Diamond 3 界面选项的功能介绍

第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍
在本章中我们首先介绍一下一个典型的 diamond 3 界面上所有选项的基本功能。
一个典型的 diamond 3 的界面 打开 C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的 pyrene.cif 文件（上图所示）。
第一节 File 菜单系列 1.1 File 菜单简介
图 3.2 Navigation 效果图
图 3.3 Navigation 选项 Navigation 后在左侧显示出了各个菜单的名称主要包括五项。 ☻点击 Structure x 可以显示当前操作的结构图：
图 3.4 点击 Structure x 效果 ☻点击 Data sheet 可以显示该结构的晶体学信息：
表 3-2 Distance/angles 操作界面说明
可以选择参与列表的原子种类 Unit
表示选择范围的单位，?表示埃，下面依次是皮米和纳
米
Dmin Dmax
表示选定的原子该范围球壳范围内的所有原子，默认值
angle
d 1,2 and 1,3
Count
Symmetry op. Atom code Coordinate Standard Uncertainties (s.u.值)
File 菜单系列，包括 Windows 系统常规的几种选项（如图 2 所 示 。）
图 1.2 File 菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Open 选项
点击该选项，可以看到 diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图 3 所 示 ）。
图 1.3 Diamond 3 支持的阅读格式
前三项是该公司开发的 Diamond 及 Endeavour 软件的默认格式。其中 Cif 文件格式最 为通用。ICSD/Crystin 及 CSD-FDat 是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿 xyz 座标格式，这在构建特 殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项
第二节 Edit 菜单系列 2.1 Edit 菜单简介
Edit 菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴
图 2.1 Edit 菜单主要选项 2.2 常用功能 2.2.1 Undo 与 Redo
典型的 windows 界面选项，不需要过多说明，只是要注意，在计算机内存较小而图片 由异常复杂时，可能造成死机。 2.2.2 Copy 及 Paste 选项
图 2.11 左键点选下的 Select Molecule(s)快捷操作 Lasso Selection 该功能与 Photoshop、Chemdraw 的功能非常相似，可以实现精挑细选， 而不像按住左键进行方框选择功能那样笨拙，操作时，和其它软件一样，选择完毕后必须回 到出发点才结束一次选择。
图 2.12 右键点选下的 Lasso Selection 操作 图 2.13 Lasso Selection 操作轨迹图
图 2.8 例图 如图 2.8 中所示的红色键，是人为加入的一条键，当左键点击选择相互连接的两个分子 时，程序认为这其实是一个分子。
图 2.9 右键点选下的 Select Molecule(s)操作
图 2.10 Select Molecule(s)操作效果图 该功能的快捷操作还可以用鼠标右键中的 Select Molecule(s)选项：
图 1.6 Diamond 3 支持的 6 种图片储存格式 Save Graphic As:
本功能提供了图片保存功能，共包含了 6 种图片格式。我们通常需要使用的是 bmp 格 式（位图格式，文件通常较大，在 word 中缩放会导致分辨率降低）、jpg 格式（文件较小， 在 win office 软件中可以任意缩放而不改变分辨率）、tif 格式（是很多杂志要求的图片格式， 易于编辑和处理）。为实现 diamond 与 3D Max 软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件 保存格式，即 wrl 格式，该格式也保留了创作者构建的所有信息，而不只是结构单元。
本功能提供了两种功能 （1） 复制屏幕所显示的图片，可以粘贴在其它文档中，比如常用的 office 文档中。
图 2.2 Copy 选项的结构复制功能 （2）复制屏幕显示的结构包括各种详细信息，粘贴到另一个打开的 diamond 3 文档中，该
功能可以实现结构的对接，但是必须要注意的是不同结构可能由于空间群的不同无法实现对 接，这是可以采用如下的方法：
图 1.5 Diamond 3 支持的 14 结构储存格式
