Pymol_ Movie
pymol用法(教程二)
[转载]PyMOL用法（教程二）基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。
就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。
这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol> log_open log-file-name.pml如果你想终止记录，只需要键入：Pymol> log_close好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：Pymol> load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。
但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol> load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：Pymol> show representationPymol> hide representation其中representation可以为：cartoon, ribbon,dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：Pymol> hide linesPymol> show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol> label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
基础Pymol命令
基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。
就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。
这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol> log_open log-file-name.pml如果你想终止记录，只需要键入：Pymol> log_close好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：Pymol> load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。
但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol> load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：Pymol> show representationPymol> hide representation其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：Pymol> hide linesPymol> show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol> label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
pymol 基本操作
简介＆安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧.自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。
目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia)▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码＄ mkdir pymol—src＄ svn co pymol-src然后进入源代码目录＃ cd pymol-src开始依次编译＃ python setup.py install# python setup2。
py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp 。
/pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息”ImportError: No module named Pmw”,那么你应该运行＃ python setup2。
pymol使用教程
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
pymol使用教程
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
PyMOL使用入门
生物大分子三维结构显示技术讲义PyMOL使用入门耿存亮**********************2012年10月09日1.PyMOL简介PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。
PyMOL官网是/，发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习网站是/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。
2.PyMOL入门2.1模式显示及颜色显示PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。
下面就以实例来认识一下PyMOL。
打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。
在命令框输入命令并回车pwd即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。
一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，比如改为D盘，输入命令并回车cd d:再用pwd命令查看一下当前工作路径。
如下图所示：pwd: print working direction cd: change direction命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。
如果像苹果机一样只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。
好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？当然可以去PDB网站/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令fetch 7cel稍等片刻，就会下载完毕并显示如下：刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。
pymol教程
