PCR相关知识

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PCR技术基本原理及相关知识资料讲解

PCR技术基本原理及相关知识资料讲解

P C R技术基本原理及相关知识PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA 经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。

每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

到达平台期(Plateau)所需循环次数取决于样品中模板的拷贝。

PCR的反应动力学 PCR的三个反应步骤反复进行,使DNA扩增量呈指数上升。

反应最终的DNA 扩增量可用Y=(1+X)n计算。

Y代表DNA片段扩增后的拷贝数,X表示平(Y)均每次的扩增效率,n代表循环次数。

平均扩增效率的理论值为100%,但在实际反应中平均效率达不到理论值。

反应初期,靶序列DNA片段的增加呈指数形式,随着PCR产物的逐渐积累,被扩增的DNA片段不再呈指数增加,而进入线性增长期或静止期,即出现“停滞效应”,这种效应称平台期数、PCR扩增效率及DNA聚合酶PCR的种类和活性及非特异性产物的竟争等因素。

大多数情况下,平台期的到来是不可避免的。

PCR反应体系的基本成分:模板DNA、特异性引物、DNA聚合酶、dNTP、 Mg2+的缓冲液。

PCR反应体系与反应条件--------------------------------------------------------------------------------标准的PCR反应体系:10×扩增缓冲液 10ul4种dNTP混合物各200umol/L引物各10~100pmol模板DNA 0.1~2ugTaq DNA聚合酶 2.5uMg2+ 1.5mmol/L加双或三蒸水至100ulPCR反应五要素:参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+引物:引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。

高三生物一轮复习PCR知识总结

高三生物一轮复习PCR知识总结

高考生物PCR的过程及应用考点归纳总结一、基础考点1.名称:多聚酶链式反应2.原理:DNA双链复制(DNA的半保留复制)、DNA的热变性原理3.前提:要有一段已知目的基因的核苷酸序列4.过程:PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:会解释三个步骤①变性:当温度上升到90℃以上时,双链DNA解聚为单链②复性:当温度下降到50℃左右时,两种引物通过碱基互补配对与两条单链结合;③延伸:当温度上升到72℃左右时,溶液中的4种脱氧核苷酸再耐高温的DNA 聚合酶的作用下,根据碱基互补配原则合成新的DNA链④重复:第一轮循环的产物作为第二轮的模板:重复循环变性—复性--延伸三过程。

5.PCR反应体系的成分及作用DNA模板:从样本或细胞中提取的微量总DNA原料∶dNTP(dATP、dGTP、dCTP、TTP),提供原料和能量酶∶Taq聚合酶(热稳定DNA聚合酶,从嗜热菌中分离得到)引物∶一小段能与DNA母链的一段碱基序列互补配对的短单链核酸(注意:引物与目的DNA片段两条母链各自的3’端序列互补)Mg2+:维持酶活性所必需PCR缓冲液∶维持pH,保护Taq酶6.DNA在体内复制的条件模板∶DNA分子的每条链酶∶解旋酶、DNA聚合酶、DNA连接酶原料、能量∶dATP、dGTP、dCTP、dTTP引物∶RNA引物,温和的反应条件7.总结:PCR与体内DNA分子复制的不同点:PCR DNA复制复制起点无有复制叉无有场所及条件体外;控制3个不同温度体内细胞核、线粒体、叶绿体;温和条件步骤变性、退火、延伸起始、延伸、终止酶Taq酶解旋酶、DNA聚合酶、DNA连接酶引物2种,一小段与DNA母链的一段碱基序列互补配对的短单链DNA;人工合成多种RNA做引物;自行合成引物是否去除否是变性的条件90℃以上的高温解旋酶结果短时间内快速扩增目的基因片段复制完整的DNA分子特点半保留复制两条链连续合成半保留复制半不连续复制8.PCR技术在基因工程中的应用:(1)特异性、快速扩增目的基因获取目的基因(2)目的基因的检测与鉴定9.用PCR技术可以扩增mRNA吗?不可以;在逆转录酶的作用下,需以mRNA为模板按照碱基互补配对的原则合成cDNA再进行扩增10.提取mRNA扩增目的基因的过程:第一步:逆转录酶以RNA为模板合成一条与RNA互补的DNA链,形成RNA-DNA杂交分子第二步:核酸酶H降解RNA-DNA杂交分子中的RNA链,使之变成单链DNA;第三步:以单链DNA为模板,在DNA聚合酶的作用下合成另一条互补的DNA链,形成双链DNA分子第四步:以双链DNA分子为模板,经过③变性、④复性、⑤延伸,循环扩增形成目的基因产物11.cDNA中缺少真核生物基因的哪些结构:启动子、内含子、终止子12.目前在PCR反应中使用Taq酶而不使用大肠杆菌DNA聚合酶的主要原因是:Taq酶热稳定性高,而大肠杆菌DNA聚合酶在高温下会失活13.PCR产物的影响因素:模板DNA的量、脱氧核苷酸的量、引物的量、酶的数量和活性、循环次数、Mg2+的浓度14.PCR后期,反应速率下降的原因:酶的活性降低、引物和dNTP浓度降低、反应产物增多15.变性温度过低会导致双链不能充分解开;16:PCR扩增中预变性的目的:预变性破坏DNA中可能存在的较难破坏的二级结构。

