读器⽀持节点翻转和打印链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列⽂件在⼀个排列末端添加另⼀个排列配置附件应⽤程序界⾯进⼊⼀个有BioEdit产⽣的图形界⾯的外部分析程序在外部应⽤程序中⾃动提供信息和找回⽂件外部应⽤程序进⼊分开的调度单位允许同步应⽤BioEdit外部程序的输出⽂件可以⾃动被其他程序打开在ABI⾃动序列模型3773733700中显⽰打印和编辑ABI痕迹⽂件在版本2和3中有SCF⽂件就象⽤Licor序列输出⽂件RNA⽐较分析⼯具包括共变可能配对和互交信息分析使⽤⿏标指⽰的动态数据视图的互交信息输出2D矩阵图表关于互交信息矩阵⾏和框的互交式的1D图表⽤BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息通过氨基酸翻译排列蛋⽩质编码核酸序列在排列中搜索保存的残基寻找好的PCR⽬标或帮助定义基序在核酸或蛋⽩质序列中搜索⽤户定义的基序或⽤通配符搜索精确的⽂本并选择包括或忽略缺⼝⽤⽀持最多20,000序列每个⽂档进⾏循环存储器分配最多可以成功测定四百六⼗万个碱基 E. coli基因组核糖体数据库中的原核细胞16SRNA排列29 Mb, 6205个序列将会被单独处理在配置为Pentium 233 Mhz80 Mb RAM的计算机中⽤BioEdit计划⽂件格式最多只需要10秒种可以写⼊⼀个16S RNA排列内部的读写GenBank Fasta Phylip和NBRF/PIR⽂件⽤Don Gilbert’s ReadSeq导⼊输出⼀些其他格式的⽂件使⽤BioEdit计划⽂件格式快速读写⼤排列⽂件使⽤⾃动更新的排列蛋⽩质全标题和GenBank区域信息进⾏ClustalW多序列排列Des Higgins et. al.编写的内部界⾯外部程序就象排列来⾃于核苷酸序列的蛋⽩质视图时的核苷酸编码序列将残基块状复制到剪贴板允许将全不排列或部分排列粘贴到⽂字处理器基本序列处理在⽂档之间复制粘贴序列翻译和还原编码RNA?DNA?RNA反转互补⼤写字母⼩写字母多⽂档界⾯最多同时打开20个⽂档但是在其他打开的窗⼝不能设置限制六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表⽤⽮量图进⾏半⾃动质粒⽮量绘图和注解⾃动酶切位点和位置标记⾃动多接头视图和⽤户控制绘图⼯具将质粒⽂件保存为可编辑的⽮量图形⽂件如位图复制到其他图形程序并可以打印氨基酸和核苷酸成分摘要和图表Revert to Saved恢复保存和undo撤销功能编辑氨基酸和核酸序列简单的指定⾊彩表编辑蛋⽩质和核酸序列使⽤不同的⾊彩表排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读ClustalW 和 GCG格式.10个附加格式的导⼊输出过滤器使⽤Don Gilbert的ReadSeq导⼊/添加⼀个⽂件到最后的另⼀个⽂件上(不考虑⽂件格式)基本的多⽂本编辑器限制性内切酶图谱⽤于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状DNA选项游览限制性内切酶创造商⾃动连接到你喜欢的⽹页游览器如Netscape或Internet Explorer程序和程序组的概述BioEdit是⽤Borland C++ Builder 3.0编写的(开始时是⽤C++ Builder 1.0)这是曾经是Borland公司的最新C++产品它结合了Borland C++ 5和Delphi的可视要素库VCL允许⽤户界⾯的可视开发使⽤快速申请开发RAD环境的好处在于它能够容易的创造出⼤量的图形界⾯它的缺点是编码不轻便BioEdit只能在Windows 95, 98, NT and 2000中使⽤我原来计划可以使BioEdit在Win16使⽤但是⾃从Windows 3.x过时了以后我就不再计划这样做了组织BioEdit当前⽀持同时编辑最多50个⽂件主要的控制形式包括打开⽂件的菜单创建新⽂档调整球形选项如⾊彩表密码⼦表分析参数选择和⼀个窗⼝管理器最初每个⽂档有它⾃⼰的整套处理菜单可以限制⽂档然⽽这被⼀个更传统的多⽂档界⾯所替代BioEdit没有使⽤额外的物理存储器除⾮编辑⼤的排列但是它看起来像占⽤了很多资源BioEdit每个⽂档最多可以有20,000个序列但在序列⼤⼩上没有限制在80MbRAM的233MHz的个⼈计算机上可以很好的处理⼀个来⾃于核糖体数据库的完整的原核16S rRNA排列6205个序列每⼀个有3319个字符⼀旦⽤BioEdit格式保存这个⽂件可以在⼏秒钟打开⽤GenBank格式要⼏分钟才能打开程序⽂件(BioEdit.exe)可以在主安装⽬录中找到可能还有以下⼦⽬录apps附件程序⽹页和⽹页书签通常以下⽂件会出现在apps⽂件夹按名称排列accApp.ini (在⾸次安装时为accApp.def)Bblast.htmlBioEdit.htmlblast_adv.gifblast_form_0.gifblastall.exe (在没有BLAST的版本中不出现)blastcl3.exe (在没有BLAST的版本中不出现) blast.txt bookmark.txtcap.doccap.execlear_inp.gifclustalw.execlustalw.txtcutter.htmlDnadist.docDnadist.exeDnamlk.docDnamlk.exeDos4gw.exe (PHYLIP 程序需要)Expasy.giffastDNAml.docfastdnaml.exeFitch.docFitch.exeformatdb.exe (在没有BLAST的版本中不出现) IdPlot.exe isrecsmall.gifKitsch.docKitsch.exemod_ad.gifmod_submit.gifnnpredict.htmlPFSCAN_form.htmlphi_blast.gifPHIBlast.htmlPhylip.mapProtdist.docProtdist.exeProtpars.docProtpars.exepsi_blast.gifPSIBlast.htmlReadseq.exeReadSeq.txtscnpsit1.htmlSiblogo.gifsmweb.gifdatabase (是局部的BLAST数据库安装的版本必须有BLAST⼯具). BioEdit (全版本) 有以下⽂件在database⽂件夹Ecoli.phrEcoli.pinEcoli.psqEcoli_ORFs.txt (E. coli 开放读码框架的⽂本⽂件).help/doc/8f7d638d84868762caaed50f.html t BioEdit.GID (不是安装来的出现在帮助⽂件第⼀次使⽤后) Bioedit.hlptablesBlosum62codon.tabcolor.tabdayhoffdefcolor.tabenzyme.tabGc.valgonnetmatchPam120Pam250Pam40Pam80Seqcode.val安装⽂件夹通常包括以下⽂件_deisreg.isr (安装相关⽂件)_isreg32.dll (安装相关⽂件)BioEdit.exe (BioEdit 执⾏⽂件)DeIsL1.isu (安装相关⽂件)RNaseP_prot.gb (蛋⽩质排列⽰例)RNaseP_prot_genes.gb (DNA排列⽰例)RNaseP_RNA.gb (RNA排列⽰例)PBSSK_plus.pmd (质粒绘图⽰例)bacterio.gb (附带GenBank 信息的蛋⽩质排列⽰例)bacterio.bio (附带GenBank信息图式注解记号标记和序列族的BioEdit⽂件⽰例) YopD.gb (附带GenBank信息的另⼀个⽰例⽂件)TreeView.zip (Roderic D.M. Page编写的极好的系统进化树阅读器完全安装才有) TreeView.txt (记录TreeView的安装信息和配置BioEdit与tree-generating附件的连接)license.txt (BioEdit 许可证协议)ReadMe.txt (总说明)重要的是⽂件夹和⽂件的名字不能更改如果更改了BioEdit将不能正确安装将会有⼀个BioEdit.ini⽂件出现在你的Windows主⽬录下它包含BioEdit的初始化默认值和参数选择虽然这个⽂件可以⼿动编辑但是我们推荐不要编辑和⼿动编辑这个⽂件当前被⽀持功能部件和已知问题的列表请看BioEdit的功能和已知问题局限性已知问题和局限性BioEdit想要成为⼀个处理个别简单序列的多⽤途界⾯带有适合于⾃动化多重排列选项的综合序列排列最佳成对排列并且着重于使⼿⼯排列更容易随着时间的推移增加了⼀些附件的功能质粒绘图限制性内切酶图谱ABI和SCF查阅RNA⽐较分析和其他功能中的图式注解然⽽常⽤的查找功能特殊化分析如蛋⽩质⼆级结构三级结构的预测RNA结构的热动⼒学预测排列性质的统计学分析序列模式的概率或神经⽹络模型排列和结构的预测不包括在这个程序之内虽然⽤户可以配置命令⾏附件应⽤软件有程序链接连到ClustalW局域BLAST和BLAST client 3但是在ClustalW程序或BLAST 程序升级后不能保证这些链接正确⼯作虽然在BioEdit安装程序中提供的局域BLAST和Clustal程序将会继续⼯作但在下⼀次NCBI决定改变它的委托⼈时BLAST client 3将不能正常⼯作我也不再⼀直⽀持这个程序源代码将在稍后提供下载但是会有⼀些紊乱没有很好注释限制于Borland C++ Builder这是我毫⽆疑惑的发布源代码的原因同样⾃动⽹页链接为⽹页如BLAST PSI-BLAST PROSITE轮廓扫描⽹页提供⼀个选择序列它们的⼯作依赖于⽹页的局域HTML模板BioEdit编辑的资源包括查询⽂本区域的选择序列因为万维⽹的⾼度易变性这些也许不能长时间正常⼯作如果⼀些地址变化或者HTML界⾯充分改变这些将不再能正确⼯作它们可能可以在BioEdit/apps⽂件夹中局部的被新的同名更新⽹页所替代但是它们是否能正常⼯作将依赖于⽹页中必需的URL定位是否被指定为绝对路径或相对路径它们是否依赖于局域CGI或Java 