山羊基因克隆实验方案设计
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》范文
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》篇一一、引言随着生物学领域的研究深入,启动子序列在基因表达调控中扮演着重要的角色。
MyoG(Myogenin)是肌肉发育和生长的关键调控因子,其启动子序列的研究对于理解肌肉生长和发育机制具有重要意义。
本文旨在克隆山羊和牛的MyoG启动子序列,并对其活性进行分析,为后续的基因表达和肌肉生物学研究提供基础数据。
二、材料与方法1. 材料准备本实验所需的山羊和牛的肌肉组织样本、酶切工具、载体等实验材料均来自可靠渠道,且在实验前进行了充分的检验与鉴定。
2. 实验方法(1)启动子序列克隆:采用PCR技术,以肌肉组织DNA为模板,设计特异性引物扩增MyoG启动子序列。
(2)序列分析:对扩增得到的启动子序列进行测序,并利用生物信息学软件进行序列比对和分析。
(3)活性分析:构建含有山羊和牛MyoG启动子序列的报告基因载体,通过细胞转染和荧光素酶活性检测等方法,分析其转录活性。
三、实验结果1. 启动子序列克隆结果通过PCR技术成功扩增出山羊和牛的MyoG启动子序列,测序结果显示序列完整,无突变或缺失。
与已公布的序列进行比对,发现高度相似性。
2. 序列分析结果对克隆得到的启动子序列进行生物信息学分析,发现其包含多个潜在的转录因子结合位点,这些位点可能与肌肉发育和生长相关。
此外,还发现山羊和牛的MyoG启动子序列在某些区域存在差异,这可能与其物种特异性的肌肉生长和发育机制有关。
3. 活性分析结果将含有山羊和牛MyoG启动子序列的报告基因载体转染至细胞中,通过荧光素酶活性检测发现,这两个启动子均具有较高的转录活性。
进一步比较发现,牛MyoG启动子的转录活性略高于山羊MyoG启动子。
这可能与牛和山羊的肌肉生长和发育特性有关。
四、讨论本研究成功克隆了山羊和牛的MyoG启动子序列,并对其进行了活性分析。
实验结果表明,这两个启动子均具有较高的转录活性,且存在物种间的差异。
这些差异可能与不同物种的肌肉生长和发育机制有关。
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言近年来,随着生物科技和遗传学的快速发展,对于不同动物品种间基因的克隆与相互关系的研究成为了科学界的研究热点。
特别是绒山羊和绵羊,这两种常见的家畜在生产生活中有着举足轻重的地位。
Izumo1和CD9作为重要的基因分子,它们在绒山羊和绵羊中的表达、功能以及相互关系尚未被充分理解。
本研究的目的是初步探讨这两个基因的克隆及相互作用机制,为家畜育种及畜牧产业发展提供理论基础。
二、材料与方法1. 材料本实验选取了健康的绒山羊和绵羊作为实验对象,并从其体内提取了相应的组织样本。
同时,我们还准备了PCR仪、电泳仪、显微镜等实验设备以及相关的试剂。
2. 方法(1)基因克隆:通过PCR技术从提取的组织样本中扩增Izumo1和CD9基因片段,并将它们连接到适当的载体中。
(2)载体构建:利用DNA克隆技术,构建包含目标基因的重组载体。
(3)基因表达分析:通过实时荧光定量PCR和Western Blot 等方法,分析Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中的表达情况。
(4)相互作用研究:利用生物信息学方法,对Izumo1和CD9基因的相互作用进行初步研究。
三、实验结果1. 基因克隆与载体构建成功克隆了Izumo1和CD9基因,并成功构建了相应的重组载体。
通过测序验证,所克隆的基因序列与预期的序列完全一致。
2. 基因表达分析实时荧光定量PCR和Western Blot结果显示,Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中的表达水平存在差异。
具体来说,Izumo1在绒山羊中的表达量高于绵羊,而CD9在绵羊中的表达量较高。
3. 相互作用研究通过生物信息学方法对Izumo1和CD9基因的相互作用进行初步研究,发现它们之间可能存在一定的相互作用关系。
为了进一步验证这一发现,后续需要开展更多的实验研究。
四、讨论本研究初步探讨了Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中的克隆及相互作用机制。
山羊KAP8.2基因的克隆表达及分析
参考 文献 : [] . 卡尔尼克 . 1B W. 禽病学 .0版 . 京 : M] 1 北 中国农业 出版社 ,99 19 :
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ti tn ac ed i n ei r【 j t et ie i ,vci eg addle J .Ct n fao n sn vy r
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《2024年绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言随着现代生物技术的飞速发展,基因克隆技术已成为研究动物遗传学和生物学特性的重要手段。
绒山羊和绵羊作为两种重要的家畜动物,其生长、繁殖以及生理特性的研究对于畜牧业的发展具有重要意义。
Izumo1和CD9基因作为两种在动物体内发挥重要功能的基因,其表达和功能在绒山羊和绵羊中具有一定的差异。
本文将重点研究这两种基因的克隆及其相互作用的初步结果。
二、实验材料与方法1. 实验材料本实验所需材料包括绒山羊和绵羊的组织样本,实验中所用的PCR引物,酶及缓冲液等试剂均为市售产品。
2. 实验方法(1) 基因克隆:通过PCR技术扩增Izumo1和CD9基因,将PCR产物进行纯化、酶切、连接等操作,最终构建出重组质粒。
(2) 相互作用研究:采用双荧光素酶报告系统等方法,研究Izumo1和CD9基因在细胞中的相互作用。
三、实验结果1. Izumo1和CD9基因的克隆通过PCR扩增和基因克隆技术,成功克隆出Izumo1和CD9基因,经测序验证,证实了克隆的准确性。
2. 相互作用研究通过双荧光素酶报告系统等实验方法,发现Izumo1和CD9基因在细胞中存在相互作用。
进一步的研究表明,这种相互作用可能涉及到两种基因的表达调控,以及在细胞信号传导过程中的作用。
四、讨论1. Izumo1和CD9基因的克隆成功为进一步研究这两种基因的功能和表达调控机制提供了基础。
2. 通过双荧光素酶报告系统等实验方法,我们发现Izumo1和CD9基因在细胞中存在相互作用,这可能涉及到两种基因在生理和病理过程中的作用。
未来的研究可以进一步探讨这种相互作用的机制和功能。
3. 绒山羊和绵羊作为两种不同的家畜动物,其Izumo1和CD9基因的表达和功能可能存在一定的差异。
未来的研究可以比较这两种动物中这两种基因的表达差异,以及其在生长、繁殖等生理特性中的作用。
五、结论本文通过基因克隆技术和双荧光素酶报告系统等方法,初步研究了绒山羊和绵羊中Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的机制。
