蛋白质质谱 - 丁香园—医学药学生命科学专业网站
蛋白质谱
一、苏州普泰生物技术有限公司4. 我需要用什麽样的胶跑电泳?很多种聚丙烯酰胺凝胶与MS分析兼容，包括传统的Tris-Glycine凝胶，或市面上许多品牌的预制凝胶如Novax NuPAGE Bis-Tris，Tris-Acetate凝胶。
在蛋白质鉴定中，我们还没有观察到不同比例的一个凝胶或梯度凝胶，或不同厚度的一个凝胶导致的显著影响。
尽管如此，根据我们的经验我们还是建议不要使用Tricine凝胶进行蛋白质鉴定。
5. 我需要用什麽样的染色方法?凝胶可以用许多不同的染色方法染色，包括考马斯蓝染色，胶体考马斯染色，铜染色，锌染色，荧光染料染色和银染色。
传统的银染不兼容质谱分析，但一些修改的银染色程序，消除了以感光剂为主的glutaldehyde的使用，被认为更兼容MS分析。
有几种商业银染色包声称与MS兼容。
但是根据我们的经验，等量的蛋白质，胶回收时使用所谓与MS兼容的银染染色的胶带中肽的产量还是要比用胶体考马斯染色的胶带的产量低。
虽然我们接受银染凝胶样品，我们还是建议我们的客户尽量使用胶体考马斯染色，铜染色，锌染色方法以纯化足够的蛋白质样品（检测最低限量为ng），而且使用银染时想要提纯更多的蛋白质太难了。
从长远来看，优化纯化过程的收益往往是很大的，可以大大提高鉴定的成功率，得到一个高可信度的蛋白质鉴定结果，而且这些经验对以后的工作也很重要。
此外，请小心以避免在此步骤中样品被污染。
直接用手接触、使用脏的容器或者被污染了的试剂都将可能导致鉴定的失败！6. 如何切割蛋白质胶带?从凝胶中切割出蛋白条带时千万要十分小心！第一，采取一切预防措施，以避免用手或任何有可能被污染的表面直接接触到凝胶体，如灯箱、刀片或使用过的容器。
您需要戴上干净的手套，将胶体放置在灯箱下的干净塑料薄膜上（如Sara Wrap ），并使用干净的刀片和凝胶容器。
请记住，即使是极小块的人体皮肤也可能含有比凝胶带上蛋白质量高出数百倍的角蛋白。
第二，切出来的凝胶切片的大小应接近该蛋白带的大小。
蛋白质质谱鉴定方法
蛋白质质谱鉴定是通过质谱技术对蛋白质进行鉴定和定量的方法。
下面是常见的蛋白质质谱鉴定方法的概述：1. 蛋白质分离：凝胶电泳： 将蛋白质样品在聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳，根据蛋白质的分子量进行分离。
液相色谱： 使用高效液相色谱（HPLC）等技术，通过柱子将蛋白质进行分离。
2. 质谱分析：质谱仪器： 使用质谱仪器，常见的包括飞行时间质谱（TOF-MS）、离子阱质谱（Ion Trap MS）、四极杆质谱（Quadrupole MS）、串联质谱（LC-MS/MS）等。
蛋白质消化： 将蛋白质样品通过酶消化，产生肽段，通常使用胰蛋白酶进行消化。
质谱碎片分析： 通过质谱仪器对产生的肽段进行碎片分析，获取肽段的质谱图谱。
3. 数据库比对：搜索引擎： 使用蛋白质数据库搜索引擎，比对实验得到的质谱图谱与已知蛋白质数据库中的蛋白质序列。
蛋白鉴定算法： 常见的蛋白鉴定算法包括Mascot、Sequest、MaxQuant、ProteinPilot等。
4. 蛋白定量：标记法： 使用同位素标记技术，如蛋白质标记物（iTRAQ）或肽段标记物（TMT）等，进行定量分析。
无标记法： 使用无标记的质谱方法，如SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）。
5. 生物信息学分析：功能注释： 对鉴定出的蛋白质进行生物信息学分析，包括功能注释、通路分析等。
亚细胞定位： 预测蛋白质的亚细胞定位，了解蛋白质在细胞中的位置。
蛋白质质谱鉴定方法的发展使得研究者能够更全面地了解蛋白质的组成、结构和功能，对于生物学研究、疾病诊断和药物研发等领域具有重要的应用价值。
蛋白的质谱鉴定
百泰派克生物科技
蛋白的质谱鉴定
对蛋白质进行鉴定主要包括对其相对分子质量、等电点、空间结构、氨基酸序列、蛋白质含量、翻译后修饰类型及修饰位点等进行鉴定。
蛋白的质谱鉴定就是利用质谱技术进行蛋白质鉴定，质谱技术以其极高的灵敏度和对结果的快速获得已成为蛋白质鉴定分析的关键技术。
随着生物质谱技术的快速发展，目前鉴定蛋白的质谱技术也不断改进，涌现出多种质谱技术，如基质辅助激光解吸电离质谱（MALDI）和电喷雾离子化质谱（ESI）等。
此外质谱技术还可以与其他技术串联使用，即串联质谱技术（MS/MS）。
串联质谱技术在阐明蛋白质结构方面起着非常重要的作用，如三级四级质谱、飞行时间质谱和四级离子肼质谱就是目前应用最广泛的串联质谱技术。
百泰派克生物科技使用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术，提供高效精准的蛋白质谱鉴定服务，能够对蛋白质提取物、SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点、pull-down及Co-IP等样品中的蛋白质进行鉴定，欢迎免费咨询。
质谱检测蛋白降解
质谱检测蛋白降解
蛋白降解是指蛋白质在结构上不完整了，如蛋白质四级结构散开为三级结构和蛋白质一级结构断开等情况。
