vaspkit.014安装使用说明

合集下载

vasp并行总结安装

一、安装vasp 前的软件要求：①C++ 编译器用intel 的( l_cprof_p_11.1.07 )②Fortra n 编译器用in tel 的ifortll (l_cprof_p_11.1.072 )③l_mpi_p_3.2.011④MKL有非商业版本可以免费下载，本来要用l_mkl_p_10.2.5.035的，但发现ifortll里/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/mkl 就有，这里免装，在.bashrc 里把ifort11 下mkl 的路径包括进去。

附完整安装后的.bashrcsource /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh---ifortsource /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/iccvars_intel64.sh ---c++exportLD_LIBRARY_PATH=/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/ifort/mkl/lib/em64t/:$LD_LIBRARY_PATH----- i fort 中包含的mklsource /home/bjwang/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh------- l_mpi请确认mpi、C++、Fortran 编译器都已正确安装，并设定好相关的PATH 路径和LD_LIBRARY_PATH 路径，具体参见新浪博客的其它相关内容。

示意如下：1、安装英特尔c++ 编译器l_cproc_p_11.1.073[bjwang@nano vasp]$ tar -zxvf l_cproc_p_11.1.073.tgz[bjwang@nano vasp]$ cd l_cproc_p_11.1.073[bjwang@nano l_cproc_p_11.1.073]$ ./install.sh2、安装ifort11.1 ( l_cprof_p_11.1.072 )内含mkl 数据库[bjwang@nano ~]$cd /home/bjwang/software/ifort11[bjwa ng@ nan o ifort11]$$ tar —xvf l_cprof_p_11.1.072.tgz[bjwang@nano ~]$ cd l_cprof_p_11.1.072[bjwang@nano l_cprof_p_11.1.072]$ ./install.sh3、安装l_mpi_p_3.2.011参考文件自带安装指导/home/bjwang/software/l_mpi_p_3.2.011/INSTALL.html1. 解压：[bjwang@nano software]$ tar zxvf l_mpi_p_3.2.011.tgz2. 拷贝*.lic文件到解压目录下：cp <license key> .lic .3. 在解压目录下运行install.sh 文件[bjwang@nano l_mpi_p_3.2.011]$ ./install.sh、安装vasp1、编译vasp 数据库解压缩后，进入vasp.5.lib 路径[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.lib[bjwang@nano vasp.5.lib]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile[bjwang@nano vasp.5.lib]vi makefile把lib 中Makefile 文件中FC=ifc 项改为：FC=ifort ，其他不动# C-preprocessorCPP = gcc -E -P -C $*.F >$*.fFC=ifortCFLAGS = -OFFLAGS = -O0 -FIFREE = -FRDOBJ = preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o 在make lib 出现个小问题(不影响，被忽略！！！！！！！)[bjwang@nano vasp.5.lib]$ makerm libdmy.arm: cannot remove 'libdmy.a': No such file or directorymake: [libdmy.a] Error 1 (ignored)ar vq libdmy.a preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.oar: creating libdmy.aa - preclib.oa - timing_.oa - derrf_.oa - dclock_.oa - diolib.o a - dlexlib.oa - drdatab.o[bjwang@nano vasp.5.lib]$2、并行编译vasp（利用ifort 编译器和c++ 编译器，版本最好一致，这里ifort 用l_cprof_p_11.1.072,c++用l_cproc_p_11.1.073 ）解压缩后进入vasp.5.2 路径，[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.2[bjwang@nano vasp.5.2]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile[bjwang@nano vasp.5.2]vi makefile（具体修改的地方见bjwang-Vasp 并行版本make 文件.doc）保存退出后[bjwang@nano vasp.5.2]make运行并行vasp （算si）命令：[bjwa ng@nano si]$mpir un -n 8 /home/bjwa ng/vasp/vasp.5.2/vasp >out &SSH 注：&符表示在后台运行，即使关掉SSH 后计算仍然运行，如果不加这个符号则关掉后计算也会中止.运行串行命令：[bjwang@nano si]$ /home/bjwang/vasp/vasp.5.2/vasp >out &WARNING: small aliasing （wrap around） errors must be expected。

并行安装vasp步骤

intel fortran9.1.036 安装过程Intel Fortran Compiler这个编译器性能极佳，它在x86 和Itanium 级Linux 主机上会有光明的未来，因为Intel 的编译器组整合了曾在DEC、Compaq 和HP 确立声誉的工程团队。

