生物软件使用说明书大全
初中生物教学平台使用说明书
初中生物教学平台使用说明一、用户界面初中生物虚拟实验教学工具软件包括文件操作工具、内容编辑工具、同步实验、仿真工具、辅助工具和屏幕书写工具，用户点击每个部分名称即可进入相应部分。
二、虚拟实验教学工具软件初中生物虚拟实验教学工具软件包括文件操作工具、内容编辑工具、同步实验、仿真工具、辅助工具和屏幕书写工具。
1.文件操作工具提供文件新建、打开等基本文件操作工具，还可以根据教学需要，将文件导出平台使用。
单击“文件”选项标签，即可看到集成工具的功能菜单，如下图。
1.1 新建单击“新建”按钮，新建一个空白文件，亦可通过键盘ctrl+n快捷键执行此功能。
1.2 打开单击“打开”按钮，通过在对话框中选择文件路径，可以打开一个已经建立的.tea文件，亦可通过键盘ctrl+o快捷键执行此功能。
1.3 保存单击“保存”按钮，保存对当前文档的编辑。
如果是第一次保存当前编辑的文档，会提示选择文件保存位置，为文件命名，注意命名时一定要加上文件的拓展名“.tea”。
保存功能也可以通过ctrl+s的键盘快捷键执行。
1.4 另存单击“另存”按钮，可以将当前编辑的文档另存在电脑的其他位置。
1.5 打印单击“打印”按钮，可以将文件通过电脑连接的打印机打印出来。
1.6 导出单击“导出”按钮，可将当前文档内容和其所链接的各类资源打成一个可执行文件的资源包，脱离平台使用。
2.内容编辑工具提供各类媒体对象插入工具、实验仪器库、生物模式图库及相应的编辑工具。
该工具能够将生物教学中所涉及的图形、文字、音视频等都集成在所编辑的文件中。
2.1 页面编辑2.1.1 插入新页面在软件界面左侧的缩略图预览区选中插入位置前的页面缩略图，点击键盘回车（Enter）键，即可在选中页面后插入一个新的页面。
2.1.2 复制页面在软件界面左侧的缩略图预览区选中待复制页面缩略图，单击编辑中的“复制”按钮或使用键盘ctrl+c快捷键，即可将该页面复制到剪贴板中。
2.1.3 剪切页面在软件界面左侧的缩略图预览区选中待剪切页面缩略图，单击编辑中的“剪切”按钮或使用键盘ctrl+x快捷键，即可将该页面剪切到电脑剪贴板中。
Biolog使用手册1
Biolog使用手册目录1 启动................ (4)1.1 系统需要................ . (4)1.2 安装软件和数据库 (4)1.3 软件配置................ (4)2 系统介绍................ .. (5)2.1 原理................ (5)2.2 鉴定程序................ . (5)2.3 使用简单的软件 (5)2.4软件背后的数学 (5)2.5 鉴定微生物和管理数据 (6)3 进入系统................ (7)3.1 限制性进入模式....................... (7)3.2 创建使用者列表 (7)3.3 使用记录................ . (7)3.4 改变进入模式 (7)4 准备样品................ (8)4.1 分离一个纯培养物 (8)4.2 革兰氏染色 (8)4.3 Wet Prep................ (8)4.4 定义好氧菌特征 (8)4.5 定义厌氧菌特征 (8)4.6 定义丝状真菌和酵母菌特征 (9)4.7 培养................ (9)4.8 准备接种物................ (9)4.9 革兰氏阳性产芽孢杆菌的处理 (9)4.10 丝状真菌的处理 (9)4.11 接种鉴定板................ (9)4.12 培养鉴定板................ .. (9)4.13 厌氧鉴定板的处理 (10)4.14 丝状真菌的准备 (10)4.15 GN，GP，AN的准备 (10)5 读结果................ (11)5.1 登录................ . (11)5.2 选择人工，读数仪或文件输入模式 (11)5.3 选择打印方法................ (11)5.4 人工读结果................ (11)5.5 用读数仪读结果 (11)5.6 从文件读结果 (11)5.7 设置一个工作表 (11)5.8 设置保存文件................ (11)5.9 使用工作表来读多个平板 (11)5.10 人工调整域值 (11)5.11 选择数据库................ (12)5.12 退出................ .. (12)6 结果解释................ (13)6.1 读结果................ . (13)6.2 评估鉴定结果的准确性 (13)6.3 解释不好的鉴定结果的可能原因.. (13)6.4 种的比较................ . (14)6.5 查找并评估种的信息 (14)6.6 使用真菌的宏观和微观图片 (15)6.7 查看更多的种................ (15)6.8 评估原始OD值 (15)7 数据管理和编辑数据库 (16)7.1 文件备份................ . (16)7.2 文件合并................ . (16)7.3 文件浏览和编辑 (16)7.4 自定义数据文件 (16)7.5 输入/输出ASCII数据 (17)7.6 输出为ACCESS (17)7.7 群落分析 (17)8 技术注解 (19)8.1 材料列表 (19)8.2 培养基和接种液准备 (19)8.3 特殊用途的微孔板 (22)9 经常问到的问题 (23)10 故障处理 (25)10.1 革兰氏染色 (25)10.2 培养微生物 (25)10.3准备接种物 (26)10.4接种微板 (26)10.5培养微板 (26)10.6 读数仪 (27)11 术语表 (28)12 附录 (30)附录1 微孔板的数据统计.附录2 样品准备的流程表附录3 真菌样品准备的流程表附录4 数据库表及特性附录5 结果打印输出的格式附录6 危险病原菌数据库附录7 产品注册表1 启动1.1 系统需要计算机（Windows95,98,2000或NT, 有光驱和软驱），显示器，鼠标，键盘，读数仪，浊度仪，菌落放大灯，八头电动加液器，系统软件。
生物数据分析软件使用手册
a)、打开数据如下
20
b)、根据需要对数据可以再次进行分析
21
七、打印分析结果
1、 打印数据之前，使用单位可以根据自身需要，选择“报表设 置”，对公司名称、检测人、检测日期等进行设置
22
2、 “报表设置”完成后，选择“打印预览”，确认无误，点击“打印”开始 打印 打印
23
八、标准品信息
4
b）、对已选择的酶标仪进行联机测试，若出现“端口已打 开”窗口，则证明酶标仪联机成功;若出现联机失败，则检查联 机线路后重新测试。
5
二、测量板设置
1、 选择检测项目，“试剂盒种类”下拉菜单中包含所有我公司 ELISA试剂盒产品，用户只需选择即可，省去标准品信息设置环节
6
2、选择“样本种类”，以及该样本相应方法的稀释倍数
若对标准品数量有特殊要求， 在“标准品设置”选项从标准品6开始减少
24
16
2、根据实验要求，可以“打开本地数据库”，查询实验记录
17
六、分析结果保存到指定位置及打开
1、若需要将分析后的实验数据保存到指定的位置，选择“另存”， 在打开的对话框中选择“测量板设置”或“测量板设置+测量数据”， 之后选定位置进行保存
18
2、 需要对已保存的数据进行详细的查询时，通过“读 入”，使保存的数据重新分析
样本计算结果 选择“出口国家”标准判定，系统可根据出口国家的要求，对结果
进行判断。该标准目前仍在完善中……
13
2、“四参数”拟合，生物反应中，其准确度是目前相对较高的一种 拟合模式，其界面信息和“Spline”相同
14
3、“LL线性分析”测定曲线的相关系数
15
五、分析数据保存至本地数据库
生物技术-Simple Western 使用说明书
COMPASS 软件介绍数据分析Xianting WangMar,2022G E L-R U N N I N G AU TO T R A N SFER-F R E E B LOT-F R E E H A N D S -F R E EMEET SIMPLE WESTERN1Simple Western 工作原理2Simple Western 优势及应用3Simple Western 实验操作简介超微量样品+自动化+定量J E S S A B B Y W E S配制样品和试剂 2. 加样•加marker•加样品•加封闭液•加一抗•加二抗•加发光液010203010203数据分析前检查数据分析新建Assay打开Assay保存另存为导入Protocol导入Template导出Protocol导出Template打印（Protocol/Template）退出软件剪切拷贝粘贴默认分析设置默认分析预览参数设置剪切拷贝粘贴默认分析设置默认分析预览参数设置剪切拷贝粘贴默认分析设置默认分析预览参数设置剪切拷贝粘贴默认分析设置默认分析预览参数设置Compass 软件用户手册Simple Western 用户手册检查更新版本注释导出仪器日志发送RunCompass 软件相关信息‣12–230kit：1kDa，29 kDa，230 kDa ‣66–440 kit：57 kDa，280 kDa‣2–40 kit：1 kDa，26 kDa打开run增添run关闭关闭所有run 保存另存为导出报告退出软件打开Run增加Run关闭Run关闭所有Run 保存另存为导出为表格导出形式导出报告退出软件荧光内参荧光内参样品荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管荧光内参样品展示选择的毛细管Wes展示所有毛细管荧光内参样品展示选择的毛细管荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管Wes Abby荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管Wes Abby荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管Wes Abby荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesAbbyProbe 1荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesAbbyProbe 1荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesAbbyProbe 1Probe 2荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesJessAbbyProbe 1Probe 2荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesJessAbbyProbe 1Probe 2荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesJess化学发光AbbyProbe 1Probe 2荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesJess化学发光NIRAbbyProbe 1Probe 2荧光内参样品展示选择的毛细管展示所有毛细管WesJess化学发光NIRIRAbbyProbe 1Probe 2。
