基于结构的虚拟筛选及Maestro的使用教程
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LigPrep---用于小分子配体的准备； Epik---对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举； Jaguar---高性能初始量子力学组件；
MacroModel---应用于材料及生命科学等的化学研究；
Strike---用于检查组织性能关系的化学方法统计程序；
分子对接(Glide)
Applications
基于结构的虚拟筛选 与Maestro的使用
朱孔凯 2015-7-22
药物发现面临的挑战
化学空间 >1020 类药化合物 生物空间 104 ~ 105 蛋白
正确的小分子 + 正确的药靶
先导化合物
药物发现
药靶
高通量筛选VS虚拟筛选
晶体结构 未知 已知
基于配体的方法
基于结构的方法
已有活性化合物
没有活性化合物
分子对接
• Applications Glide Ligand Docking • 把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。
Applications
小分子准备
• 优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。
LigPrep
蛋白准备
• Workflows Protein Preparation Wizard • 加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。
生成网格文 件
wenku.baidu.com
• Applications Glide Receptor Grid Generation • 定义小分子对接的区域，并生成网格文件。
分子对接
• Applications Glide Ligand Docking • 把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。
分析对接结果
• Applications Glide XP visualizer
登陆：（Putty、Xshell）
Prime---蛋白质结构预测； Glide---配体-受体分子对接； Liaison---预测结合与亲和力； Qsite---研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM)； Phase---作基于配体的药效建模；
QikProp---用于候选药物的ADME性状预测；
优点：可进行大规模（上百万分子）筛选。 缺点：费钱；有些体系不适合；命中率低。
相似性搜索 药效团模型 机器学习 分子对接
常用的分子对接程序有DOCK，AutoDOCK，Glide，Gold等。
Maestro
Maestro is the graphical user interface (GUI) for all Schrö dinger software.
导出来用 Pymol 看
谢谢！
小分子准备
• 优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。
LigPrep
蛋白准备
• Workflows Protein Preparation Wizard • 加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。
生成网格文 件
• Applications Glide Receptor Grid Generation • 定义小分子对接的区域，并生成网格文件。
MacroModel---应用于材料及生命科学等的化学研究；
Strike---用于检查组织性能关系的化学方法统计程序；
分子对接(Glide)
Applications
基于结构的虚拟筛选 与Maestro的使用
朱孔凯 2015-7-22
药物发现面临的挑战
化学空间 >1020 类药化合物 生物空间 104 ~ 105 蛋白
正确的小分子 + 正确的药靶
先导化合物
药物发现
药靶
高通量筛选VS虚拟筛选
晶体结构 未知 已知
基于配体的方法
基于结构的方法
已有活性化合物
没有活性化合物
分子对接
• Applications Glide Ligand Docking • 把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。
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小分子准备
• 优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。
LigPrep
蛋白准备
• Workflows Protein Preparation Wizard • 加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。
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分子对接
• Applications Glide Ligand Docking • 把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。
分析对接结果
• Applications Glide XP visualizer
登陆：（Putty、Xshell）
Prime---蛋白质结构预测； Glide---配体-受体分子对接； Liaison---预测结合与亲和力； Qsite---研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM)； Phase---作基于配体的药效建模；
QikProp---用于候选药物的ADME性状预测；
优点：可进行大规模（上百万分子）筛选。 缺点：费钱；有些体系不适合；命中率低。
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常用的分子对接程序有DOCK，AutoDOCK，Glide，Gold等。
Maestro
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导出来用 Pymol 看
谢谢！
小分子准备
• 优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。
LigPrep
蛋白准备
• Workflows Protein Preparation Wizard • 加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。
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• Applications Glide Receptor Grid Generation • 定义小分子对接的区域，并生成网格文件。