Entrez 检索系统的简介
pubmed数据库
注：如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语
五、PubMed基本检索规则
如： single cell 系统会自动将其分成两个词：single和 cell检索，其检索表达式为：“single AND cell ”。
五、PubMed基本检索规则
强制检索功能
• 强迫短语检索，在检索词上加双引号，将不执行自 动转换匹配和扩展检索.
收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题 词、文献类型、基因库存取号等加工索引后，添加到 Medline数据库中，并从PreMedline库中删除。
[PubMed-in process]
Publisher-Supplied Citations
出版商直接提供的文献，每条记录都标有 [PubMed-as supplied by publisher]。
二、Entrez资源整合系统
Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个 基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检 索到NCBI提供的28个数据库，这些数据库包括 文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维 蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完 全人类基因组库、分类信息等。
二、Entrez资源整合系统
主题检索
• 《医学主题词表》是对生物医学文献进行主题分析、 标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的 主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量 地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题 词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相 互关系。
基本概念
• 主题词表：PubMed采用的主题词表是美国国立 医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings，简称MeSH) 。 • MeSH ：是美国国立医学图书馆编制的权威性主题 词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。 美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据， 编制《医学索引》（Index Medicus）及建立计算 机文献联机检索系统MEDLINE数据库。《MeSH》汇 集约24，357多个医学主题词(2007年)。
pubmed(文献检索)
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行扩展检 索 输入 “hypertension therapy（高血压治 疗）,系统自动检索高血压的药物治疗、饮 食疗法
2.著者检索(authors)：
著者姓名,姓在前,名首字母在后 限定加字段符 如: genbacev o[AU] smith ab [AU]
运算符
字段限定符：[] （教材86页） 例如：Stem [ti] AND neuroscience 截词符：”*”作为通配符进行截词检索。(教材89页) 例如：bacter * （系统会找到前一部分是bacter的单词， 如： bacteria、bacterium等） 强迫短语符：用双引号来强制系统进行短语检索。（教 材89页） 例如： “oxygen free radicals” （不再自动转换匹配和 扩 展检索）
PMC（Pubmed Center）
生命科学期刊资源中心（教材105页） 免费提供近200种期刊的10多万篇全文（不 包括PubMed动态免费全文）
PubChem
PubChem是免费的公共化合物结构信息网 络数据库，提供小分子生物活性的有关信 息，与化学密切相关。PubChem由 NCBI’s Entrez信息检索系统内三个相互链 接的数据库组成的，包括PubChem Substance、PubChem ComPound和 PubChem BioAssay。
检索限定：字段限制：著者、刊名、篇名、 滤过（filter原文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1950年， 限制选择30天-10年 文献类型限制 语种限制 子文档
Mesh主题词表
pubmed数据库
Entrez中集成的重要数据库
• • • • • • • • • • • • • • • Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序 列数据库）
Entrez中集成的重要数据库
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，孟德尔人类遗传疾病相关文献数据 库 • PopSet，族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、 PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） • PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound，小分子化学物质结构 • PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed，生物医学文献题录数据库 • PubMed Central，科学文献数字全文免费数据库 • Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure，分子模型数据(MMDB) • Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene，人类unique基因序列数据库 • UniSTS，unique序列卷标地址数据库