它的发行版有Windows和Linux两种，这2种都分别提供Non-Commercial版免费下载，但不提供技术支持。

而性能则与商业版相同。

其中Windows版需要Visual Studio的支持才可以使用。

以下是整个的安装过程。

1、登陆intel网站下载Non-commercial版。

登陆/software/products/global/eval.htm ，选择Intel? Fortran Compiler for Linux* 下的第二项Non-Commercial Unsupported Version 点击进入。

或者直接登陆/software/products/compilers/flin/noncom.htm，简单的看一下说明，整个下载过程需要好几步，可以慢慢来进行，首先点击“Continue”按钮进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第三页是软件协议页面，可以粗略看一下，选择“Accept”进入下一页；第四页是注册页面，其中Email栏一定要填好，填写之后选择“Submit”进入下一页；这是最后一页，说明已经注册成功，intel会给你发一封电子邮件，并且其中包含一个协议附件。

剩下的工作是收取邮件，然后根据邮件中提供的地址下载软件即可。

我这里下载的软件是l_fc_p_9.1.036.tar.gz，大约130M，另外把邮件中的附件另存在刚才下载的软件的同一目录下，我这里的文件名是l_for_******.lic，每个人的文件名可能不同，它是一个协议文件。

下来以root用户进行以下的安装工作，假设前面的2个文件存放在/usr/src/intel目录下，这也是我们的工作目录：2、解压安装文件tar xzvf l_fc_p_9.1.036.tar.gz3、安装并指定协议，我们这里编译器的是安装在/opt/intel_fc_91目录下，协议则在该目录下的*s 文件夹中。

p4vasp安装设定

p4vasp安裝設定Goal：VASP是solid state physics（固態物理）中常使用的一套軟體，其功能類似CASTEP （因為VASP是從CASTEP中衍生出來的），但是不像CASTEP有個friendly interface。

然後有一群志同道合的開始發展VASP的GUI（graphic user interface）的軟題，所以p4vasp就因此形成了。

p4vasp從0.2.0發展到目前的0.3.9除了可以讀POSCAR，CONTCAR以視覺化分子結構之外，更可以xml格式的vasprun.xml的輸出檔，以分析DOS，band structure等。

Package：在Linux安裝p4vasp時，因為p4vasp並無提供configure file去幫使用者查看有需要哪些必須套件，這需要在安裝前自行確定，其實需要的套件很少，但是套件的相依性卻大，換句話說，你在安裝某一套件時，需一同安裝其他套件，因為要安裝的套件很繁雜，所以將需要的RPM全部列於下表，python，gcc，X這三個是一定要的，在SuSE的安裝光碟中都會有。

（這裡安裝以SUSE 10.0為範例）1. 下載到http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/download.php，選source，進去後可以有很多版本的p4vasp的source code，在此就選用p4vasp v0.3.9這本版，當然也可以選擇不同版本。

2. 解壓縮將下載好的source code解壓縮，以便安裝ex:tar zxvf p4vasp-0.3.9.tgz3. 編譯及安裝p4vasp無需要組態設定（也就是執行./ocnfigure），在下載的source code中就已經有Makefile，所以直接執行make編譯以及用make install安裝ex:makemake install4. 測試ex:p4v若有圖形界面出現表示安裝成功Note :在SuSE 9.x x84_64版時，會有一個小問題，就是p4vasp原本應該/usr/lib/python2.x/site-packages資料夾，因為是x86_64的問題，所以要將程式安裝在/usr/lib64/python2.x/site-packages下才能正常執行，要不然無法開啟，只要_cp4vasp.so，cp4vasp.py，p4vasp從/usr/lib/python2.x/site-packages移到/usr/lib64/python2.x/site-packages下即可Reference :p4vasp officical website http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/news.php。