pcr知识点总结归纳

pcr知识点总结归纳

pcr知识点总结归纳PCR(Polymerase Chain Reaction),即聚合酶链反应,是一种用于抑制、合成、扩增DNA的技术。

PCR技术广泛应用于科学研究、临床诊断、法医鉴定和生物工程等领域。

PCR技术的出现不仅提高了DNA的扩增速度,而且在很大程度上解决了DNA分析的难题和可行性问题。

PCR技术的关键在于DNA的扩增,通过特定的引物(primer)和热稳定的DNA聚合酶在不同温度下进行多次循环反应,使目标DNA片段扩增成百上千倍。

PCR技术的应用可以在较短时间内获得充足的DNA,为后续的实验提供了可行性基础。

PCR技术是分子生物学研究的重要工具,掌握PCR技术的原理和操作方法对于分子生物学研究者来说至关重要。

下面将对PCR技术的知识点进行总结和归纳,包括PCR的基本原理、PCR反应体系、PCR引物设计、PCR技术的优缺点以及PCR技术在生物学研究中的应用等方面。

一、PCR的基本原理PCR技术是通过DNA的酶解、DNA的引物延伸、DNA的片段合成来实现DNA扩增。

PCR主要由以下三个步骤组成:变性、退火和延伸。

1. 变性步骤:将DNA的双链解链成两条单链,即使DNA解链。

2. 退火步骤:将引物与DNA模板结合成双链,即使DNA复性。

3. 延伸步骤:在退火变性条件下将引物作为起始核酸,然后DNA聚合酶将其扩增成DNA。

通过以上三个步骤的循环反应即可实现DNA的多次扩增。

二、PCR反应体系PCR反应体系主要包括DNA模板、引物、DNA聚合酶、四种dNTPs、缓冲液和辅助剂等。

1. DNA模板:PCR反应的起始材料,可以是基因组DNA、cDNA或其他DNA模板。

2. 引物:在退火步骤中将与DNA模板特异性结合,为DNA的扩增提供起始核酸。

3. DNA聚合酶:用于合成DNA,PCR反应中通常采用热稳定的DNA聚合酶如Taq DNA聚合酶。

4. dNTPs:即脱氧核苷酸三磷酸盐,即dATP、dCTP、dGTP和dTTP,是DNA聚合的四种脱氧核苷酸单体。

PCR的种类原理及其应用

PCR的种类原理及其应用

PCR的种类原理及其应用1. PCR的简介PCR(Polymerase Chain Reaction,聚合酶链反应)是一种在体外复制DNA的技术,它通过反复进行DNA的复制,扩增出目标DNA的数目,从而使得原来数量有限的DNA样本变得足够检测。