生物信息学名词解释
1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科模型;处理及分析，并以生物学知识2.二级数据库：3.FASTA序列格式：是将DNA始，其他无特殊要求。
4.genbank序列格式：是GenBank身，以“//”结尾。
5.Entrez检索系统：是NCBI点。
6.BLAST：7.查询序列（query sequence）索并进行相似性比较的序列。
P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
P2918.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。
（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。
）19.旁系（并系）同源：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。
(书：由于基因)UPGMA）：最初，每个序列归为一类，然后找到）：是一种不仅仅计算两两比对距算法要求进化速率保持恒定的缺陷。
）：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找）：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然tree）：在同一算法中产生多个最优树，合并这）：放回式抽样统计法。
通过对数据集多次）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段codon bias）：氨基酸的同义密码子的使用频率与相量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。
30.基因预测的从头分析：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。
31.结构域（domain）：保守的结构单元，包含独特的二级结构组合和疏水内核，可能单独存在，也可能与其他结构域组合。
NCBI-PubMed-检索简介与检索技巧集锦
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。
此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。
其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。
如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。
MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括基于互联网及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
NCBI中Blast种类及使用简介
NCBI中Blast种类及使用简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。
2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。
可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。
2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。
所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。
这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。
2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。
2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。
GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能
限制数据来源
限制数据发布日期
限制数据发布日期
限制数据修订日期
限制数据修订日期
简介 检索界面
基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits） 预检索/索引检索（Preview/Index）
预检索输入框
hepatitis b
索引检索输入框
序列特性关键词索引
ras[GENE]
简介 检索界面
基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索
简介 检索界面 基本检索功能
（一）字段限制检索、强制短语检索
ras
ras[GENE]
检索限定词：
1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR]
简介 检索界面
1、基本检索界面
Nucleotide 数据库分为三个子数据库：
EST :表达序列标记数 据库
GSS :基因组测序序列 数据库
CoreNucleotide :包含所 有未被以上两个子数据 库收录的核苷酸序列
简介
检索界面
1、基本检索界面 2、跨库检索界面
简介 检索界面
penicillin-binding AND “mycobacterium tuberculosis”[ORGN]