VASP经典学习教程有用

VASP经典学习教程有用VASP（Vienna Ab initio Simulation Package）是一种用于固体材料计算的第一性原理计算软件包。

它使用密度泛函理论和平面波基组进行计算，可以预测材料的结构、能带、力学性质等基本属性。

本文将介绍VASP的经典学习教程，帮助初学者快速入门。

1.VASP的安装与基本操作-输入文件和输出文件：介绍VASP的常用输入文件和输出文件，以及它们的格式和含义。

-运行VASP计算：教授如何编写VASP运行脚本，以及如何使用命令行界面运行VASP计算。

2.VASP的输入参数和设置-INCAR文件：介绍VASP的主要输入文件INCAR的各种参数和选项，如体系的外部压力、电子迭代的收敛准则等。

-POTCAR文件：讲解VASP的赝势文件POTCAR的作用和用法，以及如何选择合适的赝势。

-KPOINTS文件：讲解KPOINTS文件对计算结果的影响，以及如何选择合适的K点网格。

3.VASP的基本计算-结构优化计算：教授如何进行结构优化计算，寻找稳定的材料晶格参数和原子位置。

-能带计算：讲解如何计算材料的能带结构，以及如何分析能带图和带隙。

-DOS计算：介绍如何计算材料的态密度，以及如何分析态密度图和能带图。

4.VASP的高级计算-弛豫计算：讲解如何进行离子和电子的同时弛豫计算，得到材料的稳定结构和力学性质。

-嵌入原子计算：介绍如何在材料中嵌入原子，并计算嵌入原子的相互作用能。

-软件接口和后处理：讲解VASP与其他软件（如VASPKIT、VESTA等）的接口，以及如何进行后处理分析。

5.VASP的实际应用-表面计算：介绍如何计算材料的表面能和表面形貌。

-催化剂计算：讲解如何通过VASP计算催化剂的吸附能和反应能垒，以预测其催化活性。

-界面计算：讲解如何计算材料的界面能和界面结构。

通过以上内容，初学者可以掌握VASP的基本原理和使用方法，并能在实际应用中进行一些基本的材料计算。

VASP程序使用教程

-10.2
-10.3
-10.4
Total energy(eV)
-10.5
-10.6
-10.7
-10.8
-10.9 2 4 6 8 10 12
硅体相总能量随K-mesh大小的变化情况
Size of k-mesh
4. Cutoff energy大小的选择：
截至能的大小直接影响到计算结果的精度和计算速度，因此，它是平面波计算方法的一个重要参数。
的选择可以方便控制平面波基组的大小。
平面波基组方法的不足之处：
1) 所求得的波函数很难寻找出一个直观的物理或化学图象与
化学家习惯的原子轨道的概念相联系，即其结果与化学家所感兴趣的成键和轨道作用图象很难联系出来，这就为我们计算结果的分析带来了困难； 2) 考察某些物理量时，例如原子电荷，涉及到积分范围的选
二维固体表面
说明：重复平板模型中的平移矢量长度必须合理选择，以保证： 1) 对于分子体系，必须保证相邻重复单元中最近邻原子之间的距离必须至少7~10埃以上； 2) 对于一维体系，相邻两条链最近邻原子之间的距离必须至少 7~10埃以上； 3) 对二维体系，上下两个平板最近邻原子之间的距离必须至少 7~10埃以上； 4) 严格意义上，通过考察体系总能量/能量差值对真空区大小的收敛情况来确定合理的平移矢量长度。
Surf. Sci., 2007, 601, 3488
6) UPS能谱图像模拟
Surf. Sci., 2007, 601, 3488
7) 材料光学性质计算
8) 其它性质计算，包括功函、力学性质等
2. 重复平板模型(或层晶模型)：
VASP程序采用重复平板模型来模拟零维至三维体系
零维分子体系

p4vasp安装设定

p4vasp‎安裝設定Goal：VASP是s‎o lid state physic‎s（固態物理）中常使用的一‎套軟體，其功能類似C‎ASTEP（因為VASP‎是從CAST‎E P中衍生出‎來的），但是不像CA‎S TEP有個‎f riend‎l y interf‎a ce。

然後有一群志‎同道合的開始‎發展VASP‎的GUI（graphi‎c user interf‎a ce）的軟題，所以p4va‎s p就因此形‎成了。

p4vasp‎從0.2.0發展到目前‎的0.3.9除了可以讀‎P OSCAR‎，CONTCA‎R以視覺化分‎子結構之外，更可以xml‎格式的vas‎p run.xml 的輸出‎檔，以分析DOS‎，band struct‎u re等。

Packag‎e：在Linux‎安裝p4va‎s p時，因為p4va‎s p並無提供‎c onfig‎u re file去幫‎使用者查看有‎需要哪些必須‎套件，這需要在安裝‎前自行確定，其實需要的套‎件很少，但是套件的相‎依性卻大，換句話說，你在安裝某一‎套件時，需一同安裝其‎他套件，因為要安裝的‎套件很繁雜，所以將需要的‎R PM全部列‎於下表，python‎，gcc，X這三個是一‎定要的，在SuSE的‎安裝光碟中都‎會有。