山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析
集 中在 a 1区 域 ( 2 2 一l 1 o位 氨 基 酸 ) 与a 2区 域 ( 1 1 1 —2 o 3 位 氨基 酸 ) 。遗 传 进 化 分 析 表 明 , G e n B a n k中 山 羊 C L A I a 链 基 因 与 红 寺 湖 绒 山羊 、 河西绒山羊 、 陕北 绒 山 羊 、 阿 尔 巴斯 绒 山羊 的 C L AI a 基 因遗 传 关 系 较 近 , 与 其 他 6个 品
系山羊 , 即简阳大耳山羊 、 金 堂黑山羊 、 西 农 萨 能奶 山 羊 、 美姑 山羊 、 大足 黑山羊 、 努 比 亚 山羊 的 C L A I a基 因 遗 传 关 系 较 远 。本 试 验 结 果 为 进 一 步 研 究 C L A I 链 基 因 的 多 态 性 奠 定 了理 论 基 础 。 关 键 词 :山 羊 ; C L A I a 链基 因; 克隆 ; 生 物 信 息 分 析 中 图分 类 号 : ¥ 8 5 2 . 6 5 文献标识码 : A 文 章 编 号 :1 6 7 1 — 7 2 3 6 ( 2 0 1 7 ) 0 7 — 2 0 6 5 — 0 6
V e t e r i n a r y E t i o l o g i c a l Bi o l o g y,L a n z h o u V e t e r i ar n y Re s e a r c h I n s t i t u t e ,C h i n e s e Ac a d e my o f
C L A I n 链 基因长度为 1 0 7 4 b p , 编码 3 5 7个 氨 基 酸 。经 核 苷 酸 序 列 分 析发 现 , 1 O个 品 系 山 羊 C L A I a 链 基 因 同 源 性 集 中在 8 2 . 8 ~9 9 . 5 A o之 间 。将 1 O个 品 系 山羊 C L A I 链 基 因 核 苷 酸 推 导 的 氨 基 酸 序 列 进 行 比对 , 发 现 突 变
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言随着生物科技的发展,基因克隆技术为研究不同物种间的遗传差异及基因相互作用提供了强有力的工具。
本篇论文着重对绒山羊和绵羊两种家畜动物中Izumo1和CD9基因的克隆以及其相互作用进行初步探讨和研究。
这有助于理解家畜的遗传特性,为家畜的遗传育种和疾病防治提供理论依据。
二、材料与方法1. 实验材料本实验选取了绒山羊和绵羊作为研究对象,以实验室自繁种畜的生殖组织作为主要材料,利用PCR技术克隆出Izumo1和CD9基因的特定片段。
2. 方法(1) 通过PCR技术,从绒山羊和绵羊的生殖组织中提取Izumo1和CD9基因的DNA序列;(2) 利用生物信息学方法对克隆出的基因序列进行初步分析;(3) 构建基因表达载体,研究基因在两种家畜中的表达情况;(4) 通过生物实验手段,分析Izumo1和CD9基因在家畜中的相互作用。
三、结果与分析1. 基因克隆结果通过PCR技术成功克隆出绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因的特定片段,经测序验证,序列正确无误。
2. 生物信息学分析对克隆出的基因序列进行初步分析,发现绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因在序列上存在一定差异,这可能与两种家畜的遗传特性和生理特性有关。
3. 基因表达情况构建基因表达载体后,发现Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中的表达情况存在差异,这可能与两种家畜的生长、发育、繁殖等生理过程有关。
4. 基因相互作用分析通过生物实验手段,初步发现Izumo1和CD9基因在家畜中存在相互作用。
这种相互作用可能影响家畜的生殖、生长、免疫等生理过程。
具体作用机制需进一步研究。
四、讨论本实验成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并对其进行了初步分析。
结果表明,这两种基因在两种家畜中存在差异,且存在相互作用。
这些差异和相互作用可能与家畜的遗传特性和生理特性有关。
这为进一步研究家畜的遗传育种、疾病防治等提供了理论依据。
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言随着生物科技的发展,基因克隆技术为研究不同物种间的遗传差异及基因相互作用提供了强有力的工具。
本篇论文将着重探讨绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究。
Izumo1和CD9基因在细胞黏附、信号传导及免疫应答等生物学过程中扮演着重要角色。
通过研究这两种基因在绒山羊和绵羊中的表达差异及其相互作用,有助于我们更深入地理解这两种基因在动物生理和疾病发生中的作用机制。
二、材料与方法2.1 实验材料本实验所使用的绒山羊和绵羊样本均来自本地养殖场,实验前已获得养殖场主的同意。
实验所需试剂、耗材等均采购自正规渠道。
2.2 方法(1)基因克隆:采用PCR技术,分别从绒山羊和绵羊的基因组DNA中扩增出Izumo1和CD9基因的编码区序列。
(2)序列分析:将扩增出的基因序列进行测序,并进行序列比对分析。
(3)相互作用研究:通过生物信息学方法,预测两种基因在蛋白质水平上的相互作用,并进一步通过细胞实验验证其相互作用。
三、实验结果3.1 基因克隆结果成功从绒山羊和绵羊的基因组DNA中扩增出Izumo1和CD9基因的编码区序列,经测序验证,序列正确。
3.2 序列比对分析通过序列比对分析,发现绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因在编码区存在一定程度的序列差异,这可能与两种动物在生理和疾病发生过程中的差异有关。
3.3 相互作用研究通过生物信息学方法预测,Izumo1和CD9蛋白在蛋白质水平上可能存在相互作用。
进一步通过细胞实验验证,证实了这两种蛋白之间的相互作用。
四、讨论4.1 基因克隆与序列分析本实验成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并进行了序列比对分析。
结果表明,这两种基因在编码区存在一定程度的序列差异,这可能与两种动物在生理和疾病发生过程中的差异有关。
这为进一步研究这两种基因在动物生理和疾病发生中的作用机制提供了基础。
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言近年来,绒山羊和绵羊的基因研究成为了生物学和畜牧业的热点话题。
随着分子生物学技术的进步,我们对这些动物的基因表达和调控机制有了更深入的理解。
在众多重要的基因中,Izumo1和CD9是两种重要的细胞膜相关基因,其在动物的生长发育以及生理活动中具有重要功能。
本文将对绒山羊和绵羊中这两种基因的克隆及初步的相互作用研究进行探讨。
二、Izumo1和CD9基因的克隆首先,我们使用PCR技术对绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因进行了克隆。