简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 检索结果的显示
GenBank记录中特性表中的主要关键词:
关键词
解释
关键词
解释
misc_feature
生物学特性无法用特性表 promoter 关键词描述的序列
entrez 检索实例
entrez 检索实例摘要：一、Entrez 简介二、检索方式1.关键词检索2.作者检索3.文献标题检索4.高级检索三、检索结果1.结果排序2.结果展示3.查看摘要和全文四、其他功能1.生物信息检索2.高级检索功能正文：Entrez 是一个生物医学搜索引擎，为用户提供生命科学领域的文献检索服务。
用户可以通过输入关键词、作者姓名、文献标题等进行检索，检索结果按照相关性排序，方便用户找到所需信息。
一、Entrez 简介Entrez 是国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一款生物医学搜索引擎，旨在为生命科学研究者提供便捷的文献检索服务。
除了文献检索功能外，Entrez 还提供基因、蛋白质等生物信息检索功能，满足用户多样化的需求。
二、检索方式Entrez 支持多种检索方式，包括关键词检索、作者检索、文献标题检索以及高级检索。
1.关键词检索：用户输入关键词后，Entrez 会检索包含这些关键词的所有文献。
关键词之间可以用空格分隔，也可以使用布尔操作符（AND、OR、NOT）进行组合。
2.作者检索：用户输入作者姓名，Entrez 会检索该作者发表的所有文献。
支持输入作者的全名或部分名字。
3.文献标题检索：用户输入文献标题，Entrez 会检索包含该标题的文献。
4.高级检索：Entrez 支持高级检索功能，用户可以限制检索范围（如文献类型、发表年份等）、使用布尔操作符组合关键词等。
三、检索结果Entrez 会根据检索词的相关性对检索结果进行排序，用户可以轻松找到最相关的文献。
检索结果页面会展示文献的标题、作者、期刊名称、发表年份等信息，用户还可以查看文献的摘要和全文。
四、其他功能除了基本的文献检索功能外，Entrez 还提供基因、蛋白质等生物信息检索功能，满足用户在生物医学领域的多样化需求。
此外，Entrez 的高级检索功能让用户可以更精确地定位所需信息。
Entrez系统简介及其使用方法
Entrez系统的使用方法
进入NCBI主页(www.ncbi.nlm.nih)，即可 看到位于页面上部的数据库检索栏，其缺 省检索选项为核酸序列数据库GenBank(图 1)。可以在检索栏中直接输入需要查询的 内容。例如，需要检索蜘蛛毒素的核苷酸 序列，在检索栏中输入“spider toxin”，点 击起始按钮“Go”，则可得到核酸序列数据 库GenBank中和蜘蛛毒素相关的序列条目， 一共17条。
例如，若需要检索与细胞凋亡有关的自噬基因 “autophagy”的核酸序列，可以按下面步骤进行：
（1） 进入NCBI主页，点击Entrez按钮进 入Entrez查询系统(图4)，点击“Nucleotide” 按钮选择核酸序列数据库；
图4 Entrez数据库查询系统主页
`
（2） 点击“Limits”按钮，在检索栏中填入 “Autophagy”并在“Limited to”选择栏中选 择“Title word”；点击“Preview/Index”按钮 进入Preview页面，点击检索栏内的 “Preview”按钮，得到核酸序列数据库的文 献题目中与Autophagy有关的序列条目数以 及该次查询结果的编号；
Entrez的另一个特点是把数据库和应用 程序结合在一起。例如，通过“Related sequence”工具，可以直接找到与查询 所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。查 询得到的蛋白质三维结构，可以通过在 用户计算机上安装的Cn3D软件直接显 示分子图形。
Entrez系统的开发基于特殊的数据模型 NCBI ANS.1 (Abstract Syntax Notation)， 在对于文献摘要中的关键词查询时，不 仅考虑了查询对象和数据库中单词的实 际匹配，而且考虑了意义相近的匹配。 在查询文献数据库摘要得到结果后，可 以通过点击“Related Articles”继续查找 相关文献。
生物信息学名词解释 (2)
1.生物信息学（bioinformatics）：是一门综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法，以互联网为媒介、数据库为载体、利用数学和计算机科学对生物学数据进行储存、检索和处理分析，并进一步挖掘和解读生物学数据。
2.Genom基因组：某一物种的一套完整染色体组中的所有遗传物质。
其大小一般以其碱基对总数表示的表格。
3.数据库查询（database query）：是指对序列、结构以及各种二次数据中的注释信息进行关键词匹配查找检索。
4.数据库搜索（database search）：在分子生物信息学中有特定含义，它是指通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。
Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。
5.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
6.Alignment：比对，从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以期能够推测它们的结构、功能以及进化上的联系。
7.表达序列标签（EST）：某个基因cDNA克隆测序所得的部分序列片段，长度约为200-600bp。
EST可以定位出基因在genome上的位置。
8.开放阅读框（ORF）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。
In Silico Cloning电子克隆：利用种子序列从EST及UniGene数据库中搜索相似性序列，进行拼装、检索、分析等，以此获得目标基因的全称cDNA，在此基础上也能够实现基因作图定位。