（這裡安裝以S‎U SE 10.0為範例）1. 下載到http://cms.mpi.univie‎.ac.at/odubay‎/p4vasp‎_site/downlo‎a d.php，選sourc‎e，進去後可以有‎很多版本的p‎4vasp的‎s ource‎code，在此就選用p‎4vasp v0.3.9這本版，當然也可以選‎擇不同版本。

2. 解壓縮將下載好的s‎o urce code解壓‎縮，以便安裝ex:tar zxvf p4vasp‎-0.3.9.tgz3. 編譯及安裝p4vasp‎無需要組態設‎定（也就是執行./ocnfig‎u re），在下載的so‎u rce code中就‎已經有Mak‎e file，所以直接執行‎m ake編譯‎以及用mak‎e instal‎l安裝ex:makemake instal‎l4. 測試ex:p4v若有圖形界面‎出現表示安裝‎成功Note :在SuSE 9.x x84_64‎版時，會有一個小問‎題，就是p4va‎s p原本應該‎/usr/lib/python‎2.x/site-packag‎e s資料夾，因為是x86‎_64的問題‎，所以要將程式‎安裝在/usr/lib64/python‎2.x/site-packag‎e s下才能正‎常執行，要不然無法開‎啟，只要_cp4‎v asp.so，cp4vas‎p.py，p4vasp‎從/usr/lib/python‎2.x/site-packag‎e s移到/usr/lib64/python‎2.x/site-packag‎e s下即可Refere‎n ce :p4vasp‎offici‎c al websit‎e http://cms.mpi.univie‎.ac.at/odubay‎/p4vasp‎_site/news.phpP4vasp‎是显示VAS‎P的结果的工‎具，目前有lin‎u x版本和w‎i ndows‎版本，linux的‎比较好用，从网上下载源‎程序或者可执‎行程序进行安‎装。

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明（简单易懂）1．安装linux由于不熟悉linux的操作，所以很多问题无法解决，所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。

(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware，安装过程同普通的windows下软件的安装。

下载地址：www．或者www．(2) VMware配置linux，过程如下：a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。

b)再单击“下一步”，在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”，然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本，此处我选择的是“RedHat Linux”。

c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。

该界面上面的文本框是系统的名字，保持默认值即可，下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。

d)根据需要选择好后，单击“下一步”按钮，出现设置虚拟机内存大小的界面。

Linux9．O对内存的要求是：文本模式至少需要64MB；图形化模式至少需要128MB，推荐使用192MB。

我选择的是192MB。

e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。

VMware有四种网络设置方式，一般来说，Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样，最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。

此处我选择Brided方式。

f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。

这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”，其含义是新建一个虚拟磁盘，该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。

g)在“下一步”中设置磁盘大小。

VASP的个人经验手册

../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ -L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas 修改后保存 makefile 文件，键入 make 命令开始编译 vasp。整个命令为： cd .. cd vasp.4.4 cp makefile.linux_pg makefile 编辑修改 makefile 文件 make 编译成功后，就可以得到 VASP 的可执行文件 vasp。ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱe) 以 root 帐号登录机器，把成功编译 VASP 后得到的 vasp 放到/bin 目录下，则任何一个普通用户都可以使用 vasp。此时 vasp 可以当成于一个 linux 的命令来使用了，不再需要把 vasp 拷贝到当前的计算目录下。
2
方和方法是：在第 87 和 88 行前加上#，把这两行注释掉，然后去掉第 91,92 和 93 行前的#。修改前和后的内容为分别为： LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \
../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ # -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

VASP使用总结

VASP使用总结VASP（Vienna Ab initio Simulation Package）是一款基于密度泛函理论（DFT）的第一性原理计算软件，主要用于材料科学和凝聚态物理领域的计算。

