很好—生物信息相关数据库资源介绍
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
DIP - Db of Interacting Proteins INTERACT - Protein-Protein interaction db ProNet - Protein-Protein interaction db CANSITE - Signal Transduction‘s （信号传导）Web 信号传导） SPAD - Signaling pathway db CSNDB - Cell Signaling Networks db
蛋白质三维结构和相关数据库
PDB - Protein Data Bank [Mirrors in EBI] BioMagResBank – Repository（知识） for data on proteins, （知识） peptides, and nucleic acids from NMR spectroscopy（光谱学） （光谱学） SWISS-MODEL Repository - Automatically generated protein models db ModBase - Db of comparative protein structure models CATH - UCL BSM structural classification of proteins SCOP - Structural classification of proteins [Mirror at USA | Israel | Singapore | Australia] Mol_R_Us - Molecules R Us, browser for PDB BMM Domain Server - Biomolecular Modelling Laboratory (ICRF) protein domain server PRESAGE - Collaborative resource for structural genomics
5）Transgenics（转基因） Transgenics（转基因）
Cre Transgenic Database - Cre transgenic mouse lines Transgenic/Targeted Mutation Database Information on transgenic animals and targeted mutations
蛋白质三维结构和相关数据库
SBASE - SBASE domain db (Protein domain sequence library) SMART - Protein signalling and extracellular （细胞外） domain patterns (Simple Modular 细胞外） Architecture Research Tool) ProClass - Protein sequence alignments and curation of protein families Kabat - Kabat db of protein of immunological interest PMD - Protein Mutant db
5）其他核酸数据库
RNA editing - RNA editing site RNAmod db - RNA modification db TelDB - Multimedia Telomere（端粒） Resource TRADAT - TRAnscription Databases and Analysis Tools Subviral RNA db - Small circular RNAs db (viroid and viroid-like) （类病毒）
核酸及其相关数据库
1）、核酸序列数据库 ）、核酸序列数据库 ）、 BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库 EMBL - EMBL Nucleotide sequence database (EBI) GenBank - GenBank Nucleotide Sequence database (NCBI) DDBJ - DNA Data Bank of Japan dbEST - Database of Expressed Sequence Tags （表达序列标签）(NCBI) dbSTS - Database of Sequence Tagged Sites （序 列标签位点） (NCBI)
蛋白质相关数据库
PROSITE - PROSITE dictionary of protein sites and patterns InterPro - Integrated Resources of Proteins Domains and Functional Sites BLOCKS - BLOCKS db DOMO - Protein domain db (Automatically generated) Pfam - Protein families db (HMM derived) [Mirror at Sanger] PRINTS - Protein Motif fingerprint db ProDom - Protein domain db (Automatically generated) PROTOMAP - An automatic hierarchical（分等级） classification of （分等级） SWISS-PROT proteins SBASE - SBASE domain db (Protein domain sequence library) SMART - Protein signalling and extracellular domain patterns (Simple Modular Architecture Research Tool) ProClass - Protein sequence alignments and curation of protein families
蛋白质二维凝胶电泳数据库
WORLD-2DPAGE - A complete index of 2D-PAGE db and servers Phoretix links - Phoretix page of links to 2D gel db
3、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作 信号传导及蛋白质用相关数据库
DNA和蛋白质相互作用数据库 DNA和蛋白质相互作用数据库
DPInteract - DNA-Proteins interactions db
特定基因或蛋白质的数据库
AAA - AAA family of ATPases server Acetylcholinesterases ALDH - Aldehyde dehydrogenase （醛脱氢酶， 醛氧化酶）gene superfamily db Aminoacyl-tRNA synthetases in SWISS-PROT List of aminoacyl-tRNA synthetases in SWISSPROT AARSDB - Aminoacyl-tRNA synthetases db Allergens in SWISS-PROT - Nomenclature and index（命名和索引） of allergens（过敏原） in SWISS-PROT
5）其它核酸数据库
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db sRNA db - Small RNA db ssu rRNA - Small ribosomal subunit db lsu rRNA - Large ribosomal subunit db 5S rRNA - 5S ribosomal RNA db tmRNA Website tmRDB - tmRNA dB tRNA - tRNA compilation（编辑） from the University of （编辑） Bayreuth uRNADB - uRNA db
3）.核酸三维结构数据库
NDB - Nucleic Acid Databank (3D structures) BNASDB - Nucleic acid structure db from University of Pune
4）.其他
AsDb - Aberrant Splicing db （异常拼接） 异常拼接） ACUTS - Ancient conserved untranslated DNA sequences db Codon Usage Db - The frequency of codon use in each organism is made searchable through this World Wide Web site. EPD - Eukaryotic Promoter db（真核启动子） （真核启动子） HOVERGEN - Homologous Vertebrate Genes db （同源 脊椎动物） 脊椎动物） IMGT - ImMunoGeneTics db [Mirror at EBI] （免疫遗传学） ISIS - Intron Sequence and Information System RDP - Ribosomal db Project gRNAs db - Guide RNA db PLACE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db
2.蛋白质序列和相关数据库 2.蛋白质序列和相关数据库
蛋白质序列数据库
PIR-international -The Protein Information Resource (protein sequence) （国际蛋白质信息中心， 国际蛋白质信息中心，
NBRF+JIPID+MIPs,PIR1\PIR2\PIR3\PIR4)） ）
Biblioteka Baidu
SWISS-PROT - SWISS-PROT annotated（注释） protein sequence db (SIB+EBI,EBI创建蛋白质专 家分析系统ExPASy，北京) MIPS – (Munich information center for protein sequence )（德国慕尼黑蛋白质序列信息中心）
生物信息学 数据库资源大全
生物信息学相关数据库资源
1. 1. 2. 2.
