Entrez 检索系统的简介

一、Entrez 检索系统的简介

Entrez 检索系统是储存和分析关于分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统, 是美国国家生物技术信息中心(National Center for Bio technology Information, NCBI) 网站http:// www. Ncbi. nlm. nih. gov/建立的最受欢迎的检索系统之一，它允许用户从NCBI 整合的多个数据库中同时检索文献题录和分子生物学数据。

Entrez系统中的数据库均有同样的检索界面, 遵循相同的检索规则。这些数据库包含: PubMed: 生物医学文献数据库

Nucleotide: 核酸序列数据库, 包括GenBank, RefSeq,和PDB中的序列数据

Protein sequence database: 蛋白质序列数据库, 包括来自SwissProt, PIR, PRF, PDB, 以及自GenBank and RefSeq 解码转译的数据

Structure: 大分子三维结构数据库

Genome: 完整的基因组数据, 包括已经完成基因组测序和正在进行基因组测序的800 多种生物体;

PopSet: 人口研究数据集, 指已搜集到的分析人类进化关联的DNA序列集

OMIM: 人类孟德尔遗传数据库

Taxonomy: GenBank中的物种分类学数据库

Books: 在线生物医学图书

ProbeSet: 基因表达和微阵列数据集

3D Domains: Entrez Structure中特定功能域的三维结构

UniSTS: 标记物和遗传学图谱数据(mapping data)

SNP: 单核苷酸多肽性数据库

1．Entrez系统的检索

1.1 Entrez 检索的基本原理

PubMed用查询词自动映射(Automatic Term Mapping)功能将检索词与主题词转换表(MesH Translation Table)、期刊刊名转换表、短语表、作者索引表进行对照、匹配和转换.检索词被作为主题词和文本词分别检索，并自动形成相应的检索式。

1. 1.1 基本检索:是文献检索查全率的基本方法

自由词检索:进人PubMed检索主页面.检索字段为所有字段，在检索框内键人一个或多个检索词语，按Enter或点击c>o按钮。

截词检索:也是在所有字段检索的方便方法，它只适用于单词，检索格式是“X*”, X表示一个词的开始部分。如:"immunoglob*”就会检索出immunoglobulin ,immunoglobulins, immunoglobin, and immunoglobins等。

1.1. 2高级检索:主要用于提高文献的查准率

逻辑组配检索:逻辑组配使用大写的布尔逻辑运算符AND,OR,NOT将检索词连接形成检索式进行检索。

预览/索引检索:在预览/索引页面的文本框进行多个词语的添加，再点击运算符，就可组配检索。点击预览/索引的预览选择历史记录将显示最新连续检索的三个结果，提供观察检索策略的相互影响。

限定检索如果检索结果过多，可采用限定检索范围。Entrez的不同数据库因记录内容不同，各限定检索的条件也将随之而变。PubMed的限定(Limits)检索页面中，提供了字

段、文献类型、年龄、出版年份、语种、物质名称、人或动物、性别、子库及分类数据库等多种限定方向的检索形式。常用的字段主要有文章题目[T1]、主题词[MeSH]、[MH]、副主题词[SH]、文本词语[TW]、作者姓名[AU]、期刊号[IP]、期刊名称[TA]、出版卷号[VI]、页码[PG]、出版日期[DP]、出版类型[PT].在默认状态下为所有字段[ALL]。字段英文简称大小1. 2 Entrez 系统的基本检索

用户可通过/Entrez 直接访问Entrez系统或登录NCBI网站主页的”Entrez”按钮进入Entrez 系统。

Entrez允许两种检索方式，一种是指定的识别号（unique identifier, UID）,一种是按自由词（text term）检索。也支持通过e-mail进行检索，如检索MEDLINE, 获得关于“angiostatin”的文献，显示20条记录，若前面path设置了e-mail,结果可以自动发送到邮箱中。

1. 3 特征栏介绍

在检索框下提供了四项选择: Limits, Preview/Index, History, Clipboard。

①Limits(条件限定): 允许用户根据不同的数据库, 进行特定字段的检索。

②Preview/Index(预览/索引): 提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便;

③History(检索史): 点击History 可浏览检索史, 并能进行组配检索;

④Clipboard（剪贴版）: 因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可

将多次检索结果分别粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; Clipboard 中允许存放的检索结果最多是500 条; 如果不用, 1 小时后就自动清除。因此应及时存盘或打印。

1. 4结果输出

Entrez 系统提供了三种输出途径, 即显示(display) , 存盘(save)和打印(print)。

(1) 显示(Display)

①Show 在检索结果的display下, 选择限定每屏显示的记录数, 从每屏5 条到500 条。因为系统默认的存盘或打印均以每屏为单位, 因此以设定500 为宜。

②Clipboard因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可将检索结果粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; 另外, Clipboard 还允许将不同检索式中获得的检索结果, 一起放在Clipboard 中, 存盘或打印。Clipboard 存放的检索结果最多是500 条,如果

不用, 1 小时后就自动清除。