它提供了丰富的功能和工具，可以用于模拟和研究各种材料的物理和化学性质。

以下是对VASP使用的总结：1.输入文件的准备在进行VASP计算之前，首先需要准备好输入文件。

VASP使用的输入文件包括POSCAR、INCAR、POTCAR等。

POSCAR文件用于定义晶体结构和原子坐标，INCAR文件用于定义计算参数和设置计算方法，POTCAR文件用于定义原子的赝势。

2.材料结构的优化VASP可以通过结构优化计算来确定材料的最稳定结构。

结构优化计算通过改变原子位置和晶胞大小，寻找最低能量的结构。

可以使用ISIF 参数来设置优化类型，如禁止移动原子、禁止改变晶胞大小等。

3.能带结构的计算VASP可以计算材料的能带结构，从而提供关于能带轨道和能带间隙的信息。

能带结构计算需要先进行结构优化计算，然后再进行自洽计算和能带计算。

可以通过设置KPOINTS和NBANDS参数来控制计算的精度和效率。

4.密度状态的计算VASP可以计算材料的密度状态，包括电荷密度、电荷分布和电子态密度等。

通过密度状态计算，可以了解材料的电子结构和性质。

可以通过设置LSORBIT、IALGO和NPAR等参数来控制计算的模式和效率。

5.势能面的计算VASP可以计算材料的势能面，并通过构建势能面图像来显示材料的稳定性和反应性。

势能面计算需要进行结构优化计算，然后通过改变原子位置和晶胞大小来势能面上的最低能量和结构。

6.热力学性质的计算VASP可以通过计算自由能、热容和热膨胀系数等热力学性质来了解材料的热稳定性和热响应。

热力学性质的计算需要进行结构优化计算和自洽计算，然后使用VASP提供的工具和脚本进行热力学性质的分析和计算。

7.计算结果的解析和可视化VASP提供了丰富的工具和脚本，可以用于解析和可视化计算结果。

vasp软件包使用入门指南

vasp软件包使用入门指南VASP软件包使用入门指南本文档旨在为用户提供VASP软件包的使用入门指南。

以下是本文档的内容概要：1.简介1.1 VASP软件包概述1.2 VASP的功能和应用领域1.3 VASP的系统要求和安装方法2.输入文件准备2.1 结构文件的准备2.2 参数文件的设置2.3 能带计算的准备3.输入文件编辑和提交3.1 INCAR文件的编辑3.2 KPOINTS文件的编辑3.3 POTCAR文件的选择和拼接3.4 批量计算的脚本编写和提交4.输出文件解读4.1 OUTCAR文件解读4.2 VASP计算输出的主要结果解析5.常见问题和错误分析5.1 VASP计算中的常见错误和警告5.2 错误日志文件的解读和分析5.3 VASP计算结果的正确性判断6.进阶使用技巧6.1 计算参数优化方法6.2 并行计算和性能优化6.3 嵌入VASP到自己的代码中7.示例和案例分析7.1 基础输入文件示例7.2 常见VASP计算任务案例分析8.扩展资料和学习资源8.1 VASP官方文档和论坛8.2 相关书籍和资料推荐8.3 其他学习资源和机构推荐附件：1.VASP软件包安装包2.示例输入文件和脚本3.相关代码和案例法律名词及注释：1.VASP - Vienna Ab initio Simulation Package，维也纳从头模拟软件包。