质谱检测蛋白降解，一般是指利用质谱技术检测蛋白质一级结构降解的情况。
百泰派克生物科技提供质谱检测蛋白质一级结构降解情况的服务。
蛋白降解
细胞内蛋白质的水平不仅取决于蛋白质的合成速率，还取决于蛋白质的降解速率。
细胞内蛋白质的半衰期变化很大，从几分钟到几天不等，蛋白质降解的不同速率是细胞调节的重要方面。
蛋白质降解可发生在细胞内或细胞外。
蛋白质水解属于蛋白质降解。
在食物的消化过程中，消化酶可能被释放到环境中进行细胞外消化，通过蛋白水解将蛋白质分解成更小的肽和氨基酸，以便它们可以被吸收和使用。
在未经催化的情况下，肽键的水解非常缓慢，需要数百年的时间。
蛋白水解通常由称为蛋白酶的细胞酶催化，但也可能通过分子内消化而发生。
低pH值或高温也会导致蛋白非酶水解。
质谱检测蛋白降解。
质谱检测蛋白降解
质谱检测蛋白降解可以用于蛋白质结构的研究，可以用于蛋白质功能的研究，也可以用于蛋白质产品的质控等。
质谱检测蛋白质的降解可以通过测定蛋白质的分子量
或者蛋白质的序列等信息来对蛋白质是否发生了降解，以及在何处发生了降解等情况进行判定。
蛋白质质谱的分析
蛋白质质谱的分析蛋白质是生物体中含量最高，功能最重要的生物大分子，存在于所有生物细胞，约占细胞干重质量的50%以上。
随着生命科学及生物技术的迅速发展，生物质谱目前已成为有机质谱中最活跃，最富生命力的前沿研究领域之一。
本文简要综述了肽和蛋白质等生物大分子质谱分析的特点，方法及蛋白质质谱分析的原理，方式和应用，并对其发展前景作出展望。
1 质谱分析的特点与方法1.1 质谱分析具有很高的灵敏度，能为亚微克级试样提供信息，能最有效地与色谱联用，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
1.2 质谱分析的方法质谱分析的软电离技术主要有下列几种：（1）电喷雾电离质谱；（2）基质辅助激光解吸电离质谱；（3）快原子轰击质谱；（4）离子喷雾电离质谱；（5）大气压电离质谱。
以前三种近年来研究最多，应用也最广泛。
2 蛋白质的质谱分析2.1 蛋白质的质谱分析原理原理是通过电离源将蛋白质分子转化为气相离子，然后利用质谱分析仪的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（M/Z值）的蛋白质离子分开来，经过离子检测器收集分离的离子，确定离子的M/Z值，分析鉴定未知蛋白质。
2.2 蛋白质和肽的序列分析现有的肽和蛋白质测序方法包括N末端序列测定的化学方法Edman法、C末端酶解方法、C末端化学降解法等，这些方法都存在一些缺陷。
在这种背景下，质谱由于很高的灵敏度、准确性、易操作性、快速性及很好的普适性而倍受科学家的广泛注意。
在质谱测序中，灵敏度及准确性随分子量增大有明显降低，所以肽的序列分析比蛋白质容易很多。
近年来随着电喷雾电离质谱（ESI）及基质辅助激光解吸质谱（MALDI）等质谱软电离技术的发展与完善，极性肽分子的分析成为可能，检测限下降到fmol级别，可测定分子量范围则高达100000Da，目前基质辅助的激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI TOP MS）已成为测定生物大分子尤其是蛋白质．多肽分子量和一级结构的有效工具，也是当今生命科学领域中重大课题――蛋白质研究所必不可缺的关键技术之一，目前在欧洲分子生物实验室（EMBL）及美国、瑞士等国的一些高校已建立了MALDI TOP MS蛋白质一级结构（序列）谱库，能为解析FAST谱图提供极大的帮助，并为确证分析结果提供可靠的依据。
蛋白质分析技术之质谱法
蛋白质分析技术之质谱法蛋白质是生物体内最为重要的有机大分子，既是构成细胞组织的基本单位，也是参与细胞代谢的重要分子。
而被称为“生命之光”的DNA也仅仅是蛋白质的编码者。
因此，全面了解蛋白质结构和功能对于深入理解细胞运作以及生命科学的研究都有着重要的作用。
而质谱法则是一种非常重要的蛋白质分析技术。
质谱法是一个非常灵敏、快速、高分辨率的蛋白质分析技术。
通过将样品通过质量分析器，分离样品中的离子，获得不同质量的信号，进而对分子进行分析。
质谱法对于蛋白质的结构分析、动态过程分析以及定量分析都有着非常重要的作用。
本文将从以下三个方面对质谱法进行深入讲解：一、质谱法基础质谱法有很多种不同的分析方法，比如MALDI-TOF、ESI-MS、Q-TOF等。
这些不同的质谱法对应着不同的离子化方式、分离模式和检测方式，都有各自的优缺点。
但无论哪种方法，都有一些基本的操作流程。
在质谱分析中，最根本的就是质量分析。
该过程要求先要将样品中的分子离子化，然后进行分离和检测。
常见的离子化方式有电子喷射（EI）、化学离子化（CI）、电喷雾（ESI）和基质辅助激光解吸飞行时间质谱（MALDI-TOF）。
此外，质量分析器也有不同的类型，先进的FTICR（傅立叶转换离子回旋共振质谱仪）可以对不同的离子进行分析，从而获得对应的质量谱峰。
二、蛋白质质谱分析质谱技术对于研究蛋白质分析十分重要。
具有相同分子量的蛋白质因为其各自的氨基酸组成不同而形成不同的质谱图。