PCR技术的应用广泛,不仅可以在分子生物学研究中应用,也可以用于医学诊断、法医学鉴定等领域。

2. PCR的原理PCR技术主要依赖于DNA的复制酶(聚合酶)、DNA模板、引物以及dNTPs等原料。

PCR反应一般包括三个步骤:变性、退火和扩增。

2.1 变性在PCR反应开始时,将目标DNA加热到94-96°C,使其双链DNA解旋成两条单链,这个过程称为变性。

此时,DNA模板中的两条链将被分离开来,为下一步的引物结合提供条件。

2.2 退火随后,在PCR反应中,温度会降低到50-60°C,引物可以与模板DNA中的特定区域互补配对,这个过程称为退火。

引物的选择是PCR反应中的关键步骤之一,引物的序列需要与目标DNA序列的两端互补,使得引物在此处能够结合。

2.3 扩增一旦引物与DNA模板结合,聚合酶通过在引物上合成新的DNA链。

这个过程称为扩增。

聚合酶从引物的3’端开始构建新的DNA链,复制DNA模板。

扩增过程通常会进行30-40个周期,每个周期包括变性、退火和扩增三个步骤,使得目标DNA的数量呈指数增长。

3. PCR的种类3.1 普通PCR普通PCR是最基本的PCR类型,采用传统的PCR原理和步骤进行扩增。

普通PCR适用于检测目标DNA序列的存在与否,常用于基因组克隆、突变分析和基因表达分析等研究领域。

3.2 定量PCR定量PCR是基于普通PCR的基础上进行改进和优化的一种技术。

它可以定量测定PCR反应体系中目标DNA模板的初始数量。

定量PCR广泛应用于基因表达分析、病原体定量检测、药物代谢分析等领域。

3.3 反转录PCR反转录PCR是在普通PCR基础上结合了反转录过程的一种PCR技术。

PCR技术基本原理及相关知识

PCR技术基本原理及相关知识

PCR技术基本原理及相关知识PCR(聚合酶链式反应)是一种分子生物学技术,用于扩增DNA分子。

PCR技术革命性地改变了分子生物学的研究和应用领域,并且在医学、农业、环境科学等领域具有广泛的应用。

以下是PCR技术的基本原理及相关知识。

1. 变性(Denaturation):将目标DNA融合成两条单链,使其成为单股DNA。

在PCR反应开始时,样本中的DNA经过高温处理(通常为95°C),使其双股DNA分离,形成单股DNA。

2. 退火(Annealing):通过引入两个特异性引物,使其与目标DNA的靶序列互补结合。

延伸引物是由短的DNA或寡核苷酸片段(18-24个核苷酸)组成的特定DNA序列,它与目标序列的两端相互补。

在PCR反应温度较低时(通常为50-65°C),引物结合到目标DNA的两端。

3. 延伸(Extension):通过DNA聚合酶的催化,将引物与目标DNA形成的复合物延长,生成新的DNA分子。

在PCR反应中,引物延长所需要的二倍体DNA将通过DNA聚合酶的催化作用来实现。

DNA聚合酶能够识别引物与模板DNA之间的同源性,并在引物的3'末端开始合成新的DNA链。

以上三个步骤组成一个PCR循环,每个循环将扩增目标DNA的数量。

通常,在30-40个PCR循环后,目标DNA的量将扩增到百万级。

1.DNA模板:DNA模板是PCR反应的起点,它可以是基因组DNA、cDNA或已知序列的DNA片段。

2.引物设计:引物的选择非常重要,引物应该与目标DNA序列的两端相互补,以确保引物的有效结合和延长。

3. DNA聚合酶:DNA聚合酶是PCR反应的催化剂,通常使用热稳定聚合酶(如Taq聚合酶)。

热稳定聚合酶能够在高温下保持稳定,并且具有较高的DNA聚合活性。

4.PCR缓冲液:PCR反应需要在特定的pH和离子浓度条件下进行,PCR缓冲液可以提供适宜的反应环境。

5.循环条件:PCR反应需要在特定的温度条件下进行循环反应。

PCR技术的应用专题知识讲座

PCR技术的应用专题知识讲座
➢ PCR:使用一对寡核苷酸引物,以目旳序列为模板,利用DNA合成 酶和四种脱氧核糖 核酸进行DNA旳体外合成反应。
➢ PCR技术具有敏捷度高,特异性高、操作以便和反复性好等特点,能够在几种小时内取 得多达几百万拷贝旳目旳基因。
➢ 该技术在上个世纪80年代中期由美国K.Mullis发明建立,经过近二十年已发展成涉及多 种衍生技术,在诸多领域中广泛使用,K.Mullis也所以取得1993年度旳诺贝尔化学奖。
Frq为邻近6至7 个碱基构成旳亚单位在一种指定数据库文件中旳出现频率。该 频率高则可增长错误引起旳可能性。
下可催化核苷酸沿5′→3′方向发生聚合反应。
4、脱氧核糖核酸
➢ 四种脱氧核苷三磷酸即dATP、dTTP、dCTP和dGTP,为PCR反应中DNA合成原料。 ➢ 在新旳一种反应体系中,这四种脱氧核糖核酸旳起始浓度应该都相等,假如其中一种
旳浓度明显不同于其他旳就会诱发错配,并降低新链合成速度。
5、缓冲液
五、PCR引物设计
引物设计是PCR 技术中至关主要旳一环。使用不合适旳PCR 引物轻易造成试验失败:体 现为扩增出目旳带之外旳多条带(如形成引物二聚体带),不出带或出带很弱,等等。目 前PCR 引物设计大都经过计算机软件进行。能够直接提交模板序列到特定网页,得到设 计好旳引物,也能够在本地计算机上运营引物设计专业软件。
备注:* 比两条引物旳Tm值低5~10℃。
四、影响PCR原因
虽然PCR操作很以便,但影响原因也诸多,从而影响PCR旳特异性和高效性。 1. 引物 2. 变性温度和时间 3. 退火温度和时间 4. 延伸温度和时间 5. 循环次数
1、引物
➢ 引物决定了PCR产物旳长度和特异性。 ➢ 引物旳设计要求请看本试验讲义“引物设计”部分。

PCR基本知识

PCR基本知识

聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。

它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断;可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。

过去几天几星期才能做到的事情,用PCR几小时便可完成。

PCR技术是生物医学领域中的一项革命性创举和里程碑。

PCR技术简史PCR的最早设想核酸研究已有100多年的历史,本世纪60年代末、70年代初人们致力于研究基因的体外分离技术,Korana于1971年最早提出核酸体外扩增的设想:“经过DNA变性,与合适的引物杂交,用DNA聚合酶延伸引物,并不断重复该过程便可克隆tRNA基因“。

PCR的实现1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。

其原理类似于DNA的体内复制,只是在试管中给DNA的体外合成提供以致一种合适的条件---摸板DNA,寡核苷酸引物,DNA聚合酶,合适的缓冲体系,DNA变性、复性及延伸的温度与时间。

PCR的改进与完善Mullis最初使用的DNA聚合酶是大肠杆菌DNA聚合酶I的Klenow片段,其缺点是:①Klenow酶不耐高温,90℃会变性失活,每次循环都要重新加。

②引物链延伸反应在37℃下进行,容易发生模板和引物之间的碱基错配,其PCR 产物特异性较差,合成的DNA片段不均一。

此种以Klenow酶催化的PCR技术虽较传统的基因扩增具备许多突出的优点,但由于Klenow酶不耐热,在DNA模板进行热变性时,会导致此酶钝化,每加入一次酶只能完成一个扩增反应周期,给PCR技术操作程序添了不少困难。

这使得PCR技术在一段时间内没能引起生物医学界的足够重视。

198 8年初,Keohanog改用T4 DNA聚合酶进行PCR,其扩增的DNA片段很均一,真实性也较高,只有所期望的一种DNA片段。

pcr实验知识点总结

pcr实验知识点总结

pcr实验知识点总结PCR实验(聚合酶链反应)是一种在生物化学中广泛使用的分子生物学技术,用于扩增特定的DNA片段。

该技术由Kary Mullis于1983年发明,并于1993年获得了诺贝尔化学奖。

以下是关于PCR实验的知识点总结。

一、PCR原理PCR的基本原理是利用DNA聚合酶对单链DNA进行复制的能力。

这个过程分为三个步骤:变性、退火和延伸。

1. 变性:在高温(通常为95℃)下,双链DNA被解旋成两条单链模板。

2. 退火:温度降低(一般为50-65℃),引物与模板DNA的互补序列结合。

3. 延伸:在适宜的温度(72℃左右)和DNA聚合酶的作用下,引物沿着模板DNA向两侧延伸,形成新的双链DNA。

这三个步骤循环进行,每次循环都会使目标DNA的数量翻倍,经过几十到几百次循环后,就能得到大量的目标DNA。

二、PCR所需材料1. DNA模板:待扩增的目标DNA。

2. 引物:两段短的寡核苷酸,与目标DNA的两端互补。

3. dNTPs:脱氧核苷三磷酸,作为合成新链的原料。

4. Taq DNA聚合酶:能在高温下保持活性的酶,用于催化DNA的合成。

5. 缓冲液:提供合适的pH和离子环境。

三、PCR操作步骤1. 设计引物:根据目标DNA的序列设计出两条引物,分别与DNA的正反两条链互补。

2. 配制反应体系:将模板DNA、引物、dNTPs、Taq酶和缓冲液按照一定比例混合。

3. PCR循环:将反应体系放入PCR仪中,设定好变性、退火和延伸的温度和时间,开始循环反应。

4. 产物检测:可以通过凝胶电泳等方法检测PCR产物的大小和数量。

四、PCR的应用1. 分子诊断:如病原体检测、基因突变检测等。

2. 基因克隆:将目的基因扩增后,可以方便地进行后续的克隆和表达。

3. 序列分析:通过扩增特定的基因区域,可以进行基因测序和SNP分析等。

4. 生物考古学:可以从古代样本中提取DNA并进行扩增,研究古生物的遗传信息。

五、PCR实验注意事项1. 引物设计:引物应具有良好的特异性和稳定性,避免产生非特异性扩增和二级结构。

干货分享PCR知识分享

干货分享PCR知识分享

干货分享PCR知识分享01PCR 的基本原理PCR是一种选择性体外快速扩增DNA片段的方法。

在体外以类似于细胞内DNA的半保留复制过程,以拟扩增的模板DNA分子,与模板DNA互补的寡核苷酸引物、DNA聚合酶、4种dNTP及适合的缓冲体系组成的反应体系,经过重复地变性一退火一延伸三步,扩增新的目的DNA链,这个过程通过控制反应体系的温度来实现。