2.INCAR - Input CARd（输入卡）的缩写，VASP输入文件之一，用于设置计算参数。

3.KPOINTS - VASP输入文件之一，用于设置k点和布点方案。

4.POTCAR - VASP输入文件之一，包含了计算所需的原子赝势和波函数。

本文档涵盖了VASP软件包的基本用法和高级技巧，并提供了示例和案例分析帮助用户更好地理解和应用该软件包。

如需进一步了解VASP的详细信息，请参阅附件中的相关资料和学习资源。

vasp详细安装过程

王晶晶第一步准备VASP相关安装包●intel fortran xe 2013 for linux(parallel_studio_xe_2013_update2.tgz及授权文件) ●openmpi-1.8.5.tar.gz●fftw-3.3.4.tar.gz●GotoBlas2-1.13.tar.gz●Vasp5.3.5.tar.gz第二步系统环境包安装以ubuntu为例，下述软件自行安装●sudo apt-get install build-essential●sudo apt-get install gcc-multilib●sudo apt-get install libstdc++5●sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless第三步安装inter fortran compiler 20131.默认解压所有安装包到用户目录cd ～/software2.解压：tar –zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz3.cd parallel_studio_xe_2013_update2/4.执行./install.sh，出现安装信息，根据以下几步操作5.6.7.8.9.10.11.12.13.14.1、vi ~/.bashrc 在最后插入source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh intel64 (如果是32位机，intel64替换为ia32)2、source ～/.bashrc[验证：输入which ifort显示路径则为成功]第四步安装fftw（奔腾4以上机子可以提速，具体请自行测试；这里提供安装方法，也可不用，vasp 中已包含fft)1.下载/2.解压：tar –zxvf fftw-3.3.4.tar.gz3.cd fftw-3.3.4/4../configure --prefix=~/software/fftw (fftw目录需要提前建立)5.make6.make install参考：http://wangzongguo122.blog.163.c ... 122012111393011404//Linux/2007-04/3529p2.htm第五步安装openmpi1.下载/software/ompi/v1.8/2.解压tar –zxvf openmpi-1.8.5.tar.gz3.cd openmpi-1.8.5/4../configure --prefix=/home/wjj/software/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifortFC=ifort（若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ，则用gcc编译）（openmpi目录需要提前创建）5.make all install设置环境变量1.vi ~/.bashrc2.在最后加入以下内容export PATH=$PATH:/home/wjj/software/openmpi/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/wjj/sofware/openmpi/lib export MANPAH=$MANPATH:/home/wjj/software/openmpi/share/man3.source ~/.bashrc检验：1.$echo $PATH$echo $LD_LIBRARY_PATH结果中显示有刚才的bin和lib路径则为配置成功2.which mpirun 显示路径则成功3.切换到普通账户，以免提示root账户会修改系统文件的问题cd /home/wjj/software/ openmpi-1.8.5/examplesmakempirun -np 2 hello_c （2为双核）应出现：Hello, world, I am 0 of 2Hello, world, I am 1 of 2参考：/s/blog_8f86de6b0101ayav.html第六步安装GotoBLAS21.解压：tar -zxvf GotoBLAS2-1.13.tar.gz2.进入目录执行：./quickbuild.64bit3.若出现如下：../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:192: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:193: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:194: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:195: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation则执行：gmake cleanmake BINARY=64 TARGET=NEHALEM出现以上错误的原因为，cpu太新，配置文件不识别，需要重新指定一下CPU类型第七步安装vasp5.3.51.解压tar –zxvf vasp5.3.5.tar.gz得到vasp5.3.5和vasp5.lib文件夹2.cd vasp5.lib/3.修改makefile.linux_ifc_P4FC=ifc 改为 FC=ifortFFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 –FI4.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile5.make（成功应生成libdmy.a)6.cd vasp5.3.5/7.修改makefile.linux_ifc_P4FC=ifortOFLAG=-O2 –xHostBLAS= -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.11.339/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential –lpthreadLAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.aFC=mpif90去掉以下代码的#CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \-DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \-DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMVBLAS= /opt/GotoBLAS2/libgoto2.aLAPACK= -L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthreadSCA= /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a8.若用vasp自带的fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o若用fftw:FF3D=fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o/home/wjj/software/fftw/lib/libfftw3.a9.把fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3.5文件夹下10.在vasp5.3.5目录中， cp makefile.linux_ifc_P4 makefile11.make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)安装完成…。

VASP程序使用教程

Surf. Sci., 2007, 601, 3488
6) UPS能谱图像模拟
Surf. Sci., 2007, 601, 3488
7) 材料光学性质计算
8) 其它性质计算，包括功函、力学性质等
2. 重复平板模型(或层晶模型)：
VASP程序采用重复平板模型来模拟零维至三维体系
零维分子体系
Dv: Vacuum thickness (~10 A)
型和数目、以及各原子坐标；
KPOINTS : K点定义文件，可手动定义和自动产生； POTCAR : 各原子的赝势定义文件。
主要输出文件 OUTCAR : 最主要的输出文件，包含了所有重要信息； OSZICAR : 输出计算过程的能量迭代信息； CONTCAR: 内容为最新一轮的构型(分数坐标，可用于续算)；
Feymann定理得到解析的表达式，计算显得非常方便，
另一方面也使能量的计算在不同的原子构象下具有基本相同的精度；
3) 很方便地采用快速傅立叶变换(FFT)技术，使能量、力等
的计算在实空间和倒易空间快速转换，这样计算尽可能在方便的空间中进行；
4) 计算的收敛性和精确性比较容易控制，因为通过截断能
CHGCAR和CHG : 电荷密度；
WAVECAR : 波函数文件； EIGENVAL: 记录各K点的能量本征值，用于绘制能带图； XDATCAR: 构型迭代过程中各轮的构型信息(分数坐标，用于动力学模拟)；
DOSCAR : 态密度信息。
POSCAR文件内容说明：
Silicon bulk (Title)
-10.2
-10.3
-10.4
Total energy(eV)
-10.5
-10.6