这一步的关键在于设计合适的引物,确保能够准确地扩增出目标基因序列。
我们通过生物信息学软件预测了引物的特异性,并进行了PCR实验。
经过多轮的PCR反应和纯化,我们成功获得了这两种基因的克隆序列。
三、基因序列分析我们使用生物分析软件对克隆得到的基因序列进行了分析。
结果表明,绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因在序列上存在一定程度的差异,这可能与其生物学特性和功能有关。
通过比对分析,我们进一步了解了这两种基因在绒山羊和绵羊中的保守性和特异性。
四、基因相互作用研究为了研究Izumo1和CD9基因之间的相互作用,我们构建了这两种基因的过表达和干扰载体,并进行了细胞共转染实验。
通过观察细胞的变化,我们发现当这两种基因共表达时,它们之间存在明显的相互作用。
进一步的研究表明,这种相互作用可能涉及到细胞的信号传导和生长调控等过程。
五、讨论与展望通过对绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究,我们得到了许多有价值的发现。
这些发现不仅有助于我们理解这两种基因在动物生长发育和生理活动中的作用,还为进一步研究其与其他基因的相互作用提供了基础。
然而,仍有许多问题需要进一步探讨。
例如,这两种基因在绒山羊和绵羊中的具体功能是什么?它们之间的相互作用是如何影响细胞的功能的?这些问题需要我们进行更深入的研究。
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言随着现代生物技术的飞速发展,基因克隆技术已成为研究动物遗传学和生物学特性的重要手段。
绒山羊和绵羊作为常见的家畜动物,其经济价值和生物学特性备受关注。
Izumo1和CD9基因在动物生理和疾病过程中发挥着重要作用。
本篇研究报告旨在初步探讨绒山羊和绵羊中Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的机制。
二、研究目的与意义本研究通过克隆绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,探讨其基因序列的异同以及在两种动物中的相互作用机制。
这不仅有助于深入了解这两种家畜动物的遗传特性和生理功能,同时为相关疾病的预防和治疗提供理论依据,具有重要的科学意义和应用价值。
三、材料与方法(一)实验材料实验所需的绒山羊和绵羊样品采集自当地养殖场,DNA提取试剂、PCR相关试剂、载体及酶等均采购自正规生物试剂供应商。
(二)实验方法1. 基因克隆:通过PCR技术扩增Izumo1和CD9基因,将目的基因与载体连接,转化至感受态细胞,筛选阳性克隆。
2. 序列分析:对克隆得到的基因进行测序,分析其序列特征及差异。
3. 相互作用研究:利用生物信息学方法预测Izumo1和CD9基因的相互作用,并通过细胞实验验证其相互作用。
四、实验结果(一)基因克隆结果成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,得到了高质量的基因序列。
(二)序列分析结果对比分析发现,绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因在序列上存在一定差异,但整体上具有较高的相似性。
(三)相互作用研究结果生物信息学预测及细胞实验结果表明,Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中存在相互作用,这种相互作用可能涉及两种动物的一些生理过程和疾病发生机制。
五、讨论本研究初步探讨了绒山羊和绵羊中Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的机制。
结果表明,这两种基因在两种动物中具有一定的相似性和差异性,这可能与它们的生理特性和遗传背景有关。
山羊肌生成抑制素(MSTN)基因的克隆及生物信息学分析
山羊肌生成抑制素(MSTN)基因的克隆及生物信息学分析金鑫燕【摘要】试验对山羊肌生成抑制素(myostatin,MSTN)基因序列进行了克隆及生物信息学分析,旨在为该基因的深入研究提供理论依据.结果表明,山羊MSTN基因序列长1128 bp,编码375个氨基酸,GenBank登录号为GU183368.山羊MSTN蛋白序列与绵羊、猪、兔、马、人、牛、鼠同源性依次为93%、89%、88%、88%、88%、87%、85%,同源性较高,说明该基因高度保守;疏水性分析结果表明,该蛋白大多数氨基酸为疏水性氨基酸;蛋白跨膜结构及方向显示,从内向外和从外向内分别含有1个强跨膜螺旋区;信号肽预测显示,信号肽序列长度为70;亚细胞定位预测发现,该蛋白是一个Ⅱ型膜蛋白,大部分定位于高尔基体、质膜和内质网膜,内质网腔内也有少量分布;结构功能域预测发现N-肉豆蔻酰化位点3个,N端糖基化位点2个,蛋白激酶C磷酸化位点5个,酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点5个,络氨酸激酶磷酸化位点1个,EF-hand钙结合结构域1个,亮氨酸拉链1个,TGF家族标记1个;二级结构预测显示,α螺旋占25.33%,β折叠占3.20%,随机卷曲占50.13%,延伸链占21.33%.%In this article, myostatin (MSTN)gene of goat were cloned and bioformatics analysis were studied to provide theoretical reference for further research. The results showed that the length of MSTN gene was 1128 bp which encoding 375 amnio acid,and GenBank accession number was GU183368. MSTN protein sequence of goat had highly homology compared with sheep, pig, rabbit, horse, human, bovin,which was93%,89%,88% ,88%,88% ,87% and 85%, respectively. The gene had highly conservation; hydrophobic analysis showed that most amino acid were hydropathicity amino acids; protein transmem-brane helices analysisshowed that there were one transmembrane helices each in inside to outside helices and outside to inside helices; signal peptide analysis showed that signal peptide sequence length was 70;protein localization sites prediction showed that it