程序和其他潜在的问题想要配置命名⾏分析程序的界⾯很好的⼯作可能不需要复杂的scripting语⾔然⽽因为这个界⾯及其选项的静态特点可能有程序不能正确的通过BioEdit运⾏虽然绝⼤多数接受命令⾏的程序可以被设置总之许多⼈可能宁愿为了更好的控制选项⽽从命令⾏运⾏程序BioEidt可以很好显⽰合适⼤⼩的排列然⽽对于⼀次打开的排列⽂档数量有限制同样⼀个单⼀排列中的序列数量也有限制现在最多⼀次打开50个排列⽂档⼀个排列中的最多序列数是20,000序列数量的限制和序列长度是⽆关的排列的绝对⼤⼩是有效的系统内存决定的如果⽂档在系统中全部进⼊虚拟内存编辑将会变得很慢如果排列中有⼏千个rRNA基因或者全部基因组的序列列表在Win95/98或NT系统中⾄少需要64到128Mb的内存在Win2000系统中⾄少需要128Mb内存在排列矩阵N× M > 40,000,000 (N = 序列数M=最长序列长度)时Undo撤消选项⾃动失效BioEdit是由Borland C++ Builder编写的是100% Windows基础它是不可移植的因为这个程序的⼤部分是图形界⾯在UNIX或Mac中可能不好使⽤BioEdit使⽤⼿册序列编辑处理⼿⼯序列排列下⾯是基本的BioEdit排列⽂档窗⼝如果你不喜欢现在的样⼦不要当⼼字体⼤⼩背景颜⾊残基颜⾊和标题窗⼝宽度都可以改变⿏标箭头右下⽅的黄⾊条幅显⽰的是当前序列的绝对位置这同样显⽰在控制栏的Position标题选择关闭黄⾊条幅就进⼊View->show sequence position by mouse arrow总的⼿⼯排序功能是在编辑窗⼝有三个可应⽤的基本模式选项可在Sequence->Edit Mode中找到Select / Slide mode(选择/调整模式)⽤⿏标左键选择框住的残基⽤⿏标来回的拖动选择默认值是朝你滑动的⽅向忽略unlocked gaps并在所选择的另⼀边开启新的unlockedgaps为了移动所选择的全部序列的下游不管缺⼝在移动时按住shift键你也可以在按钮板上切换合适的按钮见后改变默认值为移动所选择的全部序列的下游选定选项后在滑动时⽤shift键忽略unlocked gaps⽤shift键选择所有在现在选定的和新选择的残基CTRL键可以在当前选择上增加⼀个新的选择例如你也许想在三个互不相连的序列中选择残基Edit mode编辑模式在编辑残基模式中你可以在⽂档的任何位置除了标题放置任何类型的光标⽤箭头你可以在序列中⾛来⾛去编辑有两种形式插⼊和改写当编辑器在编辑模式可以看见在编辑模式的下拉菜单中有⼀个选项在其它两个排列模式,这个选项不会出现.Grab & Drag mode(抓取/拖动模式)从mode⽬录中选择Grab & Drag或者切换G/D按钮见后你可以从屏幕上动态的抓取和拖动单个残基⽤shift键移动整个残基序列的下游或者在按钮板上切换成合适的按钮――见后Grouping of sequences序列分组Sequences may be grouped into groups (or"families").序列可以进⾏分组或分成家族⼀个组的序列排列可以相互锁定意味着⼿动调节⽤可调整的残基插⼊或和删除缺⼝将⾃动同步调节⼀个锁定的组This only applies to sliding resides (Select / slide mode or Grab & Drag mode), not to single insertions and deletions of gaps with right mouse clicks. For information on grouping sequences and locking the alignment of groups of sequences, see grouping sequences.这只适合于可调整的残基Select / slide mode或Grab & Drag mode不能⽤⿏标右键进⾏单个缺⼝的插⼊和删除想了解有关序列分组和其排列锁定的信息看grouping sequences⼯具条 / 加速按钮锁定和开启全部序列的所有缺⼝当打开⼀个排列这个按钮是在开启状态但是缺⼝是现在的虽然它们过去被保存在这个按钮被按下去后才能进⾏改变为了开启当前序列的所有缺⼝你必须按这个按钮两次进⾏切换到这个状态第⼀状态是锁定所有缺⼝上个按钮的锁定状态按下这个按钮可以⽤⿏标右键插⼊单个缺⼝⽤⿏标右键删除缺⼝在所有序列中插⼊缺⼝除了在⽤⿏标右键点击这个按钮的位置在所有序列中插⼊缺⼝除了在⽤⿏标右键点击这个按钮的位置在选择位置没有缺⼝的序列将不会改变但是有这个按钮在那⼉缺⼝将始终被删除转换⿏标左键和右键的默认值功能切换Grab & Drag模式按下这个按钮可调整残基的默认值是忽略或扩展到下游缺⼝使⽤shift键可以调整转换这个功能按下这个按钮可调整残基的默认值是移动全部所选序列的下游胜过忽略或扩展到下游缺⼝使⽤shift键可以调整转换这个功能普通视图模式当序列颜⾊显⽰时残基根据当前的⾊彩表着⾊这个选项⽤于序列是单⾊视图时所有其他视图覆盖单⾊视图反转颜⾊视图模式背景栏根据每⼀个残基的⾊彩表描影残基的颜⾊是它们普通颜⾊的反转排列的强度――残基根据每⼀栏的信息内容灰度描影残基背景根据每⼀栏的信息内容描影把⽂档窗⼝中⼀致的和类似的残基描影按下这个按钮控制条上将会出现⼀个下拉菜单可以控制隐藏的百分⽐开端蛋⽩质排列的类似性隐藏的矩阵⽂件可以在Alignment->Similarity Matrix菜单中详细说明绘出功能部件其上有层次的序列只绘出功能部件没有序列根据当前的⾊彩表序列彩⾊视图根据当前选择的序列颜⾊序列单⾊视图只⽤于normal view按钮也被按下⽤⼀个字符默认值是.显⽰序列的同⼀性默认值是top.如果按下前⼀个按钮这个下拉菜单能够选择标记同⼀性的字符显⽰或隐藏交互信息检查器只⽤于RNA分析引出⾊彩表编辑对话窗切换ignore anchor points模式如果这个按钮没有按下固定栏限制排列的范围按下这个按钮固定栏被忽视卷屏速度控制器控制⽔平卷屏条卷屏是因残基增加增加或移去位置标记旗增加或移去⼀个栏的固定点在编辑盒中编辑在⼀个⽂本窗⼝中进⾏⼀个序列主要的编辑会⼗分⽅便为⼀个序列开启⼀个编辑窗⼝双击序列的标题或选中序列并从Sequence菜单中选择Edit Sequence为了使改变⽣效必须按下Apply或Apply and Close按钮取消将不会改变序列在⼀个序列第⼀次编辑时将会出现下⾯的窗⼝在Sequence Type下拉菜单中下列选项是可⽤的如果⼀个序列是未知的蛋⽩质⾊彩表通常是彩⾊的就像⼀个已经经过类似性底纹处理的蛋⽩质序列可以保留⼀个关于排列的每⼀⾏的屏幕信息的注解但是不能计算类似性和同⼀性不服从标准的处理如翻译互补⾃动排列等在单个序列编辑器中你可以⽤lock sequence选项选择锁定任何序列应⽤这个选项时selecting/dragging或抓取和拖动将不能使⽤但是⽤⿏标右键增加或删除缺⼝始终可以使⽤按下按钮可以展开窗⼝看相关的GenBank的信息窗⼝扩展如下按钮可以⽤于提出在⼤的编辑窗⼝中的相关领域**注意GenBank信息将只能⽤GenBank或BioEdit格式保存***注意GenBank信息包括功能部件领域是内部独⽴于⽤户定义的图⽰注解窗⼝隐藏⼀个⽂档可以进⾏窗⼝隐藏就是双击窗⼝的标题栏可以隐藏标题栏再次双击可以使其变回原来的⼤⼩它也可以最⼩化和最⼤化增加⼀个新序列通过以下⽅式增加新序列1.在Sequence菜单下选择New Sequence选项序列可以像原始⽂本⼀样被键⼊或复制进序列窗⼝按下Apply按钮可以在⽂档中增加序列2.通过Edit菜单的Copy Sequence(s)和Paste Sequence(s)命令复制或粘贴来⾃其他BioEdit⽂档的序列同样也可以使⽤当前菜单快捷键(默认值Ctrl+F8复制Ctrl+F9粘贴)全屏编辑序列可以在全屏编辑就像在⼀个⽂字处理器上⼀样必须⾸先设定Mode选项为Edit Residues(BioEdit在安装后默认模式为Slide Residue)在编辑模式下你可以使⽤箭头在屏幕上移动输⼊像在⽂本编辑器中⼀样编辑有两种选项插⼊模式和改写模式它们类似于在⽂字编辑器中的功能选择序列点击序列的标题可以选中序列拖划出⼀个⽅框可以选中多个序列或⽤shift键选择两个选择序列之间的所有序列⽤Ctrl键加⿏标可以分别选择标题或给选中的序列加上详细的标题双击标题将会打开⼀个单序列编辑器再次点击原先选中的标题使其进⼊全屏编辑模式你可以编辑标题后按下< return >或点击序列标题板的任何位置使对标题的改动⽣效移动序列想移动⼀个序列(或⼀些序列)选中它(⽤⿏标左键点击它的标题使其变亮)把它拖放到你想要的位置Cut Copy Paste剪切复制粘贴Copy复制编辑窗⼝的⽂本(序列残基)⽤⿏标选择⽂本并从Edit菜单选择Copy不像⽂字编辑器你可以复制你想选择的区域⽽不是复制⽂本的全部⾏这种⽅式复制的区域可以粘贴在任何能够进⾏⽂本编辑的程序中如果只是如果你没有选中在全部序列中任何残基序列的标题将会以BioEdit序列结构形式复制到BioEdit的剪贴板在选择Paste Sequence(s)时全部序列将会被粘贴到⽂档全部序列⽤⿏标选择序列标题并从Edit菜单选择Copy Sequence(s)标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板多于⼀个被选中的序列将以Fasta序列⽬录的形式复制到剪贴板中并在BioEdit内部复制成⼀组全部BioEdit序列结构能够被粘贴在任何BioEdit⽂档中注意BioEdit剪贴板中包括所有序列相关数据Genbank信息图⽰注解是在BioEdit 同⼀步骤的内部它们不能在独⽴的步骤之间转移为了在BioEdit排列⽂档之间复制序列必须确定两个⽂档是在程序的同⼀步骤打开的只有Fasta格式的序列可以被复制到普通的Windows剪贴板Paste粘贴在编辑窗中的⽂本为了把⼀个序列粘贴⼊主编辑窗界⾯必须是Edit