3. 3. 4. 4. 5. 5. 6. 6. 7. 7. 8. 8. 9. 9.
核酸及其相关数据库（序列数据库、基因组相关 核酸及其相关数据库（序列数据库、基因组相关 数据库、核酸三维结构数据库、其他） 数据库、核酸三维结构数据库、其他） 蛋白质相关数据库（序列数据库、蛋白质三维结 蛋白质相关数据库（序列数据库、蛋白质三维结 构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据 构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据 库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数 库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数 据库、DNA和蛋白质相互作用数据库） 据库、DNA和蛋白质相互作用数据库） 基因或蛋白质一些特定数据库 基因或蛋白质一些特定数据库 糖类及其相关数据库 糖类及其相关数据库 蛋白质翻译后修饰相关数据库 蛋白质翻译后修饰相关数据库 基因表达数据库 基因表达数据库 人类基因突变及疾病相关数据库 人类基因突变及疾病相关数据库 进化相关数据库及资源专利数据库 进化相关数据库及资源专利数据库 资源目录服务器或网页 资源目录服务器或网页
2）.基因组及相关数据 库 Genomic Databases
GenomeWeb(HGMP) - A catalogue of useful Web sites for Genomics with a set of collections of genome databases GSDB - Genome Sequence database (NCGR) GOLD - Genomes On-line db 一些数据库的直接链接
蛋白质三维结构和相关数据库
PDB - Protein Data Bank [Mirrors in EBI] BioMagResBank – Repository（知识） for data on proteins, （知识） peptides, and nucleic acids from NMR spectroscopy（光谱学） （光谱学） SWISS-MODEL Repository - Automatically generated protein models db ModBase - Db of comparative protein structure models CATH - UCL BSM structural classification of proteins SCOP - Structural classification of proteins [Mirror at USA | Israel | Singapore | Australia] Mol_R_Us - Molecules R Us, browser for PDB BMM Domain Server - Biomolecular Modelling Laboratory (ICRF) protein domain server PRESAGE - Collaborative resource for structural genomics
5）Transgenics（转基因） Transgenics（转基因）
Cre Transgenic Database - Cre transgenic mouse lines Transgenic/Targeted Mutation Database Information on transgenic animals and targeted mutations
蛋白质三维结构和相关数据库
SBASE - SBASE domain db (Protein domain sequence library) SMART - Protein signalling and extracellular （细胞外） domain patterns (Simple Modular 细胞外） Architecture Research Tool) ProClass - Protein sequence alignments and curation of protein families Kabat - Kabat db of protein of immunological interest PMD - Protein Mutant db
5）其他核酸数据库
RNA editing - RNA editing site RNAmod db - RNA modification db TelDB - Multimedia Telomere（端粒） Resource TRADAT - TRAnscription Databases and Analysis Tools Subviral RNA db - Small circular RNAs db (viroid and viroid-like) （类病毒）
核酸及其相关数据库
1）、核酸序列数据库 ）、核酸序列数据库 ）、 BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库 EMBL - EMBL Nucleotide sequence database (EBI) GenBank - GenBank Nucleotide Sequence database (NCBI) DDBJ - DNA Data Bank of Japan dbEST - Database of Expressed Sequence Tags （表达序列标签）(NCBI) dbSTS - Database of Sequence Tagged Sites （序 列标签位点） (NCBI)
蛋白质相关数据库
PROSITE - PROSITE dictionary of protein sites and patterns InterPro - Integrated Resources of Proteins Domains and Functional Sites BLOCKS - BLOCKS db DOMO - Protein domain db (Automatically generated) Pfam - Protein families db (HMM derived) [Mirror at Sanger] PRINTS - Protein Motif fingerprint db ProDom - Protein domain db (Automatically generated) PROTOMAP - An automatic hierarchical（分等级） classification of （分等级） SWISS-PROT proteins SBASE - SBASE domain db (Protein domain sequence library) SMART - Protein signalling and extracellular domain patterns (Simple Modular Architecture Research Tool) ProClass - Protein sequence alignments and curation of protein families