9.Contig：即重叠群，把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。
10.Homology modeling同源建模：是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。
常用的生物数据库
转载)分子生物学相关数据库综合数据库：Entrez由NCBI开发的一个数据库检索系统，它综合了下述各大数据库的信息，包括核酸、蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
因此，可以从一个序列查询到蛋白产物以及相关的结构、功能和文献信息，详见NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介。
EBI欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)是EMBL的分部，位于英国Hinxton的Wellcome Trust Genome Campus。
EBI维护和发布的数据库：üEMBL核酸数据库、欧洲原始核酸数据资源库üSwissProt蛋白质序列数据库[与瑞士生物信息学协会(Swiss Institute for Bioinformatics,SIB)的Amos Bairroch合作]üTrEMBL(SwissProt的附属数据库，由EMBL数据库编码序列翻译而来的蛋白质序列数据库)ü分子结构数据库(Molecular Structure Database,MSD)[与Brookhaven 国家实验室(纽约)的蛋白质三维结构数据库(Protein Data Bank,PDB)合作]ü放射杂交数据库(Radiation Hybrid database,RHdb)ü其他组织合作产生的分子生物学数据库：EBI还提供网络服务，通过互联网、其WEB界面和FTP服务器可以访问最新收集到的数据，同时也提供数据库和序列相似性的搜索工具。
核酸数据库：GenBankGenBank是NIH的基因序列数据库，由美国国立卫生研究院全国生物技术信息中心（NCBI）建立并维护，是所有公开的DNA序列的集合( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7)，GenBank包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列、以及与之相关的生物学信息和参考文献，是世界上的权威序列数据库。
Pubmed检索介绍
18
Pubmed简介
PUBMED Record Processing
19
Pubmed检索
新手入门
以下网页供自主学习：
Pubmed Help: https:///bsd/disted/pubmed.html Pubmed Online Training: /books/NBK3827/#pubmedhe lp.A_basic_search
Acrodynia following the use of bichloride of mercury diaper rinse; report of 2 cases. McCOY GE. J Indiana State Med Assoc. 1950 Nov;43(11):1095-7. No abstract available. PMID: 14784580 Similar articles
10pubmedpubmed简介简介pubmedpubmed是ncbincbi的的entrezentrez系统中的数据库之一系统中的数据库之一nationalcenterbiotechnologyinformationncbi美国国立生物技术信息中心nationallibrarymedicinenlm美国国立医学图书馆nationalinstituteshealthnih美国国立卫生研究院11pubmedpubmed简介简介entrezentrezentrez是由美国国立生物技术信息中心ncbi主持的一个数据库检索系统它包括pubmednucleotideproteinsequencesproteinstructurescompletegenomestaxonomy等等数据库
14
Pubmed简介
GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 - 重庆医科大学
（3）完整的基因组或染色体（NC_*）:
e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）:
e.g.:NG_000019
（5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483
特殊标志符的格式（核酸序列）：
4 、 PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母
检索史管理（History）
简介
检索界面 基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard）
简介
检索界面 基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）
“penicillin-binding”
“mycobacterium tuberculosis”
penicillin-binding AND “mycobacterium tuberculosis”[ORGN]
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
预检索/索引检索（Preview/Index）
检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）
预检索/索引检索