Residues模式见全屏编辑如果⽂本的⼀个区域被粘贴到⼀个序列只有第⼀⾏⽤回车键定义将会被粘贴这避免了在粘贴⽂本进⼊序列时可能出现的问题也避免了不注意的使错误的序列在其下为了把⽂本的⽚段粘贴到排列的⼀个区域⽚段必须⼀次⼀个的粘贴进序列如果⽂档在Slide Residues或Grab and Drag模式Paste粘贴的功能将会和Paste Sequence(s)粘贴序列的功能⼀样见后全部序列从⽂档菜单到粘贴序列从Edit菜单中选择Paste Sequence(s)序列将会增加到⽂档的最后它们可以移动到⽂档的任何位置Cut剪切和Cut Sequence(s)剪切序列就象Copy复制和CopySequences复制序列⼀样但是其功能是从⽂档中删除复制的信息然⽽只有在Edit Residues模式下残基才能从⽂档中删除同样当在没有选中任何残基的情况下使⽤剪切功能时标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板并以序列结构的形式复制到BioEdit剪贴板中但是它们不能从⽂档中删除为了适当的从⽂档中剪切序列可以选择Cut Sequence(s)Minimizing an Alignment排列的最⼩化当⼀个排列⼿⼯处理时当序列定期的增加并⼿⼯排列到⼀个现有的排列中缺⼝经常导致⼀个专栏出现在每⼀个序列中为了在不改变现有排列的情况下移动缺⼝选择Minimize AlignmentBasic Manipulations / Sequence Menu基本处理序列菜单⼀些简单的序列处理可以通过BioEdit的⼀个菜单选项⾃动完成这些选项在Sequence中在BioEdit中Masks屏蔽在这⼀点上有⼀点薄弱主要⽤于RNA⽐较分析功能关于在BioEdit中如果使⽤屏蔽看Masks锁定和开启缺⼝当残基在序列中滑动时⼀个锁定的缺⼝将不能被压缩为了锁定缺⼝选择想要锁定的缺⼝后选择Lock Gaps想要锁定序列中的所有缺⼝选择序列的标题后选择Lock Gaps想要锁定⼀个排列中的缺⼝切换lock/unlock按钮进⼊锁定状态开启的缺⼝就是锁定状态的相反想要开启⼀个排列中的所有缺⼝切换lock/unlock按钮进⼊开启状态Degap选项可以移动所有开启的缺⼝它也可以移动被选中标题的序列中的所有开启的缺⼝注意和.表⽰开启的缺⼝表⽰锁定的缺⼝这个惯例⽤于BioEdit中每⼀个窗⼝和功能如果⼀个句点没有经过BioEdit加上的缺⼝特点但也有⼀种加⼯过的缺⼝类型为了程序的可计算性宁愿使⽤BioEdit中的缺⼝特点同样⼀些程序可能使⽤⼀个句点去表⽰排列位置中没有残基或缺⼝但是只是在序列的开始或结尾BioEdit不直接注意这种差别序列⾏之前或之后的位置被加⼯成缺⼝⽽且BioEdit假定每⼀个排列包含有真正的同源序列尽管BioEdit也被设计成允许⽤户忽视程序的排列中⼼并只使⽤它处理序列的数据Sequence Menu序列菜单(不包括mask功能)New Sequence新序列创造新序列开启⼀个单⼀序列编辑器。
生物信息学名词解释
1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学现象，这些中断的位点称为空位。
P29是引入时间概念的支序图。
18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种10.科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。
利用数学知识建立各种空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影中的同源序列，具有相似或不同的功能。
（书：在缺乏任何基因复数学模型响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。
）罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。
存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。
P3719.值：11.E衡量序列之间相似性是否显著的期望值。
E2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对值大小说明了旁系（并系）同源：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。
(可以找到与查询序列（特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。
query）相匹配的随机或无关序列的概率，E书：由于基因重复事件产生的相似序列。