综合序列分析软件BioEdit 中文说明书共66页
2、要冒一次险!整个生命就是一场冒险。走得最远的人，常是愿意 去做，并愿意去冒险的人。“稳妥”之船，从未能从岸边走远。-戴尔．卡耐基。
梦 境
3、人生就像一杯没有加糖的咖啡，喝起来是苦涩的，回味起来却有 久久不会退去的余香。
综合序列分析软件BioEdit 中文说明书 4、守业的最好办法就是不断的发展。 5、当爱不能完美，我宁愿选择无悔，不管来生多么美丽，我不愿失 去今生对你的记忆，我不求天长地久的美景，我只要生生世世的轮 回里有你。
ห้องสมุดไป่ตู้
谢谢你的阅读
❖ 知识就是财富 ❖ 丰富你的人生
71、既然我已经踏上这条道路，那么，任何东西都不应妨碍我沿着这条路走下去。——康德 72、家庭成为快乐的种子在外也不致成为障碍物但在旅行之际却是夜间的伴侣。——西塞罗 73、坚持意志伟大的事业需要始终不渝的精神。——伏尔泰 74、路漫漫其修道远，吾将上下而求索。——屈原 75、内外相应，言行相称。——韩非
生物信息学软件及使用技巧
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2020/11/26
生物信息学软件及使用技巧
内容概要
一. 生物信息学的概念 二. 生物信息学软件的主要功能简介
1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩 短科研时间
2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析 所得的结论设计下一阶段的实验
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生物信息学软件及使用技巧
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图
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生物信息学软件及使用技巧
Peptool Lite--- Dot Plot 点阵图
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 蛋白二级结构预测
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生物信息学软件及使用技巧
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生物信息学软件及使用技巧
DnaStar 之 Protean 对氨基酸的亲疏水性 分析：helical wheel 图
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生物信息学软件及使用技巧
功能2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实 验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验
用软件设计PCR引物，测序引物 或杂交探针，设计克隆策略，构建 载体，做模拟电泳实验，即模拟核 酸内切酶或内肽酶对相应的底物分 子切割后的电泳行为。蛋白跨膜区 域分析，信号肽潜在断裂点预测。
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测 A. (Codon Bias)
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测 B. (Rare Codon)
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生物信息学软件及使用技巧
生物软件网址大全
生物软件使用说明书大全---收藏【转】SPSS10教程/biology/spss/Index.shtmlSAS6.12统计教程/biology/sas/Index.shtml统计软件SAS 8.2教程/biology/sas82/Index.shtmlStata统计学教程入门/biology/stata/Index.shtml Eviews3.1使用入门教程1/biology/eview/Index.shtml软件中文使用说明书大全/service/softwares/Index.shtml ·NoteExpress初级教程（step by step）·常用生物软件简介汇总(window 版）·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用·利用Excel处理统计数据·数据分析、科技绘图的必备工具－Microcal O()·Band Leader中文使用说明书·BioEdit中文使用说明书下载)·Cn3D中文说明书下载·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作)·Gene Construction Kit中文使用手册)·aminoXpress中文使用说明书)·DNAtools中文说明书下载·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书)·Reference Manager 10中文使用说明书·Genamics中文使用说明书)·Vector NTI9.0中文使用说明书)·Winplas中文使用说明书·RNA Structure 3中文使用说明书)·Primer Premier中文使用说明)·进化树分析及相关软件使用说明)·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6)·RNAdraw1.1b2功能介绍)·SEQUIN3使用中文说明书·JELLYFISH 1.3 使用手册)·Omiga使用中文说明书·Excel 提速12招·修复受伤的Excel文件·用好Word 2003的比较功能·抓图高手:SnagIt使用技巧3例·DNASTAR-MAPDRAW软件使用教程[图解]·DNASTAR-EDITSEQ软件使用教程[图解]·核酸序列分析软件DNAssist1.0教程[图解]·BandScan使用教程[图解]·蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文说明书·antheprot中文使用说明书-1·BioJava In Anger快速指南·进化树相关软件中文说明书·Primer Premier 5.0中文说明书·RNAdraw1.1b2功能介绍·RNA Structure 3.2·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6·分子生物学免费软件与Internet·文献管理工具——Biblioscape详解·化学中的常用计算机软件与资源·三***文献工具的特征比较表·Reference manager 9.5中文说明书·GCG软件使用简介·Reference Manager 9.0使用介绍()·Array-Pro基因芯片分析软件·美国Image-Pro Plus专业图像分析软件生物学常用软件中文使用说明集锦/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29720 DNASTAR（BIOEDIT)软件及中文使用说明书下载/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=34553 Vector NII 的中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29295讲解非常全面的Premier 5.0中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=50396rasmol中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=72785 ENDnote中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=49857 Reference manager 9.5中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=7966 Sequencher 4.05使用简要说明（推荐）/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=14199 paup 4.0的说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=57387中文医学统计教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=24766SPSS10教程/biology/spss/Index.shtmlSAS6.12统计教程/biology/sas/Index.shtml统计软件SAS 8.2教程/biology/sas82/Index.shtmlStata统计学教程入门/biology/stata/Index.shtml Eviews3.1使用入门教程1/biology/eview/Index.shtml软件中文使用说明书大全/service/softwares/Index.shtml ·NoteExpress初级教程（step by step）·常用生物软件简介汇总(window 版）·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用·利用Excel处理统计数据·数据分析、科技绘图的必备工具－Microcal O()·Band Leader中文使用说明书·BioEdit中文使用说明书下载)·Cn3D中文说明书下载·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作)·Gene Construction Kit中文使用手册)·aminoXpress中文使用说明书)·DNAtools中文说明书下载·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书)·Reference Manager 10中文使用说明书·Genamics中文使用说明书)·Vector NTI9.0中文使用说明书)·Winplas中文使用说明书·RNA Structure 3中文使用说明书)·Primer Premier中文使用说明)·进化树分析及相关软件使用说明)·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6)·RNAdraw1.1b2功能介绍)·SEQUIN3使用中文说明书·JELLYFISH 1.3 使用手册)·Omiga使用中文说明书·Excel 