PCR包含下列三步反应:1、变性(denaturation)将反应体系混合物经加热至94℃左右,维持较短的时间,使双链DNA变成单链DNA,便于下一步引物的结合。

2、退火(annealing)将反应体系温度下降到特定温度(一般是引物的Tm值以下),引物与DNA模板以碱基互补的方式结合,形成模板-引物杂交双链。

退火温度是保证引物与DNA模板互补结合的关键。

由于引物结构简单,加之引物量远远大于模板DNA的数量,所以DNA模板单链之间的互补结合很少。

3、延伸(elongation)将反应体系的温度上升到72℃左右并维持一段时间,在Taq DNA 聚合酶的作用下,以引物为起始点,以4种单核苷酸(dNTP)为底物,从5'→3'方向延伸反应,合成新的DNA双链。

以上三步反应为一个循环,重复进行变性、退火、延伸这三步反应,如此反复循环可以使DNA以指数形式进行扩增。

上述过程1.5小时左右完成,从而使所需的目的DNA片段扩增放大百万倍。

02PCR反应液成分PCR反应体系主要包含以下五种成分1、模板(template)模板即扩增用的DNA,可以是任何来源DNA(如基因组DNA、质粒DNA等)或RNA(如总RNA、mRNA、tRNA、rRNA、病毒RNA 等),但必须符合两个条件:一是纯度必须较高,二是浓度不能太高以免抑制。

50μl PCR反应体系中模板DNA推荐使用量如下表所示2、引物(primers)人工合成的一对引物可以分别与两条模板DNA互补结合的寡核苷酸序列,其中一条称为上游引物,另一条称为下游引物。

PCR介绍

PCR介绍

dNTPs:
0.6μl×6 = 3.6μl
引物 P:
2.4μl ×6 = 14.4μl
Taq 酶 (5U/μl): 0.2μl × 6 = 1.2μl
水:
21μl × 6 = 126μl
共174μl,先用移液器 / 指弹混匀,后用离心机瞬时
混匀(管壁上液体沉至管底)。
2. 另取 5 支0.2ml Ep管,分别加入上述液体29μl。 3. 分别取标本模板各1μl,加入上述5支 Ep 管中,混
加热90~95℃,30 ~ 60 s,再复杂的DNA分子 也可变性为单链。根据模板DNA复杂程度,可以调 整变性温度和时间。一般情况下选择94 ℃ 30 ″,可 使各种复杂的DNA分子完全变性。
温度过高或高温持续时间过长,可对Taq酶活 性和dNTP分子造成损害。
⑵ 复性温度和时间:
PCR扩增特异性取决于复性过程中引物与模板 的结合。
总原则是提高扩增的效率和特异性
引物设计原则
⑴ 长度15~30 b,过短特异性降低,过长则成本增加, 产量也下降。
⑵ 引物碱基尽可能随机分布,避免出现嘌呤、嘧啶堆 积现象,引物 G+C 含量宜在45 ~ 55%左右。
⑶ 引物内部不能含有自身互补序列,否则会形成发夹 样二级结构,两个引物之间尤其在 3’ 末端不应有互 补链存在,不然会形成引物二聚体。
3. 延伸 (Extension):
将反应温度调节到酶的最适温度,在DNA聚合
酶、4种 dNTPs 及镁离子等存在的条件下,以引物 的 3′ 端开始,结合单核苷酸,形成与模板链互补的
新DNA链。72 ℃ 1′
上述 3 步为一个循环,每经过一个循环,样本 中的DNA量应该增加一倍,新形成的链又可成为新 一轮循环的模板,经过25~30个循环后DNA可扩增 106 ~ 109 倍。

pcr实验知识点总结

pcr实验知识点总结

pcr实验知识点总结PCR(聚合酶链反应)是一种体外扩增DNA片段的技术,由Kary Mullis在1983年发明。

自那时以来,这项技术已成为分子生物学、遗传学、医学和法医学等领域的基础工具。

以下是关于PCR实验的知识点总结。

一、PCR原理PCR的原理是利用DNA聚合酶对DNA进行复制的过程。

通过循环加热和冷却的过程,将目标DNA序列扩增到数百万份甚至数十亿份。

每个循环包括三个步骤:变性、退火和延伸。

二、PCR所需材料与设备1. 材料:模板DNA、引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶、缓冲液等。

2. 设备:PCR仪(热循环器)、离心机、电泳设备、凝胶成像系统等。

三、PCR反应体系的建立一个标准的PCR反应体系通常包含以下成分:- 模板DNA:10-100 ng- 正向引物和反向引物:各0.5-2 μM- dNTPs:每种200 μM- 缓冲液:1X- Taq DNA聚合酶:1.5-2 U- 无菌水:补足至总体积20-50 μL四、PCR反应条件设置1. 变性:94℃,1-3分钟2. 退火:根据引物Tm值设定,一般为55-65℃,持续时间15-30秒3. 延伸:72℃,持续时间1-2分钟4. 循环次数:通常为25-35次五、PCR产物分析1. 凝胶电泳:是最常用的PCR产物分析方法,可以直观地观察PCR产物的大小和数量。