值越小意味着序列的序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一)值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E3.FASTA20.相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意外类群：）表示一个新文件些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。
义。
P95的开始，其他无特殊要求。
21.有根树：能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。
BLAST12.低复杂度区域：搜索的过滤选项。
指序列中包含的重复序列格式：4.genbank是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为22.除权配对算法（UPGMA）：最初，每个序列归为一类，然后找（度高的区域，如polyA广泛的生物信息学序列格式之一。
生物学专业英语翻译技巧与实践
2012年12月新乡学院学报（社会科学版）Dec．2012第26卷第6期Journal of Xinxiang University(Social Science Edition)Vol．26No．6●语言学研究生物学专业英语翻译技巧与实践周延清（河南师范大学生命科学学院，河南新乡453007）摘要：生物学专业英语翻译是指把英语或汉语所表达的信息内容用汉语或英语准确而完整地表达出来的创造性语言活动，是促进教育和科学技术交流的重要手段。
要做好生物学专业英语的翻译工作，生物学专业及其相关专业的师生和科技工作者必须精通英汉两种语言，掌握必要的翻译理论和方法技巧，不断提高自己的语言文字水平、专业技术与专业知识水平，进行大量的翻译实践。
关键词：生物学；专业英语；翻译中图分类号：H314文献标志码：A文章编号：1674－3334（2012）06－0122－05收稿日期：2012－09－25基金项目：国家双语教学示范课程建设项目（教高司函［2010］11号）；河南师范大学教研项目（2009812）作者简介：周延清，男，河南邓州人，河南师范大学生命科学学院教授，博士。
生物学专业英语翻译是生物学双语教学示范课程建设项目的重要组成部分之一。
生物学专业师生和相关工作者学习、掌握和运用其特点、原则和技巧对搞好生物学双语教学具有重要意义。
文章主要介绍生物学专业英语翻译和实践，为生物学专业师生和相关工作者进行生物学专业英语英译汉翻译提供参考和帮助。
一、生物学专业英语的构词法生物学英语作为科技英语之一，其词汇成千上万，而且随着科技的不断发展与进步，新的生物学词汇越来越多。
科技英语的专业特点和行文特点决定了其构词法（Word Formation）的特殊性。
构词法又叫做词形学（Morphology），是研究词形变化现象和规则的学问，主要包括合成法、转化法、派生法、混成法、截短法和词首字母缩略法等。
在此仅介绍转化、合成和派生。
（一）转化法（Conversion）：由一类词转化为另一类词。
生物信息学相关工具名称山寨翻译(帮助记忆,仅供参考)及相关内容
实验一生物信息学数据库浏览与数据库检索NCBINational Center for Biotechnology Information美国国立生物技术信息中心/EMBLEuropean Molecular Biology Laboratory欧洲分子生物学实验室/embl/Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。
Entrez中的数据库包括Entrez中核酸数据库为：GenBank, EMBL, DDBJ蛋白质数据库为：Swiss-Prot, PIR, PFR, PDBPubMed基因组和染色体图谱资料实验二数据库相似性搜索与序列比对BLAST=Basic Local Alignment Search Tool：基本的局部的比对搜索工具（核酸或蛋白质序列比对工具）Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq) （两序列比对工具）ClustalW2 (Multiple Sequence Alignment)（多序列比对工具）实验三 DNA序列分析1、VecScreen=Vector Screen：向量屏幕使用相关工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。
2、RepeatMasker 重复戴面具者(/)3、CpGPlot：CpG岛阴谋/CpGReport ：CpG岛报告/Isochore：等容线(/emboss/cpgplot/)使用相关工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。
4、Neural Network Promoter Prediction：神经网络启动子预测(/)预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。
fastqc 引用文献