通过质谱技术能够获得蛋白质分解物、多肽、蛋白质的修饰、蛋白质结构以及可解析计算蛋白质分子量。
相比于传统的蛋白质分析技术来说，质谱法的高灵敏度、高效率使得人们能够从低浓度的复杂蛋白质样品中分析出较小的蛋白质分子，拓宽了分析范围，获得了更多重要分析信息。
相对于其他的质谱分析方法，MALDI-TOF和ESI-MS技术在确定多肽组成和质量等信息方面表现出较大的区别。
基于MALDI-TOF的分析技术，样品的制备过程较为简单，允许大分子物质直接在样品板上进行脱离，加速了整个分析过程。
蛋白质谱检测方法简介：了解蛋白质谱的基本原理
蛋白质谱检测方法简介：了解蛋白质谱的基本原理蛋白质谱检测是生物制品领域的重要技术之一。
本文将详细介绍蛋白质谱检测的基本原理、常见的检测方法以及在研究和医学领域中的应用。
通过了解蛋白质谱检测，我们可以更好地理解蛋白质的结构和功能，为生物制品的研发和治疗提供科学依据。
蛋白质是生物体中至关重要的分子，其结构和功能对于生命活动具有重要影响。
蛋白质谱检测作为一种先进的分析技术，为我们提供了深入了解蛋白质的工具。
它不仅可以帮助我们鉴定和定量蛋白质样品，还可以揭示蛋白质的结构、修饰和相互作用等信息。
本文将介绍蛋白质谱检测的基本原理、常见的检测方法以及在生物制品领域的应用前景。
一、蛋白质谱检测的基本原理：蛋白质谱检测基于质谱技术，通过分析蛋白质样品中的离子特征来获取蛋白质的结构和组成信息。
其基本原理包括以下步骤：1. 样品制备：将蛋白质样品进行裂解和纯化，以获得纯净的蛋白质样本。
2. 质谱分析：利用质谱仪器将蛋白质样品中的离子分离并检测，生成质谱图谱。
3. 数据解析：通过与数据库中的已知蛋白质进行比对和分析，确定样品中的蛋白质成分。
图1。
二、常见的蛋白质谱检测方法：1. 质谱仪器：包括质谱质量分析仪（MS）和液相色谱（LC）等仪器，用于离子化、分离和检测蛋白质样品。
2. 质谱图谱分析：包括基于串联质谱（MS/MS）的谱图库搜索、蛋白质定量和修饰分析等方法，用于解析质谱数据和鉴定蛋白质。
三、蛋白质谱检测的应用前景：1. 生物制品开发：蛋白质谱检测在生物制品的研发过程中起着重要作用，可以帮助鉴定和验证蛋白质产品的纯度、结构和功能。
2. 生物标志物鉴定：通过蛋白质谱检测，可以发现与特定疾病相关的生物标志物，为早期诊断和治疗提供依据。
3. 药物代谢研究：蛋白质谱检测可用于研究药物在体内的代谢过程，揭示药物的药代动力学和药效学特征。
蛋白质谱检测作为一种强大而重要的技术，在生物制品领域发挥着不可替代的作用。
通过了解蛋白质谱检测的基本原理和常见方法，我们可以更好地理解蛋白质的结构和功能，为生物制品的研发和治疗提供科学依据。
详解蛋白质质谱鉴定技术原理和方法
详解蛋白质质谱鉴定技术原理和方法质谱分析技术有着高灵敏度，高精准度等特点，能够准确快速地鉴定蛋白质。
传统的质谱技术仅限于小分析物质的分析，随着新的离子化技术的出现和发展，如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）和电喷雾电离质谱（ESI-MS）等，为准确快速鉴定蛋白质等大分子提供了便捷的条件。
目前，酶切蛋白质，液相色谱分离肽段，串联质谱分析多肽氨基酸序列，联合质谱数据分析已成为了鉴定蛋白质的首选方案。
本文主要讲下蛋白质谱鉴定的原理和应用。
一、MALDI-TOF基质辅助激光解吸附质谱技术（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight, MALDI-TOF）的基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。
MALDI所产生的质谱图多为单电荷离子，因而质谱图中的离子与多肽和蛋白质的质量有一一对应关系。
MALDI产生的离子常用飞行时间（TOF）检测器来检测，理论上讲，只要飞行管的长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的，因此MALDI-TOF 质谱很适合对蛋白质、多肽等生物大分子的研究。
MALDI-TOF-MS分析。
技术特点。
• MALDI-TOF 鉴定方便、快速，可以同时做上百个斑点。
• 主要用于纯蛋白或简单样本的鉴定，如2DE斑点。
• 成本较低。
样品要求。
• 蛋白质溶液：纯度> 90%；蛋白质总量> 5 ug，浓度> 0.1 ug/ul。
• 双向凝胶电泳点：考染、银染点清晰可见。
• SDS-PAGE胶条：单一蛋白质，考染、银染条带清晰可见。
二、ESI-MS电喷雾电离质谱（electrospray ionization mass spectrometry，ESI-MS）是在毛细管的出口处施加一高电压，所产生的高电场使从毛细管流出的液体雾化成细小的带电液滴，随着溶剂蒸发，液滴表面的电荷强度逐渐增大，液滴崩解为大量带一个或多个电荷的离子，致使分析物以单电荷或多电荷离子的形式进入气相。
蛋白a柱 质谱
蛋白a柱质谱
蛋白A柱（Protein A Chromatography）和质谱（Mass Spectrometry）是生物科学研究中常用的两种技术。
蛋白A柱：