提速12招·修复受伤的Excel文件·用好Word 2003的比较功能·抓图高手:SnagIt使用技巧3例·DNASTAR-MAPDRAW软件使用教程[图解]·DNASTAR-EDITSEQ软件使用教程[图解]·核酸序列分析软件DNAssist1.0教程[图解]·BandScan使用教程[图解]·蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文说明书·antheprot中文使用说明书-1·BioJava In Anger快速指南·进化树相关软件中文说明书·Primer Premier 5.0中文说明书·RNAdraw1.1b2功能介绍·RNA Structure 3.2·观察生物分子的窗口——RasMol 2.6·分子生物学免费软件与Internet·文献管理工具——Biblioscape详解·化学中的常用计算机软件与资源·三***文献工具的特征比较表·Reference manager 9.5中文说明书·GCG软件使用简介·Reference Manager 9.0使用介绍()·Array-Pro基因芯片分析软件·美国Image-Pro Plus专业图像分析软件生物学常用软件中文使用说明集锦/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29720 DNASTAR（BIOEDIT)软件及中文使用说明书下载/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=34553 Vector NII 的中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=29295讲解非常全面的Premier 5.0中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=50396rasmol中文使用说明/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=72785 ENDnote中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=49857 Reference manager 9.5中文说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=7966 Sequencher 4.05使用简要说明（推荐）/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=14199 paup 4.0的说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=57387 sas教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=22674 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25585 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=55356/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=71216/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=77035SPSS教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=15195/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17993/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17994/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17995/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=18223/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=48549/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25584中文医学统计教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=24766SPSS10教程/biology/spss/Index.shtmlSAS6.12统计教程/biology/sas/Index.shtml统计软件SAS 8.2教程/biology/sas82/Index.shtmlStata统计学教程入门/biology/stata/Index.shtml Eviews3.1使用入门教程1/biology/eview/Index.shtml软件中文使用说明书大全/service/softwares/Index.shtml ·NoteExpress初级教程（step by step）·常用生物软件简介汇总(window 版）·STATISTICA/w 5.0及其在医学中的应用·利用Excel处理统计数据·数据分析、科技绘图的必备工具－Microcal O()·Band Leader中文使用说明书·BioEdit中文使用说明书下载)·Cn3D中文说明书下载·Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作)·Gene Construction Kit中文使用手册)·aminoXpress中文使用说明书)·DNAtools中文说明书下载·综合性序列分析软件DNAStar中文使用说明书)·Reference Manager 10中文使用说明书·Genamics中文使用说明书)·Vector NTI9.0中文使用说明书)·Winplas中文使用说明书·RNA Structure 3中文使用说明书)·Primer 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4.05使用简要说明（推荐）/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=14199 paup 4.0的说明书/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=57387 sas教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=22674 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25585 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=55356 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=71216 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=77035 SPSS教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=15195 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17993 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17994 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=17995 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=18223 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=48549 /dispbbs.asp?BoardID=25&ID=25584中文医学统计教程/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=24766。
初中仿真实验软件操作手册生物
一、前言初中生物课程中实验教学一直占据着非常重要的地位，但由于实验条件和设备的限制，学生往往不能充分地亲身参与实验操作。
为了解决这一问题，我们开发了一款初中生物仿真实验软件，旨在通过虚拟实验，让学生在课堂上亲自操作、观察、实验和统计结果，以达到更好的学习效果。
二、软件下载和安装1. 硬件要求- 操作系统：Windows7及以上- 内存：2GB及以上- 显示器分辨率：1024*768及以上- CPU：Intel Core i3及以上2. 软件下载用户可以登入我们的冠方全球信息站，通过注册账号后免费下载初中生物仿真实验软件安装包。
3. 软件安装下载完成后，打开安装包，按照安装向导一步一步进行安装。
安装完成后，双击桌面图标即可打开软件。
三、软件功能介绍1. 实验模块软件内置了多个生物实验模块，涵盖了初中生物课程中常见的各种实验内容，如细胞观察、植物生长、动物行为等。
每个实验模块都有详细的操作指南和实验步骤，用户可以根据需要选择相应的实验进行操作。
2. 操作界面软件的操作界面简洁清晰，功能按钮布局合理，操作流程清晰明了。
用户可以通过简单的点击和拖拽完成实验操作，同时软件还提供了实验过程中的数据采集和分析功能，帮助用户更好地理解实验结果。
3. 实验结果展示软件支持实验结果的多种展示方式，包括数据图表、实验视瓶、实验报告等。
用户可以根据需要选择合适的展示方式，加深对实验内容的理解和记忆。
四、软件操作指南1. 登入注册首次打开软件时，用户需要注册一个个人账号，并登入该账号后方可使用软件。
2. 选择实验在软件主界面选择感兴趣的实验模块，点击进入后即可开始实验操作。
3. 操作步骤根据实验指南，按照操作步骤依次进行实验操作，例如在细胞观察实验中，用户可以选择细胞类型、染色液颜色等进行操作。
4. 数据采集软件会自动记录用户每一步操作的结果和数据，用户可以在实验过程中随时查看已经采集到的数据。
5. 实验报告完成实验后，软件会自动生成一份实验报告，其中包括实验步骤、数据统计、实验结论等内容，用户可以将报告保存或打印。
浮游生物计数分析智能鉴定系统软件说明书
2016浮游生物计数分析智能鉴定系统AlgaeC型、MIA-F0型适用智能鉴定计数浮游生物的好帮手，简便、易用目录1、概述 (1)2、主要用途 (2)3、主要性能参数 (3)4、仪器配置 (5)5、显微镜测微尺简介 (5)6、万深AlgaeC TM系统菜单操作简介 (8)7、智能式以图搜图的藻类、浮游动物鉴定 (19)8、形态学搜索藻类智能鉴定的使用 (25)9、复杂视野中的分类计数藻类、浮游动物举例 (27)10、基于学习的微囊藻计数举例 (31)11、自动分类识别功能的使用 (32)12、万深分类图谱中的图像搜索举例 (35)13、图像式搜索浮游动物智能鉴定的使用 (37)14、AlgaeC系统图库的自行扩展 (38)15、万深的图像合成工具 (39)16、自主【在线升级】特性 (42)附录1：计算公式及参数说明 (43)附录2：藻类计数镜检法简介 (46)附录3：尼康的倒置式生物显微镜图 (50)1、概述对水体中藻类计数方法主要有可见分光光度法、库尔特法、流式细胞计数法、显微镜直接镜检法等。