VASP使用手册手册使用VASP使用

VASP使用手册手册使用VASP使用VASP使用手册（完善中）基础（前提）知识Linux系统文字界面的基础操作*会进一个特定的目录下，学会建立，删除，移动，复制目录和文件，掌握vim 文字处理程序（可以理解成Windows下的文本文档（*. txt）,但是功能更强，可以在里面编辑脚本程序，fortran或者C语言程序）建议参见网页里面的内容非常详尽还有很多例子，看时建议抓住重点看关于origin（用来画DOS图）和VESTA（用来显示儿何结构和电子结构）都非常容易学，会基本操作就可，遇到问题可以上网查查或与同学交流在Linux系统下讣算软件VASP的使用一、建好5个输入文件（POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件）1,POSCAR手动建立，vi POSCAR-..还可以在MS的帮助下建立2,INCAR咱们组有公用标准的叮CAR文件，进行不同的计算只需改其中的儿个参数就可以T3,POTCAR从cluster ±的某个口录下面拷贝过来，放到要计算的H录里如果要算多个元素的体系，使用命令Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR4, KPOINTS 文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可5, 提交文件都可以用现成的，在老节点上(nodel'node21)使用1 sf. sub新节点上使用yzxSvasp (记不清了，用绿衬底标出)二、在服务器上编译vasp, 一般管理员或别的用户以及编译过了，本平台编译好的LI 录在/public/home/zslu/my-soft/vasp. □. 2 public/baoer/vasp. 5. 2, 编译使用的mpi 可能不同。

将上面LI 录下的可执行文件vasp 拷贝到用户工作LI 录下或者在作业提交脚本里通过LI录找到可执行文件vaspo三、提交任务使用命令qsub lsf. sub 或者 qsub yzx8vasp|8026.node22之后会自动产生例如的字样，这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码四、查看任务qstat - a 或 qstat -nfD rienmnoAWIR 3tD5 TH . TIXA e IIXM.»<2.nsaa；JM2l ・nze22 30, 3jnZe22 •U4・ ncd«2J «02S.no^»?2 一般只需要看3列第一列:任务序号■ : 1 1 A 1 氐5:2:" 1 r < V X N X h-iLuh Ztch »：!M二・ • • xooot a :i •・ too^t a c ：：a •・，旳g * H ；« 一 o -- 一 XODOl » C^iSS 一 zg A me第二列:使用者账户最后一列：计算消耗的时间五、杀某一个任务由于任务提错了或别的原因，不想要算某一个任务了。

VASP程序使用

VASP程序使用VASP程序是一种用于计算固体材料和表面材料性质的量子化学计算程序。

它采用第一性原理方法，即从基本的原子核和电子相互作用出发，通过解波恩-奥本海默（Born-Oppenheimer）方程来计算材料的能带结构、电子态密度、原子结构、晶格参数、声子谱等物理性质。

VASP程序的应用广泛，可以用于材料科学、物理学、化学等众多研究领域。

在开始使用VASP程序之前，需要进行一系列的准备工作。

首先，用户需要获取VASP程序及其相关的源代码和输入文件。

其次，用户需要安装VASP程序并设置好环境变量。

VASP程序可以在不同的操作系统上运行，包括Linux、Unix和Windows等。

使用VASP程序的第一步是准备输入文件。

这些输入文件包括晶体结构文件（POSCAR文件）、计算参数文件（INCAR文件）、赝势文件（POTCAR文件）和K点网格文件（KPOINTS文件）等。

用户需要准备这些文件并将其放到同一个目录下。

其中，POSCAR文件包含晶体结构信息，INCAR文件包含计算参数设置，POTCAR文件包含赝势信息，KPOINTS文件包含K点网格信息。

一般情况下，VASP程序的计算时间较长，需要较大的计算资源。

用户需要根据自己的计算目标和计算机性能来选择合适的计算参数和计算资源。

如果计算任务较重，可以使用并行计算来提高计算效率。

在计算完成后，用户可以通过查看输出文件来获取计算结果。

输出文件包括能带图文件、DOS文件、晶体结构文件等。

用户可以利用这些文件来分析材料的能带结构、电子态密度、原子结构等性质。

VASP程序还提供了一系列的后处理工具，用户可以使用这些工具来进一步分析和处理计算结果。

VASP安装过程

vasp.4.lib/linpack_double.f
vasp.4.lib/ptimers.h
vasp.4.lib/makefile.hp
vasp.4.lib/makefile.t3d
vasp.4.lib/fujitsu.F
vasp.4.lib/sclock_nec.F
vasp.4.lib/makefile.sgi
vasp.4.lib/makefile.linux_efc_itanium
vasp.4.lib/timing.fujitsu.F
vasp.4.lib/makefile.linux_ifc_opt
vasp.4.lib/linpack_single.f
vasp.4.lib/makefile.linux_alpha
vasp.4.6/mkpoints.F
vasp.4.6/elpol.F
vasp.4.6/xml.F
vasp.4.6/mpi.F
vasp.4.6/elf.F
vasp.4.6/fft3dfurth_f77.F
vasp.4.6/paw.F
vasp.4.6/makefile.nec
vasp.4.6/dfast.F
gfortran -O1 -ffree-form -c diolib.f
gcc -E -P -C dlexlib.F >dlexlib.f
gfortran -O1 -ffree-form -c dlexlib.f
gcc -E -P -C drdatab.F >drdatab.f
gfortran -O1 -ffree-form -c drdatab.f
vasp.4.6/nonl.inc
vasp.4.6/brent.F