was a type II membrane protein and most of the protein located in golgi body, plasma membrane and endoplasmic reticu-lum membrane,some in endoplasmic reticulum. The structure and function domain forecasting showed that there were 3 N-myristoylation site,2 N-glycosylation site, 5 protein kinase C phosphorylation site, 5 casein kinase Ⅱ phosphorylation site,l tyrosine kinase phosphorylation site, 1 EF-hand calcium-binding domain, 1 leucine zipper pattern, and 1 TGF-beta family signature. Secondary structure predictions showed that there were 25. 33% alpha helix,3. 20% beta turn,50. 13% random coil, 21. 33% extended strand.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2011(038)009【总页数】4页(P111-114)【关键词】山羊;MSTN基因;克隆;生物信息学【作者】金鑫燕【作者单位】青海省畜牧兽医科学院,青海西宁810016【正文语种】中文【中图分类】Q78肌肉细胞分化、生长是由一些正向调控因子和负向调控因子进行双向调节。
山羊c-Myc原癌基因克隆、原核表达和GST-Myc融合蛋白纯化
胞诱导成为多能干细胞,该细胞可以形成嵌合体,并 小约 1 320 bp 的单一条带,与预期的目的片段相符
且在许多特征上与胚胎干细胞(embryonic stem cells, (图 1)。
ESCs)相似。iPS 细胞这项进展使人类有可能不再从 胚胎获得具有多向分化能力的胚胎干细胞,转而从
成体细胞直接获得。
图 1 山羊 cDNA RTPCR 1:RTPCR 产物;M:DNA marker DL2000 Figure 1 Electrophoresis map for RTPCR products of goat cDNA 1:RTPCR product; M:DNA marker DL2000
图 2 pMD18TMyc 酶切鉴定 1:BamH 玉 和 Xho 玉 双酶切;M:DNA marker DL2000 Figure 2 Identification of pMD18TMyc by restrictive enzyme digestion 1:pMD18TMyc digested by BamH 玉 and Xho 玉 ; M:DNA marker DL2000
山羊APOL6基因克隆、生物学特征及组织表达分析
基因组学与应用生物学,2020年,第39卷,第11期,第5039-5044页研宄报告Research Report山羊4P0L6基因克隆、生物学特征及组织表达分析谢光杰1张亚楠u林亚秋^1西南民族大学畜牧兽医学院,成都,610041; 2西南民族大学,靑藏高原动物遗传资源保护与利用教育部_電点实验室,成都,610041*通信作者,丨****************摘要本实验室前期通过转录组测序发现基因在山羊(Co;;r<z肌内脂肪细胞分化前后存在差异表达。
因此,推测,4P0/4基因对山羊肌内脂肪沉积具有调控作用。
然而,关于山羊基因cD N A序 列特征和组织表达特性均不清楚。
因此本研究利用降落PCR(Touchdown PCR)等方法克隆山羊包含完整开放阅读框的cDNA序列,利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技术检测其在 心、肝、脾、肺、肾、背最长肌、皮下脂肪和腹间脂肪等各组织中的表达差异。
结果表明,克隆获得的山羊 4POL6cDNA序列为I 295 bp,其中包括完整的开放阅读框984 bp,5'非翻译区序列153 b p和3'非翻译区 序列158 基因共编码327个氨基酸,合成不稳定亲水性蛋白质。
组织表达谱检测结果显示/1R几6基因在山羊检测的各组织中均有表达,但在脂肪组织中表达量最高,显著高于其它检测的各组织k<〇.〇5)。
该 研究为最终揭示dP0J L6基因在山羊肌内脂肪沉积中的作用提供科学依据。
关键词山羊,/1P0L6,基因克隆,组织表达Cloning, Biological Characteristic and Tissue Expression Analysis o f Apolipoprotein L6 {A P0L6) Gene in GoatXie Guangjie 1Zhang Yanan u Lin Yaqiu l2*1College of Animal & Veterinary Sciences, Southwest Minzu University, Chengdu, 610041; 2 Key Laboratory of Qinghai-Tibetan Plateau Animal Genetic Resource Reservation and Utilization, Ministry of Education, Southwest Minzu University, Chengdu, 610041*Correspondingauthor,*****************DOI: 10.13417/j.gab.039.005039Abstract In previous investigation,the laboratory found that the expression of goat A P0L6gene had differences between preadipocytes and adipocytes by transcriptome sequencing technique.Therefore,it was speculated that goat AP0L6gene might play a role in regulating intramuscular fat deposition.However,the characteristic of A P0L6gene cDNA sequence and its expression patterns in different tissues of goat remained unclear.Hence,this study was performed to clone goat APOL6gene cDNA sequence using the touchdown PCR and other approaches. Also,the expression abundances of goat AP0L6in