其中，可见分光光度法易受细胞生长生理状态及细胞碎片和有机颗粒影响。
库尔特计数法是采用小孔电阻原理，对检测条件要求较高，测定溶液中非藻细胞颗粒的干扰很难去除，无法测定在形态上成串的藻种。
流式细胞计数法相对而言比较准确，但操作繁琐、耗时长、要用昂贵的大型仪器设备，且数据后期处理需经过两次校正。
显微镜直接计数法则是利用光学显微镜对经沉淀、浓缩后的水体中各种藻类进行直接计数的方法，具有准确度高、变异系数小的特点，能较全面反映水样中藻类的分布，操作简单易行、便于基层实验室推广应用。
万深AlgaeC智能型浮游生物智能鉴定计数系统采用显微镜成像直接计数法。
系统由高清晰彩色数码生物显微镜、分析软件和电脑组成，其外观大体如下图所示（如配奥林巴斯BX53以上档次的三目生物显微镜）：系统特性说明：万深AlgaeC型浮游生物计数智能鉴定系统，比万深MIA-F 型浮游生物藻类计数系统多了藻类、浮游动物智能鉴定特性。
Bioedit操作指南PPT课件
Classifier
Submit for Classification
test drive
Select your file to upload
(Sample file name: Seq100)
.
4
具体操作流程： File -----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测 序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。 将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文件存 为seq1492R.fas.
第三部：将contig序列拷贝到NCBI Blast中去比对， 看与数据库中哪些序列最相近。
.
3
RDP 平台简单介绍：分类
1. 目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。 得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。
2. 具体操作过程：
RDP pipeline
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序 的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最 可能是从哪个微生物来的。
2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。正向引ຫໍສະໝຸດ 27F测得的序列Overlap
反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly)
Contig
.
1
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
BioEdit_5.06中文使用说明书
BioEdit_5.06中⽂使⽤说明书翻译说明1 原英⽂稿中附有许多⽰例如输出窗⼝序列等译⽂⼀般⽤参见英⽂稿表⽰在阅读此段时请参见英⽂中的图⽰对于⼀些较⼩的⽰例如等式的推导译⽂中保留2 原英⽂稿中也给出了许多算法和程序的原始⽂献和⽹址译者认为这是BioEdit的⼀个优点如果想深⼊的学习不能不读⼀读原始的⽂献译⽂中⽤REFERENCE表⽰请参考英⽂原稿3 译⽂中对专业的词汇采⽤以下办法处理即⼀般采⽤国内已有⼈使⽤的译法如果未见到则译者给出⼀种译法并在旁边列出英⽂译⽂中各节的标题都是这样处理的前者如最简单的例⼦Aligment⼀词有⽐对对⽐对排等多种翻译郝柏林院⼠建议译做联配见⽣物信息学⼿册p175⽅⾈⼦译做排列对⽐见新语丝⽹页本译⽂采⽤联配的译法后者如mask⼀词⽂中专门有⼀节解释其含义此词的普通含义有⾯具遮饰译⽂中使⽤屏蔽并在旁边写mask总之此类词汇使⽤多了⾃然明了其内在的含义4 偶尔译者会对某处略做解释旁边⽤译者注表⽰表⽰译者的理解请注意5 翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料A ⽣物信息学⼿册郝柏林等著上海科学技术出版社 2000年B ⽣物信息学基因和蛋⽩质分析的实⽤指南 Andreas D.Baxebanis等原著李衍达等译清华⼤学出版社 2000年6 由于译者占有的资料不多⽔平有限在译⽂中肯定有漏译译的不全⾯甚⾄理解完全错误的地⽅(尤其是算法上)敬请指正关于BioEdit介绍BioEdit版本5.0.6版权?1997-2001汤姆霍尔当前版本制作于2001.12.2BioEdit是⼀个⽣物序列编辑器可在Windows 95/98/NT/2000中运⾏它的基本功能是提供蛋⽩质核酸序列的编辑排列处理和分析 1.0α版本是最早的未完成的并有瑕疵的版本 1.0α版本也⼀直未完成并有很多问题但是⽐较前⼀个还是增加了⼀点东西修正了⼀些问题在2.0版本中在增加和配置附加分析应⽤程序上增加了⼀个界⾯使其能通过BioEdit得到⼀个图形界⾯⽽且还增加了位置排列的信息基础动态描影版本3中增加了疏⽔亲⽔⾯互交的2-D浮雕数据绘图和⼀些更多的序列操作法版本4为绘制和注解质粒载体增加了⼀个图形界⾯在4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储⽅法⽽且增加了⼀个⼆进制⽂件格式允许快速保存和打开⼤的排列序列容量增加到20,000在版本5中增加了⾃动注解序列或⼿动使⽤所有的标准Genbank功能部件定义⽽且在Isis Pharmaceuticals公司的请求下增加了序列排序和分型组控制注解⾏以及残基和⾮残基字符的鉴别BioEdit并不打算成为⼀个强序列分析程序但是打算成为⼀个序列分析的友好⽤户界⾯并连接其他在局域⽹和万维⽹上的更多的序列分析程序它现在使⽤于⼤的排列>2000序列⽂件界⾯最初模仿于⼀个⾮常好的程序――Don Gilbert 编写的SeqApp and SeqPup印地安那州⼤学免费提供SeqApp (⽤于个⼈计算机) and SeqPup (⽤于交换平台)地址是ftp:///doc/8f7d638d84868762caaed50f.html /molbio/seqpup/GeneDoc是⼀个特别的排列程序能够⾃由的在Windows 9x 和NT上使⽤也是⼀个⾮常专业的程序有很好的蛋⽩质排列注解和分析描影和结构定义功能部件就象⼀个反映排列的内在的进化树⽽这些在BioEdit中是没有的GeneDoc的⽹址是/doc/8f7d638d84868762caaed50f.html /biomed/genedocGeneDoc有⽐BioEdit更好的描影和分类选项有助于⼿⼯排列序列还有更好的图形处理缠绕和伸展的排列视图选项动态共有序列和更平滑和更快速的排列卷曲和刷新BioEdit是⽤Borland's C++ Builder编写的C++程序我是北卡罗来纳州⼤学微⽣物系的研究⽣不是专业的程序员这是我学习C++语⾔的⼊门必然是个⾮专业的设计这不是我博⼠⼯作的⼀部分这个程序⾮常⼩⽽且很有效率BioEdit为序列排列输出和⼀些分析提供容易的⼯具BioEdit功能BioEdit的主要⽬的是为那些不愿意被迫详细了解⼀个程序的使⽤⽅法的⽣物学家提供⼀个有⽤的⼯具BioEdit是直观的菜单式的并有⼤量的图⽰提供⽤户⼀个外部分析程序的图形界⾯主要功能是提供明显的容易使⽤的菜单选项5.0.6版本提供以下功能⽤于序列处理和编辑的简单的图形界⾯使⽤编辑选项包括残基的select and drag选择和拖动和grab and drag抓取和拖动变量选择选项⿏标点击插⼊和删除缺⼝全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗⼝的⾃动刷新固定序列框保护排列中的固定残基使⽤各种功能部件内含⼦外显⼦促进⼦CDS和所有标准GenBank功能部件类型⾃动的和⼿动的注解序列使⽤⼀个模板序列⾃动注解同⼀排列中的其他序列序列分组分为各个颜⾊编码家族为同步⼿动排列锁定组成员⽤户定义的适当功能部件能够设定考虑任何功能部件就像⽤于类似性描影序列同⼀性矩阵和保存图表视图的核酸或氨基酸序列中的相关碱基⽤户定义的基序搜索使⽤标准的Prosite命名法和IUPAC功能部件允许搜索核酸或氨基酸序列还有精确的⽂本搜索包括或忽略缺⼝程序⾏可以定义为DNA RNA核酸蛋⽩质未定义或注解注解可以⽤于保存普通的注释或东西就象⼆级结构模糊定义但是不能保存计算根本的多基因树图阅读器⽀持节点翻转和打印链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列⽂件在⼀个排列末端添加另⼀个排列配置附件应⽤程序界⾯进⼊⼀个有BioEdit产⽣的图形界⾯的外部分析程序在外部应⽤程序中⾃动提供信息和找回⽂件外部应⽤程序进⼊分开的调度单位允许同步应⽤BioEdit外部程序的输出⽂件可以⾃动被其他程序打开在ABI⾃动序列模型3773733700中显⽰打印和编辑ABI痕迹⽂件在版本2和3中有SCF⽂件就象⽤Licor序列输出⽂件RNA⽐较分析⼯具包括共变可能配对和互交信息分析使⽤⿏标指⽰的动态数据视图的互交信息输出2D矩阵图表关于互交信息矩阵⾏和框的互交式的1D图表⽤BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息通过氨基酸翻译排列蛋⽩质编码核酸序列在排列中搜索保存的残基寻找好的PCR⽬标或帮助定义基序在核酸或蛋⽩质序列中搜索⽤户定义的基序或⽤通配符搜索精确的⽂本并选择包括或忽略缺⼝⽤⽀持最多20,000序列每个⽂档进⾏循环存储器分配最多可以成功测定四百六⼗万个碱基 E. coli基因组核糖体数据库中的原核细胞16SRNA排列29 Mb, 6205个序列将会被单独处理在配置为Pentium 233 Mhz80 Mb RAM的计算机中⽤BioEdit计划⽂件格式最多只需要10秒种可以写⼊⼀个16S RNA排列内部的读写GenBank Fasta Phylip和NBRF/PIR⽂件⽤Don Gilbert’s ReadSeq导⼊输出⼀些其他格式的⽂件使⽤BioEdit计划⽂件格式快速读写⼤排列⽂件使⽤⾃动更新的排列蛋⽩质全标题和GenBank区域信息进⾏ClustalW多序列排列Des Higgins et. al.