蛋白A柱是一种亲和层析技术，用于从复杂的混合物中分离和纯化免疫球蛋白，特别是免疫球蛋白G（IgG）。
蛋白A是一种从金黄色葡萄球菌细胞壁中提取的蛋白质，具有与免疫球蛋白Fc区域特异性结合的能力。
当含有多种蛋白质的混合物通过蛋白A柱时，IgG会特异性地结合到柱子上，而其他蛋白质则会通过柱子流出。
之后，通过改变洗脱条件（如pH或离子强度），IgG可以从柱子上被洗脱下来，从而实现纯化。
质谱：
质谱是一种分析技术，用于确定样品中分子的质量、结构和组成。
在质谱分析中，样品分子首先被转化为气态离子，然后通过电场和磁场的作用，按照其质荷比（m/z）进行分离和检测。
质谱技术广泛应用于蛋白质、多肽、核酸、代谢物等生物分子的分析，以及药物研发、环境监测等领域。
将蛋白A柱与质谱结合使用，可以实现蛋白质的分离、纯化
和鉴定。
例如，在蛋白质组学研究中，首先使用蛋白A柱从复杂的生物样品中纯化IgG，然后通过质谱技术对纯化的IgG进行序列分析和结构鉴定。
这种组合技术为蛋白质研究和药物开发提供了强大的工具。
质谱要求的蛋白浓度
质谱要求的蛋白浓度1. 引言1.1 背景介绍蛋白质浓度是蛋白质学研究中的基础参数，它反映了在一定体积内所含蛋白质的量。
蛋白质质谱技术的发展为研究人员提供了一种高效、敏感、准确的蛋白质浓度测定方法。
在质谱分析中，准确的蛋白质浓度是确保实验结果可靠性的关键因素之一。
对蛋白质浓度进行准确测定具有重要意义。
背景介绍中，蛋白质质谱技术原理是关键的内容。
通过质谱技术，蛋白质分子的质量与结构可以被准确测定。
蛋白质浓度的测定方法多种多样，包括比色法、荧光方法、标准曲线法等。
影响蛋白质浓度测定的因素有很多，比如样品纯度、pH值、温度等。
质谱要求的蛋白浓度范围一般在微摩尔至纳摩尔之间，具体要求视具体实验而定。
建议的蛋白质浓度测定标准可根据实验需求和仪器灵敏度来确定，确保实验结果的准确性和可靠性。
【背景介绍】中的内容可为读者提供质谱分析中蛋白质浓度测定的基础知识。
1.2 研究意义蛋白质浓度是衡量生物样品中蛋白质含量的重要指标，对于质谱分析的准确性和可靠性具有重要意义。
准确的蛋白质浓度测定结果可以为后续蛋白质质谱分析提供准确的定量参考，从而确保实验数据的可靠性和可比性。
蛋白质浓度还是评估生物样品质量和纯度的重要参数，对于实验结果的解释和比较具有重要的影响。
通过对蛋白质浓度的准确测定，可以帮助研究者更准确地识别和定量目标蛋白质，从而更深入地了解蛋白质的功能和生物学作用。
在蛋白质组学、生物医学研究和药物开发领域，准确测定蛋白质浓度对于揭示疾病机制、发现生物标志物以及开发新型药物具有重要的意义。
建立准确、可靠的蛋白质浓度测定方法和标准化的测定流程对于推动科学研究和技术发展具有重要的意义。
【2000字】2. 正文2.1 质谱技术原理质谱技术是一种常用的蛋白质分析方法，其原理是利用质谱仪器将待测样品中的蛋白质分子经过离子化和碎裂，生成一系列离子片段，并根据这些离子片段的质量和相对丰度来推断原始蛋白质的氨基酸序列及结构信息。
质谱技术主要有质谱法和质谱联用法两种，其中最常用的是质谱联用法，比如质谱联用色谱技术（LC-MS/MS）。
分子生物学中的蛋白质质谱分析
分子生物学中的蛋白质质谱分析在分子生物学领域，蛋白质质谱分析是一种非常重要的技术。
它可以用来鉴定不同生物体内所含有的蛋白质种类，以及这些蛋白质在不同条件下的表达水平。
今天，我们就来探讨一下，在分子生物学中的蛋白质质谱分析技术究竟是如何实现的，以及它在研究当中的应用。
1. 蛋白质质谱分析是什么？蛋白质质谱分析是一种利用质谱仪来分析蛋白质的方法。
该方法的基本原理是将含有蛋白质的样品，通过某些化学和物理手段，将其中的蛋白质分离出来。
然后，通过质谱仪将这些蛋白质分析出来，从而得到它们的质量和结构信息。
通过这种方式，我们可以更好地了解蛋白质在细胞内的功能及其与其他生物分子之间的相互作用。
2. 蛋白质质谱分析的步骤蛋白质质谱分析的基本步骤包括：样品预处理、荧光染色、质量分析、鉴定和定量。
其中，样品预处理是质谱分析的前提。
在样品预处理中，需要将样品进行打碎、消化以及清洁等，以保证样品中的蛋白质可以被有效和高精度地检测。
荧光染色则是通过将蛋白质染色，并以荧光形式来检测其浓度和含量。
质量分析是分析蛋白质的分子量和特定结构的质谱仪的过程。
鉴定则是通过蛋白质测序的方式来鉴定样品中的蛋白质种类。
定量则是通过比较不同样品中蛋白质的相对含量，来分析蛋白质在不同条件下的表达水平。
3. 蛋白质质谱分析在分子生物学中的应用蛋白质质谱分析在分子生物学中具有广泛的应用。
其中，最常见的应用是蛋白质组学研究和生物标记物研究。
蛋白质组学研究是利用蛋白质质谱分析技术来分析不同物种和组织中的蛋白质种类及其表达水平。
通过这种方法，我们可以更好地理解生命系统中蛋白质的相互作用关系，探索蛋白质表达的变化，以及研究疾病等方面。
生物标记物研究则是利用蛋白质质谱分析技术来鉴定和分析某些蛋白质在特定疾病条件下的变化。
通过这种方法，我们可以更好地诊断和治疗一些疾病，例如癌症和糖尿病等。
4. 总结在分子生物学中，蛋白质质谱分析是一种非常重要的技术。
它可以用来鉴定不同生物体内所含有的蛋白质种类，以及这些蛋白质在不同条件下的表达水平。