heart,liver,spleen,lung,kidney,back,subcutaneous fat and abdominal fat were detected by quantitative real-time PCR(qPCR).The results shown that the cDNA sequence of gosit A P0L6gene was 1 295 bp,including984 bp complete open reading frame(ORF), 153 bp5'untranslated region (UTR)sequence and 158 bp 3*UTR sequence.The APOL6gene encoded 327 amino acids which then formed an unstable hydrophilic protein.Goat AP0L6gene was expressed in all the detected tissues,while its expression was the highest in the adipose tissue being significantly higher than that in other tissues(p<0.05). The results from this study would provide a scientific basis to finally reveal the role of A POL6gene in goat intramuscular fat deposition. Keywords Goat,A POL6,Gene cloning,Tissue expression基金项目:本研究由2019年国家级大学生创新创业训练计划项目(S201910656063)资助弓I用格式:Xie G.J., Z h a n g Y.N., a n d Lin Y.Q.,2020, Cloning, biological characteristic a n d tissue expression analysis o f apolipoprotein L6g e n e in goat, Jiyinzuxue Y u Y i n g y o n g S h e n g w u x u e (G e n o m i c s a n d A p p l i e d Biology), 39(11): 5039-5044 (谢光杰,张亚楠,林亚秋,2020,山羊说6基因克隆、生物学特征及组织表达分析,基因组学与应用生物学,39(1丨):5039-5044)5040 基因组学与应用生物学载脂蛋白(Apolipoprotein)是一组凭借其两亲性螺 旋结构与脂质结合进而构成不同类型脂蛋白颗粒的 蛋白质(Breiteretal.,1991; Bolanos-Garcia and Miguel, 2003)。
山羊基因克隆实验方案设计
山羊基因克隆实验方案设计第五组1.提取DNA2.DNA检测(电泳)3.目的DNA片段基因扩增(PCR)4.DNA检测(电泳)5.目的基因片段与载体连接6.大肠杆菌感受态细胞的制备7.导入受体细胞与蓝白斑筛选8.阳性克隆鉴定9.DNA测序一、DNA提取【实验目的】指导DNA提取原理(羔羊片),熟悉DNA提取步骤。
【实验原理】组织细胞被PK消化后,经过萃取漂洗获得纯净DNA。
【实验步骤】1. <30 mg组织,用眼科剪剪碎,加入200 TL buffer+20 μL PK,55℃水浴1-3 h。
2. 加入220 μL buffer BL,振荡15 s,70 ℃放置10 min,溶液变清亮。
3. 10000 r离心2 min,移上清液至新离心管。
4. 加220 μL无水乙醇,充分振荡15 s,可能会出现絮状沉淀。
5. 将溶液和絮状物加入到吸附柱中,12000 r离心30 s,弃废液。
6. 向吸附柱加入500 μL WB,12000 r离心30 s,弃废液。
7. 向吸附柱加入500 μL wash buffer,12000 r 离心30 s,弃废液,空滤一次。
8. 将吸附柱转入干净离心管,加入50 μL TE,放置5 min,12000 r离心2 min,备检。
二、DNA电泳检测【实验原理】琼脂糖凝胶电泳技术是分离、鉴定和提纯DNA片断的有效方法。
凝胶分辨率决定于使用材料的浓度,并由此决定凝胶的孔径。
琼脂糖凝胶可分辩0.1~6.0kb的双链DNA片段。
琼脂糖凝胶电泳是一个电场作用。
它首先利用琼脂糖的分子筛效应,此外,在弱碱性条件下,DNA分子带负电荷,从负极向正极移动。
根据DNA分子大小、结构及所带电荷的不同,它们以不同的速率通过介质运动而相互分离。
借助溴化乙锭(EB)能与双链DNA结合的作用,利用EB染色,并通过紫外线激发即可观察被分离DNA片段的位置。
【仪器与试剂】琼脂糖、10×TAE电泳缓冲液(40mMTris,20mMNaAc,1mMEDTAPH8.0)、载体缓冲液(0.25%溴酚蓝,30%甘油)、溴化乙锭水溶液(10mg/ml)、凝胶槽、电泳仪【实验步骤】1.取琼脂糖0.9g,加入100ml1xTAE电泳缓冲液于250ml烧瓶中,100℃加热溶解。
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》范文
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》篇一一、引言近年来,随着生物技术的飞速发展,基因工程在农业、医学等领域的应用越来越广泛。
其中,启动子作为基因表达调控的重要元件,其研究对于理解基因表达机制、改良生物品种等具有重要意义。
MyoG(肌生成调节因子)是一种在肌肉发育过程中发挥关键作用的基因,其启动子序列的克隆及其活性分析对于研究肌肉发育机制、改良动物品种等具有重要价值。
本文以山羊和牛的MyoG启动子序列为研究对象,通过序列克隆和活性分析,探讨其表达特性和潜在应用价值。
二、材料与方法1. 材料(1)实验动物:选择健康的山羊和牛作为实验动物。
(2)试剂与仪器:PCR试剂、凝胶回收试剂、质粒提取试剂、转录因子等;PCR仪、电泳仪、荧光定量PCR仪等。
2. 方法(1)提取山羊和牛肌肉组织中的基因组DNA。
(2)设计引物,通过PCR技术扩增MyoG启动子序列。
(3)对PCR产物进行凝胶回收、质粒构建等操作,获得含有MyoG启动子序列的重组质粒。
(4)利用荧光定量PCR技术,分析MyoG启动子在不同组织、不同发育阶段的活性。
三、实验结果1. MyoG启动子序列克隆结果通过PCR扩增和凝胶回收,成功克隆了山羊和牛的MyoG启动子序列。
序列比对显示,山羊和牛的MyoG启动子序列具有较高的保守性,表明其在进化过程中具有重要功能。
2. MyoG启动子活性分析结果利用荧光定量PCR技术,分析MyoG启动子在不同组织、不同发育阶段的活性。
结果显示,MyoG启动子在肌肉组织中具有较高的活性,且在不同发育阶段存在差异。
在山羊和牛的肌肉发育过程中,MyoG启动子的活性呈现出明显的上升趋势,表明其在肌肉发育过程中发挥重要作用。
四、讨论本实验成功克隆了山羊和牛的MyoG启动子序列,并通过活性分析探讨了其在肌肉发育过程中的作用。