2. 克隆和测序:对于需要进一步研究的PCR产物,可以通过克隆和测序来确定其精确序列。

六、PCR的应用1. 遗传病诊断:如地中海贫血、囊性纤维化等遗传病的基因诊断。

2. 法医鉴定:如亲子鉴定、个体识别等。

3. 病原体检测:如HIV、乙肝病毒、新冠病毒等的检测。

4. 肿瘤基因检测:如BRCA1/2突变的检测。

5. 生物科技研究:如基因克隆、基因表达分析等。

七、PCR实验常见问题及解决办法1. 无扩增产物:可能的原因有模板质量差、引物设计不合理、PCR条件不合适等。

可通过优化模板提取、重新设计引物或调整PCR条件来解决。

pcr技术高考知识点

pcr技术高考知识点

pcr技术高考知识点PCR(聚合酶链反应)技术是一种在生物学领域广泛应用的技术,其重要性不言而喻。

下面将从基本原理、步骤、应用领域和发展前景等方面总结PCR技术的高考知识点。

一、基本原理PCR技术利用DNA聚合酶酶和少量的DNA模板,在适宜的温度条件下进行连续的DNA链反应,从而在短时间内扩增目标DNA序列。

其基本原理包括三个步骤:变性、退火和延伸。

1. 变性:将待扩增的DNA样本加热至高温,使其双链DNA解链成两条单链,得到模板DNA。

2. 退火:降温使引物与模板DNA序列互补结合,形成引物-模板复合物。

3. 延伸:在适宜的温度下加入DNA聚合酶和四种核苷酸,使DNA聚合酶沿引物分别向3'端延伸,合成新的DNA链。

二、PCR步骤标准PCR反应通常包括三个步骤:预变性、循环反应和最终延伸。

1. 预变性:在PCR反应开始之前,将反应体系加热到95°C,使所有DNA双链变性。

2. 循环反应:PCR反应周期通常为30~40个循环,每个循环包括三个步骤:变性、退火和延伸。

这些循环依次进行,逐渐扩增目标DNA 序列。

3. 最终延伸:在最后一个循环的最后,将反应体系保持在延伸温度下一段时间,以确保所有未完成的DNA链都得到完全延伸。

三、PCR应用领域PCR技术在生物学和医学研究中有着广泛的应用。

以下是几个常见的应用领域:1. 基因检测:PCR技术可用于检测特定基因的突变、拷贝数变异和染色体重排等。

例如,PCR可以用于检测遗传病、癌症和传染病等。

2. DNA克隆:PCR技术可用于快速扩增DNA片段,为DNA克隆提供模板。

通过PCR技术,科学家可以扩增特定的基因片段,从而进行进一步的研究。

3. DNA测序:PCR技术可用于扩增需要测序的DNA片段,从而提供足够的DNA模板。

这样,科学家可以对该DNA片段进行测序,以研究其碱基序列。

4. DNA指纹:PCR技术可用于DNA指纹分析,用于刑事侦查、亲子鉴定和个体识别等。

pcr考试知识点总结

pcr考试知识点总结

pcr考试知识点总结PCR技术的应用非常广泛,它可以用于DNA克隆、基因突变检测、病毒检测、DNA指纹分析、基因组学研究等领域。

由于PCR技术的灵敏度高、特异度强、操作简单易行,因此在科学研究、医学诊断和法医领域有着广泛的应用。

下面我们来总结一下PCR技术的知识点,包括PCR的基本原理、PCR反应体系、PCR试剂与仪器、PCR扩增条件优化、PCR产品分析与检测等方面。

一、PCR技术的基本原理PCR技术是通过不断重复进行核酸的复制,从而实现对特定DNA序列的扩增。

具体的步骤如下:1. 双链DNA的变性(Denaturation):将双链DNA在高温条件下变性为两条单链DNA。

2. 引物结合(Annealing):将引物与单链DNA互相结合形成引物-DNA复合物。

3. DNA合成(Extension):在酶的作用下,引物向DNA模板进行延伸合成新的DNA链。

通过以上三个步骤的重复,就可以逐步合成出大量的特定DNA序列。

PCR技术的基本原理就是依靠这种不断重复的核酸合成,来扩增特定的DNA片段。

二、PCR反应体系PCR反应的体系是非常重要的,它直接影响到PCR反应的效果。

PCR反应体系一般包括以下几个关键组成部分:DNA模板、引物、dNTPs、聚合酶、缓冲液和辅助剂等。

1. DNA模板:PCR反应最基本的前提条件是要有一段目标DNA序列的模板。

DNA模板可以来源于各种不同的样品,包括基因组DNA、cDNA、质粒DNA等。

2. 引物:引物是PCR反应中非常重要的组成部分,它决定了PCR反应扩增的目标序列。

引物通常由20-30个核苷酸组成,要求引物的序列与目标DNA的两个末端相互互补。

3. dNTPs:dNTPs是DNA聚合酶在反应中合成DNA所必需的四种核苷酸单元,即脱氧核苷三磷酸腺苷(dATP)、脱氧核苷三磷酸鸟苷(dGTP)、脱氧核苷三磷酸胸苷(dCTP)和脱氧核苷三磷酸胸苷(dTTP)。

4. 聚合酶:PCR反应中所需的聚合酶主要是DNA聚合酶,它是一个酶的混合物,可以在一定温度下将dNTPs与引物结合,从而合成新的DNA链。

PCR具体操作时用

PCR具体操作时用

PCR具体操作时用引言PCR(Polymerase Chain Reaction)即聚合酶链反应,是一种在生物学和分子生物学研究中常用的实验技术,用于扩增特定DNA片段。