基于质谱技术的蛋白 质组研究 - 丁香园—医学药学生命科学
蛋白质translationally-controlled 1所对应的肽段在2个样本间的比值
ratio 1.281789184 1.318942428 p-value 7.54368E-05 0.009341793 IPI number IPI:IPI00009943.2 IPI:IPI00009943.2 protein name Tumor protein, translationally-controlled 1 Tumor protein, translationally-controlled 1 peptide sequence R.DLISHDEMFSDIYK.I R.VKPFMTGAAEQIK.H
大规模蛋白质混合物鉴定（Shotgun）的优点
• 可分析本身性质比较特殊，不适于做2D电泳的样品 （如膜蛋白，分子量较小的蛋白与多肽） • 蛋白质的相互作用研究
• 样品中的低丰度蛋白为研究目标，如分泌蛋白。
质谱技术在蛋白质组研究中的应用
研究目的
表达谱构建 蛋白质相互作用研究
蛋白质组学方法
大规模蛋白质鉴定技术（shotgun） 大规模蛋白质鉴定技术（shotgun）
飞行时间 （TOF）
质谱仪器分类
Nature (2003) 422, 198-207
质谱技术在蛋白质组研究中的应用
研究目的
表达谱构建
蛋白质组学方法
大规模蛋白质鉴定技术（shotgun）
蛋白质相互作用研究
蛋白质表达差异分析 蛋白质翻译后修饰分析
大规模蛋白质鉴定技术（shotgun）
定量蛋白质组学技术 磷酸化，泛素化位点鉴定技术
m/z
Phosphor-site identification of single protein
蛋白质序列分析常用网站
蛋白质序列分析常用网站Pleasure Group Office【T985AB-B866SYT-B182C-BS682T-STT18】蛋白质序列分析蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。
蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。
例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。
同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。
WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。
基本理化性质分析：信号肽预测：在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。
合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。
一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。
在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。
含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。
糖基化位点预测：跨膜区分析：TMORED蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。
蛋白酶的结构功能进行预测和分析：同源建模分析：二级结构及折叠类预测：Predictprotein特殊结构或结构预测：COILS MacStripe疏水性分析：ExPASy的ProtScale基于序列同源性分析的蛋白质功能预测：至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显着性意义。
类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST()，选择程序BLASTP就可网上分析。
ccle蛋白质谱
ccle蛋白质谱蛋白质组学是研究细胞内所有蛋白质的组成、结构和功能的学科。
随着高通量技术的发展，蛋白质组学已经成为生物医学研究的重要手段之一。
其中，质谱技术是蛋白质组学中最为重要的技术之一，它可以对蛋白质进行定量和定性分析。
而CCLE （Cancer Cell Line Encyclopedia）是一个由美国国家癌症研究所（NCI）维护的数据库，包含了多种人类肿瘤细胞系的基因组学、转录组学和蛋白质组学数据。
因此，利用CCLE数据库中的蛋白质组学数据进行蛋白质谱分析，可以帮助我们更好地了解肿瘤细胞的生物学特性和分子机制。
一、CCLE数据库简介CCLE数据库是一个包含了多种人类肿瘤细胞系的基因组学、转录组学和蛋白质组学数据的数据库。
该数据库中的细胞系来自于NCI的不同实验室，包括了多种不同类型的肿瘤细胞系，如乳腺癌、肺癌、结直肠癌等。
每个细胞系都有详细的实验信息和数据记录，包括了基因组测序数据、转录组测序数据和蛋白质组测序数据等。