结果表明,MyoG启动子在肌肉组织中具有较高的活性,且在不同发育阶段存在差异。
这一发现为研究肌肉发育机制、改良动物品种等提供了重要的理论基础。
西农萨能奶山羊SLC7A5基因克隆及其功能初步研究
西农萨能奶山羊SLC7A5基因克隆及其功能初步研究陈冲,邬娇,岳子婷,王瑾,潘檀,罗军,李聪*(西北农林科技大学动物科技学院,陕西省遗传育种与繁殖重点实验室,陕西杨凌 712100)摘 要:本研究旨在通过对奶山羊SLC7A5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析,探究SLC7A5基因在奶山羊乳蛋白合成中的功能。
实验以西农萨能奶山羊为研究对象,利用PCR技术克隆萨能奶山羊SLC7A5基因CDS序列,并使用多款生物软件和在线工具进行生物信息学分析,同时分析其组织表达情况。
结果表明:成功克隆得到奶山羊SLC7A5基因CDS区,全长1 518 bp,其编码氨基酸505个,蛋白分子量为55.01 ku,理论等电点为8.18,有4个磷酸化位点,为具有跨膜结构的稳定碱性蛋白质;SLC7A5与SLC3A2、SLC38A2、SLC1A1、SLC1A2、SLC1A4、SLC1A5、SLC1A6、SLC1A7、C1H3orf58、BSG蛋白存在互作关系,与山羊、绵羊和牛亲缘最近;组织表达分析表明,SLC7A5基因在奶山羊乳腺组织中显著高表达,其次是脾脏,在小肠和肾脏中表达含量较低;SLC7A5基因在奶山羊泌乳后期显著高表达,其次是前期,泌乳盛期差异不显著。
关键词:西农萨能奶山羊;SLC7A5基因;基因克隆;生物信息学分析;组织表达中图分类号:S826.2 文献标识码:A DOI编号:10.19556/j.0258-7033.20200907-02山羊奶因具有较高的营养价值和独特的营养功能而越来越受到人们的关注与喜爱。
首先,羊奶可以增强新生儿的免疫功能并在其生长发育过程中起重要作用,主要是羊奶中含有丰富的乳铁蛋白、免疫球蛋白等小分子活性蛋白质[1]。
其次,山羊奶中的酪蛋白含有人体及畜体需要的绝大多数必需氨基酸,且氨基酸含量充足、种类齐全,并且蛋白质消化率可达98%,更有利于人体的消化吸收[2]。
山羊奶在人类健康方面的生理意义越来越被重视,研究羊乳中乳蛋白的合成调控机制对其营养价值的充分发挥具有重要意义。
《2024年绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言近年来,随着分子生物学技术的飞速发展,基因克隆和功能研究在畜牧产业中显示出巨大潜力。
本篇研究论文主要围绕绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用展开讨论。
我们致力于揭示这两种基因在羊类物种中的功能,并探究其相互作用的潜在影响。
二、材料与方法2.1 实验动物与样品本实验选用了健康的绒山羊和绵羊作为研究对象,采集其组织样本进行基因克隆研究。
2.2 基因克隆技术采用PCR技术对Izumo1和CD9基因进行扩增,通过克隆载体构建重组质粒,并进行序列测定。
2.3 相互作用研究通过生物信息学分析,预测Izumo1和CD9基因的相互作用,并利用双荧光素酶报告系统进行验证。
三、实验结果3.1 Izumo1和CD9基因的克隆成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并进行了序列测定,证实了其准确性。
3.2 生物信息学分析通过生物信息学分析,发现Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中具有相似的结构特征和表达模式。
3.3 相互作用研究双荧光素酶报告系统实验结果显示,Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中存在相互作用,这一结果为进一步的功能研究提供了依据。
四、讨论4.1 Izumo1和CD9基因的功能分析Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊的生长发育、繁殖等方面可能具有重要作用。
进一步的功能研究将有助于揭示其具体作用机制。
4.2 基因相互作用的潜在影响本研究发现Izumo1和CD9基因之间存在相互作用,这可能对羊类物种的生理过程产生重要影响。
未来的研究将进一步探讨这种相互作用的详细机制及其在羊类物种中的功能。
五、结论本研究成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并通过生物信息学分析和双荧光素酶报告系统实验证实了两者之间的相互作用。
这为进一步研究这两种基因在羊类物种中的功能及其相互作用的潜在影响提供了重要依据。
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》范文
《山羊、牛MyoG启动子序列克隆及其活性分析》篇一一、引言近年来,随着生物技术的飞速发展,基因序列克隆与活性分析成为了生物科学研究的热点。
特别是动物相关基因的研究,对生物育种、基因工程等众多领域具有重要的实践意义。
其中,肌肉生长调节因子MyoG(Myogenin)的启动子序列研究更是备受关注。
本篇论文旨在研究山羊和牛的MyoG启动子序列的克隆,并对其活性进行分析,为后续的基因表达调控及生物育种研究提供理论基础。
二、材料与方法1. 材料准备(1)选择合适的山羊和牛样本,如肌肉组织样本;(2)各种实验试剂与工具,如PCR仪、琼脂糖凝胶电泳仪等;(3)实验所需的培养基、酶等。
2. 方法(1)提取山羊和牛肌肉组织中的DNA;(2)通过PCR技术扩增MyoG启动子序列;(3)利用限制性内切酶将扩增序列进行克隆,转化至宿主细胞中;(4)通过PCR产物克隆测序,确定克隆序列的正确性;(5)采用荧光素酶报告基因实验系统进行启动子活性分析。
三、实验过程与结果1. 启动子序列的克隆通过PCR技术成功扩增了山羊和牛的MyoG启动子序列,将PCR产物通过限制性内切酶克隆至T-A克隆载体中,再将其转化至大肠杆菌中,获得克隆序列。
对转化后的大肠杆菌进行PCR检测,筛选出阳性克隆,并进行测序验证。
测序结果表明,我们成功克隆了山羊和牛的MyoG启动子序列。
2. 启动子活性分析采用荧光素酶报告基因实验系统对克隆得到的启动子序列进行活性分析。
实验结果表明,山羊和牛的MyoG启动子均具有一定的活性,且在特定条件下,其活性存在差异。
其中,某些特定的转录因子可能对MyoG启动子的活性产生影响。
四、讨论通过对山羊和牛的MyoG启动子序列的克隆及活性分析,我们可以发现以下几点:1. 不同物种间的MyoG启动子序列可能存在差异,这可能与其肌肉生长特性、物种差异等因素有关;2. MyoG启动子的活性受多种因素影响,如转录因子、基因调控等;3. 本实验结果为后续研究提供了理论基础,对于肌肉发育研究、基因工程育种等领域具有重要的应用价值。
山羊PNPLA3基因克隆及序列分析
山羊PNPLA3基因克隆及序列分析苟圣松1,林亚秋2,王永2,朱江江2,3*(1.西南民族大学生命科学与技术学院,四川成都 610041;2.青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省重点实验室,四川成都 610041;3.青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室,四川成都 610041)摘 要:PNPLA3蛋白属于patatin样磷脂酶家族,能够参与脂肪积累和脂肪动员,且该蛋白与肝脏炎症、肝纤维化密切相关。
