Diamond 软件的使用

Diamond TG DTA操作指南

Diamond TG/DTA操作指南一、开机1、打开计算机和仪器电源，启动电脑上的的Pyris Manager软件，会在屏幕上方出现Pyris任务栏，如下图所示：2、点击“Diamond TG/DTA”按钮，约10秒钟后就可启动Pyris Software 主界面。

如下图所示：控制面板功能如下：开始/结束按钮（Start/Stop）。

当所有的准备工作准备就绪后（比如加样、程序温度设定、重量稳定等），就可以点击该按钮启动数据采集过程。

再次点击则数据采集过程结束，实验数据被自动保存，程序温度自动回到加样温度（室温）。

另外，此按钮还有连线的功能。

当在TG/DTA主机电源未开的情况下，启动Pyris软件和Diamond TG/DTA启动按钮，虽然软件已经启动，但处于未连接状态，按钮图案为。

此时，如果将TG/DTA电源打开，点击该按钮就可以方便快速进行连接，按钮也恢复连接状态，而不用退出软件重新启动。

但再次点击却没有断线的功能，而是根据当前的方法文件开始数据的采集。

调温按钮（Go to Temperature）。

该按钮和其下的编辑框配合使用，目的是将程度温度走到编辑框中所指定的温度，速率是用户定义的“Go to temperature rates”速率，在“Preference”中定义。

回到加样温度（Go to Load）。

将程序温度调到加样温度。

加样温度在“Preference”中定义，一般定义为室温。

等温（Hold Temperature）。

不论仪器是在空闲状态还是数据采集状态，点击该按钮都将立即停止对程序温度的改变，也即开始在当前温度下的等温过程。

重量清零称重刷新数据观察窗口（Reset Monitor）。

该命令用于清除数据观察窗口中杂乱无章的实时监控曲线。

经常反复使用。

热流归零（Set Heat Flow to Zero）。

将热流调零。

在进行数据采集前，该命令非常有用。

当热流在其值不为0的地方平衡后，可以通过数次点击该按钮实现热流的归零。

diamond1.1基础应用及增量编译

选择相应 implementation 右键查看属性
定义顶层模块参数文件路径
如果有参数文件(宏定义或者参数文件)可以设置索引路径，也可以不设置，那么就需要把参数文件拷贝到工程目录下，与*.ldf同级。
Diamond1.1设计流程介绍
如何在一个工程下设计多个implementation 步骤五，为新的implementation新建一个strategy，默认为Area优先。当然这个也是可以在新建implementation时在步骤二可以指定的。不指定，就是面积优先。
project
•如果之前没有使用过 ispLEVER请忽略这小节内容
Diamond1.1设计流程介绍
导入一个ispLEVER工程
第二步, 根据提示找到*.syn的文件，选择*.syn后确认(open)，弹出如下对话框。
ispLEVER原工程文件
新工程名称 Diamond新工程目录,用户定义
Diamond工程文件
Agenda
Diamond1.1基本使用方法 1. 设计软件图形用户界面(GUI)介绍 2. 设计流程介绍
– 导入ispLEVER工程 – 新建工程 – 设置strategy – 设置修改约束文件 – 运行布局布线 – 分析报告
Diamond1.1设计流程介绍
为新建工程设置适合的策略-strategy
自定义strategy之Translate Design设置
二个经常使用的属性： Macro Search Path:调用IP所用到的ngo以及网表文件所在路径，如果这里不设置，
需要拷贝相关文件到工程目录下(与*.ldf同级目录) Memory Initial Value File Search Path: RAM,ROM等初始化文件所在路径索引，

Lattice Diamond软件安装说明

Diamond软件安装说明安装点击“B1.1.00.50.42.10_Diamond.exe”进行软件安装。

默认安装路径可更改为自己的安装路径。

安装过程中都是默认进行下去，一般不需要修改什么。

Diamond安装成后会提示安装USB驱动。

可以取消以后再安装驱动。

驱动是在：“安装路径\ispvmsystem\Dr iver s\FTDIUSBDr iver”文件夹下。

软件环境变量位置（可以不改动）Diamond的环境变量在软件安装时，就默认建立了。

默认指向license文件夹。

环境变量名：“LM_LICENSE_FILE”。

路径(指变量值)默认为：“\安装路径\ license\license.dat”。

一般不需要改动环境变量，只需要将所给软件光盘里带的“license.dat”拷贝到“\安装路径\license\”文件夹下。

如果安装了Diamond，并设置过环境变量，再安装IspLEVER Classic就不需要再设置环境变量了，证书文件直接使用的是Diamond路径下指定的“license.dat”即可。