pymol教程PyMOL⽤户指南⽬录⼀、⿏标操作⼊门4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1.启动41)通过⿏标42)通过命令⾏42.PyMOL窗⼝41)Virewer窗⼝42)外部GUI窗⼝53.下载PDB⽂件54.操控视图61)基本⿏标控制62)虚拟滚动球旋转73)移动截⾯74)改变旋转中⼼点85)简单回顾9⼆、命令⾏操作⼊门91.记录结果92.载⼊数据93.操控对象（Object）101)原⼦选择112)对象和选择的着⾊123)对象和选择的on/off134.改变视点135.保存⼯作141)脚本和⽇志⽂件142)图像⽂件153)会话⽂件166.命令⾏快捷键161)⽤TAB键完成命令162)⽤TAB键完成⽂件名173)⾃动推理177.其他命令和帮助17注：页⾯背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显⽰三、命令句法和原⼦选择181.语法181)选择表达182)原⼦选择命名193)单字选择符4)属性选择符205)选择代数226)宏指令232.从PyMOL中读取Python 24四、卡通表⽰251.背景251)可达性252)美化和精确262.定制化281)卡通类型282)精美螺旋313.⼆级结构归属32五、光线追踪331.重要设置332.保存图⽚34六、⽴体效果341.⽀持的⽴体模式342.制作⽴体图⽚343.相关命令34七、动画351.概念352.重要命令351)Load2)Mset3)Mdo4)Mmatrix3.简单举例364.复杂举例365.预览ray-traced动画图⽚37 1)Cache_frames 2)mclear6.保存动画37⼋、⾼级⿏标控制371.选择原⼦和键 372.“pk”原⼦选择的应⽤举例383.“lb”和“rb”选择 384.构象编辑 38九、晶体应⽤381.晶体对称性381)Load2)Symexp2.电⼦密度图391)Load2)Isomesh和isodot⼗、汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 401.简介 402.Molscript ribbons 401)Load2)Using Molscript3.创建CGOs 414.CGO参考 41NOTES:本教程以PyMOL user’s guide为蓝本翻译⽽来，并引⽤了其他资料。
非常好的pymol教程
this will echo /Users/BNMC/Desktop or a similar
path. On a Windows system the path would begin
with C:\
PyMOL>load 2BIW.pdb2
HEADER OXIDOREDUCTASE 05 XXXX
Adam Steinberg
Department of Biochemistry Medialab hsteinbe@
version 11/2006
BIOCHEMISTRY 660 / 712 – FALL 2006
J.Y. SGRO
L02: DESKTOP MOLECULAR GRAPHICS III: PyMol
THIS TUTORIAL WRITTEN BY:
Dr. Jean-Yves Sgro
Biology New Media & Biotechnology Centers, & Institute for Molecular Virology jsgro@
QUESTIONS/ANSWSERS SECTION THANKS TO
L02 – page 1
BIOCHEMISTRY 660 / 712 – FALL 2006
4) On the left column click Download Files to show submenus
5) Click the first option Biological Unit Coordinates 2
Note: Dபைடு நூலகம் NOT USE Biological Unit Coordinates 1
6) The file is saved on the desktop as 2BIW.pdb2
Pymol 使用说明
[return to KB Wong's home page]Through this tutorial, you will be able to generate the following figures:You can download the files for the tutorials hereFiles included:1w2i.pdb - crystal structure of PH acylphosphatase (PDB: 1W2I) (2fofc.map.xplor - electron density map from CNS/XPLOR (The map file name should include the .xplor extension)You will be able to generate the following figure after this tutorial:1. Loading PDB fileFile -> Open -> 1w2i.pdb2. Load the map fileFile -> Open -> 2fofc.map.xplorIt takes a while to load the map file.3. Zoom in the active sitePyMOL> select active, (resi 14-20,38) and chain APyMOL> zoom activePyMOL> hide allPyMOL> show stick, active4. Locate and Display the active site waterWe know that the amide group of Asn38 is h-bond to an active water.To render a figure with the default resolution (640x480)PyMOL> rayYou will be able to preview the low resolution figures on screen. If you have done everything right, you should be able to see this:To render a figure with high resolutionPyMOL> ray 2400,2400Well, it takes a while to produce it. Then you can save the figures in PNG byFile -> Save Image9. You can save the session by:File -> Save SessionThe saved session will be a .pse extension. You can reload it by double-click the .pse file in Windows.2. Cartoon representation and surfaceYou will be able to generate the following figures after this tutorial:1. Load the PDB file File -> Open -> 1w2i.pdb2. Hide everything and then show protein cartton PyMOL> hide everything, all PyMOL> show cartoon, all3. Color the helix, sheet, and loop PyMOL> color purple, ss h PyMOL> color yellow, ss s PyMOL> color green, ss ""4. Color chain A and B PyMOL> color red, chain A PyMOL> color