本研究旨在克隆PNPLA3基因序列并进行生物信息学分析,以简州大耳羊为实验对象,屠宰后,采集皮下脂肪组织,Trizol法提取组织总RNA,利用RT-PCR法克隆山羊PNPLA3基因序列,对所获得的序列进行生物信息学分析。
结果显示:克隆得到山羊PNPLA3基因序列1 564 bq(GenBank登陆号:MN643056),其中CDS区1 344 bp,5'UTR 234 bp,3'UTR 49 bp,编码447个氨基酸残基;山羊PNPLA3氨基酸序列与绵羊(Ovis aries)、牛(Bos taurus)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)的氨基酸序列相似性分别达到83.89%、81.21%、56.38%、56.15%、58.42%;山羊PNPLA3蛋白与绵羊亲缘关系最近,而与原鸡(Gallus gallus)的亲缘关系较远;山羊PNPLA3蛋白为疏水性酸性蛋白,大部分由α螺旋和无规则卷曲构成,分别占比44.07%、39.6%,有18个丝氨酸、3个苏氨酸、3个酪氨酸磷酸化位点,无信号肽剪切位点,有2个跨膜结构域,具有1个PNPLA家族同源结构域,STRING数据库检索到PNLIP、PNPLA2、LIPC、PNLIPRP3等蛋白可能与PNPLA3蛋白存在相互作用关系。
本实验成功克隆出山羊PNPLA3基因,为进一步阐明PNPLA3基因在调控山羊脂质代谢中的作用及分子机制提供基础资料。
《2024年绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》范文
《绒山羊和绵羊Izumo1和CD9基因的克隆及其相互作用的初步研究》篇一一、引言近年来,随着生物科技和基因工程的飞速发展,动物遗传学研究取得了重大突破。
其中,绒山羊和绵羊作为重要的家畜动物,其基因研究对于提升其经济价值和改善人类生活品质具有重要意义。
Izumo1和CD9基因作为两种重要的基因,在动物体内发挥着重要作用。
本研究旨在克隆绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并初步探讨其相互作用。
二、材料与方法1. 实验材料本实验选用的绒山羊和绵羊样本均来自优质种群,并经过严格的遗传背景鉴定。
实验所需试剂、耗材及仪器均符合分子生物学实验要求。
2. 方法(1)基因克隆:采用PCR技术,以绒山羊和绵羊的基因组DNA为模板,扩增Izumo1和CD9基因。
(2)序列分析:对克隆得到的基因进行测序,分析其序列特征。
(3)相互作用研究:采用生物信息学方法,预测并分析Izumo1和CD9基因的相互作用。
三、实验结果1. 基因克隆结果通过PCR技术成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因。
测序结果显示,两种动物在Izumo1和CD9基因的序列上存在一定差异。
2. 序列分析结果对克隆得到的基因序列进行分析,发现Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中具有不同的表达模式和调控机制。
这些差异可能与两种动物在生理、生化等方面的差异有关。
3. 相互作用研究结果通过生物信息学方法预测分析,发现Izumo1和CD9基因在绒山羊和绵羊中存在相互作用。
这种相互作用可能涉及到两种动物在生长发育、免疫调节等方面的生理过程。
四、讨论本研究成功克隆了绒山羊和绵羊的Izumo1和CD9基因,并对其序列特征进行了分析。
同时,通过生物信息学方法预测了Izumo1和CD9基因在两种动物中的相互作用。
这些研究结果为进一步探讨绒山羊和绵羊的生理、生化特性及遗传改良提供了重要的基础数据。
首先,本研究所得到的基因序列为进一步研究绒山羊和绵羊的基因组结构、表达调控及功能提供了重要的参考。
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山羊基因克隆实验方案设计第五组1.提取DNA2.DNA检测(电泳)3.目的DNA片段基因扩增(PCR)4.DNA检测(电泳)5.目的基因片段与载体连接6.大肠杆菌感受态细胞的制备7.导入受体细胞与蓝白斑筛选8.阳性克隆鉴定9.DNA测序一、DNA提取【实验目的】指导DNA提取原理(羔羊片),熟悉DNA提取步骤。
【实验原理】组织细胞被PK消化后,经过萃取漂洗获得纯净DNA。
【实验步骤】1. <30 mg组织,用眼科剪剪碎,加入200 TL buffer+20 μL PK,55℃水浴1-3 h。
2. 加入220 μL buffer BL,振荡15 s,70 ℃放置10 min,溶液变清亮。
3. 10000 r离心2 min,移上清液至新离心管。
4. 加220 μL无水乙醇,充分振荡15 s,可能会出现絮状沉淀。
5. 将溶液和絮状物加入到吸附柱中,12000 r离心30 s,弃废液。
6. 向吸附柱加入500 μL WB,12000 r离心30 s,弃废液。
7. 向吸附柱加入500 μL wash buffer,12000 r 离心30 s,弃废液,空滤一次。
8. 将吸附柱转入干净离心管,加入50 μL TE,放置5 min,12000 r离心2 min,备检。
二、DNA电泳检测【实验原理】琼脂糖凝胶电泳技术是分离、鉴定和提纯DNA片断的有效方法。
凝胶分辨率决定于使用材料的浓度,并由此决定凝胶的孔径。
琼脂糖凝胶可分辩0.1~6.0kb的双链DNA片段。
琼脂糖凝胶电泳是一个电场作用。
它首先利用琼脂糖的分子筛效应,此外,在弱碱性条件下,DNA分子带负电荷,从负极向正极移动。
根据DNA分子大小、结构及所带电荷的不同,它们以不同的速率通过介质运动而相互分离。
借助溴化乙锭(EB)能与双链DNA结合的作用,利用EB染色,并通过紫外线激发即可观察被分离DNA片段的位置。
【仪器与试剂】琼脂糖、10×TAE电泳缓冲液(40mMTris,20mMNaAc,1mMEDTAPH8.0)、载体缓冲液(0.25%溴酚蓝,30%甘油)、溴化乙锭水溶液(10mg/ml)、凝胶槽、电泳仪【实验步骤】1.取琼脂糖0.9g,加入100ml1xTAE电泳缓冲液于250ml烧瓶中,100℃加热溶解。
2.平衡凝胶槽,放好两侧挡板,调节好梳子与底板的距离(一般高出底板0.5~1mm)。
3.铺板:在溶解好的凝胶中加入终浓度为0.5ug/ml的溴化乙锭水溶液,轻轻混匀,待冷至50℃左右倒入凝胶槽,胶厚一般为5~8mm。
4.待胶彻底凝固后,去掉两侧挡板,将凝胶放入盛有电泳液的槽中(加样孔朝向负极端,DNA由负极向正极移动),使液面高出凝胶2~3mm,小心拔出梳子。
5.DNA样品与载体缓冲液5:1混合并加入凹孔中(样品不可溢出)。
6.打开电源,调节所需电压,电压与凝胶的长度有关,一般使用电压不超过5v/cm。
7.据指示染料移动的位置,确定电泳是否终止(溴酚蓝的涌动距离在5sRNA和0.3kbDNA 带之间)。
8.电泳完毕关闭电源。
将凝胶放紫外灯下观察并拍照。