我的电脑→属性→高级→环境变量系统变量→LM_LICENSE_FILE\安装路径\license\license.dat建立虚拟网卡使用Lattice软件前，首先需要建立一个虚拟网卡，并使用网卡MAC地址修改软件将虚拟网卡的MAC(Physical Addr ess)值改为“license.dat”中HOSTID对应的值。

(虚拟网卡软件和网卡修改软件网上可以搜索到很多的。

)虚拟网卡MAC设置好了之后，将电脑重新启动，使设置好的MAC生效。

安装完成。

运行软件点击“「开始」菜单\程序\Lattice Diamond1.1”进入到软件界面。

梦幻晶格：E-mail：1162051686@。

这就是DIAMOND，一款在原子水平实现晶体结构可视化的软件能为您做到的。

LOGO
Diamond
介绍
1.用户界面介绍 2.看图工具介绍

LOGO
软件界面

LOGO
用户界面
导航栏表格面板

LOGO
测量工具栏

LOGO
转换工具栏

LOGO
视频工具栏

LOGO
起步阶段
如何导入晶体结构数据文件
如何通DIAMOND自动绘制晶体结构图
Diamond 软件的使用
LOGO
Edit your company slogan
内容
1、软件的作用
2、diamond介绍
3、起步阶段
4、绘制图像
5、实例

LOGO
学习 Diamond 软件的作用？
如果你有晶体结构数据（空间群参数，单胞参数，原子参数或者晶体数据文件，如cif文件），而且你希望， 1.绘制用于演示文稿或者出版物的高质量图片？ 2.了解晶体结构的构造原理？ 3.通过各种方式向客户展现晶体构造原理？
图像视角
LOGO
实例
LOGO
LOGO
起步阶段
如何显示晶体结构数据、距离和角度表格以及粉末衍射图样

LOGO
绘制图像
如何手动输入晶体结构数据
绘制图像
如何通过结构图绘制助手）绘制图像
LOGO
如何手动输入晶体结构数据
新建空白文档
打开新建结构助手
输入晶胞参数和空间群
输入原子参数（元素、氧化态以及配位数）
完成数据输入，进入结构图像绘制助手

晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用指南

晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。

晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。

我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。

一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。

NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。

我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。

打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。

结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。

点“OK”回到前面的对话窗口。

点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。

Diamond基础操作指南（大全）

Diamond基础操作指南（大全）Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体结构可视化软件。

Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。

1. 配合物分子结构的绘制(1)双击diamond 快捷方式，进入主程序。

打开数据.cif 文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。

(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H ），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O 键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880 改为2.700。

(3)选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。

(4)在Build 菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。

如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。

在配合物的结构图中一般H 原子不需要显示出来，所以我们将H 原子的钩去掉。

(5)配位环境图的绘制。

选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。

由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。

对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。

如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。

注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt 文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。

如N2 的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A 。

晶体结构模型软件Diamond的使用技巧

晶体结构模型软件Ｄｉａｍｏｎｄ的使用技巧摘要通过用Diamond软件构造C60笼型分子结构模型以及对笼型分子各个面的分别封闭，介绍了从“.CIF”格式文件中获得晶体结构数据；原子间距的测量；插入“dummy”原子辅助构造多面体及利用插入“dummy”原子对五边形、六边形分别进行封闭等Diamond软件的使用方法和技巧。

关键词Diamond软件C60 晶体结构模型Diamond软件是由德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个晶体结构模型专业软件，可免费从网上下载，网址为/。

由于其功能强大、界面友好、使用方便，越来越多的教师开始使用该软件进行晶体结构的教学，并介绍该软件的应用［1~3］。

然而，这些介绍过于简单，不能满足构造复杂结构模型的要求。

本文将以C60晶体结构模型和分子模型的构造为例，介绍该软件的操作。

1 从“.CIF”格式文件（晶体信息文件）中获得晶体结构数据打开软件，点“File | Open”，找到安装软件的目录，比如“C:＼Program Files ＼Diamond”，打开“Tutorial”文件夹，保证文件类型为“All Files(*.*)”或“CIF(*.CIF)”，双击名为“C60”的文件。

弹出名为“File Import Assistant”的窗口，点击“下一步”，在弹出的“File Format”窗口中确保File后面为“Crystallographic Information File(CIF)”，点击“下一步”，在弹出的“Picture Creation”窗口中“If the dataset is a crystal”后面下拉选项中选中“Create a blank picture”，点击“下一步”，在弹出的窗口中点“完成”。