详细匹配过程Βιβλιοθήκη 限制检索检索史管理
剪贴板管理
简介
检索界面 基本检索功能
特征栏辅助检索
限制检索（Limits）
简介 检索界面
1、基本检索界面
PubMe简介及使用说明
PubMed简介及使用说明壹、简介PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作之生物医学相关文献的书目索引摘要型资料库，目前收录1950年以来约1400多万笔生物医学相关书目资料，并提供部分免费及付费全文连结服务，需要收费的全文，读者可自行与出版社接洽。
较之于MEDLINE资料以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主，PubMed 资料库范围更涵盖了如下内容：1. 对于超出学科范围(如：资讯科学、航太科学) 的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本资料库中；2. 收录即将出版的医学论文；3. 已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。
美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下：1.PubMed：生物医学文献书目索引摘要资料库。
2.Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB资料库中的人类基因序列资料。
3.Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq资料库中的资料，并可参照Taxonomy资料库，了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明。
4.Structure：分子构造资料库。
5.Genome：基因组合序列资料库。
6.PopSet：可查询某族群的基因序列，了解该族群演进之相关资料。
7.OMIM：遗传学资料库。
8.Taxonomy：在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。
9.Books：收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、ModernGenetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。
如何利用NCBI的资源与工具检索基因／基因编码产物的功能
如何利用NCBI的资源与工具检索基因／基因编码产物的功能美国国立生物技术信息中心（NCBI）是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，BLAST是NCBI开发的序列相似搜索程序，本文重点介绍如何利用Entrez检索查询系统以及BLAST序列相似搜索程序在NCBI的多个数据库中检索基因/基因编码产物的功能。
Abstract：NCBI （National Center for Biotechnology Information）is one of the most important international bioinformatics websites. Entrez is database searching system of NCBI.BLAST is sequence similarity searching program developed by NCBI. This article introduces the skills of searching the function of a gene or gene product by Entrez and BLAST in several database of NCBI.Key words：NCBI；Bioinformatics；Function of gene；Entrez；BLAST21世紀是生命科学的时代，也是信息时代，生物信息学在这样的历史环境中孕育而生。
美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，它的任务就是发展新的信息学技术以促进医学与生物学的进展。
Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，它是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统；BLAST 是NCBI开发的序列相似搜索程序，可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
NCBI检索方法[1]
![NCBI检索方法[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/3be47cb380eb6294dc886c53.png)
2020/11/2
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法
2020/11/2
NCBI检索方法[1]
1.NCBI数据库
• 美国国家生物技术信息中心NCBI
NCBI检索方法[1]
1.NCBI数据库
• NCBI的数据库是多种生物信息 学数据库的集合。
• NCBI对其管理下的数据库进行了系统 整合，并建立了各数据库之间的信息 互联，在检索过程中只要定位其中的 一条记录，通过数据库之间的超链接 就可以定位其他的相关链接。
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
通过ＢＬＡＳＴ寻找该 序列的相似序列
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
可以将检索结果按ＰＤＢ 结构数据库的登录号列表
NCBI检索方法[1]