三、目的DNA片段基因扩增(PCR)方案1:遗传学实验31,PCR扩增基因片段方案2:【实验目的】了解多聚合酶链反应DNA 扩增技术的基本原理和实验应用,掌握PCR反应基本技术。
【实验原理】PCR(Polymerase Chain Reaction)即聚合酶链式反应是1986 年由Kallis Mullis 发现。
这项技术已广泛地应用于分子生物学各个领域,它不仅可用于基因分离克隆和核酸序列分析,还可用于突变体和重组体的构建,基因表达调控的研究,基因多态性的分析,遗传病和传染病诊断,肿瘤机制探查,法医鉴定等方面。
PCR技术已成为方法学上的一次革命,它必将大大推动分子生物学各学科的研究发展。
PCR是一种利用两种与相反链杂交并附着于靶DNA两侧的寡核苷酸引物经酶促合成特异的DNA 片段的体外方法,由高温变性,低温退火和适温延伸等几步反应组成一个循环,然后反复进行,使目的的DNA 得以迅速扩增,主要过程如图6。
置待扩增DNA 于高温下解链成为单链DNA 模板;人工合成的两个寡核苷酸引物在低温条件下分别与目的片段两侧的两条链互补结合;DNA聚合酶在72℃将单核苷酸从引物3'端开始掺入,沿模板5'—3'方向延伸,合成DNA 新链。
由于每一循环所产生的DNA均能成为下一次循环的模板,所以PCR 产物以指数方式增加,经25—30次周期之后,理论上可增加109倍,实际上可增加107倍。
PCR 技术具有操作简便、省时、灵敏度高特异性强和对原始材料质量要求低等优点,但由于所用的TaqDNA 聚合酶缺乏5'—3'核酶外切酶活性,不能纠正反应中发生的错误核苷酸掺入,估计每9000个核苷酸会导致一个掺入错误,不过Innis M·A 发现,错误掺入的碱基有终止链延伸的作用倾向,使得错误不会扩大。
图3-1 PCR原理示意图PCR 技术应用广泛,不可能有这样一套条件满足所有的实验,但本实验所介绍的方法可适应于大多数DNA 扩增反应,即使有的不适应,至少也确定了一个共同的起点,在此基础上可以作多种变化。
不过下列因素在实验应用时应予以特别注意,以求取得满意结果。
1、模板:单、双链DNA 和RNA都可以作为PCR样品,若起始材料是RNA,须先通过逆转录得取第一条cDNA。
虽然PCR 可以仅用极微量的样品,但为了保证反应的特异性,一般宜用ng 量级的克隆DNA,ug 级的染色体DNA,待扩增样品质量要求较低,但不能混合有任何蛋白酶、核酸酶,Taq DNA聚合酶的抑制剂以及能结合DNA 的蛋白质。
2、引物:引物是决定PCR 结果的关键,下列原则有助于引物的合理设计。
(1)尽可能选择碱基随机分布,GC 含量类似于被扩增片段的引物,尽量避免具有多聚嘌呤、多聚嘧啶或其它异常序列的引物。
(2)避免具有明显二级结构(尤其是在引物3'—末端)的序列。
(3)防止引物间的互补,特别要注意避免具有3'末端重叠的序列。
(4)引物的长度约为20个碱基,较长引物较好,但成本增加,短引物则特异性降低。
(5)引物浓度不宜偏高,过高易形成二聚体,而且扩增微量靶目标或起始材料是粗制品,容易产生非特异产物。
3、缓冲液:PCR缓冲液的变化通常会影响扩增结果,特别是MgCl2,其浓度对专一性和扩增量有重大影响,通常最适浓度为1.5mM左右(每种dNTP 的浓度为0.2mM时),浓度过高,使反应特异性降低;浓度过低,使产物产量降低。
四种dNTP 浓度通常每种都是0.05mM—0.2mM。
过高的浓度会导致错误掺入,浓度过低,则影响反应产物的产量。
四种dNTP浓度应大体相同,其中一种若偏高,会诱发错误掺入,降低合成速度,过早终止延伸反应。
另外dNTP 能与Mg 2+结合,使游离Mg2+浓度降低,所以如果dNTP 的浓度有很大改变,MgCl2浓度也要改变。
Taq聚合酶是一种耐高温聚合酶,用量通常是1—4 单位/100ul,浓度过高,产生过多的非特异片段。
4、循环参数:PCR 循环是把起始材料加热到90—95℃,保持短时间使双链DNA 解链;然后冷却至37—55℃,使引物与模板退火;再升温至70—75℃,在TaqDNA聚合酶的作用下掺入单核苷酸,使引物沿模板延伸。
解链不完全是导致PCR 失败的最主要原因。
用DNA 扩增仪时,94℃保持1 min可使模板的起始物完全变性。
若用低于94℃的条件,则应适当延长时间。
引物与模板退火温度由引物的长度及G+C含量决定。
适时间退火(1—2)min 有利于产物的特异性。
引物延伸在70—75℃保温的时间可根据扩增DNA片段的长短来调节。
正常情况下,每min可延伸1Kb 的长度,常规PCR 一般为25—40 个循环,若循环加长,则由于酶活性降低,聚合时间延长,引物及单核苷酸减少等原因,反应后期容易产生错误掺入,所以在满足产物得率前提下,应尽量减少周期次数。
【仪器与试剂】(一)仪器与器皿PRC 扩增仪(PE2400),琼脂糖凝胶电泳设备,微量取样器,一次性指形管,凝胶成像仪,玻片(二)试剂与材料琼脂糖凝胶电泳试剂:1)电泳缓冲液:Tris—乙酸0.04mol/L PH8.0 0.002mol/L EDTA;2)加样缓冲液:0.25%溴酚兰40% w/v蔗糖;3)溴化乙锭溶液:0.05mg/ml溴化乙锭/水;4)琼脂糖、TaqDNA 多聚酶、5′反应缓冲液:125mmol/L Tris-HCl pH8.2;10mmol/L MgCl2;0.5mg/ml gelatin;125mmol/L(NH4)2SO4;Formamide 25%、混合dNTP 液(dATP dGTP dTTP dCTP各2mmol/L)、DNA 模板(每2′ml 中含有10fg 待扩增DNA)、引物1 (25 pmol/L),5’加入EcoRI 粘性末端碱基、引物2 (25 pmol/L),5’加入HindIII 粘性末端碱基、无菌水【实验步骤】1. 按顺序在200ml 指形管中加入以下试剂与样品。
(因购入的试剂批次不同,加样时有所差别,以预实验结果为准。
总体积共100ml,也可以配成40ml 的反应体系)表3-1 PCR所用试剂样品及其用量试剂及样品用量/mLddH2O7410′Buffer10 MgCl2(10′Buffer 如已加入MgCl2,则不必加)6dNTP 2引物1 2引物2 2模板 2Taq DNA聚合酶 22. 在PCR 扩增仪上按表3-2反应条件编入程序(以下为参考值,因扩增的DNA片段不同,各类PCR 扩增仪程序设定各不相同,编程过程视扩增的DNA 片段的要求及仪器而定)。
表3-2 PCR反应参数条件循环条件(30次)预变性变性复性延伸温度94 ℃94 ℃55 ℃55 ℃时间 2 min 40 s 35 s 2 min 10 s 3.延长延伸72 ℃7 min编完反应程序,置反应管于PCR扩增仪的反应孔中,开动机器,扩增循环反应开始。
4. PCR 扩增完毕,配2%琼脂糖凝胶,取15ml 反应液及相适应的PCR mark 分别点样,加样缓冲液应为40%W/V 蔗糖,电泳观察结果。
5. 凝胶成像仪或紫外灯下观察实验结果,是否已扩增到实验设计的DNA 片段。
四、DNA电泳检测(具体方案见实验2)五、目的基因片段与载体连接【实验原理】克隆载体(T载体):重组的DNA分子是在DNA连接酶的作用下,有Mg2+ 、ATP存在的连接缓冲系统中,将分别经酶切的载体分子与外源DNA分子进行连接。
DNA连接酶有两种:T4噬菌体DNA连接酶和大肠杆菌DNA连接酶。