PCR具有高灵敏度、高特异性和广泛的应用领域,因此在基因工程、医学诊断、生物学研究等领域发挥着重要作用。

本文将介绍PCR具体操作时常用的试剂和设备,以及操作步骤和注意事项。

试剂和设备试剂•DNA模板:需要扩增的DNA片段的起始材料。

•增值引物(Primers):针对待扩增片段的两个段位特异性引物。

•dNTPs:脱氧核苷三磷酸,为PCR过程提供扩增所需的四种脱氧核苷酸。

•缓冲液:提供适宜的酶活性环境,保持pH的稳定和缓冲能力。

•DNA聚合酶(Taq酶):常用的DNA聚合酶,能耐高温。

设备•PCR仪:用于控制反应液的温度和时间。

•离心机:用于离心反应液和分离沉淀物。

•电泳仪:用于电泳分离扩增产物。

操作步骤1.准备反应液根据PCR所需物质的浓度和体积计算,将DNA模板、引物、dNTPs、缓冲液和聚合酶按比例加入一条无菌试管中,形成PCR反应液。

2.加热将PCR反应液放入PCR仪中,按照设定的程序进行加热。

一般来说,PCR反应需要经历以下几个温度环节:变性、退火和延伸。

3.循环根据所需扩增序列的长度和反应条件,将PCR循环进行多次。

每一次循环包括温度的升高和降低。

4.检测扩增产物取出PCR反应液,通过电泳将反应液中的扩增产物进行分离。

利用染料染色或其他检测方法,观察分离出的扩增产物,并进行分析和测定。

注意事项1.实验条件和参数要准确,包括反应体系的组成、引物浓度、温度和时间的控制等。

2.手术无菌操作,防止污染物污染反应液。

3.DNA模板应纯净,避免引入其他杂质。

4.引物的设计要合理,能够选择性扩增所需片段。

5.扩增产物要进行正确的电泳和检测,确保准确性和可靠性。

结论PCR是一项广泛应用于生物学研究的重要技术。

它在医学、遗传学、生物工程等领域发挥着重要作用。

PCR技术基础知识

PCR技术基础知识

反应体系-主要成分
TAQ DNA聚合酶: 一种热稳定的DNA聚合酶,耐高温,94℃保持1H,仍有50%以上活性
5’ → 3’聚合酶活性 5’ → 3’核酸外切酶活性 酶浓度高,易产生非特异性扩增;酶浓度低,导致扩增效率低,产 物量少
反应体系-主要成分
引物:人工合成的寡核苷酸序列,通常有两条 功能:作为核苷酸聚合过程的起始点,TaqDNA聚合酶可由其3’端 开始合成新的核酸链 探针:人工合成的一段寡核苷酸序列,与目的基因两条链中的其中 一条链的部分序列互补,qPCR中,探针序列两端标记有荧光染料 引物探针序列决定反应的特异性,浓度影响反应特异性,引物长度、 碱基组成决定反应的退火温度
半保留复制
DNA在进行复制的时候链间氢键断裂,双链解旋分开 •每条链作为模板在其上合成互补链,经过一系列酶(DNA聚合 酶、解旋酶、链接酶等)的作用生成两个新的DNA双螺旋结构 •子代DNA双螺旋结构中的一条链来自亲代DNA,另一条链是:
•DNA保存于pH8.0的TE溶 液中
•变性:模板DNA或经PCR扩增形成的DNA经加热至94℃左右一定时间后, 双链之间氢键断裂,双股螺旋解链,变成两条单链 •退火(复性):DNA加热变性成单链后,当温度降至一定程度(55℃左右) 时,引物即与模板DNA单链的互补序列配对结合 •延伸:在TaqDNA聚合酶的作用下,DNA模板上的引物以dNTP为原料, 按A-T、C-G碱基配对与半保留复制原则,合成一条新的与模板DNA链互补 的链
核酸的化学组成与结构
•核苷酸的碱基有5种:A,G,C,T,U •DNA:由A,G,C,T构成,呈规则的双螺旋结构 •RNA:由A,G,C,U构成,呈单链结构
核苷酸的碱基互补配对原则
DNA双链的碱基之间通过氢键形成一一对应关系 •A==T(U)互补配对,G===C互补配对 •温度升高,可以使碱基之间的氢键断裂,DNA双链分离成单链 •温度降低,碱基之间可重新配对相连,形成DNA双链;

PCR技术知识点概括1

PCR技术知识点概括1

PCR(聚合酶链式反应)DNA聚合酶,dNTPs,Mg2+和合适的PH缓冲液存在条件下延申引物模板dna ——94℃变性五分钟——55℃退火70℃引物延申——模板变性退火——延申一.PCR重要特征:扩增产物片段大小由两个引物与模板的结合位点决定;经过PCR扩增后,产物以指数级增加,可达到目的片段扩增的目的二.PCR反应五要素:核酸模板,引物,DNA聚合酶,dNTP,Mg2+,缓冲液三.核酸模板1.可以是DNA或RNA为模板对靶向序列进行PCR扩增【RNA:在PCR之前先性逆转录为cDNA】2.PCR对制品的要求不高,可以是粗制品,但是核酸制品中不含任何蛋白酶,核酸酶,DNA 聚合酶抑制剂以及能结合DNA的蛋白3.PCR一般加入102-105拷贝的靶序列4.扩增不同拷贝数的序列时,加入的含靶序列的DNA量不同5.对于大分子量的模板DNA,在扩增前最好先机械剪切或限制性酶消化6.闭合环状质粒做模板时,最好先线性化处理,以提高扩增效率四,引物1.引物是PCR特异性的关键,PCR产物的特异性取决于引物和模板DNA的互补程度。

理论上,只要知道任意DNA模板序列,就能设计互补的寡核苷酸链做引物。

2.利用PCR可将模板DNA在体外进行大量扩增,PCR的特异性由一堆上下游引物所决定3.PCR引物设计的基本原则:最大限度提高扩增效率和特异性;尽可能抑制非特异性扩增4.设计引物应当遵循的原则:【1】引物长度(15-30bp),不宜过长或过短,常用20bp左右【2】引物扩增跨度:以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段【3】引物碱基G+C的含量:以40-60%为宜,G+C含量太少扩增效果不佳,G+C含量过多易出现非特异性条带【4】碱基分布:ATGC最好随机分布,避免嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列【5】引物自身及引物之间不应存在互补序列(避免引物内部出现二级结构,避免3‘端互补形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带)【6】引物3’端的碱基,末端碱基应该严格配对,以避免末端碱基不配对而PCR失败【7】引物5‘端不严格,可以修饰【9】引物的特异性【10】引物量。