编写的内部界⾯外部程序就象排列来⾃于核苷酸序列的蛋⽩质视图时的核苷酸编码序列将残基块状复制到剪贴板允许将全不排列或部分排列粘贴到⽂字处理器基本序列处理在⽂档之间复制粘贴序列翻译和还原编码RNA?DNA?RNA反转互补⼤写字母⼩写字母多⽂档界⾯最多同时打开20个⽂档但是在其他打开的窗⼝不能设置限制六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表⽤⽮量图进⾏半⾃动质粒⽮量绘图和注解⾃动酶切位点和位置标记⾃动多接头视图和⽤户控制绘图⼯具将质粒⽂件保存为可编辑的⽮量图形⽂件如位图复制到其他图形程序并可以打印氨基酸和核苷酸成分摘要和图表Revert to Saved恢复保存和undo撤销功能编辑氨基酸和核酸序列简单的指定⾊彩表编辑蛋⽩质和核酸序列使⽤不同的⾊彩表排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读ClustalW 和 GCG格式.10个附加格式的导⼊输出过滤器使⽤Don Gilbert的ReadSeq导⼊/添加⼀个⽂件到最后的另⼀个⽂件上(不考虑⽂件格式)基本的多⽂本编辑器限制性内切酶图谱⽤于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状DNA选项游览限制性内切酶创造商⾃动连接到你喜欢的⽹页游览器如Netscape或Internet Explorer程序和程序组的概述BioEdit是⽤Borland C++ Builder 3.0编写的(开始时是⽤C++ Builder 1.0)这是曾经是Borland公司的最新C++产品它结合了Borland C++ 5和Delphi的可视要素库VCL允许⽤户界⾯的可视开发使⽤快速申请开发RAD环境的好处在于它能够容易的创造出⼤量的图形界⾯它的缺点是编码不轻便BioEdit只能在Windows 95, 98, NT and 2000中使⽤我原来计划可以使BioEdit在Win16使⽤但是⾃从Windows 3.x过时了以后我就不再计划这样做了组织BioEdit当前⽀持同时编辑最多50个⽂件主要的控制形式包括打开⽂件的菜单创建新⽂档调整球形选项如⾊彩表密码⼦表分析参数选择和⼀个窗⼝管理器最初每个⽂档有它⾃⼰的整套处理菜单可以限制⽂档然⽽这被⼀个更传统的多⽂档界⾯所替代BioEdit没有使⽤额外的物理存储器除⾮编辑⼤的排列但是它看起来像占⽤了很多资源BioEdit每个⽂档最多可以有20,000个序列但在序列⼤⼩上没有限制在80MbRAM的233MHz的个⼈计算机上可以很好的处理⼀个来⾃于核糖体数据库的完整的原核16S rRNA排列6205个序列每⼀个有3319个字符⼀旦⽤BioEdit格式保存这个⽂件可以在⼏秒钟打开⽤GenBank格式要⼏分钟才能打开程序⽂件(BioEdit.exe)可以在主安装⽬录中找到可能还有以下⼦⽬录apps附件程序⽹页和⽹页书签通常以下⽂件会出现在apps⽂件夹按名称排列accApp.ini (在⾸次安装时为accApp.def)Bblast.htmlBioEdit.htmlblast_adv.gifblast_form_0.gifblastall.exe (在没有BLAST的版本中不出现)blastcl3.exe (在没有BLAST的版本中不出现) blast.txt bookmark.txtcap.doccap.execlear_inp.gifclustalw.execlustalw.txtcutter.htmlDnadist.docDnadist.exeDnamlk.docDnamlk.exeDos4gw.exe (PHYLIP 程序需要)Expasy.giffastDNAml.docfastdnaml.exeFitch.docFitch.exeformatdb.exe (在没有BLAST的版本中不出现) IdPlot.exe isrecsmall.gifKitsch.docKitsch.exemod_ad.gifmod_submit.gifnnpredict.htmlPFSCAN_form.htmlphi_blast.gifPHIBlast.htmlPhylip.mapProtdist.docProtdist.exeProtpars.docProtpars.exepsi_blast.gifPSIBlast.htmlReadseq.exeReadSeq.txtscnpsit1.htmlSiblogo.gifsmweb.gifdatabase (是局部的BLAST数据库安装的版本必须有BLAST⼯具). BioEdit (全版本) 有以下⽂件在database⽂件夹Ecoli.phrEcoli.pinEcoli.psqEcoli_ORFs.txt (E. coli 开放读码框架的⽂本⽂件).help/doc/8f7d638d84868762caaed50f.html t BioEdit.GID (不是安装来的出现在帮助⽂件第⼀次使⽤后) Bioedit.hlptablesBlosum62codon.tabcolor.tabdayhoffdefcolor.tabenzyme.tabGc.valgonnetmatchPam120Pam250Pam40Pam80Seqcode.val安装⽂件夹通常包括以下⽂件_deisreg.isr (安装相关⽂件)_isreg32.dll (安装相关⽂件)BioEdit.exe (BioEdit 执⾏⽂件)DeIsL1.isu (安装相关⽂件)RNaseP_prot.gb (蛋⽩质排列⽰例)RNaseP_prot_genes.gb (DNA排列⽰例)RNaseP_RNA.gb (RNA排列⽰例)PBSSK_plus.pmd (质粒绘图⽰例)bacterio.gb (附带GenBank 信息的蛋⽩质排列⽰例)bacterio.bio (附带GenBank信息图式注解记号标记和序列族的BioEdit⽂件⽰例) YopD.gb (附带GenBank信息的另⼀个⽰例⽂件)TreeView.zip (Roderic D.M. Page编写的极好的系统进化树阅读器完全安装才有) TreeView.txt (记录TreeView的安装信息和配置BioEdit与tree-generating附件的连接)license.txt (BioEdit 许可证协议)ReadMe.txt (总说明)重要的是⽂件夹和⽂件的名字不能更改如果更改了BioEdit将不能正确安装将会有⼀个BioEdit.ini⽂件出现在你的Windows主⽬录下它包含BioEdit的初始化默认值和参数选择虽然这个⽂件可以⼿动编辑但是我们推荐不要编辑和⼿动编辑这个⽂件当前被⽀持功能部件和已知问题的列表请看BioEdit的功能和已知问题局限性已知问题和局限性BioEdit想要成为⼀个处理个别简单序列的多⽤途界⾯带有适合于⾃动化多重排列选项的综合序列排列最佳成对排列并且着重于使⼿⼯排列更容易随着时间的推移增加了⼀些附件的功能质粒绘图限制性内切酶图谱ABI和SCF查阅RNA⽐较分析和其他功能中的图式注解然⽽常⽤的查找功能特殊化分析如蛋⽩质⼆级结构三级结构的预测RNA结构的热动⼒学预测排列性质的统计学分析序列模式的概率或神经⽹络模型排列和结构的预测不包括在这个程序之内虽然⽤户可以配置命令⾏附件应⽤软件有程序链接连到ClustalW局域BLAST和BLAST client 3但是在ClustalW程序或BLAST 程序升级后不能保证这些链接正确⼯作虽然在BioEdit安装程序中提供的局域BLAST和Clustal程序将会继续⼯作但在下⼀次NCBI决定改变它的委托⼈时BLAST client 3将不能正常⼯作我也不再⼀直⽀持这个程序源代码将在稍后提供下载但是会有⼀些紊乱没有很好注释限制于Borland C++ Builder这是我毫⽆疑惑的发布源代码的原因同样⾃动⽹页链接为⽹页如BLAST PSI-BLAST PROSITE轮廓扫描⽹页提供⼀个选择序列它们的⼯作依赖于⽹页的局域HTML模板BioEdit编辑的资源包括查询⽂本区域的选择序列因为万维⽹的⾼度易变性这些也许不能长时间正常⼯作如果⼀些地址变化或者HTML界⾯充分改变这些将不再能正确⼯作它们可能可以在BioEdit/apps⽂件夹中局部的被新的同名更新⽹页所替代但是它们是否能正常⼯作将依赖于⽹页中必需的URL定位是否被指定为绝对路径或相对路径它们是否依赖于局域CGI或Java 程序和其他潜在的问题想要配置命名⾏分析程序的界⾯很好的⼯作可能不需要复杂的scripting语⾔然⽽因为这个界⾯及其选项的静态特点可能有程序不能正确的通过BioEdit运⾏虽然绝⼤多数接受命令⾏的程序可以被设置总之许多⼈可能宁愿为了更好的控制选项⽽从命令⾏运⾏程序BioEidt可以很好显⽰合适⼤⼩的排列然⽽对于⼀次打开的排列⽂档数量有限制同样⼀个单⼀排列中的序列数量也有限制现在最多⼀次打开50个排列⽂档⼀个排列中的最多序列数是20,000序列数量的限制和序列长度是⽆关的排列的绝对⼤⼩是有效的系统内存决定的如果⽂档在系统中全部进⼊虚拟内存编辑将会变得很慢如果排列中有⼏千个rRNA基因或者全部基因组的序列列表在Win95/98或NT系统中⾄少需要64到128Mb的内存在Win2000系统中⾄少需要128Mb内存在排列矩阵N× M > 40,000,000 (N = 序列数M=最长序列长度)时Undo撤消选项⾃动失效BioEdit是由Borland C++ Builder编写的是100% Windows基础它是不可移植的因为这个程序的⼤部分是图形界⾯在UNIX或Mac中可能不好使⽤BioEdit使⽤⼿册序列编辑处理⼿⼯序列排列下⾯是基本的BioEdit排列⽂档窗⼝如果你不喜欢现在的样⼦不要当⼼字体⼤⼩背景颜⾊残基颜⾊和标题窗⼝宽度都可以改变⿏标箭头右下⽅的黄⾊条幅显⽰的是当前序列的绝对位置这同样显⽰在控制栏的Position标题选择关闭黄⾊条幅就进⼊View->show sequence position by mouse arrow总的⼿⼯排序功能是在编辑窗⼝有三个可应⽤的基本模式选项可在Sequence->Edit Mode中找到Select / Slide mode(选择/调整模式)⽤⿏标左键选择框住的残基⽤⿏标来回的拖动选择默认值是朝你滑动的⽅向忽略unlocked gaps并在所选择的另⼀边开启新的unlockedgaps为了移动所选择的全部序列的下游不管缺⼝在移动时按住shift键你也可以在按钮板上切换合适的按钮见后改变默认值为移动所选择的全部序列的下游选定选项后在滑动时⽤shift键忽略unlocked gaps⽤shift键选择所有在现在选定的和新选择的残基CTRL键可以在当前选择上增加⼀个新的选择例如你也许想在三个互不相连的序列中选择残基Edit mode编辑模式在编辑残基模式中你可以在⽂档的任何位置除了标题放置任何类型的光标⽤箭头你可以在序列中⾛来⾛去编辑有两种形式插⼊和改写当编辑器在编辑模式可以看见在编辑模式的下拉菜单中有⼀个选项在其它两个排列模式,这个选项不会出现.Grab & Drag mode(抓取/拖动模式)从mode⽬录中选择Grab & Drag或者切换G/D按钮见后你可以从屏幕上动态的抓取和拖动单个残基⽤shift键移动整个残基序列的下游或者在按钮板上切换成合适的按钮――见后Grouping of sequences序列分组Sequences may be grouped into groups (or"families").序列可以进⾏分组或分成家族⼀个组的序列排列可以相互锁定意味着⼿动调节⽤可调整的残基插⼊或和删除缺⼝将⾃动同步调节⼀个锁定的组This only applies to sliding resides (Select / slide mode or Grab & Drag mode), not to single insertions and deletions of gaps with right mouse clicks. For information on grouping sequences and locking the alignment of groups of sequences, see grouping sequences.