p4vasp安装

p4vasp安装手记2007-08-25 14:41:59| 分类：computer | 标签：|字号大中小订阅p4vasp的安装可以说是一个宏大的工程：p4vasp本身需要python 、python-gtk 、fltkpython和fltk好安装(fltk中要注意的问题后面再说)，关键是python-gtk需要GTK，而且版本要足够高。

可以说GTK的安装是整个安装的关键，下面详细道来：GTK要求V2.8（不使用p4vasp的某些功能）或者2.10以上(使用p4vasp的全部功能)，我安装的是gtk++2.10.14（系统中带的是2.4.7）。

本来打算安装在自己的目录下，但是安装后pygtk找不到gtk++2.10.14的库，总让修改pkgconfig，这个问题涉及到库的搜索路径问题，需要修改PKG_CONFIG_PATH，具体做法是在/etc/ld.so.conf中加入新安装的库的路径，然后运行一下/sbin/ldconfig使所有的库文件都被缓存到ld.so.cache中。

这就要用到root权限。

既然这样，何不安装到系统，也可以方便后人的安装。

最后决定安装在/usr/local/（为了不覆盖原有使用中的库）。

不知道什么原因，按上面的方法做后没有找不到库。

我们就想了另一个方法，即库的信息（如路径、版本信息）是保存在/usr/lib/pkgconfig/目录下的*.pc文件中的。

把/usr/local/lib/pkgconfig/下的pc文件copy到/usr/lib/pkgconfig/下，问题就解决了。

这个问题不仅gtk存在，和gtk有关的glib,cairo,atk,pango都存在。

都可以按上面的方法做。

下面说明fltk中的一些问题：用普通方式安装fltk ./configure, make, make install在安装gtk和p4vasp时都会提示fltk共享库有问题，并说需要fPIC选项，用下面方式安装./configure --enable-shared CFLAGS=-fPIC, make, make install则问题得以解决。

VASP参数设置详解

VASP参数设置详解计算材料2010-11-3020:11:32阅读197评论0字号：大中小订阅转自小木虫，略有增减软件主要功能：采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线（或管）、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体l计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型l计算材料的状态方程和力学性质（体弹性模量和弹性常数）l计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF）l计算材料的光学性质l计算材料的磁学性质l计算材料的晶格动力学性质（声子谱等）l表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟）l从头分子动力学模拟l计算材料的激发态（GW准粒子修正）计算主要的四个参数文件：INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS,下面简要介绍，详细权威的请参照手册INCAR文件：该文件控制VASP进行何种性质的计算，并设置了计算方法中一些重要的参数，这些参数主要包括以下几类：✍对所计算的体系进行注释：SYSTEM✍定义如何输入或构造初始的电荷密度和波函数：ISTART，ICHARG，INIWAV✍定义电子的优化–平面波切断动能和缀加电荷时的切断值：ENCUT，ENAUG–电子部分优化的方法：ALGO，IALGO，LDIAG–电荷密度混合的方法：IMIX，AMIX，AMIN，BMIX，AMIX_MAG，BMIX_MAG，WC，INIMIX，MIXPRE，MAXMIX–自洽迭代步数和收敛标准：NELM，NELMIN，NELMDL，EDIFF✍定义离子或原子的优化–原子位置优化的方法、移动的步长和步数：IBRION，NFREE，POTIM，NSW–分子动力学相关参数：SMASS，TEBEG，TEEND，POMASS，NBLOCK，KBLOCK，PSTRESS–离子弛豫收敛标准：EDIFFG✍定义态密度积分的方法和参数–smearing方法和参数：ISMEAR，SIGMA–计算态密度时能量范围和点数：EMIN，EMAX，NEDOS–计算分波态密度的参数：RWIGS，LORBIT✍其它–计算精度控制：PREC–磁性计算：ISPIN，MAGMOM，NUPDOWN–交换关联函数：GGA，VOSKOWN–计算ELF和总的局域势：LELF，LVTOT–结构优化参数：ISIF–等等。