这些数据可以用于研究肿瘤细胞的生物学特性和分子机制，也可以用于筛选潜在的治疗靶点和药物靶点。
二、蛋白质谱分析方法蛋白质谱分析是一种对蛋白质进行定量和定性分析的技术。
它主要包括以下几个步骤：1. 样品制备：将待测样品进行蛋白质提取、分离和浓缩等处理，得到适合质谱分析的蛋白质样品。
2. 质谱分析：将蛋白质样品通过质谱仪进行分析，得到蛋白质的质谱图谱。
质谱图谱是一种表示蛋白质分子质量分布的图谱，其中每个峰代表一个蛋白质分子的质量。
3. 数据处理：对质谱图谱进行数据处理和分析，得到蛋白质的定量和定性结果。
数据处理主要包括峰识别、峰匹配、峰面积计算等步骤。
三、CCLE数据库中的蛋白质谱分析利用CCLE数据库中的蛋白质组学数据进行蛋白质谱分析，可以帮助我们更好地了解肿瘤细胞的生物学特性和分子机制。
具体来说，可以从以下几个方面进行分析：1. 蛋白质表达水平分析：通过对不同肿瘤细胞系之间的蛋白质表达水平进行比较，可以发现一些与肿瘤发生和发展相关的蛋白质。
蛋白质质谱解析
蛋白质质谱解析蛋白质质谱解析指的是通过质谱技术对蛋白质进行分析，以了解蛋白质的结构、功能、相互作用等信息。
目前蛋白质质谱技术已经成为蛋白质组学研究的重要手段之一，常常应用于疾病诊断、药物研发等方面。
蛋白质质谱解析主要包括以下几个方面：1. 样品制备在蛋白质质谱实验前，需要对样品进行制备。
通常的制备方法包括取样，蛋白质提取、纯化和鉴定等。
对于复杂样品，如血液、组织等，需要进行前处理和消化。
2. 质谱分析质谱分析是蛋白质质谱解析的核心环节。
主要包括质谱仪器的选取、样品的离子化和质谱图的解析等。
在这一环节中，常常需要选用不同的质谱技术，如MALDI-TOF、ESI-MS/MS等。
3. 数据分析质谱数据分析是蛋白质质谱解析的重要环节之一。
数据分析包括质谱图的处理、峰的鉴定和标定、蛋白质质量的计算、质谱数据库的匹配等。
数据分析将精确地确定分析的蛋白质分子的质量和序列。
4. 蛋白质鉴定蛋白质鉴定是蛋白质质谱解析的重要任务之一。
通常采用比对质谱数据与已知蛋白质序列数据库标准的方法来鉴定蛋白质。
鉴定的结果可以确定新蛋白质分子的氨基酸序列、分子量、同工酶以及修饰等信息。
5. 蛋白质结构分析蛋白质结构分析是蛋白质质谱解析的重要环节。
结构分析可以使用蛋白质质谱数据推断蛋白质的二级结构、三级结构等信息。
结构信息可以揭示蛋白质的特定功能和相关生物学过程。
总结：蛋白质质谱解析是一项高端技术，需要多方面的知识和技能。
它已经成为现代生物学研究的重要技术手段之一，对于深入探索生物学基础问题以及推动生命科学进展有着重要意义。
蛋白质质谱分析
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蛋白质质谱分析
蛋白质是一条或多条肽链以特殊方式组合成的生物大分子，其复杂结构主要包括一级、二级、三级或四级结构。
目前蛋白质质谱测定主要是针对蛋白质一级结构包括分子量、肽链氨基酸排列及二硫键数目和位置。
自从确认生物大分子结构的生物质谱方法出现以来，质谱分析已成为研究生物大分子特别是蛋白质研究的主要支撑技术之一。
用于质谱分析蛋白质的方法主要有三种：肽质量指纹图谱法（PMF）、串联质谱法（CID）和梯形肽片段测序法（ladderpeptide sequencing）。
随着蛋白质质谱分析法的研究越来越深入，近年
来所涌现出的较为成功地用于生物大分子质谱分析的软电离技术也越来越多，主要包括电喷雾电离质谱（ESI-MS）、基质辅助激光解析电离质谱（MALDI）、快原子轰
击质谱、离子喷雾电离质谱、大气压电离质谱等。
蛋白质质谱分析具有如下优点：灵敏度高，能为亚微克级试样提供信息；能最有效地与色谱联用；适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定；同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
百泰派克生物科技采用Orbitrap Fusion质谱平台，Orbitrap Fusion Lumos质谱
平台结合Nano-LC，能够对SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点、pull-down及Co-IP 等样品中的蛋白质进行高效精准的蛋白质谱鉴定服务以及蛋白质组学相关服务。
您只需要将您的需求和样品寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括样品前处理、质谱分析、质谱原始数据分析和组学分析。
北京 蛋白质质谱
北京蛋白质质谱
北京的蛋白质质谱研究机构有北京蛋白质组学研究中心和北京百泰派克生物科技有限公司。
北京蛋白质组学研究中心(BPRC)是从事蛋白质组学研究的重要机构，其生物质谱实验室在国内领先，并具有一定的国际影响力。
该实验室在承担国际人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)等重要研究项目的过程中，发展了多种以质谱为基础的蛋白质组学分析技术，并在Molecular & Cellular Proteomics、Journal of Proteome Research、Proteomics、Analytical Chemistry等重要学术期刊中发表了多篇研究论文。