蛋白质二维凝胶电泳数据库
WORLD-2DPAGE - A complete index of 2D-PAGE db and servers Phoretix links - Phoretix page of links to 2D gel db
3、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作 信号传导及蛋白质用相关数据库
DNA和蛋白质相互作用数据库 DNA和蛋白质相互作用数据库
DPInteract - DNA-Proteins interactions db
特定基因或蛋白质的数据库
AAA - AAA family of ATPases server Acetylcholinesterases ALDH - Aldehyde dehydrogenase （醛脱氢酶， 醛氧化酶）gene superfamily db Aminoacyl-tRNA synthetases in SWISS-PROT List of aminoacyl-tRNA synthetases in SWISSPROT AARSDB - Aminoacyl-tRNA synthetases db Allergens in SWISS-PROT - Nomenclature and index（命名和索引） of allergens（过敏原） in SWISS-PROT
5）其它核酸数据库
PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db sRNA db - Small RNA db ssu rRNA - Small ribosomal subunit db lsu rRNA - Large ribosomal subunit db 5S rRNA - 5S ribosomal RNA db tmRNA Website tmRDB - tmRNA dB tRNA - tRNA compilation（编辑） from the University of （编辑） Bayreuth uRNADB - uRNA db
3）.核酸三维结构数据库
NDB - Nucleic Acid Databank (3D structures) BNASDB - Nucleic acid structure db from University of Pune
4）.其他
AsDb - Aberrant Splicing db （异常拼接） 异常拼接） ACUTS - Ancient conserved untranslated DNA sequences db Codon Usage Db - The frequency of codon use in each organism is made searchable through this World Wide Web site. EPD - Eukaryotic Promoter db（真核启动子） （真核启动子） HOVERGEN - Homologous Vertebrate Genes db （同源 脊椎动物） 脊椎动物） IMGT - ImMunoGeneTics db [Mirror at EBI] （免疫遗传学） ISIS - Intron Sequence and Information System RDP - Ribosomal db Project gRNAs db - Guide RNA db PLACE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db
2.蛋白质序列和相关数据库 2.蛋白质序列和相关数据库
蛋白质序列数据库
PIR-international -The Protein Information Resource (protein sequence) （国际蛋白质信息中心， 国际蛋白质信息中心，
NBRF+JIPID+MIPs,PIR1\PIR2\PIR3\PIR4)） ）
Biblioteka Baidu
SWISS-PROT - SWISS-PROT annotated（注释） protein sequence db (SIB+EBI,EBI创建蛋白质专 家分析系统ExPASy，北京) MIPS – (Munich information center for protein sequence )（德国慕尼黑蛋白质序列信息中心）
生物信息学 数据库资源大全
生物信息学相关数据库资源
1. 1. 2. 2.
3. 3. 4. 4. 5. 5. 6. 6. 7. 7. 8. 8. 9. 9.
核酸及其相关数据库（序列数据库、基因组相关 核酸及其相关数据库（序列数据库、基因组相关 数据库、核酸三维结构数据库、其他） 数据库、核酸三维结构数据库、其他） 蛋白质相关数据库（序列数据库、蛋白质三维结 蛋白质相关数据库（序列数据库、蛋白质三维结 构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据 构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据 库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数 库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数 据库、DNA和蛋白质相互作用数据库） 据库、DNA和蛋白质相互作用数据库） 基因或蛋白质一些特定数据库 基因或蛋白质一些特定数据库 糖类及其相关数据库 糖类及其相关数据库 蛋白质翻译后修饰相关数据库 蛋白质翻译后修饰相关数据库 基因表达数据库 基因表达数据库 人类基因突变及疾病相关数据库 人类基因突变及疾病相关数据库 进化相关数据库及资源专利数据库 进化相关数据库及资源专利数据库 资源目录服务器或网页 资源目录服务器或网页
2）.基因组及相关数据 库 Genomic Databases
GenomeWeb(HGMP) - A catalogue of useful Web sites for Genomics with a set of collections of genome databases GSDB - Genome Sequence database (NCGR) GOLD - Genomes On-line db 一些数据库的直接链接