blue, chain B5. Create a surface display for chain A PyMOL> create obj_a, chain A PyMOL> show surface, obj_a You can set the surface to be partially transparent.PyMOL> set transparency=0.5PyMOL> set transpareny=0.16. Color the active site residue PyMOL> select active, (resi 14-20,38 and chain A)PyMOL> color yellow, active Try to rotate the molecule. Do you see a hole around the yellow surface? That's the active site craddle for binding phosphate.If you haven't rotated the molecule, you can rotate it using the following commands to get a better view of the cradle:PyMOL> turn y, -60; turn x, -20PyMOL> zoom active7. Locate and display the bound formate ion in the active site.PyMOL> select ligand, active around 3.5 and resn FMT PyMOL> show sticks, ligand PyMOL> show spheres, ligand PyMOL> alter ligand, vdw=0.5PyMOL> rebuild PyMOL> set transparency=0.258. Rendering and output PyMOL> bg_color white PyMOL> ray File -> Save Image9. Display the side-chain of active site residues on top of the cartoon representationPyMOL> hide surfacePyMOL> select sidechain, not (name c+n+o)PyMOL> show sticks, (active and sidechain)PyMOL> color blue, name n*PyMOL> color red, name o*PyMOL> color white, name c*10. Display and measure distancesWizard -> Measurement -> DistanceClick two atoms to obtain the distance between these two atoms clicked.Use this to measure the distance between the arginine N atoms and the oxygen atoms of formate ion. When you are finished, press the 'Done' buttonYou can also measure the distance between two atoms by:PyMOL> distance resi 20 and name NH2 and chain A, resi 1092 and name O2 and chain AYou can hide the distance label byPyMOL> hide labels11. create the figurePyMOL> rayFile -> Save ImageYou will be able to generate the following figure after this tutorial:You need to remove the water and ligands molecule from 1w2i.pdb.1w2i_nowat.pdb -The water and ligand molecules from 1w2i.pdb have been removed (for electrostatics calculation). Since PH Acylphosphatase exists as a monomer in solution, only chain A is included.apbs.in - the template APBS input file for electrostatics calculationpymol.dx - the calculated electrostatics mapA. Using APBS to calculate the electrostatics mapWe assume you have install APBS and PDB2PQR1. Use PDB2PQR to convert the PDB format to PQR format> pdb2pqr.py --ff=amber --apbs-in 1w2i_nowat.pdb pymol.pqrThe PQR file will be output to pymol.pqr.2. Use psize.py to determine the grid dimensions for APBS calculation> psize.py pymol.pqrYou should be able to see the following results:Center = 37.468 x 31.798 x 12.177 A::Coarse grid dims = 53.011 x 58.568 x 65.807 AFine grid dims = 51.183 x 54.452 x 58.710 ANum. fine grid pts. = 97 x 97 x 97Take a note on these parameters.3. Edit the apbs.inYou need to enter the following parameters:cgcent 37.468 31.798 12.177 # Grid Centerfgcent 37.468 31.798 12.177 # Grid Centercglen 53.011 58.568 65.807 # coarse mesh lengths (A)fglen 51.183 54.452 58.710 # fine mesh lengths (A)dime 97 97 97 # Grid Points4. Run APBS> apbs apbs.inAfter a while, it will create an electrostatics map called "pymol.dx".B. Using PyMOL to visualize the electrostatics map1. Open the PDB and the pymol.dx files.File -> Open -> 1w2i_nowat.pdbFile -> Open -> pymol.dx2. Display the electrostatics surfacePlugin -> APBS Tools -> VisualizationPress the "Show" Button in the Molecular Surface menu.The default setting is: Blue surface: +1 kT Red surface: -1 kTNow change the default setting to -10 and +10, and press the "Show" button again.Can you find a craddle with blue surface (i.e. positively charged) on the protein molecule? That's is the active site ofPH acylphosphatase that binds a negatively charged substrate.4. Create a series of PNG files for animated GIF movie 1. Setting up the movieFile->Open->1w2i_nowat.pdbPyMOL> orientPyMOL> hide everything, allPyMOL> show cartoon, allPyMOL> color purple, ss h; color yellow, ss s; color green, ss ""PyMOL> mset 1 x60This command creates a movie with 60 framesPyMOL> util.mrock 1,60,180This command rocks the protein molecule +/- 180 degree in 60 framesPyMOL> mplayThis command plays the movie2. Now try this:PyMOL> util.mroll 1,60This command rotates the protein molecule 360 deg in 60 framesType "mstop" to stop the animation3. Saving frames in PNG formatPyMOL> mpng frameThis will create frame0001.png frame0002.png, etc ...If you want ray-traced rendering for all the frames, you can:PyMOL> set ray_trace_frames=1create an animated GIF using UnFREEz:。
pymol 基本操作
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
pymol 基本操作
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：C++ (gcc or g++ package name)PythonOpenGLPNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：PythonPmwOpenGL driver（我用的是NVdia）libpngSubversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co pymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python install# python install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
pythonmolecularviewer使用方法
pythonmolecularviewer使用方法Python Molecular Viewer (PyMol)是一个用于分子可视化和模拟的Python程序。
它提供了一套强大的工具和函数，可以在二维和三维空间中显示和操作分子结构。
PyMol安装方法：2.安装二进制文件，并确保将其添加到系统的路径中。
3. 在终端或命令提示符下，输入“pymol”命令，以启动PyMol。
现在，让我们来探索PyMol的使用方法：1.打开分子结构：- 使用命令`load`加载已经存在于本地的分子文件。
例如，`load molecule.pdb`。
2.导航和旋转：-使用鼠标左键点击并拖动以旋转分子。
-使用鼠标中键或滚轮放大或缩小分子。
-使用鼠标右键点击并拖动以平移分子。
3.选择和高亮分子：- 使用命令`select`选择特定的原子。
例如，`select protein, chain A`将选择名为“chain A”的蛋白质链。
- 使用命令`zoom`或`center`聚焦和居中选择的分子部分。
例如，`zoom protein`将放大和居中显示选择的蛋白质链。
4.修改分子显示样式：- 使用命令`show`显示特定的分子组件。
例如，`show cartoon`将显示蛋白质的卡通样式。
- 使用命令`hide`隐藏特定的分子组件。
例如，`hide lines`将隐藏分子的线框模式。
- 使用命令`color`为分子组件着色。
例如，`color red, protein`将蛋白质链的颜色设置为红色。
5.添加分子表面：- 使用命令`show surface`显示分子的表面。
- 使用命令`set transparency`设置表面的透明度。
例如，`set transparency, 0.5`将表面的透明度设置为50%。
- 使用命令`color`为表面着色。
例如，`color blue, surface`将表面的颜色设置为蓝色。
6.创建视图和图像：- 使用命令`orient`将分子结构重新定向到初始位置。
pymol用法(教程二)
[转载]PyMOL用法（教程二）基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。
就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。
这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol> log_open log-file-name.pml如果你想终止记录，只需要键入：Pymol> log_close好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：Pymol> load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。
但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol> load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：Pymol> show representationPymol> hide representation其中representation可以为：cartoon, ribbon,dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：Pymol> hide linesPymol> show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol> label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
pymol结合位点坐标