北京百泰派克生物科技有限公司则是一家提供生物质谱分析服务的公司，其服务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学等多个领域。
该公司采用ISO9001质量控制体系，致力于提供高质量的生物质谱分析服务，为全球范围内的客户提供可靠的分析结果。
以上两家机构都在北京从事蛋白质质谱研究工作，为推动中国蛋白质组学研究的发展和应用做出了贡献。
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三．质谱分析
• MALDI-TOF分析（PMF） • MALDI-TOF/TOF分析 • LTQ分析 • 其他质谱分析（Q-TOF等）
MALDI-TOF和MALDI-TБайду номын сангаасF/TOF分析
基本原理
• MALDI-TOF/TOF（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight Mass Spectrometry,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 ） 仪器主要由两部分组成：基质附助激光解吸电离离子源（MALDI）和 飞行时间质量分析器（TOF）。
蛋白质质谱
一．概述
• 蛋白质组学中的质谱鉴定，是使用生物质谱技术对特异 性酶解的多肽分子进行分析，从而得到对应的序列信息 • 质谱分析分成两种 – 多肽分子的质量电荷比的测量( fullscan和PMF) – 多肽分子的碎片分子的质量电荷比测量(MS/MS质谱 图谱）
生物质谱原理
基本原理：
将样品分子离子化后，根据不同离子间质荷比(m/z)的差异
来分析蛋白质和多肽的分子量和对蛋白质进行鉴定,定量及
其修饰点分析。一台质谱仪一般有进样装置，离子化源，
质量分析器，离子检测器和数据分析系统组成。
串联质谱
离子源 质量分析器 质量分析器 检测器 数据处 理系统
质量选择器
Tandem in Space QQQ Q-Trap Q-TOF IT-TOF TOF-TOF Tandam in Time Ion Trap (2D, 3D) FTICR Trap-FT
缺点：
•可检测到的肽段少，对数据库检索是不利的。 • 肽段分子量精确度往往不够理想，影响鉴定结果。肽段分子质量在 2000以上时，在MALDI-TOF-MS中的分辨率会有所下降 。 •无法进行混合蛋白质鉴定 •翻译后修饰鉴定能力稍低
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缺点：
•可检测到的肽段少，对数据库检索是不利的。 • 肽段分子量精确度往往不够理想，影响鉴定结果。肽段分子质量在 2000以上时，在MALDI-TOF-MS中的分辨率会有所下降 。 •无法进行混合蛋白质鉴定 •翻译后修饰鉴定能力稍低
LTQ（ESI-MS/MS）
由于该质谱具有高效液相分离与MS/MS结构分析功能，可以获得检测到 的每一肽段的序列。根据一级质谱(MS)测得的精确分子质量和串联质谱 (MS/MS)所得的序列信息，通过蛋白质数据库的检索鉴定蛋白质种类。 优点：
总离子可信度
肽段序列
实际分子量 理论分子量
起始氨基酸位置 结束氨基酸位置
肽段离子得分
肽段固定修饰
分子量误差
肽段可信度
MS-MS (SeQuest)
BuildSummary
LTQ质谱（BuildSummary软件）结果说明
唯一肽段数 鉴定的肽段数 搜索到的蛋白 蛋白鉴定覆盖率 蛋白理论分子量 蛋白理论等电点 搜索到的蛋白可能有多个gi号，取最典型的gi号，选取次序为：sp > ref > first gi_number
• MALDI的原理是用激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激 光中吸收能量传递给生物分子，而电离过程中将质子转移到生物分子 或从生物分子得到质子，而使生物分子电离的过程。因此它是一种软 电离技术，适用于混合物及生物大分子的测定。
• TOF的原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器 的飞行时间不同而被检测即测定离子的质荷比（M/Z）与离子的飞行 时间成正比 ，检测离子。
压力差推动质子化样品进入质 量分析器进行检测 。
实验原理
适用样品
• 一般建议样品为溶液或考染胶。若为银染胶，需要采取快 速银染（即同质谱鉴定兼容）的方法染色。 • 溶液中一般不要有SDS、CHAPS、Triton X-100、NP40及 吐温 20、40等系列的去污剂。盐浓度小于50mM • 溶液样品蛋白浓度一般不小于1mg/ml，蛋白总量不小于 10ug。
该肽段对应的蛋白数
五．MALDI-TOF/TOF与LTQ进行蛋白质鉴定的比较