fastqc引用文献FastQC是Illumina开发的一种用于分析高通量测序数据质量的工具。
它可以检测测序数据中的各种质量问题，包括：1.碱基错误率2.序列长度分布3.序列重复率4.碱基质量分布5.碱基偏倚FastQC是一个免费和开源的工具，可以用于各种高通量测序平台，包括Illumina、Ion Torrent、Roche 454等。
FastQC的引用文献如下：●原始论文Andrews,S.,et al.(2010).FastQC:A quality control tool for high throughput sequence data.Bioinformatics,26(15),1968-1971.●中文翻译安德鲁斯等人.(2010).FastQC:高通量测序数据质量控制工具.生物信息学,26(15),1968-1971.●参考文献Wu,Y.,et al.(2012).A comprehensive evaluation of FastQC and other quality control tools for high-throughput sequencing data.BMC Bioinformatics,13(1),128.吴等人.(2012).对FastQC等高通量测序数据质量控制工具的全面评估.BMC 生物信息学,13(1),128.●Barrett,T.,et al.(2010).Genome in a bottle:Leveraging communityresources to improve data quality and reproducibility.Genome Biol,11(11),R106.巴雷特等人.(2010).瓶装基因组：利用社区资源提高数据质量和可重复性.基因组生物学,11(11),R106.。
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翻译部分（生物信息学论文5-6页）translated by:何茂章
这个队列在补充图形1中，补充材料是在线的。
MADS+K核苷酸矩阵在简约性何贝叶斯定理的标准下做进化分析。
简约性分析用PAUP*4.0执行。
最大简约法树状结构是由把差异当做缺失数据的启发式搜索生成的。
支持节点的辅助程序估计有1000个启发式搜索复制用初始的相同设置的方法。
对于每一个复制辅助程序只有一个随机阶梯式附加。
贝叶斯分析是用大都市耦合马尔卡夫链蒙特卡罗法执行的，就像在MrBayes V.3.1.1中一样。
马尔卡夫链是经过5百万世代的竞选而没有被分子钟强行执行。
4个随机重新整理的自定义开始的树状结构已经实施了。
这个树状结构和最简约的树状图相符合。
马尔卡夫链是从后验分布的树状结构中抽取的总共5000个树状结构中抽取每100个世代用于去计算分化枝的后验概率。
最开始的12500个树状结构图被当做“burn-in”丢弃了。
依照伽马分布交叉位点的特定比率的可逆模型的一般时间被用于缺省值的先前设定。
对于正在跑的链，用一条链在0.2的缺省值设定下加热。
西红柿MIKC cＭＡＤＳ－Ｂｏｘ基因的表达
为了定义３６个西红柿MIKC c ＭＡＤＳ－Ｂｏｘ基因的ｍＲＮＡ表达的一般模式，做了特定基因和特定组织的反转录和实时定量聚合酶链反应。
ＲＮＡ分别从西红柿的根，籽苗，叶子，花序，萼片，花瓣，雄蕊，心皮，未成熟果实，断路器果实，黄果，成熟果实（包括种子）用参照生产说明的试剂盒法提取。
ｃＤＮＡ是由总RNA利用Superscript III方法根据厂商的说明。
为３６个西红柿MIKC c ＭＡＤＳ－Ｂｏｘ基因的特定基因设定引物。
肌动蛋白被用于作为每一种组织类型的正控制。
引物对的扩增的最佳退火温度和线性范围已经决定了。
根据这些测定，PCR在最佳退火温度55-60℃下扩增24-32个循环。
结果
QVT引物设计
退化正向引物的设计是识别13个氨基酸的高度保守伸展在MADS box of MIKCc-类型MADS-box 基因的被子植物中。
这个区域被称为QVT区域在序列的第三个氨基酸后。
QVT范围的鉴定是由比较来自2002年9月份的GenBank的308个全长的被子植物MADS区域序列的MADS区域的氨基酸序列。
成群的相似QVT序列的回译导致总共7个退化的ＱＶＴ引物可以被用于多聚胸腺嘧啶引物去扩增ＭＩＫＣｃ类型ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因。
除了３个情况，被用于设计ＱＶＴ引物的初始３０８个序列之间至少有一条有不超过２ｎｔ的差别。
为了确定引物设计的粗糙，添加了新的ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因。
用存在于ＧｅｎＢａｎｋ中的全部ＭＡＤＳ－ｂｏｘ序列，重复了用于发展ＱＶＴ引物的研究。
在此时，我们的研究导致了附加的５６８个被子植物的ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因。
总共达到了８７６个。