出现一个“C60＞ S1252286＞picture1”空白窗口，此时观察右边的“Data brief”窗口，C60的晶体结构数据已经存在了。

diamond--教程系列

第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。

一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。

第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图2 所示。

）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。

图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。

其中Cif文件格式最为通用。

ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。

Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。

常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。

1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。

1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。

通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。

该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。

其它格式则通常并不实用。

Diamond

3.2 Diamond 软件基础知识
各类工作场景介绍
阅读Diamond3.0软件的操作手册(格式为.PDF)
找到Diamond3.0软件的安装路径，打开 Diamond3.0软件中名为Tutorial的文件夹，里面存有五个. CIF文件
导入Diamond3.0软件中的 Sample\Minerals文件夹里作为范例的39个已绘制好的晶体结构
平行投影法(正、斜投影）
Parallel Projection
1. 为原子设置特殊材质
2. （1）选择Model and Radii命令,确定晶体的表现模式 3. （2）选择picture/Atom design命令 ,对选中的某一类原子
进行设置 :Material按钮 ; POV-Ray选项(选第二个选项Use pre-
注： •不能以原有格式保存 •Window/start 回到开始场景
改变背景颜色：Picture/Layout…/Background
【实例3-2】在Diamond3.0 软件中创建SiO2的晶体结构。
•为突出石英晶体的规则外型，可以
创建多面体结构
选择晶胞范围
以Si为中心原子
晶体信息栏
ICSD
Picture工具栏的使用
每个空间群的记号可用Schonflies记号或国际记号或两种结合使用。
Diamond构建晶体模型的基本步骤：
•确定构建哪个晶体的模型 •收集资料（查找该晶体的晶胞参数和晶体中原子的坐标参数） •在Diamond软件中建模（在各对话框中输入相关数据） •在Diamond软件的操作场景中对晶体模型进行修改、美化、标注和观察 •现场教学或将晶体模型的三维文件导出（图片或网页格式）
abc

Diamond2.1的使用

应用Diamond2.1观看晶体结构小概述用Diamond能清楚的看出晶体的结构，一般我们看晶体结构可以按照金属的配位情况→1D连接情况→2D连接情况→3D连接情况这样一个顺序看其结构。

下面以看Zn(BDC)(DMF)(H2O) [即MOF-2]的结构为例说明Diamond的使用。

1、看MOF-2的金属配位情况打开MOF-2的cif文件→Structure→Fill→unit cell，如下图所示：之后黑色区域出现一个晶胞的原子，但没有连接，如下图这时可点击下边常用工具栏中的（connectivity ）或Structure →connectivity 得到连接好的晶胞，点击下边常用工具栏中的可以转动分子，点击放大或缩小分子变化后得到下图：从图中我们发现有Zn-C, Zn-H 这些不合理的键，这时我们可以Edit →bond types ….出现如下对话框，不合理的键可以在这“除去”，如将Zn-C “除去”：选中 C Zn，前面的“√”点去，就将Zn-C “除去”了。

同样的可以将其它不合理的键“除去”。

有时候还会出现本应该连接的键没有连上，这时可Zn-CZn-H以在中设定Lower和Upper的数值（表示键长的下限与上限），使键长落在此下限与上限之间。

这时该连接的键就能连接上。

但是设计好bond types确定后，原子之间的连接情况在原来的图上不会随着设计而改变，需选中全部原子删除（快捷键Ctrl+A→Del可实现），再Structure→Fill→unit cell点击下边常用工具栏中的（connectivity），这时不合理的键就不会连接了，如下图：（所以最好在连接结构之前将bond types设计好）正确连接了各原子后，接下来可以看金属的配位情况了。

首先看有几种Zn，可以Edit→atom types…,出现一个对话框，选中Zn再点击对话框中的Assign to…如下图：则可看出有几种Zn此晶体只有一种Zn。