登录ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｓｃｂ．ｏｒｇ／ 利用PDB的ACCESSION号即可获得相应的ＰＤＢ的文件
• 检索策略表达式的建立与编辑
特征栏
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
4.2NCBI数据库检索系统Entrez
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
2.NCBI数据库检索系统Entrez
• 结果输出、显示选项
NCBI检索方法[1]
2.NCBI数据库检索系统Entrez
• Entrez检索策略的定制 • 核酸序列数据库的检索
NCBI检索方法[1]
分
默认的显示结果类型
类 列
核酸库的结果显示
表
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
NCBI检索方法[1]
entrez基因标识符
entrez基因标识符Entrez基因标识符是一种用于标识和检索基因序列和相关信息的系统。
它是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发和维护的，是生物学研究中常用的基因标识符之一。
在本文中，我们将介绍Entrez基因标识符的作用、用途以及相关的研究进展。
我们来了解一下Entrez基因标识符的定义和特点。
Entrez基因标识符是一个由数字和字母组成的字符串，用于唯一标识每个基因的序列和相关信息。
它可以用于检索基因的详细信息，如基因序列、功能注释、表达谱、变异信息等。
使用Entrez基因标识符，研究人员可以方便地获取基因的相关信息，从而深入研究基因的功能和调控机制。
Entrez基因标识符的应用非常广泛。
首先，它在基因组学研究中起到了至关重要的作用。
研究人员可以通过Entrez基因标识符来检索和比较不同物种的基因序列，从而研究基因的进化关系和功能演变。
此外，Entrez基因标识符还可以用于研究基因的表达调控。
研究人员可以通过分析基因的表达谱数据，了解基因在不同组织和发育阶段的表达模式，从而揭示基因的功能和调控机制。
除了在基因组学研究中的应用，Entrez基因标识符还在疾病研究和药物开发中发挥着重要作用。
研究人员可以通过Entrez基因标识符来研究与疾病相关的基因变异，从而揭示疾病的发病机制和预后。
此外，基于Entrez基因标识符的药物靶点预测和药物筛选也成为了一种常用的方法。
研究人员可以通过分析基因的功能注释和相互作用网络，预测潜在的药物靶点，并筛选出具有治疗潜力的候选药物。
近年来，随着高通量测序技术的发展，Entrez基因标识符的应用也越来越广泛。
研究人员可以通过Entrez基因标识符来分析大规模基因组数据，如转录组、蛋白质组和代谢组数据，从而揭示基因的功能和调控网络。
此外，Entrez基因标识符还可以用于构建基因表达谱的数据库和在线工具，为研究人员提供便利和支持。
Entrez基因标识符是生物学研究中常用的基因标识符之一，具有广泛的应用价值。
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一、Entrez 检索系统的简介
Entrez 检索系统是储存和分析关于分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统, 是美国国家生物技术信息中心(National Center for Bio technology Information, NCBI) 网站http:// www. Ncbi. nlm. nih. gov/建立的最受欢迎的检索系统之一，它允许用户从NCBI 整合的多个数据库中同时检索文献题录和分子生物学数据。
Entrez系统中的数据库均有同样的检索界面, 遵循相同的检索规则。
这些数据库包含: PubMed: 生物医学文献数据库
Nucleotide: 核酸序列数据库, 包括GenBank, RefSeq,和PDB中的序列数据
Protein sequence database: 蛋白质序列数据库, 包括来自SwissProt, PIR, PRF, PDB, 以及自GenBank and RefSeq 解码转译的数据
Structure: 大分子三维结构数据库
Genome: 完整的基因组数据, 包括已经完成基因组测序和正在进行基因组测序的800 多种生物体;
PopSet: 人口研究数据集, 指已搜集到的分析人类进化关联的DNA序列集
OMIM: 人类孟德尔遗传数据库
Taxonomy: GenBank中的物种分类学数据库
Books: 在线生物医学图书
ProbeSet: 基因表达和微阵列数据集
3D Domains: Entrez Structure中特定功能域的三维结构
UniSTS: 标记物和遗传学图谱数据(mapping data)
SNP: 单核苷酸多肽性数据库
1．Entrez系统的检索
1.1 Entrez 检索的基本原理
PubMed用查询词自动映射(Automatic Term Mapping)功能将检索词与主题词转换表(MesH Translation Table)、期刊刊名转换表、短语表、作者索引表进行对照、匹配和转换.检索词被作为主题词和文本词分别检索，并自动形成相应的检索式。
1. 1.1 基本检索:是文献检索查全率的基本方法
自由词检索:进人PubMed检索主页面.检索字段为所有字段，在检索框内键人一个或多个检索词语，按Enter或点击c>o按钮。
截词检索:也是在所有字段检索的方便方法，它只适用于单词，检索格式是“X*”, X表示一个词的开始部分。
如:"immunoglob*”就会检索出immunoglobulin ,immunoglobulins, immunoglobin, and immunoglobins等。
1.1. 2高级检索:主要用于提高文献的查准率
逻辑组配检索:逻辑组配使用大写的布尔逻辑运算符AND,OR,NOT将检索词连接形成检索式进行检索。