前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一 个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。该格式详 细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo 版不提供该格 式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象 拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为 cif 格式 。
选择该项会使得 2.0295 数值显示成 2.0295(25) ，25 就是 s.u.值， 但前提是胆经数据本身必须提供该值，否则程序不会计算该值。
Angle 使用说明：在前面我们看到（以 H10 为例）在 H10 为原点的 0-2.5Å范围内共有
六个原子，使用
angle
功能后，明显六个原子的所有组合被列出，共
图 2.6 右键点选下的 Copy Style 操作
图 2.7 Paste Style 操作
图 2.8 Copy>>Paste Style 操作后的效果 由于我们在 Paste Style 操作中选择了部分 H 原子，使得这部分的原子的颜色和半径都 和碳原子一样，但仍需注意，Style 的复制粘贴只限于原子或键的格式，并不能复制粘贴原 子的种类，换句话说，那些氢原子格式发生了改变，但仍是氢原子。 这两种功能在细化处理时很有效，不必一个一个原子的去设置，同时又避免了大面积选择时 的失误操作。 2.2.4 Select 系列操作： Select all 就不必介绍了；Invert Selection 是常用的功能，比如我们在处理一个很复杂的 结构时，需要改变其中一个较大部分的类型，很明显，Select all 无法实现，而一一选择费时
Phase data
Formula sum
H40 C64
Formula weight 809.02 g/mol
Crystal system
monoclinic
Space-group
P 1 21/a 1 (14)
Cell parameters a=12.3027 Å b=9.9879 Å c=8.2206 Å β=96.40°
图 2.5 结构的对接 很明显，这时新的结构并没有任何对称操作，需要增加对称操作。那么，反过来，将消 除了对称操作的 pyrene 粘贴到 C60 文档中，仍然不被允许。对接的技巧，读者可以自己试 验，这样不必在设计结构时一个一个原子的输入，大大节省了我们的时间。Paste 选项仅仅 能实现结构的粘贴，并不能实现外部数据（如图片或结构）的导入。 2.2.3 Copy Style 及 Paste Style 选项： 该选项可以实现将某些设定好的类型选项直接通过类似 Word 中格式刷的功能进行类 型更换。操作起来可以首先选择某个原子或键，然后点击 Copy Style，然后再选择一些原子 或键，点击 Paste Style：
60.908
这里默认的保存格式是 Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。 1.2.3 Save as 选项
共包括三个次级选项：
图 1.4 Diamond 3 Save as 的三个次级选项 在实际应用中，前两项功能相似，我们以 Save Document As 为例进行介绍： Save Document As 提供 14 种文件格式：
是 0-2.5Å。 该选项提供了在设定球壳内与之相关的原子所组成的夹角，具体操 作见后面说明。 该选项只能与 angle 选项共同使用，不能单独选择，列出了在 angle 选项中构成角度的三个原子间的距离 对选型范围内重复出现的原子累计计数，在选择的半径较小时，一 般为 1×，如果调大 Dmax，有的原子可能在该范围内出现多次， 表示为 2×，3×等。 列出对称操作 H10 C14 13555011 1.0664 红字部分就是原子代码 原子坐标
第三节 View 系列菜单 3.1 View 系列菜单简介
该系列菜单包含了所有“查看”信息，包括操作文档的大纲及缩略图、晶体学参数及列 表、原子及键的信息列表（其中还可以进行选择）、粉末图显示、数据/图片切换等功能。
3.1 典型的 View 操作界面 3.2 常用选项介绍 3.2.1 Navigation 和 Thumbnails 这两项功能分别提供了目录（大纲）和缩略图功能。
且在 diamond 中目前仍必须按住 Ctrl，才可以复选或多选原子，数目太多，容易前功尽弃， 这时，我们可以通过先选择较少部分，然后 Invert Selection 来实现。
Select Molecule(s) 该功能中所说的分子并不等同于在其它软件中的分子。本软件中，只 要成键，就被认为是分子中的一部分，同时，一个分子中的部分如果键被打断则被认为是不 同分子。这种功能非常实用，尤其是在配位聚合物的结构分析中。
C
2 6
种情况。
表 3-3 H10 为原点的 0-2.5Å范围内的原子列表
H10
C14
1.0664
C13
2.1324
C1
2.1646
H6
2.3792
H1
2.4833
H9
2.4905
表 3-4 Angle 选项使用后列表