diamond1.1基础应用及增量编译

Diamond1.1设计流程介绍设计流程介绍
导入一个ispLEVER工程导入一个ispLEVER工程
工程在导入到Diamond时，项目顶层模块名字也成功导入
选择相应implementation 右键查看属性
定义顶层文件
参数文件路径
如果有参数文件(宏定义或者参数文件)也会把该路径信息导入到Diamond，也可以不设置，那么就需要把参数文件拷贝到工程目录下，与*.ldf同级。
Recent Projects 开 Diamond
Diamond1.1 and incremental usage examples Page 5
LATTICE SEMICONDUCTOR CONFIDENTIAL
设计软件图形用户界面(GUI)介绍介绍设计软件图形用户界面
工程文件列表
多策略（多策略（strategy）列表）
– – – – – – 导入ispLEVER工程工程导入新建工程设置strategy 设置设置修改约束文件运行布局布线分析报告
Diamond1.1 and incremental usage examples Page 17
LATTICE SEMICONDUCTOR CONFIDENTIAL
ispLEVER原工程文件
新工程名称 Diamond新工程目录,用户定义
Diamond工程文件
是否复制原工程文件到新目录下,由用户选择
第三步, 点击OK确认，导入开始…完成
Diamond1.1 and incremental usage examples Page 15
LATTICE SEMICONDUCTOR CONFIDENTIAL
Diamond1.1 and incremental usage examples Page 11

diamond教程系列

第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。

一个典型的diamond 3 的界面打开文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。

第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。

）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。

图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。

其中Cif文件格式最为通用。

ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。

Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。

常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。

1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。

1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。

通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。

该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。

其它格式则通常并不实用。

需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为cif格式。

Diamond

无机晶体结构数据库（ICSD）Findit软件
3.4 晶体结构的展示与美化
★晶体模型的展示形式
•鼠标右键，在弹出的菜单中选择Model •在创建晶体时，在原子显示类型对话框中进行设置。 •选择菜单picture/Model and Radii命令 •使用位于场景下方的图标，在其下拉菜单中进行选择。
注意：晶体中原子的坐标参数是以晶胞的三个轴作坐标轴，以三个轴的轴长作为坐标轴的单位。当原点位置改变或选取的晶轴改变，原子坐标参数也会改变。
•空间群(Space Group)：
——晶体内部结构中全部对称要素的集合。晶体结构具有空间点阵式的周期结构，点阵结构的空间对称操作群称为空间群。
一切晶体结构中总共只能有230种不同的对称要素组合方式，即230个空间群。它是由俄国结晶学家费多洛夫和德国结晶学家薛弗利斯（Artur Moritz Schoenflies）于1890至1891 年间各自独立地先后推导得出来的。

金刚石的晶体结构模型铜的晶体结构模型
CaCl2的晶体结构模型
3.1.2 Diamond在化学教育应用中的主要功能
● 准确构建晶体结构。 ● 形象地展示晶体，便于从各个方位观察晶体的结构。 ● 可对晶体进行标注和美化。 ● 可测晶体的键长、键角和扭矩。 ● 通过学习该软件，可以了解更多的有关晶体结构的知识。 ● 可将晶体结构的运动过程制成动画，并保存为.AVI文件。
bcabcabacbacbacbacbac立方晶系cubicabc??????90四方tetragonalab??c??????90正交orthohornbica??b??c??????90三方trigonalabc??????90ab??c????90??120六方hexagonalab??c????90??120单斜monoclinica??b??c????90??90三斜triclinica??b??c??????907个晶系的晶胞参数文档仅供参考如有不当之处请联系本人改正

