【Y2H操作方法-HXY整理】
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实验步骤说明**:
1. 诱饵质粒pGBKT7-bait的构建
2.诱饵融合蛋白BD-bait对AH109酵母的自激活作用及毒性的检测【重要的前期准备】
3. 人胰腺cDNA文库的滴定和扩增【不用做了,直接用质粒】
4. 转化AH109酵母后转化子(阳性克隆)的筛选【顺序转化或共转化】
5. 蛋白质相互作用的验证【一对一验证】
**
2.诱饵融合蛋白BD-bait对AH109酵母的自激活作用及毒性的检测
2.1 LacZ自激活的检测.
2.2 HIS3自激活的检测
2.3 融合蛋白对酵母菌的毒性检测
4. 文库转化AH109酵母后转化子的筛选
4.1 文库质粒转化pGBKT7-bait/AH109酵母
使用标准的PEG/LiAc转化法将文库质粒转化入已含有pGBKT7-bait质粒的AH109酵母,涂布在SD-Ade-His-Leu-Trp平板上进行重组子筛选
4.2 报告基因ADE2、HIS3和lacZ激活的验证
ADE2、HIS3的激活:酵母能够在SD-Ade-His-Leu-Trp平板生长
LacZ的激活:β-半乳糖苷酶显色反应呈蓝色
4.3 pACT2-cDNA质粒的获取:
①从酵母中抽提质粒,得到pGBKT7-bait和pACT2-cDNA的混合物
②转化E. coli,涂布在含Amp的LB平板上,由于质粒不相容性,转化子中便只含有pACT2-cDNA质粒
③从转化成功的E. coli中抽提出pACT2-cDNA质粒
5. 蛋白质相互作用的验证【一对一验证】
5.1 由于酵母双杂交的假阳性很普遍,所以筛选得到相互作用蛋白的cDNA序列之后,还应将分离出
的各种pACT2-cDNA再次单独转化pGBKT7-bait/AH109酵母,即一对一验证,再次检测它们对报告基因的激活情况,排除假阳性
5.2 将pACT2-cDNA质粒送测序,得到cDNA片段的序列,在NCBI数据库Blast查出其对应的蛋白
质
5.3 另外,还必须分析这些pACT2-cDNA质粒的构建情况。由于商品文库构建的特殊性,要特别关注
这些插入的cDNA片段是否发生了frameshift
5.4 在上述验证都通过的情况下,仍然需要用诸如免疫共沉淀、GST-pull down、细胞共定位等实验来
对这些相互作用来进行验证
公司的这三个操作手册:
相关质粒载体【更多详细信息见质粒图谱】
酵母双杂交系统3的质粒信息
Fusion 表位酵母筛选标记细菌筛选标记
pGBKT7 DNA/bait c-Myc TRP1 kanamycin Control vectors
pCL1 GAL4 LEU2 ampicillin
图2.3 pGBKT7的限制性酶切图谱
pGBKT7的多克隆位点图谱
pCL1质粒图谱
另外附上:文库质粒的载体pACT2 和AD-prey构建的载体pGADT7的信息:
实验所用菌株基因型及其用途
菌株 基因型
用途
E coli DH5α
F-ф80dlacZ △M15 recAl endAl gurA96 thi-1
hsdR17(rk-mk+) supE44 relA1 deoR
△(lacZYA-argF )U169
用于质粒的扩增与转化
AH109
MATa, trp1-901, leu2-3, 112, ura3-52, his3-200, gal4, gal80
LYS2 : : GAL1UAS-GAL1TATA-HIS3, GAL2UAS-GAL2TATA-ADE2, URA3 : : MEL1UAS-MEL1 TATA-lacZ
用于酵母双杂交中的诱饵融合蛋白的宿主菌及酵母双杂交筛选
AH109酵母菌的报告基因:
AH109酵母菌的表型:
培养液和固体培养基
●大肠杆菌培养基及相关试剂 LB 培养基:
蛋白胨 10g 酵母提取物 5g 氯化钠
10g
加蒸馏水至1000mL ,调整pH 到7.0,高温高压灭菌。
固体LB 培养基:在液体LB 培养基中加入琼脂粉至终浓度1.5-2.0%。
配制抗生素培养基时,氨苄青霉素的最终浓度为60μg/mL ,卡那霉素的最终浓度为50μg/mL 。 ●酵母培养基及相关试剂【注意:含有葡萄糖,灭菌时间不要超过20min ,一般15min ,过长时间导致碳
化变黑】
无氨基酸酵母氮源(YNB)为Difco产品;L-Arginine HCl、L-Histidine HCl monohydrate、L-Lysine HCl、L-Uracill购自Sigma;腺嘌呤半硫酸盐(Adenine hemisulfate salt)购自Amresco;其它各种氨基酸均为国产分析纯。
YPD培养液:
蛋白胨 20g
酵母提取物 10g
葡萄糖 20g
加水至1000mL,调pH5.8,高温高压灭菌。
YPDA培养液:在1L YPD培养基中加入15ml 0.2%腺嘌呤半硫酸盐至终浓度为0.003%,调pH5.8,灭菌
0.2%腺嘌呤半硫酸盐配方:0.4387g Ademin Sulfate 溶于200ml ddH2O 过滤灭菌,4℃保存
固体YPDA培养基:YPDA培养液中加入琼脂粉至浓度为2.0%。
10×省却成分培养基(简称10×DO培养基):
按照下表的配方分别配制:
一缺10×DO:10×DO/-Trp,10×DO/-Leu
二缺10×DO:10×DO/-Trp/-His,10×DO/-Leu/-Trp
三缺10×DO:10×DO/-Trp/-Leu/-His
四缺10×DO:10×DO/-Trp/-Leu/-His/-Ade
各种氨基酸在10×DO溶液中的浓度(按需要省去部分氨基酸)
氨基酸10×浓度
L-Adenine hemisulfate salt 200 mg/L
L-Arginine HCl 200 mg/L
L-Histidine HCl monohydrate 200 mg/L
L-Isoleucine 300 mg/L
L-Leucine 1000 mg/L
L-Lysine HCl 300 mg/L
L-Methionine 200 mg/L
L-Phenylalanine 500 mg/L
L-Threonine 2000 mg/L
L-Tryptophan 200 mg/L
L-Tyrosine 300 mg/L
L-Uracil 200 mg/L
L-Valine 1500 mg/L
完全极限培养基(亦称缺陷型培养基、选择性压力培养基):
YNB 6.7g
10×DO 100ML
Glucose 20g
加水至1000mL,
调pH5.8,灭菌。
固体培养基:上述液体培养基加入琼脂粉至浓度2%。
酵母转化试剂【化学法转化】
10×TE缓冲液: 0.1M Tris-HCl,10mM EDTA (pH 7.5),高压灭菌。