Pymol 结合位点坐标：有效可视化蛋白质结构的工具Pymol 是一款强大的计算机软件，用于可视化分子结构，特别是蛋白质结构。
它不仅提供了丰富的功能和工具，还能够结合位点坐标，帮助科研人员深入理解蛋白质的结构和功能。
什么是 Pymol？Pymol 是一种用于可视化蛋白质结构的计算机程序。
它的名称来自于 Python（一种流行的编程语言）和 Molecule（分子）的结合。
Pymol 被广泛用于生物化学和药物研究领域，用于可视化蛋白质、小分子以及其他生物分子的结构。
为什么使用 Pymol？使用 Pymol 有以下几个主要的优势：1.可视化蛋白质结构：Pymol 可以将蛋白质的原子坐标转化为可视化的三维结构。
通过不同的颜色和形状，可以直观地观察和分析蛋白质的各种结构特征。
2.交互式操作：Pymol 提供了用户友好的图形界面，使用户可以通过直观的操作方式来探索蛋白质结构。
用户可以旋转、缩放和平移结构，以获得不同视角和细节的信息。
3.可编程性：Pymol 基于 Python 编程语言开发，因此用户可以使用Python 脚本来扩展其功能。
这使得Pymol 成为一个高度灵活和可定制的工具，可以根据具体需求进行定制化分析。
结合位点坐标的应用案例Pymol 可以通过结合位点坐标数据，进一步挖掘蛋白质结构和功能的信息。
以下是一些具体的应用案例：1.位点突变分析：位点突变是指在蛋白质结构中的某个位点发生突变，可能导致蛋白质功能的变化。
使用 Pymol，可以将突变位点标注在蛋白质结构上，并根据其位置和性质进行可视化分析。
2.配体结合位点分析：蛋白质通常与其他分子（如药物）发生结合，形成复合物。
通过提供配体的位点坐标，Pymol 可以可视化分析蛋白质与配体的相互作用，有助于理解结合机制和优化药物设计。
3.构象变化分析：在许多蛋白质功能中，构象的变化是关键的。
通过Pymol，可以绘制不同构象的蛋白质结构，并将其放在一起比较，从而洞察构象变化对功能的影响。
pymol 基本操作
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
PyMOL使用入门
PyMOL使⽤⼊门⽣物⼤分⼦三维结构显⽰技术讲义PyMOL使⽤⼊门耿存亮2012年10⽉09⽇1.PyMOL简介PyMOL是⼀款⽣物⼤分⼦三维结构显⽰软件，其中“Py”是指此软件使⽤Python语⾔编写，“MOL”是指Molecule。
PyMOL官⽹是，发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习⽹站是，若想⽤好PyMOL，此⽹站是必上⽹站，其实这⼀个也就够了。
2.PyMOL⼊门2.1模式显⽰及颜⾊显⽰PyMOL既可以⿏标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多⿏标难以完成的任务。
下⾯就以实例来认识⼀下PyMOL。
打开PyMOL软件后，⾸先要特别注意的是当前⼯作路径。
在命令框输⼊命令并回车即可显⽰当前⼯作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。
⼀般不把⽂件保存在安装路径下，所以需修改当前⼯作路径，⽽且路径不能有汉字，⽐如改为D盘，输⼊命令并回车再⽤pwd命令查看⼀下当前⼯作路径。
如下图所⽰：命令很⽅便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保证⿏标是三键式的，滚轮可⽤作中键。
如果像苹果机⼀样只有⼀个按键或没有中键的话，还是赶紧换个⿏标吧。
好了，现在下载⼀个PDB⽂件，如何下载呢当然可以去PDB⽹站下载，但是打开⽹页多⿇烦啊，如果能⽤PyMOL直接下载该多好啊，那就试⼀试fetch命令吧！下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输⼊命令稍等⽚刻，就会下载完毕并显⽰如下：刚才说到三键式⿏标，那么三个键都有什么⽤呢按住左键滑动会旋转结构（rotate ），按住中键滑动会移动结构（move ），按住右键滑动会缩放结构（move zoom ）。
这个不⽤记，多按⼏下就熟了，实在忘了在右下⾓有提⽰的，如下图下载打开7cel 的pdb ⽂件后，在all ⼩框下⾯会出现7cel ⼩框，后⾯还跟着⼏个按键ASHLC ，这⼏个按键后⾯会⼀点点介绍。
先左键点击⼀下7cel ⼩框，会发现结构消失了，被点击的⼩框也变暗了，这就是隐藏功能，再点击⼀下就会恢复，如下图所⽰看到恢复后的结构你⼀定感到⼀团糟吧，这都神马呀！上过王禄⼭⽼师的课后，应该清楚PDB⾥⾯记录着每个原⼦的三维坐标值，不信的话可⽤记事本打开PDB PyMOL 所谓的结构显⽰就是读取每个原⼦的三维坐标，然后⽤⼀个点（球）来显⽰出来，原⼦之间的化学键⽤线表⽰。
PyMOL简介与使用说明
4
PyMOL的特点
优点
强大的分子可视化软件 高质量科学论文发表图形 动画制作 文档文件和会话文件并存 鼠标操作与命令行操作 免费的开放源码
缺点
缺乏足够的文件资料 பைடு நூலகம்没有UNDO功能 功能不完善
Introduction to PyMOL
7
ASHLC menu
• Action Show Hide Label Color
8
The External GUI Window
Standard menu bar
Command input field
Output region
Buttons
• 与Viewer window相比的优势：能通过Ctrl−X, Ctrl−C, and Ctrl−V使用剪切、复制、黏贴功能
• Pymol> util.mrock 1,30,180,1,1 • Pymol> set ray_trace_frames,1 • Pymol> set cache_frames,1
• Pymol> mplay
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Ray-traced动画
22
清除缓存
• 一旦把一系列帧载入RAM，这些帧会一直存在,即使操纵这个模型。 通过“mclear”命令或mclear按钮可清楚缓存： • Mclear #清除帧的缓存
• Cache_frames控制PyMOL是否把帧保存到内存。注：缓存的图片占 很大的内存空间，所以在使用此功能前先用“viewport”命令缩小窗 口。
举例
• Pymol> viewport 320,240 • Pymol> orient • Pymol> show sph
pymol原理
pymol原理
PyMOL是一款常用的分子可视化软件，它可以帮助研究者更好地理解和分析生物分子结构。
下面是PyMOL的一些基本原理：
1. 分子结构加载：PyMOL支持多种格式的分子结构文件，包括PDB、XYZ、MOL、SDF等。
用户可以通过命令行或图形用户界面加载分子结构文件。
2. 分子结构预处理：在将分子结构加载到PyMOL中之后，用户可以进行一系列的预处理操作。
例如，可以使用命令行或图形用户界面选择分子中的某些原子或残基，进行分组、旋转、平移、删除等操作。
3. 分子结构显示：PyMOL可以显示分子结构的三维模型，用户可以通过各种颜色、透明度、视图角度等参数来调整分子的显示效果。
4. 分子结构分析：PyMOL可以帮助用户分析分子结构的各种性质，例如电荷分布、氢键、距离、角度等。
用户可以通过命令行或图形用户界面来进行这些分析操作。
5. 分子结构渲染：PyMOL支持高质量的分子结构渲染，用户可以通过命令行或图形用户界面来生成各种高质量的分子结构图像或
动画。
总之，PyMOL是一款功能强大、易用性高的分子可视化软件，它可以帮助研究者更好地理解和分析生物分子结构。
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