MALDI-TOF/TOF 根据肽质量指纹图谱(Peptide Mass Fingerprinting, PMF)与蛋白质 数据库中蛋白质的理论PMF比对，就可以鉴定该蛋白质。或者根据二 级质谱图谱查库鉴定蛋白质。 优点： 速度快，通量高，方法简便。
• 蛋白质为未知蛋白，造成鉴定无结果。
• 蛋白质降解或翻译后引起质谱鉴定蛋白质与凝胶上蛋白质 的分子量等电点差异较大。
七． 生物质谱的应用
• • • • • • • • • 蛋白质/多肽肽质谱图 蛋白质/多肽分子量测定（MS） 溶液及胶内蛋白质/多肽的质谱鉴定 蛋白质突变点鉴定 蛋白质磷酸化分析 蛋白质糖基化分析 复杂蛋白质混合物鉴定（Shotgun-MS） 蛋白质iTRAQ差异定量 蛋白质修饰位点分析
双聚焦分 析器
四级杆质 量过滤器
傅立叶回旋共振 飞行时间 （TOF） （FT-ICR） (Ion Trap）
离子阱
二．蛋白质质谱鉴定的常规流程
•
•
蛋白质胶内酶解
质谱分析
•
•
数据库查询
生物信息学分析（可选）
蛋白质点的胶内酶解
• 凝胶的脱色 – 考染 – 质谱兼容的银染 • 凝胶点的缓冲液转化 • 加入胰蛋白酶 • 抽提多肽分子
适用样品
• 双向电泳凝胶点 • 经过纯化的蛋白溶液或单一的SDS-PAGE条带 • 考染或质谱兼容银染凝胶样品均可以检测
PMF图谱
MS/MS图谱
ESI-LC-MS/MS分析
基本原理：
通过样品溶液在毛细管喷雾口
形成液滴，在强电场和热的干
燥气的共同作用下，液滴逐渐 被气化，同时也被质子化；喷
雾口与离子聚焦传输区之间的
这三个蛋白鉴定了完全相同的肽段，因此归为同一个group，称为一个鉴定蛋白群
搜索的质谱文件 肽段电荷数 搜索到的肽段 肽段理论质荷比 理论质荷比与实际检 测到的质荷比的差值 该肽段在该质谱文件 搜索结果中排名 XCorr
DeltaCn 预打分得分 该肽段在预打分结果中排名 理论谱与实验谱的离子匹配 数 | 理论谱中离子数 该肽段对应的蛋白 该肽段对应的蛋白群数
三．质谱分析
• MALDI-TOF分析（PMF） • MALDI-TOF/TOF分析 • LTQ分析 • 其他质谱分析（Q-TOF等）
MALDI-TOF和MALDI-TOF/TOF分析
基本原理
• MALDI-TOF/TOF（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight Mass Spectrometry,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 ） 仪器主要由两部分组成：基质附助激光解吸电离离子源（MALDI）和 飞行时间质量分析器（TOF）。
来分析蛋白质和多肽的分子量和对蛋白质进行鉴定,定量及
其修饰点分析。一台质谱仪一般有进样装置，离子化源，
质量分析器，离子检测器和数据分析系统组成。
串联质谱
离子源 质量分析器 质量分析器 检测器 数据处 理系统
质量选择器
Tandem in Space QQQ Q-Trap Q-TOF IT-TOF TOF-TOF Tandam in Time Ion Trap (2D, 3D) FTICR Trap-FT
•
• •
对图谱的精确度和分辨率要求不如PMF高。
可进行混合蛋白质鉴定 翻译后修饰鉴定能力较强：如磷酸化位点分析
•
•
通过同位素标记蛋白质，该种质谱可直接进行差异蛋白质定量分析
缺点： 通量与速度不如MALDI。
•
数据库检索比较费时。
六．蛋白质鉴定结果常见问题
• 角蛋白等蛋白质的污染，造成鉴定为污染蛋白。 • 蛋白量过少或含盐太多引起鉴定结果的评分低，可信度不 高。 • 蛋白质纯度不足，造成鉴定结果为混合蛋白质。
• • • • •
• • •
生物质谱分类
进样系统
不连续进样：适用于固体 或高沸点液体
MALDI 连续进样：分析样品连续进入 GC/MS,LC/MS
离子化方式
热不稳定化合物 快原子轰击离子化（FAB）
热稳定化合物 电子离子化（EI） 化学离子化（CI）
基质辅助激光解析离子化（MALDI）
质量分析器
电喷雾离子化（ESI）
Basepeak图谱
MS/MS图谱
四．数据库的查询
• MASCOT
• SEQUEST
MASCOTC数据库搜索
MALDI-TOF/TOF结果文件主要参数说明
蛋白登录号 理论分子量 样品靶位 检测到的肽段数 蛋白质得分 蛋白质 可信度 理论等电点 总离子得分
蛋白 排名 肽段 信息
蛋白名称及物种
蛋白质质谱
一．概述
• 蛋白质组学中的质谱鉴定，是使用生物质谱技术对特异 性酶解的多肽分子进行分析，从而得到对应的序列信息 • 质谱分析分成两种 – 多肽分子的质量电荷比的测量( fullscan和PMF) – 多肽分子的碎片分子的质量电荷比测量(MS/MS质谱 图谱）
生物质谱原理
基本原理：
将样品分子离子化后，根据不同离子间质荷比(m/z)的差异
质谱技术在蛋白质组研究中的应用
Hale Waihona Puke 研究目的表达谱构建 蛋白质相互作用研究 蛋白质表达差异分析 蛋白质翻译后修饰分析
蛋白质组学方法
大规模蛋白质鉴定技术（shotgun） 大规模蛋白质鉴定技术（shotgun） 定量蛋白质组学技术 磷酸化，泛素化位点鉴定技术