这只适合于可调整的残基Select / slide mode或Grab & Drag mode不能⽤⿏标右键进⾏单个缺⼝的插⼊和删除想了解有关序列分组和其排列锁定的信息看grouping sequences⼯具条 / 加速按钮锁定和开启全部序列的所有缺⼝当打开⼀个排列这个按钮是在开启状态但是缺⼝是现在的虽然它们过去被保存在这个按钮被按下去后才能进⾏改变为了开启当前序列的所有缺⼝你必须按这个按钮两次进⾏切换到这个状态第⼀状态是锁定所有缺⼝上个按钮的锁定状态按下这个按钮可以⽤⿏标右键插⼊单个缺⼝⽤⿏标右键删除缺⼝在所有序列中插⼊缺⼝除了在⽤⿏标右键点击这个按钮的位置在所有序列中插⼊缺⼝除了在⽤⿏标右键点击这个按钮的位置在选择位置没有缺⼝的序列将不会改变但是有这个按钮在那⼉缺⼝将始终被删除转换⿏标左键和右键的默认值功能切换Grab & Drag模式按下这个按钮可调整残基的默认值是忽略或扩展到下游缺⼝使⽤shift键可以调整转换这个功能按下这个按钮可调整残基的默认值是移动全部所选序列的下游胜过忽略或扩展到下游缺⼝使⽤shift键可以调整转换这个功能普通视图模式当序列颜⾊显⽰时残基根据当前的⾊彩表着⾊这个选项⽤于序列是单⾊视图时所有其他视图覆盖单⾊视图反转颜⾊视图模式背景栏根据每⼀个残基的⾊彩表描影残基的颜⾊是它们普通颜⾊的反转排列的强度――残基根据每⼀栏的信息内容灰度描影残基背景根据每⼀栏的信息内容描影把⽂档窗⼝中⼀致的和类似的残基描影按下这个按钮控制条上将会出现⼀个下拉菜单可以控制隐藏的百分⽐开端蛋⽩质排列的类似性隐藏的矩阵⽂件可以在Alignment->Similarity Matrix菜单中详细说明绘出功能部件其上有层次的序列只绘出功能部件没有序列根据当前的⾊彩表序列彩⾊视图根据当前选择的序列颜⾊序列单⾊视图只⽤于normal view按钮也被按下⽤⼀个字符默认值是.显⽰序列的同⼀性默认值是top.如果按下前⼀个按钮这个下拉菜单能够选择标记同⼀性的字符显⽰或隐藏交互信息检查器只⽤于RNA分析引出⾊彩表编辑对话窗切换ignore anchor points模式如果这个按钮没有按下固定栏限制排列的范围按下这个按钮固定栏被忽视卷屏速度控制器控制⽔平卷屏条卷屏是因残基增加增加或移去位置标记旗增加或移去⼀个栏的固定点在编辑盒中编辑在⼀个⽂本窗⼝中进⾏⼀个序列主要的编辑会⼗分⽅便为⼀个序列开启⼀个编辑窗⼝双击序列的标题或选中序列并从Sequence菜单中选择Edit Sequence为了使改变⽣效必须按下Apply或Apply and Close按钮取消将不会改变序列在⼀个序列第⼀次编辑时将会出现下⾯的窗⼝在Sequence Type下拉菜单中下列选项是可⽤的如果⼀个序列是未知的蛋⽩质⾊彩表通常是彩⾊的就像⼀个已经经过类似性底纹处理的蛋⽩质序列可以保留⼀个关于排列的每⼀⾏的屏幕信息的注解但是不能计算类似性和同⼀性不服从标准的处理如翻译互补⾃动排列等在单个序列编辑器中你可以⽤lock sequence选项选择锁定任何序列应⽤这个选项时selecting/dragging或抓取和拖动将不能使⽤但是⽤⿏标右键增加或删除缺⼝始终可以使⽤按下按钮可以展开窗⼝看相关的GenBank的信息窗⼝扩展如下按钮可以⽤于提出在⼤的编辑窗⼝中的相关领域**注意GenBank信息将只能⽤GenBank或BioEdit格式保存***注意GenBank信息包括功能部件领域是内部独⽴于⽤户定义的图⽰注解窗⼝隐藏⼀个⽂档可以进⾏窗⼝隐藏就是双击窗⼝的标题栏可以隐藏标题栏再次双击可以使其变回原来的⼤⼩它也可以最⼩化和最⼤化增加⼀个新序列通过以下⽅式增加新序列1.在Sequence菜单下选择New Sequence选项序列可以像原始⽂本⼀样被键⼊或复制进序列窗⼝按下Apply按钮可以在⽂档中增加序列2.通过Edit菜单的Copy Sequence(s)和Paste Sequence(s)命令复制或粘贴来⾃其他BioEdit⽂档的序列同样也可以使⽤当前菜单快捷键(默认值Ctrl+F8复制Ctrl+F9粘贴)全屏编辑序列可以在全屏编辑就像在⼀个⽂字处理器上⼀样必须⾸先设定Mode选项为Edit Residues(BioEdit在安装后默认模式为Slide Residue)在编辑模式下你可以使⽤箭头在屏幕上移动输⼊像在⽂本编辑器中⼀样编辑有两种选项插⼊模式和改写模式它们类似于在⽂字编辑器中的功能选择序列点击序列的标题可以选中序列拖划出⼀个⽅框可以选中多个序列或⽤shift键选择两个选择序列之间的所有序列⽤Ctrl键加⿏标可以分别选择标题或给选中的序列加上详细的标题双击标题将会打开⼀个单序列编辑器再次点击原先选中的标题使其进⼊全屏编辑模式你可以编辑标题后按下< return >或点击序列标题板的任何位置使对标题的改动⽣效移动序列想移动⼀个序列(或⼀些序列)选中它(⽤⿏标左键点击它的标题使其变亮)把它拖放到你想要的位置Cut Copy Paste剪切复制粘贴Copy复制编辑窗⼝的⽂本(序列残基)⽤⿏标选择⽂本并从Edit菜单选择Copy不像⽂字编辑器你可以复制你想选择的区域⽽不是复制⽂本的全部⾏这种⽅式复制的区域可以粘贴在任何能够进⾏⽂本编辑的程序中如果只是如果你没有选中在全部序列中任何残基序列的标题将会以BioEdit序列结构形式复制到BioEdit的剪贴板在选择Paste Sequence(s)时全部序列将会被粘贴到⽂档全部序列⽤⿏标选择序列标题并从Edit菜单选择Copy Sequence(s)标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板多于⼀个被选中的序列将以Fasta序列⽬录的形式复制到剪贴板中并在BioEdit内部复制成⼀组全部BioEdit序列结构能够被粘贴在任何BioEdit⽂档中注意BioEdit剪贴板中包括所有序列相关数据Genbank信息图⽰注解是在BioEdit 同⼀步骤的内部它们不能在独⽴的步骤之间转移为了在BioEdit排列⽂档之间复制序列必须确定两个⽂档是在程序的同⼀步骤打开的只有Fasta格式的序列可以被复制到普通的Windows剪贴板Paste粘贴在编辑窗中的⽂本为了把⼀个序列粘贴⼊主编辑窗界⾯必须是Edit Residues模式见全屏编辑如果⽂本的⼀个区域被粘贴到⼀个序列只有第⼀⾏⽤回车键定义将会被粘贴这避免了在粘贴⽂本进⼊序列时可能出现的问题也避免了不注意的使错误的序列在其下为了把⽂本的⽚段粘贴到排列的⼀个区域⽚段必须⼀次⼀个的粘贴进序列如果⽂档在Slide Residues或Grab and Drag模式Paste粘贴的功能将会和Paste Sequence(s)粘贴序列的功能⼀样见后全部序列从⽂档菜单到粘贴序列从Edit菜单中选择Paste Sequence(s)序列将会增加到⽂档的最后它们可以移动到⽂档的任何位置Cut剪切和Cut Sequence(s)剪切序列就象Copy复制和CopySequences复制序列⼀样但是其功能是从⽂档中删除复制的信息然⽽只有在Edit Residues模式下残基才能从⽂档中删除同样当在没有选中任何残基的情况下使⽤剪切功能时标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板并以序列结构的形式复制到BioEdit剪贴板中但是它们不能从⽂档中删除为了适当的从⽂档中剪切序列可以选择Cut Sequence(s)Minimizing an Alignment排列的最⼩化当⼀个排列⼿⼯处理时当序列定期的增加并⼿⼯排列到⼀个现有的排列中缺⼝经常导致⼀个专栏出现在每⼀个序列中为了在不改变现有排列的情况下移动缺⼝选择Minimize AlignmentBasic Manipulations / Sequence Menu基本处理序列菜单⼀些简单的序列处理可以通过BioEdit的⼀个菜单选项⾃动完成这些选项在Sequence中在BioEdit中Masks屏蔽在这⼀点上有⼀点薄弱主要⽤于RNA⽐较分析功能关于在BioEdit中如果使⽤屏蔽看Masks锁定和开启缺⼝当残基在序列中滑动时⼀个锁定的缺⼝将不能被压缩为了锁定缺⼝选择想要锁定的缺⼝后选择Lock Gaps想要锁定序列中的所有缺⼝选择序列的标题后选择Lock Gaps想要锁定⼀个排列中的缺⼝切换lock/unlock按钮进⼊锁定状态开启的缺⼝就是锁定状态的相反想要开启⼀个排列中的所有缺⼝切换lock/unlock按钮进⼊开启状态Degap选项可以移动所有开启的缺⼝它也可以移动被选中标题的序列中的所有开启的缺⼝注意和.表⽰开启的缺⼝表⽰锁定的缺⼝这个惯例⽤于BioEdit中每⼀个窗⼝和功能如果⼀个句点没有经过BioEdit加上的缺⼝特点但也有⼀种加⼯过的缺⼝类型为了程序的可计算性宁愿使⽤BioEdit中的缺⼝特点同样⼀些程序可能使⽤⼀个句点去表⽰排列位置中没有残基或缺⼝但是只是在序列的开始或结尾BioEdit不直接注意这种差别序列⾏之前或之后的位置被加⼯成缺⼝⽽且BioEdit假定每⼀个排列包含有真正的同源序列尽管BioEdit也被设计成允许⽤户忽视程序的排列中⼼并只使⽤它处理序列的数据Sequence Menu序列菜单(不包括mask功能)New Sequence新序列创造新序列开启⼀个单⼀序列编辑器。
FlowJo中文使用说明书
FlowJo中文实用手册（软件版本：FlowJo7.6.5 2012/06/20 更新）第一章 FlowJo简介 (1)一、FlowJo对电脑配置的要求 (1)二、FlowJo的安装过程(Windows) (1)三、FlowJo的工作台 (5)第二章 FlowJo分析单标样本 (6)一、由原始数据生成单参数直方图的过程 (6)二、图形的输出和保存 (10)第三章 FlowJo分析多色标记样本 (13)一、由原始数据生成二维点图的过程 (13)二、二维点图的设门原则 (16)三、多色标记分析说明 (16)第四章 FlowJo软件荧光补偿 (18)一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤 (18)二、FlowJo荧光补偿的具体步骤 (18)三、双指数转换 (24)第五章 FlowJo的批处理功能 (27)一、设门分析的批处理 (27)二、表格分析的批处理 (32)三、图形分析的批处理 (35)第六章 FlowJo分析细胞凋亡样本 (43)一、细胞凋亡概述 (43)二、FlowJo分析凋亡数据的过程 (44)三、凋亡数据结果分析 (45)第七章 FlowJo软件分析细胞周期样本 (47)一、细胞周期分析概述 (47)二、FlowJo分析细胞周期数据的过程 (48)三、细胞周期拟合的调整方法和步骤 (51)四、细胞周期结果分析 (53)第一章 FlowJo简介FlowJo是美国斯坦福大学Leonard Herzenberg（FACS机器的发明者）实验室在90年代研发的一款流式数据分析软件。
FlowJo由于功能强大，简单易用，已经被领域内的科学家、实验室广泛引用；同时FlowJo也是各高影响力核心期刊引用最多的流式数据分析软件。