预览/索引检索:在预览/索引页面的文本框进行多个词语的添加，再点击运算符，就可组配检索。
点击预览/索引的预览选择历史记录将显示最新连续检索的三个结果，提供观察检索策略的相互影响。
限定检索如果检索结果过多，可采用限定检索范围。
Entrez的不同数据库因记录内容不同，各限定检索的条件也将随之而变。
PubMed的限定(Limits)检索页面中，提供了字
段、文献类型、年龄、出版年份、语种、物质名称、人或动物、性别、子库及分类数据库等多种限定方向的检索形式。
常用的字段主要有文章题目[T1]、主题词[MeSH]、[MH]、副主题词[SH]、文本词语[TW]、作者姓名[AU]、期刊号[IP]、期刊名称[TA]、出版卷号[VI]、页码[PG]、出版日期[DP]、出版类型[PT].在默认状态下为所有字段[ALL]。
字段英文简称大小1. 2 Entrez 系统的基本检索
用户可通过/Entrez 直接访问Entrez系统或登录NCBI网站主页的”Entrez”按钮进入Entrez 系统。
Entrez允许两种检索方式，一种是指定的识别号（unique identifier, UID）,一种是按自由词（text term）检索。
也支持通过e-mail进行检索，如检索MEDLINE, 获得关于“angiostatin”的文献，显示20条记录，若前面path设置了e-mail,结果可以自动发送到邮箱中。
1. 3 特征栏介绍
在检索框下提供了四项选择: Limits, Preview/Index, History, Clipboard。
①Limits(条件限定): 允许用户根据不同的数据库, 进行特定字段的检索。
②Preview/Index(预览/索引): 提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便;
③History(检索史): 点击History 可浏览检索史, 并能进行组配检索;
④Clipboard（剪贴版）: 因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可
将多次检索结果分别粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; Clipboard 中允许存放的检索结果最多是500 条; 如果不用, 1 小时后就自动清除。
因此应及时存盘或打印。
1. 4结果输出
Entrez 系统提供了三种输出途径, 即显示(display) , 存盘(save)和打印(print)。
(1) 显示(Display)
①Show 在检索结果的display下, 选择限定每屏显示的记录数, 从每屏5 条到500 条。
因为系统默认的存盘或打印均以每屏为单位, 因此以设定500 为宜。
②Clipboard因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可将检索结果粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; 另外, Clipboard 还允许将不同检索式中获得的检索结果, 一起放在Clipboard 中, 存盘或打印。
Clipboard 存放的检索结果最多是500 条,如果
不用, 1 小时后就自动清除。
③Sort (排序) 系统可将PubMed 的检出结果, 按作者姓名、杂志名称或出版日期排序, 方便阅读。
④Text (文本) 点击“Display”框右侧的“text”按钮, 则显示全文。
(2) 存盘(save)
点击save 存盘, 存盘记录与设定的显示记录格式相同。
(3) 打印(print)
通过浏览器的print 功能, 可以打印页面显示
的检索结果, 也可以打印存放在“Clipboard”中的记录。
二、SRS检索系统简介
SRS（Sequence Retrieval System）由位于英国的欧洲生物信息学研究所开发，是目前生物信息学领域中最常用的数据库检索系统之一。
该研究所的SRS系统建于1997年，目前共整合了100多个各类数据库。
核酸序列数据库EMBL和蛋白质三维结构数据库PDB进行每日同步更新。
连接方式：
华工主页——网格计算——华南理工大学生物信息网格平台——特色服务——SRS——点击进入
或者登陆网站/
实用功能：
具多种数据库, 提供关键词查询序列信息
可以通过检索号码为索引
提供分析应用程序(BLAST, FASTA)
整合EMBOSS (2003)
1．SRS系统的检索
Quick Searches：可进行核算序列或蛋白序列的快速搜索，或根据已有的序列搜索相类似或者是同源的序列
Select Databanks: 确定搜索的数据库。
Tools：提供序列比对(Alignment Tools)、显示(Display Tools)、编辑(Edit Tools)、进化分析(Phylogeny Tools)等工具。
Result:有显示搜索历史记录、显示搜索结果排列方式、删除或保存搜索结果、限制搜索条件等功能。
三、DBGET/LinkDB检索工具
DBGET/LinkDB检索工具是日本京都大学化学研究所建立的GenomeNet数据库服务主页(http://www.genome.ad.jp)，包括KEGG（京都基因和基因组百科全书）和
DBGET/DB(http://www.genome.ad.jp/deget/dbget_manual.html)两套主要系统。
前者注重代谢途径(metabolic and regulatory pathway)，后者处理数据库检索。
而且，该服务器提供了对有关资源进行整合后的综合信息检索界面，包括：核酸序列、蛋白质序列、三维结构、序列motif、酶和复合物、蛋白质-蛋白质相互作用、通路和复合体、基因分类、种属、遗传病、蛋白质突变、氨基酸索引、蛋白质/肽的文献、生物医学文献等。
DBGET与Entrez、SRS相区别的一大特征在于关键字不是在数据库安装或更新时建立的，而是根据关键字将数据储存在特定区域。
这样对于在数据库中快速查找是有利的，但是并不精细。