PCR基本知识

PCR基本知识

PCR一.PCR1.原理技术原理DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链,通过温度变化控制DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。

工作原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR由变性--退火(复性)--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至90~95℃一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至50~60℃,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在DNA聚合酶的作用下,于70~75℃,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。

每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

2.反应五要素参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+(1)引物设计A.引物:引物是PCR特异性反应的关键,PCR产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。

理论上,只要知道任何一段模板DNA序列,就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。

B.引物应遵守以下原则①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。

(引物长度一般在15~30碱基之间)②引物扩增跨度:以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。

③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。

ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列(G+C 含量在40%~60%之间,碱基要随机分布).④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3'端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带。

生物高考知识点pcr

生物高考知识点pcr

生物高考知识点pcrPCR(聚合酶链反应)是一种重要的生物技术手段,广泛应用于生物学、医学等领域。

本文将从PCR的原理、步骤、应用以及未来发展等方面进行论述。

一、PCR的原理PCR是一种体外的DNA扩增技术,通过合成DNA引物和DNA聚合酶的作用,使得目标DNA在体外进行连续的复制,从而快速产生大量目标DNA。

二、PCR的步骤1. 反应体系的配制:PCR反应需要DNA模板、引物、核苷酸、缓冲液和DNA聚合酶等组成的反应体系。

2. Denaturation(变性):将反应体系加热至90-95摄氏度,使DNA双链解开成为两条单链。

3. Annealing(退火):将反应体系温度降低至50-65摄氏度,使引物与目标DNA序列互相结合。

4. Extension(延伸):将反应体系温度回升至72摄氏度,DNA聚合酶沿着引物开始复制目标DNA序列。

5. 循环反应:通过循环反复进行变性、退火和延伸,每一轮循环都会产生两倍数量的目标DNA。

三、PCR的应用1. 分子诊断:PCR可以检测病原体的存在,如检测病毒、细菌等致病微生物,对疾病的早期诊断具有重要意义。

2. DNA指纹鉴定:PCR可以扩增DNA片段,通过比较不同个体的DNA带型,进行个体识别、亲子鉴定等方面的应用。

3. 基因工程:PCR可以扩增目标基因,从而进行基因克隆、基因表达、基因敲除等研究。

4. 古生物学研究:PCR可以从古生物化石中提取DNA,对古代生物进行鉴定和研究,揭示生物进化和地球历史。

四、PCR的发展趋势1. 实时定量PCR:利用荧光标记的探针实时监测PCR反应过程,可以实现定量检测和动态分析。

2. 微流控PCR:利用微流控芯片技术,将PCR反应在微型通道中进行,实现PCR的自动化、高通量和快速检测。

3. 数字PCR:通过稀释DNA模板,使每个液滴只包含一个DNA 分子,实现PCR反应的数目计数和精确定量。

4. 多重PCR:同时扩增多个目标序列,提高实验效率和节省样本。

PCR有关知识

PCR有关知识

[1] PCR引物设计的原则引物设计有3 条基本原则:首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。

具体实现这3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length),产物长度(product length),序列Tm 值(melting temperature),引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用∆G 值反映),形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构(duplex formation and hairpin)的能值,在错配位点(false priming site)的引发效率,引物及产物的GC 含量(composition),等等。

必要时还需对引物进行修饰,如增加限制性内切酶位点,引进突变等。

根据有关参考资料和笔者在实践中的总结,引物设计应注意如下要点:1.引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应[2]。

2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错配。

引物3’端出现3 个以上的连续碱基,如GGG 或CCC,也会使错误引发机率增加[2]。

3. 引物3’端的末位碱基对Taq 酶的DNA 合成效率有较大的影响。

不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A 的错配效率明显高于其他3 个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。

另外,引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。

5’端序列对PCR 影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。

4. 引物序列的GC 含量一般为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。

上下游引物的GC含量不能相差太大[2][5]。

PCR程序设计相关知识.doc

PCR程序设计相关知识.doc

基本PCR引物设计参数引物设计的目的是在两个目标间取得平衡:扩增特异性和扩增效率。

特异性是指发生错误引发的频率。

特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的PCR扩增子,在EB染色的琼脂糖凝胶上可见到;引物效率是指在每一PCR循环中一对引物扩增的产物与理论上成倍增长量的接近程度。

①引物长度;特异性一般通过引物长度和退火温度控制。

如果PCR的退火温度设置在近于引物Tm值(引物/模板双链体的解链温度)几度的范围内,18到24个碱基的寡核苷酸链是有很好的序列特异性的。

引物越长,扩增退火时被引发的模板越少。

为优化PCR反应,使用确保溶解温度不低于54℃的最短的引物,可获得最好的效率和特异性。

总的来说,最好在特异性允许的范围内寻求安全性。

每增加一个核苷酸,引物特异性提高4倍;这样,大多数应用的最短引物长度为18个核苷酸。

引物设计时使合成的寡核苷酸链(18~24聚物)适用于多种实验条件仍不失为明智之举。

②引物的二级结构包括引物自身二聚体、发卡结构、引物间二聚体等。

这些因素会影响引物和模板的结合从而影响引物效率。

对于引物的3’末端形成的二聚体,应控制其ΔG大于- 5.0kcal/mol或少于三个连续的碱基互补,因为此种情形的引物二聚体有进一步形成更稳定结构的可能性,引物中间或5’端的要求可适当放宽。

引物自身形成的发卡结构,也以3’端或近3’端对引物-模板结合影响更大;影响发卡结构的稳定性的因素除了碱基互补配对的键能之外,与茎环结构形式亦有很大的关系。

应尽量避免3’末端有发卡结构的引物。

③引物GC含量和Tm值PCR引物应该保持合理的GC含量。

含有50%的G+C的20个碱基的寡核苷酸链的Tm值大概在56~62℃范围内,这可为有效退火提供足够热度。

一对引物的GC含量和Tm值应该协调。

协调性差的引物对的效率和特异性都较差,因为降低了Tm值导致特异性的丧失。

这种情况下引物Tm值越高,其错误引发的机率也越大。

若采用太高的退火温度,Tm值低的引物对可能完全不发挥作用。

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1.半定量RT-PCR(实验室所做的普通PCR)与荧光定量Real-time PCR 最大的区别就在于semi-PCR需要跑电泳根据条带亮度的强弱来
判断模板拷贝数的高低或者是表达量的高低而Real-Time PCR则无需电泳可以实时监测整个PCR的全程并且由给出的Ct值及Standard Curve来判断gene拷贝数的高低。