将这些新的５６８个ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因的ＱＶＴ区域和ＱＶＴ引物比较发现，就像最初的设计一样，差不多全部的序列与其中的一个ＱＶＴ引物有不超过２ｎｔ的差别，而且大多数序列精确的符合至少一条ＱＶＴ引物序列。
这里有５个例外，一个大米的登记号为ＣＡＥ０５６０６与ＱＶＴ１有５ｎｔ的区别。
然而，这个登记包含一个ＭＡＤＳｂｏｘ但是没有Ｋ区域。
表明这不是一个MIKC类型MADS-box基因。
一个拟南芥的登记号（AAN52796）与QVT2有3nt的不同。
这个登记与AGL相符合，它是一个MIKC*类型MADS-box基因。
芦笋龙须菜的登录号（AAA18768）与QVT3有3nt的差异。
这个登记没有足够的序列数据证明除了MADS box意外还有没有K区域的存在。
一个向日葵的登录号（AAO18230）与QVT5有4个nt的差异。
这个登记和MIKC类型MADS-box基因相符合。
最后，除了拟南芥PISTILLATA
序列在之前的研究中发现外，还有两个附加的PISTILLATA登录号来自于拟南芥和芥菜分别包含4-5个nt与QVT6之间的差异。
概念验证：MIKC类型MADS-box基因来自于拟南芥
为了确定引物QVT1-7的效能，与多聚胸腺嘧啶相结合，为了放大MICK c类型MADS-box基因，首先应用退化引物方法与拟南芥中。
依据先前的工作和拟南芥的基因组序列，共有39个MICK c类型MADS-box基因在拟南芥基因组中。
期望全部的MICK c类型MADS-box基因都能在QVT1引物下扩增。
其中一个基因，AGL24，期望在QVT2下扩增。
4个与QVT3相符合的基因。
个拟南芥MICK c类型MADS-box基因期望在QVT4扩增。
没有与QVT5相符合的，2个与QVT6符合，6个与QVT7符合。
39个中有37个拟南芥MICK c类型MADS-box基因在QVT引物下被重新找到。
AGL13和AGL71没有重新获得。
AGL71的表达形式特别限制。
它的表达只有在发芽的籽苗中才能发现。
考虑到组织取样策略，可以解释我们无法去重新获得。
AGL13，相反，在我们的策略下我们不知道他表达的方式会限制它的成功扩增。
而且AGL13的QVT区域序列跟我们的QVT引物也没有显著的不同。
事实上，利用QVT引物去扩增包含克隆AGL13序列的质粒重建实验室成功的，表明QVT引物在重新获得AGL13基因是有效的。
QVT引物在单个成功来看在MICK c类型MADS-box基因要比全部相似是可以预期的。
观测的QVT引物更广大的应用MICK c类型MADS-box基因很可能由于高度的核苷酸序列相似性在QVT引物中。
在大多数情况下，从预测的拟南芥组织类型中我们可以重新获得MICK c类型MADS-box基因。
Parenicova et al报道了一个来自于根，叶，花序，长角果的拟南芥MADS-box基因表达谱。
我们抽样更广泛并且在一个出色的发展规模下。
但是通过结合结果和我们的来自于莲座丛和茎叶，和来自于早期和晚期的花的抽样，我们可以比较我们的MADS-box基因恢复数据和报导在Parenicova 研究的叶和花序的表达系谱。
总之，拟南芥MICK c类型MADS-box基因在全部预期的组织类型中已经重新获得了。
然而也有一些例外，包括AGL24, AG, SEP4, AGL18, AGL24, AGL63, 和AGL72，仅仅从一些预测的组织的子集中重新获得。
在很多情况下，拟南芥的MICK c类型MADS-box基因在额外的没有被报导的组织中重新获得。
这些观测表明我们所用的方法可能更加的有效在验证一斤表达极地水平下。
从西红柿中隔离MICK c类型MADS-box基因
退化引物，RT-PCR方法被用于分离异常的西红柿MICK c类型MADS-box基因。
QVT1-7引物，与多聚胸腺嘧啶相结合的反式引物，被用于去扩增来源于多种西红柿组织类型的cDNA的MICK c类型MADS-box基因。
这些PCR产物被克隆，测序，MICK c类型MADS-box基因被鉴定。
在原先MADS-box基因筛选循环的基础上，克隆PCR池随后用高通量筛选为了额外的MICK c 类型MADS-box基因可能一比价低的频率存在。
利用这种方法，我们重新获得了24个西红柿MICK c类型MADS-box基因，其中有7个事先在文献中已经报道了，17个是先前不典型的。
总共12个西红柿MICK c类型MADS-box基因被知道了，不论是从文献中还是表达序列标签收集，在本次研究中没有被重新获得。
总计来看，有36个独特的西红柿MADS-box基因。
这个数目的处理是可能预期的，考虑到39个和47个MICK c类型MADS-box基因分别在拟南芥和水稻基因组中。
先前在本研究中西红柿MICK c类型MADS-box基因的报道包括TAGL1，TAGL11，TAGL12，TM4,TM5，SlMBP7。
SlMBP7和LeFUL2相一致，但是在编码序列碳端含有1-bp的插入缺失。