一、FlowJo对电脑配置的要求1. PC电脑：操作系统：Windows XP，Vista，Windows7内存：512MB及以上网络连接：使用试用序列号及联网序列号必需要有网络连接；加密狗无需网络2. 苹果电脑：操作系统：OSX10.3或者更高版本内存：512MB及以上网络连接：使用试用序列号及联网序列号必需要有网络连接加；密狗无需网络二、FlowJo的安装过程(Windows)•请到我们的网站上下载最新版本：/content/download在此，我们下载V7.6.5 为例/sites/default/files/7.6.5_X32.exe 将文件下载到桌面之后，就可以看到FlowJo安装程序图标。
ChromasPro1.41使用说明
ChromasPro 1.41使用说明1.0TITLE（标题）使用ChromasPro 1.41版本软件对基因型进行分析2.0PURPOSE（用途）2.1ChromasPro是对基因和蛋白质序列进行分析的生物软件。
应用生物系统公司基因分析仪和西门子Trugene产生的序列和图谱可以用ChromasPro软件查看、编辑和制图。
2.2ChromasPro用于基因序列的剪切和编辑和抗病毒药物的耐药监测2.3ChromasPro有能力组装成一个连续的重叠共享序列片段。
此外，该软件还可以用来识别发现在同一区域的不同片段的序列多态性3.0EQUIPMENT（设备）3.1有奔腾处理器的电脑或等同的3.2ChromasPro 1.41版本软件4.0SUPPLIESN/A5.0SPECIAL SAFETY PRECAUTIONSN/A6.0PROCEDURE （步骤）6.1Procedure Limitations and Requirements（程序的限制和要求）6.1.1确保待分析的序列有最好的质量。
如果序列的图谱片段较差，需要重新测序6.1.2每次测序需要加入已知序列的阳性质控对照6.1.3序列片段小于350个碱基时的准确性是非常好的。
（误差＜0.1%）。
6.1.4序列片段在500个碱基的准确性取决于PCR的产物质量和所使用的测序技术。
6.2Sequence Assembly（序列的拼接）6.2.1从file菜单中选择new，在new选sequencing project.6.2.2.Choose Settings 在目project项单中选择setting 显示出project setting 对话框。
设置序列输入的长度及输入比对序列。
6.2.3Import Sequence Fragments 从project项单中选择add files 把序列片段导入project。
多个序列片段可以被导入，已经导入的文件不能再被导入。
高中生物教学软件使用说明
高中生物教学软件使用说明本套教学软件系《“教学宝”课程标准多媒体教学套装软件》之一，可与人教版课程标准高中生物教材配套使用。
用户利用本软件可将抽象的学科内容，以整合的音频、视频、动画、图片、文字等形式，直观、生动地展现出来，创新教学模式，提高教学水平和教学效果。
高中生物教学软件全套4张光盘，其中必修3册一册一盘，选修三册生物1（生物技术实践）、生物2（生物科学与社会）、生物3（现代生物科技专题）三册一张盘。
一、软件运行环境1. 本软件系统需要Windows2000或更高操作系统，需要完整版的Microsoft Office 2003或更高版本支持（如果用户的Microsoft Office 2003不是完整版本，课件中的flash文件将不能正常播放，用户可通过下面提供的方法解决），同时需要IE5.0或其他兼容浏览器软件；2．计算机屏幕分辨率要求1024×768以上，16位增强色或真彩色，16位声卡。
二、软件安装在运行本软件中的课件时，如flash文件不能正常播放，请首先安装光盘自带的Flash_Player_10_ActiveX.exe软件。
如用户在安装时屏幕提示“Adobe flash player安装失败，请访问”，多数是因为用户在重装系统时，没有正确安装Adobe flash player所致。
用户可按照下面的方法逐步操作：第一步安装微软的subinacl.msi首先双击进行安装，默认的安装地址为C:\Program Files\Windows Resource Kits\Tools。
如果用户的系统安装在其他分区，请自行修改设置。
第二步安装reset_minimal.zip解压缩后，将reset_minimal.cmd复制到C:\Program Files\Windows Resource Kits\Tools\目录下（即上一步安装subinacl.msi文件所在目录），双击执行reset_minimal.cmd。
生物信息学软件使用
生物信息学软件的使用（以MC4R基因为例）第一章从NCBI上查找DNA、mRNA、蛋白质序列一、以猪的黑素皮质素受体4(MC4R, melanocortin-4 re-ceptor)基因为例，介绍如何从NCBI 上查找DNA、mRNA、氨基酸序列。
1.首先查找MC4R的DNA序列。
在百度里输入NCBI，打开后得到的结果如下网页：在Search 栏输入“MC4R pig”，在下拉菜单里选择Gene，然后点击Search，得到如下结果：点击第一个ID为397359的链接，得到如下的结果：可以看到该基因位于猪的1号染色体上，在右下方有个“Go to nucleotide”即进入核酸序列，有三种格式（用红圈标记的），经常用的是“FASTA”和“GenBank”，“FASTA”格式的比较简洁，不包含任何的数字，就全部是碱基，序列的对比和分析是就要用到这种格式；而“GenBank”格式就比较详细，可以查看到很多信息，比如碱基数、mRNA序列、内含子、外显子、CDS，以及氨基酸序列等等之类的。
点击GenBank后得到如下结果：Sus scrofa breed mixed chromosome 1,Sscrofa10.2 DNALOCUS NC_010443 2265 bp DNA linear CON 29-SEP-2013 DEFINITION Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2.ACCESSION NC_010443 REGION: complement(178553488..178555752) GPC_000000583 VERSION NC_010443.4 GI:347618793DBLINK BioProject: PRJNA28993Assembly: GCF_000003025.5KEYWORDS RefSeq.SOURCE Sus scrofa (pig)ORGANISM Sus scrofaEukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Suina; Suidae; Sus.COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical toCM000812.4.On Oct 11, 2011 this sequence version replaced gi:333795951.Assembly Name: Sscrofa10.2The genomic sequence for this RefSeq record is from the genomeassembly released by the Swine Genome Sequencing Consortium asSscrofa10.2 in August 2011 (see/Projects/S_scrofa). Sscrofa10.2 is a mixed assembly of clones and contigs from the whole-genome shotgunproject AEMK00000000.1.##Genome-Annotation-Data-START##Annotation Provider :: NCBIAnnotation Status :: Full annotationAnnotation Version :: Sus scrofa Annotation Release 104Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotationpipelineAnnotation Software Version :: 5.1Annotation Method :: Best-placed RefSeq; GnomonFeatures Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA##Genome-Annotation-Data-END##FEATURES Location/Qualifierssource 1..2265/organism="Sus scrofa"/mol_type="genomic DNA"/db_xref="taxon:9823"/chromosome="1"/breed="mixed"gene 1..2265/gene="MC4R"/note="melanocortin 4 receptor; Derived by automatedcomputational analysis using gene prediction method:BestRefSeq."/db_xref="GeneID:397359"mRNA join(1..681,834..2265)/gene="MC4R"/product="melanocortin 4 receptor"/inference="similar to RNA sequence, mRNA (samespecies):RefSeq:NM_214173.1"/exception="annotated by transcript or proteomic data"/note="The RefSeq transcript has 2 indels compared to this genomic sequence; Derived by automated computationalanalysis using gene prediction method: BestRefSeq."/transcript_id="NM_214173.1"/db_xref="GI:55741558"/db_xref="GeneID:397359"CDS join(534..681,834..1685)/gene="MC4R"/inference="similar to AA sequence (samespecies):RefSeq:NP_999338.1"/exception="annotated by transcript or proteomic data"/note="The RefSeq protein has 1 indel compared to thisgenomic sequence; Derived by automated computationalanalysis using gene prediction method: BestRefSeq."