所以由上可见semi-PCR不如Real-Time PCR精确。

至于RT 应该指Reverse Transcription。

为了便于区分我们更偏好使用qPCR来特指Real-Time PCR
但要注意REALTIME-PCR的定性问题,有时候你扩增出来的很有可能只是引物二聚体。

所以要利用MELTING CURVE,如果是第一次做一个目的基因的REALTIME-PCR,还是要在2%的琼脂糖凝胶中进行电泳,以确定与你要扩增的目的基因大小一致。

RT-pcr 只能通过模板pcr后扩增的结果间接的反应初始模板的量。

而realtime-pcr的结果直接可以看到初始模板的量。

所以,realitime-pcr更精确些。

半定量反转录-聚合酶链反应(semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR)是近年来常用的一种简捷、特异的定量RNA测定方法,通过mRNA反转录成cDNA,再进行PCR扩增,并测定PCR产物的数量,可以
推测样品中特异mRNA的相对数量。

以半定量RT-PCR为基础建立起来的mRNA含量测定技术,较含内标化的RT-PCR定量测定的mRNA的方法更为简便可行。

这种方法不另设‘内标准',排除了俩对不同引物之间的相互抑制和灵敏读差异,而且具有明显的剂量-效益关系和良好的重复性。

步骤:
1.抽提RNA,
2.反转录获得cDNA,
3.以cDNA为模板做PCR
注意:
步骤1,RNA抽提质量一定要好,注意污染。

内参的选择,常用的有βactin和GAPDH俩中。

步骤3,半定量RT-PCR应该再两管中进行,既内参和目的基因各一管,这样便于控制,做图的时候可以放在一各泳道里跑!指数期和平台期一定要摸清楚!
2.在RT时,引物设计有3种方法即a:Random 9mers;b:Oligo dT-Adaptor Primer(实验室用这种方法);和c:特异的下游引物。

如果用a和b方法,是扩增的所有的cDNA(理论上),还要用此产物做PCR 的模板继续扩增。

如果用c方法,那么要去哪里查它的序列呢?
3. RT-PCR内参照可以在一个管子里做(那样也是图好看一些),最好分开两管,把除了引物之外的mixture统一配,拍照后,算目的基因和内参的比值,这就是基因表达的相对浓度。

4.注意事项
a、半定量和定量RT-PCR做的都是基因相对表达量,不是绝对表达量,除非你能准确知道来自多少细胞,但是细胞还有死的呢。

b、以电泳为基础的半定量RT-PCR本身是不可信的,作为实验的粗筛是可以的,但不能作为最终结果的,
c、半定量RT-PCR应该在两管中进行,除非内参基因和目的基因表达相同,长度差不多,GC含量相似,或者实在穷的要省PCR管和taq。

d 关于平台期和线性期的问题,实际上线性期是指数期,只不过碰巧2的幂和2的倍数是相同的。

最好选线性期的开始阶段,但是要在你的凝胶成像分辨范围内,所以选一个这两种的契合点
5. 在所有RNA实验中,最关键的因素是分离得到全长的RNA。

而实验失败的主要原因是核糖核酸酶(RNA酶)的污染。

由于RNA酶广泛存在而稳定,一般反应不需要辅助因子。

6. 我做RT-PCR时,提总RNA时,都是用灭菌DEPC水,按1:100稀释后测OD260和OD280,后根据公式:RNA浓度=OD260*稀释度/25(ug/ul),后用1mg total RNA分离mRNA.做逆转录及PCR,效果很好.
7. 我有一个问题请教,RT-PCR要求模板RNA的260nm/280nm的比值最低为多少,如果太低是不是会影响结果?
最低到1.8,最好2.0,我感觉稍微低一点影响不算太大。

8.我是RT-PCR的新手,想请教引物如何设计?
好的引物所具有的令人满意的特点:
* 典型的引物18到24个核苷长。

引物需要足够长,保证序列独特性,并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。

但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。

较长的序列可能会与错误配对序列杂交,降低了特异性,而且比短序列杂交慢,从而降低了产量。

* 选择GC含量为40%到60%或GC含量反映模板GC含量的引物。

* 设计5‘端和中间区为G或C的引物。

这会增加引物的稳定性和引物同目的序列杂交的稳定性。

* 避免引物对3‘末端存在互补序列,这会形成引物二聚体,抑制扩增。

* 避免3‘末端富含GC。

设计引物时保证在最后5个核苷中含有3个A或T。

* 避免3‘末端的错误配对。

3‘端核苷需要同模板退火以供聚合酶催化延伸。

* 避免存在可能会产生内部二级结构的序列,这会破坏引物退火稳定性。

9. 如何确认RNA的质量
1)检测RNA溶液的吸光度
280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。

一般的,我们只看
OD260/OD280(Ratio,R)。

1.8
2.0时,我们认为RNA中蛋白或者时其他有机物的污染是可以容忍的,不过要注意,当你用Tris作为缓冲液检测吸光度时,R值可能会大于2(一般应该是<2.2的)。

当R<1.8时,溶液中蛋白或者时其他有机物的污染比较明显,你可以根据自己的需要决定这份RNA 的命运。

当R>2.2时,说明RNA已经水解成单核酸了。

如果RNA的量够,可在260nm(A260)用分光光度法测定RNA的得率,1个单位等于40ug/mlssRNA。

纯RNA的A260/A280的比值为2.0。

A260/A230的比值还表明RNA的纯度,其值小于2.0表明裂解液中有亚硫氰胍和belta-。

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