用Diamond软件构建化学晶体

用Diamond软件构建化学晶体下图是打开Diamond软件并点击new（新建）后的全英文程序界面。

使用中读者可以借助“金山词霸”进行翻译。

界面的上面的第一栏是菜单栏，其中包含了各种操作命令。

第二栏是工具栏，其中包含一些标准工具和显示模式调整工具。

这一栏的下面左半部是程序的主窗口，可以显示相应的结构，右半部是所制作的晶体的相关数据。

值得一提的是，如果的我们制作的晶体结构只作为定性演示，可以不必追求数据的绝对准确。

如果在晶体学中进行交流，则必须借助专业书籍。

在这里我们仅定性地介绍使用方法。

在主窗口的下面是本软件的一些常用工具，熟练掌握，在制作中大有好处。

下面我们以NaCl晶体为例，学习本软件的使用方法。

全部过程可分为11步。

1．新建文件。

点击工具栏中new（新建）命令，窗口变为下图模式。

2．确定对称性。

点击程序窗口最上面菜单栏中Edit（编辑）按钮，在下拉菜中选择Symmetry（对称性）命令，出现如下图所示对话框。

拉动框中左栏中的滚动条，你会发现这里包含了230种空间点群，在同一点群内部，又因为在各轴、面、心等的情况不同分为几种情况。

因为我们只是定性制作，对点群结构可不必深究，摸索几次自会上手。

这里我们选择选择第一类中的F1（1）（所有面心对称）结构使其显示在上面的方框中，注意在对话框右部会出现对本结构的相应说明。

最后点击OK按钮确定。

3．确定晶胞大小。

点击菜单栏Edit按钮，选择Cell（晶胞）命令，出现Cell parameters对话框。

其中a、b、c代表坐标轴，框中均填入数据“4”，右边保持夹角都为“900”，再点击OK按钮确定。

4．确定原子参数。

再次点击菜单栏中Edit按钮，选择下拉菜单中Atomic parameters（原子参数）命令，出现相应对话框。

点击对话框中左边Insert（插入）按钮，在中间Element（元素）后方框中出现“？”号，点击其后倒三角下拉单，选中元素符号“Na”。

Diamond用户手册

循序渐进 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
连接性与过滤功能 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
4. 或许您还想接着浏览一下“DIAMOND 教程 B：高级示例”这一章，以便对接下来的内容有个印象。
5. 随后，请您坐到计算机前并练习 DIAMOND 教程 B，在这一阶段，您将深入了解 DIAMOND 最精彩的特色功能。
6. 最后，您可以随意地尝试一下本软件的各项功能，就从您自己研究中的实例开始下手。
使用 POV-RayTM 绘制高质量图片 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
使用 DIAMOND 录制视频 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
进阶指南：DIAMOND 的理念
17
任务 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

Diamond中文指南

晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。

晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。

我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。

一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。

NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。

我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。

打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。

结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。

点“OK”回到前面的对话窗口。

点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。

diamond--教程系列

diamond--教程系列第⼀章Diamond 3 界⾯选项的功能介绍在本章中我们⾸先介绍⼀下⼀个典型的diamond 3界⾯上所有选项的基本功能。

⼀个典型的diamond 3 的界⾯打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\⽂件夹中的pyrene.cif⽂件（上图所⽰）。

第⼀节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的⼏种选项（如图2 所⽰。

）图1.2 File菜单系列1.2 常⽤选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有⽂件类型（如图3所⽰）。

图1.3 Diamond 3 ⽀持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。

其中Cif⽂件格式最为通⽤。

ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的⽂件格式。

Protein Data Bank 格式表⽰⽀持蛋⽩质晶体数据库⽂件。

常⽤的格式还包括笛卡⼉xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，⽐如我们会在后⾯章节中提到的螺旋体的构建。

1.2.2 Save 选项这⾥默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。

1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应⽤中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进⾏介绍：Save Document As提供14种⽂件格式：图1.5 Diamond 3 ⽀持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构⽂件格式，常⽤的为第⼀项*.diamdoc。

通常在我们处理⼀个较为复杂的结构时，⼀次⽆法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。

该格式详细保留了您的⼀切设置（分⼦模型的模式、原⼦的半径颜⾊、键长等），demo版不提供该格式的保存。

diamond--教程系列

d i a m o n d--教程系列-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。

一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的文件（上图所示）。

第一节File菜单系列File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。

）图 File菜单系列常用选项选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。

图 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。

其中Cif文件格式最为通用。

ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。

Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。

常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。

Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。

Save as选项共包括三个次级选项：图 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。

通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。

该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。

其它格式则通常并不实用。

比BLAST更快的序列搜索工具：diamond简明教程

比BLAST更快的序列搜索工具：diamond简明教程diamond是2015年nature methods上发布的一款新的比对软件，据说是一款比比对到NCBI-NR蛋白参考库更快更灵敏的软件。

在比对短的reads比BLASTX快20000倍，并且具有相似的准确度。

参考文章：Benjamin Buchfink, Chao Xie, and Daniel H. Huson. Fast and sensitive protein alignment using diamond. Nature methods, 12(1):59–60, Jan 2015介绍diamond是一款比对protein和检索translated DNA，用于高性能分析大序列数据的软件。

关键优势在于：•比对速度是blast的500x-20,000x。

•用于长reads分析的Frameshift比对。

•对运行条件要求低，可以在标准台式机或笔记本电脑上运行。

•输出格式多样，表格、sam格式、BLAST pairwise、XML等。

简介原文链接：https:///bbuchfink/diamond/blob/master/READ ME.rst安装下载地址：https:///bbuchfink/diamond利用wget进行下载安装：wget/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9. 22/diamond-linux64.tar.gz*# 解压tar xzf diamond-linux64.tar.gz # 添加环境变量export PATH=$PATH:/data/home/mjchen/app/diamond*安装完毕可以diamond version或者diamond help一下，检测是不是安装成功如果通过这种方式安装不上的话，那就说明你用的服务器太老了，可以通过源代码安装。

这个软件还有windows版本的，可以直接按到自己的本本上。

Diamond 软件的使用

Diamond TG DTA操作指南

diamond1.1基础应用及增量编译

Lattice Diamond软件安装说明