/codon_start=1/product="melanocortin receptor 4"/protein_id="NP_999338.1"/db_xref="GI:55741559"/db_xref="GeneID:397359"/translation="MNSTHHHGMHTSLHFWNRSTYGLHSNASEPLGKGYSEGGCYEQL FVSPEVFVTLGVISLLENILVIVAIAKNKNLHSPMYFFICSLAVADMLVSVSNGSETI VITLLNSTDTDAQSFTVNIDNVIDSVICSSLLASICSLLSIAVDRYFTIFYALQYHNI MTVKRVGIIISCIWAVCTVSGVLFIIYSDSSAVIICLITVFFTMLALMASLYVHMFLM ARLHIKRIAVLPGTGTIRQGANMKGAITLTILIGVFVVCWAPFFLHLIFYISCPQNPY CVCFMSHFNLYLILIMCNSIIDPLIYALRSQELRKTFKEIICCYPLGGLCDLSSRY" ORIGIN1 tcacagactc cccaggactt ggattggtca gaaagaagca gaggaggagc cactgtgcac61 attttttttt ccccttcaca caccataaaa atcacagagg caactaacac tcacagcaaa121 gcttcaggtt gggaactgat tctctctgcg aggcagctga tctgagcatg cgcacacaga181 ttcattcttc tcccaatagc acagcagccg ctaggaaaat tattttgaaa agacctgaat241 gcattaagac taaagttaaa gtggaagtga gaacaaaata tcaaacagca gactcgacag301 agaatgagcg tcttgaagcc taagatttca aagtgatgct aatcagagcc ctacctgaaa361 gagactaaaa actccatttc aagcttcgga gcatgtgata tttattcaca acaggcattc421 caatttcagc ctcataactt tcagacagat aaagacttgg agaaaatcgc tgaggctacc481 tgacccagga gcttaaatca ggtcagaggg gatctcaacc cacctggcgc aggatgaact541 caacccatca ccatggaatg catacttctc tccacttctg gaaccgcagc acctacggac601 tgcacagcaa tgccagtgag ccccttggaa aagagctact ctgaaggagg atgctacgag661 caactttttg tctctcctga ggtgtttgtg actctgggtg tcataagcct gt[gap 100 bp] Expand Ns813 aaacgacg gcgtctctct gaggtgtttg841 tgactctggg tgtcataagc ctgttggaga acattctggt gattgtggcc atagccaaga901 acaagaatct gcattcaccc atgtactttt tcatctgtag cctggctgtg gctgatatgc961 tggtgagcgt ttccaatggg tcagaaacca ttgtcatcac cctattaaac agcacggaca1021 cggacgcaca gagtttcaca gtgaatattg ataatgtcat tgactcagtg atctgtagct1081 ccttactcgc ctcaatttgc agcctgcttt cgattgcagt ggacaggtat tttactatct1141 tttatgctct ccagtaccat aacattatga cagttaagcg ggttggaatc atcatcagtt1201 gtatctgggc agtctgcacg gtgtcgggtg ttttgttcat catttactca gatagcagtg1261 ctgttattat ctgcctcata accgtgttct tcaccatgct ggctctcatg gcttctctct1321 atgtccacat gttcctcatg gccagactcc acattaagag gatcgccgtc ctcccaggca1381 ctggcaccat ccgccaaggt gccaacatga agggggcaat taccctgacc atcttgattg1441 gggtctttgt ggtctgctgg gcccccttct tcctccactt aatattctat atctcctgcc1501 cccagaatcc atactgtgtg tgcttcatgt ctcactttaa tttgtatctc atcctgatca1561 tgtgtaattc catcatcgat cccctgattt atgcactccg gagccaagaa ctgaggaaaa1621 ccttcaaaga gatcatctgt tgctatcccc tgggtggcct ctgtgatttg tctagcagat1681 attaaatggg gacagaggag acttataaat gcaagcataa gagactttct ccttacacag1741 tctggacaat atgcttcaac aacagcattt tcttgtaagg catcagttga gacattctat1801 tgtataaatt taagttcgtg attctgctca gtctctgtgt atttttaagg tcttgctacc1861 ttttggctgt aaaatgttta tctatactac aggttatagg cacaatggat ttataaaaaa 1921 gaaaaaagtc cttatgaaaa gttaattaat gtatcttgtc attcgaaagg atttgacaca 1981 ttgcttgttt tagtaaaatg gaaatcacag tttcattaaa tatatcctaa taaatggttg 2041 ctaatattac actatacaac gctgaagtgt agaggtttga ttctagcatt gaggggagaa 2101 atactgaaac aagtgtttaa tcattaaaaa ataagctgaa atttcaacta atttaataaa 2161 acatgctcat tctccctgtg cagaaggaga aatgaagctt ctactgggag aaaaacagtt 2221 actaaaaaaa agtgggggga tattttgagt ttgaaaacta tgttt//2.查找mRNA和氨基酸序列第一步和查DNA序列的一样，先打开NCBI，得到如下主页。
生物信息学软件使用指南
生物信息学软件使用指南第一章：生物信息学简介在进入生物信息学软件的具体使用指南之前，我们先来简要介绍一下生物信息学的概念和应用领域。
生物信息学是通过计算机科学和统计学的方法，对生物学数据进行收集、存储、管理、分析和解释的学科。
其应用领域包括基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学等。
第二章：常用生物信息学软件1. BLAST: BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，可以用于比对已知序列和未知序列之间的相似性。
使用BLAST，可以将一个未知序列与已知数据库中的序列进行比对，并找到最相关的序列。
2. CLC Genomics Workbench: CLC Genomics Workbench是一种强大的基因组信息分析软件，可用于测序数据处理、基因组组装、蛋白质结构预测等多项分析任务。
它提供了丰富的工具和算法，使用户能够快速、准确地分析和解释生物学数据。
3. R: R是一种广泛应用于生物信息学和统计学领域的编程语言和环境。
它提供了丰富的数据处理、统计分析和可视化功能，可以用于从基因表达数据、蛋白质互作网数据等大规模数据中提取有用信息。
第三章：生物序列分析软件1. SeqKit: SeqKit是一款简单易用的生物序列处理工具，可用于处理常见的DNA、RNA和蛋白质序列。
它提供了丰富的序列分析和格式转换功能，如序列比对、物种分类、碱基组成分析等。
2. MEME Suite: MEME Suite是一套用于序列模因分析的工具集合，可以用于鉴定和分析DNA、RNA和蛋白质序列中的隐含模式。
它提供了多个模因分析算法，并支持可视化显示结果。
3. HMMER: HMMER是一种用于序列比对和搜寻的软件包，支持隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model）的应用。
它可以进行蛋白质序列比对、域搜索、蛋白质结构预测等多项功能。
第四章：结构生物信息学软件1. PyMOL: PyMOL是一款用于分析和可视化分子结构的软件。
经典的Bioedit使用说明书
选择的类型是“Normal Arrow ”、“Wide Arrow ”、“Normal Box” 和、“Wide Box ”。在上面例子中的所有特征是“常规”宽度的。如果特征是一个箭头，箭头的方向将是从起点位置到终点位置。
2
增加特征或酶时，他们各自的标记增加在外面，中心是可能的尺寸。标记可以被选择工具选择、移动、编辑和缩放。
综合序列分析软件BioEdit
PLEASE ENTER YOUR TITLE HERE
2003级 高芳銮
BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows 95/98/NT/2000中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。
与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口，与DNAMAN等软件配合使用更好。
使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。特征、多连接位点和限制性位点可以通过使用对话框增加。当将一个序列进入质粒图时，在背景上出现一个限制性内切酶图谱，所以可以通过对话框选择可以增加限制性位点。它们自动增加到当前的位点。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。标签和绘图可以通过鼠标移动和缩放。想要编辑目标性质，双击目标。
05
核酸分析：组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶；
06
蛋白质分析：氨基酸成分、疏水性轮廓 、疏水力矩平均数
07
翻译或反翻译：把DNA或RNA翻译成蛋白质；
08
切换翻译：在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列；
09
点图[成对比较]：相互比较两序列的矩阵，生成一个点图。
序列的常规操作：
BLAST
瞬间疏水性轮廓(hydrophobic moment profile)
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